AMY1 - ECOLI - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

AMY1 - Alpha-amylase

UniProt:	P25718	Sequences: MKLAACFLTLLPGFAVAASWTSPGFPAFSEQGTGTFVSHAQLPKGTRPLTLNFDQQCWQPADAIKLNQMLSLQPCSNTPPQWRLFRDGEYTLQIDTRSGTPTLMISIQNAAEPVASLVRECPKWDGLPLTVDVSATFPEGAAVRDYYSQQIAIVKNGQIMLQPAATSNGLLLLERAETDTSAPFDWHNATVYFVLTDRFENGDPSNDQSYGRHKDGMAEIGTFHGGDLRGLTNKLDYLQQLGVNALWISAPFEQIHGWVGGGTKGDFPHYAYHGYYTQDWTNLDANMGNEADLRTLVDSAHQRGIRILFDVVMNHTGYATLADMQEYQFGALYLSGDEVKKSLGERWSDWKPAAGQTWHSFNDYINFSDKTGWDKWWGKNWIRTDIGDYDNPGFDDLTMSLAFLPDIKTESTTASGLPVFYKNKMDTHAKAIDGYTPRDYLTHWLSQWVRDYGIDGFRVDTAKHVELPAWQQLKTEASAALREWKKANPDKALDDKPFWMTGEAWGHGVMQSDYYRHGFDAMINFDYQEQAAKAVDCLAQMDTTWQQMAEKLQGFNVLSYLSSHDTRLFREGGDKAAELLLLAPGAVQIFYGDESSRPFGPTGSDPLQGTRSDMNWQDVSGKSAASVAHWQKISQFRARHPAIGAGKQTTLLLKQGYGFVREHGDDKVLVVWAGQQ	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
EcoGene:	EG11316
Length:	676 (551)
Sequences:	198 (140)
Seq/√Len:	5.9

ECOLI - AMY1

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
297_V	454_I	4.297	0.96
203_D	229_R	4.248	0.95
299_S	302_Q	3.919	0.93
229_R	292_D	3.816	0.92
150_Q	154_V	3.295	0.84
169_G	173_L	3.203	0.82
201_N	207_D	3.003	0.78
140_G	144_R	2.977	0.77
157_G	173_L	2.958	0.77
143_V	147_Y	2.839	0.73
140_G	143_V	2.829	0.73
169_G	172_L	2.762	0.71
144_R	147_Y	2.576	0.65
301_H	455_D	2.575	0.65
149_Q	155_K	2.574	0.65
156_N	162_Q	2.572	0.65
155_K	159_I	2.540	0.64
590_F	626_S	2.491	0.63
102_T	106_S	2.463	0.62
154_V	157_G	2.462	0.62
169_G	174_E	2.431	0.61
157_G	163_P	2.419	0.60
238_L	243_V	2.343	0.58
289_N	292_D	2.342	0.58
170_L	173_L	2.317	0.57
168_N	173_L	2.312	0.57
164_A	173_L	2.290	0.56
611_R	616_W	2.289	0.56
157_G	160_M	2.279	0.55
154_V	161_L	2.275	0.55
149_Q	163_P	2.250	0.54
228_L	448_W	2.171	0.52
231_L	248_I	2.147	0.51
203_D	292_D	2.098	0.49
239_Q	472_Q	2.055	0.48
163_P	173_L	2.055	0.48
155_K	160_M	2.041	0.47
163_P	172_L	2.034	0.47
154_V	160_M	2.018	0.46
140_G	148_S	2.008	0.46
101_P	107_I	2.003	0.46
144_R	148_S	1.989	0.45
159_I	172_L	1.988	0.45
570_R	596_S	1.970	0.45
170_L	174_E	1.966	0.44
243_V	390_D	1.945	0.44
106_S	110_A	1.944	0.44
167_S	172_L	1.941	0.44
154_V	159_I	1.939	0.44
230_G	273_H	1.930	0.43
157_G	174_E	1.918	0.43
333_Y	336_G	1.901	0.42
154_V	163_P	1.900	0.42
152_A	155_K	1.893	0.42
227_D	230_G	1.888	0.42
296_L	307_I	1.881	0.42
561_L	576_A	1.857	0.41
154_V	158_Q	1.856	0.41
198_R	230_G	1.829	0.40
282_N	628_A	1.828	0.40
202_G	237_Y	1.826	0.40
159_I	173_L	1.819	0.39
140_G	146_Y	1.818	0.39
167_S	173_L	1.810	0.39
143_V	148_S	1.803	0.39
142_A	147_Y	1.796	0.39
187_H	567_R	1.791	0.38
310_D	458_R	1.791	0.38
