HYFR - ECOLI - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

HYFR - Hydrogenase-4 transcriptional activator

UniProt:	P71229	Sequences: MAMSDEAMFAPPQGITIEAVNGMLAERLAQKHGKASLLRAFIPLPPPFSPVQLIELHVLKSNFYYRYHDDGSDVTATTEYQGEMVDYSRHAVLLGSSGMAELRFIRTHGSRFTSQDCTLFNWLARIITPVLQSWLNDEEQQVALRLLEKDRDHHRVLVDITNAVLSHLDLDDLIADVAREIHHFFGLASVSMVLGDHRKNEKFSLWCSDLSASHCACLPRCMPGESVLLTQTLQTRQPTLTHRADDLFLWQRDPLLLLLASNGCESALLIPLTFGNHTPGALLLAHTSSTLFSEENCQLLQHIADRIAIAVGNADAWRSMTDLQESLQQENHQLSEQLLSNLGIGDIIYQSQAMEDLLQQVDIVAKSDSTVLICGETGTGKEVIARAIHQLSPRRDKPLVKINCAAIPASLLESELFGHDKGAFTGAINTHRGRFEIADGGTLFLDEIGDLPLELQPKLLRVLQEREIERLGGSRTIPVNVRVIAATNRDLWQMVEDRQFRSDLFYRLNVFPLELPPLRDRPEDIPLLAKHFTQKMARHMNRAIDAIPTEALRQLMSWDWPGNVRELENVIERAVLLTRGNSLNLHLNVRQSRLLPTLNEDSALRSSMAQLLHPTTPENDEEERQRIVQVLRETNGIVAGPRGAATRLGMKRTTLLSRMQRLGISVREVL	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
EcoGene:	EG14219
Length:	670 (511)
Sequences:	392 (322)
Seq/√Len:	14.2

ECOLI - HYFR FHLA YGEV DHAR NORR RTCR NTRC PRPR TYRR GLRR ATOC
BACSU - YQIR ACOR ROCR

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
232_T	269_L	5.928	1.00
494_M	499_Q	4.582	1.00
330_E	334_L	4.427	1.00
327_L	330_E	4.286	1.00
357_L	513_L	4.150	1.00
490_D	493_Q	4.069	1.00
639_A	646_T	3.797	1.00
436_E	470_R	3.705	0.99
434_R	469_E	3.423	0.99
450_D	494_M	3.397	0.99
331_N	334_L	3.257	0.99
489_R	494_M	3.242	0.98
247_L	251_Q	3.118	0.98
309_I	313_N	3.104	0.98
420_D	430_T	3.031	0.98
368_D	539_H	3.018	0.98
327_L	334_L	2.993	0.97
533_T	547_I	2.975	0.97
485_A	508_L	2.919	0.97
493_Q	497_D	2.783	0.96
354_M	358_L	2.768	0.96
248_F	251_Q	2.734	0.96
654_T	657_S	2.656	0.95
653_T	657_S	2.553	0.93
174_I	192_M	2.550	0.93
413_E	458_K	2.525	0.93
450_D	485_A	2.509	0.93
535_K	568_E	2.466	0.92
354_M	564_V	2.460	0.92
529_A	547_I	2.457	0.92
651_K	654_T	2.455	0.92
419_H	431_H	2.426	0.92
334_L	337_Q	2.394	0.91
299_L	636_G	2.331	0.90
450_D	488_N	2.230	0.88
443_L	483_V	2.220	0.87
407_I	457_P	2.197	0.87
382_E	461_R	2.194	0.87
450_D	512_P	2.182	0.86
349_Y	431_H	2.132	0.85
379_T	515_L	2.097	0.84
395_R	513_L	2.066	0.83
420_D	477_I	2.044	0.82
374_C	643_G	2.014	0.81
434_R	470_R	1.978	0.80
225_E	230_T	1.949	0.79
434_R	476_T	1.930	0.79
515_L	576_L	1.918	0.78
373_I	539_H	1.913	0.78
627_I	659_M	1.906	0.78
632_R	636_G	1.902	0.78
319_S	322_D	1.899	0.77
327_L	331_N	1.880	0.77
405_A	413_E	1.860	0.76
638_V	654_T	1.855	0.76
420_D	470_R	1.847	0.75
635_N	652_R	1.832	0.75
