O52039 - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

O52039 - Uncharacterized protein

UniProt:	O52039	Sequences: MLQERMCQKDRVSTEPLDRNNRCEPENIFPTKQIVTHIRSANIRPLMDRTCPLEFIFASHLVVVAIATLSGSRLTVACLFIIDAALTMIRILYERLAAGRPQTGSPPATDPYNLFKDLHDAVVDKRGRVPVPGSMPPVYPRNIPYVVESCVILYPLLVVAFPVWLFSPSGTLSVLAIPGIGIIAAKHFVFIQARESAGVYETASSRRIRRNRSLLLVALLSGGAVAVLSAVSTPATTMVAAMAVAAPWVLFDCRQAGLGPWFPVIEGDAVDRPVSAPRGQPYTTFAHDKRGVRQHAFGGGFAYALDAGFSVMLLSGILAISARAVWLVLVMVVLLPVFLILPASALVMWIGESHVEYRLYDNGIVAYDTYLNTVQWVAPVEAFVFS	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	386 (327)
Sequences:	104 (81)
Seq/√Len:	4.5

HALSA - O52039

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
285_F	361_D	4.443	0.92
183_I	187_H	3.288	0.73
356_E	371_L	3.244	0.72
136_P	375_Q	3.243	0.72
136_P	142_N	2.914	0.63
59_S	248_W	2.808	0.60
66_I	241_A	2.797	0.60
71_G	83_D	2.712	0.57
143_I	353_S	2.612	0.54
125_K	371_L	2.527	0.52
301_F	364_I	2.503	0.51
319_A	379_P	2.493	0.51
97_A	122_V	2.481	0.50
96_L	376_W	2.472	0.50
100_R	332_V	2.436	0.49
138_V	329_L	2.419	0.48
240_A	337_V	2.383	0.47
137_P	375_Q	2.323	0.45
276_A	279_G	2.294	0.45
90_R	187_H	2.290	0.44
142_N	375_Q	2.248	0.43
99_G	251_F	2.217	0.42
136_P	141_R	2.207	0.42
125_K	368_D	2.167	0.41
127_G	375_Q	2.150	0.40
125_K	375_Q	2.141	0.40
127_G	142_N	2.132	0.40
102_Q	205_S	2.023	0.37
252_D	358_R	2.022	0.37
64_V	209_R	1.942	0.34
239_V	358_R	1.941	0.34
80_F	83_D	1.927	0.34
118_L	303_Y	1.870	0.32
79_L	209_R	1.857	0.32
217_V	316_G	1.823	0.31
204_S	374_V	1.820	0.31
83_D	241_A	1.820	0.31
79_L	305_L	1.805	0.31
357_Y	367_Y	1.757	0.29
69_L	218_A	1.744	0.29
102_Q	195_E	1.741	0.29
356_E	368_D	1.738	0.29
76_V	83_D	1.732	0.29
61_L	225_V	1.712	0.28
59_S	65_A	1.707	0.28
297_F	316_G	1.688	0.28
125_K	356_E	1.657	0.27
178_P	252_D	1.646	0.27
73_R	125_K	1.645	0.27
64_V	266_E	1.629	0.26
160_A	182_I	1.619	0.26
65_A	71_G	1.611	0.26
95_R	241_A	1.599	0.26
51_C	372_N	1.597	0.26
136_P	140_P	1.591	0.25
365_V	376_W	1.579	0.25
176_A	289_K	1.577	0.25
193_A	372_N	1.571	0.25
194_R	248_W	1.569	0.25
293_R	319_A	1.568	0.25
158_V	226_A	1.567	0.25
183_I	227_V	1.567	0.25
111_P	293_R	1.554	0.25
62_V	80_F	1.550	0.24
69_L	358_R	1.541	0.24
51_C	55_F	1.479	0.23
137_P	141_R	1.472	0.23
51_C	252_D	1.467	0.23
189_V	213_S	1.464	0.23
81_I	85_A	1.456	0.22
64_V	124_D	1.451	0.22
294_Q	372_N	1.445	0.22
95_R	175_L	1.440	0.22
141_R	375_Q	1.421	0.22
198_G	358_R	1.417	0.22
89_I	253_C	1.417	0.22
210_R	215_L	1.409	0.21
76_V	241_A	1.407	0.21
