CYDA - ECOLI - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

CYDA - Cytochrome bd-I ubiquinol oxidase subunit 1

UniProt:	P0ABJ9	Sequences: MLDIVELSRLQFALTAMYHFLFVPLTLGMAFLLAIMETVYVLSGKQIYKDMTKFWGKLFGINFALGVATGLTMEFQFGTNWSYYSHYVGDIFGAPLAIEGLMAFFLESTFVGLFFFGWDRLGKVQHMCVTWLVALGSNLSALWILVANGWMQNPIASDFNFETMRMEMVSFSELVLNPVAQVKFVHTVASGYVTGAMFILGISAWYMLKGRDFAFAKRSFAIAASFGMAAVLSVIVLGDESGYEMGDVQKTKLAAIEAEWETQPAPAAFTLFGIPDQEEETNKFAIQIPYALGIIATRSVDTPVIGLKELMVQHEERIRNGMKAYSLLEQLRSGSTDQAVRDQFNSMKKDLGYGLLLKRYTPNVADATEAQIQQATKDSIPRVAPLYFAFRIMVACGFLLLAIIALSFWSVIRNRIGEKKWLLRAALYGIPLPWIAVEAGWFVAEYGRQPWAIGEVLPTAVANSSLTAGDLIFSMVLICGLYTLFLVAELFLMFKFARLGPSSLKTGRYHFEQSSTTTQPAR	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
EcoGene:	EG10173
Length:	522 (500)
Sequences:	672 (326)
Seq/√Len:	14.6

ECOLI - CYDA APPC
BACSU - CYDA YTHA
HALSA - O54610

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
201_G	430_I	11.716	1.00
170_S	173_E	8.614	1.00
452_A	462_A	5.793	1.00
133_V	137_S	5.780	1.00
396_C	400_L	5.714	1.00
273_G	282_N	5.669	1.00
34_A	131_W	5.338	1.00
276_D	283_K	4.915	1.00
261_E	308_K	4.774	1.00
235_I	401_L	4.154	1.00
276_D	279_E	3.939	1.00
319_R	369_E	3.650	0.99
194_T	437_V	3.412	0.99
320_N	347_M	3.322	0.99
18_Y	486_L	3.304	0.99
243_Y	298_R	3.248	0.99
469_G	473_F	2.910	0.97
207_M	213_F	2.900	0.97
363_N	366_D	2.819	0.97
399_L	429_G	2.788	0.96
311_M	376_T	2.760	0.96
334_G	337_D	2.759	0.96
44_G	123_K	2.678	0.95
58_L	198_F	2.677	0.95
17_M	442_F	2.629	0.95
296_A	304_V	2.624	0.95
31_F	34_A	2.604	0.94
407_S	422_L	2.562	0.94
162_E	344_F	2.551	0.94
424_R	428_Y	2.443	0.92
297_T	302_T	2.434	0.92
442_F	446_Y	2.331	0.90
270_T	273_G	2.309	0.90
406_L	410_S	2.292	0.90
46_Q	50_D	2.287	0.89
266_P	290_Y	2.243	0.89
368_T	371_Q	2.196	0.87
205_W	211_R	2.190	0.87
483_T	487_V	2.122	0.86
270_T	282_N	2.115	0.85
382_R	385_P	2.108	0.85
4_I	463_N	2.066	0.84
376_T	379_S	2.027	0.83
204_A	207_M	2.011	0.82
205_W	209_K	1.990	0.82
31_F	131_W	1.970	0.81
359_R	378_D	1.968	0.81
195_G	430_I	1.952	0.80
191_G	234_V	1.946	0.80
361_T	364_V	1.919	0.79
416_I	435_I	1.912	0.79
108_S	222_I	1.900	0.78
251_T	307_L	1.891	0.78
160_N	167_E	1.879	0.78
389_A	439_A	1.812	0.75
483_T	486_L	1.788	0.74
452_A	459_T	1.786	0.74
202_I	497_A	1.773	0.73
60_G	115_F	1.770	0.73
337_D	340_V	1.753	0.72
403_I	422_L	1.753	0.72
