YXER - BACSU - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

YXER - Uncharacterized protein YxeR

UniProt:	P54957	Sequences: MTVNDAVVFILAAFLLWGAADYCLGNRWGLGERFADGFKAMGPLALSMIGIVSLAPVLAAILIPIVAPFYTAIGADPSSFANTILAIDMGGYALAGEMAKDPQAGLFSWVFLGTMMGPAIVFTIPVALGIIEKEDHPYFAKGILIGLCTVPIGCLIGGLCAGFDIGMIGKNLLIPSLLSAVIAFGLWRYTDRMIQLFHLFGKAVSMVAIIGLAAVSVETMTGIVLIPGMENVETGIQTTGTIAIALAGAFPMTAFITKTFKKPLQALGKCLHLDETATAGLVTSLAHHIPMLASLKDMTPRGKVINVAFAVSGAFVLGSHLGFVAGMKKEMAAAMIIGKLAGGVTAAAAAAWMTPAQSAKQQKRISASHS	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	370 (356)
Sequences:	261 (178)
Seq/√Len:	9.4

ECOLI - EUTH
BACSU - YXER

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
30_L	255_F	4.660	1.00
82_N	108_S	3.839	0.98
22_Y	35_A	3.540	0.97
138_Y	300_P	3.348	0.95
274_D	299_T	3.322	0.95
19_A	213_A	3.317	0.95
70_Y	83_T	3.123	0.93
33_R	36_D	3.089	0.93
14_F	255_F	3.070	0.92
287_H	319_S	2.879	0.90
115_M	153_G	2.871	0.90
132_E	296_K	2.789	0.88
99_A	105_G	2.779	0.88
193_M	196_L	2.754	0.87
287_H	313_G	2.751	0.87
156_I	160_C	2.543	0.83
41_M	243_A	2.518	0.82
53_S	215_V	2.474	0.81
260_F	263_P	2.441	0.80
291_M	306_N	2.441	0.80
92_Y	327_M	2.427	0.80
305_I	347_A	2.368	0.78
87_I	324_V	2.340	0.77
135_D	303_K	2.295	0.76
320_H	335_M	2.158	0.71
249_A	253_T	2.130	0.70
82_N	109_W	2.122	0.69
313_G	319_S	2.089	0.68
277_A	302_G	2.085	0.68
280_G	306_N	2.050	0.67
87_I	114_T	2.017	0.65
92_Y	328_K	2.015	0.65
35_A	205_S	1.969	0.63
109_W	114_T	1.937	0.62
63_I	98_M	1.931	0.62
87_I	110_V	1.912	0.61
19_A	325_A	1.863	0.59
256_I	317_L	1.860	0.59
336_I	347_A	1.856	0.59
104_A	163_F	1.849	0.58
266_A	270_C	1.843	0.58
190_T	252_M	1.831	0.57
163_F	167_M	1.808	0.56
168_I	252_M	1.782	0.55
155_L	172_L	1.778	0.55
215_V	219_T	1.774	0.55
75_A	115_M	1.771	0.55
189_Y	192_R	1.719	0.53
93_A	208_A	1.709	0.52
182_I	310_A	1.693	0.51
313_G	316_V	1.689	0.51
169_G	173_L	1.674	0.51
31_G	251_P	1.656	0.50
14_F	249_A	1.652	0.50
295_L	307_V	1.643	0.49
165_I	336_I	1.624	0.48
310_A	315_F	1.612	0.48
84_I	273_L	1.607	0.48
51_I	84_I	1.605	0.47
114_T	287_H	1.605	0.47
107_F	316_V	1.598	0.47
143_I	179_S	1.594	0.47
24_L	28_W	1.581	0.46
69_F	169_G	1.581	0.46
78_S	263_P	1.580	0.46
92_Y	221_T	1.579	0.46
26_N	31_G	1.579	0.46
