YRAK - ECOLI - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

YRAK - Uncharacterized fimbrial-like protein YraK

UniProt:	P43319	Sequences: MKRAPLITGLLLISTSCAYASSGGCGADSTSGATNYSSVVDDVTVNQTDNVTGREFTSATLSSTNWQYACSCSAGKAVKLVYMVSPVLTTTGHQTGYYKLNDSLDIKTTLQANDIPGLTTDQVVSVNTRFTQIKNNTVYSAATQTGVCQGDTSRYGPVNIGANTTFTLYVTKPFLGSMTIPKTDIAVIKGAWVDGMGSPSTGDFHDLVKLSIQGNLTAPQSCKINQGDVIKVNFGFINGQKFTTRNAMPDGFTPVDFDITYDCGDTSKIKNSLQMRIDGTTGVVDQYNLVARRRSSDNVPDVGIRIENLGGGVANIPFQNGILPVDPSGHGTVNMRAWPVNLVGGELETGKFQGTATITVIVR	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
EcoGene:	EG12776
Length:	363 (321)
Sequences:	221 (183)
Seq/√Len:	10.2

ECOLI - YRAK ELFG SFMH

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
307_E	338_W	4.751	1.00
190_G	207_L	4.435	0.99
343_V	347_L	3.856	0.99
72_C	148_C	3.853	0.98
276_R	361_I	3.568	0.97
237_I	352_F	3.524	0.97
279_G	290_V	3.260	0.96
168_L	216_L	3.083	0.94
246_N	316_I	3.080	0.94
173_P	214_G	3.030	0.93
232_V	257_F	2.874	0.91
9_G	15_T	2.718	0.89
110_L	188_I	2.632	0.87
181_P	214_G	2.625	0.87
174_F	216_L	2.621	0.87
308_N	312_G	2.598	0.86
70_C	176_G	2.558	0.86
105_D	171_T	2.486	0.84
104_L	170_V	2.274	0.78
12_L	15_T	2.239	0.77
220_Q	298_N	2.192	0.75
341_N	347_L	2.136	0.73
66_W	161_G	2.112	0.72
161_G	164_T	2.112	0.72
94_Q	104_L	2.042	0.70
219_P	237_I	1.873	0.63
97_Y	207_L	1.836	0.61
161_G	208_V	1.831	0.61
60_T	164_T	1.825	0.60
241_K	251_G	1.820	0.60
174_F	220_Q	1.796	0.59
234_F	252_F	1.783	0.59
15_T	19_Y	1.778	0.58
291_A	304_I	1.749	0.57
306_I	312_G	1.749	0.57
228_D	354_G	1.749	0.57
96_G	107_K	1.741	0.57
173_P	321_G	1.739	0.57
219_P	352_F	1.728	0.56
174_F	191_A	1.710	0.55
109_T	165_T	1.701	0.55
314_A	319_Q	1.695	0.55
232_V	354_G	1.682	0.54
135_N	161_G	1.680	0.54
220_Q	341_N	1.677	0.54
215_N	221_S	1.676	0.54
230_I	331_G	1.668	0.53
207_L	229_V	1.650	0.53
176_G	302_V	1.638	0.52
70_C	302_V	1.603	0.50
223_K	228_D	1.593	0.50
101_N	206_D	1.570	0.49
304_I	342_L	1.563	0.49
298_N	347_L	1.559	0.48
302_V	349_T	1.551	0.48
218_A	273_L	1.546	0.48
99_K	171_T	1.541	0.47
222_C	263_C	1.528	0.47
227_G	230_I	1.504	0.46
331_G	357_T	1.466	0.44
252_F	304_I	1.460	0.44
183_T	214_G	1.448	0.43
97_Y	179_T	1.419	0.42
68_Y	306_I	1.414	0.42
227_G	303_G	1.410	0.42
63_S	85_S	1.403	0.41
282_G	342_L	1.401	0.41
128_T	208_V	1.398	0.41
180_I	298_N	1.397	0.41
291_A	296_S	1.393	0.41
164_T	210_L	1.390	0.41
180_I	301_D	1.387	0.40
234_F	352_F	1.385	0.40
222_C	339_P	1.379	0.40
58_S	102_D	1.373	0.40
