YQFA - BACSU - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

YQFA - UPF0365 protein YqfA

UniProt:	P54466	Sequences: MDPSTLMILAIVAVAIIVLAVFFTFVPVMLWISALAAGVKISIFTLVGMRLRRVIPNRVVNPLIKAHKAGLNVGTNQLESHYLAGGNVDRVVNALIAAQRANIELTFERCAAIDLAGRDVLEAVQMSVNPKVIETPFIAGVAMDGIEVKAKARITVRANIERLVGGAGEETIVARVGEGIVSTIGSSDNHKKVLENPDMISQTVLGKGLDSGTAFEILSIDIADVDIGKNIGAILQTDQAEADKNIAQAKAEERRAMAVAQEQEMRARVEEMRAKVVEAEAEVPLAMAEALREGNIGVMDYMNIKNIDADTEMRDSFGKLTKDPSDEDRKS	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	331 (316)
Sequences:	376 (134)
Seq/√Len:	7.5

BACSU - YQFA

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
289_E	293_E	4.667	0.99
144_D	191_K	4.491	0.98
33_S	36_A	4.012	0.97
184_I	229_K	3.996	0.97
282_E	285_L	3.915	0.96
268_R	271_E	3.682	0.95
138_I	173_V	3.440	0.92
33_S	37_A	3.043	0.87
100_R	147_E	2.884	0.83
250_K	253_E	2.743	0.80
244_K	248_Q	2.616	0.76
32_I	36_A	2.540	0.74
33_S	126_M	2.504	0.73
39_V	63_L	2.497	0.73
118_R	163_L	2.484	0.72
135_T	168_G	2.473	0.72
272_M	278_E	2.429	0.71
225_V	282_E	2.414	0.70
109_R	161_E	2.413	0.70
119_D	122_E	2.329	0.67
237_T	241_E	2.317	0.67
65_K	93_N	2.288	0.66
23_F	28_V	2.279	0.66
138_I	183_T	2.160	0.61
137_F	149_K	2.147	0.61
281_A	292_R	2.099	0.59
33_S	89_D	2.086	0.58
144_D	190_H	2.077	0.58
269_V	277_V	2.049	0.57
27_P	135_T	2.009	0.55
65_K	97_A	2.009	0.55
36_A	126_M	2.000	0.55
305_K	308_D	1.981	0.54
139_A	147_E	1.975	0.54
229_K	234_I	1.931	0.52
134_E	168_G	1.922	0.52
138_I	211_S	1.918	0.52
291_L	296_I	1.907	0.51
24_T	97_A	1.905	0.51
211_S	273_R	1.904	0.51
126_M	134_E	1.899	0.51
62_P	89_D	1.876	0.50
151_K	225_V	1.863	0.50
85_G	190_H	1.850	0.49
190_H	253_E	1.831	0.48
291_L	295_N	1.828	0.48
147_E	184_I	1.819	0.48
54_V	80_S	1.774	0.46
87_N	277_V	1.755	0.45
139_A	150_A	1.714	0.44
54_V	76_N	1.698	0.43
287_M	291_L	1.691	0.43
30_L	56_P	1.664	0.42
102_N	187_S	1.641	0.41
41_I	305_K	1.582	0.39
287_M	296_I	1.578	0.38
119_D	163_L	1.568	0.38
39_V	67_H	1.565	0.38
65_K	147_E	1.544	0.37
129_N	158_A	1.537	0.37
140_G	224_D	1.530	0.37
225_V	272_M	1.506	0.36
183_T	203_T	1.485	0.35
283_V	287_M	1.475	0.35
89_D	153_R	1.472	0.35
245_N	305_K	1.465	0.34
122_E	131_K	1.463	0.34
65_K	100_R	1.457	0.34
315_D	319_K	1.447	0.34
16_I	320_L	1.439	0.33
134_E	139_A	1.435	0.33
99_Q	144_D	1.418	0.33
109_R	269_V	1.416	0.33
66_A	92_V	1.412	0.32
162_R	268_R	1.411	0.32
163_L	238_D	1.397	0.32