576_L	658_R	1.821	0.74
412_L	451_L	1.813	0.74
409_A	454_E	1.802	0.73
455_L	575_V	1.783	0.73
367_S	576_L	1.782	0.73
361_V	384_I	1.782	0.73
269_L	283_L	1.775	0.72
327_L	357_L	1.775	0.72
320_M	323_L	1.775	0.72
420_D	473_G	1.765	0.72
269_L	281_A	1.756	0.71
394_R	480_N	1.744	0.71
583_L	651_K	1.729	0.70
384_I	523_E	1.724	0.70
470_R	477_I	1.712	0.69
222_M	225_E	1.711	0.69
358_L	577_L	1.710	0.69
326_S	330_E	1.708	0.69
637_I	646_T	1.704	0.69
401_K	469_E	1.703	0.69
622_E	626_R	1.696	0.69
399_L	441_G	1.677	0.68
434_R	451_L	1.660	0.67
374_C	492_W	1.649	0.66
412_L	636_G	1.644	0.66
457_P	636_G	1.621	0.65
226_S	230_T	1.616	0.65
538_R	624_R	1.615	0.65
376_E	519_R	1.610	0.65
373_I	384_I	1.601	0.64
619_N	622_E	1.592	0.64
638_V	643_G	1.585	0.63
632_R	635_N	1.582	0.63
299_L	307_I	1.580	0.63
330_E	333_Q	1.580	0.63
379_T	509_N	1.579	0.63
414_S	424_F	1.571	0.63
421_K	664_I	1.565	0.62
511_F	638_V	1.548	0.61
441_G	531_H	1.543	0.61
406_A	416_L	1.539	0.61
440_G	480_N	1.529	0.60
274_F	279_P	1.528	0.60
227_V	251_Q	1.516	0.60
511_F	659_M	1.501	0.59
434_R	569_N	1.497	0.59
324_Q	327_L	1.494	0.59
651_K	657_S	1.491	0.58
448_I	574_A	1.491	0.58
621_E	650_M	1.490	0.58
158_V	306_R	1.482	0.58
306_R	466_R	1.478	0.58
306_R	638_V	1.473	0.57
452_P	455_L	1.471	0.57
401_K	467_E	1.470	0.57
334_L	485_A	1.458	0.57
303_I	307_I	1.446	0.56
174_I	270_I	1.439	0.56
407_I	470_R	1.426	0.55
652_R	656_L	1.425	0.55
395_R	493_Q	1.421	0.55
274_F	533_T	1.421	0.55
434_R	568_E	1.415	0.54
634_T	647_R	1.411	0.54
448_I	660_Q	1.405	0.54
431_H	658_R	1.399	0.53
637_I	654_T	1.395	0.53
654_T	658_R	1.379	0.52
152_D	365_A	1.376	0.52
331_N	335_S	1.375	0.52
634_T	644_A	1.375	0.52
244_A	267_A	1.374	0.52
596_P	599_N	1.365	0.52
423_A	505_F	1.364	0.52
502_S	576_L	1.362	0.51
436_E	469_E	1.360	0.51
299_L	348_I	1.359	0.51
348_I	527_L	1.358	0.51
174_I	450_D	1.354	0.51
407_I	494_M	1.350	0.51
357_L	402_I	1.344	0.50
166_S	579_R	1.343	0.50
547_I	571_I	1.338	0.50
637_I	643_G	1.328	0.50
299_L	303_I	1.320	0.49
346_D	354_M	1.315	0.49
643_G	654_T	1.311	0.49
407_I	492_W	1.309	0.48
347_I	512_P	1.307	0.48
421_K	442_T	1.300	0.48
346_D	390_Q	1.300	0.48
327_L	485_A	1.299	0.48
467_E	476_T	1.295	0.48
488_N	494_M	1.283	0.47
229_L	241_T	1.282	0.47
168_L	192_M	1.279	0.47
399_L	513_L	1.276	0.47
436_E	477_I	1.273	0.47
625_Q	664_I	1.270	0.46
445_L	645_A	1.261	0.46
450_D	466_R	1.261	0.46
572_E	658_R	1.261	0.46
483_V	571_I	1.254	0.45
576_L	636_G	1.253	0.45
