YPRB - BACSU - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

YPRB - Uncharacterized protein YprB

UniProt:	P50837	Sequences: MSLKGKLQRMKKHMALDEGEQKIEAGKQENHFDDIPFLEEWEAFGMKPFIFEDEYCLIREVEYPLSHRHGLYSFSELEEVITLWNQSGLSHTLSAKGYNKNNLFFFDTETTGLGGGAGNTIFLLGHARVYEDRVTVKQHLLPKPGNEVALYQSFLSEVDITSLVTYNGKAFDWPQVKTRHTLIRDRLPKLPEFGHFDLLHGARRLWKHKMDRVSLGTVEKEELGIRRLEDTPGYLAPMLYFHFIKAQEPDLLKGVLHHNEMDVLSLISLYIHMSKKILSESHAPKEHSEAYAMAKWFMAHKETDQAIKQLERLIEKSFEDQDSARLDLSLLYKKQNRLEEAVPLWEKLSRSQNQKCRYAAVIELAKYFEHKKKEFGKALQVAEQSLSDAACLSEKETEKLHVRIARLKRKYSS	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	413 (400)
Sequences:	204 (175)
Seq/√Len:	8.8

BACSU - YPRB

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
342_V	364_L	5.642	1.00
298_M	310_L	4.933	1.00
403_R	406_R	4.472	0.99
379_L	404_I	3.914	0.98
134_V	267_I	3.838	0.97
166_Y	218_V	3.703	0.97
334_K	337_R	3.372	0.94
62_E	133_R	3.324	0.94
60_E	137_K	3.239	0.93
170_A	229_E	3.235	0.93
114_G	119_N	3.164	0.92
72_Y	272_H	3.026	0.90
140_L	252_L	2.966	0.89
231_T	239_L	2.944	0.89
127_A	134_V	2.890	0.88
80_V	274_S	2.868	0.88
337_R	340_E	2.858	0.87
198_L	204_R	2.657	0.83
188_P	198_L	2.656	0.83
141_L	178_T	2.652	0.83
382_A	404_I	2.606	0.82
77_L	271_I	2.590	0.81
277_I	297_F	2.563	0.81
403_R	410_K	2.465	0.78
126_H	139_H	2.454	0.78
9_R	13_H	2.338	0.74
345_W	367_Y	2.335	0.74
218_V	236_A	2.240	0.71
51_F	54_E	2.199	0.69
178_T	182_L	2.196	0.69
333_K	363_E	2.158	0.68
77_L	103_L	2.133	0.67
406_R	410_K	2.127	0.66
115_G	182_L	2.102	0.66
141_L	182_L	2.027	0.63
173_W	296_W	2.026	0.62
365_A	382_A	2.011	0.62
329_S	344_L	1.923	0.58
125_G	264_L	1.918	0.58
41_W	260_E	1.902	0.57
130_Y	275_K	1.890	0.57
214_S	239_L	1.883	0.57
135_T	382_A	1.872	0.56
4_K	9_R	1.813	0.54
5_G	10_M	1.809	0.53
154_F	180_H	1.803	0.53
276_K	293_M	1.794	0.53
233_G	236_A	1.791	0.53
121_I	175_Q	1.777	0.52
265_S	383_E	1.750	0.51
41_W	296_W	1.718	0.50
202_A	273_M	1.715	0.49
129_V	267_I	1.714	0.49
142_P	146_N	1.706	0.49
403_R	407_L	1.705	0.49
202_A	210_M	1.692	0.48
121_I	181_T	1.688	0.48
240_Y	333_K	1.676	0.48
205_L	213_V	1.653	0.47
233_G	259_N	1.604	0.45
234_Y	334_K	1.593	0.44
384_Q	387_S	1.583	0.44
334_K	404_I	1.572	0.43
292_A	295_K	1.561	0.43
214_S	244_I	1.554	0.43
60_E	135_T	1.549	0.42
231_T	248_E	1.538	0.42
141_L	198_L	1.535	0.42
151_Y	193_F	1.534	0.42
136_V	263_V	1.533	0.42
206_W	272_H	1.531	0.42
139_H	153_S	1.530	0.42
182_L	259_N	1.514	0.41
155_L	194_G	1.512	0.41
166_Y	329_S	1.509	0.41
175_Q	181_T	1.508	0.41
37_F	243_F	1.508	0.41
