APPC - ECOLI - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

APPC - Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit 1

UniProt:	P26459	Sequences: MWDVIDLSRWQFALTALYHFLFVPLTLGLIFLLAIMETIYVVTGKTIYRDMTRFWGKLFGINFALGVATGLTMEFQFGTNWSFYSNYVGDIFGAPLAMEALMAFFLESTFVGLFFFGWQRLNKYQHLLVTWLVAFGSNLSALWILNANGWMQYPTGAHFDIDTLRMEMTSFSELVFNPVSQVKFVHTVMAGYVTGAMFIMAISAWYLLRGRERNVALRSFAIGSVFGTLAIIGTLQLGDSSAYEVAQVQPVKLAAMEGEWQTEPAPAPFHVVAWPEQDQERNAFALKIPALLGILATHSLDKPVPGLKNLMAETYPRLQRGRMAWLLMQEISQGNREPHVLQAFRGLEGDLGYGMLLSRYAPDMNHVTAAQYQAAMRGAIPQVAPVFWSFRIMVGCGSLLLLVMLIALVQTLRGKIDQHRWVLKMALWSLPLPWIAIEAGWFMTEFGRQPWAIQDILPTYSAHSALTTGQLAFSLIMIVGLYTLFLIAEVYLMQKYARLGPSAMQSEQPTQQQG	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
EcoGene:	EG11380
Length:	514 (500)
Sequences:	677 (325)
Seq/√Len:	14.5

ECOLI - APPC CYDA
BACSU - CYDA YTHA
HALSA - O54610

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
201_A	430_L	11.719	1.00
170_S	173_E	8.655	1.00
452_A	462_A	5.886	1.00
273_A	282_N	5.782	1.00
396_C	400_L	5.768	1.00
133_V	137_S	5.672	1.00
34_A	131_W	5.356	1.00
261_Q	308_K	4.842	1.00
276_E	283_A	4.732	1.00
319_Q	369_A	4.200	1.00
235_L	401_L	4.096	1.00
276_E	279_Q	4.033	1.00
194_T	437_I	3.488	0.99
18_Y	486_L	3.455	0.99
320_R	347_L	3.422	0.99
243_Y	298_H	3.285	0.99
207_L	213_R	2.949	0.97
469_G	473_F	2.899	0.97
334_G	337_E	2.779	0.96
399_L	429_S	2.761	0.96
311_M	376_M	2.744	0.96
58_L	198_F	2.693	0.95
17_L	442_F	2.687	0.95
44_G	123_K	2.628	0.95
31_F	34_A	2.582	0.94
407_A	422_V	2.575	0.94
296_A	304_V	2.568	0.94
162_D	344_F	2.474	0.93
297_T	302_K	2.461	0.93
424_K	428_W	2.406	0.92
270_H	273_A	2.396	0.92
363_D	366_H	2.361	0.91
442_F	446_F	2.270	0.89
46_T	50_D	2.267	0.89
205_W	211_R	2.265	0.89
406_I	410_Q	2.256	0.89
266_P	290_A	2.164	0.87
368_T	371_Q	2.162	0.87
416_I	435_I	2.115	0.85
315_Y	373_Q	2.108	0.85
204_A	207_L	2.075	0.84
270_H	282_N	2.061	0.84
382_Q	385_P	2.036	0.83
31_F	131_W	2.034	0.83
191_G	234_T	2.021	0.82
361_A	364_M	1.993	0.82
195_G	430_L	1.990	0.81
205_W	209_R	1.985	0.81
376_M	379_A	1.982	0.81
483_T	487_I	1.964	0.81
359_R	378_G	1.957	0.80
4_V	463_H	1.940	0.80
452_A	459_T	1.909	0.79
251_V	307_L	1.849	0.76
315_Y	319_Q	1.848	0.76
108_S	222_I	1.826	0.75
403_V	422_V	1.816	0.75
210_G	420_R	1.787	0.74
360_Y	378_G	1.785	0.74
160_D	167_E	1.779	0.73
239_D	298_H	1.779	0.73