435_F	462_V	1.251	0.45
347_I	434_R	1.248	0.45
467_E	478_P	1.242	0.45
529_A	548_P	1.231	0.44
361_V	365_A	1.230	0.44
469_E	476_T	1.221	0.44
298_Q	564_V	1.220	0.44
268_L	586_H	1.219	0.44
281_A	411_L	1.218	0.44
230_T	251_Q	1.211	0.43
553_R	664_I	1.211	0.43
468_I	483_V	1.206	0.43
354_M	632_R	1.200	0.43
222_M	230_T	1.198	0.42
253_D	257_L	1.198	0.42
379_T	542_R	1.195	0.42
479_V	645_A	1.191	0.42
407_I	468_I	1.190	0.42
397_K	440_G	1.184	0.42
511_F	576_L	1.182	0.42
631_L	658_R	1.181	0.42
490_D	552_L	1.179	0.41
277_H	421_K	1.173	0.41
275_G	484_I	1.163	0.41
276_N	410_S	1.161	0.41
448_I	556_M	1.156	0.40
638_V	657_S	1.145	0.40
402_I	619_N	1.145	0.40
286_H	296_N	1.141	0.39
600_E	605_R	1.139	0.39
413_E	623_E	1.139	0.39
448_I	483_V	1.138	0.39
475_R	483_V	1.135	0.39
451_L	506_Y	1.133	0.39
517_P	597_T	1.133	0.39
194_L	298_Q	1.132	0.39
345_G	361_V	1.132	0.39
506_Y	623_E	1.131	0.39
443_L	508_L	1.130	0.39
170_L	305_D	1.129	0.39
510_V	573_R	1.127	0.39
155_R	520_D	1.125	0.39
468_I	478_P	1.122	0.38
322_D	396_D	1.119	0.38
373_I	443_L	1.114	0.38
295_E	339_L	1.110	0.38
222_M	227_V	1.110	0.38
548_P	585_L	1.100	0.37
348_I	647_R	1.099	0.37
428_I	476_T	1.097	0.37
412_L	638_V	1.093	0.37
402_I	555_L	1.092	0.37
187_L	190_V	1.092	0.37
526_P	529_A	1.091	0.37
532_F	571_I	1.087	0.37
457_P	470_R	1.083	0.36
285_A	654_T	1.077	0.36
628_V	664_I	1.074	0.36
646_T	654_T	1.072	0.36
407_I	434_R	1.071	0.36
434_R	636_G	1.069	0.36
272_L	308_A	1.068	0.36
574_A	634_T	1.066	0.36
351_S	458_K	1.064	0.36
230_T	267_A	1.061	0.35
243_R	247_L	1.056	0.35
333_Q	371_V	1.051	0.35
358_L	583_L	1.051	0.35
299_L	477_I	1.049	0.35
351_S	413_E	1.048	0.35
334_L	508_L	1.047	0.35
192_M	303_I	1.045	0.35
272_L	400_V	1.044	0.35
600_E	603_A	1.043	0.34
316_A	323_L	1.037	0.34
544_I	635_N	1.036	0.34
305_D	636_G	1.032	0.34
239_T	533_T	1.031	0.34
227_V	230_T	1.030	0.34
203_F	235_T	1.025	0.34
401_K	420_D	1.025	0.34
220_R	232_T	1.022	0.33
358_L	361_V	1.018	0.33
319_S	323_L	1.017	0.33
435_F	566_E	1.016	0.33
547_I	557_S	1.015	0.33
542_R	577_L	1.011	0.33
177_V	307_I	1.010	0.33
356_D	581_N	1.010	0.33
523_E	526_P	1.008	0.33
292_F	662_L	1.002	0.32
414_S	532_F	1.002	0.32
626_R	666_V	1.001	0.32
225_E	251_Q	0.998	0.32
374_C	452_P	0.998	0.32
475_R	496_E	0.993	0.32
179_R	496_E	0.992	0.32
401_K	436_E	0.989	0.32
220_R	226_S	0.986	0.32
419_H	424_F	0.982	0.32
181_I	638_V	0.978	0.31
154_H	630_V	0.970	0.31
358_L	564_V	0.970	0.31
643_G	657_S	0.967	0.31
180_E	373_I	0.965	0.31
