YYDB - BACSU - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

YYDB - Uncharacterized metallophosphoesterase-like protein YydB

UniProt:	Q45600	Sequences: MKVRFLQISDLHFQFQNYDTIVMRDKLLDFIEVLRRESDFDFLLLTGDIAHKGDVYNEDVKEYLNGIIKSMGLSKNNVHLVPGNHDISRDMTRTLLIDSIMKSPNPSEMLDKLDQKATNILVEGQRKFFDFYEDFMGVKYPEEDLHFLYQSEKYNVLSINTCLLSDKKGEEGTLLTAQMKLYKAIRKMNKEKNKGKVLNIAIGHHTLGCIESSERESIKAHFDDYFIDLYLAGHVHDSSFNITANTNENPFLELVSGAIIKDEYATPEFISVDVNLDNGETEVTYYIWNTEYKYWSKNNQGGRRLQEGKLNYKINRLESLIEKEIEDNDDKIDEDEFKSFIIDFHEYRESYKTFTSNFDNQIGLDKKFYDMKSGETFKRKFDSYSEYFGVINHIMDSTSYVSADKKELIAETIVDKYLEFHNQYNNGDEIFVKIVNEIYLECHSVLPYSKALTKKYIKILTCWCIYECEIFNDNKRSVKND	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	481 (414)
Sequences:	185 (173)
Seq/√Len:	8.5

BACSU - YYDB

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
30_F	269_F	6.251	1.00
269_F	286_Y	5.514	1.00
46_T	202_I	4.696	0.99
177_A	214_E	3.837	0.97
381_F	386_E	3.601	0.96
30_F	286_Y	3.514	0.95
84_N	234_H	3.394	0.94
49_I	60_V	3.392	0.94
381_F	388_F	3.325	0.93
5_F	272_V	3.240	0.93
381_F	390_V	2.989	0.89
5_F	44_L	2.860	0.87
10_D	236_H	2.765	0.85
257_G	268_E	2.757	0.85
45_L	64_L	2.643	0.82
204_H	233_G	2.605	0.81
10_D	47_G	2.579	0.80
10_D	48_D	2.579	0.80
12_H	48_D	2.544	0.79
12_H	47_G	2.544	0.79
9_S	12_H	2.458	0.77
381_F	387_Y	2.456	0.77
83_G	233_G	2.413	0.75
83_G	204_H	2.413	0.75
204_H	236_H	2.375	0.74
233_G	236_H	2.375	0.74
85_H	204_H	2.366	0.74
85_H	233_G	2.366	0.74
387_Y	390_V	2.348	0.73
48_D	204_H	2.314	0.72
47_G	233_G	2.314	0.72
48_D	233_G	2.314	0.72
47_G	204_H	2.314	0.72
60_V	63_Y	2.265	0.70
63_Y	67_I	2.241	0.70
160_N	205_H	2.215	0.69
157_L	227_I	2.184	0.67
83_G	236_H	2.166	0.67
7_Q	46_T	2.159	0.67
11_L	349_E	2.138	0.66
85_H	236_H	2.120	0.65
48_D	83_G	2.114	0.65
47_G	83_G	2.114	0.65
86_D	204_H	2.097	0.64
86_D	233_G	2.097	0.64
47_G	236_H	2.074	0.63
48_D	236_H	2.074	0.63
386_E	390_V	2.069	0.63
47_G	85_H	2.067	0.63
48_D	85_H	2.067	0.63
84_N	204_H	2.056	0.63
84_N	233_G	2.056	0.63
10_D	204_H	1.982	0.60
10_D	233_G	1.982	0.60
188_M	256_S	1.946	0.58
12_H	233_G	1.937	0.58
12_H	204_H	1.937	0.58
4_R	273_D	1.879	0.55
83_G	86_D	1.851	0.54
421_H	426_N	1.847	0.54
155_N	199_N	1.834	0.53
86_D	236_H	1.811	0.52