483_T	486_L	1.767	0.73
429_S	432_L	1.736	0.71
327_L	347_L	1.732	0.71
212_E	502_S	1.703	0.70
202_I	497_A	1.702	0.70
128_L	132_L	1.697	0.70
389_S	439_A	1.694	0.70
193_V	234_T	1.693	0.69
18_Y	483_T	1.669	0.68
60_G	115_F	1.669	0.68
242_A	256_M	1.669	0.68
330_E	367_V	1.655	0.68
195_G	201_A	1.653	0.68
476_I	480_G	1.648	0.67
230_A	234_T	1.644	0.67
270_H	387_F	1.641	0.67
326_L	365_N	1.638	0.67
212_E	504_M	1.631	0.66
292_L	296_A	1.628	0.66
231_I	401_L	1.620	0.66
277_Q	384_A	1.577	0.64
131_W	195_G	1.572	0.64
345_R	348_E	1.566	0.63
213_R	217_L	1.556	0.63
490_V	494_Q	1.550	0.62
454_Q	462_A	1.510	0.60
337_E	340_V	1.508	0.60
494_Q	497_A	1.503	0.60
204_A	426_A	1.500	0.60
294_I	300_L	1.493	0.59
204_A	220_F	1.475	0.58
311_M	380_I	1.463	0.58
94_A	171_F	1.438	0.56
232_I	236_Q	1.438	0.56
312_A	315_Y	1.430	0.56
94_A	168_M	1.420	0.55
452_A	457_L	1.420	0.55
228_T	232_I	1.419	0.55
201_A	494_Q	1.417	0.55
251_V	380_I	1.413	0.55
470_Q	473_F	1.412	0.55
158_H	348_E	1.401	0.54
410_Q	419_H	1.396	0.54
50_D	212_E	1.391	0.54
50_D	504_M	1.388	0.54
272_V	284_F	1.384	0.53
32_L	196_A	1.384	0.53
327_L	379_A	1.381	0.53
269_F	292_L	1.374	0.53
314_T	379_A	1.366	0.52
410_Q	415_K	1.359	0.52
71_L	201_A	1.354	0.52
34_A	394_V	1.351	0.52
42_V	408_L	1.348	0.51
30_I	134_A	1.347	0.51
137_S	258_G	1.338	0.51
310_L	314_T	1.338	0.51
268_P	292_L	1.337	0.51
420_R	424_K	1.335	0.51
134_A	138_N	1.332	0.51
314_T	324_A	1.326	0.50
292_L	304_V	1.313	0.50
111_V	170_S	1.312	0.49
38_T	131_W	1.304	0.49
161_I	331_I	1.296	0.49
256_M	269_F	1.281	0.48
142_L	175_V	1.277	0.48
36_M	166_M	1.273	0.47
170_S	496_Y	1.271	0.47
191_G	437_I	1.266	0.47
339_H	343_A	1.265	0.47
269_F	394_V	1.263	0.47
240_S	298_H	1.261	0.47
176_F	244_E	1.251	0.46
14_L	479_V	1.234	0.45
228_T	273_A	1.225	0.45
110_F	292_L	1.218	0.44
311_M	377_R	1.217	0.44
286_L	388_W	1.216	0.44
382_Q	446_F	1.214	0.44
399_L	425_M	1.207	0.44
138_N	195_G	1.207	0.44
466_L	471_L	1.206	0.44
100_A	485_F	1.195	0.43
279_Q	283_A	1.193	0.43
496_Y	499_L	1.191	0.43
366_H	371_Q	1.182	0.42
294_I	299_S	1.182	0.42
121_L	129_V	1.179	0.42
158_H	169_T	1.174	0.42
475_L	479_V	1.168	0.42
361_A	365_N	1.168	0.42
108_S	251_V	1.166	0.41
9_R	12_F	1.158	0.41
197_M	201_A	1.156	0.41
395_G	399_L	1.154	0.41
394_V	443_M	1.154	0.41
173_E	209_R	1.146	0.40
102_M	459_T	1.143	0.40
282_N	414_G	1.141	0.40