158_Q	163_P	1.760	0.37
150_Q	156_N	1.757	0.37
417_L	424_K	1.748	0.37
102_T	107_I	1.740	0.37
299_S	303_R	1.740	0.37
140_G	145_D	1.737	0.37
274_G	464_H	1.725	0.36
295_T	302_Q	1.722	0.36
635_Q	639_R	1.721	0.36
124_W	133_V	1.718	0.36
143_V	146_Y	1.711	0.36
198_R	227_D	1.709	0.36
156_N	159_I	1.707	0.36
227_D	273_H	1.706	0.36
336_G	341_K	1.701	0.36
393_G	396_D	1.699	0.35
202_G	236_D	1.690	0.35
417_L	420_F	1.690	0.35
159_I	164_A	1.670	0.35
155_K	161_L	1.668	0.34
602_T	609_G	1.667	0.34
250_A	287_M	1.665	0.34
275_Y	460_D	1.644	0.34
157_G	161_L	1.644	0.34
158_Q	173_L	1.642	0.34
164_A	172_L	1.635	0.33
106_S	109_N	1.633	0.33
154_V	173_L	1.629	0.33
157_G	169_G	1.627	0.33
198_R	273_H	1.622	0.33
393_G	398_T	1.616	0.33
196_T	231_L	1.613	0.33
225_G	288_G	1.613	0.33
249_S	271_A	1.608	0.33
164_A	167_S	1.598	0.32
193_F	461_T	1.574	0.32
149_Q	154_V	1.566	0.31
462_A	542_D	1.564	0.31
163_P	170_L	1.560	0.31
163_P	169_G	1.559	0.31
140_G	147_Y	1.558	0.31
591_Y	646_G	1.555	0.31
149_Q	152_A	1.550	0.31
295_T	299_S	1.547	0.31
154_V	164_A	1.546	0.31
103_L	106_S	1.537	0.30
154_V	162_Q	1.535	0.30
605_D	611_R	1.512	0.30
269_H	276_Y	1.506	0.29
273_H	315_H	1.505	0.29
426_D	429_A	1.496	0.29
247_W	461_T	1.488	0.29
160_M	173_L	1.486	0.29
274_G	461_T	1.464	0.28
192_Y	284_D	1.462	0.28
192_Y	592_G	1.462	0.28
192_Y	594_E	1.462	0.28
284_D	592_G	1.462	0.28
284_D	594_E	1.462	0.28
461_T	464_H	1.454	0.28
247_W	464_H	1.444	0.28
282_N	346_R	1.443	0.28
164_A	169_G	1.439	0.28
208_Q	214_K	1.428	0.27
611_R	614_M	1.425	0.27
152_A	157_G	1.421	0.27
100_T	106_S	1.420	0.27
155_K	164_A	1.418	0.27
194_V	316_T	1.410	0.27
167_S	174_E	1.403	0.27
150_Q	164_A	1.403	0.27
197_D	225_G	1.402	0.27
190_T	280_W	1.399	0.26
272_Y	461_T	1.396	0.26
157_G	172_L	1.393	0.26
333_Y	341_K	1.383	0.26
246_L	296_L	1.382	0.26
239_Q	249_S	1.378	0.26
247_W	274_G	1.377	0.26
154_V	174_E	1.372	0.26
570_R	573_G	1.360	0.25
167_S	170_L	1.359	0.25
192_Y	226_G	1.358	0.25
226_G	284_D	1.358	0.25
226_G	592_G	1.358	0.25
226_G	594_E	1.358	0.25
155_K	163_P	1.357	0.25
158_Q	162_Q	1.354	0.25
202_G	230_G	1.350	0.25
340_K	344_G	1.349	0.25
116_S	123_K	1.344	0.25
289_N	632_K	1.341	0.25
280_W	561_L	1.336	0.25
595_S	615_N	1.335	0.25
198_R	315_H	1.322	0.24
275_Y	458_R	1.318	0.24
150_Q	158_Q	1.315	0.24
227_D	315_H	1.313	0.24
106_S	111_A	1.311	0.24
155_K	167_S	1.310	0.24
198_R	202_G	1.310	0.24
346_R	349_D	1.307	0.24
575_K	634_S	1.305	0.24
332_L	336_G	1.305	0.24
101_P	106_S	1.304	0.24
193_F	247_W	1.300	0.24
163_P	174_E	1.298	0.24
298_D	491_K	1.297	0.24
326_E	329_F	1.294	0.24
230_G	315_H	1.288	0.23
100_T	105_I	1.275	0.23
