RPOD - ECOLI - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

RPOD - RNA polymerase sigma factor RpoD

UniProt:	P00579	Sequences: MEQNPQSQLKLLVTRGKEQGYLTYAEVNDHLPEDIVDSDQIEDIIQMINDMGIQVMEEAPDADDLMLAENTADEDAAEAAAQVLSSVESEIGRTTDPVRMYMREMGTVELLTREGEIDIAKRIEDGINQVQCSVAEYPEAITYLLEQYDRVEAEEARLSDLITGFVDPNAEEDLAPTATHVGSELSQEDLDDDEDEDEEDGDDDSADDDNSIDPELAREKFAELRAQYVVTRDTIKAKGRSHATAQEEILKLSEVFKQFRLVPKQFDYLVNSMRVMMDRVRTQERLIMKLCVEQCKMPKKNFITLFTGNETSDTWFNAAIAMNKPWSEKLHDVSEEVHRALQKLQQIEEETGLTIEQVKDINRRMSIGEAKARRAKKEMVEANLRLVISIAKKYTNRGLQFLDLIQEGNIGLMKAVDKFEYRRGYKFSTYATWWIRQAITRSIADQARTIRIPVHMIETINKLNRISRQMLQEMGREPTPEELAERMLMPEDKIRKVLKIAKEPISMETPIGDDEDSHLGDFIEDTTLELPLDSATTESLRAATHDVLAGLTAREAKVLRMRFGIDMNTDYTLEEVGKQFDVTRERIRQIEAKALRKLRHPSRSEVLRSFLDD	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
EcoGene:	EG10896
Length:	613 (599)
Sequences:	835 (379)
Seq/√Len:	15.5

ECOLI - RPOD

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
309_N	312_S	10.351	1.00
149_D	225_R	6.001	1.00
279_R	350_E	5.895	1.00
73_D	76_A	4.505	1.00
470_M	474_M	4.307	1.00
224_L	259_F	4.172	1.00
320_I	327_S	3.947	1.00
230_V	247_E	3.777	1.00
466_I	487_M	3.685	1.00
250_L	254_E	3.557	0.99
476_R	482_E	3.140	0.99
234_T	238_K	2.993	0.98
322_M	327_S	2.985	0.98
149_D	153_A	2.879	0.97
463_L	487_M	2.878	0.97
334_S	338_H	2.875	0.97
76_A	80_A	2.813	0.97
176_P	179_T	2.767	0.97
10_K	51_M	2.758	0.97
283_Q	340_A	2.616	0.95
230_V	243_A	2.589	0.95
435_I	439_I	2.514	0.94
73_D	77_A	2.492	0.94
319_A	330_L	2.488	0.94
80_A	84_L	2.452	0.94
317_N	334_S	2.415	0.93
473_E	486_R	2.405	0.93
122_R	378_E	2.395	0.93
210_N	213_D	2.390	0.93
227_Q	248_E	2.382	0.93
109_E	115_G	2.323	0.92
484_A	489_M	2.322	0.92
414_K	558_V	2.260	0.90
74_E	77_A	2.254	0.90
211_S	215_E	2.247	0.90
150_R	155_E	2.233	0.90
487_M	494_I	2.225	0.90
379_M	388_I	2.191	0.89
192_D	196_E	2.185	0.89
88_E	91_I	2.175	0.89
84_L	87_V	2.155	0.88
13_V	79_A	2.147	0.88
580_F	587_I	2.139	0.88
299_K	542_A	2.113	0.87
134_V	261_L	2.090	0.86
126_G	368_G	2.084	0.86
511_I	547_V	2.077	0.86
12_L	16_G	2.073	0.86
466_I	494_I	2.001	0.84
125_D	371_K	1.992	0.84
420_E	558_V	1.992	0.84
195_D	198_E	1.928	0.81
388_I	513_D	1.924	0.81
476_R	497_V	1.910	0.81
227_Q	251_K	1.893	0.80
580_F	593_K	1.883	0.80
230_V	233_D	1.878	0.80
290_L	333_V	1.849	0.79
479_T	482_E	1.839	0.78
218_R	231_T	1.828	0.78
208_D	212_I	1.827	0.78
595_L	610_F	1.823	0.78
239_G	242_H	1.822	0.78
452_I	596_R	1.817	0.77
108_V	595_L	1.794	0.76
367_I	370_A	1.762	0.75
505_I	509_T	1.760	0.75
476_R	481_E	1.758	0.75
517_S	592_A	1.744	0.74
177_T	181_V	1.723	0.73
333_V	337_V	1.719	0.73
314_T	317_N	1.719	0.73
164_G	167_D	1.718	0.73
10_K	604_S	1.716	0.73
77_A	83_V	1.716	0.73
106_G	435_I	1.710	0.73
188_E	192_D	1.704	0.73
129_Q	367_I	1.699	0.72