327_L	340_V	1.139	0.40
33_L	137_S	1.139	0.40
229_L	232_I	1.139	0.40
197_M	429_S	1.138	0.40
82_S	474_S	1.137	0.40
47_I	214_N	1.136	0.40
478_I	485_F	1.135	0.40
76_Q	195_G	1.135	0.40
248_V	454_Q	1.129	0.40
361_A	366_H	1.128	0.39
374_A	378_G	1.123	0.39
430_L	494_Q	1.121	0.39
248_V	462_A	1.117	0.39
48_Y	454_Q	1.115	0.39
396_C	432_L	1.114	0.39
210_G	320_R	1.112	0.39
209_R	335_N	1.112	0.39
212_E	503_A	1.110	0.39
197_M	403_V	1.109	0.38
385_P	442_F	1.106	0.38
364_M	367_V	1.103	0.38
138_N	192_Y	1.102	0.38
57_K	220_F	1.084	0.37
196_A	276_E	1.083	0.37
6_D	13_A	1.079	0.37
87_Y	166_M	1.075	0.37
274_W	388_W	1.073	0.37
189_M	295_L	1.070	0.36
481_L	485_F	1.060	0.36
65_L	71_L	1.056	0.36
480_G	484_L	1.049	0.35
4_V	8_S	1.049	0.35
268_P	285_A	1.047	0.35
323_M	347_L	1.047	0.35
106_L	132_L	1.047	0.35
229_L	233_G	1.042	0.35
122_N	125_Q	1.037	0.35
50_D	502_S	1.037	0.35
375_A	378_G	1.037	0.35
263_E	303_P	1.035	0.35
481_L	496_Y	1.030	0.34
260_W	277_Q	1.027	0.34
27_L	139_L	1.025	0.34
463_H	471_L	1.024	0.34
36_M	51_M	1.024	0.34
280_E	308_K	1.023	0.34
280_E	311_M	1.020	0.34
403_V	426_A	1.011	0.33
48_Y	401_L	1.010	0.33
231_I	400_L	1.010	0.33
273_A	383_V	1.009	0.33
410_Q	422_V	1.006	0.33
404_M	426_A	1.005	0.33
415_K	419_H	1.005	0.33
361_A	371_Q	1.002	0.33
229_L	250_P	1.002	0.33
17_L	157_A	1.001	0.33
471_L	475_L	1.001	0.33
251_V	454_Q	0.997	0.33
4_V	471_L	0.995	0.33
291_L	309_N	0.993	0.33
48_Y	251_V	0.992	0.33
108_S	235_L	0.984	0.32
367_V	372_Y	0.983	0.32
111_V	453_I	0.979	0.32
427_L	430_L	0.978	0.32
287_K	296_A	0.975	0.32
157_A	166_M	0.971	0.32
110_F	132_L	0.970	0.31
481_L	497_A	0.970	0.31
48_Y	57_K	0.969	0.31
48_Y	108_S	0.968	0.31
129_V	132_L	0.967	0.31
232_I	434_W	0.965	0.31
305_P	309_N	0.962	0.31
330_E	340_V	0.960	0.31
235_L	400_L	0.957	0.31
197_M	433_P	0.951	0.31
233_G	250_P	0.950	0.31
239_D	243_Y	0.949	0.31
206_Y	501_P	0.947	0.30
46_T	49_R	0.945	0.30
108_S	496_Y	0.942	0.30
91_I	486_L	0.940	0.30
46_T	205_W	0.940	0.30
453_I	486_L	0.938	0.30
377_R	380_I	0.934	0.30
41_V	127_L	0.932	0.30
402_L	406_I	0.931	0.30
389_S	442_F	0.929	0.30
476_I	479_V	0.927	0.29
255_A	386_V	0.927	0.29
120_R	425_M	0.926	0.29
158_H	209_R	0.924	0.29
131_W	394_V	0.923	0.29
369_A	372_Y	0.922	0.29
149_G	420_R	0.922	0.29
259_E	304_V	0.921	0.29
14_L	18_Y	0.919	0.29
335_N	340_V	0.915	0.29
31_F	138_N	0.915	0.29
137_S	194_T	0.910	0.29
