YIID - ECOLI - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

YIID - Uncharacterized protein YiiD

UniProt:	P0ADQ2	Sequences: MSQLPGLSRETRESIAMYHLRVPQTEEELERYYQFRWEMLRKPLHQPKGSERDAWDAMAHHQMVVDEQGNLVAVGRLYINADNEASIRFMAVHPDVQDKGLGTLMAMTLESVARQEGVKRVTCSAREDAVEFFAKLGFVNQGEITTPTTTPIRHFLMIKPVATLDDILHRGDWCAQLQQAWYEHIPLSEKMGVRIQQYTGQKFITTMPETGNQNPHHTLFAGSLFSLATLTGWGLIWLMLRERHLGGTIILADAHIRYSKPISGKPHAVADLGALSGDLDRLARGRKARVQMQVEIFGDETPGAVFEGTYIVLPAKPFGPYEEGGNEEE	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
EcoGene:	EG11853
Length:	329 (299)
Sequences:	115 (57)
Seq/√Len:	3.3

ECOLI - YIID

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
247_G	312_V	4.713	0.87
27_E	31_R	4.605	0.86
90_M	133_F	3.491	0.65
219_L	224_L	3.093	0.55
285_G	310_Y	3.085	0.55
35_F	225_F	2.926	0.51
30_E	74_V	2.787	0.47
86_S	207_M	2.578	0.42
66_D	70_N	2.477	0.39
38_E	42_K	2.456	0.39
98_D	188_S	2.373	0.36
226_S	292_M	2.348	0.36
89_F	133_F	2.307	0.35
65_V	71_L	2.291	0.35
287_K	314_P	2.242	0.33
122_T	171_G	2.185	0.32
205_T	211_G	2.162	0.32
187_L	204_I	2.106	0.30
136_L	254_A	2.096	0.30
118_V	187_L	2.067	0.29
205_T	231_T	2.041	0.29
227_L	231_T	2.007	0.28
174_C	197_Q	2.007	0.28
129_A	154_H	1.926	0.26
68_Q	105_M	1.923	0.26
20_L	257_R	1.922	0.26
71_L	160_P	1.902	0.26
44_L	56_D	1.880	0.25
75_G	100_G	1.865	0.25
55_W	171_G	1.834	0.25
125_A	154_H	1.824	0.24
89_F	106_A	1.814	0.24
80_N	303_G	1.811	0.24
77_L	188_S	1.808	0.24
80_N	226_S	1.795	0.24
85_A	252_A	1.781	0.24
89_F	154_H	1.744	0.23
28_E	292_M	1.707	0.22
90_M	154_H	1.700	0.22
41_R	261_P	1.655	0.21
59_A	124_S	1.653	0.21
118_V	194_R	1.640	0.21
105_M	193_V	1.621	0.21
35_F	133_F	1.612	0.20
254_A	257_R	1.609	0.20
28_E	194_R	1.607	0.20
141_Q	225_F	1.604	0.20
173_W	253_D	1.602	0.20
17_M	192_G	1.583	0.20
181_W	266_P	1.579	0.20
187_L	211_G	1.579	0.20
34_Q	193_V	1.576	0.20
85_A	309_T	1.563	0.20
26_E	176_Q	1.557	0.20
90_M	125_A	1.555	0.20
63_M	200_G	1.551	0.19
123_C	154_H	1.534	0.19
232_G	294_V	1.526	0.19
139_V	194_R	1.514	0.19
124_S	219_L	1.513	0.19
171_G	192_G	1.511	0.19
232_G	310_Y	1.474	0.18
203_F	239_M	1.471	0.18
59_A	290_V	1.465	0.18
175_A	231_T	1.450	0.18
247_G	254_A	1.446	0.18
59_A	134_A	1.439	0.18
80_N	253_D	1.435	0.18
215_P	243_R	1.428	0.18
189_E	205_T	1.424	0.17
226_S	279_L	1.420	0.17