37_G	243_A	1.577	0.46
29_G	258_K	1.572	0.46
12_A	216_S	1.570	0.46
264_L	279_A	1.569	0.46
156_I	341_A	1.560	0.45
145_I	305_I	1.539	0.45
154_C	327_M	1.532	0.44
249_A	315_F	1.522	0.44
336_I	340_L	1.513	0.43
217_V	225_L	1.506	0.43
169_G	184_F	1.492	0.42
246_L	286_A	1.490	0.42
92_Y	190_T	1.487	0.42
110_V	209_I	1.475	0.42
172_L	316_V	1.474	0.42
99_A	331_M	1.468	0.41
43_P	147_L	1.459	0.41
86_A	320_H	1.438	0.40
72_A	173_L	1.437	0.40
285_L	336_I	1.432	0.40
3_V	9_F	1.424	0.40
177_L	344_V	1.419	0.39
7_V	10_I	1.414	0.39
41_M	322_G	1.401	0.39
216_S	247_A	1.398	0.38
53_S	219_T	1.393	0.38
155_L	344_V	1.389	0.38
75_A	226_I	1.386	0.38
141_K	354_T	1.362	0.37
11_L	15_L	1.360	0.37
301_R	354_T	1.357	0.37
11_L	245_A	1.357	0.37
38_F	175_P	1.353	0.37
123_T	284_S	1.352	0.37
23_C	314_A	1.340	0.36
73_I	150_V	1.334	0.36
137_P	141_K	1.333	0.36
249_A	286_A	1.332	0.36
97_E	101_D	1.326	0.35
110_V	324_V	1.308	0.35
252_M	256_I	1.295	0.34
301_R	349_A	1.292	0.34
109_W	287_H	1.291	0.34
319_S	332_A	1.291	0.34
287_H	332_A	1.288	0.34
173_L	327_M	1.272	0.33
176_S	267_L	1.267	0.33
197_F	315_F	1.264	0.33
276_T	297_D	1.262	0.33
38_F	282_V	1.261	0.33
294_S	305_I	1.252	0.33
149_T	346_A	1.250	0.32
95_A	115_M	1.246	0.32
145_I	353_M	1.244	0.32
9_F	217_V	1.220	0.31
152_I	345_T	1.212	0.31
82_N	114_T	1.200	0.31
66_V	177_L	1.198	0.30
33_R	178_L	1.190	0.30
309_F	314_A	1.187	0.30
111_F	301_R	1.178	0.30
117_G	339_K	1.173	0.30
79_S	324_V	1.162	0.29
348_A	352_W	1.161	0.29
149_T	264_L	1.160	0.29
145_I	347_A	1.157	0.29
24_L	30_L	1.155	0.29
120_I	314_A	1.154	0.29
192_R	301_R	1.148	0.29
10_I	191_D	1.144	0.28
49_I	232_V	1.142	0.28
226_I	232_V	1.141	0.28
54_L	211_G	1.141	0.28
169_G	305_I	1.134	0.28
81_A	149_T	1.133	0.28
284_S	346_A	1.131	0.28
176_S	256_I	1.128	0.28
73_I	317_L	1.128	0.28
224_V	229_M	1.126	0.28
304_V	314_A	1.120	0.28
30_L	254_A	1.119	0.28
82_N	91_G	1.119	0.28
14_F	252_M	1.118	0.28
254_A	258_K	1.114	0.27
301_R	351_A	1.096	0.27
137_P	143_I	1.096	0.27
207_V	284_S	1.095	0.27
278_T	313_G	1.085	0.26
264_L	278_T	1.083	0.26
10_I	63_I	1.078	0.26
110_V	328_K	1.078	0.26
15_L	288_H	1.075	0.26
6_A	300_P	1.065	0.26
265_Q	281_L	1.063	0.26
189_Y	193_M	1.062	0.26
249_A	283_T	1.060	0.25
14_F	315_F	1.059	0.25
270_C	277_A	1.053	0.25