361_V	624_R	0.962	0.31
324_Q	535_K	0.961	0.31
455_L	653_T	0.961	0.31
630_V	635_N	0.960	0.30
397_K	527_L	0.960	0.30
647_R	652_R	0.959	0.30
402_I	457_P	0.955	0.30
354_M	582_S	0.953	0.30
431_H	639_A	0.952	0.30
354_M	384_I	0.950	0.30
443_L	450_D	0.947	0.30
457_P	544_I	0.947	0.30
522_P	588_N	0.947	0.30
471_L	634_T	0.945	0.30
284_L	539_H	0.942	0.30
492_W	664_I	0.941	0.30
307_I	473_G	0.933	0.29
443_L	462_V	0.932	0.29
214_H	219_P	0.931	0.29
303_I	636_G	0.931	0.29
408_P	471_L	0.931	0.29
405_A	458_K	0.928	0.29
365_A	494_M	0.926	0.29
164_V	570_V	0.924	0.29
235_T	297_C	0.924	0.29
303_I	476_T	0.924	0.29
508_L	631_L	0.922	0.29
653_T	656_L	0.922	0.29
204_S	615_T	0.921	0.29
255_L	384_I	0.921	0.29
196_D	479_V	0.915	0.28
399_L	409_A	0.913	0.28
451_L	455_L	0.912	0.28
511_F	654_T	0.906	0.28
383_V	410_S	0.906	0.28
373_I	505_F	0.906	0.28
387_A	401_K	0.905	0.28
405_A	461_R	0.903	0.28
377_T	432_R	0.902	0.28
466_R	636_G	0.901	0.28
536_M	539_H	0.897	0.28
281_A	476_T	0.894	0.28
502_S	532_F	0.893	0.27
170_L	174_I	0.893	0.27
243_R	251_Q	0.889	0.27
408_P	667_R	0.887	0.27
583_L	643_G	0.886	0.27
468_I	515_L	0.885	0.27
301_Q	484_I	0.883	0.27
526_P	552_L	0.883	0.27
310_A	387_A	0.883	0.27
284_L	311_V	0.882	0.27
400_V	453_L	0.881	0.27
226_S	251_Q	0.881	0.27
359_Q	362_D	0.877	0.27
412_L	637_I	0.877	0.27
172_D	179_R	0.875	0.27
316_A	320_M	0.872	0.27
300_L	527_L	0.872	0.27
391_L	502_S	0.871	0.27
618_E	626_R	0.871	0.27
331_N	511_F	0.871	0.27
467_E	568_E	0.871	0.27
297_C	625_Q	0.870	0.26
185_F	511_F	0.869	0.26
508_L	658_R	0.867	0.26
462_V	468_I	0.865	0.26
379_T	465_E	0.865	0.26
356_D	360_Q	0.858	0.26
270_I	296_N	0.858	0.26
589_V	658_R	0.856	0.26
615_T	622_E	0.856	0.26
276_N	649_G	0.856	0.26
192_M	395_R	0.853	0.26
246_D	251_Q	0.852	0.26
179_R	384_I	0.852	0.26
643_G	646_T	0.850	0.26
643_G	651_K	0.846	0.25
155_R	219_P	0.846	0.25
226_S	232_T	0.844	0.25
315_D	354_M	0.842	0.25
428_I	541_N	0.839	0.25
359_Q	468_I	0.836	0.25
299_L	412_L	0.835	0.25
269_L	529_A	0.833	0.25
170_L	311_V	0.832	0.25
493_Q	543_A	0.830	0.25
296_N	406_A	0.829	0.25
450_D	525_I	0.829	0.25
575_V	666_V	0.828	0.25
361_V	597_T	0.823	0.25
384_I	564_V	0.822	0.24
434_R	494_M	0.822	0.24
369_S	469_E	0.822	0.24
189_S	210_L	0.821	0.24
229_L	551_A	0.816	0.24
358_L	384_I	0.815	0.24
193_V	361_V	0.814	0.24
312_G	564_V	0.811	0.24
387_A	436_E	0.811	0.24
231_Q	239_T	0.809	0.24
605_R	610_Q	0.809	0.24
522_P	525_I	0.804	0.24
197_H	443_L	0.803	0.24
