T0919_1_306 - CASP12 - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

T0919_1_306 - T0919 1-306

ID:	85	Sequences: SRSVTVVGHSSFCTSDVVMSSTELNRLLGTDIYNFARGGASDVEVAMMSQEAITRQYAPVGGSSIPASGSVALTPTEVGIFWNGATGKCIIFGGIDGTFSTTLVNAGTGETQLVFTRDSAGSAVSSVSTTATFAMRPYTRFNTNTIPAGRRRKHSSLHRDDIYIVWGGRNSTDYTRYVSELHTMVANMHTQRRRFVICPEFPYDTETTGTTGATNLAALNNNLKADFPDNYCQISGGVDLLQNFKSKYNPAYAGDVTDIANGITPRSLREDNLHPSETTLQPNGLYIGAKVNADFIAQFIKSKGWG	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_10
Length:	306 (265)
Sequences:	101 (98)
Seq/√Len:	6.0

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
97_G	115_F	6.257	1.00
299_F	303_K	4.152	0.95
50_Q	184_M	3.789	0.92
117_R	121_G	3.627	0.90
197_I	220_N	3.298	0.84
244_F	275_P	3.197	0.82
220_N	239_D	3.060	0.79
65_I	117_R	2.966	0.77
170_N	274_H	2.902	0.75
89_C	152_R	2.688	0.69
252_Y	266_R	2.641	0.68
199_P	262_G	2.621	0.67
97_G	244_F	2.585	0.66
275_P	292_N	2.397	0.60
258_D	269_R	2.374	0.59
73_L	92_F	2.305	0.57
258_D	266_R	2.276	0.56
216_L	300_I	2.237	0.54
41_S	183_T	2.231	0.54
266_R	269_R	2.110	0.50
275_P	288_G	2.077	0.49
171_S	180_E	2.072	0.49
66_P	117_R	2.067	0.48
45_V	48_M	2.028	0.47
276_S	288_G	2.024	0.47
97_G	116_T	1.978	0.45
7_V	52_A	1.946	0.44
249_N	252_Y	1.945	0.44
182_H	226_D	1.915	0.43
254_G	266_R	1.896	0.42
32_I	225_A	1.767	0.38
36_A	48_M	1.764	0.38
101_T	113_L	1.758	0.38
169_R	185_V	1.748	0.37
182_H	227_F	1.734	0.37
92_F	97_G	1.679	0.35
99_F	165_V	1.659	0.34
193_R	256_V	1.614	0.33
7_V	42_D	1.601	0.33
39_G	255_D	1.589	0.32
185_V	227_F	1.586	0.32
92_F	115_F	1.549	0.31
8_G	168_G	1.538	0.31
185_V	195_F	1.535	0.31
202_P	241_L	1.531	0.30
166_W	220_N	1.528	0.30
248_Y	252_Y	1.514	0.30
238_V	273_L	1.512	0.30
227_F	292_N	1.503	0.30
297_A	300_I	1.501	0.30
65_I	115_F	1.492	0.29
243_N	249_N	1.492	0.29
255_D	267_S	1.480	0.29
45_V	289_A	1.480	0.29
6_V	21_S	1.478	0.29
24_L	36_A	1.472	0.29
199_P	303_K	1.444	0.28
27_L	183_T	1.438	0.28
194_R	287_I	1.438	0.28
14_T	216_L	1.433	0.28
39_G	170_N	1.424	0.27
170_N	255_D	1.420	0.27
196_V	299_F	1.419	0.27
71_V	115_F	1.418	0.27
46_A	52_A	1.403	0.27
168_G	268_L	1.390	0.26
207_T	210_T	1.390	0.26
201_F	264_T	1.388	0.26
198_C	303_K	1.386	0.26
6_V	36_A	1.382	0.26
197_I	239_D	1.381	0.26
39_G	267_S	1.381	0.26
116_T	197_I	1.370	0.26
276_S	289_A	1.361	0.26
47_M	121_G	1.359	0.26
27_L	293_A	1.347	0.25
224_K	231_Y	1.334	0.25
169_R	223_L	1.333	0.25
228_P	303_K	1.324	0.25
9_H	181_L	1.324	0.25
238_V	296_I	1.315	0.24
68_S	71_V	1.312	0.24
9_H	200_E	1.299	0.24
39_G	274_H	1.287	0.24
39_G	293_A	1.282	0.24