344_G	350_W	1.270	0.23
99_G	102_T	1.269	0.23
250_A	596_S	1.265	0.23
158_Q	174_E	1.263	0.23
225_G	448_W	1.262	0.23
101_P	110_A	1.262	0.23
159_I	169_G	1.251	0.23
315_H	661_R	1.251	0.23
545_W	626_S	1.249	0.23
248_I	287_M	1.248	0.22
246_L	283_L	1.245	0.22
164_A	168_N	1.237	0.22
225_G	593_D	1.234	0.22
275_Y	310_D	1.226	0.22
310_D	460_D	1.226	0.22
202_G	227_D	1.209	0.22
315_H	591_Y	1.209	0.22
288_G	593_D	1.207	0.21
228_L	293_L	1.205	0.21
333_Y	339_V	1.204	0.21
150_Q	159_I	1.203	0.21
155_K	158_Q	1.203	0.21
273_H	314_N	1.202	0.21
527_Y	658_G	1.197	0.21
492_A	495_D	1.193	0.21
524_N	563_S	1.187	0.21
204_P	239_Q	1.187	0.21
145_D	148_S	1.186	0.21
332_L	341_K	1.176	0.21
297_V	633_I	1.176	0.21
603_G	614_M	1.173	0.21
150_Q	155_K	1.166	0.21
228_L	292_D	1.166	0.21
205_S	654_K	1.164	0.20
202_G	273_H	1.163	0.20
426_D	432_I	1.162	0.20
609_G	612_S	1.159	0.20
198_R	661_R	1.159	0.20
341_K	344_G	1.158	0.20
107_I	114_V	1.158	0.20
199_F	227_D	1.157	0.20
503_E	565_D	1.156	0.20
560_Y	563_S	1.156	0.20
333_Y	363_D	1.156	0.20
570_R	595_S	1.146	0.20
606_P	611_R	1.144	0.20
334_L	338_E	1.138	0.20
150_Q	163_P	1.137	0.20
472_Q	476_E	1.132	0.20
101_P	109_N	1.131	0.20
103_L	107_I	1.130	0.20
567_R	579_L	1.129	0.20
150_Q	167_S	1.128	0.20
197_D	288_G	1.127	0.20
207_D	640_H	1.126	0.20
164_A	174_E	1.126	0.20
156_N	163_P	1.124	0.20
108_Q	111_A	1.120	0.19
227_D	661_R	1.118	0.19
439_D	670_V	1.116	0.19
490_D	493_L	1.115	0.19
199_F	230_G	1.114	0.19
193_F	274_G	1.105	0.19
199_F	273_H	1.103	0.19
293_L	582_L	1.099	0.19
626_S	655_Q	1.095	0.19
518_G	545_W	1.094	0.19
168_N	174_E	1.094	0.19
199_F	591_Y	1.094	0.19
249_S	461_T	1.094	0.19
527_Y	626_S	1.090	0.19
336_G	339_V	1.085	0.19
97_R	102_T	1.085	0.19
358_W	361_F	1.084	0.19
420_F	429_A	1.082	0.19
151_I	162_Q	1.081	0.19
298_D	475_T	1.077	0.19
117_L	122_P	1.075	0.19
192_Y	453_G	1.069	0.18
284_D	453_G	1.069	0.18
453_G	592_G	1.069	0.18
453_G	594_E	1.069	0.18
139_E	144_R	1.066	0.18
230_G	237_Y	1.063	0.18
627_V	660_V	1.059	0.18
542_D	546_Q	1.056	0.18
217_M	333_Y	1.056	0.18
139_E	147_Y	1.056	0.18
158_Q	172_L	1.055	0.18
154_V	172_L	1.050	0.18
488_N	491_K	1.049	0.18
355_G	358_W	1.042	0.18
564_H	661_R	1.042	0.18
163_P	167_S	1.039	0.18
300_A	307_I	1.038	0.18
570_R	656_G	1.034	0.18
335_S	338_E	1.034	0.18
250_A	269_H	1.031	0.18
229_R	289_N	1.030	0.18
344_G	347_W	1.029	0.18
612_S	616_W	1.027	0.18
322_A	325_Q	1.026	0.17
193_F	272_Y	1.025	0.17
373_W	383_R	1.024	0.17
317_G	519_F	1.021	0.17
253_E	440_Y	1.019	0.17
345_E	349_D	1.017	0.17
198_R	314_N	1.013	0.17
406_D	409_T	1.012	0.17
205_S	649_T	1.011	0.17
315_H	646_G	1.009	0.17
157_G	168_N	1.007	0.17
