T0904_1_341 - CASP12 - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

T0904_1_341 - T0904 1-341

ID:	55	Sequences: SLRFTASTSTPKSGSKIAKRGKKHPEPVASWMSEQRWAGEPEVMCTLQHKSIAQEAYKNYTITTSAVCKLVRQLQQQALSLQVHFERSERVLSGLQASSLPEALAGATQLLSHLDDFTATLERRGVFFNDAKIERRRYEQHLEQIRTVSKDTRYSLERQHYINLESLLDDVQLLKRHTLITLRLIFERLVRVLVISIEQSQCDLLLRANINMVATLMNIDYDGFRSLSDAFVQNEAVRTLLVVVLDHKQSSVRALALRALATLCCAPQAINQLGSCGGIEIVRDILQVESAGERGAIERREAVSLLAQITAAWHGSEHRVPGLRDCAESLVAGLAALLQPE	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_10
Length:	341 (314)
Sequences:	60 (41)
Seq/√Len:	2.3

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
301_E	308_Q	3.209	0.43
28_V	31_W	3.133	0.42
278_G	308_Q	3.097	0.41
308_Q	312_A	2.946	0.38
303_V	311_A	2.884	0.37
278_G	301_E	2.725	0.33
323_L	335_A	2.703	0.33
278_G	284_D	2.695	0.33
197_I	200_S	2.601	0.31
278_G	302_A	2.591	0.31
278_G	286_L	2.569	0.30
301_E	312_A	2.484	0.29
47_L	50_K	2.477	0.29
318_H	322_G	2.449	0.28
42_E	50_K	2.432	0.28
42_E	47_L	2.432	0.28
42_E	48_Q	2.432	0.28
278_G	312_A	2.417	0.28
284_D	308_Q	2.396	0.27
240_L	310_T	2.275	0.25
301_E	310_T	2.271	0.25
46_T	80_S	2.168	0.23
330_L	333_G	2.163	0.23
296_A	312_A	2.153	0.23
194_V	260_L	2.142	0.23
74_L	145_I	2.122	0.23
149_S	152_T	2.096	0.22
93_S	114_L	2.068	0.22
268_Q	273_L	2.031	0.21
40_E	139_E	1.984	0.21
278_G	310_T	1.981	0.21
45_C	193_L	1.980	0.21
278_G	311_A	1.958	0.20
282_V	305_L	1.949	0.20
303_V	307_A	1.943	0.20
70_L	93_S	1.941	0.20
81_L	173_L	1.937	0.20
319_R	323_L	1.935	0.20
142_L	149_S	1.881	0.19
262_T	322_G	1.880	0.19
232_V	266_A	1.876	0.19
178_T	305_L	1.861	0.19
258_R	264_C	1.855	0.19
302_A	308_Q	1.843	0.19
51_S	322_G	1.836	0.19
36_R	117_F	1.817	0.18
101_P	171_V	1.797	0.18
281_I	311_A	1.792	0.18
49_H	190_V	1.730	0.17
273_L	302_A	1.729	0.17
232_V	262_T	1.704	0.17
166_S	183_R	1.697	0.17
284_D	311_A	1.693	0.17
286_L	312_A	1.677	0.17
227_L	272_Q	1.672	0.17
286_L	308_Q	1.650	0.16
160_H	163_N	1.624	0.16
308_Q	334_L	1.586	0.16
197_I	273_L	1.577	0.15
277_G	280_E	1.552	0.15
278_G	307_A	1.543	0.15
31_W	50_K	1.530	0.15
31_W	47_L	1.530	0.15
31_W	48_Q	1.530	0.15
284_D	301_E	1.513	0.15
184_L	194_V	1.496	0.15
282_V	296_A	1.473	0.14
228_S	231_F	1.472	0.14
36_R	270_I	1.467	0.14
167_L	182_L	1.465	0.14
152_T	256_A	1.464	0.14
172_Q	209_N	1.464	0.14
197_I	334_L	1.462	0.14
305_L	327_A	1.453	0.14
308_Q	311_A	1.450	0.14
83_V	120_T	1.432	0.14