33_S	63_L	1.346	0.30
202_Q	318_G	1.345	0.30
144_D	189_N	1.342	0.30
29_M	229_K	1.341	0.30
278_E	282_E	1.323	0.29
68_K	218_L	1.318	0.29
273_R	280_E	1.312	0.29
126_M	135_T	1.311	0.29
80_S	119_D	1.305	0.29
265_M	291_L	1.296	0.28
93_N	184_I	1.292	0.28
88_V	211_S	1.284	0.28
53_R	291_L	1.284	0.28
27_P	63_L	1.276	0.28
27_P	39_V	1.275	0.28
150_A	184_I	1.275	0.28
144_D	150_A	1.262	0.27
162_R	183_T	1.243	0.27
92_V	246_I	1.237	0.27
126_M	158_A	1.226	0.26
150_A	229_K	1.224	0.26
303_N	307_I	1.222	0.26
100_R	111_A	1.215	0.26
168_G	237_T	1.214	0.26
74_G	108_E	1.212	0.26
119_D	238_D	1.211	0.26
41_I	120_V	1.206	0.26
275_K	278_E	1.192	0.25
37_A	51_L	1.192	0.25
21_V	48_G	1.188	0.25
37_A	68_K	1.179	0.25
19_L	189_N	1.174	0.25
97_A	100_R	1.171	0.25
168_G	212_G	1.169	0.25
134_E	151_K	1.160	0.24
63_L	68_K	1.159	0.24
47_V	295_N	1.157	0.24
212_G	218_L	1.142	0.24
138_I	162_R	1.141	0.24
265_M	276_V	1.137	0.24
140_G	285_L	1.125	0.23
272_M	277_V	1.122	0.23
21_V	250_K	1.117	0.23
37_A	89_D	1.111	0.23
186_S	224_D	1.109	0.23
148_V	170_E	1.108	0.23
108_E	147_E	1.107	0.23
32_I	66_A	1.103	0.23
73_V	148_V	1.099	0.23
140_G	182_S	1.098	0.23
76_N	246_I	1.098	0.23
15_A	225_V	1.093	0.22
287_M	305_K	1.084	0.22
154_I	245_N	1.080	0.22
51_L	277_V	1.077	0.22
126_M	168_G	1.076	0.22
236_Q	239_Q	1.075	0.22
172_I	201_S	1.072	0.22
246_I	305_K	1.070	0.22
34_A	208_G	1.069	0.22
269_V	272_M	1.062	0.22
135_T	139_A	1.057	0.21
62_P	184_I	1.057	0.21
170_E	269_V	1.055	0.21
140_G	186_S	1.055	0.21
24_T	135_T	1.049	0.21
304_I	308_D	1.048	0.21
261_Q	268_R	1.048	0.21
218_L	234_I	1.043	0.21
187_S	199_M	1.034	0.21
172_I	203_T	1.029	0.21
53_R	65_K	1.026	0.21
162_R	272_M	1.023	0.21
298_V	303_N	1.022	0.20
59_V	150_A	1.021	0.20
211_S	281_A	1.016	0.20
22_F	42_S	1.016	0.20
17_I	22_F	1.014	0.20
143_M	188_D	1.012	0.20
225_V	285_L	1.011	0.20
73_V	89_D	1.010	0.20
281_A	315_D	1.007	0.20
88_V	148_V	1.005	0.20
140_G	227_I	1.001	0.20
13_A	17_I	0.995	0.20
71_L	268_R	0.987	0.20
164_V	218_L	0.987	0.20
147_E	229_K	0.986	0.20
87_N	192_K	0.983	0.20
72_N	76_N	0.983	0.20
36_A	67_H	0.980	0.19
24_T	147_E	0.978	0.19
77_Q	100_R	0.965	0.19
178_E	207_K	0.958	0.19
36_A	89_D	0.950	0.19
188_D	192_K	0.947	0.19
55_I	272_M	0.944	0.19
92_V	244_K	0.943	0.19
164_V	299_M	0.941	0.18
37_A	140_G	0.940	0.18
57_N	61_N	0.937	0.18
77_Q	108_E	0.935	0.18
24_T	27_P	0.934	0.18
296_I	318_G	0.929	0.18
144_D	309_A	0.928	0.18