286_L	395_G	0.905	0.28
7_L	10_W	0.905	0.28
8_S	11_Q	0.904	0.28
49_R	53_R	0.903	0.28
116_F	131_W	0.902	0.28
462_A	467_T	0.899	0.28
472_A	476_I	0.899	0.28
137_S	498_R	0.897	0.28
34_A	195_G	0.894	0.28
475_L	488_A	0.893	0.28
32_L	175_V	0.893	0.28
65_L	68_A	0.891	0.28
387_F	404_M	0.887	0.28
224_S	407_A	0.887	0.28
34_A	139_L	0.884	0.28
280_E	377_R	0.883	0.28
349_G	366_H	0.882	0.27
6_D	10_W	0.882	0.27
65_L	94_A	0.879	0.27
310_L	315_Y	0.876	0.27
380_I	456_I	0.876	0.27
201_A	424_K	0.874	0.27
391_R	395_G	0.868	0.27
82_S	443_M	0.864	0.27
73_M	202_I	0.862	0.27
395_G	398_S	0.862	0.27
134_A	142_L	0.859	0.26
13_A	65_L	0.859	0.26
71_L	430_L	0.859	0.26
57_K	79_T	0.857	0.26
259_E	263_E	0.857	0.26
71_L	488_A	0.856	0.26
189_M	233_G	0.855	0.26
271_V	284_F	0.854	0.26
48_Y	222_I	0.853	0.26
17_L	413_R	0.852	0.26
33_L	195_G	0.850	0.26
108_S	248_V	0.850	0.26
205_W	428_W	0.847	0.26
47_I	51_M	0.845	0.26
133_V	470_Q	0.845	0.26
243_Y	247_Q	0.845	0.26
31_F	133_V	0.844	0.26
71_L	423_L	0.842	0.26
322_R	354_G	0.840	0.26
49_R	212_E	0.840	0.26
198_F	493_M	0.839	0.26
399_L	403_V	0.838	0.26
334_G	340_V	0.836	0.25
137_S	437_I	0.835	0.25
339_H	469_G	0.833	0.25
484_L	488_A	0.833	0.25
110_F	143_W	0.832	0.25
250_P	454_Q	0.829	0.25
268_P	287_K	0.823	0.25
210_G	418_Q	0.822	0.25
102_M	142_L	0.821	0.25
31_F	217_L	0.820	0.25
149_G	240_S	0.820	0.25
491_Y	495_K	0.820	0.25
135_F	258_G	0.820	0.25
31_F	116_F	0.815	0.25
10_W	475_L	0.815	0.25
123_K	215_V	0.813	0.25
240_S	243_Y	0.812	0.24
342_Q	484_L	0.812	0.24
237_L	250_P	0.812	0.24
100_A	478_I	0.811	0.24
204_A	422_V	0.807	0.24
9_R	13_A	0.801	0.24
385_P	446_F	0.800	0.24
79_T	108_S	0.800	0.24
46_T	484_L	0.798	0.24
48_Y	474_S	0.795	0.24
321_G	324_A	0.792	0.24
285_A	292_L	0.791	0.24
276_E	281_R	0.790	0.24
410_Q	478_I	0.788	0.24
270_H	284_F	0.788	0.24
253_L	309_N	0.787	0.23
472_A	475_L	0.786	0.23
461_S	465_A	0.786	0.23
260_W	282_N	0.785	0.23
346_G	402_L	0.780	0.23
305_P	313_E	0.779	0.23
14_L	475_L	0.777	0.23
217_L	462_A	0.776	0.23
198_F	202_I	0.776	0.23
461_S	477_M	0.772	0.23
259_E	296_A	0.772	0.23
333_Q	367_V	0.770	0.23
231_I	246_A	0.770	0.23
220_F	224_S	0.770	0.23
479_V	483_T	0.769	0.23
21_L	489_E	0.768	0.23
495_K	499_L	0.766	0.23
160_D	168_M	0.766	0.23
245_V	256_M	0.765	0.23
7_L	475_L	0.764	0.23
400_L	404_M	0.764	0.23
4_V	172_S	0.764	0.23
304_V	334_G	0.764	0.23