155_L	338_G	1.051	0.25
153_G	171_N	1.039	0.25
80_F	312_S	1.038	0.25
72_A	342_G	1.037	0.25
93_A	238_T	1.033	0.25
127_A	292_L	1.031	0.25
320_H	324_V	1.031	0.25
87_I	292_L	1.031	0.25
173_L	301_R	1.029	0.24
70_Y	97_E	1.026	0.24
38_F	216_S	1.021	0.24
179_S	264_L	1.012	0.24
28_W	259_T	1.005	0.24
57_V	214_A	0.999	0.23
82_N	332_A	0.997	0.23
214_A	226_I	0.997	0.23
22_Y	148_C	0.996	0.23
84_I	191_D	0.996	0.23
205_S	209_I	0.990	0.23
35_A	109_W	0.983	0.23
181_V	196_L	0.981	0.23
118_P	315_F	0.981	0.23
165_I	297_D	0.979	0.23
289_I	321_L	0.979	0.23
120_I	256_I	0.976	0.23
270_C	305_I	0.975	0.23
14_F	309_F	0.972	0.23
35_A	238_T	0.970	0.23
194_I	252_M	0.970	0.23
240_G	246_L	0.970	0.23
22_Y	209_I	0.969	0.23
61_I	169_G	0.969	0.23
12_A	220_M	0.964	0.22
185_G	193_M	0.964	0.22
92_Y	252_M	0.964	0.22
253_T	283_T	0.963	0.22
27_R	181_V	0.960	0.22
240_G	286_A	0.959	0.22
17_W	199_L	0.956	0.22
181_V	231_N	0.956	0.22
177_L	352_W	0.956	0.22
82_N	319_S	0.953	0.22
83_T	338_G	0.951	0.22
79_S	319_S	0.950	0.22
35_A	274_D	0.947	0.22
92_Y	219_T	0.935	0.22
233_E	237_Q	0.935	0.22
109_W	175_P	0.934	0.21
137_P	256_I	0.934	0.21
240_G	249_A	0.926	0.21
100_K	225_L	0.923	0.21
277_A	351_A	0.922	0.21
121_V	320_H	0.921	0.21
311_V	340_L	0.920	0.21
316_V	322_G	0.914	0.21
239_T	305_I	0.906	0.21
288_H	344_V	0.902	0.21
79_S	320_H	0.901	0.20
206_M	267_L	0.900	0.20
158_G	211_G	0.898	0.20
78_S	108_S	0.897	0.20
78_S	189_Y	0.896	0.20
163_F	342_G	0.889	0.20
246_L	249_A	0.885	0.20
27_R	269_K	0.884	0.20
123_T	315_F	0.883	0.20
13_A	20_A	0.882	0.20
40_A	282_V	0.881	0.20
249_A	309_F	0.879	0.20
145_I	291_M	0.871	0.20
183_A	304_V	0.870	0.20
75_A	81_A	0.870	0.20
85_L	306_N	0.864	0.19
266_A	269_K	0.862	0.19
152_I	342_G	0.861	0.19
283_T	291_M	0.858	0.19
150_V	325_A	0.857	0.19
48_M	179_S	0.857	0.19
277_A	301_R	0.851	0.19
129_G	322_G	0.851	0.19
236_I	240_G	0.846	0.19
25_G	105_G	0.845	0.19
82_N	324_V	0.843	0.19
204_V	208_A	0.840	0.19
121_V	347_A	0.840	0.19
234_T	237_Q	0.838	0.19
305_I	317_L	0.836	0.19
98_M	164_D	0.835	0.19
189_Y	301_R	0.835	0.19
314_A	317_L	0.834	0.19
184_F	195_Q	0.832	0.19
63_I	67_A	0.831	0.19
280_G	298_M	0.831	0.19
351_A	355_P	0.830	0.19
286_A	315_F	0.829	0.18
74_G	334_A	0.825	0.18
104_A	167_M	0.822	0.18