48_I	51_M	1.696	0.72
567_M	579_Q	1.682	0.72
269_L	611_L	1.677	0.71
32_P	515_E	1.664	0.71
16_G	26_E	1.658	0.70
81_A	380_V	1.642	0.70
13_V	51_M	1.641	0.70
600_H	603_R	1.640	0.70
88_E	92_G	1.636	0.69
592_A	595_L	1.632	0.69
90_E	169_N	1.631	0.69
40_Q	43_D	1.621	0.69
109_E	442_S	1.594	0.67
248_E	352_G	1.594	0.67
342_Q	345_Q	1.580	0.67
288_M	299_K	1.574	0.66
95_T	102_M	1.567	0.66
85_S	515_E	1.564	0.66
37_D	507_M	1.551	0.65
388_I	442_S	1.550	0.65
238_K	244_T	1.541	0.65
134_V	141_I	1.521	0.63
14_T	48_I	1.520	0.63
181_V	193_D	1.512	0.63
507_M	605_E	1.511	0.63
395_T	509_T	1.502	0.62
149_D	152_E	1.498	0.62
144_L	210_N	1.495	0.62
256_F	533_D	1.485	0.62
301_N	319_A	1.483	0.61
102_M	491_E	1.482	0.61
353_L	494_I	1.481	0.61
517_S	522_F	1.471	0.61
505_I	518_H	1.466	0.61
587_I	593_K	1.464	0.60
213_D	218_R	1.462	0.60
574_E	583_T	1.462	0.60
595_L	599_R	1.458	0.60
312_S	318_A	1.458	0.60
117_I	267_D	1.457	0.60
27_V	514_D	1.457	0.60
263_P	266_F	1.455	0.60
134_V	260_R	1.453	0.60
40_Q	48_I	1.450	0.60
545_H	566_D	1.447	0.59
289_K	293_E	1.446	0.59
193_D	199_E	1.445	0.59
442_S	567_M	1.435	0.59
191_D	194_E	1.434	0.59
142_T	146_E	1.428	0.58
341_L	488_L	1.427	0.58
227_Q	231_T	1.426	0.58
35_I	38_S	1.425	0.58
134_V	351_T	1.423	0.58
274_R	369_E	1.417	0.58
474_M	486_R	1.416	0.58
454_V	576_V	1.416	0.58
43_D	608_R	1.403	0.57
131_Q	266_F	1.399	0.57
471_L	513_D	1.395	0.57
395_T	518_H	1.395	0.57
128_N	141_I	1.382	0.56
102_M	507_M	1.377	0.56
436_R	458_E	1.377	0.56
219_E	251_K	1.369	0.55
344_L	556_A	1.365	0.55
311_T	348_E	1.363	0.55
52_G	94_T	1.358	0.55
366_S	374_R	1.353	0.54
233_D	247_E	1.351	0.54
342_Q	346_Q	1.350	0.54
15_R	347_I	1.348	0.54
467_S	569_T	1.346	0.54
64_D	86_S	1.344	0.54
77_A	81_A	1.342	0.54
16_G	29_D	1.341	0.54
190_L	194_E	1.338	0.53
470_M	476_R	1.337	0.53
24_Y	505_I	1.326	0.53
165_F	371_K	1.326	0.53
148_Y	213_D	1.317	0.52
100_M	561_M	1.315	0.52
274_R	362_N	1.313	0.52
281_R	306_F	1.313	0.52
260_R	534_S	1.306	0.52
583_T	593_K	1.304	0.51
290_L	337_V	1.300	0.51
438_A	447_A	1.299	0.51
135_A	147_Q	1.299	0.51
320_I	338_H	1.298	0.51
368_G	522_F	1.297	0.51
301_N	356_E	1.297	0.51
295_C	333_V	1.297	0.51
174_L	177_T	1.292	0.51
447_A	457_I	1.291	0.51
460_I	501_A	1.290	0.51
257_K	530_L	1.288	0.51
179_T	254_E	1.281	0.50
226_A	237_A	1.278	0.50
242_H	245_A	1.272	0.50
284_E	359_K	1.271	0.50
422_R	579_Q	1.266	0.49
520_G	563_F	1.262	0.49
511_I	518_H	1.261	0.49
359_K	533_D	1.259	0.49
140_A	144_L	1.258	0.49
489_M	552_T	1.247	0.48
136_E	277_M	1.247	0.48
316_F	327_S	1.246	0.48
388_I	568_N	1.244	0.48
535_A	569_T	1.244	0.48
464_N	494_I	1.237	0.48
420_E	516_D	1.236	0.48
118_D	478_P	1.235	0.48
496_K	600_H	1.233	0.47
144_L	213_D	1.231	0.47
561_M	567_M	1.230	0.47
310_E	480_P	1.230	0.47
459_T	499_K	1.226	0.47
119_I	602_S	1.222	0.47