356_L	375_A	0.762	0.22
58_L	493_M	0.762	0.22
421_W	426_A	0.760	0.22
56_G	114_F	0.760	0.22
331_I	335_N	0.759	0.22
320_R	350_D	0.757	0.22
494_Q	499_L	0.756	0.22
155_T	485_F	0.753	0.22
173_E	369_A	0.753	0.22
296_A	408_L	0.751	0.22
312_A	380_I	0.750	0.22
282_N	412_L	0.749	0.22
352_G	356_L	0.747	0.22
113_L	125_Q	0.745	0.22
247_Q	250_P	0.743	0.22
82_S	461_S	0.742	0.22
343_A	346_G	0.742	0.22
82_S	389_S	0.740	0.22
46_T	212_E	0.739	0.22
141_A	180_S	0.738	0.22
329_Q	333_Q	0.736	0.22
57_K	108_S	0.735	0.21
392_I	427_L	0.734	0.21
65_L	247_Q	0.733	0.21
10_W	14_L	0.731	0.21
474_S	491_Y	0.730	0.21
146_N	176_F	0.730	0.21
263_E	287_K	0.729	0.21
189_M	474_S	0.729	0.21
486_L	490_V	0.727	0.21
91_I	168_M	0.726	0.21
49_R	363_D	0.725	0.21
82_S	481_L	0.725	0.21
199_I	203_S	0.724	0.21
453_I	471_L	0.722	0.21
79_T	486_L	0.720	0.21
73_M	101_L	0.718	0.21
34_A	225_V	0.717	0.21
50_D	57_K	0.716	0.21
295_L	298_H	0.715	0.21
46_T	196_A	0.714	0.21
94_A	152_Q	0.714	0.21
123_K	213_R	0.712	0.21
176_F	383_V	0.711	0.21
208_L	420_R	0.710	0.21
150_W	241_S	0.709	0.21
371_Q	374_A	0.708	0.20
30_I	137_S	0.707	0.20
51_M	493_M	0.706	0.20
294_I	298_H	0.705	0.20
8_S	12_F	0.704	0.20
73_M	217_L	0.703	0.20
220_F	462_A	0.702	0.20
405_L	409_V	0.701	0.20
182_V	240_S	0.699	0.20
38_T	53_R	0.699	0.20
149_G	177_N	0.699	0.20
275_P	388_W	0.698	0.20
131_W	454_Q	0.698	0.20
57_K	215_V	0.698	0.20
52_T	71_L	0.698	0.20
270_H	304_V	0.696	0.20
44_G	493_M	0.696	0.20
321_G	391_R	0.696	0.20
196_A	231_I	0.694	0.20
339_H	342_Q	0.694	0.20
142_L	495_K	0.694	0.20
176_F	217_L	0.694	0.20
88_V	91_I	0.692	0.20
404_M	460_Y	0.691	0.20
120_R	320_R	0.691	0.20
38_T	127_L	0.690	0.20
120_R	223_G	0.686	0.20
135_F	172_S	0.686	0.20
203_S	219_S	0.686	0.20
17_L	438_E	0.685	0.20
82_S	195_G	0.684	0.20
123_K	135_F	0.683	0.20
351_L	357_L	0.683	0.20
45_K	214_N	0.683	0.20
331_I	406_I	0.683	0.20
337_E	371_Q	0.683	0.20
212_E	493_M	0.683	0.20
205_W	220_F	0.683	0.20
452_A	479_V	0.682	0.20
209_R	490_V	0.682	0.20
290_A	463_H	0.681	0.20
336_R	340_V	0.680	0.19
355_M	358_S	0.680	0.19
468_T	471_L	0.678	0.19
146_N	180_S	0.678	0.19
232_I	272_V	0.673	0.19
201_A	488_A	0.673	0.19
329_Q	488_A	0.673	0.19
105_F	143_W	0.672	0.19
293_G	302_K	0.672	0.19
47_I	218_R	0.671	0.19
38_T	106_L	0.671	0.19
134_A	192_Y	0.671	0.19
129_V	135_F	0.671	0.19
233_G	236_Q	0.670	0.19