604_L	609_A	0.803	0.24
605_R	611_L	0.802	0.24
485_A	512_P	0.802	0.24
347_I	387_A	0.799	0.24
367_S	498_R	0.799	0.24
483_V	612_L	0.797	0.23
355_E	513_L	0.794	0.23
467_E	492_W	0.794	0.23
152_D	499_Q	0.792	0.23
158_V	161_T	0.791	0.23
420_D	434_R	0.790	0.23
449_G	487_T	0.790	0.23
327_L	370_T	0.790	0.23
307_I	536_M	0.788	0.23
347_I	368_D	0.787	0.23
511_F	540_M	0.787	0.23
232_T	247_L	0.783	0.23
164_V	534_Q	0.782	0.23
388_I	525_I	0.782	0.23
236_R	443_L	0.781	0.23
633_E	647_R	0.781	0.23
508_L	576_L	0.780	0.23
424_F	532_F	0.780	0.23
311_V	419_H	0.779	0.23
407_I	632_R	0.777	0.23
348_I	620_D	0.775	0.23
161_T	309_I	0.771	0.22
388_I	649_G	0.768	0.22
542_R	626_R	0.767	0.22
337_Q	348_I	0.763	0.22
153_H	299_L	0.763	0.22
407_I	479_V	0.760	0.22
450_D	489_R	0.760	0.22
364_V	510_V	0.759	0.22
498_R	552_L	0.757	0.22
172_D	321_T	0.757	0.22
467_E	566_E	0.756	0.22
230_T	284_L	0.756	0.22
204_S	408_P	0.756	0.22
374_C	421_K	0.754	0.22
405_A	437_I	0.754	0.22
368_D	373_I	0.753	0.22
431_H	489_R	0.753	0.22
423_A	471_L	0.752	0.22
405_A	505_F	0.752	0.22
244_A	250_W	0.752	0.22
265_E	537_A	0.751	0.22
318_R	321_T	0.750	0.22
407_I	531_H	0.749	0.22
317_W	323_L	0.748	0.22
347_I	361_V	0.748	0.22
188_A	377_T	0.747	0.22
480_N	624_R	0.747	0.22
376_E	517_P	0.746	0.22
243_R	249_L	0.746	0.22
175_A	564_V	0.745	0.22
536_M	575_V	0.743	0.21
347_I	517_P	0.740	0.21
404_C	445_L	0.739	0.21
434_R	639_A	0.739	0.21
651_K	656_L	0.739	0.21
264_C	423_A	0.739	0.21
534_Q	568_E	0.737	0.21
410_S	498_R	0.737	0.21
547_I	631_L	0.737	0.21
190_V	468_I	0.734	0.21
474_S	499_Q	0.733	0.21
342_L	531_H	0.732	0.21
637_I	661_R	0.731	0.21
160_I	250_W	0.730	0.21
354_M	441_G	0.729	0.21
174_I	305_D	0.728	0.21
185_F	661_R	0.724	0.21
437_I	469_E	0.723	0.21
179_R	538_R	0.722	0.21
529_A	660_Q	0.722	0.21
258_L	423_A	0.721	0.21
360_Q	587_L	0.721	0.21
467_E	471_L	0.717	0.20
289_S	513_L	0.716	0.20
457_P	637_I	0.716	0.20
465_E	496_E	0.716	0.20
470_R	657_S	0.716	0.20
630_V	644_A	0.715	0.20
413_E	505_F	0.714	0.20
651_K	658_R	0.714	0.20
407_I	656_L	0.714	0.20
526_P	635_N	0.713	0.20
436_E	473_G	0.712	0.20
309_I	369_S	0.711	0.20
296_N	351_S	0.710	0.20
615_T	626_R	0.710	0.20
334_L	483_V	0.710	0.20
473_G	535_K	0.710	0.20
277_H	296_N	0.706	0.20
576_L	631_L	0.705	0.20
543_A	611_L	0.704	0.20
303_I	329_Q	0.704	0.20
512_P	573_R	0.704	0.20
185_F	286_H	0.702	0.20
172_D	480_N	0.701	0.20
496_E	625_Q	0.701	0.20
235_T	407_I	0.697	0.20
242_H	307_I	0.697	0.20