60_P	95_T	1.221	0.47
442_S	579_Q	1.220	0.47
77_A	80_A	1.219	0.47
95_T	491_E	1.217	0.46
148_Y	221_F	1.215	0.46
167_D	353_L	1.211	0.46
457_I	461_N	1.210	0.46
227_Q	252_L	1.205	0.46
13_V	260_R	1.198	0.45
222_A	226_A	1.194	0.45
505_I	511_I	1.187	0.45
63_D	160_D	1.187	0.45
144_L	347_I	1.185	0.45
43_D	57_E	1.184	0.45
16_G	374_R	1.180	0.44
33_E	227_Q	1.180	0.44
401_F	448_R	1.176	0.44
6_Q	530_L	1.175	0.44
65_L	69_E	1.167	0.44
442_S	561_M	1.163	0.43
137_Y	212_I	1.162	0.43
152_E	222_A	1.161	0.43
452_I	496_K	1.161	0.43
336_E	339_R	1.159	0.43
388_I	579_Q	1.155	0.43
85_S	90_E	1.154	0.43
56_M	478_P	1.144	0.42
439_I	443_I	1.142	0.42
316_F	337_V	1.136	0.42
494_I	514_D	1.135	0.42
219_E	361_I	1.134	0.42
395_T	496_K	1.133	0.42
395_T	505_I	1.133	0.42
212_I	216_L	1.132	0.42
319_A	322_M	1.131	0.42
181_V	345_Q	1.131	0.42
399_L	425_Y	1.131	0.42
335_E	338_H	1.130	0.42
295_C	349_E	1.128	0.41
27_V	372_A	1.125	0.41
177_T	180_H	1.124	0.41
188_E	193_D	1.120	0.41
148_Y	214_P	1.115	0.41
273_M	289_K	1.112	0.41
192_D	248_E	1.111	0.41
275_V	314_T	1.110	0.41
240_R	248_E	1.107	0.40
148_Y	252_L	1.103	0.40
175_A	178_A	1.101	0.40
464_N	514_D	1.100	0.40
127_I	365_M	1.097	0.40
316_F	334_S	1.093	0.40
400_Q	490_P	1.088	0.39
377_K	381_E	1.082	0.39
302_F	379_M	1.080	0.39
42_E	57_E	1.077	0.39
299_K	569_T	1.076	0.39
515_E	522_F	1.075	0.39
253_S	566_D	1.075	0.39
227_Q	255_V	1.073	0.38
105_M	477_E	1.073	0.38
482_E	497_V	1.073	0.38
402_L	500_I	1.072	0.38
576_V	593_K	1.067	0.38
478_P	511_I	1.067	0.38
210_N	216_L	1.067	0.38
452_I	569_T	1.065	0.38
388_I	567_M	1.060	0.38
275_V	321_A	1.058	0.38
164_G	168_P	1.058	0.38
9_L	287_I	1.055	0.38
496_K	517_S	1.053	0.37
163_T	266_F	1.052	0.37
535_A	579_Q	1.050	0.37
129_Q	371_K	1.050	0.37
189_D	194_E	1.049	0.37
53_I	226_A	1.047	0.37
189_D	193_D	1.044	0.37
496_K	502_K	1.043	0.37
157_R	208_D	1.041	0.37
68_A	72_A	1.039	0.37
121_K	425_Y	1.037	0.37
522_F	558_V	1.036	0.37
71_T	75_D	1.035	0.36
502_K	570_D	1.034	0.36
93_R	104_E	1.033	0.36
108_V	435_I	1.031	0.36
559_L	610_F	1.026	0.36
129_Q	300_K	1.026	0.36
395_T	511_I	1.025	0.36
246_Q	321_A	1.024	0.36
28_N	32_P	1.023	0.36
574_E	584_R	1.021	0.36
80_A	86_S	1.017	0.36
497_V	501_A	1.013	0.35
194_E	202_D	1.012	0.35
361_I	612_D	1.012	0.35
304_T	319_A	1.001	0.35
537_T	540_L	0.994	0.34
20_G	23_T	0.993	0.34
57_E	486_R	0.992	0.34
452_I	518_H	0.992	0.34
143_Y	272_S	0.992	0.34
131_Q	137_Y	0.992	0.34
249_I	266_F	0.991	0.34
15_R	27_V	0.990	0.34
395_T	457_I	0.988	0.34
505_I	547_V	0.986	0.34
400_Q	544_T	0.986	0.34
237_A	243_A	0.982	0.34
379_M	579_Q	0.981	0.34
395_T	563_F	0.981	0.34
231_T	248_E	0.980	0.34
9_L	323_N	0.978	0.33
596_R	601_P	0.977	0.33
240_R	266_F	0.977	0.33
15_R	33_E	0.975	0.33
26_E	53_I	0.975	0.33
78_E	84_L	0.973	0.33
178_A	275_V	0.971	0.33
159_S	556_A	0.965	0.33