101_L	236_I	1.395	0.17
298_G	303_G	1.390	0.17
55_W	122_T	1.389	0.17
111_S	225_F	1.382	0.17
19_H	161_V	1.377	0.17
44_L	125_A	1.366	0.17
92_V	294_V	1.364	0.17
46_Q	154_H	1.339	0.16
193_V	290_V	1.337	0.16
20_L	278_D	1.332	0.16
125_A	204_I	1.325	0.16
192_G	198_Y	1.307	0.16
187_L	210_T	1.305	0.16
195_I	278_D	1.293	0.16
171_G	242_E	1.289	0.15
205_T	226_S	1.288	0.15
84_E	198_Y	1.282	0.15
187_L	192_G	1.280	0.15
167_I	235_L	1.277	0.15
150_T	312_V	1.275	0.15
156_L	174_C	1.265	0.15
250_I	314_P	1.264	0.15
240_L	304_A	1.251	0.15
44_L	149_T	1.247	0.15
57_A	240_L	1.243	0.15
97_Q	184_H	1.239	0.15
209_E	219_L	1.237	0.15
107_M	215_P	1.222	0.15
75_G	200_G	1.221	0.15
278_D	289_R	1.219	0.15
192_G	199_T	1.209	0.14
39_M	225_F	1.208	0.14
100_G	200_G	1.208	0.14
84_E	247_G	1.201	0.14
65_V	262_I	1.201	0.14
92_V	232_G	1.197	0.14
72_V	275_L	1.192	0.14
64_V	299_D	1.183	0.14
70_N	99_K	1.180	0.14
212_N	223_S	1.159	0.14
205_T	304_A	1.157	0.14
41_R	44_L	1.156	0.14
59_A	130_V	1.149	0.14
38_E	226_S	1.148	0.14
17_M	187_L	1.144	0.14
18_Y	226_S	1.142	0.14
118_V	267_H	1.133	0.13
98_D	138_F	1.131	0.13
86_S	219_L	1.131	0.13
62_Q	187_L	1.125	0.13
44_L	133_F	1.119	0.13
227_L	289_R	1.118	0.13
217_H	298_G	1.117	0.13
184_H	215_P	1.117	0.13
101_L	249_I	1.114	0.13
133_F	154_H	1.110	0.13
244_H	289_R	1.097	0.13
192_G	226_S	1.097	0.13
78_Y	180_A	1.095	0.13
44_L	71_L	1.091	0.13
254_A	312_V	1.088	0.13
126_R	132_F	1.087	0.13
25_T	30_E	1.087	0.13
92_V	249_I	1.083	0.13
56_D	184_H	1.074	0.13
242_E	277_G	1.074	0.13
205_T	292_M	1.071	0.13
187_L	194_R	1.063	0.13
81_A	298_G	1.054	0.13
62_Q	219_L	1.054	0.13
80_N	173_W	1.053	0.13
138_F	241_R	1.050	0.12
121_V	150_T	1.048	0.12
138_F	171_G	1.043	0.12
118_V	198_Y	1.040	0.12
18_Y	64_V	1.038	0.12
171_G	199_T	1.027	0.12
24_Q	71_L	1.026	0.12
122_T	138_F	1.021	0.12
208_P	211_G	1.012	0.12
32_Y	159_K	1.005	0.12
34_Q	204_I	1.003	0.12
55_W	120_R	1.003	0.12
97_Q	199_T	0.999	0.12
20_L	215_P	0.999	0.12
274_A	292_M	0.998	0.12
94_P	179_Q	0.989	0.12
118_V	204_I	0.987	0.12
260_K	298_G	0.981	0.12
124_S	224_L	0.981	0.12
235_L	270_A	0.978	0.12
97_Q	276_S	0.978	0.12
226_S	238_L	0.970	0.12
90_M	261_P	0.963	0.12
17_M	198_Y	0.962	0.11
215_P	250_I	0.959	0.11
20_L	235_L	0.958	0.11
52_R	252_A	0.956	0.11
158_I	284_R	0.955	0.11