296_N	484_I	0.695	0.20
320_M	508_L	0.695	0.20
627_I	655_L	0.695	0.20
318_R	322_D	0.694	0.20
356_D	520_D	0.694	0.20
569_N	651_K	0.694	0.20
293_S	484_I	0.693	0.20
413_E	455_L	0.693	0.20
327_L	333_Q	0.692	0.20
637_I	657_S	0.692	0.20
431_H	578_T	0.692	0.20
233_L	431_H	0.691	0.20
431_H	495_V	0.691	0.20
419_H	568_E	0.691	0.20
161_T	166_S	0.690	0.20
560_W	572_E	0.689	0.20
217_C	348_I	0.688	0.19
387_A	470_R	0.688	0.19
520_D	529_A	0.688	0.19
407_I	450_D	0.687	0.19
574_A	656_L	0.686	0.19
609_A	612_L	0.686	0.19
157_L	623_E	0.683	0.19
220_R	225_E	0.682	0.19
233_L	241_T	0.682	0.19
347_I	467_E	0.682	0.19
532_F	661_R	0.680	0.19
226_S	250_W	0.679	0.19
576_L	619_N	0.679	0.19
304_A	388_I	0.679	0.19
434_R	468_I	0.679	0.19
435_F	488_N	0.678	0.19
388_I	439_D	0.678	0.19
410_S	483_V	0.677	0.19
542_R	575_V	0.677	0.19
214_H	220_R	0.676	0.19
544_I	571_I	0.676	0.19
177_V	477_I	0.676	0.19
181_I	443_L	0.675	0.19
184_F	410_S	0.675	0.19
622_E	650_M	0.674	0.19
558_W	658_R	0.673	0.19
552_L	622_E	0.671	0.19
421_K	650_M	0.670	0.19
171_D	471_L	0.669	0.19
169_D	400_V	0.668	0.19
547_I	660_Q	0.667	0.19
626_R	654_T	0.667	0.19
627_I	662_L	0.667	0.19
500_F	504_L	0.666	0.19
212_A	395_R	0.664	0.19
470_R	476_T	0.663	0.19
160_I	474_S	0.661	0.19
588_N	636_G	0.660	0.19
526_P	652_R	0.659	0.19
226_S	229_L	0.659	0.19
558_W	576_L	0.658	0.18
636_G	643_G	0.657	0.18
470_R	644_A	0.656	0.18
412_L	448_I	0.656	0.18
202_K	450_D	0.655	0.18
231_Q	235_T	0.655	0.18
416_L	473_G	0.654	0.18
269_L	530_K	0.653	0.18
303_I	395_R	0.652	0.18
186_G	660_Q	0.651	0.18
187_L	377_T	0.648	0.18
638_V	653_T	0.647	0.18
515_L	578_T	0.647	0.18
595_L	598_L	0.647	0.18
157_L	413_E	0.647	0.18
333_Q	367_S	0.643	0.18
181_I	190_V	0.642	0.18
164_V	191_S	0.640	0.18
326_S	329_Q	0.638	0.18
572_E	643_G	0.637	0.18
347_I	383_V	0.635	0.18
473_G	644_A	0.635	0.18
235_T	576_L	0.632	0.18
488_N	528_L	0.631	0.18
158_V	434_R	0.631	0.18
183_H	659_M	0.630	0.18
194_L	649_G	0.628	0.18
470_R	566_E	0.628	0.18
241_T	247_L	0.628	0.18
156_V	356_D	0.627	0.17
402_I	517_P	0.625	0.17
236_R	468_I	0.625	0.17
413_E	488_N	0.622	0.17
572_E	631_L	0.622	0.17
198_R	443_L	0.621	0.17
185_F	399_L	0.620	0.17
597_T	609_A	0.620	0.17
172_D	224_G	0.618	0.17
236_R	278_T	0.618	0.17
272_L	655_L	0.617	0.17
220_R	230_T	0.617	0.17
473_G	477_I	0.615	0.17
450_D	620_D	0.614	0.17
370_T	401_K	0.614	0.17
508_L	558_W	0.614	0.17
295_E	660_Q	0.612	0.17
342_L	391_L	0.612	0.17
232_T	505_F	0.610	0.17