315_E	373_Q	1.749	0.72
239_D	298_R	1.733	0.71
429_G	432_L	1.730	0.71
270_T	387_Y	1.712	0.70
128_C	132_L	1.706	0.70
490_L	494_F	1.696	0.70
327_L	347_M	1.693	0.70
212_D	502_S	1.686	0.69
476_V	480_G	1.662	0.68
193_V	234_V	1.659	0.68
277_Q	384_A	1.639	0.67
292_L	296_A	1.626	0.66
231_V	401_L	1.615	0.66
195_G	201_G	1.614	0.66
330_Q	366_D	1.599	0.65
315_E	319_R	1.596	0.65
210_G	420_K	1.590	0.65
360_Y	378_D	1.587	0.64
18_Y	483_T	1.580	0.64
230_A	234_V	1.578	0.64
212_D	504_L	1.554	0.63
213_F	217_K	1.538	0.62
242_G	256_I	1.526	0.61
326_S	365_A	1.520	0.61
131_W	195_G	1.512	0.60
232_L	236_V	1.496	0.60
50_D	504_L	1.479	0.59
204_A	220_F	1.479	0.59
158_D	348_K	1.473	0.58
204_A	426_A	1.471	0.58
345_N	348_K	1.465	0.58
312_V	315_E	1.461	0.58
494_F	497_A	1.455	0.57
32_L	196_A	1.439	0.57
294_I	300_V	1.438	0.56
269_F	292_L	1.433	0.56
311_M	380_I	1.423	0.56
251_T	380_I	1.422	0.56
49_K	363_N	1.419	0.55
310_L	314_H	1.415	0.55
272_F	284_F	1.405	0.55
454_G	462_A	1.404	0.55
201_G	494_F	1.398	0.54
339_A	343_Q	1.395	0.54
420_K	424_R	1.385	0.54
228_M	232_L	1.383	0.53
228_M	273_G	1.381	0.53
94_A	168_M	1.372	0.53
410_S	419_K	1.371	0.53
30_A	134_A	1.367	0.53
50_D	212_D	1.364	0.52
94_A	171_F	1.359	0.52
42_L	408_F	1.355	0.52
470_D	473_F	1.348	0.52
452_A	457_L	1.344	0.51
327_L	340_V	1.343	0.51
410_S	415_R	1.339	0.51
71_L	201_G	1.335	0.51
34_A	394_V	1.325	0.50
111_V	170_S	1.324	0.50
137_S	258_A	1.313	0.50
268_A	292_L	1.312	0.50
280_E	311_M	1.305	0.49
292_L	304_V	1.293	0.49
314_H	379_S	1.286	0.48
38_T	131_W	1.285	0.48
170_S	496_F	1.282	0.48
134_A	138_N	1.282	0.48
256_I	269_F	1.281	0.48
311_M	377_K	1.279	0.48
36_M	166_M	1.273	0.47
138_N	195_G	1.271	0.47
161_F	331_L	1.268	0.47
364_V	367_A	1.259	0.47
280_E	377_K	1.258	0.47
466_L	471_L	1.255	0.46
14_L	479_C	1.250	0.46
382_R	446_Y	1.250	0.46
121_L	129_V	1.222	0.45
286_I	388_F	1.215	0.44
399_L	425_A	1.210	0.44
176_L	244_E	1.207	0.44
273_G	383_V	1.206	0.44
197_M	403_I	1.201	0.43
142_L	175_V	1.200	0.43
327_L	379_S	1.197	0.43
395_A	399_L	1.191	0.43
110_F	292_L	1.190	0.43
82_S	474_S	1.187	0.43
240_E	298_R	1.180	0.42
191_G	437_V	1.180	0.42
496_F	499_L	1.179	0.42
294_I	299_S	1.169	0.42
353_Y	356_L	1.162	0.41
361_T	365_A	1.162	0.41
197_M	429_G	1.159	0.41
197_M	201_G	1.159	0.41
9_R	12_F	1.146	0.40
366_D	371_Q	1.143	0.40
47_I	214_A	1.138	0.40
475_M	479_C	1.137	0.40