266_T	329_G	1.367	0.40
29_S	300_P	1.359	0.39
308_N	343_V	1.358	0.39
110_L	168_L	1.357	0.39
135_N	190_G	1.353	0.39
220_Q	344_G	1.352	0.39
245_R	252_F	1.347	0.39
321_G	329_G	1.347	0.39
218_A	301_D	1.344	0.39
23_G	164_T	1.335	0.38
8_T	18_A	1.326	0.38
191_A	347_L	1.320	0.38
32_G	81_V	1.319	0.37
289_L	304_I	1.318	0.37
40_V	183_T	1.317	0.37
130_F	164_T	1.315	0.37
176_G	214_G	1.294	0.36
135_N	160_I	1.290	0.36
40_V	185_I	1.284	0.36
14_S	185_I	1.280	0.36
175_L	304_I	1.263	0.35
103_S	261_Y	1.262	0.35
11_L	64_T	1.261	0.35
97_Y	324_P	1.259	0.35
225_N	230_I	1.257	0.35
216_L	266_T	1.256	0.35
244_T	341_N	1.255	0.35
241_K	266_T	1.252	0.35
96_G	105_D	1.241	0.34
9_G	12_L	1.230	0.34
174_F	181_P	1.229	0.34
234_F	257_F	1.222	0.33
106_I	186_A	1.222	0.33
108_T	186_A	1.218	0.33
162_A	301_D	1.209	0.33
266_T	335_M	1.208	0.33
219_P	228_D	1.205	0.33
242_F	341_N	1.204	0.33
186_A	208_V	1.186	0.32
286_Q	312_G	1.181	0.32
263_C	339_P	1.177	0.32
108_T	212_I	1.177	0.32
304_I	357_T	1.172	0.31
323_L	357_T	1.169	0.31
38_S	212_I	1.169	0.31
161_G	188_I	1.162	0.31
101_N	174_F	1.148	0.30
259_I	302_V	1.144	0.30
274_Q	334_N	1.144	0.30
318_F	322_I	1.138	0.30
12_L	310_G	1.137	0.30
78_V	195_G	1.137	0.30
204_F	236_F	1.134	0.30
258_D	335_M	1.133	0.30
70_C	98_Y	1.124	0.29
272_S	349_T	1.114	0.29
331_G	338_W	1.110	0.29
232_V	346_E	1.109	0.29
213_Q	275_M	1.103	0.29
103_S	217_T	1.099	0.29
22_S	71_S	1.094	0.28
8_T	41_D	1.094	0.28
291_A	342_L	1.089	0.28
97_Y	169_Y	1.082	0.28
60_T	279_G	1.078	0.28
175_L	223_K	1.070	0.27
355_T	358_I	1.068	0.27
100_L	267_S	1.063	0.27
148_C	176_G	1.061	0.27
38_S	185_I	1.059	0.27
130_F	135_N	1.058	0.27
279_G	287_Y	1.053	0.27
303_G	340_V	1.052	0.27
189_K	207_L	1.051	0.27
261_Y	268_K	1.048	0.27
319_Q	335_M	1.042	0.26
187_V	209_K	1.037	0.26
220_Q	347_L	1.027	0.26
117_G	219_P	1.022	0.26
19_Y	59_A	1.020	0.26
209_K	247_A	1.016	0.25
55_E	79_K	1.012	0.25
69_A	149_Q	1.007	0.25
191_A	298_N	0.999	0.25
195_G	267_S	0.997	0.25
27_A	207_L	0.996	0.25
304_I	347_L	0.993	0.25
67_Q	211_S	0.983	0.24
247_A	318_F	0.975	0.24
298_N	343_V	0.974	0.24
236_F	327_P	0.973	0.24
249_P	352_F	0.973	0.24
81_V	84_V	0.972	0.24
224_I	307_E	0.971	0.24
331_G	341_N	0.967	0.24
96_G	361_I	0.965	0.24
271_N	333_V	0.960	0.24
117_G	275_M	0.959	0.24
48_T	301_D	0.956	0.23
223_K	262_D	0.956	0.23
8_T	19_Y	0.954	0.23
276_R	331_G	0.954	0.23
167_T	186_A	0.954	0.23
252_F	331_G	0.953	0.23
80_L	188_I	0.953	0.23
23_G	277_I	0.946	0.23
11_L	39_V	0.945	0.23