238_K	242_H	0.965	0.33
237_A	294_Q	0.965	0.33
141_I	264_K	0.964	0.33
159_S	163_T	0.963	0.33
283_Q	286_L	0.962	0.33
147_Q	277_M	0.961	0.33
250_L	316_F	0.961	0.33
13_V	250_L	0.961	0.33
29_D	45_I	0.960	0.33
209_D	216_L	0.960	0.33
226_A	229_V	0.959	0.33
142_T	259_F	0.958	0.32
372_A	380_V	0.958	0.32
95_T	135_A	0.958	0.32
578_K	581_D	0.956	0.32
457_I	460_I	0.953	0.32
348_E	566_D	0.953	0.32
483_L	494_I	0.953	0.32
593_K	603_R	0.946	0.32
33_E	58_E	0.945	0.32
224_L	255_V	0.945	0.32
514_D	578_K	0.942	0.32
61_D	65_L	0.941	0.32
507_M	581_D	0.939	0.32
149_D	195_D	0.939	0.32
150_R	156_A	0.939	0.32
22_L	344_L	0.936	0.31
119_I	261_L	0.936	0.31
273_M	553_A	0.934	0.31
439_I	503_E	0.934	0.31
312_S	357_Q	0.934	0.31
318_A	492_D	0.931	0.31
137_Y	466_I	0.931	0.31
500_I	503_E	0.929	0.31
22_L	48_I	0.928	0.31
273_M	550_G	0.928	0.31
446_Q	456_M	0.927	0.31
420_E	425_Y	0.927	0.31
478_P	547_V	0.925	0.31
489_M	494_I	0.923	0.31
280_V	340_A	0.923	0.31
158_L	214_P	0.923	0.31
447_A	460_I	0.923	0.31
290_L	295_C	0.922	0.31
212_I	245_A	0.920	0.31
322_M	331_H	0.920	0.31
226_A	233_D	0.919	0.31
241_S	312_S	0.917	0.30
299_K	302_F	0.916	0.30
94_T	365_M	0.913	0.30
442_S	568_N	0.911	0.30
9_L	321_A	0.910	0.30
23_T	119_I	0.909	0.30
231_T	251_K	0.908	0.30
208_D	211_S	0.908	0.30
42_E	266_F	0.908	0.30
225_R	229_V	0.905	0.30
141_I	256_F	0.904	0.30
468_R	504_P	0.904	0.30
474_M	497_V	0.903	0.30
130_V	270_V	0.901	0.30
459_T	508_E	0.901	0.30
57_E	214_P	0.901	0.30
420_E	457_I	0.895	0.29
501_A	582_V	0.895	0.29
540_L	544_T	0.893	0.29
567_M	570_D	0.892	0.29
15_R	19_Q	0.892	0.29
401_F	461_N	0.891	0.29
140_A	278_D	0.890	0.29
395_T	452_I	0.888	0.29
193_D	232_R	0.888	0.29
75_D	169_N	0.888	0.29
219_E	223_E	0.884	0.29
280_V	359_K	0.884	0.29
208_D	216_L	0.883	0.29
422_R	442_S	0.883	0.29
173_D	178_A	0.877	0.29
219_E	308_G	0.877	0.29
266_F	553_A	0.876	0.29
500_I	600_H	0.874	0.28
446_Q	460_I	0.873	0.28
114_E	511_I	0.871	0.28
173_D	236_K	0.871	0.28
109_E	608_R	0.867	0.28
140_A	364_R	0.866	0.28
223_E	227_Q	0.863	0.28
60_P	66_M	0.863	0.28
174_L	350_E	0.862	0.28
574_E	593_K	0.862	0.28
128_N	533_D	0.862	0.28
171_E	179_T	0.861	0.28
321_A	334_S	0.861	0.28
102_M	514_D	0.860	0.28
360_D	370_A	0.859	0.28
442_S	609_S	0.856	0.28
376_K	418_K	0.854	0.28
290_L	317_N	0.853	0.27
218_R	221_F	0.852	0.27
511_I	542_A	0.852	0.27
192_D	195_D	0.849	0.27
39_D	605_E	0.846	0.27
357_Q	542_A	0.844	0.27
245_A	266_F	0.842	0.27
255_V	347_I	0.840	0.27
305_L	318_A	0.834	0.27
499_K	561_M	0.833	0.27
456_M	583_T	0.833	0.27
109_E	302_F	0.831	0.26
159_S	208_D	0.830	0.26
441_R	584_R	0.830	0.26
460_I	499_K	0.830	0.26
379_M	567_M	0.829	0.26
557_K	581_D	0.828	0.26
495_R	552_T	0.828	0.26
156_A	268_Y	0.828	0.26
307_T	359_K	0.827	0.26
513_D	567_M	0.826	0.26
424_G	531_P	0.824	0.26