31_W	42_E	1.407	0.14
301_E	309_I	1.405	0.14
46_T	49_H	1.400	0.14
148_V	160_H	1.399	0.13
301_E	311_A	1.395	0.13
240_L	265_C	1.390	0.13
278_G	282_V	1.389	0.13
278_G	309_I	1.380	0.13
193_L	227_L	1.364	0.13
265_C	273_L	1.361	0.13
60_Y	80_S	1.333	0.13
257_L	284_D	1.330	0.13
142_L	151_D	1.327	0.13
244_V	258_R	1.323	0.13
305_L	311_A	1.317	0.13
286_L	301_E	1.312	0.13
228_S	245_L	1.292	0.12
228_S	235_E	1.291	0.12
286_L	302_A	1.274	0.12
149_S	213_V	1.273	0.12
278_G	303_V	1.272	0.12
114_L	145_I	1.263	0.12
227_L	244_V	1.255	0.12
270_I	309_I	1.248	0.12
172_Q	182_L	1.244	0.12
215_T	219_I	1.242	0.12
113_H	263_L	1.215	0.12
240_L	286_L	1.212	0.12
281_I	302_A	1.208	0.12
94_G	110_L	1.204	0.12
284_D	302_A	1.194	0.12
110_L	196_S	1.177	0.11
55_E	209_N	1.176	0.11
111_L	174_L	1.173	0.11
257_L	286_L	1.170	0.11
256_A	273_L	1.167	0.11
261_A	328_E	1.155	0.11
231_F	236_A	1.154	0.11
198_E	314_H	1.154	0.11
153_R	159_Q	1.138	0.11
323_L	329_S	1.129	0.11
106_G	341_E	1.129	0.11
66_A	330_L	1.127	0.11
240_L	278_G	1.123	0.11
241_L	313_W	1.119	0.11
51_S	318_H	1.109	0.11
40_E	256_A	1.104	0.11
286_L	307_A	1.102	0.11
145_I	178_T	1.094	0.11
178_T	186_F	1.092	0.11
239_T	266_A	1.089	0.11
239_T	262_T	1.088	0.11
320_V	323_L	1.084	0.11
46_T	177_H	1.084	0.11
277_G	281_I	1.083	0.11
148_V	156_L	1.075	0.10
55_E	167_L	1.075	0.10
291_A	305_L	1.074	0.10
79_L	88_S	1.071	0.10
122_E	209_N	1.068	0.10
69_K	149_S	1.061	0.10
230_A	263_L	1.058	0.10
284_D	312_A	1.057	0.10
303_V	308_Q	1.056	0.10
309_I	312_A	1.051	0.10
110_L	315_G	1.050	0.10
228_S	234_N	1.050	0.10
110_L	136_R	1.048	0.10
294_R	298_E	1.046	0.10
114_L	119_A	1.046	0.10
307_A	311_A	1.041	0.10
35_Q	63_T	1.039	0.10
206_L	213_V	1.034	0.10
254_A	261_A	1.031	0.10
83_V	90_R	1.026	0.10
286_L	311_A	1.020	0.10
325_D	330_L	1.019	0.10
62_I	237_V	1.015	0.10
284_D	299_R	1.010	0.10
257_L	278_G	1.010	0.10
235_E	268_Q	1.005	0.10
50_K	258_R	1.004	0.10
48_Q	258_R	1.004	0.10
47_L	258_R	1.004	0.10
216_L	284_D	0.996	0.10
262_T	269_A	0.992	0.10
146_R	305_L	0.984	0.10
152_T	279_I	0.982	0.10
232_V	237_V	0.981	0.10
298_E	313_W	0.977	0.10
306_L	314_H	0.975	0.10
216_L	240_L	0.974	0.10
325_D	334_L	0.972	0.10
150_K	154_Y	0.971	0.10
238_R	242_V	0.970	0.10
282_V	308_Q	0.969	0.10
239_T	269_A	0.968	0.10
302_A	312_A	0.967	0.10
306_L	326_C	0.965	0.10
93_S	98_S	0.962	0.10
303_V	312_A	0.960	0.10
258_R	273_L	0.953	0.10
111_L	172_Q	0.952	0.10
199_Q	270_I	0.952	0.10