259_V	305_K	0.926	0.18
89_D	147_E	0.923	0.18
134_E	237_T	0.922	0.18
21_V	305_K	0.914	0.18
33_S	39_V	0.911	0.18
199_M	303_N	0.910	0.18
102_N	182_S	0.909	0.18
35_L	271_E	0.908	0.18
91_V	148_V	0.907	0.18
55_I	100_R	0.905	0.18
27_P	168_G	0.893	0.17
73_V	189_N	0.891	0.17
138_I	227_I	0.889	0.17
162_R	172_I	0.885	0.17
107_F	139_A	0.880	0.17
97_A	269_V	0.875	0.17
202_Q	322_K	0.875	0.17
97_A	147_E	0.874	0.17
256_A	259_V	0.874	0.17
93_N	168_G	0.873	0.17
139_A	184_I	0.873	0.17
21_V	287_M	0.873	0.17
99_Q	139_A	0.865	0.17
158_A	163_L	0.862	0.17
265_M	271_E	0.862	0.17
41_I	316_S	0.861	0.17
52_R	79_E	0.861	0.17
107_F	140_G	0.858	0.17
267_A	270_E	0.856	0.17
73_V	322_K	0.856	0.17
26_V	135_T	0.855	0.17
65_K	99_Q	0.853	0.16
138_I	218_L	0.852	0.16
126_M	229_K	0.851	0.16
140_G	196_N	0.850	0.16
26_V	63_L	0.850	0.16
291_L	320_L	0.850	0.16
99_Q	246_I	0.843	0.16
100_R	184_I	0.843	0.16
198_D	236_Q	0.841	0.16
54_V	242_A	0.840	0.16
164_V	244_K	0.839	0.16
139_A	149_K	0.838	0.16
39_V	135_T	0.832	0.16
146_I	275_K	0.832	0.16
46_L	236_Q	0.826	0.16
48_G	51_L	0.824	0.16
143_M	279_A	0.822	0.16
234_I	238_D	0.820	0.16
33_S	65_K	0.816	0.16
202_Q	317_F	0.814	0.16
63_L	135_T	0.813	0.16
152_A	236_Q	0.806	0.15
160_I	207_K	0.806	0.15
125_Q	282_E	0.803	0.15
58_R	65_K	0.802	0.15
297_G	306_N	0.799	0.15
75_T	82_Y	0.797	0.15
291_L	304_I	0.796	0.15
27_P	33_S	0.794	0.15
10_A	138_I	0.792	0.15
151_K	158_A	0.790	0.15
60_V	143_M	0.789	0.15
68_K	100_R	0.789	0.15
192_K	238_D	0.787	0.15
9_L	307_I	0.786	0.15
42_S	309_A	0.784	0.15
45_T	75_T	0.778	0.15
300_D	317_F	0.774	0.15
100_R	298_V	0.773	0.15
267_A	272_M	0.768	0.15
310_D	313_M	0.768	0.15
143_M	153_R	0.768	0.15
135_T	253_E	0.763	0.15
209_L	302_M	0.763	0.15
304_I	318_G	0.762	0.15
231_I	295_N	0.759	0.15
187_S	210_D	0.759	0.15
42_S	266_R	0.759	0.15
34_A	37_A	0.758	0.14
125_Q	160_I	0.757	0.14
305_K	321_T	0.756	0.14
36_A	90_R	0.754	0.14
202_Q	206_G	0.753	0.14
158_A	168_G	0.751	0.14
248_Q	272_M	0.750	0.14
297_G	300_D	0.747	0.14
121_L	153_R	0.745	0.14
140_G	236_Q	0.742	0.14
15_A	227_I	0.742	0.14
126_M	173_V	0.741	0.14
67_H	126_M	0.741	0.14
312_E	315_D	0.740	0.14
91_V	119_D	0.738	0.14
148_V	225_V	0.736	0.14
168_G	183_T	0.732	0.14
135_T	190_H	0.731	0.14
33_S	67_H	0.730	0.14
104_E	283_V	0.728	0.14
68_K	212_G	0.728	0.14
100_R	244_K	0.726	0.14
64_I	144_D	0.720	0.14
253_E	276_V	0.720	0.14
118_R	190_H	0.714	0.14
172_I	268_R	0.704	0.13