59_R	260_E	1.499	0.40
263_V	331_L	1.482	0.40
405_A	409_R	1.480	0.39
56_C	104_F	1.472	0.39
114_G	345_W	1.467	0.39
144_P	260_E	1.451	0.38
367_Y	372_K	1.448	0.38
180_H	274_S	1.440	0.38
106_F	123_L	1.434	0.38
157_E	259_N	1.430	0.37
154_F	196_F	1.425	0.37
148_V	170_A	1.424	0.37
326_L	330_L	1.422	0.37
119_N	175_Q	1.414	0.37
46_M	57_L	1.408	0.37
209_K	222_E	1.370	0.35
70_G	365_A	1.362	0.35
62_E	130_Y	1.351	0.34
390_A	405_A	1.347	0.34
364_L	368_F	1.344	0.34
126_H	259_N	1.339	0.34
149_A	222_E	1.337	0.34
67_H	277_I	1.337	0.34
363_E	366_K	1.329	0.33
69_H	225_I	1.326	0.33
334_K	379_L	1.324	0.33
4_K	7_L	1.314	0.33
129_V	265_S	1.311	0.33
190_L	204_R	1.311	0.33
115_G	175_Q	1.310	0.33
127_A	136_V	1.309	0.33
126_H	153_S	1.297	0.32
231_T	259_N	1.294	0.32
57_L	65_L	1.294	0.32
206_W	363_E	1.288	0.32
144_P	296_W	1.287	0.32
103_L	289_E	1.286	0.32
184_R	295_K	1.277	0.32
142_P	183_I	1.274	0.31
151_Y	180_H	1.270	0.31
150_L	335_Q	1.268	0.31
302_E	337_R	1.266	0.31
294_A	328_L	1.263	0.31
228_L	349_S	1.262	0.31
182_L	220_K	1.252	0.31
300_H	313_L	1.243	0.30
338_L	371_K	1.233	0.30
362_I	382_A	1.233	0.30
294_A	301_K	1.231	0.30
239_L	254_G	1.227	0.30
10_M	15_A	1.226	0.30
267_I	382_A	1.224	0.30
165_T	178_T	1.215	0.29
41_W	249_P	1.212	0.29
140_L	263_V	1.211	0.29
377_K	380_Q	1.209	0.29
114_G	145_G	1.207	0.29
54_E	187_L	1.204	0.29
140_L	295_K	1.193	0.29
129_V	329_S	1.191	0.28
407_L	410_K	1.189	0.28
166_Y	297_F	1.188	0.28
58_I	137_K	1.186	0.28
199_L	213_V	1.185	0.28
112_G	168_G	1.184	0.28
145_G	231_T	1.181	0.28
136_V	294_A	1.177	0.28
255_V	282_H	1.176	0.28
155_L	180_H	1.175	0.28
92_T	214_S	1.171	0.28
104_F	145_G	1.160	0.27
198_L	366_K	1.158	0.27
139_H	209_K	1.156	0.27
114_G	344_L	1.152	0.27
149_A	271_I	1.148	0.27
383_E	408_K	1.148	0.27
375_F	382_A	1.128	0.26
325_R	347_K	1.124	0.26
231_T	277_I	1.120	0.26
17_D	22_K	1.116	0.26
254_G	334_K	1.115	0.26
199_L	246_A	1.114	0.26
140_L	329_S	1.110	0.26
137_K	243_F	1.109	0.26
69_H	261_M	1.106	0.26
77_L	80_V	1.106	0.26
151_Y	154_F	1.103	0.25
123_L	184_R	1.099	0.25
212_R	217_T	1.096	0.25
216_G	231_T	1.093	0.25
84_W	106_F	1.092	0.25
10_M	19_G	1.091	0.25
193_F	196_F	1.088	0.25
366_K	370_H	1.080	0.25
151_Y	155_L	1.072	0.24
104_F	213_V	1.072	0.24
22_K	43_A	1.071	0.24
20_E	26_G	1.067	0.24
236_A	296_W	1.065	0.24
144_P	270_Y	1.061	0.24
177_K	194_G	1.060	0.24
202_A	218_V	1.057	0.24
97_G	202_A	1.057	0.24
63_Y	175_Q	1.056	0.24
212_R	240_Y	1.053	0.24
49_F	216_G	1.050	0.24
206_W	225_I	1.050	0.24
267_I	306_A	1.047	0.24
46_M	243_F	1.043	0.24
