YPHB - BACSU - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

YPHB - Uncharacterized protein YphB

UniProt:	P50742	Sequences: MSDYIYPIIAGVIAGIATRLYMLKTDYRQYPTYVHGKVIHIALGLIAAGLGAIIMPALLQEEFTAITFLTLAATQFRDVRNMERNTLTQMDSYELVSRGSTYIEGIAIAFESRNYIVIFTALLTTSAYVFLSIWAAVIAAVVCFLLAMKFMSGSVLKDIVDIEYIKPRFDGPGLFVDNIYMMNIGLPEKQELILKHGMGFILTPKNFNSAATIANLGQRQAILFDVSNVLGVYRDSGEPSLTPIAKRDLNDGRVAVFVLPQIHHPETAVQIISNVPTLENAIRMPTEFIKNQDKVIG	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	297 (286)
Sequences:	153 (116)
Seq/√Len:	6.9

BACSU - YPHB

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
191_E	195_K	4.559	0.98
12_V	122_L	3.824	0.94
18_T	66_I	3.200	0.87
97_S	224_F	3.007	0.83
269_V	273_S	2.936	0.81
127_A	139_A	2.794	0.78
40_H	110_F	2.744	0.77
91_D	246_K	2.711	0.76
141_V	213_I	2.675	0.75
163_E	203_T	2.473	0.68
59_L	63_F	2.419	0.67
195_K	263_H	2.365	0.65
200_F	272_I	2.352	0.64
189_K	240_S	2.322	0.63
14_A	140_A	2.236	0.60
157_K	273_S	2.204	0.59
160_V	213_I	2.181	0.58
116_I	146_L	2.156	0.57
136_A	140_A	2.139	0.57
141_V	146_L	2.127	0.56
162_I	273_S	2.120	0.56
126_S	190_Q	2.087	0.55
53_I	64_T	2.083	0.54
71_L	273_S	2.080	0.54
121_A	125_T	2.075	0.54
234_R	242_T	2.057	0.53
121_A	181_M	2.027	0.52
21_Y	52_A	2.012	0.52
78_D	270_Q	1.980	0.51
195_K	266_E	1.924	0.48
105_G	153_G	1.920	0.48
11_G	282_I	1.912	0.48
59_L	129_V	1.911	0.48
165_I	177_D	1.903	0.48
22_M	184_I	1.894	0.47
43_L	64_T	1.859	0.46
142_V	146_L	1.838	0.45
28_R	44_G	1.823	0.45
8_I	49_G	1.815	0.44
163_E	198_M	1.792	0.43
79_V	220_Q	1.777	0.43
161_D	205_K	1.758	0.42
58_L	133_I	1.740	0.42
62_E	71_L	1.714	0.41
192_L	238_E	1.688	0.40
58_L	71_L	1.652	0.38
57_A	121_A	1.645	0.38
13_I	137_V	1.635	0.38
55_M	123_L	1.633	0.38
43_L	73_A	1.622	0.37
84_R	104_E	1.604	0.37
62_E	258_V	1.602	0.37
189_K	238_E	1.594	0.36
57_A	142_V	1.587	0.36
45_L	254_V	1.585	0.36
48_A	251_D	1.560	0.35
109_A	247_R	1.558	0.35
123_L	139_A	1.550	0.35
128_Y	136_A	1.496	0.33
4_Y	60_Q	1.489	0.33
73_A	104_E	1.476	0.32
157_K	162_I	1.470	0.32
27_Y	46_I	1.466	0.32
226_V	272_I	1.466	0.32
32_T	118_I	1.440	0.31
16_I	45_L	1.440	0.31
161_D	203_T	1.438	0.31
27_Y	40_H	1.416	0.30
38_V	121_A	1.400	0.30
90_M	157_K	1.395	0.30
38_V	150_F	1.380	0.29
80_R	98_R	1.370	0.29