168_L	188_I	0.937	0.23
314_A	331_G	0.936	0.23
74_A	104_L	0.934	0.23
40_V	57_T	0.932	0.23
147_V	207_L	0.930	0.23
314_A	317_P	0.915	0.22
180_I	214_G	0.915	0.22
99_K	337_A	0.914	0.22
273_L	361_I	0.914	0.22
105_D	216_L	0.914	0.22
254_P	307_E	0.909	0.22
261_Y	354_G	0.905	0.22
39_V	212_I	0.905	0.22
93_H	195_G	0.901	0.22
53_G	356_A	0.899	0.22
222_C	350_G	0.899	0.22
55_E	130_F	0.895	0.21
305_R	358_I	0.888	0.21
308_N	347_L	0.888	0.21
314_A	341_N	0.887	0.21
176_G	347_L	0.887	0.21
296_S	337_A	0.886	0.21
312_G	327_P	0.880	0.21
232_V	235_G	0.877	0.21
181_P	347_L	0.874	0.21
83_M	207_L	0.874	0.21
78_V	185_I	0.870	0.21
341_N	344_G	0.869	0.21
50_N	72_C	0.866	0.21
276_R	347_L	0.865	0.21
14_S	20_A	0.862	0.20
211_S	249_P	0.859	0.20
260_T	335_M	0.855	0.20
225_N	232_V	0.853	0.20
220_Q	343_V	0.852	0.20
245_R	338_W	0.851	0.20
48_T	233_N	0.850	0.20
79_K	148_C	0.848	0.20
106_I	169_Y	0.844	0.20
185_I	302_V	0.842	0.20
46_N	49_D	0.839	0.20
238_N	241_K	0.835	0.20
259_I	307_E	0.835	0.20
128_T	147_V	0.832	0.20
170_V	341_N	0.829	0.19
99_K	340_V	0.828	0.19
16_S	277_I	0.827	0.19
245_R	341_N	0.825	0.19
317_P	341_N	0.822	0.19
174_F	298_N	0.821	0.19
148_C	251_G	0.820	0.19
232_V	268_K	0.820	0.19
321_G	361_I	0.817	0.19
53_G	339_P	0.817	0.19
276_R	323_L	0.817	0.19
75_G	133_I	0.816	0.19
94_Q	354_G	0.813	0.19
8_T	13_I	0.813	0.19
135_N	210_L	0.812	0.19
98_Y	161_G	0.812	0.19
172_K	333_V	0.811	0.19
9_G	17_C	0.810	0.19
168_L	265_D	0.810	0.19
99_K	277_I	0.809	0.19
257_F	335_M	0.804	0.19
277_I	337_A	0.804	0.19
179_T	215_N	0.804	0.19
132_Q	207_L	0.803	0.19
135_N	164_T	0.803	0.19
316_I	349_T	0.801	0.19
298_N	344_G	0.801	0.19
242_F	333_V	0.801	0.19
110_L	161_G	0.801	0.19
88_L	235_G	0.800	0.19
100_L	323_L	0.798	0.19
100_L	105_D	0.798	0.19
266_T	271_N	0.796	0.19
158_V	207_L	0.791	0.18
70_C	181_P	0.791	0.18
278_D	338_W	0.787	0.18
8_T	11_L	0.782	0.18
173_P	267_S	0.779	0.18
68_Y	255_V	0.777	0.18
48_T	194_D	0.777	0.18
13_I	18_A	0.774	0.18
69_A	74_A	0.772	0.18
334_N	356_A	0.771	0.18
262_D	337_A	0.770	0.18
342_L	347_L	0.770	0.18
227_G	301_D	0.770	0.18
100_L	230_I	0.769	0.18
247_A	338_W	0.769	0.18
104_L	174_F	0.766	0.18
185_I	188_I	0.766	0.18
98_Y	169_Y	0.761	0.18
220_Q	301_D	0.759	0.18
108_T	192_W	0.758	0.18
332_T	356_A	0.757	0.17
34_T	157_P	0.756	0.17
300_P	314_A	0.756	0.17
174_F	214_G	0.753	0.17
303_G	344_G	0.750	0.17
271_N	290_V	0.748	0.17
229_V	334_N	0.748	0.17
15_T	234_F	0.747	0.17
25_C	242_F	0.746	0.17
240_Q	259_I	0.745	0.17