193_F	464_H	1.003	0.17
251_P	269_H	1.003	0.17
611_R	615_N	1.001	0.17
377_W	439_D	1.000	0.17
117_L	121_C	1.000	0.17
237_Y	273_H	1.000	0.17
227_D	314_N	1.000	0.17
193_F	525_F	0.996	0.17
273_H	661_R	0.992	0.17
102_T	105_I	0.991	0.17
201_N	288_G	0.991	0.17
315_H	458_R	0.991	0.17
591_Y	661_R	0.988	0.17
201_N	225_G	0.984	0.17
347_W	351_K	0.982	0.17
430_K	433_D	0.982	0.17
492_A	651_L	0.982	0.17
230_G	314_N	0.981	0.17
519_F	577_A	0.981	0.17
247_W	272_Y	0.976	0.16
283_L	571_E	0.972	0.16
347_W	350_W	0.967	0.16
461_T	525_F	0.967	0.16
288_G	448_W	0.965	0.16
111_A	118_V	0.964	0.16
226_G	453_G	0.964	0.16
185_D	229_R	0.961	0.16
237_Y	661_R	0.961	0.16
154_V	167_S	0.959	0.16
227_D	237_Y	0.954	0.16
646_G	661_R	0.953	0.16
100_T	104_M	0.951	0.16
227_D	591_Y	0.951	0.16
105_I	109_N	0.951	0.16
125_D	178_T	0.950	0.16
201_N	593_D	0.947	0.16
195_L	238_L	0.947	0.16
198_R	237_Y	0.944	0.16
501_T	558_L	0.944	0.16
100_T	107_I	0.944	0.16
314_N	661_R	0.939	0.16
97_R	101_P	0.939	0.16
238_L	589_I	0.939	0.16
185_D	319_A	0.938	0.16
195_L	468_P	0.932	0.16
228_L	561_L	0.932	0.16
602_T	606_P	0.932	0.16
190_T	589_I	0.931	0.16
384_T	488_N	0.931	0.16
234_K	237_Y	0.928	0.16
227_D	646_G	0.928	0.16
254_Q	597_R	0.925	0.16
206_N	661_R	0.925	0.16
310_D	315_H	0.923	0.15
280_W	344_G	0.922	0.15
150_Q	157_G	0.922	0.15
195_L	337_D	0.922	0.15
198_R	591_Y	0.922	0.15
149_Q	169_G	0.920	0.15
159_I	174_E	0.917	0.15
98_S	101_P	0.915	0.15
250_A	280_W	0.914	0.15
157_G	164_A	0.913	0.15
250_A	275_Y	0.912	0.15
250_A	460_D	0.912	0.15
159_I	170_L	0.911	0.15
157_G	162_Q	0.909	0.15
149_Q	159_I	0.907	0.15
589_I	606_P	0.907	0.15
272_Y	464_H	0.906	0.15
101_P	108_Q	0.906	0.15
230_G	661_R	0.904	0.15
109_N	114_V	0.902	0.15
313_M	469_A	0.901	0.15
142_A	145_D	0.901	0.15
243_V	276_Y	0.901	0.15
541_M	669_L	0.900	0.15
502_G	590_F	0.899	0.15
117_L	120_E	0.899	0.15
198_R	646_G	0.898	0.15
370_K	451_D	0.896	0.15
406_D	410_E	0.896	0.15
312_V	637_R	0.895	0.15
330_G	333_Y	0.894	0.15
228_L	582_L	0.893	0.15
346_R	665_D	0.893	0.15
306_R	558_L	0.884	0.15
511_Q	570_R	0.884	0.15
283_L	671_V	0.881	0.15
225_G	611_R	0.879	0.15
567_R	634_S	0.876	0.15
314_N	591_Y	0.873	0.15
625_A	632_K	0.871	0.15
107_I	110_A	0.869	0.15
242_G	503_E	0.869	0.15
242_G	565_D	0.869	0.15
203_D	287_M	0.868	0.14
313_M	470_W	0.866	0.14
199_F	458_R	0.866	0.14
226_G	503_E	0.863	0.14
226_G	565_D	0.863	0.14
401_L	406_D	0.861	0.14
160_M	169_G	0.860	0.14
334_L	340_K	0.858	0.14
453_G	637_R	0.856	0.14
131_V	138_P	0.855	0.14
602_T	605_D	0.853	0.14
150_Q	172_L	0.852	0.14
243_V	589_I	0.850	0.14
324_M	329_F	0.850	0.14
134_S	155_K	0.849	0.14