34_A	38_T	0.669	0.19
284_F	388_W	0.669	0.19
399_L	489_E	0.668	0.19
271_V	288_I	0.668	0.19
462_A	466_L	0.668	0.19
33_L	57_K	0.665	0.19
384_A	466_L	0.664	0.19
343_A	347_L	0.663	0.19
108_S	132_L	0.663	0.19
259_E	307_L	0.662	0.19
65_L	488_A	0.662	0.19
158_H	231_I	0.662	0.19
108_S	189_M	0.662	0.19
192_Y	226_F	0.660	0.19
347_L	370_A	0.660	0.19
471_L	474_S	0.659	0.19
245_V	452_A	0.658	0.19
170_S	313_E	0.658	0.19
214_N	379_A	0.656	0.19
338_P	346_G	0.655	0.19
95_P	98_M	0.655	0.19
322_R	364_M	0.654	0.19
202_I	465_A	0.653	0.19
256_M	305_P	0.652	0.19
317_R	356_L	0.650	0.18
315_Y	324_A	0.649	0.18
35_I	222_I	0.649	0.18
31_F	35_I	0.649	0.18
174_L	310_L	0.649	0.18
271_V	392_I	0.649	0.18
442_F	473_F	0.648	0.18
248_V	310_L	0.648	0.18
53_R	123_K	0.648	0.18
146_N	380_I	0.648	0.18
182_V	259_E	0.648	0.18
179_V	193_V	0.647	0.18
30_I	49_R	0.647	0.18
288_I	331_I	0.647	0.18
42_V	250_P	0.646	0.18
419_H	423_L	0.645	0.18
100_A	459_T	0.644	0.18
273_A	414_G	0.644	0.18
403_V	429_S	0.643	0.18
185_V	236_Q	0.643	0.18
261_Q	281_R	0.642	0.18
68_A	504_M	0.640	0.18
422_V	426_A	0.640	0.18
386_V	442_F	0.639	0.18
210_G	214_N	0.639	0.18
461_S	489_E	0.639	0.18
53_R	212_E	0.638	0.18
270_H	391_R	0.638	0.18
212_E	348_E	0.637	0.18
17_L	395_G	0.637	0.18
251_V	311_M	0.637	0.18
301_D	375_A	0.636	0.18
274_W	282_N	0.636	0.18
182_V	231_I	0.636	0.18
36_M	52_T	0.636	0.18
380_I	389_S	0.635	0.18
462_A	465_A	0.635	0.18
329_Q	486_L	0.634	0.18
82_S	245_V	0.633	0.18
256_M	443_M	0.633	0.18
369_A	373_Q	0.633	0.18
11_Q	16_A	0.632	0.18
149_G	459_T	0.632	0.18
294_I	310_L	0.631	0.18
170_S	438_E	0.631	0.18
231_I	436_A	0.631	0.18
220_F	223_G	0.630	0.18
398_S	402_L	0.630	0.18
34_A	302_K	0.630	0.18
131_W	225_V	0.630	0.18
183_K	241_S	0.630	0.18
320_R	323_M	0.629	0.18
49_R	427_L	0.629	0.18
253_L	296_A	0.629	0.18
373_Q	379_A	0.628	0.18
226_F	403_V	0.627	0.18
160_D	196_A	0.627	0.18
161_I	396_C	0.627	0.18
191_G	199_I	0.627	0.18
245_V	386_V	0.626	0.18
133_V	258_G	0.626	0.18
11_Q	15_T	0.626	0.18
407_A	427_L	0.624	0.18
246_A	454_Q	0.621	0.18
200_M	220_F	0.620	0.17
316_P	345_R	0.620	0.17
331_I	422_V	0.620	0.17
128_L	314_T	0.617	0.17
193_V	231_I	0.617	0.17
274_W	418_Q	0.617	0.17
49_R	349_G	0.616	0.17
456_I	483_T	0.616	0.17
172_S	292_L	0.616	0.17
174_L	205_W	0.615	0.17
30_I	146_N	0.614	0.17
36_M	56_G	0.614	0.17
173_E	294_I	0.614	0.17
344_F	489_E	0.614	0.17