76_V	80_F	1.391	0.21
349_W	354_H	1.381	0.21
127_G	137_P	1.381	0.21
136_P	371_L	1.378	0.21
227_V	246_A	1.373	0.21
293_R	364_I	1.370	0.21
90_R	94_E	1.367	0.21
200_Y	204_S	1.364	0.20
368_D	371_L	1.362	0.20
281_P	301_F	1.357	0.20
129_V	343_A	1.347	0.20
140_P	305_L	1.346	0.20
84_A	369_T	1.346	0.20
165_L	193_A	1.343	0.20
60_H	209_R	1.326	0.20
204_S	272_R	1.323	0.20
201_E	318_L	1.319	0.20
281_P	360_Y	1.314	0.20
170_G	203_A	1.314	0.20
131_V	198_G	1.302	0.19
281_P	355_V	1.295	0.19
90_R	183_I	1.291	0.19
81_I	244_V	1.288	0.19
122_V	144_P	1.284	0.19
68_T	352_E	1.273	0.19
146_V	361_D	1.273	0.19
144_P	375_Q	1.260	0.18
250_L	364_I	1.246	0.18
217_V	319_A	1.246	0.18
101_P	175_L	1.246	0.18
140_P	319_A	1.246	0.18
179_G	372_N	1.235	0.18
101_P	182_I	1.228	0.18
210_R	213_S	1.227	0.18
56_I	370_Y	1.223	0.18
70_S	282_Y	1.220	0.18
220_L	343_A	1.217	0.18
140_P	154_Y	1.214	0.18
67_A	327_L	1.211	0.18
67_A	297_F	1.199	0.17
100_R	322_A	1.194	0.17
154_Y	294_Q	1.192	0.17
127_G	135_M	1.191	0.17
75_T	101_P	1.191	0.17
157_L	161_F	1.187	0.17
63_V	95_R	1.185	0.17
65_A	83_D	1.184	0.17
287_H	369_T	1.184	0.17
77_A	293_R	1.179	0.17
96_L	176_A	1.170	0.17
355_V	358_R	1.165	0.17
321_S	330_V	1.162	0.17
247_P	266_E	1.162	0.17
90_R	359_L	1.158	0.17
53_L	64_V	1.156	0.17
127_G	136_P	1.155	0.17
252_D	359_L	1.154	0.17
192_Q	205_S	1.150	0.17
129_V	199_V	1.146	0.16
58_A	258_L	1.140	0.16
113_N	361_D	1.138	0.16
177_I	236_T	1.135	0.16
324_A	336_P	1.133	0.16
87_T	138_V	1.122	0.16
68_T	92_L	1.122	0.16
84_A	287_H	1.121	0.16
140_P	375_Q	1.120	0.16
138_V	181_G	1.118	0.16
201_E	355_V	1.118	0.16
184_A	228_L	1.109	0.16
275_S	370_Y	1.108	0.16
354_H	360_Y	1.105	0.16
171_T	304_A	1.097	0.16
56_I	373_T	1.093	0.16
91_I	366_A	1.090	0.16
191_I	293_R	1.088	0.16
184_A	332_V	1.083	0.15
86_L	178_P	1.082	0.15
136_P	277_P	1.079	0.15
76_V	335_L	1.074	0.15
76_V	79_L	1.065	0.15
94_E	178_P	1.063	0.15
84_A	140_P	1.061	0.15
75_T	261_W	1.059	0.15
127_G	277_P	1.052	0.15
146_V	249_V	1.052	0.15
190_F	220_L	1.041	0.15
85_A	311_V	1.041	0.15
319_A	326_W	1.040	0.15
285_F	308_G	1.040	0.15
252_D	256_A	1.039	0.15
56_I	86_L	1.039	0.15
177_I	195_E	1.037	0.15
146_V	170_G	1.035	0.15
371_L	375_Q	1.032	0.15
77_A	336_P	1.026	0.15
55_F	372_N	1.020	0.14
224_A	316_G	1.020	0.14
88_M	266_E	1.010	0.14
99_G	190_F	1.010	0.14
82_I	266_E	1.007	0.14
127_G	141_R	1.006	0.14
195_E	312_M	1.005	0.14
52_P	86_L	1.004	0.14
62_V	95_R	1.003	0.14
61_L	209_R	0.999	0.14
240_A	321_S	0.996	0.14
60_H	242_M	0.994	0.14
317_I	333_V	0.988	0.14