198_C	296_I	1.260	0.23
40_A	92_F	1.258	0.23
7_V	124_V	1.253	0.23
7_V	36_A	1.251	0.23
199_P	228_P	1.246	0.23
181_L	200_E	1.246	0.23
185_V	188_M	1.244	0.23
6_V	12_F	1.240	0.22
42_D	288_G	1.235	0.22
168_G	271_D	1.227	0.22
126_S	231_Y	1.223	0.22
269_R	293_A	1.222	0.22
73_L	227_F	1.220	0.22
30_T	162_I	1.218	0.22
42_D	183_T	1.213	0.22
66_P	71_V	1.213	0.22
36_A	45_V	1.201	0.22
67_A	121_G	1.192	0.21
46_A	169_R	1.189	0.21
46_A	183_T	1.184	0.21
88_K	269_R	1.170	0.21
188_M	220_N	1.144	0.20
120_A	287_I	1.142	0.20
89_C	204_D	1.137	0.20
7_V	94_G	1.118	0.20
57_Y	99_F	1.111	0.19
169_R	200_E	1.106	0.19
271_D	274_H	1.102	0.19
9_H	39_G	1.100	0.19
223_L	231_Y	1.097	0.19
12_F	150_R	1.093	0.19
53_I	248_Y	1.085	0.19
39_G	52_A	1.080	0.19
146_I	150_R	1.061	0.18
200_E	220_N	1.053	0.18
216_L	220_N	1.051	0.18
165_V	296_I	1.047	0.18
228_P	299_F	1.039	0.18
165_V	184_M	1.037	0.18
165_V	196_V	1.030	0.18
188_M	262_G	1.026	0.18
227_F	262_G	1.008	0.17
102_T	112_Q	1.006	0.17
5_T	216_L	1.005	0.17
9_H	169_R	1.002	0.17
102_T	210_T	0.998	0.17
11_S	52_A	0.983	0.17
9_H	12_F	0.972	0.17
195_F	230_N	0.970	0.16
33_Y	296_I	0.969	0.16
71_V	124_V	0.968	0.16
224_K	261_N	0.962	0.16
171_S	239_D	0.959	0.16
79_G	149_G	0.956	0.16
228_P	275_P	0.954	0.16
165_V	227_F	0.950	0.16
184_M	227_F	0.949	0.16
165_V	231_Y	0.943	0.16
47_M	65_I	0.942	0.16
46_A	184_M	0.941	0.16
262_G	273_L	0.936	0.16
207_T	226_D	0.932	0.16
59_P	62_G	0.932	0.16
12_F	99_F	0.922	0.16
46_A	304_G	0.917	0.15
97_G	121_G	0.917	0.15
166_W	169_R	0.911	0.15
40_A	44_E	0.908	0.15
181_L	220_N	0.908	0.15
242_Q	262_G	0.904	0.15
165_V	224_K	0.903	0.15
11_S	62_G	0.902	0.15
113_L	201_F	0.893	0.15
213_A	252_Y	0.889	0.15
264_T	269_R	0.882	0.15
29_G	255_D	0.882	0.15
254_G	262_G	0.877	0.15
169_R	206_E	0.874	0.15
7_V	304_G	0.864	0.15
224_K	275_P	0.863	0.14
47_M	164_I	0.859	0.14
115_F	197_I	0.858	0.14
36_A	163_Y	0.855	0.14
89_C	221_N	0.850	0.14
202_P	264_T	0.848	0.14
9_H	52_A	0.847	0.14
57_Y	73_L	0.842	0.14
2_R	48_M	0.839	0.14
179_S	227_F	0.833	0.14
5_T	88_K	0.831	0.14
171_S	178_V	0.831	0.14
251_A	259_I	0.829	0.14
9_H	219_L	0.828	0.14
21_S	36_A	0.828	0.14
220_N	271_D	0.828	0.14
35_F	73_L	0.827	0.14
117_R	267_S	0.826	0.14
39_G	44_E	0.825	0.14
160_D	244_F	0.824	0.14
164_I	178_V	0.818	0.14
95_I	224_K	0.817	0.14
171_S	216_L	0.816	0.14
65_I	97_G	0.815	0.14
45_V	170_N	0.814	0.14
220_N	241_L	0.813	0.14
20_S	246_S	0.812	0.14
5_T	14_T	0.801	0.13
161_D	241_L	0.801	0.13
243_N	293_A	0.800	0.13
46_A	50_Q	0.799	0.13
166_W	292_N	0.798	0.13
71_V	108_T	0.796	0.13