155_L	247_A	0.819	0.18
67_A	73_I	0.818	0.18
139_F	179_S	0.817	0.18
73_I	168_I	0.815	0.18
218_E	250_F	0.814	0.18
324_V	331_M	0.813	0.18
11_L	280_G	0.810	0.18
202_K	311_V	0.809	0.18
114_T	324_V	0.805	0.18
113_G	140_A	0.801	0.18
26_N	165_I	0.800	0.18
203_A	207_V	0.799	0.18
45_A	175_P	0.798	0.18
169_G	210_I	0.798	0.18
86_A	117_G	0.798	0.18
104_A	161_A	0.797	0.18
30_L	307_V	0.796	0.18
54_L	57_V	0.793	0.18
55_A	62_L	0.792	0.18
188_R	267_L	0.792	0.18
130_I	289_I	0.786	0.17
126_V	323_F	0.780	0.17
23_C	284_S	0.777	0.17
16_L	213_A	0.775	0.17
140_A	277_A	0.775	0.17
143_I	197_F	0.774	0.17
178_L	217_V	0.773	0.17
107_F	154_C	0.770	0.17
72_A	277_A	0.769	0.17
20_A	213_A	0.768	0.17
215_V	344_V	0.765	0.17
249_A	292_L	0.760	0.17
58_L	200_F	0.758	0.17
149_T	152_I	0.757	0.17
35_A	175_P	0.756	0.17
104_A	325_A	0.756	0.17
199_L	295_L	0.754	0.17
337_I	341_A	0.754	0.17
4_N	47_S	0.750	0.16
315_F	319_S	0.748	0.16
200_F	296_K	0.746	0.16
96_G	105_G	0.746	0.16
278_T	301_R	0.741	0.16
140_A	304_V	0.739	0.16
176_S	223_I	0.735	0.16
324_V	335_M	0.734	0.16
5_D	38_F	0.734	0.16
147_L	216_S	0.732	0.16
29_G	74_G	0.730	0.16
145_I	349_A	0.730	0.16
75_A	325_A	0.727	0.16
95_A	185_G	0.726	0.16
197_F	249_A	0.726	0.16
66_V	277_A	0.725	0.16
275_E	347_A	0.721	0.16
115_M	338_G	0.720	0.16
177_L	191_D	0.717	0.16
135_D	315_F	0.713	0.16
128_L	143_I	0.711	0.16
8_V	295_L	0.709	0.15
261_K	267_L	0.708	0.15
52_V	245_A	0.707	0.15
38_F	357_Q	0.707	0.15
19_A	289_I	0.702	0.15
238_T	336_I	0.701	0.15
118_P	154_C	0.699	0.15
49_I	54_L	0.699	0.15
99_A	126_V	0.696	0.15
118_P	310_A	0.695	0.15
178_L	203_A	0.693	0.15
119_A	340_L	0.690	0.15
133_K	136_H	0.690	0.15
281_L	347_A	0.686	0.15
86_A	89_M	0.686	0.15
27_R	237_Q	0.684	0.15
41_M	305_I	0.684	0.15
141_K	255_F	0.681	0.15
53_S	229_M	0.681	0.15
98_M	311_V	0.680	0.15
72_A	344_V	0.679	0.15
19_A	33_R	0.678	0.15
101_D	104_A	0.677	0.15
280_G	291_M	0.672	0.15
256_I	260_F	0.671	0.15
59_A	346_A	0.670	0.15
149_T	312_S	0.669	0.15
101_D	131_I	0.668	0.15
79_S	84_I	0.668	0.15
112_L	327_M	0.666	0.15
212_L	247_A	0.666	0.15
19_A	113_G	0.664	0.14
108_S	294_S	0.664	0.14
97_E	337_I	0.663	0.14
201_G	204_V	0.663	0.14
53_S	141_K	0.662	0.14
24_L	51_I	0.660	0.14
116_M	133_K	0.659	0.14
13_A	69_F	0.659	0.14