81_I	86_L	0.981	0.14
61_L	149_S	0.978	0.14
289_K	335_L	0.978	0.14
135_M	375_Q	0.977	0.14
224_A	275_S	0.972	0.14
82_I	190_F	0.970	0.14
49_R	337_V	0.950	0.13
56_I	301_F	0.948	0.13
328_V	351_G	0.947	0.13
48_D	168_P	0.940	0.13
131_V	366_A	0.938	0.13
53_L	180_I	0.937	0.13
162_P	205_S	0.937	0.13
85_A	157_L	0.933	0.13
56_I	325_V	0.933	0.13
53_L	296_A	0.924	0.13
205_S	293_R	0.915	0.13
54_E	205_S	0.914	0.13
57_F	370_Y	0.911	0.13
95_R	350_I	0.910	0.13
215_L	378_A	0.909	0.13
142_N	277_P	0.908	0.13
76_V	253_C	0.890	0.13
200_Y	326_W	0.884	0.13
63_V	337_V	0.879	0.12
142_N	182_I	0.878	0.12
144_P	147_V	0.875	0.12
76_V	370_Y	0.874	0.12
204_S	364_I	0.870	0.12
222_G	225_V	0.867	0.12
343_A	350_I	0.865	0.12
71_G	80_F	0.858	0.12
59_S	63_V	0.857	0.12
193_A	278_R	0.855	0.12
359_L	376_W	0.851	0.12
60_H	328_V	0.850	0.12
143_I	257_G	0.845	0.12
260_P	284_T	0.845	0.12
220_L	333_V	0.845	0.12
170_G	318_L	0.845	0.12
58_A	335_L	0.844	0.12
94_E	359_L	0.843	0.12
184_A	334_L	0.840	0.12
224_A	333_V	0.840	0.12
340_I	348_M	0.834	0.12
301_F	320_I	0.831	0.12
179_G	247_P	0.831	0.12
166_F	355_V	0.829	0.12
141_R	277_P	0.824	0.12
125_K	136_P	0.820	0.12
63_V	122_V	0.818	0.12
79_L	213_S	0.817	0.12
162_P	326_W	0.816	0.12
77_A	178_P	0.815	0.12
251_F	267_G	0.815	0.12
195_E	339_L	0.814	0.12
223_G	235_A	0.814	0.12
286_A	334_L	0.813	0.12
76_V	254_R	0.812	0.12
140_P	278_R	0.811	0.12
143_I	334_L	0.811	0.12
91_I	95_R	0.810	0.12
59_S	71_G	0.807	0.12
68_T	238_M	0.807	0.12
81_I	157_L	0.807	0.12
178_P	186_K	0.806	0.12
172_L	199_V	0.805	0.11
184_A	187_H	0.803	0.11
178_P	253_C	0.803	0.11
91_I	194_R	0.802	0.11
91_I	208_I	0.800	0.11
164_W	293_R	0.800	0.11
91_I	241_A	0.799	0.11
208_I	292_V	0.798	0.11
102_Q	299_G	0.797	0.11
81_I	199_V	0.796	0.11
53_L	72_S	0.795	0.11
335_L	367_Y	0.794	0.11
65_A	248_W	0.788	0.11
142_N	233_T	0.787	0.11
78_C	376_W	0.786	0.11
100_R	200_Y	0.782	0.11
258_L	286_A	0.781	0.11
183_I	270_V	0.780	0.11
252_D	380_V	0.776	0.11
89_I	244_V	0.774	0.11
342_P	349_W	0.771	0.11
67_A	279_G	0.771	0.11
129_V	183_I	0.771	0.11
120_D	183_I	0.771	0.11
73_R	186_K	0.770	0.11
368_D	375_Q	0.768	0.11
120_D	252_D	0.768	0.11
136_P	359_L	0.764	0.11
129_V	244_V	0.763	0.11
289_K	294_Q	0.755	0.11
69_L	276_A	0.746	0.11
69_L	279_G	0.743	0.11
234_P	364_I	0.743	0.11
181_G	240_A	0.742	0.11
80_F	257_G	0.741	0.11
138_V	220_L	0.741	0.11
213_S	296_A	0.741	0.11
310_S	373_T	0.738	0.11
63_V	67_A	0.738	0.11
102_Q	243_A	0.737	0.11
74_L	346_L	0.735	0.11
212_R	226_A	0.735	0.11