248_E	251_K	0.823	0.26
157_R	207_D	0.823	0.26
418_K	583_T	0.823	0.26
572_T	584_R	0.822	0.26
279_R	351_T	0.822	0.26
16_G	30_H	0.822	0.26
144_L	289_K	0.821	0.26
472_Q	487_M	0.821	0.26
143_Y	150_R	0.821	0.26
237_A	244_T	0.821	0.26
261_L	270_V	0.820	0.26
44_I	47_M	0.820	0.26
131_Q	606_V	0.819	0.26
93_R	100_M	0.818	0.26
447_A	456_M	0.818	0.26
457_I	468_R	0.818	0.26
517_S	593_K	0.817	0.26
379_M	471_L	0.816	0.26
362_N	366_S	0.815	0.26
53_I	478_P	0.812	0.26
12_L	581_D	0.812	0.26
447_A	468_R	0.808	0.25
509_T	519_L	0.808	0.25
150_R	343_K	0.804	0.25
60_P	344_L	0.801	0.25
229_V	233_D	0.800	0.25
61_D	344_L	0.800	0.25
107_T	538_E	0.800	0.25
233_D	237_A	0.798	0.25
288_M	494_I	0.798	0.25
235_I	240_R	0.798	0.25
379_M	513_D	0.797	0.25
520_G	525_D	0.794	0.25
148_Y	222_A	0.793	0.25
40_Q	44_I	0.792	0.25
388_I	420_E	0.791	0.25
41_I	533_D	0.789	0.25
216_L	220_K	0.787	0.25
156_A	339_R	0.786	0.25
60_P	63_D	0.785	0.24
560_R	612_D	0.784	0.24
199_E	241_S	0.783	0.24
154_E	342_Q	0.783	0.24
537_T	599_R	0.783	0.24
194_E	294_Q	0.779	0.24
479_T	536_T	0.778	0.24
125_D	317_N	0.778	0.24
495_R	609_S	0.777	0.24
102_M	605_E	0.775	0.24
346_Q	350_E	0.774	0.24
300_K	332_D	0.773	0.24
328_E	331_H	0.773	0.24
95_T	464_N	0.772	0.24
552_T	567_M	0.771	0.24
456_M	576_V	0.771	0.24
420_E	435_I	0.771	0.24
115_G	122_R	0.769	0.24
36_V	41_I	0.769	0.24
460_I	509_T	0.767	0.24
99_R	105_M	0.763	0.24
276_M	280_V	0.762	0.24
9_L	528_L	0.762	0.24
150_R	153_A	0.761	0.23
266_F	355_I	0.761	0.23
141_I	228_Y	0.761	0.23
317_N	338_H	0.761	0.23
161_L	323_N	0.759	0.23
468_R	500_I	0.758	0.23
596_R	600_H	0.758	0.23
152_E	219_E	0.758	0.23
9_L	269_L	0.757	0.23
541_R	545_H	0.756	0.23
482_E	571_Y	0.754	0.23
501_A	519_L	0.754	0.23
102_M	464_N	0.753	0.23
322_M	325_P	0.752	0.23
249_I	606_V	0.752	0.23
162_I	265_Q	0.752	0.23
36_V	484_A	0.751	0.23
400_Q	571_Y	0.750	0.23
581_D	605_E	0.749	0.23
188_E	195_D	0.749	0.23
6_Q	566_D	0.747	0.23
141_I	606_V	0.747	0.23
168_P	172_E	0.746	0.23
42_E	49_N	0.745	0.23
372_A	452_I	0.745	0.23
176_P	181_V	0.744	0.23
84_L	88_E	0.744	0.23
488_L	530_L	0.743	0.23
457_I	570_D	0.742	0.23
501_A	576_V	0.742	0.23
8_Q	11_L	0.742	0.23
238_K	245_A	0.741	0.23
54_Q	64_D	0.741	0.23
239_G	245_A	0.739	0.23
130_V	213_D	0.739	0.23
178_A	250_L	0.738	0.23
513_D	522_F	0.737	0.23
35_I	50_D	0.735	0.22
499_K	520_G	0.733	0.22
106_G	558_V	0.731	0.22
400_Q	459_T	0.729	0.22
496_K	511_I	0.729	0.22
273_M	484_A	0.728	0.22
435_I	558_V	0.728	0.22
401_F	438_A	0.728	0.22
212_I	538_E	0.728	0.22
126_G	460_I	0.726	0.22
570_D	575_E	0.726	0.22
273_M	489_M	0.725	0.22
174_L	188_E	0.723	0.22
131_Q	299_K	0.723	0.22
509_T	581_D	0.723	0.22
180_H	190_L	0.722	0.22
127_I	528_L	0.720	0.22
44_I	57_E	0.718	0.22
302_F	489_M	0.718	0.22
18_E	22_L	0.717	0.22
557_K	602_S	0.716	0.22