373_Q	377_K	1.136	0.40
394_V	443_V	1.136	0.40
481_L	485_F	1.130	0.40
248_V	462_A	1.128	0.40
6_E	13_A	1.124	0.39
282_N	414_N	1.124	0.39
269_F	394_V	1.119	0.39
248_V	454_G	1.115	0.39
385_P	442_F	1.113	0.39
33_L	137_S	1.108	0.38
100_G	485_F	1.104	0.38
108_S	235_I	1.103	0.38
396_C	432_L	1.097	0.38
229_A	232_L	1.097	0.38
4_I	8_S	1.096	0.38
57_K	220_F	1.095	0.38
87_Y	166_M	1.088	0.37
173_E	209_K	1.086	0.37
415_R	419_K	1.084	0.37
331_L	335_S	1.084	0.37
138_N	192_Y	1.081	0.37
323_K	347_M	1.078	0.37
106_L	132_L	1.078	0.37
260_W	277_Q	1.077	0.37
76_Q	195_G	1.076	0.37
48_Y	454_G	1.074	0.37
481_L	496_F	1.073	0.37
279_E	283_K	1.064	0.36
108_S	251_T	1.063	0.36
463_N	471_L	1.061	0.36
158_D	169_V	1.061	0.36
333_S	366_D	1.057	0.36
131_W	394_V	1.051	0.36
102_M	459_T	1.050	0.35
108_S	496_F	1.048	0.35
274_I	388_F	1.045	0.35
357_L	361_T	1.043	0.35
480_G	484_L	1.040	0.35
287_Q	296_A	1.040	0.35
430_I	494_F	1.039	0.35
263_Q	303_P	1.032	0.35
280_E	308_K	1.032	0.35
475_M	488_A	1.031	0.35
403_I	426_A	1.030	0.34
229_A	233_S	1.029	0.34
196_A	276_D	1.028	0.34
48_Y	222_I	1.027	0.34
427_L	430_I	1.026	0.34
48_Y	401_L	1.025	0.34
268_A	285_A	1.023	0.34
229_A	250_K	1.023	0.34
374_Q	378_D	1.021	0.34
233_S	250_K	1.020	0.34
271_L	284_F	1.017	0.34
71_L	488_A	1.005	0.33
212_D	503_S	1.005	0.33
305_I	309_E	1.002	0.33
210_G	373_Q	1.002	0.33
251_T	454_G	1.002	0.33
50_D	502_S	0.999	0.33
320_N	350_D	0.998	0.33
476_V	479_C	0.995	0.33
137_S	498_R	0.993	0.33
481_L	497_A	0.989	0.32
206_Y	501_P	0.986	0.32
36_M	51_M	0.984	0.32
122_G	125_Q	0.983	0.32
65_L	94_A	0.982	0.32
65_L	68_A	0.978	0.32
189_A	295_I	0.977	0.32
110_F	132_L	0.977	0.32
41_V	127_M	0.976	0.32
404_I	426_A	0.975	0.32
65_L	71_L	0.972	0.32
120_R	425_A	0.971	0.32
402_A	406_L	0.969	0.31
27_L	139_L	0.966	0.31
380_I	456_V	0.965	0.31
91_I	486_L	0.964	0.31
149_G	420_K	0.963	0.31
239_D	243_Y	0.962	0.31
137_S	194_T	0.962	0.31
387_Y	404_I	0.959	0.31
4_I	471_L	0.958	0.31
232_L	434_W	0.957	0.31
48_Y	57_K	0.950	0.31
7_L	10_L	0.950	0.31
314_H	324_A	0.946	0.30
259_E	304_V	0.946	0.30
231_V	400_L	0.945	0.30
471_L	475_M	0.942	0.30
46_Q	49_K	0.939	0.30
472_I	476_V	0.938	0.30
48_Y	108_S	0.935	0.30
21_L	489_E	0.933	0.30
291_A	309_E	0.930	0.30
377_K	380_I	0.928	0.30
389_A	442_F	0.927	0.30
111_V	453_I	0.926	0.29
410_S	422_L	0.925	0.29
391_R	395_A	0.924	0.29