108_S	307_L	0.613	0.17
246_A	401_L	0.613	0.17
273_A	285_A	0.613	0.17
205_W	309_N	0.613	0.17
168_M	462_A	0.612	0.17
35_I	408_L	0.612	0.17
128_L	296_A	0.611	0.17
272_V	487_I	0.607	0.17
38_T	348_E	0.606	0.17
385_P	410_Q	0.606	0.17
215_V	497_A	0.606	0.17
204_A	423_L	0.606	0.17
207_L	304_V	0.605	0.17
202_I	474_S	0.604	0.17
228_T	408_L	0.602	0.17
6_D	495_K	0.599	0.17
373_Q	377_R	0.599	0.17
268_P	286_L	0.599	0.17
225_V	295_L	0.598	0.17
396_C	455_D	0.597	0.17
416_I	473_F	0.597	0.17
247_Q	454_Q	0.597	0.17
242_A	391_R	0.596	0.17
18_Y	27_L	0.596	0.17
82_S	462_A	0.596	0.17
258_G	270_H	0.595	0.17
139_L	199_I	0.595	0.17
258_G	307_L	0.595	0.17
232_I	401_L	0.593	0.17
471_L	476_I	0.592	0.17
123_K	420_R	0.592	0.17
317_R	350_D	0.592	0.17
276_E	302_K	0.591	0.17
386_V	446_F	0.591	0.17
146_N	384_A	0.591	0.17
455_D	496_Y	0.589	0.17
395_G	416_I	0.587	0.16
111_V	137_S	0.587	0.16
271_V	287_K	0.586	0.16
128_L	261_Q	0.585	0.16
5_I	239_D	0.585	0.16
246_A	400_L	0.585	0.16
153_Y	271_V	0.584	0.16
20_F	192_Y	0.584	0.16
349_G	422_V	0.584	0.16
162_D	432_L	0.583	0.16
32_L	199_I	0.583	0.16
253_L	489_E	0.583	0.16
189_M	240_S	0.582	0.16
65_L	487_I	0.578	0.16
167_E	187_T	0.578	0.16
45_K	202_I	0.578	0.16
269_F	443_M	0.578	0.16
274_W	395_G	0.577	0.16
72_T	461_S	0.577	0.16
174_L	416_I	0.575	0.16
253_L	304_V	0.575	0.16
33_L	134_A	0.575	0.16
228_T	405_L	0.574	0.16
5_I	218_R	0.574	0.16
188_V	269_F	0.574	0.16
79_T	489_E	0.573	0.16
281_R	284_F	0.573	0.16
52_T	213_R	0.572	0.16
111_V	173_E	0.572	0.16
131_W	304_V	0.572	0.16
91_I	407_A	0.571	0.16
31_F	504_M	0.570	0.16
24_P	28_G	0.570	0.16
134_A	191_G	0.570	0.16
42_V	153_Y	0.570	0.16
172_S	288_I	0.569	0.16
460_Y	463_H	0.569	0.16
194_T	271_V	0.568	0.16
124_Y	408_L	0.567	0.16
172_S	302_K	0.567	0.16
36_M	188_V	0.567	0.16
316_P	342_Q	0.565	0.16
245_V	427_L	0.565	0.16
176_F	230_A	0.564	0.16
6_D	212_E	0.564	0.16
68_A	225_V	0.564	0.16
378_G	460_Y	0.563	0.16
317_R	324_A	0.562	0.16
494_Q	498_R	0.561	0.16
101_L	293_G	0.560	0.16
214_N	320_R	0.559	0.16
178_P	247_Q	0.557	0.16
273_A	281_R	0.557	0.16
204_A	453_I	0.556	0.16
274_W	280_E	0.554	0.15
259_E	305_P	0.554	0.15
91_I	119_Q	0.553	0.15
17_L	43_T	0.553	0.15
146_N	468_T	0.552	0.15
53_R	211_R	0.551	0.15
108_S	327_L	0.551	0.15
202_I	395_G	0.549	0.15
12_F	19_H	0.549	0.15
87_Y	299_S	0.549	0.15
161_I	504_M	0.548	0.15