368_G	372_A	0.715	0.22
30_H	297_M	0.715	0.22
19_Q	26_E	0.714	0.22
149_D	181_V	0.714	0.22
400_Q	570_D	0.714	0.22
447_A	508_E	0.712	0.22
223_E	236_K	0.711	0.22
109_E	561_M	0.711	0.22
425_Y	502_K	0.711	0.22
121_K	570_D	0.710	0.21
181_V	190_L	0.709	0.21
16_G	92_G	0.709	0.21
558_V	590_I	0.708	0.21
603_R	610_F	0.708	0.21
226_A	356_E	0.707	0.21
580_F	583_T	0.704	0.21
596_R	604_S	0.704	0.21
77_A	321_A	0.704	0.21
159_S	606_V	0.701	0.21
12_L	79_A	0.700	0.21
314_T	334_S	0.697	0.21
20_G	26_E	0.697	0.21
72_A	88_E	0.696	0.21
141_I	145_L	0.696	0.21
146_E	152_E	0.694	0.21
151_V	160_D	0.693	0.21
156_A	350_E	0.692	0.21
529_E	532_L	0.691	0.21
297_M	319_A	0.690	0.21
148_Y	261_L	0.690	0.21
491_E	505_I	0.690	0.21
80_A	296_K	0.690	0.21
148_Y	225_R	0.687	0.21
210_N	259_F	0.685	0.21
339_R	533_D	0.685	0.21
107_T	511_I	0.684	0.20
6_Q	210_N	0.684	0.20
83_V	330_L	0.682	0.20
50_D	535_A	0.681	0.20
526_T	605_E	0.680	0.20
36_V	128_N	0.680	0.20
128_N	273_M	0.680	0.20
71_T	200_D	0.679	0.20
151_V	252_L	0.677	0.20
107_T	318_A	0.677	0.20
339_R	343_K	0.677	0.20
92_G	374_R	0.676	0.20
19_Q	300_K	0.675	0.20
126_G	401_F	0.675	0.20
300_K	304_T	0.675	0.20
140_A	566_D	0.675	0.20
459_T	502_K	0.674	0.20
351_T	354_T	0.674	0.20
499_K	502_K	0.673	0.20
88_E	144_L	0.673	0.20
425_Y	473_E	0.673	0.20
118_D	133_S	0.672	0.20
95_T	557_K	0.672	0.20
515_E	600_H	0.671	0.20
457_I	520_G	0.668	0.20
498_L	543_A	0.668	0.20
286_L	336_E	0.668	0.20
26_E	352_G	0.667	0.20
132_C	270_V	0.665	0.20
133_S	488_L	0.665	0.20
118_D	537_T	0.664	0.20
27_V	515_E	0.663	0.20
499_K	524_E	0.663	0.20
207_D	210_N	0.662	0.20
211_S	463_L	0.662	0.20
125_D	611_L	0.660	0.20
304_T	340_A	0.660	0.20
422_R	567_M	0.660	0.20
496_K	596_R	0.659	0.20
135_A	253_S	0.659	0.20
242_H	514_D	0.659	0.20
70_N	223_E	0.658	0.20
133_S	277_M	0.658	0.20
502_K	565_I	0.657	0.19
299_K	379_M	0.656	0.19
284_E	541_R	0.656	0.19
36_V	47_M	0.655	0.19
250_L	380_V	0.654	0.19
508_E	570_D	0.650	0.19
153_A	268_Y	0.650	0.19
544_T	571_Y	0.649	0.19
167_D	172_E	0.648	0.19
511_I	570_D	0.648	0.19
399_L	505_I	0.647	0.19
154_E	305_L	0.647	0.19
77_A	478_P	0.646	0.19
249_I	357_Q	0.646	0.19
39_D	53_I	0.646	0.19
400_Q	518_H	0.646	0.19
273_M	529_E	0.643	0.19
126_G	448_R	0.642	0.19
444_A	459_T	0.641	0.19
44_I	362_N	0.641	0.19
326_W	546_D	0.641	0.19
60_P	102_M	0.639	0.19
77_A	177_T	0.639	0.19
496_K	544_T	0.638	0.19
24_Y	41_I	0.638	0.19
368_G	395_T	0.637	0.19
489_M	543_A	0.637	0.19
24_Y	608_R	0.636	0.19
517_S	596_R	0.635	0.19
400_Q	496_K	0.634	0.19
145_L	256_F	0.633	0.19
46_Q	266_F	0.631	0.19
368_G	517_S	0.630	0.19
132_C	142_T	0.629	0.19
435_I	503_E	0.629	0.19
114_E	503_E	0.629	0.19
400_Q	509_T	0.628	0.18
127_I	277_M	0.627	0.18
548_L	572_T	0.626	0.18
148_Y	272_S	0.626	0.18
13_V	192_D	0.625	0.18
91_I	134_V	0.625	0.18
94_T	579_Q	0.623	0.18