224_A	407_S	0.919	0.29
129_V	132_L	0.918	0.29
335_S	340_V	0.917	0.29
198_F	493_M	0.911	0.29
33_L	195_G	0.910	0.29
82_S	443_V	0.910	0.29
31_F	138_N	0.909	0.29
478_I	485_F	0.909	0.29
48_Y	251_T	0.905	0.29
284_F	388_F	0.904	0.28
135_L	258_A	0.903	0.28
255_A	386_L	0.902	0.28
158_D	209_K	0.901	0.28
49_K	53_K	0.900	0.28
34_A	195_G	0.900	0.28
259_E	263_Q	0.896	0.28
235_I	400_L	0.895	0.28
479_C	483_T	0.890	0.28
10_L	475_M	0.889	0.28
367_A	372_I	0.887	0.28
13_A	65_L	0.886	0.28
157_S	166_M	0.886	0.28
462_A	467_T	0.885	0.28
197_M	433_P	0.883	0.28
372_I	379_S	0.883	0.28
486_L	490_L	0.883	0.28
31_F	116_F	0.880	0.27
116_F	131_W	0.880	0.27
210_G	418_E	0.875	0.27
8_S	11_Q	0.874	0.27
57_K	108_S	0.873	0.27
71_L	430_I	0.872	0.27
453_I	486_L	0.872	0.27
276_D	281_T	0.872	0.27
14_L	18_Y	0.870	0.27
201_G	424_R	0.865	0.27
73_M	202_I	0.865	0.27
220_F	224_A	0.864	0.27
17_M	157_S	0.864	0.27
46_Q	205_W	0.861	0.27
123_K	213_F	0.860	0.27
82_S	389_A	0.860	0.27
472_I	475_M	0.857	0.26
421_W	426_A	0.856	0.26
31_F	133_V	0.855	0.26
418_E	487_V	0.855	0.26
205_W	428_Y	0.855	0.26
360_Y	371_Q	0.851	0.26
209_K	335_S	0.851	0.26
491_F	495_K	0.850	0.26
395_A	398_F	0.848	0.26
100_G	478_I	0.846	0.26
102_M	142_L	0.846	0.26
133_V	470_D	0.844	0.26
270_T	284_F	0.843	0.26
210_G	320_N	0.840	0.26
34_A	139_L	0.840	0.26
385_P	446_Y	0.837	0.26
155_I	485_F	0.837	0.26
198_F	202_I	0.836	0.26
149_G	240_E	0.836	0.26
134_A	142_L	0.835	0.25
110_F	143_W	0.831	0.25
7_L	475_M	0.831	0.25
47_I	51_M	0.829	0.25
237_L	250_K	0.828	0.25
461_V	465_S	0.824	0.25
137_S	437_V	0.823	0.25
108_S	248_V	0.820	0.25
373_Q	378_D	0.818	0.25
343_Q	346_S	0.817	0.25
48_Y	474_S	0.816	0.25
361_T	366_D	0.816	0.25
6_E	10_L	0.813	0.25
316_E	345_N	0.813	0.25
17_M	413_R	0.808	0.24
245_M	256_I	0.807	0.24
250_K	454_G	0.803	0.24
71_L	423_L	0.799	0.24
38_T	53_K	0.797	0.24
228_M	405_A	0.796	0.24
14_L	475_M	0.795	0.24
374_Q	377_K	0.793	0.24
91_I	168_M	0.791	0.24
354_G	474_S	0.786	0.23
123_K	215_F	0.786	0.23
342_D	346_S	0.785	0.23
141_A	180_A	0.785	0.23
495_K	499_L	0.785	0.23
295_I	298_R	0.784	0.23
50_D	57_K	0.783	0.23
259_E	296_A	0.783	0.23
371_Q	374_Q	0.782	0.23
176_L	383_V	0.780	0.23
322_M	354_G	0.780	0.23
286_I	395_A	0.779	0.23
285_A	292_L	0.779	0.23
452_A	479_C	0.778	0.23
392_I	427_L	0.778	0.23
256_I	305_I	0.776	0.23
94_A	152_Q	0.776	0.23
240_E	243_Y	0.776	0.23
