YUKC - BACSU - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

YUKC - Uncharacterized protein YukC

UniProt:	P71070	Sequences: MSGEQKSYLENQLEAVAEKTDAGYTFTFQREKIKLLDGLEANVIKDINPFFHKEIDVTDDEVIITIQPPSSYKAFRFMKAKDKKSKWQFAYQLVQAVQQHNLSRLNLIVAPENIVFDKGLTPYFLHYGVKESIPPYERDEERVWQELKAAAALAVDGAFAFEDYLKFNETLTFSAEAKAILDAESYDDLLELIQTHIDELEAKAKTYIHIPRKKWNIQRYIGLGLIVLLVPALIYSMYALFFAQPKHQAIVDSNRAFLNKQYSEVISTLSKYDAESLPESVQYQLATSYVEVENLGSAKTKNIENNLVTLQSDPQHFLYWIDYGRGEYKEAISIGRKLEYNDYIYFALAKYKQQLLSEDTNDEDIQKELDSVNSELEKAQKERQENKQSNSETSLVDTSEEQTQTDEEKQAEEKAAEEKAAAEEKAKKEEQKEKEDEKKETEKKDEKKDDK	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	451 (381)
Sequences:	156 (129)
Seq/√Len:	6.6

BACSU - YUKC

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
183_A	192_L	3.906	0.94
162_E	199_E	3.630	0.92
128_G	135_P	3.625	0.92
25_T	252_D	3.097	0.83
360_T	365_I	2.953	0.80
373_N	377_E	2.821	0.77
116_F	122_P	2.794	0.76
253_S	269_L	2.731	0.75
147_L	195_T	2.704	0.74
316_H	360_T	2.681	0.73
345_Y	376_L	2.655	0.72
250_I	277_L	2.629	0.72
325_R	362_D	2.547	0.69
293_E	350_K	2.520	0.68
219_R	367_K	2.501	0.68
285_L	289_Y	2.497	0.67
377_E	381_K	2.401	0.64
161_F	353_Q	2.357	0.63
146_E	249_A	2.340	0.62
180_I	393_T	2.306	0.61
316_H	365_I	2.301	0.61
245_P	321_I	2.285	0.60
299_K	369_L	2.252	0.59
114_I	180_I	2.241	0.59
319_Y	325_R	2.184	0.56
306_N	340_Y	2.180	0.56
265_V	288_S	2.162	0.56
92_Q	122_P	2.094	0.53
161_F	381_K	2.087	0.53
336_R	375_E	2.026	0.51
184_E	188_D	2.025	0.51
87_W	176_E	2.015	0.50
334_I	343_Y	1.967	0.48
342_D	383_R	1.947	0.48
44_I	182_D	1.913	0.46
64_I	336_R	1.902	0.46
69_P	149_A	1.897	0.46
282_Q	333_S	1.897	0.46
135_P	326_G	1.870	0.45
114_I	271_K	1.869	0.45
66_I	332_I	1.841	0.44
225_L	347_A	1.830	0.43
114_I	381_K	1.815	0.43
164_Y	317_F	1.789	0.42
120_L	258_L	1.787	0.42
296_G	299_K	1.787	0.42
274_A	318_L	1.783	0.42
332_I	344_I	1.765	0.41
269_L	285_L	1.760	0.41
78_M	186_Y	1.732	0.40
125_L	152_A	1.729	0.40
218_Q	300_T	1.724	0.40
299_K	304_E	1.698	0.39
143_V	167_F	1.693	0.38
122_P	265_V	1.689	0.38
219_R	330_E	1.681	0.38
92_Q	165_L	1.679	0.38
129_V	364_D	1.679	0.38
124_F	303_I	1.678	0.38
78_M	358_E	1.678	0.38
110_A	146_E	1.673	0.38
390_N	393_T	1.652	0.37
320_W	324_G	1.651	0.37
248_Q	381_K	1.650	0.37
329_K	351_Y	1.641	0.37
322_D	368_E	1.636	0.36
140_E	364_D	1.628	0.36
230_V	327_E	1.620	0.36
113_N	269_L	1.608	0.35
107_L	119_G	1.605	0.35
180_I	390_N	1.576	0.34