44_L	202_I	1.800	0.52
81_V	158_S	1.795	0.52
84_N	236_H	1.767	0.51
10_D	83_G	1.762	0.50
47_G	86_D	1.760	0.50
48_D	86_D	1.760	0.50
48_D	84_N	1.742	0.49
47_G	84_N	1.742	0.49
204_H	234_H	1.738	0.49
12_H	83_G	1.716	0.48
10_D	85_H	1.714	0.48
148_L	157_L	1.710	0.48
82_P	160_N	1.708	0.48
82_P	205_H	1.704	0.48
12_H	236_H	1.677	0.47
162_C	205_H	1.676	0.47
12_H	85_H	1.668	0.46
44_L	156_V	1.645	0.45
404_D	408_L	1.643	0.45
198_L	274_V	1.626	0.45
174_L	206_T	1.625	0.45
238_S	269_F	1.614	0.44
391_I	399_S	1.601	0.44
180_K	286_Y	1.601	0.44
154_Y	268_E	1.597	0.43
9_S	47_G	1.528	0.41
9_S	48_D	1.528	0.41
65_N	69_K	1.521	0.40
26_K	327_D	1.505	0.40
386_E	389_G	1.501	0.39
80_L	271_S	1.501	0.39
6_L	46_T	1.467	0.38
83_G	234_H	1.463	0.38
234_H	387_Y	1.455	0.38
79_H	156_V	1.438	0.37
82_P	89_R	1.431	0.37
85_H	234_H	1.428	0.37
386_E	391_I	1.422	0.36
48_D	234_H	1.415	0.36
47_G	234_H	1.415	0.36
13_F	259_I	1.412	0.36
13_F	43_L	1.412	0.36
7_Q	60_V	1.409	0.36
5_F	202_I	1.373	0.34
19_D	156_V	1.370	0.34
44_L	87_I	1.363	0.34
78_V	170_E	1.359	0.34
51_H	257_G	1.358	0.34
10_D	86_D	1.357	0.34
10_D	84_N	1.341	0.33
426_N	430_I	1.332	0.33
12_H	86_D	1.321	0.32
12_H	84_N	1.306	0.32
84_N	206_T	1.297	0.32
46_T	214_E	1.293	0.31
174_L	382_D	1.286	0.31
94_T	256_S	1.283	0.31
80_L	287_I	1.280	0.31
394_I	397_S	1.269	0.31
381_F	389_G	1.262	0.30
245_N	249_N	1.261	0.30
356_S	360_N	1.241	0.30
206_T	234_H	1.240	0.30
80_L	161_T	1.234	0.29
28_L	210_I	1.229	0.29
45_L	50_A	1.226	0.29
257_G	269_F	1.225	0.29
156_V	242_I	1.224	0.29
4_R	8_I	1.206	0.28
56_Y	270_I	1.193	0.28
128_F	206_T	1.175	0.27
231_L	379_R	1.173	0.27
388_F	391_I	1.172	0.27
5_F	295_W	1.169	0.27
62_E	313_K	1.158	0.27
6_L	160_N	1.156	0.27
9_S	80_L	1.149	0.26
413_I	420_F	1.141	0.26
7_Q	27_L	1.136	0.26
277_D	344_F	1.135	0.26
164_L	288_W	1.134	0.26
381_F	391_I	1.133	0.26
146_H	150_Q	1.131	0.26
159_I	315_N	1.125	0.26
46_T	298_N	1.124	0.26
386_E	392_N	1.121	0.26
224_D	249_N	1.117	0.25
235_V	255_V	1.111	0.25
7_Q	232_A	1.109	0.25
151_S	398_T	1.106	0.25
424_Y	427_G	1.099	0.25
343_D	357_N	1.099	0.25
219_K	255_V	1.088	0.24
165_S	242_I	1.078	0.24
148_L	187_K	1.077	0.24
7_Q	231_L	1.070	0.24
80_L	344_F	1.070	0.24
9_S	204_H	1.069	0.24