361_T	371_Q	0.774	0.23
410_S	478_I	0.773	0.23
358_K	372_I	0.772	0.23
46_Q	484_L	0.770	0.23
17_M	438_E	0.770	0.23
172_S	292_L	0.769	0.23
342_D	484_L	0.769	0.23
271_L	288_I	0.766	0.23
9_R	13_A	0.765	0.23
484_L	488_A	0.764	0.23
32_L	175_V	0.764	0.23
231_V	246_G	0.763	0.23
30_A	137_S	0.762	0.23
57_K	79_T	0.760	0.22
196_A	231_V	0.760	0.22
204_A	422_L	0.760	0.22
10_L	14_L	0.757	0.22
243_Y	247_D	0.755	0.22
82_S	461_V	0.755	0.22
268_A	287_Q	0.755	0.22
275_P	388_F	0.753	0.22
46_Q	196_A	0.751	0.22
247_D	250_K	0.750	0.22
330_Q	340_V	0.750	0.22
31_F	217_K	0.748	0.22
202_I	502_S	0.747	0.22
253_L	309_E	0.747	0.22
474_S	491_F	0.744	0.22
248_V	310_L	0.742	0.22
17_M	395_A	0.741	0.22
461_V	477_L	0.740	0.22
135_L	172_S	0.739	0.22
146_V	180_A	0.737	0.22
189_A	233_S	0.735	0.22
56_G	114_F	0.734	0.21
294_I	298_R	0.734	0.21
339_A	469_G	0.732	0.21
270_T	391_R	0.732	0.21
312_V	380_I	0.728	0.21
296_A	408_F	0.724	0.21
354_G	457_L	0.724	0.21
386_L	442_F	0.724	0.21
65_L	247_D	0.722	0.21
172_S	302_T	0.721	0.21
220_F	223_A	0.721	0.21
146_V	384_A	0.721	0.21
334_G	345_N	0.719	0.21
4_I	172_S	0.717	0.21
82_S	481_L	0.717	0.21
49_K	212_D	0.717	0.21
146_V	380_I	0.716	0.21
82_S	245_M	0.716	0.21
111_V	173_E	0.715	0.21
220_F	462_A	0.713	0.21
232_L	272_F	0.711	0.21
123_K	420_K	0.710	0.21
422_L	426_A	0.710	0.21
113_L	125_Q	0.710	0.21
79_T	108_S	0.710	0.21
53_K	212_D	0.709	0.21
191_G	199_I	0.708	0.21
398_F	402_A	0.708	0.21
58_L	493_M	0.708	0.21
274_I	280_E	0.707	0.20
305_I	313_Q	0.706	0.20
320_N	403_I	0.705	0.20
231_V	436_A	0.705	0.20
34_A	225_S	0.704	0.20
349_K	422_L	0.702	0.20
263_Q	287_Q	0.702	0.20
65_L	488_A	0.702	0.20
108_S	189_A	0.701	0.20
199_I	203_S	0.700	0.20
153_N	271_L	0.698	0.20
131_W	454_G	0.697	0.20
185_V	236_V	0.696	0.20
38_T	127_M	0.695	0.20
79_T	486_L	0.695	0.20
399_L	403_I	0.694	0.20
174_L	310_L	0.694	0.20
251_T	311_M	0.693	0.20
232_L	401_L	0.693	0.20
88_V	91_I	0.691	0.20
65_L	487_V	0.690	0.20
404_I	460_A	0.690	0.20
310_L	315_E	0.690	0.20
228_M	408_F	0.689	0.20
174_L	205_W	0.689	0.20
245_M	386_L	0.689	0.20
400_L	404_I	0.689	0.20
167_E	187_T	0.689	0.20
30_A	364_V	0.688	0.20
270_T	304_V	0.688	0.20
202_I	474_S	0.687	0.20
20_F	192_Y	0.685	0.20
49_K	427_L	0.685	0.20
200_L	220_F	0.685	0.20
214_A	379_S	0.684	0.20
82_S	462_A	0.682	0.20
8_S	12_F	0.680	0.20
53_K	123_K	0.679	0.19
45_K	214_A	0.678	0.19