57_V	161_A	0.658	0.14
35_A	322_G	0.658	0.14
102_P	177_L	0.656	0.14
230_E	234_T	0.650	0.14
17_W	239_T	0.650	0.14
226_I	284_S	0.650	0.14
10_I	69_F	0.647	0.14
58_L	240_G	0.646	0.14
273_L	299_T	0.646	0.14
162_G	220_M	0.645	0.14
85_L	323_F	0.644	0.14
150_V	342_G	0.643	0.14
224_V	290_P	0.643	0.14
283_T	315_F	0.641	0.14
127_A	130_I	0.640	0.14
105_G	234_T	0.638	0.14
85_L	112_L	0.637	0.14
27_R	234_T	0.636	0.14
70_Y	113_G	0.636	0.14
47_S	356_A	0.636	0.14
44_L	318_G	0.635	0.14
265_Q	351_A	0.633	0.14
118_P	282_V	0.628	0.14
308_A	350_A	0.628	0.14
121_V	335_M	0.628	0.14
43_P	271_L	0.627	0.14
21_D	27_R	0.626	0.14
153_G	238_T	0.625	0.14
49_I	53_S	0.622	0.14
92_Y	112_L	0.622	0.14
265_Q	301_R	0.622	0.14
36_D	185_G	0.622	0.14
232_V	284_S	0.622	0.14
103_Q	164_D	0.620	0.14
21_D	302_G	0.620	0.14
245_A	331_M	0.617	0.13
14_F	283_T	0.616	0.13
118_P	290_P	0.616	0.13
214_A	338_G	0.614	0.13
27_R	138_Y	0.614	0.13
184_F	337_I	0.613	0.13
249_A	314_A	0.612	0.13
52_V	169_G	0.611	0.13
161_A	167_M	0.610	0.13
16_L	269_K	0.609	0.13
69_F	344_V	0.609	0.13
206_M	304_V	0.607	0.13
136_H	239_T	0.606	0.13
165_I	348_A	0.605	0.13
74_G	251_P	0.605	0.13
17_W	28_W	0.604	0.13
6_A	10_I	0.603	0.13
89_M	122_F	0.603	0.13
29_G	264_L	0.602	0.13
104_A	267_L	0.601	0.13
150_V	178_L	0.599	0.13
65_I	199_L	0.598	0.13
138_Y	281_L	0.597	0.13
17_W	247_A	0.597	0.13
111_F	238_T	0.596	0.13
183_A	305_I	0.595	0.13
131_I	262_K	0.595	0.13
250_F	307_V	0.594	0.13
204_V	355_P	0.593	0.13
137_P	225_L	0.593	0.13
112_L	215_V	0.593	0.13
140_A	303_K	0.593	0.13
56_P	246_L	0.592	0.13
25_G	225_L	0.592	0.13
197_F	283_T	0.591	0.13
49_I	214_A	0.591	0.13
89_M	117_G	0.591	0.13
20_A	24_L	0.589	0.13
78_S	116_M	0.587	0.13
11_L	22_Y	0.587	0.13
312_S	342_G	0.586	0.13
24_L	233_E	0.586	0.13
49_I	173_L	0.586	0.13
18_G	37_G	0.586	0.13
17_W	168_I	0.585	0.13
13_A	155_L	0.585	0.13
41_M	45_A	0.585	0.13
206_M	333_A	0.584	0.13
32_E	128_L	0.584	0.13
198_H	207_V	0.582	0.13
139_F	282_V	0.582	0.13
85_L	229_M	0.582	0.13
322_G	326_G	0.580	0.13
106_L	163_F	0.579	0.13
27_R	195_Q	0.578	0.13
118_P	345_T	0.575	0.13
199_L	296_K	0.575	0.13
197_F	309_F	0.575	0.13
190_T	272_H	0.571	0.13
24_L	73_I	0.571	0.13
46_L	147_L	0.570	0.13
148_C	236_I	0.569	0.12
186_L	242_I	0.567	0.12