293_M	329_S	1.037	0.23
295_K	327_D	1.036	0.23
75_S	308_K	1.033	0.23
93_L	191_P	1.029	0.23
144_P	175_Q	1.023	0.23
232_P	365_A	1.022	0.23
76_E	275_K	1.021	0.23
70_G	264_L	1.021	0.23
3_L	340_E	1.019	0.23
255_V	304_D	1.014	0.23
151_Y	183_I	1.009	0.23
215_L	265_S	1.006	0.22
181_T	260_E	1.005	0.22
70_G	223_L	0.997	0.22
121_I	154_F	0.996	0.22
76_E	271_I	0.996	0.22
74_F	259_N	0.989	0.22
137_K	295_K	0.988	0.22
151_Y	158_V	0.987	0.22
206_W	333_K	0.987	0.22
128_R	214_S	0.983	0.22
260_E	296_W	0.983	0.22
294_A	298_M	0.982	0.22
103_L	164_V	0.982	0.22
166_Y	309_Q	0.981	0.22
104_F	220_K	0.980	0.22
154_F	270_Y	0.972	0.21
208_H	216_G	0.968	0.21
53_D	158_V	0.966	0.21
225_I	261_M	0.965	0.21
45_G	294_A	0.962	0.21
118_G	122_F	0.960	0.21
113_L	168_G	0.960	0.21
123_L	198_L	0.959	0.21
248_E	389_A	0.958	0.21
155_L	191_P	0.958	0.21
141_L	150_L	0.957	0.21
106_F	124_L	0.952	0.21
119_N	254_G	0.951	0.21
117_A	375_F	0.946	0.21
115_G	178_T	0.945	0.21
22_K	26_G	0.944	0.21
180_H	238_M	0.942	0.21
121_I	296_W	0.942	0.21
41_W	144_P	0.941	0.21
24_E	42_E	0.940	0.21
142_P	151_Y	0.939	0.21
232_P	265_S	0.939	0.21
177_K	191_P	0.931	0.20
136_V	377_K	0.930	0.20
325_R	381_V	0.923	0.20
35_I	38_L	0.919	0.20
3_L	7_L	0.919	0.20
215_L	370_H	0.918	0.20
151_Y	270_Y	0.909	0.20
163_L	306_A	0.908	0.20
166_Y	348_L	0.907	0.20
142_P	191_P	0.907	0.20
3_L	114_G	0.906	0.20
45_G	52_E	0.906	0.20
121_I	190_L	0.905	0.20
17_D	243_F	0.904	0.20
229_E	287_H	0.902	0.19
104_F	120_T	0.902	0.19
103_L	194_G	0.901	0.19
80_V	271_I	0.901	0.19
127_A	263_V	0.899	0.19
401_H	404_I	0.896	0.19
54_E	183_I	0.889	0.19
329_S	359_A	0.886	0.19
223_L	259_N	0.884	0.19
101_N	373_K	0.883	0.19
132_D	365_A	0.882	0.19
124_L	151_Y	0.881	0.19
101_N	375_F	0.880	0.19
20_E	25_A	0.876	0.19
61_V	243_F	0.873	0.19
76_E	297_F	0.872	0.19
108_T	269_L	0.868	0.19
74_F	265_S	0.867	0.19
79_E	228_L	0.863	0.18
202_A	256_L	0.862	0.18
209_K	366_K	0.855	0.18
106_F	169_K	0.852	0.18
166_Y	260_E	0.851	0.18
384_Q	405_A	0.851	0.18
386_L	400_L	0.849	0.18
124_L	150_L	0.847	0.18
18_E	22_K	0.846	0.18
329_S	368_F	0.845	0.18
92_T	191_P	0.843	0.18
199_L	203_R	0.842	0.18
129_V	313_L	0.840	0.18
180_H	194_G	0.838	0.18
218_V	277_I	0.837	0.18
91_H	296_W	0.833	0.18
93_L	154_F	0.832	0.18
128_R	157_E	0.830	0.18
137_K	362_I	0.829	0.18
139_H	324_A	0.827	0.18
329_S	366_K	0.826	0.18
65_L	194_G	0.824	0.17
154_F	190_L	0.822	0.17
336_N	402_V	0.821	0.17
254_G	379_L	0.821	0.17
36_P	48_P	0.820	0.17
295_K	301_K	0.819	0.17
329_S	345_W	0.815	0.17
177_K	193_F	0.812	0.17