290_Y	463_N	0.678	0.19
205_W	220_F	0.678	0.19
42_L	250_K	0.677	0.19
203_S	219_S	0.676	0.19
6_E	495_K	0.676	0.19
38_T	106_L	0.674	0.19
158_D	231_V	0.672	0.19
293_G	302_T	0.671	0.19
172_S	278_E	0.671	0.19
253_L	296_A	0.670	0.19
386_L	446_Y	0.669	0.19
233_S	236_V	0.669	0.19
146_V	176_L	0.667	0.19
35_I	222_I	0.663	0.19
494_F	499_L	0.662	0.19
246_G	296_A	0.662	0.19
461_V	489_E	0.662	0.19
471_L	476_V	0.661	0.19
217_K	462_A	0.660	0.19
453_I	471_L	0.660	0.19
142_L	495_K	0.660	0.19
123_K	135_L	0.659	0.19
149_G	177_N	0.659	0.19
273_G	414_N	0.658	0.19
259_E	307_L	0.655	0.19
321_G	324_A	0.655	0.19
128_C	296_A	0.654	0.19
194_T	271_L	0.654	0.19
87_Y	357_L	0.654	0.19
30_A	49_K	0.653	0.19
399_L	489_E	0.652	0.19
331_L	406_L	0.652	0.19
468_A	471_L	0.651	0.19
128_C	314_H	0.651	0.19
176_L	217_K	0.651	0.19
182_V	334_G	0.650	0.18
182_V	259_E	0.649	0.18
331_L	334_G	0.649	0.18
191_G	356_L	0.649	0.18
47_I	218_R	0.649	0.18
245_M	452_A	0.645	0.18
336_T	363_N	0.645	0.18
51_M	493_M	0.645	0.18
134_A	192_Y	0.644	0.18
170_S	438_E	0.644	0.18
455_E	496_F	0.643	0.18
304_V	334_G	0.643	0.18
380_I	389_A	0.643	0.18
31_F	35_I	0.642	0.18
120_R	223_A	0.641	0.18
61_I	321_G	0.640	0.18
258_A	270_T	0.636	0.18
282_N	285_A	0.636	0.18
212_D	493_M	0.636	0.18
120_R	320_N	0.636	0.18
73_M	217_K	0.635	0.18
385_P	410_S	0.633	0.18
108_S	132_L	0.631	0.18
409_W	413_R	0.631	0.18
162_E	273_G	0.631	0.18
101_L	293_G	0.631	0.18
301_D	374_Q	0.631	0.18
395_A	416_I	0.630	0.18
57_K	215_F	0.630	0.18
161_F	396_C	0.627	0.18
442_F	473_F	0.625	0.18
46_Q	212_D	0.625	0.18
150_W	241_S	0.624	0.18
34_A	38_T	0.624	0.18
129_V	135_L	0.623	0.18
160_N	168_M	0.622	0.18
73_M	101_L	0.620	0.18
391_R	464_S	0.620	0.18
201_G	488_A	0.618	0.17
226_F	403_I	0.617	0.17
149_G	459_T	0.617	0.17
320_N	323_K	0.616	0.17
456_V	483_T	0.616	0.17
182_V	231_V	0.615	0.17
204_A	423_L	0.615	0.17
246_G	401_L	0.615	0.17
33_L	57_K	0.614	0.17
189_A	474_S	0.613	0.17
460_A	463_N	0.613	0.17
338_Q	346_S	0.613	0.17
297_T	372_I	0.612	0.17
183_K	241_S	0.611	0.17
329_E	486_L	0.610	0.17
36_M	188_V	0.609	0.17
52_T	71_L	0.607	0.17
11_Q	15_T	0.605	0.17
396_C	455_E	0.604	0.17
100_G	459_T	0.604	0.17
471_L	474_S	0.604	0.17
346_S	402_A	0.604	0.17
243_Y	416_I	0.604	0.17
42_L	153_N	0.602	0.17
322_M	363_N	0.602	0.17
247_D	454_G	0.601	0.17
225_S	416_I	0.601	0.17
179_V	193_V	0.600	0.17