470_M	612_D	0.623	0.18
400_Q	500_I	0.622	0.18
169_N	173_D	0.622	0.18
48_I	300_K	0.620	0.18
68_A	349_E	0.620	0.18
148_Y	156_A	0.619	0.18
163_T	463_L	0.619	0.18
180_H	321_A	0.617	0.18
227_Q	230_V	0.617	0.18
117_I	483_L	0.616	0.18
395_T	447_A	0.616	0.18
439_I	592_A	0.615	0.18
402_L	600_H	0.615	0.18
459_T	522_F	0.615	0.18
435_I	592_A	0.614	0.18
31_L	51_M	0.614	0.18
512_G	574_E	0.614	0.18
158_L	209_D	0.613	0.18
179_T	303_I	0.611	0.18
452_I	460_I	0.610	0.18
33_E	91_I	0.610	0.18
388_I	400_Q	0.610	0.18
294_Q	338_H	0.609	0.18
303_I	310_E	0.608	0.18
122_R	480_P	0.608	0.18
79_A	484_A	0.605	0.18
41_I	371_K	0.605	0.18
295_C	316_F	0.604	0.18
496_K	500_I	0.602	0.18
172_E	175_A	0.602	0.18
232_R	344_L	0.601	0.18
302_F	315_W	0.601	0.18
299_K	357_Q	0.600	0.18
133_S	136_E	0.600	0.18
58_E	244_T	0.600	0.18
106_G	381_E	0.600	0.18
494_I	541_R	0.599	0.18
259_F	486_R	0.599	0.18
38_S	303_I	0.599	0.18
294_Q	342_Q	0.596	0.17
142_T	276_M	0.594	0.17
100_M	103_R	0.592	0.17
417_D	420_E	0.589	0.17
67_L	70_N	0.589	0.17
402_L	413_M	0.588	0.17
459_T	570_D	0.588	0.17
311_T	341_L	0.587	0.17
14_T	85_S	0.587	0.17
181_V	304_T	0.587	0.17
78_E	145_L	0.585	0.17
363_R	367_I	0.584	0.17
41_I	553_A	0.583	0.17
194_E	197_D	0.583	0.17
561_M	602_S	0.582	0.17
129_Q	377_K	0.581	0.17
439_I	517_S	0.581	0.17
119_I	393_K	0.581	0.17
156_A	301_N	0.580	0.17
504_P	525_D	0.579	0.17
18_E	92_G	0.579	0.17
594_A	598_L	0.578	0.17
312_S	360_D	0.578	0.17
200_D	484_A	0.577	0.17
180_H	198_E	0.577	0.17
52_G	55_V	0.575	0.17
131_Q	249_I	0.574	0.17
28_N	515_E	0.574	0.17
152_E	218_R	0.574	0.17
288_M	515_E	0.574	0.17
522_F	547_V	0.574	0.17
435_I	457_I	0.572	0.17
22_L	27_V	0.572	0.17
159_S	209_D	0.572	0.17
523_I	587_I	0.571	0.17
109_E	560_R	0.571	0.17
108_V	395_T	0.571	0.17
57_E	463_L	0.570	0.17
358_V	367_I	0.570	0.17
499_K	558_V	0.569	0.17
252_L	303_I	0.568	0.17
526_T	539_S	0.568	0.17
9_L	492_D	0.568	0.17
402_L	460_I	0.567	0.16
393_K	561_M	0.566	0.16
487_M	523_I	0.566	0.16
143_Y	290_L	0.566	0.16
466_I	578_K	0.562	0.16
261_L	341_L	0.562	0.16
328_E	487_M	0.561	0.16
418_K	441_R	0.561	0.16
459_T	497_V	0.560	0.16
163_T	167_D	0.560	0.16
162_I	355_I	0.559	0.16
29_D	278_D	0.559	0.16
395_T	435_I	0.558	0.16
73_D	83_V	0.557	0.16
221_F	259_F	0.557	0.16
119_I	466_I	0.556	0.16
15_R	35_I	0.556	0.16
188_E	226_A	0.556	0.16
148_Y	210_N	0.556	0.16
379_M	464_N	0.553	0.16
78_E	484_A	0.553	0.16
435_I	516_D	0.553	0.16
43_D	484_A	0.553	0.16
112_T	472_Q	0.551	0.16
400_Q	457_I	0.551	0.16
459_T	582_V	0.550	0.16
559_L	565_I	0.549	0.16
244_T	342_Q	0.548	0.16
468_R	508_E	0.547	0.16
44_I	74_E	0.547	0.16
163_T	339_R	0.546	0.16
541_R	607_L	0.546	0.16
316_F	336_E	0.546	0.16
115_G	511_I	0.545	0.16
266_F	339_R	0.545	0.16
84_L	365_M	0.544	0.16
378_E	552_T	0.543	0.16
513_D	517_S	0.542	0.16