194_R	199_T	0.954	0.11
35_F	123_C	0.953	0.11
62_Q	299_D	0.953	0.11
73_A	100_G	0.951	0.11
63_M	75_G	0.948	0.11
18_Y	292_M	0.946	0.11
39_M	52_R	0.942	0.11
52_R	260_K	0.937	0.11
240_L	248_T	0.936	0.11
46_Q	241_R	0.935	0.11
59_A	65_V	0.931	0.11
161_V	183_E	0.930	0.11
33_Y	196_Q	0.930	0.11
142_G	303_G	0.926	0.11
178_Q	197_Q	0.923	0.11
101_L	292_M	0.921	0.11
157_M	232_G	0.917	0.11
39_M	45_H	0.917	0.11
44_L	148_T	0.915	0.11
127_E	225_F	0.910	0.11
94_P	285_G	0.907	0.11
63_M	100_G	0.907	0.11
29_L	148_T	0.907	0.11
65_V	289_R	0.906	0.11
218_T	305_V	0.904	0.11
90_M	207_M	0.903	0.11
122_T	192_G	0.899	0.11
25_T	63_M	0.899	0.11
31_R	139_V	0.899	0.11
28_E	246_G	0.890	0.11
72_V	143_E	0.889	0.11
86_S	133_F	0.887	0.11
59_A	155_F	0.884	0.11
205_T	227_L	0.882	0.11
138_F	312_V	0.882	0.11
55_W	198_Y	0.881	0.11
82_D	257_R	0.880	0.11
104_L	279_L	0.880	0.11
135_K	195_I	0.876	0.11
57_A	146_T	0.875	0.11
56_D	199_T	0.874	0.11
22_V	44_L	0.872	0.11
18_Y	167_I	0.871	0.11
95_D	300_E	0.869	0.11
138_F	254_A	0.868	0.11
80_N	198_Y	0.867	0.11
127_E	295_E	0.858	0.10
80_N	205_T	0.857	0.10
46_Q	152_I	0.855	0.10
171_G	198_Y	0.855	0.10
37_W	131_E	0.854	0.10
89_F	169_H	0.853	0.10
68_Q	248_T	0.853	0.10
163_T	226_S	0.850	0.10
182_Y	292_M	0.850	0.10
24_Q	34_Q	0.847	0.10
193_V	229_T	0.840	0.10
102_G	132_F	0.839	0.10
84_E	236_I	0.839	0.10
17_M	242_E	0.833	0.10
268_A	297_F	0.831	0.10
79_I	138_F	0.827	0.10
37_W	137_G	0.827	0.10
20_L	265_K	0.826	0.10
139_V	315_A	0.821	0.10
105_M	307_E	0.820	0.10
227_L	313_L	0.820	0.10
18_Y	106_A	0.818	0.10
57_A	277_G	0.817	0.10
208_P	217_H	0.815	0.10
154_H	157_M	0.814	0.10
41_R	127_E	0.812	0.10
262_I	286_R	0.810	0.10
125_A	152_I	0.807	0.10
123_C	225_F	0.806	0.10
29_L	33_Y	0.806	0.10
225_F	253_D	0.803	0.10
187_L	193_V	0.802	0.10
54_A	86_S	0.798	0.10
54_A	83_N	0.798	0.10
22_V	161_V	0.798	0.10
240_L	259_S	0.798	0.10
133_F	189_E	0.797	0.10
156_L	204_I	0.795	0.10
178_Q	242_E	0.789	0.10
270_A	292_M	0.788	0.10
170_R	272_L	0.784	0.10
33_Y	135_K	0.784	0.10
63_M	277_G	0.782	0.10
85_A	296_I	0.781	0.10
64_V	226_S	0.780	0.10
170_R	231_T	0.778	0.10
35_F	309_T	0.775	0.10
98_D	216_H	0.775	0.10
71_L	215_P	0.773	0.10
57_A	299_D	0.772	0.10
81_A	167_I	0.766	0.10
218_T	227_L	0.764	0.10
152_I	193_V	0.763	0.10
252_A	311_I	0.761	0.10