187_L	653_T	0.607	0.17
552_L	581_N	0.607	0.17
173_L	312_G	0.607	0.17
185_F	189_S	0.606	0.17
313_N	515_L	0.605	0.17
394_R	425_T	0.605	0.17
434_R	437_I	0.605	0.17
264_C	383_V	0.604	0.17
283_L	506_Y	0.604	0.17
170_L	569_N	0.603	0.17
174_I	409_A	0.602	0.17
374_C	653_T	0.601	0.17
401_K	662_L	0.601	0.17
466_R	623_E	0.600	0.17
268_L	454_E	0.600	0.17
455_L	636_G	0.599	0.17
382_E	387_A	0.599	0.17
502_S	631_L	0.597	0.17
214_H	248_F	0.597	0.17
292_F	313_N	0.597	0.17
638_V	651_K	0.597	0.17
224_G	276_N	0.596	0.17
643_G	653_T	0.594	0.16
436_E	462_V	0.594	0.16
181_I	303_I	0.593	0.16
361_V	494_M	0.592	0.16
364_V	512_P	0.592	0.16
154_H	399_L	0.592	0.16
205_L	208_S	0.592	0.16
639_A	643_G	0.592	0.16
576_L	622_E	0.591	0.16
420_D	436_E	0.590	0.16
296_N	630_V	0.590	0.16
242_H	633_E	0.588	0.16
274_F	400_V	0.588	0.16
532_F	622_E	0.588	0.16
637_I	652_R	0.588	0.16
197_H	488_N	0.587	0.16
330_E	602_S	0.586	0.16
494_M	569_N	0.585	0.16
284_L	310_A	0.585	0.16
350_Q	588_N	0.583	0.16
411_L	560_W	0.583	0.16
452_P	512_P	0.582	0.16
278_T	448_I	0.581	0.16
450_D	457_P	0.581	0.16
198_R	484_I	0.580	0.16
513_L	520_D	0.579	0.16
400_V	478_P	0.579	0.16
552_L	609_A	0.579	0.16
159_D	399_L	0.578	0.16
508_L	594_L	0.578	0.16
576_L	583_L	0.578	0.16
192_M	267_A	0.577	0.16
480_N	546_A	0.576	0.16
373_I	396_D	0.575	0.16
161_T	533_T	0.575	0.16
272_L	557_S	0.574	0.16
356_D	450_D	0.574	0.16
655_L	659_M	0.573	0.16
169_D	172_D	0.572	0.16
170_L	314_A	0.572	0.16
634_T	651_K	0.572	0.16
652_R	657_S	0.571	0.16
185_F	292_F	0.568	0.16
336_E	454_E	0.568	0.16
234_Q	238_P	0.568	0.16
372_L	512_P	0.568	0.16
332_H	348_I	0.567	0.16
526_P	583_L	0.566	0.16
386_R	413_E	0.566	0.16
412_L	416_L	0.566	0.16
464_Q	510_V	0.566	0.16
312_G	483_V	0.565	0.16
164_V	457_P	0.564	0.16
463_L	483_V	0.563	0.16
420_D	431_H	0.563	0.16
406_A	519_R	0.563	0.16
353_A	397_K	0.563	0.16
241_T	267_A	0.561	0.15
157_L	564_V	0.560	0.15
213_S	242_H	0.560	0.15
240_L	484_I	0.559	0.15
244_A	398_P	0.558	0.15
451_L	636_G	0.558	0.15
560_W	662_L	0.557	0.15
452_P	467_E	0.557	0.15
407_I	541_N	0.555	0.15
353_A	373_I	0.554	0.15
386_R	409_A	0.554	0.15
315_D	587_L	0.553	0.15
558_W	561_P	0.552	0.15
371_V	436_E	0.552	0.15
468_I	473_G	0.551	0.15
643_G	659_M	0.551	0.15
544_I	575_V	0.551	0.15
509_N	579_R	0.550	0.15
350_Q	353_A	0.550	0.15
457_P	498_R	0.549	0.15
387_A	567_L	0.548	0.15
361_V	453_L	0.547	0.15
164_V	575_V	0.546	0.15
373_I	522_P	0.546	0.15
444_F	477_I	0.546	0.15