136_V	329_S	0.808	0.17
222_E	276_K	0.807	0.17
198_L	273_M	0.801	0.17
242_H	247_Q	0.798	0.17
212_R	403_R	0.798	0.17
93_L	193_F	0.797	0.17
322_D	362_I	0.796	0.17
59_R	103_L	0.790	0.17
256_L	264_L	0.790	0.17
343_P	346_E	0.788	0.17
379_L	407_L	0.782	0.16
116_G	370_H	0.781	0.16
152_Q	252_L	0.781	0.16
154_F	194_G	0.781	0.16
15_A	117_A	0.778	0.16
244_I	345_W	0.777	0.16
51_F	259_N	0.776	0.16
214_S	242_H	0.776	0.16
376_G	404_I	0.776	0.16
12_K	15_A	0.775	0.16
5_G	86_Q	0.771	0.16
31_H	67_H	0.771	0.16
386_L	389_A	0.769	0.16
56_C	244_I	0.768	0.16
12_K	52_E	0.767	0.16
143_K	163_L	0.765	0.16
210_M	363_E	0.761	0.16
216_G	361_V	0.760	0.16
374_E	377_K	0.756	0.16
151_Y	196_F	0.756	0.16
326_L	359_A	0.755	0.16
23_I	90_S	0.755	0.16
62_E	135_T	0.753	0.16
228_L	275_K	0.750	0.16
104_F	199_L	0.744	0.16
201_G	278_L	0.742	0.16
169_K	204_R	0.741	0.16
157_E	183_I	0.741	0.16
235_L	239_L	0.740	0.15
91_H	155_L	0.740	0.15
91_H	190_L	0.740	0.15
239_L	251_L	0.737	0.15
104_F	183_I	0.735	0.15
365_A	373_K	0.734	0.15
9_R	195_H	0.731	0.15
155_L	270_Y	0.731	0.15
114_G	224_G	0.729	0.15
304_D	339_E	0.727	0.15
153_S	164_V	0.727	0.15
84_W	274_S	0.727	0.15
137_K	313_L	0.726	0.15
346_E	377_K	0.725	0.15
142_P	154_F	0.724	0.15
332_Y	337_R	0.723	0.15
207_K	240_Y	0.720	0.15
74_F	241_F	0.720	0.15
194_G	235_L	0.719	0.15
18_E	24_E	0.717	0.15
4_K	13_H	0.716	0.15
204_R	270_Y	0.716	0.15
255_V	322_D	0.714	0.15
342_V	372_K	0.713	0.15
75_S	409_R	0.710	0.15
134_V	316_K	0.710	0.15
204_R	366_K	0.709	0.15
31_H	42_E	0.709	0.15
165_T	294_A	0.709	0.15
52_E	242_H	0.709	0.15
155_L	177_K	0.709	0.15
36_P	182_L	0.708	0.15
216_G	254_G	0.707	0.15
207_K	372_K	0.706	0.15
44_F	166_Y	0.703	0.15
10_M	338_L	0.701	0.15
173_W	235_L	0.701	0.15
177_K	180_H	0.699	0.15
135_T	303_T	0.698	0.15
239_L	253_K	0.697	0.15
74_F	176_V	0.696	0.15
120_T	366_K	0.691	0.14
41_W	63_Y	0.689	0.14
201_G	222_E	0.689	0.14
104_F	153_S	0.689	0.14
100_K	408_K	0.688	0.14
82_T	101_N	0.686	0.14
46_M	56_C	0.684	0.14
240_Y	363_E	0.683	0.14
104_F	276_K	0.682	0.14
91_H	270_Y	0.681	0.14
183_I	217_T	0.678	0.14
6_K	13_H	0.678	0.14
5_G	248_E	0.677	0.14
75_S	275_K	0.674	0.14
212_R	363_E	0.673	0.14
150_L	201_G	0.672	0.14
193_F	270_Y	0.671	0.14
34_D	382_A	0.668	0.14
103_L	188_P	0.668	0.14
78_E	202_A	0.668	0.14
67_H	117_A	0.667	0.14
81_I	255_V	0.665	0.14
244_I	332_Y	0.664	0.14
144_P	173_W	0.661	0.14
344_L	348_L	0.659	0.14
225_I	368_F	0.658	0.14
22_K	376_G	0.658	0.14
114_G	143_K	0.657	0.14
131_E	408_K	0.657	0.14
310_L	327_D	0.656	0.14