155_K	170_L	0.845	0.14
275_Y	315_H	0.844	0.14
315_H	460_D	0.844	0.14
651_L	669_L	0.844	0.14
424_K	429_A	0.843	0.14
333_Y	337_D	0.841	0.14
101_P	104_M	0.841	0.14
410_E	417_L	0.840	0.14
545_W	658_G	0.840	0.14
353_A	357_T	0.839	0.14
527_Y	590_F	0.833	0.14
309_F	567_R	0.831	0.14
168_N	172_L	0.831	0.14
626_S	658_G	0.831	0.14
273_H	591_Y	0.829	0.14
606_P	616_W	0.828	0.14
399_M	404_L	0.828	0.14
334_L	343_L	0.828	0.14
230_G	236_D	0.827	0.14
199_F	310_D	0.824	0.14
189_A	584_P	0.821	0.14
110_A	118_V	0.821	0.14
524_N	616_W	0.820	0.14
202_G	315_H	0.817	0.14
192_Y	503_E	0.816	0.14
192_Y	565_D	0.816	0.14
284_D	503_E	0.816	0.14
284_D	565_D	0.816	0.14
353_A	360_S	0.816	0.14
503_E	592_G	0.816	0.14
503_E	594_E	0.816	0.14
565_D	592_G	0.816	0.14
565_D	594_E	0.816	0.14
156_N	173_L	0.812	0.14
340_K	343_L	0.808	0.13
412_T	419_V	0.805	0.13
227_D	590_F	0.803	0.13
138_P	441_L	0.802	0.13
604_S	615_N	0.798	0.13
426_D	430_K	0.798	0.13
511_Q	516_R	0.797	0.13
325_Q	330_G	0.796	0.13
411_S	414_A	0.791	0.13
334_L	337_D	0.790	0.13
214_K	282_N	0.789	0.13
469_A	527_Y	0.787	0.13
153_I	162_Q	0.787	0.13
445_L	580_L	0.786	0.13
197_D	448_W	0.786	0.13
160_M	165_A	0.784	0.13
355_G	631_Q	0.783	0.13
104_M	112_E	0.779	0.13
160_M	163_P	0.778	0.13
153_I	156_N	0.778	0.13
196_T	249_S	0.777	0.13
138_P	143_V	0.777	0.13
248_I	276_Y	0.777	0.13
342_S	345_E	0.776	0.13
150_Q	160_M	0.775	0.13
247_W	525_F	0.774	0.13
168_N	171_L	0.769	0.13
139_E	142_A	0.769	0.13
331_A	372_G	0.766	0.13
487_A	490_D	0.766	0.13
352_P	359_H	0.764	0.13
429_A	432_I	0.764	0.13
596_S	623_S	0.763	0.13
103_L	112_E	0.760	0.13
227_D	310_D	0.756	0.13
152_A	156_N	0.755	0.13
150_Q	162_Q	0.754	0.13
334_L	344_G	0.754	0.13
616_W	621_G	0.752	0.13
548_M	551_K	0.748	0.13
195_L	623_S	0.746	0.12
273_H	646_G	0.745	0.12
288_G	611_R	0.745	0.12
160_M	170_L	0.744	0.12
603_G	611_R	0.743	0.12
449_V	670_V	0.742	0.12
198_R	590_F	0.741	0.12
238_L	280_W	0.741	0.12
647_K	662_E	0.741	0.12
273_H	461_T	0.740	0.12
155_K	162_Q	0.740	0.12
538_L	626_S	0.740	0.12
593_D	596_S	0.738	0.12
150_Q	173_L	0.737	0.12
228_L	530_Q	0.736	0.12
490_D	596_S	0.734	0.12
302_Q	639_R	0.734	0.12
527_Y	669_L	0.733	0.12
332_L	343_L	0.733	0.12
156_N	172_L	0.733	0.12
315_H	585_G	0.733	0.12
303_R	426_D	0.731	0.12
354_A	374_D	0.729	0.12
199_F	590_F	0.728	0.12
199_F	315_H	0.728	0.12
291_A	491_K	0.726	0.12
225_G	273_H	0.725	0.12
159_I	163_P	0.723	0.12
519_F	524_N	0.722	0.12
469_A	472_Q	0.722	0.12
129_L	134_S	0.717	0.12
603_G	613_D	0.717	0.12
107_I	118_V	0.711	0.12
251_P	466_E	0.711	0.12
227_D	236_D	0.710	0.12
212_R	444_W	0.708	0.12
343_L	349_D	0.706	0.12