254_A	311_I	0.761	0.10
244_H	307_E	0.760	0.09
56_D	123_C	0.758	0.09
207_M	219_L	0.757	0.09
193_V	299_D	0.755	0.09
118_V	199_T	0.754	0.09
35_F	287_K	0.752	0.09
30_E	85_A	0.749	0.09
243_R	272_L	0.743	0.09
62_Q	86_S	0.742	0.09
183_E	274_A	0.736	0.09
92_V	157_M	0.735	0.09
250_I	282_L	0.733	0.09
45_H	225_F	0.731	0.09
72_V	262_I	0.730	0.09
66_D	142_G	0.729	0.09
237_W	293_Q	0.729	0.09
204_I	207_M	0.729	0.09
46_Q	101_L	0.729	0.09
67_E	108_T	0.728	0.09
89_F	189_E	0.728	0.09
44_L	150_T	0.725	0.09
56_D	71_L	0.721	0.09
59_A	160_P	0.720	0.09
218_T	278_D	0.716	0.09
38_E	118_V	0.711	0.09
28_E	262_I	0.710	0.09
45_H	250_I	0.708	0.09
52_R	303_G	0.706	0.09
22_V	207_M	0.705	0.09
59_A	260_K	0.704	0.09
112_V	133_F	0.701	0.09
38_E	103_T	0.701	0.09
93_H	261_P	0.700	0.09
19_H	29_L	0.697	0.09
56_D	197_Q	0.694	0.09
67_E	315_A	0.692	0.09
225_F	311_I	0.691	0.09
30_E	205_T	0.689	0.09
89_F	129_A	0.688	0.09
206_T	257_R	0.687	0.09
144_I	298_G	0.683	0.09
265_K	305_V	0.682	0.09
18_Y	59_A	0.682	0.09
131_E	252_A	0.682	0.09
131_E	218_T	0.682	0.09
133_F	226_S	0.679	0.09
34_Q	38_E	0.679	0.09
184_H	203_F	0.678	0.09
125_A	211_G	0.676	0.09
62_Q	178_Q	0.674	0.09
178_Q	199_T	0.673	0.09
114_R	163_T	0.671	0.09
82_D	190_K	0.670	0.09
187_L	241_R	0.669	0.09
85_A	140_N	0.666	0.09
224_L	256_I	0.665	0.09
137_G	240_L	0.664	0.09
103_T	279_L	0.663	0.09
156_L	207_M	0.661	0.09
62_Q	206_T	0.660	0.09
181_W	258_Y	0.656	0.09
135_K	289_R	0.655	0.09
84_E	189_E	0.654	0.09
227_L	302_P	0.654	0.09
215_P	242_E	0.649	0.09
84_E	174_C	0.648	0.09
198_Y	242_E	0.647	0.09
90_M	311_I	0.646	0.09
178_Q	313_L	0.646	0.09
292_M	296_I	0.644	0.08
200_G	268_A	0.644	0.08
215_P	265_K	0.640	0.08
25_T	135_K	0.638	0.08
44_L	145_T	0.637	0.08
35_F	55_W	0.635	0.08
133_F	207_M	0.634	0.08
135_K	296_I	0.634	0.08
27_E	182_Y	0.634	0.08
194_R	206_T	0.632	0.08
118_V	193_V	0.631	0.08
93_H	215_P	0.631	0.08
121_V	299_D	0.630	0.08
125_A	129_A	0.628	0.08
27_E	121_V	0.627	0.08
148_T	187_L	0.626	0.08
44_L	275_L	0.626	0.08
225_F	280_D	0.625	0.08
78_Y	298_G	0.623	0.08
47_P	294_V	0.621	0.08
289_R	302_P	0.617	0.08
34_Q	182_Y	0.616	0.08
129_A	303_G	0.615	0.08
59_A	283_A	0.614	0.08
212_N	306_F	0.612	0.08
223_S	306_F	0.612	0.08
55_W	174_C	0.610	0.08
71_L	125_A	0.607	0.08
106_A	136_L	0.606	0.08
84_E	192_G	0.606	0.08