9_S	233_G	1.069	0.24
395_M	416_K	1.062	0.24
272_V	295_W	1.050	0.23
174_L	229_L	1.045	0.23
128_F	313_K	1.041	0.23
31_I	319_S	1.041	0.23
64_L	90_D	1.038	0.23
69_K	356_S	1.037	0.23
80_L	217_S	1.037	0.23
28_L	238_S	1.032	0.23
31_I	107_S	1.028	0.23
40_F	78_V	1.026	0.23
165_S	214_E	1.022	0.22
345_H	350_S	1.021	0.22
131_F	387_Y	1.018	0.22
154_Y	224_D	1.016	0.22
244_A	277_D	1.014	0.22
8_I	161_T	1.010	0.22
31_I	70_S	1.010	0.22
157_L	163_L	1.001	0.22
86_D	234_H	1.000	0.22
159_I	267_P	0.999	0.22
384_Y	388_F	0.996	0.22
52_K	56_Y	0.992	0.22
161_T	203_G	0.986	0.21
10_D	234_H	0.986	0.21
295_W	301_G	0.986	0.21
113_L	130_D	0.983	0.21
27_L	283_V	0.983	0.21
44_L	295_W	0.981	0.21
246_T	345_H	0.978	0.21
57_N	131_F	0.975	0.21
125_Q	129_F	0.975	0.21
181_L	360_N	0.975	0.21
348_R	395_M	0.974	0.21
8_I	415_D	0.973	0.21
160_N	226_F	0.972	0.21
3_V	387_Y	0.972	0.21
82_P	196_K	0.970	0.21
45_L	274_V	0.970	0.21
65_N	347_Y	0.969	0.21
7_Q	11_L	0.969	0.21
82_P	85_H	0.968	0.21
30_F	295_W	0.965	0.21
8_I	276_L	0.964	0.21
84_N	388_F	0.963	0.21
101_M	201_A	0.962	0.21
357_N	385_S	0.962	0.21
334_E	343_D	0.961	0.21
12_H	234_H	0.961	0.21
84_N	387_Y	0.959	0.21
150_Q	287_I	0.951	0.20
9_S	83_G	0.950	0.20
53_G	234_H	0.948	0.20
258_A	312_Y	0.946	0.20
409_I	413_I	0.941	0.20
424_Y	429_E	0.935	0.20
335_D	346_E	0.935	0.20
27_L	52_K	0.934	0.20
133_E	341_I	0.930	0.20
174_L	177_A	0.928	0.20
318_E	373_S	0.925	0.20
6_L	22_V	0.925	0.20
98_D	377_F	0.921	0.20
6_L	27_L	0.919	0.20
206_T	269_F	0.917	0.20
7_Q	67_I	0.916	0.19
186_R	205_H	0.915	0.19
88_S	202_I	0.913	0.19
416_K	427_G	0.911	0.19
165_S	168_K	0.911	0.19
80_L	401_V	0.910	0.19
85_H	205_H	0.909	0.19
56_Y	209_C	0.907	0.19
177_A	180_K	0.903	0.19
5_F	270_I	0.900	0.19
413_I	419_E	0.893	0.19
366_K	389_G	0.887	0.19
269_F	283_V	0.886	0.19
425_N	430_I	0.886	0.19
11_L	24_R	0.886	0.19
368_F	371_M	0.882	0.19
379_R	388_F	0.873	0.18
218_I	349_E	0.873	0.18
163_L	214_E	0.872	0.18
405_K	413_I	0.872	0.18
254_L	270_I	0.872	0.18
230_Y	269_F	0.870	0.18
261_K	270_I	0.870	0.18
50_A	57_N	0.867	0.18
201_A	222_F	0.865	0.18
357_N	388_F	0.864	0.18
202_I	322_E	0.863	0.18
163_L	209_C	0.861	0.18
234_H	388_F	0.859	0.18
147_F	316_R	0.858	0.18
128_F	173_T	0.856	0.18