295_N	303_N	0.704	0.13
58_R	62_P	0.703	0.13
312_E	321_T	0.701	0.13
109_R	138_I	0.700	0.13
8_I	18_V	0.699	0.13
35_L	73_V	0.699	0.13
37_A	63_L	0.696	0.13
308_D	315_D	0.696	0.13
24_T	33_S	0.694	0.13
22_F	206_G	0.692	0.13
163_L	257_M	0.691	0.13
179_G	201_S	0.688	0.13
50_R	168_G	0.687	0.13
33_S	135_T	0.685	0.13
20_A	82_Y	0.684	0.13
159_N	300_D	0.680	0.13
37_A	43_I	0.679	0.13
229_K	246_I	0.678	0.13
97_A	148_V	0.677	0.13
16_I	19_L	0.675	0.13
33_S	168_G	0.674	0.13
306_N	310_D	0.673	0.13
306_N	313_M	0.673	0.13
265_M	270_E	0.671	0.13
42_S	316_S	0.670	0.13
80_S	234_I	0.669	0.13
92_V	199_M	0.666	0.13
16_I	322_K	0.666	0.13
17_I	25_F	0.665	0.13
54_V	226_D	0.665	0.13
50_R	212_G	0.664	0.13
14_V	73_V	0.663	0.13
9_L	73_V	0.663	0.13
50_R	55_I	0.662	0.13
253_E	257_M	0.662	0.13
149_K	295_N	0.660	0.13
99_Q	106_T	0.659	0.13
128_V	209_L	0.655	0.13
14_V	211_S	0.654	0.13
26_V	168_G	0.651	0.13
11_I	322_K	0.651	0.13
184_I	268_R	0.648	0.12
11_I	122_E	0.648	0.12
318_G	321_T	0.648	0.12
56_P	91_V	0.647	0.12
20_A	283_V	0.646	0.12
42_S	54_V	0.646	0.12
267_A	271_E	0.645	0.12
44_F	126_M	0.645	0.12
44_F	48_G	0.643	0.12
13_A	19_L	0.643	0.12
208_G	212_G	0.642	0.12
23_F	26_V	0.641	0.12
65_K	89_D	0.639	0.12
152_A	239_Q	0.639	0.12
128_V	166_G	0.639	0.12
25_F	119_D	0.638	0.12
65_K	96_I	0.638	0.12
82_Y	312_E	0.637	0.12
183_T	269_V	0.637	0.12
138_I	212_G	0.637	0.12
14_V	188_D	0.631	0.12
24_T	134_E	0.631	0.12
297_G	310_D	0.631	0.12
297_G	313_M	0.631	0.12
182_S	229_K	0.631	0.12
22_F	67_H	0.624	0.12
76_N	87_N	0.623	0.12
140_G	164_V	0.622	0.12
11_I	238_D	0.622	0.12
158_A	238_D	0.621	0.12
126_M	172_I	0.621	0.12
24_T	39_V	0.620	0.12
12_V	293_E	0.620	0.12
37_A	160_I	0.617	0.12
183_T	212_G	0.609	0.12
186_S	226_D	0.608	0.12
306_N	311_T	0.607	0.12
199_M	270_E	0.606	0.12
234_I	241_E	0.606	0.12
30_L	160_I	0.605	0.12
299_M	304_I	0.604	0.12
178_E	258_A	0.603	0.12
109_R	121_L	0.602	0.12
283_V	317_F	0.602	0.12
29_M	62_P	0.601	0.12
160_I	163_L	0.601	0.12
125_Q	158_A	0.600	0.12
282_E	305_K	0.600	0.12
128_V	190_H	0.598	0.12
92_V	256_A	0.598	0.12
162_R	298_V	0.597	0.12
95_L	158_A	0.597	0.12
54_V	224_D	0.595	0.12
195_E	301_Y	0.593	0.12
225_V	299_M	0.593	0.12
142_A	277_V	0.592	0.12
158_A	215_F	0.589	0.11
178_E	190_H	0.588	0.11
231_I	250_K	0.588	0.11
261_Q	287_M	0.587	0.11
161_E	187_S	0.586	0.11
137_F	227_I	0.585	0.11
147_E	150_A	0.584	0.11
118_R	238_D	0.583	0.11