471_L	485_F	0.548	0.15
272_V	287_K	0.546	0.15
202_I	502_S	0.546	0.15
19_H	23_V	0.545	0.15
489_E	492_L	0.544	0.15
453_I	463_H	0.543	0.15
277_Q	385_P	0.543	0.15
242_A	327_L	0.543	0.15
53_R	494_Q	0.542	0.15
391_R	464_S	0.542	0.15
156_G	174_L	0.542	0.15
241_S	443_M	0.540	0.15
64_A	493_M	0.540	0.15
353_Y	357_L	0.540	0.15
87_Y	293_G	0.539	0.15
389_S	494_Q	0.539	0.15
322_R	363_D	0.538	0.15
5_I	8_S	0.537	0.15
222_I	455_D	0.536	0.15
272_V	392_I	0.536	0.15
184_F	397_G	0.535	0.15
39_I	222_I	0.535	0.15
42_V	229_L	0.534	0.15
76_Q	131_W	0.534	0.15
342_Q	346_G	0.533	0.15
94_A	496_Y	0.533	0.15
270_H	287_K	0.533	0.15
244_E	304_V	0.533	0.15
221_A	411_T	0.532	0.15
349_G	374_A	0.531	0.15
8_S	13_A	0.531	0.15
221_A	410_Q	0.529	0.15
106_L	236_Q	0.529	0.15
60_G	111_V	0.528	0.15
4_V	116_F	0.527	0.15
76_Q	298_H	0.526	0.15
273_A	287_K	0.526	0.15
48_Y	220_F	0.525	0.15
50_D	503_A	0.525	0.15
48_Y	497_A	0.524	0.15
168_M	176_F	0.524	0.15
179_V	386_V	0.523	0.15
191_G	424_K	0.523	0.15
65_L	401_L	0.523	0.15
312_A	495_K	0.521	0.15
316_P	406_I	0.519	0.14
172_S	403_V	0.519	0.14
68_A	212_E	0.519	0.14
39_I	42_V	0.519	0.14
307_L	329_Q	0.518	0.14
320_R	343_A	0.518	0.14
215_V	504_M	0.518	0.14
292_L	499_L	0.518	0.14
9_R	19_H	0.517	0.14
272_V	316_P	0.515	0.14
320_R	403_V	0.514	0.14
14_L	471_L	0.514	0.14
307_L	383_V	0.514	0.14
31_F	474_S	0.513	0.14
52_T	134_A	0.513	0.14
223_G	285_A	0.513	0.14
354_G	504_M	0.512	0.14
201_A	490_V	0.511	0.14
374_A	385_P	0.511	0.14
33_L	321_G	0.511	0.14
225_V	416_I	0.511	0.14
274_W	345_R	0.511	0.14
71_L	204_A	0.510	0.14
497_A	502_S	0.508	0.14
49_R	202_I	0.507	0.14
452_A	460_Y	0.507	0.14
39_I	229_L	0.506	0.14
34_A	134_A	0.506	0.14
322_R	357_L	0.504	0.14
205_W	413_R	0.504	0.14
470_Q	474_S	0.503	0.14
42_V	233_G	0.502	0.14
68_A	160_D	0.502	0.14
168_M	487_I	0.502	0.14
91_I	462_A	0.501	0.14
264_P	374_A	0.500	0.14

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
1mnnA	1	0.1342	41.2	0.986	Contact Map
4nv5A	1	0.4883	17.7	0.989	Contact Map
2k1kA	2	0.072	11.1	0.99	Contact Map
3mk7A	1	0.3794	9.1	0.99	Contact Map
2g0uA	1	0.179	8.3	0.99	Contact Map
2ju0B	1	0.0934	7.1	0.991	Contact Map
4pw2A	2	0.1265	6.1	0.991	Contact Map
2ks1B	1	0.0837	6	0.991	Contact Map
4or2A	2	0.3872	5.7	0.991	Contact Map
2l2tA	2	0.0798	5.7	0.991	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0132 seconds.