173_W	240_Y	0.656	0.14
287_H	409_R	0.654	0.14
157_E	246_A	0.653	0.14
26_G	30_N	0.653	0.14
153_S	156_S	0.653	0.14
170_A	373_K	0.652	0.14
177_K	206_W	0.650	0.14
115_G	139_H	0.649	0.14
207_K	221_E	0.647	0.14
123_L	256_L	0.647	0.14
183_I	267_I	0.644	0.13
91_H	180_H	0.644	0.13
202_A	354_Q	0.643	0.13
214_S	331_L	0.642	0.13
108_T	150_L	0.640	0.13
199_L	347_K	0.639	0.13
273_M	301_K	0.639	0.13
104_F	139_H	0.638	0.13
101_N	220_K	0.636	0.13
101_N	316_K	0.635	0.13
127_A	209_K	0.635	0.13
98_Y	335_Q	0.634	0.13
106_F	121_I	0.634	0.13
310_L	390_A	0.632	0.13
224_G	247_Q	0.632	0.13
103_L	155_L	0.631	0.13
70_G	215_L	0.626	0.13
15_A	21_Q	0.626	0.13
94_S	177_K	0.625	0.13
151_Y	238_M	0.623	0.13
304_D	395_K	0.620	0.13
150_L	182_L	0.620	0.13
363_E	385_S	0.620	0.13
235_L	296_W	0.618	0.13
231_T	250_D	0.617	0.13
26_G	373_K	0.617	0.13
326_L	334_K	0.616	0.13
71_L	214_S	0.616	0.13
91_H	191_P	0.614	0.13
166_Y	379_L	0.613	0.13
339_E	358_Y	0.613	0.13
379_L	409_R	0.611	0.13
228_L	381_V	0.608	0.13
177_K	333_K	0.606	0.13
349_S	361_V	0.606	0.13
132_D	255_V	0.604	0.13
114_G	236_A	0.603	0.13
393_S	401_H	0.603	0.13
84_W	270_Y	0.603	0.13
109_E	138_Q	0.602	0.13
109_E	167_N	0.602	0.13
107_D	227_R	0.602	0.13
138_Q	172_D	0.602	0.13
109_E	262_D	0.602	0.13
109_E	172_D	0.602	0.13
107_D	138_Q	0.602	0.13
138_Q	197_D	0.602	0.13
107_D	172_D	0.602	0.13
109_E	197_D	0.602	0.13
138_Q	167_N	0.602	0.13
107_D	197_D	0.602	0.13
107_D	262_D	0.602	0.13
138_Q	258_H	0.602	0.13
109_E	227_R	0.602	0.13
107_D	167_N	0.602	0.13
138_Q	262_D	0.602	0.13
138_Q	227_R	0.602	0.13
258_H	262_D	0.602	0.13
107_D	258_H	0.602	0.13
227_R	262_D	0.602	0.13
227_R	258_H	0.602	0.13
172_D	262_D	0.602	0.13
172_D	227_R	0.602	0.13
172_D	197_D	0.602	0.13
172_D	258_H	0.602	0.13
109_E	258_H	0.602	0.13
197_D	258_H	0.602	0.13
167_N	262_D	0.602	0.13
167_N	258_H	0.602	0.13
167_N	227_R	0.602	0.13
197_D	262_D	0.602	0.13
167_N	172_D	0.602	0.13
167_N	197_D	0.602	0.13
197_D	227_R	0.602	0.13
39_E	388_D	0.602	0.13
165_T	309_Q	0.602	0.13
341_A	345_W	0.602	0.13
145_G	213_V	0.601	0.13
26_G	31_H	0.600	0.13
312_R	387_S	0.600	0.13
53_D	180_H	0.598	0.13
229_E	338_L	0.597	0.13
183_I	187_L	0.596	0.13
183_I	297_F	0.593	0.12
53_D	151_Y	0.592	0.12
101_N	131_E	0.591	0.12
119_N	199_L	0.591	0.12
293_M	297_F	0.591	0.12
348_L	379_L	0.588	0.12
386_L	394_E	0.587	0.12
34_D	216_G	0.584	0.12
212_R	406_R	0.582	0.12
43_A	132_D	0.582	0.12
170_A	225_I	0.582	0.12
175_Q	268_S	0.579	0.12
251_L	294_A	0.579	0.12
151_Y	165_T	0.578	0.12
25_A	362_I	0.577	0.12