281_I	298_E	0.949	0.10
215_T	334_L	0.942	0.09
78_A	174_L	0.942	0.09
46_T	60_Y	0.940	0.09
237_V	243_V	0.940	0.09
257_L	274_G	0.936	0.09
139_E	182_L	0.934	0.09
95_L	165_E	0.931	0.09
34_E	171_V	0.929	0.09
285_I	301_E	0.928	0.09
301_E	334_L	0.925	0.09
98_S	174_L	0.921	0.09
296_A	308_Q	0.918	0.09
307_A	312_A	0.918	0.09
277_G	305_L	0.910	0.09
258_R	272_Q	0.908	0.09
149_S	161_Y	0.907	0.09
114_L	209_N	0.899	0.09
93_S	167_L	0.896	0.09
299_R	331_V	0.896	0.09
89_E	183_R	0.895	0.09
40_E	279_I	0.892	0.09
78_A	270_I	0.890	0.09
42_E	258_R	0.887	0.09
148_V	163_N	0.884	0.09
287_Q	304_S	0.881	0.09
278_G	334_L	0.880	0.09
236_A	295_G	0.877	0.09
151_D	156_L	0.873	0.09
283_R	302_A	0.871	0.09
242_V	269_A	0.871	0.09
67_V	279_I	0.868	0.09
37_W	140_Q	0.866	0.09
70_L	95_L	0.862	0.09
277_G	311_A	0.860	0.09
64_T	68_C	0.859	0.09
234_N	242_V	0.858	0.09
54_Q	254_A	0.856	0.09
305_L	312_A	0.856	0.09
144_Q	154_Y	0.854	0.09
211_N	273_L	0.854	0.09
105_A	271_N	0.854	0.09
142_L	152_T	0.854	0.09
227_L	237_V	0.853	0.09
240_L	308_Q	0.846	0.09
323_L	332_A	0.846	0.09
302_A	311_A	0.845	0.09
281_I	291_A	0.832	0.09
31_W	310_T	0.825	0.09
146_R	175_K	0.824	0.09
270_I	310_T	0.818	0.09
39_G	335_A	0.818	0.09
152_T	161_Y	0.818	0.09
80_S	95_L	0.818	0.09
40_E	192_V	0.818	0.09
121_L	145_I	0.818	0.09
79_L	314_H	0.817	0.09
329_S	338_L	0.817	0.09
282_V	286_L	0.812	0.09
52_I	199_Q	0.812	0.09
66_A	152_T	0.811	0.09
251_S	294_R	0.808	0.08
205_L	335_A	0.805	0.08
39_G	253_R	0.803	0.08
146_R	152_T	0.801	0.08
106_G	109_Q	0.800	0.08
282_V	312_A	0.799	0.08
28_V	48_Q	0.798	0.08
28_V	47_L	0.798	0.08
28_V	50_K	0.798	0.08
228_S	232_V	0.798	0.08
296_A	304_S	0.796	0.08
67_V	150_K	0.796	0.08
258_R	270_I	0.795	0.08
263_L	280_E	0.795	0.08
302_A	310_T	0.793	0.08
27_P	31_W	0.790	0.08
37_W	79_L	0.786	0.08
228_S	273_L	0.786	0.08
228_S	243_V	0.779	0.08
284_D	310_T	0.779	0.08
196_S	209_N	0.778	0.08
55_E	205_L	0.777	0.08
243_V	307_A	0.777	0.08
278_G	281_I	0.776	0.08
240_L	257_L	0.775	0.08
278_G	299_R	0.773	0.08
51_S	55_E	0.771	0.08
86_E	110_L	0.769	0.08
239_T	246_D	0.768	0.08
246_D	268_Q	0.768	0.08
243_V	256_A	0.766	0.08
277_G	330_L	0.763	0.08
306_L	313_W	0.762	0.08
131_A	190_V	0.759	0.08
258_R	268_Q	0.754	0.08
240_L	258_R	0.753	0.08
143_E	163_N	0.752	0.08
257_L	262_T	0.752	0.08
81_L	194_V	0.751	0.08
143_E	159_Q	0.748	0.08
84_H	244_V	0.747	0.08
227_L	233_Q	0.746	0.08
74_L	114_L	0.743	0.08