109_V	329_K	1.572	0.34
163_D	179_A	1.571	0.34
94_V	189_L	1.569	0.34
286_A	324_G	1.560	0.34
339_E	348_L	1.544	0.33
188_D	302_N	1.537	0.33
278_P	344_I	1.518	0.32
339_E	345_Y	1.504	0.32
129_V	268_T	1.495	0.32
184_E	234_I	1.483	0.31
117_D	258_L	1.475	0.31
64_I	119_G	1.470	0.31
152_A	164_Y	1.469	0.31
136_Y	263_S	1.448	0.30
285_L	313_D	1.446	0.30
69_P	185_S	1.446	0.30
329_K	385_E	1.441	0.30
266_I	319_Y	1.432	0.30
337_K	360_T	1.431	0.30
120_L	358_E	1.427	0.30
92_Q	119_G	1.424	0.29
178_K	265_V	1.415	0.29
151_A	314_P	1.409	0.29
184_E	187_D	1.406	0.29
333_S	358_E	1.402	0.29
105_L	129_V	1.395	0.29
308_V	359_D	1.392	0.29
285_L	364_D	1.365	0.28
20_T	168_N	1.357	0.27
126_H	135_P	1.350	0.27
63_I	267_S	1.346	0.27
367_K	371_S	1.339	0.27
339_E	365_I	1.331	0.27
60_D	122_P	1.320	0.26
122_P	134_P	1.319	0.26
127_Y	193_I	1.317	0.26
112_E	180_I	1.312	0.26
59_D	290_V	1.311	0.26
341_N	383_R	1.308	0.26
224_G	284_Q	1.281	0.25
219_R	223_L	1.273	0.25
82_D	148_K	1.273	0.25
60_D	189_L	1.266	0.25
54_E	68_P	1.260	0.25
262_Y	288_S	1.257	0.25
210_I	305_N	1.253	0.24
125_L	200_L	1.252	0.24
60_D	134_P	1.246	0.24
212_R	368_E	1.244	0.24
316_H	340_Y	1.241	0.24
238_Y	343_Y	1.235	0.24
189_L	215_W	1.230	0.24
254_N	281_V	1.227	0.24
269_L	325_R	1.227	0.24
253_S	277_L	1.227	0.24
180_I	308_V	1.221	0.24
371_S	395_L	1.216	0.23
239_A	244_Q	1.211	0.23
107_L	303_I	1.202	0.23
283_Y	320_W	1.201	0.23
340_Y	379_A	1.200	0.23
64_I	165_L	1.195	0.23
48_N	290_V	1.194	0.23
48_N	308_V	1.192	0.23
286_A	335_G	1.190	0.23
184_E	377_E	1.182	0.23
233_L	243_A	1.174	0.22
64_I	149_A	1.173	0.22
72_Y	193_I	1.170	0.22
74_A	185_S	1.170	0.22
64_I	235_Y	1.167	0.22
62_V	183_A	1.166	0.22
296_G	303_I	1.163	0.22
264_E	305_N	1.155	0.22
288_S	320_W	1.152	0.22
141_E	347_A	1.151	0.22
253_S	281_V	1.151	0.22
186_Y	284_Q	1.151	0.22
319_Y	343_Y	1.148	0.22
230_V	301_K	1.143	0.22
79_K	296_G	1.142	0.22
326_G	344_I	1.142	0.22
222_G	225_L	1.139	0.21
104_R	122_P	1.133	0.21
370_D	378_K	1.133	0.21
269_L	278_P	1.132	0.21
170_T	178_K	1.124	0.21
107_L	266_I	1.118	0.21
82_D	257_F	1.117	0.21
257_F	320_W	1.114	0.21
28_F	32_K	1.112	0.21
247_H	258_L	1.112	0.21
352_K	372_V	1.108	0.21
124_F	149_A	1.107	0.21
127_Y	215_W	1.106	0.21
308_V	353_Q	1.101	0.21
85_S	277_L	1.098	0.20
212_R	348_L	1.097	0.20
153_L	213_K	1.088	0.20
335_G	360_T	1.087	0.20
270_S	314_P	1.087	0.20
257_F	287_T	1.084	0.20
124_F	282_Q	1.082	0.20
127_Y	272_Y	1.082	0.20