160_V	202_L	1.359	0.28
189_K	281_A	1.358	0.28
74_T	102_Y	1.351	0.28
222_I	230_L	1.350	0.28
140_A	188_E	1.344	0.28
110_F	285_P	1.335	0.28
5_I	32_T	1.333	0.28
130_F	188_E	1.323	0.27
14_A	170_D	1.318	0.27
125_T	156_L	1.317	0.27
74_T	108_I	1.315	0.27
21_Y	41_I	1.315	0.27
179_I	253_R	1.307	0.27
154_S	194_L	1.283	0.26
52_A	152_S	1.282	0.26
215_N	232_V	1.281	0.26
158_D	184_I	1.272	0.26
160_V	272_I	1.267	0.26
35_H	105_G	1.261	0.26
65_A	83_E	1.257	0.25
60_Q	142_V	1.255	0.25
188_E	270_Q	1.251	0.25
199_G	268_A	1.247	0.25
18_T	277_T	1.244	0.25
79_V	223_L	1.239	0.25
110_F	252_G	1.219	0.24
20_L	274_N	1.215	0.24
58_L	61_E	1.198	0.24
164_Y	198_M	1.196	0.24
77_R	98_R	1.192	0.24
193_I	257_F	1.190	0.24
164_Y	266_E	1.189	0.23
165_I	265_P	1.187	0.23
45_L	158_D	1.171	0.23
202_L	272_I	1.170	0.23
63_F	122_L	1.152	0.23
53_I	263_H	1.149	0.22
48_A	171_G	1.145	0.22
189_K	192_L	1.142	0.22
50_L	210_A	1.141	0.22
13_I	149_K	1.129	0.22
109_A	280_N	1.125	0.22
122_L	270_Q	1.125	0.22
84_R	171_G	1.118	0.22
164_Y	265_P	1.117	0.22
57_A	159_I	1.115	0.22
34_V	74_T	1.114	0.22
69_L	75_Q	1.110	0.21
73_A	243_P	1.108	0.21
166_K	178_N	1.106	0.21
271_I	287_E	1.101	0.21
265_P	269_V	1.094	0.21
216_L	236_S	1.094	0.21
156_L	272_I	1.091	0.21
33_Y	159_I	1.091	0.21
139_A	142_V	1.089	0.21
146_L	275_V	1.085	0.21
55_M	112_S	1.075	0.21
4_Y	177_D	1.075	0.21
77_R	80_R	1.074	0.21
5_I	277_T	1.070	0.20
52_A	121_A	1.069	0.20
237_G	259_L	1.066	0.20
96_V	104_E	1.065	0.20
13_I	155_V	1.064	0.20
141_V	190_Q	1.062	0.20
162_I	272_I	1.060	0.20
48_A	159_I	1.048	0.20
91_D	129_V	1.046	0.20
27_Y	159_I	1.045	0.20
16_I	238_E	1.040	0.20
78_D	124_T	1.037	0.20
74_T	210_A	1.034	0.20
166_K	177_D	1.034	0.20
41_I	270_Q	1.030	0.19
284_M	287_E	1.028	0.19
110_F	182_M	1.020	0.19
63_F	195_K	1.017	0.19
102_Y	279_E	1.016	0.19
120_T	143_C	1.012	0.19
43_L	243_P	1.008	0.19
54_I	190_Q	1.006	0.19
71_L	119_F	1.004	0.19
234_R	268_A	1.003	0.19
81_N	182_M	1.003	0.19
135_A	258_V	0.995	0.19
120_T	159_I	0.995	0.19
126_S	288_F	0.993	0.19
7_P	282_I	0.986	0.18
224_F	262_I	0.983	0.18
166_K	170_D	0.983	0.18
196_H	233_Y	0.982	0.18
55_M	122_L	0.981	0.18
90_M	280_N	0.979	0.18
74_T	93_Y	0.979	0.18
16_I	55_M	0.979	0.18
49_G	157_K	0.973	0.18
64_T	118_I	0.972	0.18
145_L	250_N	0.960	0.18