354_H	359_L	0.731	0.11
117_D	157_L	0.730	0.11
156_L	328_V	0.729	0.11
207_R	363_G	0.725	0.11
205_S	257_G	0.725	0.11
74_L	316_G	0.723	0.11
167_S	247_P	0.721	0.10
225_V	367_Y	0.715	0.10
95_R	376_W	0.712	0.10
327_L	336_P	0.712	0.10
88_M	147_V	0.710	0.10
225_V	251_F	0.710	0.10
83_D	97_A	0.710	0.10
196_S	320_I	0.709	0.10
160_A	237_T	0.708	0.10
90_R	93_Y	0.707	0.10
54_E	287_H	0.703	0.10
63_V	80_F	0.701	0.10
226_A	291_G	0.700	0.10
122_V	274_V	0.698	0.10
120_D	352_E	0.697	0.10
102_Q	135_M	0.697	0.10
356_E	374_V	0.697	0.10
330_V	342_P	0.694	0.10
144_P	362_N	0.694	0.10
173_S	364_I	0.694	0.10
253_C	314_L	0.693	0.10
129_V	334_L	0.691	0.10
104_G	364_I	0.691	0.10
71_G	248_W	0.689	0.10
138_V	174_V	0.689	0.10
199_V	325_V	0.688	0.10
212_R	215_L	0.687	0.10
356_E	367_Y	0.685	0.10
369_T	372_N	0.683	0.10
128_R	202_T	0.683	0.10
287_H	296_A	0.682	0.10
370_Y	381_E	0.681	0.10
225_V	240_A	0.680	0.10
210_R	214_L	0.680	0.10
126_R	353_S	0.679	0.10
71_G	97_A	0.679	0.10
215_L	374_V	0.678	0.10
257_G	281_P	0.676	0.10
222_G	328_V	0.676	0.10
275_S	285_F	0.674	0.10
197_A	319_A	0.674	0.10
297_F	335_L	0.674	0.10
134_S	360_Y	0.673	0.10
196_S	378_A	0.673	0.10
64_V	334_L	0.671	0.10
141_R	371_L	0.671	0.10
368_D	376_W	0.669	0.10
110_D	329_L	0.669	0.10
58_A	253_C	0.667	0.10
203_A	379_P	0.667	0.10
102_Q	188_F	0.667	0.10
97_A	178_P	0.664	0.10
141_R	368_D	0.664	0.10
90_R	203_A	0.662	0.10
180_I	334_L	0.661	0.10
180_I	211_N	0.659	0.10
47_M	57_F	0.659	0.10
67_A	131_V	0.654	0.10
280_Q	360_Y	0.653	0.10
71_G	241_A	0.653	0.10
273_P	281_P	0.650	0.10
91_I	376_W	0.650	0.10
168_P	325_V	0.649	0.10
80_F	254_R	0.648	0.10
126_R	142_N	0.645	0.10
246_A	327_L	0.643	0.10
80_F	95_R	0.643	0.10
273_P	289_K	0.643	0.10
284_T	354_H	0.641	0.10
205_S	211_N	0.641	0.10
260_P	305_L	0.640	0.10
195_E	227_V	0.639	0.10
69_L	163_V	0.638	0.10
85_A	174_V	0.637	0.10
69_L	162_P	0.636	0.10
88_M	340_I	0.629	0.09
99_G	319_A	0.625	0.09
70_S	172_L	0.625	0.09
90_R	378_A	0.622	0.09
63_V	138_V	0.622	0.09
128_R	304_A	0.616	0.09
119_H	198_G	0.615	0.09
75_T	182_I	0.615	0.09
293_R	379_P	0.614	0.09
320_I	337_V	0.613	0.09
235_A	310_S	0.613	0.09
296_A	327_L	0.610	0.09
153_L	330_V	0.610	0.09
195_E	367_Y	0.608	0.09
205_S	310_S	0.607	0.09
195_E	335_L	0.605	0.09
254_R	263_P	0.603	0.09
125_K	212_R	0.602	0.09
137_P	277_P	0.599	0.09
170_G	260_P	0.599	0.09
379_P	382_A	0.598	0.09
77_A	208_I	0.598	0.09
110_D	173_S	0.597	0.09
172_L	330_V	0.597	0.09
49_R	160_A	0.596	0.09
211_N	215_L	0.595	0.09
305_L	362_N	0.595	0.09