280_W	504_A	0.706	0.12
101_P	105_I	0.705	0.12
287_M	329_F	0.704	0.12
473_L	520_D	0.704	0.12
192_Y	235_L	0.703	0.12
235_L	284_D	0.703	0.12
235_L	592_G	0.703	0.12
235_L	594_E	0.703	0.12
416_G	421_Y	0.703	0.12
158_Q	164_A	0.703	0.12
396_D	399_M	0.703	0.12
314_N	458_R	0.702	0.12
191_V	306_R	0.701	0.12
293_L	309_F	0.701	0.12
539_A	543_T	0.700	0.12
144_R	154_V	0.696	0.12
376_W	392_P	0.696	0.12
328_Q	471_Q	0.695	0.12
126_G	130_T	0.695	0.12
282_N	459_V	0.695	0.12
273_H	590_F	0.695	0.12
151_I	163_P	0.694	0.12
153_I	157_G	0.694	0.12
202_G	661_R	0.693	0.12
254_Q	501_T	0.693	0.12
329_F	334_L	0.693	0.12
417_L	422_K	0.693	0.12
105_I	108_Q	0.692	0.12
527_Y	571_E	0.691	0.12
230_G	591_Y	0.691	0.12
315_H	590_F	0.691	0.12
434_G	628_A	0.690	0.12
196_T	602_T	0.689	0.12
162_Q	169_G	0.688	0.12
202_G	234_K	0.688	0.12
398_T	401_L	0.687	0.12
335_S	339_V	0.687	0.12
225_G	314_N	0.686	0.12
247_W	457_F	0.686	0.12
315_H	564_H	0.684	0.12
196_T	461_T	0.682	0.12
187_H	249_S	0.680	0.12
527_Y	545_W	0.677	0.11
340_K	345_E	0.677	0.11
251_P	276_Y	0.677	0.11
413_T	632_K	0.677	0.11
275_Y	661_R	0.672	0.11
460_D	661_R	0.672	0.11
230_G	590_F	0.671	0.11
104_M	123_K	0.671	0.11
185_D	203_D	0.669	0.11
415_S	419_V	0.669	0.11
191_V	558_L	0.668	0.11
155_K	174_E	0.667	0.11
270_Y	560_Y	0.667	0.11
458_R	591_Y	0.666	0.11
393_G	533_K	0.665	0.11
236_D	303_R	0.664	0.11
223_F	448_W	0.663	0.11
427_T	430_K	0.663	0.11
225_G	315_H	0.662	0.11
108_Q	115_A	0.661	0.11
206_N	237_Y	0.661	0.11
402_A	405_P	0.661	0.11
225_G	230_G	0.657	0.11
325_Q	334_L	0.657	0.11
230_G	646_G	0.656	0.11
166_T	172_L	0.656	0.11
429_A	433_D	0.655	0.11
294_R	556_N	0.654	0.11
314_N	646_G	0.654	0.11
457_F	498_F	0.654	0.11
506_G	586_A	0.652	0.11
102_T	493_L	0.652	0.11
295_T	643_I	0.652	0.11
275_Y	503_E	0.651	0.11
275_Y	565_D	0.651	0.11
459_V	462_A	0.651	0.11
460_D	503_E	0.651	0.11
460_D	565_D	0.651	0.11
236_D	273_H	0.651	0.11
277_T	656_G	0.651	0.11
199_F	241_L	0.650	0.11
250_A	276_Y	0.649	0.11
153_I	159_I	0.649	0.11
185_D	583_A	0.649	0.11
230_G	461_T	0.649	0.11
469_A	476_E	0.648	0.11
188_N	644_G	0.648	0.11
511_Q	527_Y	0.648	0.11
225_G	271_A	0.648	0.11
365_I	369_D	0.647	0.11
333_Y	338_E	0.647	0.11
103_L	110_A	0.646	0.11
105_I	117_L	0.645	0.11
100_T	103_L	0.644	0.11
187_H	521_A	0.644	0.11
230_G	310_D	0.644	0.11
230_G	241_L	0.644	0.11
275_Y	564_H	0.643	0.11
460_D	564_H	0.643	0.11
202_G	502_G	0.639	0.11
235_L	453_G	0.639	0.11
149_Q	156_N	0.638	0.11
332_L	340_K	0.636	0.11
224_H	614_M	0.636	0.11
157_G	167_S	0.634	0.11
614_M	617_Q	0.634	0.11
310_D	314_N	0.632	0.11
401_L	405_P	0.632	0.11
107_I	111_A	0.629	0.11