50_A	267_P	0.856	0.18
81_V	257_G	0.856	0.18
231_L	258_A	0.853	0.18
222_F	331_K	0.852	0.18
20_T	23_M	0.851	0.18
89_R	165_S	0.851	0.18
164_L	254_L	0.849	0.18
57_N	286_Y	0.846	0.18
8_I	12_H	0.845	0.18
313_K	330_D	0.843	0.18
186_R	190_K	0.843	0.18
46_T	162_C	0.842	0.18
11_L	45_L	0.837	0.17
50_A	117_A	0.837	0.17
371_M	378_K	0.837	0.17
69_K	92_T	0.836	0.17
82_P	256_S	0.835	0.17
30_F	230_Y	0.834	0.17
54_D	210_I	0.834	0.17
58_E	348_R	0.833	0.17
315_N	335_D	0.833	0.17
7_Q	44_L	0.831	0.17
234_H	390_V	0.829	0.17
210_I	237_D	0.829	0.17
67_I	160_N	0.827	0.17
107_S	116_K	0.827	0.17
80_L	116_K	0.827	0.17
423_Q	430_I	0.825	0.17
81_V	231_L	0.824	0.17
12_H	53_G	0.823	0.17
406_K	420_F	0.822	0.17
407_E	413_I	0.821	0.17
8_I	11_L	0.820	0.17
317_L	329_D	0.819	0.17
101_M	396_D	0.816	0.17
128_F	354_F	0.815	0.17
186_R	406_K	0.814	0.17
160_N	233_G	0.812	0.17
160_N	204_H	0.812	0.17
5_F	81_V	0.812	0.17
186_R	374_G	0.812	0.17
274_V	423_Q	0.810	0.17
7_Q	160_N	0.803	0.17
19_D	264_Y	0.802	0.17
174_L	386_E	0.802	0.17
125_Q	269_F	0.794	0.16
78_V	313_K	0.792	0.16
27_L	237_D	0.791	0.16
174_L	283_V	0.790	0.16
109_M	273_D	0.789	0.16
59_D	128_F	0.789	0.16
4_R	41_D	0.788	0.16
165_S	205_H	0.787	0.16
8_I	61_K	0.784	0.16
218_I	256_S	0.782	0.16
124_G	155_N	0.782	0.16
9_S	205_H	0.781	0.16
366_K	379_R	0.779	0.16
34_L	62_E	0.779	0.16
51_H	57_N	0.779	0.16
16_Q	43_L	0.776	0.16
62_E	332_I	0.773	0.16
228_D	231_L	0.771	0.16
82_P	233_G	0.771	0.16
82_P	204_H	0.771	0.16
209_C	381_F	0.770	0.16
31_I	353_T	0.770	0.16
161_T	205_H	0.770	0.16
132_Y	227_I	0.767	0.16
89_R	160_N	0.765	0.16
87_I	125_Q	0.764	0.16
356_S	361_Q	0.764	0.16
339_S	414_V	0.759	0.16
402_S	405_K	0.757	0.16
27_L	265_A	0.757	0.16
155_N	227_I	0.755	0.16
192_K	254_L	0.753	0.16
248_E	259_I	0.752	0.15
79_H	148_L	0.751	0.15
218_I	323_K	0.746	0.15
163_L	227_I	0.745	0.15
407_E	430_I	0.745	0.15
395_M	401_V	0.744	0.15
5_F	154_Y	0.743	0.15
79_H	234_H	0.742	0.15
206_T	235_V	0.739	0.15
176_T	210_I	0.739	0.15
155_N	272_V	0.739	0.15
201_A	227_I	0.738	0.15
274_V	287_I	0.738	0.15
70_S	249_N	0.735	0.15
412_T	425_N	0.735	0.15
98_D	309_K	0.733	0.15
3_V	339_S	0.731	0.15
403_A	406_K	0.730	0.15
367_K	391_I	0.729	0.15
84_N	386_E	0.729	0.15