265_S	335_Q	0.577	0.12
164_V	241_F	0.576	0.12
177_K	183_I	0.574	0.12
169_K	184_R	0.572	0.12
345_W	348_L	0.572	0.12
31_H	352_Q	0.572	0.12
255_V	324_A	0.571	0.12
121_I	263_V	0.571	0.12
61_V	135_T	0.570	0.12
144_P	249_P	0.566	0.12
313_L	358_Y	0.566	0.12
132_D	265_S	0.566	0.12
215_L	369_E	0.565	0.12
201_G	274_S	0.565	0.12
41_W	91_H	0.565	0.12
57_L	170_A	0.564	0.12
108_T	204_R	0.563	0.12
11_K	14_M	0.562	0.12
54_E	255_V	0.562	0.12
74_F	217_T	0.560	0.12
182_L	345_W	0.559	0.12
325_R	400_L	0.559	0.12
151_Y	252_L	0.558	0.12
18_E	26_G	0.557	0.12
67_H	76_E	0.556	0.12
389_A	400_L	0.556	0.12
363_E	403_R	0.556	0.12
131_E	383_E	0.555	0.12
6_K	11_K	0.555	0.12
200_H	294_A	0.552	0.12
199_L	245_K	0.551	0.12
154_F	191_P	0.550	0.12
160_I	196_F	0.550	0.12
17_D	315_E	0.549	0.12
191_P	194_G	0.546	0.12
218_V	329_S	0.545	0.12
126_H	401_H	0.541	0.12
391_C	397_T	0.540	0.12
199_L	237_P	0.536	0.11
210_M	310_L	0.536	0.11
9_R	254_G	0.536	0.11
181_T	292_A	0.536	0.11
287_H	352_Q	0.535	0.11
305_Q	399_K	0.535	0.11
391_C	408_K	0.535	0.11
91_H	200_H	0.534	0.11
22_K	387_S	0.533	0.11
212_R	298_M	0.533	0.11
151_Y	191_P	0.532	0.11
22_K	315_E	0.532	0.11
83_L	246_A	0.531	0.11
195_H	363_E	0.531	0.11
9_R	76_E	0.529	0.11
188_P	204_R	0.528	0.11
170_A	182_L	0.527	0.11
94_S	272_H	0.527	0.11
106_F	188_P	0.527	0.11
91_H	154_F	0.526	0.11
340_E	395_K	0.525	0.11
71_L	224_G	0.525	0.11
340_E	382_A	0.523	0.11
185_D	244_I	0.523	0.11
337_R	342_V	0.522	0.11
191_P	207_K	0.521	0.11
84_W	150_L	0.520	0.11
280_E	382_A	0.519	0.11
20_E	384_Q	0.519	0.11
10_M	329_S	0.518	0.11
144_P	240_Y	0.517	0.11
92_T	270_Y	0.516	0.11
69_H	257_H	0.515	0.11
201_G	255_V	0.515	0.11
26_G	304_D	0.513	0.11
234_Y	377_K	0.512	0.11
96_K	256_L	0.511	0.11
18_E	49_F	0.511	0.11
259_N	263_V	0.510	0.11
151_Y	177_K	0.509	0.11
77_L	129_V	0.508	0.11
175_Q	234_Y	0.506	0.11
395_K	399_K	0.505	0.11
124_L	270_Y	0.505	0.11
329_S	407_L	0.505	0.11
120_T	236_A	0.503	0.11
65_L	397_T	0.502	0.11
212_R	252_L	0.502	0.11
124_L	193_F	0.501	0.11
46_M	241_F	0.500	0.11

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
4m8oA	1	0.8547	99.8	0.873	Contact Map
4qclA	1	0.9201	99.8	0.874	Contact Map
1qhtA	1	0.8644	99.7	0.878	Contact Map
1s5jA	1	0.77	99.7	0.884	Contact Map
3iayA	1	0.9395	99.6	0.888	Contact Map
4fvmA	1	0.9225	99.6	0.889	Contact Map
1noyA	2	0.6392	99.5	0.896	Contact Map
3mxmB	2	0.4189	99.5	0.898	Contact Map
2qxfA	1	0.6295	99.5	0.899	Contact Map
1y97A	2	0.414	99.4	0.903	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0115 seconds.