32_G	331_G	0.744	0.17
44_T	177_S	0.743	0.17
94_Q	228_D	0.743	0.17
275_M	322_I	0.742	0.17
55_E	69_A	0.741	0.17
232_V	255_V	0.739	0.17
218_A	356_A	0.736	0.17
115_I	264_G	0.735	0.17
84_V	130_F	0.732	0.17
99_K	102_D	0.732	0.17
62_S	190_G	0.730	0.17
305_R	335_M	0.730	0.17
115_I	194_D	0.727	0.17
305_R	317_P	0.727	0.17
204_F	251_G	0.723	0.17
23_G	62_S	0.722	0.17
11_L	19_Y	0.719	0.16
333_V	360_V	0.718	0.16
80_L	89_T	0.717	0.16
135_N	207_L	0.716	0.16
71_S	302_V	0.716	0.16
33_A	179_T	0.716	0.16
296_S	340_V	0.714	0.16
290_V	303_G	0.713	0.16
304_I	331_G	0.707	0.16
314_A	338_W	0.706	0.16
66_W	168_L	0.705	0.16
13_I	231_K	0.705	0.16
254_P	305_R	0.704	0.16
318_F	355_T	0.703	0.16
16_S	19_Y	0.703	0.16
219_P	224_I	0.701	0.16
96_G	331_G	0.699	0.16
27_A	230_I	0.698	0.16
185_I	273_L	0.696	0.16
355_T	359_T	0.693	0.16
100_L	162_A	0.690	0.16
21_S	29_S	0.690	0.16
275_M	360_V	0.687	0.16
187_V	228_D	0.687	0.16
25_C	174_F	0.687	0.16
99_K	187_V	0.686	0.16
214_G	220_Q	0.685	0.16
279_G	346_E	0.684	0.16
36_Y	192_W	0.684	0.16
91_T	166_F	0.683	0.16
41_D	118_L	0.681	0.16
263_C	350_G	0.680	0.16
176_G	264_G	0.676	0.15
128_T	328_S	0.673	0.15
168_L	338_W	0.670	0.15
223_K	242_F	0.670	0.15
25_C	28_D	0.669	0.15
72_C	183_T	0.668	0.15
64_T	354_G	0.666	0.15
97_Y	189_K	0.666	0.15
237_I	297_D	0.665	0.15
232_V	261_Y	0.665	0.15
188_I	352_F	0.665	0.15
308_N	341_N	0.664	0.15
223_K	257_F	0.663	0.15
108_T	161_G	0.661	0.15
32_G	62_S	0.660	0.15
107_K	178_M	0.659	0.15
33_A	277_I	0.658	0.15
233_N	250_D	0.657	0.15
176_G	349_T	0.656	0.15
115_I	267_S	0.655	0.15
249_P	340_V	0.654	0.15
333_V	337_A	0.654	0.15
85_S	234_F	0.651	0.15
10_L	308_N	0.650	0.15
48_T	170_V	0.650	0.15
132_Q	135_N	0.649	0.15
329_G	354_G	0.649	0.15
12_L	102_D	0.648	0.15
15_T	22_S	0.648	0.15
15_T	18_A	0.647	0.15
23_G	27_A	0.647	0.15
219_P	225_N	0.645	0.15
82_Y	190_G	0.645	0.15
195_G	250_D	0.644	0.15
167_T	297_D	0.643	0.15
105_D	230_I	0.641	0.15
53_G	101_N	0.640	0.15
10_L	131_T	0.639	0.15
106_I	271_N	0.639	0.15
27_A	161_G	0.638	0.15
100_L	259_I	0.638	0.15
89_T	195_G	0.636	0.14
296_S	304_I	0.632	0.14
72_C	168_L	0.632	0.14
223_K	344_G	0.631	0.14
289_L	345_G	0.626	0.14
188_I	211_S	0.625	0.14
25_C	289_L	0.624	0.14
322_I	326_D	0.623	0.14
32_G	109_T	0.622	0.14
312_G	340_V	0.621	0.14
42_D	55_E	0.621	0.14
168_L	337_A	0.618	0.14
37_S	195_G	0.617	0.14
321_G	326_D	0.617	0.14
20_A	344_G	0.617	0.14
35_N	209_K	0.616	0.14
220_Q	266_T	0.616	0.14
41_D	85_S	0.614	0.14