147_F	426_N	0.728	0.15
189_N	303_R	0.727	0.15
126_R	362_I	0.727	0.15
272_V	370_D	0.726	0.15
201_A	276_L	0.726	0.15
184_A	315_N	0.726	0.15
147_F	240_F	0.723	0.15
6_L	60_V	0.722	0.15
250_P	295_W	0.719	0.15
387_Y	391_I	0.717	0.15
5_F	76_N	0.716	0.15
42_F	289_N	0.715	0.15
311_N	356_S	0.715	0.15
190_K	229_L	0.714	0.15
104_P	300_Q	0.713	0.15
124_G	158_S	0.710	0.15
422_N	427_G	0.708	0.15
181_L	274_V	0.707	0.15
106_P	379_R	0.707	0.15
407_E	429_E	0.706	0.15
31_I	318_E	0.706	0.15
114_D	208_G	0.706	0.15
168_K	205_H	0.703	0.14
359_D	378_K	0.702	0.14
205_H	233_G	0.702	0.14
53_G	210_I	0.697	0.14
228_D	388_F	0.692	0.14
6_L	257_G	0.691	0.14
413_I	422_N	0.690	0.14
32_E	367_K	0.689	0.14
159_I	166_D	0.688	0.14
139_K	201_A	0.687	0.14
212_S	235_V	0.686	0.14
7_Q	12_H	0.685	0.14
198_L	201_A	0.684	0.14
153_K	334_E	0.683	0.14
98_D	378_K	0.683	0.14
55_V	248_E	0.683	0.14
411_E	420_F	0.681	0.14
203_G	230_Y	0.680	0.14
318_E	363_G	0.680	0.14
200_I	205_H	0.678	0.14
13_F	267_P	0.676	0.14
44_L	95_L	0.674	0.14
248_E	304_R	0.670	0.14
171_E	258_A	0.669	0.14
67_I	206_T	0.669	0.14
248_E	400_Y	0.668	0.14
342_I	345_H	0.668	0.14
256_S	281_T	0.666	0.14
348_R	364_L	0.666	0.14
29_D	210_I	0.664	0.14
41_D	184_A	0.662	0.14
177_A	298_N	0.662	0.14
9_S	236_H	0.662	0.14
45_L	268_E	0.661	0.14
205_H	214_E	0.661	0.14
82_P	161_T	0.660	0.14
157_L	184_A	0.659	0.14
81_V	205_H	0.659	0.14
163_L	387_Y	0.657	0.14
86_D	200_I	0.656	0.13
4_R	78_V	0.656	0.13
242_I	343_D	0.647	0.13
309_K	375_E	0.643	0.13
4_R	40_F	0.642	0.13
324_E	335_D	0.642	0.13
262_D	283_V	0.641	0.13
154_Y	367_K	0.641	0.13
162_C	209_C	0.641	0.13
200_I	306_Q	0.639	0.13
114_D	120_I	0.639	0.13
48_D	53_G	0.637	0.13
47_G	53_G	0.637	0.13
361_Q	380_K	0.637	0.13
163_L	268_E	0.636	0.13
282_E	305_L	0.635	0.13
109_M	401_V	0.635	0.13
44_L	174_L	0.634	0.13
9_S	85_H	0.634	0.13
182_Y	271_S	0.632	0.13
87_I	158_S	0.632	0.13
8_I	48_D	0.632	0.13
8_I	47_G	0.632	0.13
61_K	274_V	0.630	0.13
341_I	365_D	0.629	0.13
365_D	372_K	0.629	0.13
340_F	351_Y	0.628	0.13
343_D	348_R	0.626	0.13
157_L	387_Y	0.626	0.13
150_Q	202_I	0.625	0.13
155_N	295_W	0.625	0.13
60_V	160_N	0.622	0.13
107_S	347_Y	0.622	0.13
160_N	208_G	0.621	0.13
405_K	408_L	0.621	0.13