277_Q	385_P	0.600	0.17
34_A	302_T	0.600	0.17
212_D	348_K	0.597	0.17
82_S	195_G	0.597	0.17
462_A	465_S	0.597	0.17
52_T	213_F	0.596	0.17
259_E	305_I	0.596	0.17
329_E	488_A	0.596	0.17
108_S	307_L	0.594	0.17
256_I	443_V	0.594	0.17
38_T	392_I	0.592	0.17
336_T	340_V	0.592	0.17
182_V	240_E	0.591	0.17
354_G	504_L	0.591	0.17
292_L	499_L	0.590	0.17
246_G	400_L	0.590	0.17
242_G	391_R	0.589	0.17
209_K	502_S	0.588	0.17
68_A	504_L	0.586	0.16
327_L	485_F	0.584	0.16
6_E	212_D	0.583	0.16
268_A	286_I	0.582	0.16
71_L	476_V	0.582	0.16
168_M	462_A	0.582	0.16
162_E	432_L	0.582	0.16
176_L	230_A	0.582	0.16
5_V	239_D	0.581	0.16
87_Y	299_S	0.580	0.16
241_S	443_V	0.580	0.16
202_I	465_S	0.579	0.16
32_L	199_I	0.579	0.16
34_A	116_F	0.577	0.16
208_L	420_K	0.577	0.16
246_G	454_G	0.577	0.16
405_A	409_W	0.576	0.16
253_L	489_E	0.576	0.16
170_S	313_Q	0.573	0.16
210_G	214_A	0.573	0.16
288_I	331_L	0.572	0.16
274_I	395_A	0.571	0.16
403_I	429_G	0.571	0.16
209_K	486_L	0.571	0.16
87_Y	293_G	0.570	0.16
225_S	295_I	0.570	0.16
48_Y	220_F	0.569	0.16
263_Q	268_A	0.569	0.16
244_E	335_S	0.568	0.16
334_G	486_L	0.568	0.16
79_T	489_E	0.568	0.16
489_E	492_L	0.568	0.16
188_V	269_F	0.567	0.16
60_G	111_V	0.567	0.16
256_I	454_G	0.567	0.16
343_Q	347_M	0.567	0.16
384_A	466_L	0.566	0.16
171_F	175_V	0.566	0.16
419_K	423_L	0.565	0.16
355_L	358_K	0.563	0.16
160_N	196_A	0.560	0.16
215_F	497_A	0.560	0.16
221_A	411_V	0.560	0.16
189_A	240_E	0.560	0.16
30_A	146_V	0.560	0.16
112_G	482_Y	0.559	0.16
33_L	134_A	0.558	0.16
95_P	98_I	0.558	0.16
173_E	438_E	0.558	0.16
271_L	287_Q	0.558	0.16
209_K	490_L	0.557	0.16
266_P	299_S	0.557	0.16
271_L	392_I	0.556	0.16
352_G	356_L	0.556	0.16
72_T	461_V	0.556	0.16
79_T	120_R	0.555	0.16
38_T	348_K	0.554	0.16
462_A	466_L	0.553	0.15
273_G	281_T	0.553	0.15
42_L	412_I	0.553	0.15
192_Y	226_F	0.553	0.15
359_R	499_L	0.552	0.15
108_S	473_F	0.552	0.15
17_M	43_S	0.552	0.15
378_D	460_A	0.552	0.15
416_I	473_F	0.550	0.15
331_L	422_L	0.550	0.15
35_I	408_F	0.547	0.15
52_T	134_A	0.547	0.15
67_V	280_E	0.546	0.15
471_L	485_F	0.545	0.15
330_Q	337_D	0.545	0.15
128_C	261_E	0.545	0.15
245_M	427_L	0.545	0.15
294_I	310_L	0.545	0.15
91_I	119_D	0.545	0.15
394_V	479_C	0.545	0.15
67_V	111_V	0.544	0.15
276_D	302_T	0.544	0.15
131_W	225_S	0.542	0.15
36_M	52_T	0.542	0.15
173_E	294_I	0.541	0.15
321_G	436_A	0.541	0.15