149_A	165_L	1.075	0.20
104_R	211_P	1.073	0.20
34_K	237_M	1.071	0.20
144_W	302_N	1.071	0.20
208_I	230_V	1.069	0.20
321_I	325_R	1.066	0.20
154_A	270_S	1.065	0.20
133_I	290_V	1.065	0.20
75_F	383_R	1.065	0.20
214_K	385_E	1.060	0.20
184_E	381_K	1.060	0.20
315_Q	337_K	1.052	0.19
113_N	285_L	1.052	0.19
82_D	212_R	1.051	0.19
210_I	335_G	1.050	0.19
226_I	230_V	1.048	0.19
86_K	250_I	1.047	0.19
251_V	376_L	1.046	0.19
114_I	317_F	1.045	0.19
288_S	324_G	1.044	0.19
38_G	299_K	1.041	0.19
165_L	246_K	1.040	0.19
269_L	362_D	1.040	0.19
180_I	273_D	1.038	0.19
127_Y	219_R	1.034	0.19
144_W	332_I	1.034	0.19
28_F	309_T	1.031	0.19
344_I	379_A	1.029	0.19
50_F	114_I	1.028	0.19
128_G	295_L	1.027	0.19
288_S	349_A	1.025	0.19
289_Y	325_R	1.024	0.19
195_T	228_L	1.024	0.19
252_D	278_P	1.023	0.19
167_F	193_I	1.020	0.19
128_G	263_S	1.016	0.19
200_L	274_A	1.011	0.18
149_A	345_Y	1.010	0.18
238_Y	346_F	1.010	0.18
75_F	270_S	1.010	0.18
128_G	332_I	1.009	0.18
269_L	321_I	1.006	0.18
56_D	252_D	0.999	0.18
91_Y	360_T	0.996	0.18
55_I	333_S	0.995	0.18
319_Y	324_G	0.993	0.18
249_A	272_Y	0.992	0.18
59_D	216_N	0.989	0.18
53_K	147_L	0.988	0.18
103_S	125_L	0.983	0.18
257_F	262_Y	0.977	0.18
337_K	365_I	0.976	0.18
340_Y	343_Y	0.975	0.18
332_I	347_A	0.972	0.18
274_A	311_Q	0.970	0.18
44_I	338_L	0.969	0.18
15_A	331_A	0.968	0.17
256_A	268_T	0.964	0.17
185_S	188_D	0.962	0.17
169_E	309_T	0.962	0.17
334_I	375_E	0.961	0.17
293_E	383_R	0.957	0.17
216_N	256_A	0.951	0.17
114_I	183_A	0.947	0.17
135_P	144_W	0.946	0.17
31_E	362_D	0.942	0.17
130_K	338_L	0.942	0.17
146_E	176_E	0.941	0.17
335_G	340_Y	0.940	0.17
148_K	171_L	0.937	0.17
51_F	175_A	0.936	0.17
166_K	234_I	0.933	0.17
55_I	288_S	0.933	0.17
128_G	326_G	0.926	0.17
216_N	312_S	0.923	0.17
54_E	144_W	0.922	0.17
191_E	388_Q	0.921	0.17
80_A	256_A	0.920	0.16
156_D	170_T	0.915	0.16
271_K	391_S	0.913	0.16
251_V	285_L	0.911	0.16
155_V	348_L	0.910	0.16
112_E	229_L	0.905	0.16
88_Q	92_Q	0.901	0.16
327_E	388_Q	0.900	0.16
63_I	179_A	0.899	0.16
28_F	125_L	0.899	0.16
157_G	321_I	0.898	0.16
342_D	372_V	0.897	0.16
51_F	127_Y	0.897	0.16
90_A	383_R	0.889	0.16
164_Y	231_P	0.884	0.16
119_G	127_Y	0.884	0.16
200_L	257_F	0.883	0.16
335_G	362_D	0.881	0.16
262_Y	324_G	0.879	0.16
164_Y	232_A	0.878	0.16
343_Y	346_F	0.877	0.16
59_D	185_S	0.874	0.16
320_W	362_D	0.873	0.16
127_Y	311_Q	0.872	0.16
129_V	154_A	0.871	0.16
128_G	349_A	0.871	0.16
90_A	119_G	0.871	0.16