317_E	333_G	0.743	0.08
209_N	270_I	0.740	0.08
40_E	47_L	0.740	0.08
40_E	50_K	0.740	0.08
40_E	48_Q	0.740	0.08
156_L	159_Q	0.738	0.08
244_V	268_Q	0.737	0.08
219_I	334_L	0.733	0.08
198_E	250_S	0.731	0.08
323_L	341_E	0.729	0.08
229_D	272_Q	0.727	0.08
54_Q	198_E	0.727	0.08
181_T	236_A	0.726	0.08
197_I	214_A	0.724	0.08
197_I	272_Q	0.723	0.08
52_I	169_D	0.721	0.08
29_A	145_I	0.719	0.08
228_S	266_A	0.719	0.08
87_R	104_L	0.718	0.08
150_K	155_S	0.718	0.08
283_R	304_S	0.715	0.08
179_L	190_V	0.711	0.08
34_E	340_P	0.711	0.08
237_V	256_A	0.710	0.08
24_H	140_Q	0.708	0.08
76_Q	164_L	0.708	0.08
67_V	144_Q	0.707	0.08
103_A	139_E	0.707	0.08
278_G	305_L	0.704	0.08
111_L	114_L	0.703	0.08
293_E	296_A	0.698	0.08
107_A	159_Q	0.697	0.08
234_N	245_L	0.696	0.08
149_S	338_L	0.696	0.08
190_V	197_I	0.690	0.08
236_A	265_C	0.689	0.08
52_I	213_V	0.689	0.08
46_T	174_L	0.688	0.08
281_I	297_I	0.688	0.08
238_R	263_L	0.687	0.08
256_A	268_Q	0.687	0.08
198_E	302_A	0.685	0.08
281_I	303_V	0.685	0.08
232_V	239_T	0.683	0.08
104_L	182_L	0.683	0.08
218_N	241_L	0.682	0.08
68_C	295_G	0.682	0.08
322_G	333_G	0.681	0.08
37_W	172_Q	0.680	0.08
218_N	323_L	0.679	0.08
171_V	296_A	0.679	0.08
177_H	188_R	0.675	0.08
197_I	253_R	0.671	0.08
98_S	182_L	0.671	0.08
55_E	140_Q	0.670	0.08
72_R	323_L	0.668	0.08
213_V	320_V	0.668	0.08
111_L	175_K	0.667	0.08
152_T	325_D	0.666	0.08
37_W	88_S	0.664	0.08
257_L	270_I	0.662	0.08
34_E	116_D	0.661	0.08
238_R	246_D	0.661	0.08
35_Q	264_C	0.659	0.08
240_L	261_A	0.658	0.08
45_C	113_H	0.658	0.08
297_I	311_A	0.657	0.08
284_D	303_V	0.656	0.08
122_E	270_I	0.656	0.08
87_R	182_L	0.656	0.08
71_V	158_R	0.653	0.07
36_R	314_H	0.650	0.07
118_T	132_K	0.644	0.07
55_E	165_E	0.643	0.07
322_G	329_S	0.641	0.07
279_I	308_Q	0.639	0.07
268_Q	272_Q	0.633	0.07
133_I	279_I	0.632	0.07
320_V	333_G	0.630	0.07
151_D	159_Q	0.630	0.07
158_R	334_L	0.625	0.07
277_G	282_V	0.625	0.07
25_P	185_I	0.625	0.07
298_E	311_A	0.623	0.07
32_M	238_R	0.622	0.07
262_T	266_A	0.617	0.07
28_V	42_E	0.616	0.07
88_S	140_Q	0.614	0.07
60_Y	118_T	0.610	0.07
318_H	323_L	0.610	0.07
218_N	322_G	0.609	0.07
249_Q	272_Q	0.609	0.07
107_A	282_V	0.607	0.07
26_E	76_Q	0.606	0.07
158_R	169_D	0.605	0.07
128_F	153_R	0.603	0.07
228_S	268_Q	0.598	0.07
93_S	118_T	0.596	0.07
32_M	280_E	0.596	0.07
277_G	297_I	0.596	0.07
87_R	261_A	0.595	0.07
271_N	333_G	0.595	0.07
51_S	105_A	0.594	0.07
323_L	334_L	0.593	0.07