197_D	201_N	0.629	0.11
315_H	502_G	0.629	0.11
252_F	280_W	0.627	0.11
112_E	117_L	0.626	0.11
437_P	642_A	0.626	0.11
98_S	102_T	0.625	0.11
227_D	241_L	0.624	0.11
250_A	576_A	0.624	0.11
447_Q	451_D	0.624	0.11
372_G	469_A	0.624	0.11
198_R	458_R	0.623	0.11
602_T	611_R	0.622	0.11
618_D	623_S	0.621	0.11
197_D	611_R	0.619	0.11
239_Q	302_Q	0.618	0.11
287_M	445_L	0.618	0.11
99_G	104_M	0.617	0.11
246_L	285_A	0.617	0.11
250_A	324_M	0.615	0.11
373_W	378_G	0.615	0.11
104_M	107_I	0.614	0.11
251_P	445_L	0.614	0.11
149_Q	164_A	0.613	0.11
193_F	254_Q	0.613	0.11
156_N	161_L	0.613	0.11
141_A	144_R	0.612	0.11
341_K	346_R	0.612	0.11
121_C	144_R	0.611	0.11
570_R	623_S	0.611	0.11
106_S	114_V	0.610	0.11
137_F	154_V	0.609	0.11
227_D	458_R	0.608	0.11
190_T	387_G	0.608	0.11
103_L	108_Q	0.607	0.10
411_S	416_G	0.607	0.10
154_V	165_A	0.606	0.10
152_A	158_Q	0.606	0.10
310_D	591_Y	0.606	0.10
580_L	583_A	0.603	0.10
456_G	470_W	0.602	0.10
105_I	112_E	0.602	0.10
193_F	249_S	0.601	0.10
244_N	671_V	0.601	0.10
201_N	303_R	0.600	0.10
520_D	563_S	0.600	0.10
226_G	235_L	0.600	0.10
155_K	165_A	0.599	0.10
241_L	591_Y	0.599	0.10
325_Q	329_F	0.598	0.10
457_F	464_H	0.598	0.10
156_N	160_M	0.597	0.10
246_L	496_K	0.596	0.10
277_T	539_A	0.596	0.10
336_G	342_S	0.596	0.10
314_N	593_D	0.595	0.10
190_T	248_I	0.593	0.10
287_M	290_E	0.592	0.10
533_K	571_E	0.592	0.10
270_Y	563_S	0.591	0.10
348_S	351_K	0.589	0.10
574_D	634_S	0.588	0.10
197_D	593_D	0.586	0.10
549_A	552_L	0.585	0.10
198_R	236_D	0.584	0.10
100_T	109_N	0.583	0.10
278_Q	311_V	0.583	0.10
309_F	603_G	0.583	0.10
502_G	661_R	0.582	0.10
273_H	458_R	0.582	0.10
285_A	530_Q	0.581	0.10
457_F	461_T	0.580	0.10
318_Y	562_S	0.579	0.10
194_V	231_L	0.579	0.10
275_Y	314_N	0.578	0.10
314_N	460_D	0.578	0.10
269_H	445_L	0.578	0.10
327_Y	338_E	0.578	0.10
299_S	491_K	0.577	0.10
288_G	596_S	0.577	0.10
150_Q	153_I	0.576	0.10
196_T	311_V	0.576	0.10
387_G	561_L	0.574	0.10
198_R	502_G	0.573	0.10
226_G	242_G	0.573	0.10
106_S	368_S	0.572	0.10
181_S	543_T	0.571	0.10
593_D	611_R	0.571	0.10
198_R	241_L	0.571	0.10
229_R	633_I	0.568	0.10
356_Q	361_F	0.566	0.10
376_W	379_K	0.566	0.10
198_R	585_G	0.565	0.10
230_G	234_K	0.565	0.10
152_A	174_E	0.563	0.10
100_T	133_V	0.563	0.10
299_S	412_T	0.562	0.10
298_D	596_S	0.560	0.10
109_N	116_S	0.559	0.10
299_S	620_S	0.559	0.10
315_H	461_T	0.558	0.10
199_F	202_G	0.557	0.10
356_Q	359_H	0.557	0.10
344_G	348_S	0.556	0.10
273_H	564_H	0.556	0.10
244_N	561_L	0.556	0.10
308_L	328_Q	0.555	0.10
367_F	548_M	0.554	0.10
604_S	611_R	0.554	0.10
241_L	661_R	0.554	0.10
201_N	293_L	0.554	0.10
529_E	590_F	0.554	0.10