22_S	207_L	0.613	0.14
300_P	360_V	0.610	0.14
273_L	296_S	0.608	0.14
247_A	324_P	0.607	0.14
130_F	160_I	0.606	0.14
348_E	353_Q	0.606	0.14
290_V	341_N	0.605	0.14
46_N	172_K	0.604	0.14
39_V	102_D	0.602	0.14
103_S	106_I	0.600	0.14
9_G	151_D	0.598	0.14
23_G	308_N	0.597	0.14
244_T	254_P	0.596	0.14
330_H	358_I	0.595	0.14
27_A	164_T	0.587	0.13
184_D	211_S	0.585	0.13
222_C	303_G	0.585	0.13
189_K	237_I	0.583	0.13
216_L	308_N	0.583	0.13
102_D	216_L	0.581	0.13
220_Q	265_D	0.580	0.13
256_D	283_V	0.579	0.13
232_V	287_Y	0.579	0.13
220_Q	242_F	0.578	0.13
302_V	359_T	0.578	0.13
157_P	212_I	0.577	0.13
240_Q	351_K	0.577	0.13
82_Y	188_I	0.576	0.13
291_A	329_G	0.575	0.13
282_G	355_T	0.574	0.13
291_A	354_G	0.571	0.13
68_Y	207_L	0.571	0.13
104_L	355_T	0.563	0.13
224_I	304_I	0.562	0.13
103_S	359_T	0.561	0.13
261_Y	265_D	0.558	0.13
72_C	353_Q	0.557	0.13
256_D	360_V	0.556	0.13
62_S	208_V	0.555	0.13
63_S	148_C	0.551	0.13
252_F	318_F	0.549	0.13
17_C	223_K	0.548	0.13
37_S	40_V	0.544	0.12
342_L	359_T	0.544	0.12
18_A	32_G	0.543	0.12
275_M	342_L	0.539	0.12
103_S	316_I	0.538	0.12
251_G	285_D	0.537	0.12
84_V	188_I	0.536	0.12
339_P	350_G	0.534	0.12
212_I	337_A	0.534	0.12
135_N	208_V	0.534	0.12
74_A	94_Q	0.533	0.12
49_D	291_A	0.530	0.12
205_H	315_N	0.530	0.12
229_V	358_I	0.529	0.12
304_I	355_T	0.529	0.12
25_C	220_Q	0.525	0.12
234_F	258_D	0.524	0.12
9_G	16_S	0.524	0.12
291_A	331_G	0.524	0.12
95_T	109_T	0.523	0.12
128_T	132_Q	0.521	0.12
248_M	254_P	0.519	0.12
214_G	352_F	0.519	0.12
179_T	205_H	0.518	0.12
184_D	187_V	0.517	0.12
183_T	357_T	0.517	0.12
66_W	81_V	0.517	0.12
276_R	359_T	0.515	0.12
38_S	166_F	0.515	0.12
37_S	216_L	0.514	0.12
11_L	18_A	0.513	0.12
98_Y	110_L	0.509	0.12
266_T	269_I	0.509	0.12
195_G	312_G	0.508	0.12
18_A	204_F	0.507	0.12
127_N	183_T	0.507	0.12
250_D	302_V	0.507	0.12
177_S	215_N	0.507	0.12
97_Y	107_K	0.506	0.12
301_D	348_E	0.504	0.12
272_S	342_L	0.503	0.12
66_W	84_V	0.502	0.12
73_S	296_S	0.501	0.12
11_L	15_T	0.500	0.12

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
5afoA	1	0.8595	100	0.519	Contact Map
1n12A	1	0.3554	99.8	0.813	Contact Map
2w07B	1	0.3251	99.7	0.818	Contact Map
1pdkB	1	0.3829	99.7	0.823	Contact Map
2xg5B	1	0.3829	99.7	0.824	Contact Map
2jmrA	1	0.4132	99.7	0.824	Contact Map
3jwnH	1	0.7383	99.7	0.825	Contact Map
2jtyA	1	0.4187	99.7	0.83	Contact Map
2uy6B	2	0.3994	99.6	0.834	Contact Map
3bwuF	1	0.3388	99.6	0.836	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0102 seconds.