200_F	268_A	0.959	0.18
61_E	162_I	0.957	0.18
17_A	123_L	0.950	0.18
223_L	256_V	0.947	0.18
145_L	248_D	0.947	0.18
101_T	202_L	0.940	0.17
33_Y	285_P	0.934	0.17
88_T	208_N	0.933	0.17
44_G	110_F	0.919	0.17
21_Y	49_G	0.918	0.17
174_L	257_F	0.917	0.17
27_Y	285_P	0.914	0.17
214_A	225_D	0.903	0.17
62_E	173_G	0.902	0.17
137_V	141_V	0.902	0.17
142_V	250_N	0.901	0.17
151_M	244_I	0.898	0.16
225_D	283_R	0.895	0.16
150_F	206_N	0.893	0.16
171_G	267_T	0.893	0.16
7_P	125_T	0.893	0.16
236_S	240_S	0.891	0.16
18_T	149_K	0.890	0.16
52_A	57_A	0.890	0.16
57_A	230_L	0.888	0.16
91_D	248_D	0.882	0.16
42_A	130_F	0.881	0.16
121_A	141_V	0.878	0.16
64_T	254_V	0.873	0.16
40_H	44_G	0.868	0.16
142_V	159_I	0.867	0.16
73_A	95_L	0.865	0.16
138_I	195_K	0.865	0.16
44_G	80_R	0.861	0.16
26_D	44_G	0.857	0.16
128_Y	184_I	0.848	0.15
206_N	216_L	0.846	0.15
18_T	138_I	0.846	0.15
90_M	277_T	0.844	0.15
173_G	234_R	0.840	0.15
17_A	170_D	0.839	0.15
126_S	156_L	0.838	0.15
248_D	253_R	0.835	0.15
73_A	96_V	0.831	0.15
200_F	226_V	0.830	0.15
136_A	230_L	0.828	0.15
95_L	104_E	0.827	0.15
13_I	78_D	0.825	0.15
22_M	123_L	0.821	0.15
26_D	80_R	0.820	0.15
139_A	146_L	0.812	0.15
39_I	223_L	0.810	0.15
79_V	91_D	0.805	0.15
180_Y	223_L	0.805	0.15
135_A	145_L	0.804	0.15
83_E	102_Y	0.798	0.14
167_P	277_T	0.796	0.14
104_E	235_D	0.788	0.14
73_A	84_R	0.785	0.14
137_V	178_N	0.784	0.14
94_E	285_P	0.781	0.14
37_K	248_D	0.781	0.14
97_S	119_F	0.780	0.14
199_G	237_G	0.778	0.14
241_L	246_K	0.774	0.14
26_D	98_R	0.768	0.14
124_T	127_A	0.764	0.14
126_S	176_V	0.763	0.14
58_L	97_S	0.762	0.14
69_L	103_I	0.761	0.14
66_I	183_N	0.759	0.14
50_L	74_T	0.757	0.14
237_G	249_L	0.757	0.14
190_Q	256_V	0.750	0.14
14_A	203_T	0.750	0.14
156_L	213_I	0.745	0.14
184_I	247_R	0.741	0.13
122_L	201_I	0.737	0.13
27_Y	102_Y	0.737	0.13
9_I	205_K	0.737	0.13
48_A	123_L	0.735	0.13
35_H	42_A	0.734	0.13
66_I	118_I	0.729	0.13
10_A	140_A	0.726	0.13
34_V	173_G	0.725	0.13
90_M	158_D	0.725	0.13
122_L	240_S	0.725	0.13
88_T	109_A	0.722	0.13
65_A	252_G	0.721	0.13
124_T	143_C	0.720	0.13
20_L	126_S	0.720	0.13
211_A	238_E	0.718	0.13
153_G	193_I	0.711	0.13
182_M	258_V	0.708	0.13
24_K	70_T	0.708	0.13
200_F	284_M	0.707	0.13
34_V	189_K	0.706	0.13
184_I	271_I	0.704	0.13
152_S	248_D	0.703	0.13