313_M	590_F	0.553	0.10
537_C	546_Q	0.552	0.10
235_L	304_G	0.551	0.10
448_W	611_R	0.551	0.10
193_F	560_Y	0.551	0.10
198_R	310_D	0.551	0.10
279_D	315_H	0.550	0.10
187_H	296_L	0.550	0.10
462_A	522_M	0.550	0.10
308_L	655_Q	0.549	0.10
391_N	434_G	0.548	0.10
163_P	168_N	0.547	0.10
99_G	105_I	0.546	0.10
225_G	276_Y	0.546	0.10
329_F	343_L	0.545	0.10
393_G	406_D	0.544	0.10
327_Y	332_L	0.544	0.10
442_T	638_A	0.544	0.10
561_L	579_L	0.542	0.10
161_L	635_Q	0.542	0.10
564_H	585_G	0.541	0.10
393_G	657_Y	0.541	0.10
276_Y	604_S	0.540	0.10
205_S	229_R	0.540	0.10
396_D	401_L	0.540	0.10
472_Q	570_R	0.540	0.10
652_L	669_L	0.540	0.10
222_T	320_T	0.539	0.10
462_A	669_L	0.539	0.10
369_D	385_D	0.538	0.10
285_A	388_D	0.537	0.10
209_S	212_R	0.537	0.10
249_S	504_A	0.534	0.10
223_F	317_G	0.533	0.10
273_H	310_D	0.533	0.10
246_L	605_D	0.533	0.10
523_I	563_S	0.533	0.10
161_L	665_D	0.532	0.10
225_G	596_S	0.532	0.10
610_T	616_W	0.531	0.10
119_R	122_P	0.531	0.10
633_I	642_A	0.530	0.10
461_T	560_Y	0.530	0.10
250_A	458_R	0.530	0.10
249_S	274_G	0.528	0.09
228_L	239_Q	0.527	0.09
276_Y	445_L	0.527	0.09
117_L	123_K	0.524	0.09
225_G	470_W	0.521	0.09
312_V	661_R	0.521	0.09
233_N	295_T	0.520	0.09
192_Y	242_G	0.520	0.09
242_G	284_D	0.520	0.09
242_G	592_G	0.520	0.09
242_G	594_E	0.520	0.09
564_H	646_G	0.520	0.09
536_D	574_D	0.519	0.09
371_T	628_A	0.518	0.09
228_L	249_S	0.518	0.09
368_S	610_T	0.517	0.09
230_G	458_R	0.517	0.09
170_L	297_V	0.517	0.09
165_A	172_L	0.515	0.09
162_Q	174_E	0.514	0.09
399_M	406_D	0.514	0.09
417_L	426_D	0.514	0.09
289_N	511_Q	0.514	0.09
208_Q	643_I	0.514	0.09
300_A	641_P	0.513	0.09
228_L	252_F	0.512	0.09
228_L	277_T	0.512	0.09
563_S	601_P	0.512	0.09
604_S	616_W	0.512	0.09
596_S	653_L	0.511	0.09
171_L	174_E	0.510	0.09
101_P	114_V	0.509	0.09
374_D	633_I	0.507	0.09
491_K	494_D	0.506	0.09
527_Y	631_Q	0.506	0.09
272_Y	525_F	0.506	0.09
490_D	624_A	0.506	0.09
442_T	472_Q	0.505	0.09
353_A	414_A	0.505	0.09
237_Y	453_G	0.504	0.09
249_S	464_H	0.503	0.09
382_I	415_S	0.503	0.09
193_F	629_H	0.502	0.09
470_W	520_D	0.502	0.09
491_K	532_A	0.501	0.09
492_A	574_D	0.501	0.09
237_Y	241_L	0.500	0.09

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
1ea9C	2	0.7515	100	0.612	Contact Map
4aefA	1	0.8062	100	0.612	Contact Map
4aeeA	1	0.858	100	0.612	Contact Map
1j0hA	2	0.75	100	0.616	Contact Map
1wzlA	2	0.7515	100	0.618	Contact Map
1ji1A	1	0.7559	100	0.625	Contact Map
2wc7A	2	0.5799	100	0.627	Contact Map
1qhoA	1	0.6065	100	0.63	Contact Map
3bmvA	1	0.6183	100	0.636	Contact Map
1cygA	1	0.6139	100	0.636	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0142 seconds.