186_R	381_F	0.620	0.13
65_N	377_F	0.617	0.13
157_L	199_N	0.616	0.13
184_A	250_P	0.614	0.13
57_N	209_C	0.614	0.13
82_P	162_C	0.613	0.13
5_F	158_S	0.613	0.13
412_T	416_K	0.613	0.13
408_L	420_F	0.612	0.13
232_A	336_E	0.612	0.13
378_K	386_E	0.608	0.13
98_D	120_I	0.608	0.13
404_D	420_F	0.607	0.13
363_G	373_S	0.607	0.13
87_I	96_L	0.606	0.13
11_L	51_H	0.605	0.13
222_F	274_V	0.603	0.12
412_T	418_L	0.603	0.12
345_H	369_Y	0.603	0.12
172_G	205_H	0.602	0.12
45_L	354_F	0.600	0.12
24_R	67_I	0.598	0.12
22_V	147_F	0.597	0.12
205_H	230_Y	0.596	0.12
209_C	258_A	0.596	0.12
373_S	378_K	0.596	0.12
127_K	379_R	0.595	0.12
160_N	164_L	0.595	0.12
241_N	254_L	0.594	0.12
127_K	248_E	0.593	0.12
396_D	399_S	0.593	0.12
166_D	170_E	0.592	0.12
209_C	267_P	0.590	0.12
57_N	381_F	0.587	0.12
129_F	161_T	0.587	0.12
75_K	136_M	0.587	0.12
46_T	231_L	0.586	0.12
97_I	101_M	0.585	0.12
81_V	128_F	0.585	0.12
304_R	341_I	0.584	0.12
7_Q	202_I	0.584	0.12
208_G	215_R	0.582	0.12
70_S	222_F	0.581	0.12
84_N	390_V	0.581	0.12
297_K	353_T	0.579	0.12
7_Q	63_Y	0.578	0.12
142_E	250_P	0.578	0.12
188_M	224_D	0.577	0.12
177_A	208_G	0.576	0.12
299_N	306_Q	0.576	0.12
49_I	256_S	0.575	0.12
108_E	338_K	0.575	0.12
185_I	188_M	0.575	0.12
155_N	163_L	0.575	0.12
183_K	191_E	0.574	0.12
68_I	313_K	0.574	0.12
33_V	373_S	0.573	0.12
245_N	288_W	0.573	0.12
128_F	187_K	0.571	0.12
245_N	276_L	0.571	0.12
7_Q	82_P	0.569	0.12
117_A	222_F	0.569	0.12
88_S	209_C	0.567	0.12
147_F	183_K	0.567	0.12
34_L	324_E	0.566	0.12
409_I	417_Y	0.566	0.12
420_F	426_N	0.564	0.12
50_A	174_L	0.564	0.12
13_F	206_T	0.564	0.12
5_F	249_N	0.564	0.12
66_G	406_K	0.563	0.12
359_D	398_T	0.563	0.12
43_L	147_F	0.562	0.12
44_L	168_K	0.562	0.12
124_G	180_K	0.561	0.12
30_F	297_K	0.561	0.12
82_P	297_K	0.560	0.12
280_E	382_D	0.560	0.12
128_F	406_K	0.558	0.12
343_D	390_V	0.558	0.12
182_Y	311_N	0.557	0.12
81_V	254_L	0.557	0.12
50_A	177_A	0.557	0.12
26_K	337_F	0.557	0.12
6_L	67_I	0.556	0.12
303_R	368_F	0.555	0.12
220_A	369_Y	0.555	0.12
9_S	419_E	0.555	0.12
367_K	371_M	0.555	0.12
404_D	410_A	0.551	0.12
86_D	205_H	0.551	0.12
252_L	320_L	0.549	0.12
403_A	412_T	0.549	0.12
363_G	382_D	0.547	0.11
345_H	348_R	0.547	0.11
368_F	386_E	0.546	0.11