15_L	139_F	0.567	0.12
52_V	244_I	0.567	0.12
210_I	326_G	0.566	0.12
202_K	296_K	0.565	0.12
147_L	182_I	0.565	0.12
33_R	195_Q	0.564	0.12
305_I	351_A	0.564	0.12
144_L	234_T	0.563	0.12
17_W	191_D	0.562	0.12
124_I	238_T	0.561	0.12
47_S	295_L	0.560	0.12
111_F	327_M	0.560	0.12
111_F	175_P	0.559	0.12
128_L	238_T	0.557	0.12
41_M	112_L	0.557	0.12
11_L	216_S	0.557	0.12
38_F	51_I	0.555	0.12
16_L	206_M	0.554	0.12
17_W	330_E	0.554	0.12
16_L	103_Q	0.553	0.12
7_V	62_L	0.552	0.12
141_K	239_T	0.551	0.12
286_A	318_G	0.550	0.12
66_V	271_L	0.549	0.12
43_P	188_R	0.549	0.12
70_Y	192_R	0.547	0.12
177_L	189_Y	0.547	0.12
27_R	105_G	0.547	0.12
349_A	355_P	0.545	0.12
98_M	334_A	0.542	0.12
246_L	251_P	0.542	0.12
43_P	336_I	0.542	0.12
136_H	170_K	0.541	0.12
51_I	216_S	0.541	0.12
11_L	209_I	0.540	0.12
52_V	320_H	0.538	0.12
49_I	141_K	0.538	0.12
10_I	184_F	0.537	0.12
124_I	334_A	0.537	0.12
119_A	156_I	0.536	0.12
161_A	219_T	0.535	0.12
200_F	209_I	0.535	0.12
159_L	169_G	0.534	0.12
80_F	124_I	0.534	0.12
95_A	350_A	0.533	0.12
82_N	120_I	0.532	0.12
35_A	209_I	0.531	0.12
310_A	314_A	0.529	0.12
87_I	304_V	0.527	0.12
313_G	345_T	0.527	0.12
231_N	234_T	0.527	0.12
210_I	262_K	0.526	0.12
22_Y	41_M	0.526	0.12
221_T	244_I	0.525	0.12
29_G	321_L	0.525	0.12
66_V	204_V	0.525	0.12
84_I	200_F	0.524	0.12
38_F	324_V	0.523	0.12
130_I	283_T	0.522	0.12
93_A	110_V	0.520	0.12
122_F	256_I	0.519	0.12
196_L	200_F	0.517	0.12
119_A	311_V	0.517	0.12
145_I	281_L	0.516	0.11
253_T	315_F	0.516	0.11
291_M	310_A	0.514	0.11
226_I	278_T	0.514	0.11
60_A	120_I	0.513	0.11
55_A	64_P	0.512	0.11
305_I	336_I	0.510	0.11
51_I	212_L	0.506	0.11
164_D	244_I	0.506	0.11
150_V	182_I	0.506	0.11
94_L	264_L	0.504	0.11
73_I	295_L	0.503	0.11
262_K	344_V	0.500	0.11

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
3zuxA	1	0.7703	89.2	0.963	Contact Map
4x5mA	2	0.2541	61.8	0.971	Contact Map
2kluA	1	0.1162	54.6	0.973	Contact Map
4pd6A	3	0.5568	45.5	0.974	Contact Map
3v5uA	1	0.7297	35.5	0.976	Contact Map
2cfqA	1	0.9514	32.9	0.976	Contact Map
4n7wA	2	0.7892	20.1	0.978	Contact Map
4pypA	1	0.9	14.9	0.98	Contact Map
2kncB	1	0.127	12.8	0.98	Contact Map
2kncA	1	0.1297	12	0.98	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.011 seconds.