192_L	214_K	0.870	0.15
88_Q	119_G	0.863	0.15
133_I	372_V	0.862	0.15
158_A	308_V	0.862	0.15
170_T	263_S	0.862	0.15
374_S	379_A	0.859	0.15
33_I	86_K	0.856	0.15
115_V	134_P	0.854	0.15
110_A	368_E	0.850	0.15
364_D	371_S	0.849	0.15
41_A	155_V	0.847	0.15
200_L	343_Y	0.842	0.15
241_F	265_V	0.841	0.15
213_K	252_D	0.840	0.15
137_E	227_V	0.838	0.15
158_A	230_V	0.836	0.15
294_N	369_L	0.835	0.15
290_V	355_L	0.829	0.15
29_Q	133_I	0.829	0.15
109_V	151_A	0.828	0.15
288_S	319_Y	0.824	0.15
205_K	370_D	0.818	0.15
144_W	148_K	0.817	0.14
129_V	370_D	0.816	0.14
288_S	333_S	0.816	0.14
128_G	288_S	0.816	0.14
285_L	325_R	0.812	0.14
267_S	327_E	0.809	0.14
193_I	301_K	0.802	0.14
27_T	63_I	0.799	0.14
31_E	107_L	0.798	0.14
348_L	375_E	0.796	0.14
245_P	269_L	0.794	0.14
155_V	342_D	0.792	0.14
348_L	376_L	0.791	0.14
285_L	321_I	0.789	0.14
153_L	251_V	0.784	0.14
256_A	331_A	0.777	0.14
161_F	278_P	0.776	0.14
33_I	89_F	0.775	0.14
308_V	360_T	0.771	0.14
89_F	372_V	0.770	0.14
94_V	147_L	0.767	0.14
93_L	109_V	0.767	0.14
75_F	180_I	0.766	0.14
286_A	320_W	0.765	0.14
339_E	347_A	0.764	0.14
193_I	236_S	0.764	0.14
264_E	298_A	0.763	0.14
204_A	288_S	0.763	0.14
257_F	324_G	0.761	0.13
134_P	137_E	0.759	0.13
27_T	375_E	0.758	0.13
167_F	320_W	0.755	0.13
129_V	148_K	0.754	0.13
284_Q	372_V	0.748	0.13
255_R	377_E	0.747	0.13
152_A	197_I	0.745	0.13
193_I	391_S	0.738	0.13
126_H	369_L	0.736	0.13
31_E	215_W	0.735	0.13
308_V	378_K	0.734	0.13
133_I	136_Y	0.732	0.13
14_E	151_A	0.730	0.13
308_V	319_Y	0.727	0.13
66_I	126_H	0.726	0.13
215_W	258_L	0.726	0.13
141_E	308_V	0.724	0.13
258_L	313_D	0.724	0.13
86_K	318_L	0.722	0.13
80_A	371_S	0.720	0.13
114_I	244_Q	0.719	0.13
77_F	273_D	0.718	0.13
68_P	180_I	0.717	0.13
295_L	356_L	0.716	0.13
65_T	309_T	0.716	0.13
28_F	120_L	0.714	0.13
133_I	193_I	0.714	0.13
86_K	377_E	0.710	0.13
131_E	142_R	0.710	0.13
113_N	253_S	0.710	0.13
358_E	390_N	0.708	0.13
360_T	366_Q	0.707	0.13
83_K	226_I	0.705	0.13
201_E	208_I	0.703	0.13
136_Y	311_Q	0.698	0.12
50_F	141_E	0.697	0.12
227_V	381_K	0.696	0.12
108_I	326_G	0.695	0.12
245_P	325_R	0.693	0.12
296_G	372_V	0.693	0.12
226_I	312_S	0.693	0.12
31_E	127_Y	0.693	0.12
300_T	320_W	0.692	0.12
151_A	367_K	0.691	0.12
164_Y	218_Q	0.690	0.12
78_M	170_T	0.689	0.12
14_E	309_T	0.689	0.12
241_F	383_R	0.686	0.12
308_V	347_A	0.685	0.12
346_F	362_D	0.684	0.12
165_L	336_R	0.682	0.12
364_D	391_S	0.680	0.12
128_G	356_L	0.678	0.12
162_E	301_K	0.678	0.12