183_R	186_F	0.592	0.07
301_E	307_A	0.592	0.07
275_S	334_L	0.591	0.07
279_I	307_A	0.590	0.07
65_S	323_L	0.590	0.07
53_A	79_L	0.589	0.07
213_V	315_G	0.588	0.07
86_E	95_L	0.588	0.07
39_G	171_V	0.588	0.07
51_S	294_R	0.587	0.07
97_A	115_D	0.586	0.07
239_T	243_V	0.585	0.07
310_T	334_L	0.585	0.07
152_T	305_L	0.585	0.07
159_Q	162_I	0.583	0.07
237_V	241_L	0.582	0.07
55_E	202_C	0.581	0.07
174_L	182_L	0.580	0.07
257_L	326_C	0.578	0.07
241_L	311_A	0.575	0.07
232_V	267_P	0.573	0.07
26_E	30_S	0.571	0.07
110_L	167_L	0.569	0.07
40_E	64_T	0.568	0.07
254_A	314_H	0.567	0.07
287_Q	303_V	0.565	0.07
253_R	269_A	0.564	0.07
230_A	244_V	0.562	0.07
75_Q	331_V	0.562	0.07
51_S	251_S	0.562	0.07
246_D	262_T	0.561	0.07
246_D	266_A	0.561	0.07
75_Q	306_L	0.558	0.07
262_T	318_H	0.556	0.07
78_A	336_A	0.556	0.07
240_L	264_C	0.553	0.07
47_L	308_Q	0.553	0.07
48_Q	308_Q	0.553	0.07
50_K	308_Q	0.553	0.07
92_L	101_P	0.551	0.07
318_H	324_R	0.551	0.07
213_V	217_M	0.550	0.07
284_D	291_A	0.549	0.07
198_E	313_W	0.549	0.07
123_R	131_A	0.546	0.07
84_H	112_S	0.544	0.07
232_V	252_V	0.541	0.07
31_W	264_C	0.540	0.07
95_L	131_A	0.540	0.07
93_S	199_Q	0.540	0.07
170_D	270_I	0.539	0.07
72_R	85_F	0.538	0.07
232_V	333_G	0.537	0.07
220_D	223_G	0.536	0.07
43_V	194_V	0.535	0.07
54_Q	211_N	0.535	0.07
33_S	100_L	0.532	0.07
100_L	135_R	0.530	0.07
206_L	210_I	0.530	0.07
36_R	91_V	0.529	0.07
86_E	190_V	0.528	0.07
42_E	309_I	0.527	0.07
208_A	252_V	0.527	0.07
257_L	261_A	0.527	0.07
143_E	162_I	0.527	0.07
29_A	263_L	0.525	0.07
69_K	152_T	0.525	0.07
151_D	162_I	0.525	0.07
305_L	308_Q	0.524	0.07
228_S	237_V	0.522	0.07
286_L	310_T	0.520	0.07
231_F	237_V	0.520	0.07
203_D	261_A	0.519	0.07
75_Q	117_F	0.514	0.07
249_Q	267_P	0.514	0.07
224_F	228_S	0.512	0.07
96_Q	101_P	0.512	0.07
275_S	282_V	0.511	0.07
305_L	313_W	0.507	0.07
167_L	190_V	0.504	0.07
34_E	81_L	0.502	0.07
216_L	308_Q	0.502	0.07
320_V	334_L	0.500	0.07

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
3sf4_D	1	0.132	99.7	0.851	Contact Map
4a1s_C	1	0.088	99.3	0.886	Contact Map
1xqr_A	1	0.5836	98	0.928	Contact Map
4hxt_A	1	0.5279	97.7	0.933	Contact Map
3ro3_B	1	0.0469	97.7	0.933	Contact Map
4v3q_A	1	0.5455	97.6	0.933	Contact Map
3tt9_A	1	0.5601	97.6	0.933	Contact Map
4db6_A	1	0.522	97.6	0.934	Contact Map
4rv1_A	1	0.5279	97.6	0.934	Contact Map
1xm9_A	1	0.4252	97.6	0.935	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0094 seconds.