190_F	339_L	0.593	0.09
83_D	95_R	0.593	0.09
176_A	336_P	0.591	0.09
205_S	237_T	0.590	0.09
93_Y	156_L	0.588	0.09
54_E	253_C	0.585	0.09
70_S	248_W	0.584	0.09
171_T	266_E	0.584	0.09
297_F	327_L	0.583	0.09
48_D	333_V	0.582	0.09
138_V	324_A	0.582	0.09
139_Y	164_W	0.582	0.09
216_L	333_V	0.582	0.09
94_E	125_K	0.581	0.09
52_P	70_S	0.579	0.09
52_P	205_S	0.579	0.09
157_L	208_I	0.578	0.09
62_V	241_A	0.576	0.09
79_L	140_P	0.576	0.09
152_I	378_A	0.574	0.09
69_L	240_A	0.573	0.09
320_I	378_A	0.571	0.09
136_P	139_Y	0.571	0.09
340_I	353_S	0.571	0.09
365_V	368_D	0.570	0.09
79_L	290_R	0.570	0.09
188_F	372_N	0.569	0.09
281_P	296_A	0.569	0.09
318_L	382_A	0.568	0.09
237_T	284_T	0.567	0.09
158_V	335_L	0.566	0.09
125_K	254_R	0.566	0.09
170_G	325_V	0.566	0.09
187_H	227_V	0.566	0.09
143_I	175_L	0.564	0.09
100_R	358_R	0.560	0.09
204_S	368_D	0.560	0.09
48_D	321_S	0.558	0.09
221_S	331_M	0.555	0.09
172_L	188_F	0.554	0.09
56_I	272_R	0.550	0.09
128_R	302_A	0.549	0.09
79_L	222_G	0.549	0.09
56_I	300_G	0.547	0.09
49_R	358_R	0.545	0.09
195_E	307_A	0.544	0.09
188_F	243_A	0.542	0.09
268_D	293_R	0.541	0.09
183_I	297_F	0.541	0.09
76_V	91_I	0.541	0.09
315_S	323_R	0.539	0.09
246_A	275_S	0.539	0.09
182_I	374_V	0.537	0.09
70_S	83_D	0.537	0.09
337_V	341_L	0.536	0.09
221_S	301_F	0.535	0.09
225_V	242_M	0.534	0.09
212_R	381_E	0.533	0.09
164_W	321_S	0.529	0.08
52_P	297_F	0.528	0.08
161_F	165_L	0.528	0.08
165_L	347_V	0.528	0.08
199_V	244_V	0.527	0.08
50_T	243_A	0.526	0.08
62_V	71_G	0.524	0.08
59_S	80_F	0.523	0.08
79_L	244_V	0.523	0.08
213_S	217_V	0.523	0.08
284_T	349_W	0.523	0.08
104_G	378_A	0.520	0.08
67_A	249_V	0.519	0.08
185_A	249_V	0.518	0.08
49_R	283_T	0.518	0.08
122_V	178_P	0.518	0.08
204_S	361_D	0.517	0.08
130_P	333_V	0.516	0.08
313_L	327_L	0.516	0.08
156_L	300_G	0.514	0.08
66_I	97_A	0.512	0.08
203_A	377_V	0.509	0.08
130_P	200_Y	0.507	0.08
69_L	77_A	0.505	0.08
193_A	373_T	0.505	0.08
73_R	281_P	0.502	0.08
112_Y	249_V	0.501	0.08
159_V	372_N	0.501	0.08
292_V	375_Q	0.500	0.08

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
2yleB	1	0.0259	6.2	0.981	Contact Map
3fymA	1	0.0803	5	0.982	Contact Map
2a6hC	1	0.1554	4.9	0.982	Contact Map
2d2pA	1	0.0699	4.8	0.982	Contact Map
3aaeX	1	0.0751	4.3	0.982	Contact Map
3l39A	3	0.1554	4	0.983	Contact Map
4aybB	1	0.1451	3.9	0.983	Contact Map
3effK	4	0.1244	3.8	0.983	Contact Map
4rd8A	1	0.101	3.4	0.983	Contact Map
1ywiA	1	0.0725	3.3	0.983	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0102 seconds.