75_F	149_A	0.677	0.12
352_K	366_Q	0.673	0.12
200_L	293_E	0.671	0.12
77_F	212_R	0.671	0.12
353_Q	357_S	0.671	0.12
74_A	158_A	0.670	0.12
197_I	358_E	0.670	0.12
264_E	374_S	0.669	0.12
92_Q	155_V	0.666	0.12
124_F	311_Q	0.665	0.12
69_P	93_L	0.664	0.12
104_R	134_P	0.664	0.12
227_V	233_L	0.663	0.12
336_R	351_Y	0.663	0.12
42_N	151_A	0.662	0.12
32_K	318_L	0.662	0.12
182_D	267_S	0.662	0.12
341_N	347_A	0.661	0.12
98_Q	187_D	0.660	0.12
202_A	329_K	0.660	0.12
303_I	340_Y	0.658	0.12
45_K	338_L	0.658	0.12
175_A	185_S	0.658	0.12
175_A	354_Q	0.655	0.12
285_L	343_Y	0.655	0.12
75_F	365_I	0.655	0.12
259_N	342_D	0.653	0.12
303_I	306_N	0.652	0.12
108_I	128_G	0.652	0.12
262_Y	319_Y	0.651	0.12
16_V	21_D	0.651	0.12
74_A	377_E	0.650	0.12
169_E	230_V	0.650	0.12
128_G	265_V	0.650	0.12
49_P	230_V	0.648	0.12
339_E	376_L	0.646	0.12
321_I	362_D	0.646	0.12
122_P	312_S	0.646	0.12
90_A	170_T	0.642	0.12
47_I	185_S	0.639	0.11
283_Y	286_A	0.639	0.11
105_L	358_E	0.639	0.11
191_E	355_L	0.638	0.11
297_S	339_E	0.633	0.11
287_T	365_I	0.632	0.11
195_T	353_Q	0.631	0.11
262_Y	320_W	0.628	0.11
293_E	346_F	0.625	0.11
254_N	351_Y	0.624	0.11
88_Q	287_T	0.623	0.11
127_Y	317_F	0.623	0.11
106_N	127_Y	0.619	0.11
129_V	266_I	0.619	0.11
328_Y	336_R	0.617	0.11
285_L	324_G	0.616	0.11
161_F	285_L	0.614	0.11
390_N	395_L	0.612	0.11
320_W	325_R	0.612	0.11
29_Q	231_P	0.610	0.11
214_K	258_L	0.610	0.11
267_S	358_E	0.609	0.11
40_E	110_A	0.607	0.11
126_H	332_I	0.607	0.11
304_E	351_Y	0.606	0.11
59_D	109_V	0.606	0.11
214_K	234_I	0.605	0.11
29_Q	152_A	0.603	0.11
59_D	260_K	0.602	0.11
167_F	300_T	0.601	0.11
46_D	183_A	0.601	0.11
144_W	342_D	0.600	0.11
22_A	67_Q	0.599	0.11
282_Q	314_P	0.599	0.11
341_N	345_Y	0.598	0.11
210_I	365_I	0.598	0.11
285_L	362_D	0.597	0.11
144_W	259_N	0.595	0.11
216_N	236_S	0.594	0.11
107_L	289_Y	0.593	0.11
166_K	327_E	0.591	0.11
258_L	323_Y	0.591	0.11
120_L	313_D	0.590	0.11
261_Q	333_S	0.589	0.11
114_I	139_D	0.588	0.11
222_G	230_V	0.587	0.11
43_V	139_D	0.586	0.11
88_Q	127_Y	0.584	0.11
175_A	371_S	0.583	0.11
47_I	160_A	0.582	0.11
204_A	379_A	0.581	0.11
253_S	303_I	0.580	0.11
319_Y	346_F	0.580	0.11
262_Y	286_A	0.580	0.11
364_D	367_K	0.577	0.11
180_I	326_G	0.577	0.11
233_L	331_A	0.577	0.11
145_Q	312_S	0.577	0.11
179_A	382_E	0.577	0.11
25_T	41_A	0.576	0.11
351_Y	372_V	0.576	0.11
64_I	185_S	0.576	0.11
20_T	371_S	0.575	0.11
225_L	373_N	0.574	0.11
213_K	359_D	0.574	0.11