380_I	497_A	0.541	0.15
5_V	218_R	0.541	0.15
4_I	116_F	0.539	0.15
205_W	309_E	0.539	0.15
253_L	268_A	0.538	0.15
14_L	471_L	0.538	0.15
413_R	427_L	0.537	0.15
274_I	282_N	0.537	0.15
42_L	233_S	0.537	0.15
149_G	314_H	0.537	0.15
17_M	427_L	0.535	0.15
44_G	493_M	0.535	0.15
178_P	247_D	0.535	0.15
184_F	397_G	0.533	0.15
317_R	350_D	0.533	0.15
244_E	304_V	0.531	0.15
90_D	105_F	0.531	0.15
42_L	229_A	0.531	0.15
83_Y	434_W	0.529	0.15
270_T	287_Q	0.529	0.15
11_Q	16_A	0.528	0.15
120_R	201_G	0.527	0.15
200_L	407_S	0.526	0.15
193_V	231_V	0.526	0.15
158_D	361_T	0.526	0.15
121_L	359_R	0.525	0.15
34_A	134_A	0.525	0.15
263_Q	340_V	0.525	0.15
173_E	369_E	0.523	0.15
161_F	327_L	0.523	0.15
233_S	237_L	0.522	0.15
39_V	229_A	0.522	0.15
12_F	19_H	0.522	0.15
64_A	493_M	0.521	0.15
421_W	474_S	0.521	0.15
131_W	429_G	0.520	0.15
134_A	191_G	0.520	0.15
185_V	237_L	0.519	0.15
341_R	487_V	0.519	0.15
48_Y	497_A	0.518	0.14
106_L	236_V	0.517	0.14
275_P	352_G	0.516	0.14
169_V	173_E	0.516	0.14
494_F	498_R	0.515	0.14
201_G	490_L	0.514	0.14
5_V	8_S	0.514	0.14
329_E	333_S	0.514	0.14
291_A	296_A	0.514	0.14
18_Y	27_L	0.514	0.14
4_I	221_A	0.514	0.14
146_V	323_K	0.514	0.14
168_M	176_L	0.513	0.14
280_E	283_K	0.513	0.14
439_A	494_F	0.512	0.14
196_A	201_G	0.512	0.14
334_G	338_Q	0.512	0.14
179_V	386_L	0.511	0.14
137_S	192_Y	0.510	0.14
166_M	293_G	0.510	0.14
260_W	282_N	0.510	0.14
7_L	262_T	0.509	0.14
497_A	502_S	0.509	0.14
72_T	481_L	0.508	0.14
181_Q	491_F	0.506	0.14
453_I	463_N	0.506	0.14
343_Q	485_F	0.505	0.14
38_T	283_K	0.505	0.14
65_L	401_L	0.505	0.14
79_T	105_F	0.504	0.14
124_V	408_F	0.504	0.14
101_L	166_M	0.504	0.14
45_K	202_I	0.503	0.14
6_E	373_Q	0.503	0.14
334_G	340_V	0.502	0.14
286_I	341_R	0.502	0.14
156_A	174_L	0.502	0.14
170_S	499_L	0.502	0.14
79_T	499_L	0.501	0.14
19_H	23_V	0.500	0.14
133_V	396_C	0.500	0.14
111_V	137_S	0.500	0.14

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
1mnnA	1	0.1322	41.9	0.986	Contact Map
2k1kA	2	0.0709	10.8	0.99	Contact Map
4nv5A	1	0.4904	9.7	0.99	Contact Map
3mk7A	1	0.3582	8.3	0.99	Contact Map
2ju0B	1	0.092	7.7	0.99	Contact Map
2ks1B	1	0.0824	7.7	0.99	Contact Map
4or2A	2	0.3716	7.5	0.99	Contact Map
2g0uA	1	0.1667	6.6	0.991	Contact Map
4pw2A	2	0.1245	6.5	0.991	Contact Map
2l2tA	2	0.0785	6.2	0.991	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0122 seconds.