231_T	266_P	0.606	0.08
192_G	242_E	0.605	0.08
89_F	167_I	0.605	0.08
161_V	168_L	0.601	0.08
89_F	123_C	0.601	0.08
84_E	167_I	0.600	0.08
239_M	255_H	0.600	0.08
129_A	256_I	0.599	0.08
121_V	270_A	0.598	0.08
97_Q	291_Q	0.594	0.08
44_L	86_S	0.593	0.08
131_E	153_R	0.592	0.08
93_H	152_I	0.590	0.08
59_A	131_E	0.583	0.08
29_L	259_S	0.582	0.08
40_L	88_R	0.581	0.08
121_V	167_I	0.577	0.08
99_K	157_M	0.577	0.08
25_T	98_D	0.576	0.08
110_E	159_K	0.575	0.08
26_E	309_T	0.574	0.08
116_E	190_K	0.574	0.08
41_R	133_F	0.573	0.08
70_N	267_H	0.572	0.08
54_A	207_M	0.569	0.08
218_T	248_T	0.568	0.08
99_K	300_E	0.566	0.08
20_L	206_T	0.566	0.08
41_R	90_M	0.563	0.08
55_W	123_C	0.562	0.08
203_F	288_A	0.559	0.08
50_S	77_L	0.558	0.08
120_R	294_V	0.558	0.08
118_V	192_G	0.556	0.08
180_A	240_L	0.554	0.08
84_E	171_G	0.553	0.08
29_L	123_C	0.552	0.08
71_L	105_M	0.551	0.08
150_T	207_M	0.549	0.08
27_E	67_E	0.549	0.08
25_T	310_Y	0.539	0.08
94_P	215_P	0.538	0.08
22_V	150_T	0.537	0.08
287_K	294_V	0.536	0.08
97_Q	218_T	0.536	0.08
225_F	265_K	0.536	0.08
193_V	279_L	0.533	0.08
226_S	270_A	0.531	0.08
125_A	213_Q	0.531	0.08
57_A	237_W	0.528	0.08
148_T	225_F	0.528	0.08
204_I	267_H	0.527	0.08
224_L	250_I	0.527	0.08
63_M	167_I	0.526	0.08
274_A	295_E	0.525	0.08
41_R	154_H	0.523	0.08
150_T	270_A	0.522	0.08
19_H	138_F	0.521	0.08
86_S	213_Q	0.520	0.08
123_C	133_F	0.520	0.08
44_L	106_A	0.517	0.08
183_E	296_I	0.517	0.08
32_Y	212_N	0.513	0.07
32_Y	223_S	0.513	0.07
64_V	72_V	0.512	0.07
35_F	153_R	0.511	0.07
65_V	243_R	0.511	0.07
124_S	303_G	0.511	0.07
22_V	90_M	0.510	0.07
151_P	203_F	0.504	0.07
204_I	210_T	0.504	0.07
169_H	303_G	0.504	0.07
121_V	133_F	0.504	0.07
85_A	135_K	0.502	0.07
52_R	296_I	0.501	0.07
120_R	237_W	0.501	0.07
163_T	303_G	0.500	0.07
203_F	279_L	0.500	0.07

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
3lmbA	2	0.462	99.9	0.864	Contact Map
1t82A	2	0.4529	99.9	0.867	Contact Map
3efaA	2	0.4407	99.8	0.872	Contact Map
1ro5A	5	0.4894	99.8	0.875	Contact Map
1kzfA	1	0.4772	99.8	0.875	Contact Map
3p2hA	1	0.4681	99.8	0.878	Contact Map
2jdcA	1	0.4195	99.8	0.88	Contact Map
1q2yA	1	0.4255	99.8	0.885	Contact Map
1xebA	2	0.4377	99.7	0.887	Contact Map
2g0bA	4	0.4954	99.7	0.889	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0096 seconds.