156_D	213_K	0.572	0.11
49_P	290_V	0.571	0.11
349_A	352_K	0.570	0.10
78_M	273_D	0.570	0.10
237_M	333_S	0.569	0.10
17_A	241_F	0.569	0.10
24_Y	250_I	0.569	0.10
60_D	148_K	0.568	0.10
315_Q	359_D	0.565	0.10
159_F	349_A	0.563	0.10
116_F	128_G	0.563	0.10
188_D	298_A	0.561	0.10
261_Q	286_A	0.557	0.10
183_A	237_M	0.556	0.10
144_W	309_T	0.554	0.10
13_L	19_K	0.553	0.10
252_D	375_E	0.552	0.10
54_E	382_E	0.551	0.10
127_Y	236_S	0.550	0.10
325_R	373_N	0.550	0.10
62_V	180_I	0.550	0.10
299_K	320_W	0.548	0.10
55_I	114_I	0.548	0.10
116_F	347_A	0.547	0.10
167_F	210_I	0.546	0.10
298_A	377_E	0.545	0.10
109_V	143_V	0.543	0.10
226_I	275_E	0.543	0.10
121_T	308_V	0.543	0.10
74_A	227_V	0.542	0.10
24_Y	224_G	0.542	0.10
164_Y	197_I	0.541	0.10
57_V	374_S	0.541	0.10
91_Y	193_I	0.540	0.10
61_E	355_L	0.540	0.10
91_Y	337_K	0.538	0.10
73_K	260_K	0.538	0.10
277_L	281_V	0.536	0.10
159_F	168_N	0.533	0.10
198_D	368_E	0.533	0.10
139_D	371_S	0.533	0.10
59_D	330_E	0.532	0.10
283_Y	324_G	0.532	0.10
29_Q	197_I	0.529	0.10
111_P	135_P	0.529	0.10
218_Q	247_H	0.528	0.10
236_S	239_A	0.527	0.10
344_I	375_E	0.527	0.10
171_L	251_V	0.527	0.10
249_A	378_K	0.526	0.10
284_Q	348_L	0.526	0.10
28_F	280_S	0.523	0.10
238_Y	324_G	0.523	0.10
78_M	185_S	0.521	0.10
134_P	273_D	0.519	0.10
299_K	324_G	0.518	0.10
89_F	328_Y	0.518	0.10
33_I	156_D	0.517	0.10
19_K	81_K	0.516	0.10
253_S	285_L	0.514	0.10
266_I	289_Y	0.514	0.10
302_N	342_D	0.513	0.10
126_H	292_V	0.513	0.10
95_Q	332_I	0.513	0.10
88_Q	107_L	0.512	0.10
189_L	349_A	0.512	0.10
339_E	352_K	0.511	0.10
17_A	98_Q	0.511	0.10
322_D	342_D	0.509	0.10
86_K	92_Q	0.509	0.10
309_T	385_E	0.509	0.10
70_S	230_V	0.508	0.10
219_R	364_D	0.508	0.10
295_L	358_E	0.507	0.10
297_S	348_L	0.507	0.10
86_K	148_K	0.505	0.10
19_K	62_V	0.505	0.10
123_Y	377_E	0.505	0.10
310_L	344_I	0.504	0.10
179_A	186_Y	0.504	0.10
271_K	371_S	0.504	0.10
107_L	372_V	0.500	0.10
120_L	373_N	0.500	0.10
90_A	284_Q	0.500	0.10

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
4anoA	1	0.4634	100	0.591	Contact Map
2ynqA	2	0.3348	100	0.599	Contact Map
4annA	1	0.3858	100	0.625	Contact Map
1b6cB	3	0.4922	76.4	0.966	Contact Map
4x0mA	1	0.4922	74.6	0.967	Contact Map
4qtcA	1	0.4701	71.7	0.967	Contact Map
3socA	1	0.4812	71.3	0.968	Contact Map
2yleA	1	0.3592	70.4	0.968	Contact Map
2y7jA	3	0.4634	69.2	0.968	Contact Map
2w5aA	1	0.4723	69.1	0.968	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0109 seconds.