184_I	238_D	0.581	0.11
58_R	99_Q	0.581	0.11
125_Q	257_M	0.580	0.11
57_N	164_V	0.579	0.11
13_A	188_D	0.578	0.11
54_V	196_N	0.577	0.11
103_I	160_I	0.575	0.11
73_V	320_L	0.574	0.11
69_A	125_Q	0.572	0.11
135_T	237_T	0.572	0.11
287_M	295_N	0.572	0.11
119_D	125_Q	0.572	0.11
44_F	55_I	0.571	0.11
199_M	202_Q	0.571	0.11
162_R	173_V	0.569	0.11
77_Q	143_M	0.568	0.11
25_F	85_G	0.568	0.11
108_E	303_N	0.567	0.11
98_A	170_E	0.567	0.11
104_E	109_R	0.567	0.11
44_F	47_V	0.566	0.11
59_V	154_I	0.566	0.11
53_R	318_G	0.565	0.11
289_E	292_R	0.565	0.11
50_R	135_T	0.564	0.11
90_R	119_D	0.563	0.11
118_R	253_E	0.562	0.11
53_R	93_N	0.559	0.11
119_D	140_G	0.555	0.11
97_A	149_K	0.553	0.11
111_A	161_E	0.553	0.11
55_I	184_I	0.552	0.11
98_A	240_A	0.551	0.11
257_M	304_I	0.548	0.11
209_L	228_G	0.548	0.11
76_N	248_Q	0.548	0.11
41_I	246_I	0.547	0.11
48_G	231_I	0.547	0.11
106_T	321_T	0.547	0.11
13_A	16_I	0.545	0.11
10_A	283_V	0.544	0.11
33_S	90_R	0.544	0.11
119_D	128_V	0.543	0.11
62_P	65_K	0.540	0.11
121_L	256_A	0.540	0.11
169_E	299_M	0.540	0.11
39_V	65_K	0.539	0.11
297_G	311_T	0.538	0.11
43_I	277_V	0.537	0.11
121_L	295_N	0.536	0.11
119_D	291_L	0.536	0.11
58_R	111_A	0.536	0.11
138_I	168_G	0.535	0.11
53_R	182_S	0.535	0.11
20_A	245_N	0.533	0.11
129_N	299_M	0.533	0.11
168_G	229_K	0.533	0.11
35_L	51_L	0.532	0.11
85_G	246_I	0.532	0.11
46_L	223_A	0.531	0.11
26_V	50_R	0.531	0.11
93_N	147_E	0.527	0.10
13_A	273_R	0.527	0.10
118_R	160_I	0.526	0.10
190_H	228_G	0.525	0.10
231_I	253_E	0.524	0.10
55_I	62_P	0.522	0.10
107_F	120_V	0.522	0.10
100_R	257_M	0.520	0.10
135_T	229_K	0.516	0.10
55_I	99_Q	0.515	0.10
102_N	159_N	0.514	0.10
192_K	323_D	0.512	0.10
39_V	257_M	0.510	0.10
60_V	261_Q	0.507	0.10
87_N	319_K	0.507	0.10
91_V	309_A	0.506	0.10
295_N	312_E	0.505	0.10
203_T	248_Q	0.505	0.10
32_I	62_P	0.503	0.10
36_A	161_E	0.502	0.10
47_V	282_E	0.500	0.10
236_Q	265_M	0.500	0.10

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
3bk6A	3	0.4773	91.2	0.968	Contact Map
2rpbA	1	0.3263	59.9	0.976	Contact Map
4fvgA	2	0.3142	58.1	0.976	Contact Map
1winA	1	0.3867	53.9	0.977	Contact Map
1sesA	2	0.3716	34.8	0.98	Contact Map
3qneA	2	0.3958	33.1	0.98	Contact Map
2dq0A	2	0.3897	31.9	0.98	Contact Map
2dq3A	2	0.3837	30.3	0.98	Contact Map
4fm3A	3	0.2598	24.3	0.981	Contact Map
1ijdA	3	0.1118	23.9	0.981	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0098 seconds.