224_K	299_F	0.794	0.13
231_Y	293_A	0.794	0.13
47_M	70_S	0.793	0.13
182_H	186_A	0.792	0.13
95_I	117_R	0.791	0.13
46_A	269_R	0.788	0.13
5_T	184_M	0.787	0.13
166_W	246_S	0.784	0.13
99_F	305_W	0.782	0.13
12_F	200_E	0.782	0.13
69_G	230_N	0.777	0.13
10_S	168_G	0.774	0.13
70_S	116_T	0.772	0.13
11_S	158_H	0.770	0.13
71_V	97_G	0.768	0.13
73_L	244_F	0.767	0.13
165_V	229_D	0.766	0.13
113_L	269_R	0.766	0.13
169_R	181_L	0.761	0.13
146_I	244_F	0.758	0.13
74_T	218_A	0.754	0.13
170_N	271_D	0.751	0.13
243_N	251_A	0.747	0.13
61_G	305_W	0.745	0.13
175_T	197_I	0.744	0.13
126_S	223_L	0.741	0.12
45_V	262_G	0.740	0.12
41_S	174_Y	0.736	0.12
257_T	261_N	0.734	0.12
88_K	238_V	0.734	0.12
13_C	293_A	0.732	0.12
181_L	185_V	0.729	0.12
65_I	225_A	0.729	0.12
93_G	243_N	0.729	0.12
197_I	225_A	0.727	0.12
96_D	305_W	0.725	0.12
89_C	197_I	0.724	0.12
241_L	245_K	0.722	0.12
9_H	305_W	0.722	0.12
6_V	73_L	0.719	0.12
24_L	275_P	0.716	0.12
113_L	231_Y	0.714	0.12
54_T	152_R	0.714	0.12
80_I	259_I	0.713	0.12
68_S	221_N	0.707	0.12
47_M	117_R	0.704	0.12
76_T	183_T	0.704	0.12
4_V	93_G	0.702	0.12
240_L	245_K	0.699	0.12
65_I	126_S	0.699	0.12
47_M	54_T	0.699	0.12
97_G	184_M	0.697	0.12
169_R	220_N	0.695	0.12
245_K	259_I	0.692	0.12
97_G	197_I	0.691	0.12
255_D	274_H	0.691	0.12
248_Y	256_V	0.688	0.12
41_S	164_I	0.687	0.12
244_F	268_L	0.684	0.12
97_G	268_L	0.683	0.12
200_E	219_L	0.682	0.12
64_S	71_V	0.682	0.12
197_I	271_D	0.681	0.12
7_V	112_Q	0.679	0.12
3_S	161_D	0.679	0.12
200_E	203_Y	0.678	0.12
21_S	24_L	0.677	0.12
9_H	270_E	0.677	0.12
264_T	268_L	0.674	0.11
166_W	197_I	0.672	0.11
276_S	286_Y	0.672	0.11
13_C	46_A	0.671	0.11
58_A	69_G	0.670	0.11
24_L	51_E	0.669	0.11
29_G	170_N	0.668	0.11
238_V	286_Y	0.668	0.11
155_S	196_V	0.666	0.11
12_F	21_S	0.666	0.11
274_H	288_G	0.663	0.11
56_Q	276_S	0.661	0.11
168_G	274_H	0.660	0.11
189_H	195_F	0.660	0.11
222_N	226_D	0.658	0.11
263_I	293_A	0.653	0.11
9_H	223_L	0.653	0.11
28_L	297_A	0.651	0.11
178_V	188_M	0.651	0.11
300_I	306_G	0.650	0.11
51_E	198_C	0.650	0.11
36_A	231_Y	0.646	0.11
45_V	250_P	0.645	0.11
94_G	297_A	0.640	0.11
175_T	204_D	0.639	0.11
102_T	221_N	0.638	0.11
83_N	270_E	0.634	0.11
28_L	42_D	0.634	0.11
10_S	274_H	0.634	0.11
167_G	297_A	0.634	0.11
167_G	200_E	0.633	0.11
94_G	124_V	0.633	0.11
9_H	226_D	0.632	0.11
251_A	266_R	0.631	0.11
74_T	225_A	0.630	0.11
248_Y	259_I	0.630	0.11
40_A	249_N	0.629	0.11
7_V	288_G	0.627	0.11
169_R	259_I	0.625	0.11
74_T	260_A	0.624	0.11
298_Q	303_K	0.618	0.11
89_C	166_W	0.618	0.11
178_V	300_I	0.618	0.11
240_L	291_V	0.615	0.11