82_P	172_G	0.545	0.11
33_V	181_L	0.544	0.11
343_D	350_S	0.543	0.11
53_G	85_H	0.542	0.11
40_F	121_L	0.542	0.11
157_L	270_I	0.541	0.11
100_I	125_Q	0.541	0.11
82_P	231_L	0.540	0.11
43_L	206_T	0.538	0.11
59_D	63_Y	0.538	0.11
128_F	414_V	0.538	0.11
163_L	386_E	0.537	0.11
135_F	251_F	0.537	0.11
82_P	86_D	0.536	0.11
24_R	222_F	0.536	0.11
156_V	412_T	0.536	0.11
3_V	192_K	0.536	0.11
134_D	248_E	0.536	0.11
174_L	313_K	0.535	0.11
196_K	268_E	0.535	0.11
83_G	128_F	0.533	0.11
42_F	64_L	0.533	0.11
269_F	347_Y	0.532	0.11
389_G	393_H	0.531	0.11
167_K	170_E	0.530	0.11
162_C	387_Y	0.528	0.11
129_F	174_L	0.527	0.11
159_I	390_V	0.526	0.11
176_T	383_S	0.526	0.11
191_E	240_F	0.525	0.11
416_K	419_E	0.525	0.11
5_F	231_L	0.525	0.11
50_A	209_C	0.525	0.11
133_E	378_K	0.525	0.11
419_E	423_Q	0.523	0.11
124_G	208_G	0.522	0.11
53_G	222_F	0.522	0.11
35_R	314_I	0.522	0.11
154_Y	361_Q	0.521	0.11
27_L	223_D	0.520	0.11
248_E	309_K	0.520	0.11
25_D	281_T	0.520	0.11
307_E	369_Y	0.519	0.11
6_L	63_Y	0.518	0.11
3_V	364_L	0.518	0.11
223_D	288_W	0.517	0.11
40_F	271_S	0.516	0.11
46_T	131_F	0.516	0.11
356_S	412_T	0.516	0.11
404_D	414_V	0.516	0.11
179_M	353_T	0.515	0.11
163_L	206_T	0.515	0.11
289_N	332_I	0.513	0.11
411_E	422_N	0.513	0.11
382_D	398_T	0.511	0.11
325_I	332_I	0.511	0.11
145_L	378_K	0.510	0.11
112_K	282_E	0.510	0.11
408_L	416_K	0.509	0.11
259_I	427_G	0.509	0.11
230_Y	363_G	0.509	0.11
162_C	394_I	0.507	0.11
199_N	227_I	0.507	0.11
79_H	118_T	0.506	0.11
158_S	295_W	0.506	0.11
93_R	114_D	0.506	0.11
24_R	147_F	0.505	0.11
234_H	275_N	0.504	0.11
183_K	257_G	0.504	0.11
8_I	283_V	0.503	0.11
123_E	364_L	0.503	0.11
56_Y	262_D	0.502	0.11
245_N	296_S	0.501	0.11
308_G	318_E	0.500	0.11
240_F	264_Y	0.500	0.11

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
3ib7A	2	0.5343	100	0.734	Contact Map
3d03A	5	0.5135	100	0.736	Contact Map
2yvtA	1	0.4595	99.9	0.742	Contact Map
1uteA	1	0.5426	99.9	0.746	Contact Map
2nxfA	1	0.5198	99.9	0.747	Contact Map
2xmoA	1	0.7277	99.9	0.747	Contact Map
3tghA	1	0.5925	99.9	0.76	Contact Map
3av0A	1	0.7006	99.9	0.779	Contact Map
4nzvA	1	0.605	99.9	0.782	Contact Map
4fbwA	2	0.7069	99.9	0.785	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0127 seconds.