587_L	650_M	0.545	0.15
407_I	633_E	0.544	0.15
525_I	605_R	0.544	0.15
194_L	484_I	0.543	0.15
373_I	616_T	0.543	0.15
480_N	606_S	0.543	0.15
270_I	301_Q	0.543	0.15
187_L	654_T	0.541	0.15
168_L	336_E	0.539	0.15
270_I	400_V	0.539	0.15
311_V	457_P	0.539	0.15
227_V	509_N	0.539	0.15
439_D	477_I	0.538	0.15
158_V	570_V	0.538	0.15
325_E	496_E	0.537	0.15
410_S	455_L	0.536	0.15
267_A	283_L	0.536	0.15
617_P	649_G	0.534	0.15
181_I	317_W	0.533	0.15
317_W	320_M	0.533	0.15
309_I	643_G	0.533	0.15
357_L	440_G	0.533	0.15
541_N	613_H	0.533	0.15
600_E	604_L	0.533	0.15
540_M	653_T	0.532	0.15
192_M	229_L	0.532	0.15
480_N	543_A	0.532	0.15
203_F	289_S	0.531	0.15
474_S	517_P	0.531	0.15
270_I	300_L	0.530	0.15
583_L	587_L	0.530	0.15
638_V	659_M	0.530	0.15
282_L	547_I	0.529	0.15
374_C	379_T	0.529	0.15
517_P	655_L	0.529	0.15
575_V	636_G	0.528	0.15
451_L	638_V	0.524	0.14
367_S	578_T	0.524	0.14
374_C	657_S	0.524	0.14
246_D	578_T	0.524	0.14
272_L	282_L	0.523	0.14
236_R	300_L	0.523	0.14
333_Q	336_E	0.522	0.14
244_A	247_L	0.521	0.14
325_E	334_L	0.520	0.14
594_L	631_L	0.520	0.14
384_I	510_V	0.519	0.14
469_E	637_I	0.519	0.14
453_L	554_Q	0.519	0.14
477_I	664_I	0.519	0.14
195_G	287_T	0.519	0.14
181_I	483_V	0.518	0.14
451_L	470_R	0.518	0.14
271_P	278_T	0.518	0.14
598_L	611_L	0.517	0.14
152_D	319_S	0.517	0.14
186_G	633_E	0.517	0.14
626_R	629_Q	0.514	0.14
210_L	305_D	0.513	0.14
412_L	455_L	0.513	0.14
484_I	556_M	0.513	0.14
170_L	399_L	0.511	0.14
369_S	579_R	0.511	0.14
285_A	633_E	0.510	0.14
157_L	271_P	0.509	0.14
227_V	247_L	0.509	0.14
284_L	540_M	0.509	0.14
205_L	564_V	0.508	0.14
241_T	244_A	0.508	0.14
466_R	632_R	0.507	0.14
162_N	471_L	0.507	0.14
196_D	279_P	0.507	0.14
243_R	480_N	0.507	0.14
550_E	583_L	0.506	0.14
529_A	552_L	0.504	0.14
401_K	512_P	0.504	0.14
511_F	646_T	0.504	0.14
451_L	659_M	0.504	0.14
477_I	608_M	0.503	0.14
209_D	267_A	0.502	0.14
515_L	657_S	0.502	0.14
405_A	651_K	0.501	0.14
299_L	305_D	0.501	0.14
251_Q	267_A	0.500	0.14

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
4l4uA	2	0.5701	100	0.51	Contact Map
3dzdA	2	0.5373	100	0.616	Contact Map
1ojlA	3	0.4493	100	0.629	Contact Map
4fwgA	3	0.5836	100	0.725	Contact Map
4qhsA	3	0.3642	100	0.782	Contact Map
4qosA	1	0.3582	100	0.784	Contact Map
1r6bX	1	0.697	100	0.795	Contact Map
1qvrA	3	0.7806	100	0.796	Contact Map
4ciuA	1	0.709	100	0.799	Contact Map
4d2uA	3	0.8134	100	0.804	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0142 seconds.