192_R	198_C	0.613	0.11
165_V	298_Q	0.611	0.11
59_P	115_F	0.608	0.11
218_A	248_Y	0.608	0.11
175_T	231_Y	0.607	0.11
27_L	39_G	0.607	0.11
14_T	34_N	0.597	0.10
23_E	289_A	0.596	0.10
58_A	305_W	0.593	0.10
17_V	31_D	0.591	0.10
54_T	251_A	0.588	0.10
163_Y	189_H	0.584	0.10
146_I	198_C	0.583	0.10
83_N	100_S	0.582	0.10
147_P	259_I	0.579	0.10
239_D	264_T	0.579	0.10
92_F	95_I	0.578	0.10
98_T	121_G	0.578	0.10
253_A	305_W	0.577	0.10
160_D	249_N	0.576	0.10
110_E	231_Y	0.576	0.10
42_D	168_G	0.575	0.10
210_T	268_L	0.575	0.10
38_G	178_V	0.574	0.10
71_V	93_G	0.573	0.10
89_C	242_Q	0.572	0.10
47_M	253_A	0.570	0.10
61_G	123_A	0.570	0.10
116_T	196_V	0.569	0.10
95_I	238_V	0.569	0.10
97_G	231_Y	0.566	0.10
12_F	32_I	0.565	0.10
25_N	94_G	0.565	0.10
195_F	206_E	0.564	0.10
171_S	220_N	0.563	0.10
9_H	18_V	0.563	0.10
62_G	305_W	0.559	0.10
213_A	293_A	0.558	0.10
188_M	241_L	0.557	0.10
241_L	249_N	0.557	0.10
299_F	305_W	0.557	0.10
84_G	228_P	0.556	0.10
33_Y	291_V	0.556	0.10
166_W	181_L	0.555	0.10
213_A	227_F	0.554	0.10
178_V	190_T	0.553	0.10
165_V	228_P	0.553	0.10
220_N	246_S	0.553	0.10
14_T	161_D	0.552	0.10
170_N	288_G	0.551	0.10
203_Y	276_S	0.551	0.10
164_I	208_T	0.550	0.10
221_N	226_D	0.550	0.10
46_A	223_L	0.548	0.10
28_L	165_V	0.546	0.10
98_T	294_D	0.542	0.10
25_N	207_T	0.541	0.10
11_S	200_E	0.540	0.10
123_A	226_D	0.538	0.10
100_S	207_T	0.538	0.10
230_N	303_K	0.538	0.10
10_S	271_D	0.528	0.10
101_T	155_S	0.528	0.10
24_L	99_F	0.527	0.10
185_V	200_E	0.526	0.10
116_T	271_D	0.525	0.09
121_G	302_S	0.525	0.09
50_Q	296_I	0.525	0.09
184_M	268_L	0.524	0.09
39_G	46_A	0.524	0.09
165_V	201_F	0.523	0.09
16_D	207_T	0.523	0.09
148_A	267_S	0.521	0.09
94_G	100_S	0.520	0.09
6_V	198_C	0.519	0.09
24_L	244_F	0.519	0.09
89_C	206_E	0.518	0.09
45_V	227_F	0.514	0.09
66_P	124_V	0.513	0.09
73_L	89_C	0.511	0.09
108_T	275_P	0.509	0.09
27_L	117_R	0.508	0.09
36_A	239_D	0.507	0.09
44_E	275_P	0.503	0.09
90_I	220_N	0.503	0.09
275_P	293_A	0.502	0.09
36_A	95_I	0.502	0.09
85_A	203_Y	0.501	0.09
199_P	231_Y	0.500	0.09

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
4q9a_A	1	0.5654	99.4	0.842	Contact Map
1k7c_A	1	0.6797	99.4	0.843	Contact Map
4jhl_A	1	0.5719	99.4	0.844	Contact Map
1fxw_F	1	0.5556	99.3	0.846	Contact Map
3rjt_A	1	0.5621	99.3	0.847	Contact Map
1es9_A	1	0.5556	99.3	0.85	Contact Map
3skv_A	1	0.5588	99.3	0.85	Contact Map
1esc_A	1	0.634	99.3	0.85	Contact Map
4c1b_A	1	0.5261	99.3	0.851	Contact Map
2hsj_A	1	0.5359	99.3	0.851	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.008 seconds.