179_T	244_T	0.542	0.16
147_Q	292_V	0.541	0.16
146_E	149_D	0.541	0.16
495_R	535_A	0.540	0.16
118_D	134_V	0.540	0.16
9_L	17_K	0.540	0.16
402_L	446_Q	0.540	0.16
69_E	72_A	0.539	0.16
381_E	596_R	0.539	0.16
119_I	505_I	0.538	0.16
79_A	82_Q	0.538	0.16
381_E	388_I	0.538	0.16
503_E	604_S	0.538	0.16
130_V	358_V	0.537	0.16
301_N	304_T	0.537	0.16
490_P	500_I	0.537	0.16
568_N	579_Q	0.535	0.15
314_T	318_A	0.535	0.15
220_K	223_E	0.534	0.15
368_G	399_L	0.533	0.15
66_M	311_T	0.532	0.15
94_T	99_R	0.531	0.15
509_T	563_F	0.530	0.15
36_V	273_M	0.529	0.15
70_N	73_D	0.529	0.15
502_K	600_H	0.529	0.15
476_R	528_L	0.528	0.15
425_Y	435_I	0.527	0.15
167_D	170_A	0.527	0.15
467_S	480_P	0.527	0.15
128_N	220_K	0.527	0.15
226_A	331_H	0.526	0.15
556_A	566_D	0.526	0.15
12_L	380_V	0.526	0.15
67_L	154_E	0.526	0.15
38_S	515_E	0.525	0.15
100_M	104_E	0.524	0.15
421_Y	425_Y	0.524	0.15
467_S	519_L	0.523	0.15
48_I	334_S	0.521	0.15
321_A	337_V	0.521	0.15
130_V	137_Y	0.521	0.15
348_E	545_H	0.520	0.15
39_D	335_E	0.520	0.15
395_T	399_L	0.520	0.15
299_K	310_E	0.520	0.15
443_I	468_R	0.520	0.15
233_D	356_E	0.520	0.15
417_D	473_E	0.520	0.15
287_I	337_V	0.519	0.15
273_M	488_L	0.518	0.15
212_I	218_R	0.518	0.15
252_L	296_K	0.518	0.15
396_N	418_K	0.518	0.15
395_T	460_I	0.518	0.15
457_I	477_E	0.518	0.15
448_R	457_I	0.517	0.15
121_K	496_K	0.516	0.15
209_D	213_D	0.516	0.15
245_A	267_D	0.515	0.15
88_E	530_L	0.515	0.15
91_I	341_L	0.514	0.15
438_A	468_R	0.514	0.15
33_E	251_K	0.514	0.15
367_I	371_K	0.514	0.15
195_D	331_H	0.514	0.15
75_D	273_M	0.513	0.15
8_Q	128_N	0.513	0.15
413_M	565_I	0.513	0.15
74_E	84_L	0.513	0.15
171_E	174_L	0.513	0.15
139_E	276_M	0.512	0.15
78_E	81_A	0.512	0.15
501_A	509_T	0.511	0.15
441_R	572_T	0.511	0.15
46_Q	88_E	0.510	0.15
390_I	420_E	0.510	0.15
547_V	561_M	0.509	0.15
511_I	605_E	0.509	0.15
565_I	608_R	0.508	0.15
57_E	61_D	0.508	0.15
496_K	522_F	0.508	0.15
278_D	297_M	0.507	0.15
39_D	290_L	0.507	0.15
464_N	561_M	0.507	0.15
215_E	219_E	0.506	0.15
452_I	499_K	0.506	0.15
469_Q	592_A	0.505	0.15
27_V	474_M	0.504	0.15
41_I	59_A	0.504	0.15
582_V	587_I	0.503	0.15
262_V	340_A	0.503	0.15
229_V	322_M	0.503	0.15
165_F	273_M	0.503	0.15
512_G	583_T	0.502	0.15
131_Q	212_I	0.501	0.15
233_D	349_E	0.501	0.15
476_R	479_T	0.500	0.14
508_E	517_S	0.500	0.14

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
4yfkF	1	0.7651	100	0.413	Contact Map
1l9zH	1	0.5155	100	0.703	Contact Map
2a6hF	1	0.5579	100	0.706	Contact Map
1sigA	1	0.4959	100	0.722	Contact Map
3ugoA	1	0.2936	100	0.828	Contact Map
1l0oC	1	0.093	100	0.87	Contact Map
1rp3A	1	0.3736	100	0.874	Contact Map
4x8kA	1	0.199	99.8	0.924	Contact Map
4nqwA	1	0.2414	99.6	0.934	Contact Map
3mzyA	1	0.1958	99.6	0.936	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0144 seconds.