65_A	102_Y	0.701	0.13
190_Q	222_I	0.700	0.13
72_A	230_L	0.694	0.13
54_I	126_S	0.694	0.13
4_Y	224_F	0.691	0.13
65_A	221_A	0.690	0.13
74_T	169_F	0.689	0.13
201_I	253_R	0.689	0.13
116_I	153_G	0.686	0.13
88_T	213_I	0.684	0.12
32_T	238_E	0.683	0.12
55_M	139_A	0.682	0.12
17_A	230_L	0.681	0.12
11_G	73_A	0.680	0.12
18_T	201_I	0.677	0.12
124_T	264_H	0.677	0.12
248_D	289_I	0.676	0.12
20_L	41_I	0.675	0.12
109_A	225_D	0.672	0.12
27_Y	33_Y	0.671	0.12
198_M	268_A	0.666	0.12
9_I	122_L	0.666	0.12
58_L	62_E	0.665	0.12
34_V	200_F	0.663	0.12
154_S	280_N	0.663	0.12
178_N	254_V	0.662	0.12
7_P	247_R	0.661	0.12
170_D	250_N	0.659	0.12
139_A	258_V	0.657	0.12
57_A	271_I	0.657	0.12
116_I	288_F	0.657	0.12
16_I	41_I	0.655	0.12
43_L	104_E	0.655	0.12
50_L	284_M	0.654	0.12
83_E	94_E	0.649	0.12
48_A	131_L	0.649	0.12
88_T	118_I	0.647	0.12
24_K	54_I	0.646	0.12
40_H	285_P	0.645	0.12
269_V	289_I	0.644	0.12
109_A	283_R	0.644	0.12
64_T	263_H	0.640	0.12
146_L	161_D	0.639	0.12
21_Y	187_P	0.639	0.12
245_A	254_V	0.638	0.12
58_L	144_F	0.634	0.12
141_V	170_D	0.628	0.12
32_T	271_I	0.627	0.12
50_L	85_N	0.623	0.11
166_K	190_Q	0.620	0.11
91_D	241_L	0.617	0.11
47_A	53_I	0.613	0.11
145_L	258_V	0.612	0.11
214_A	247_R	0.612	0.11
54_I	63_F	0.611	0.11
164_Y	167_P	0.611	0.11
39_I	237_G	0.611	0.11
73_A	118_I	0.609	0.11
40_H	252_G	0.608	0.11
30_Y	72_A	0.607	0.11
26_D	110_F	0.607	0.11
67_T	185_G	0.604	0.11
127_A	135_A	0.604	0.11
134_W	287_E	0.604	0.11
61_E	242_T	0.604	0.11
47_A	114_N	0.602	0.11
210_A	262_I	0.600	0.11
163_E	266_E	0.599	0.11
26_D	217_G	0.599	0.11
42_A	64_T	0.596	0.11
63_F	112_S	0.596	0.11
59_L	226_V	0.596	0.11
121_A	146_L	0.596	0.11
226_V	247_R	0.595	0.11
246_K	268_A	0.595	0.11
101_T	257_F	0.594	0.11
188_E	191_E	0.594	0.11
147_A	282_I	0.592	0.11
79_V	239_P	0.591	0.11
118_I	143_C	0.590	0.11
62_E	124_T	0.588	0.11
22_M	129_V	0.587	0.11
123_L	131_L	0.586	0.11
10_A	213_I	0.586	0.11
119_F	156_L	0.584	0.11
152_S	239_P	0.579	0.11
235_D	249_L	0.576	0.11
60_Q	224_F	0.575	0.11
121_A	249_L	0.574	0.11
125_T	160_V	0.574	0.11
147_A	193_I	0.574	0.11
52_A	195_K	0.573	0.11
117_V	179_I	0.573	0.11
151_M	225_D	0.573	0.11
34_V	238_E	0.573	0.11
17_A	236_S	0.572	0.11
151_M	158_D	0.572	0.11
132_S	138_I	0.570	0.11
240_S	267_T	0.569	0.11
134_W	266_E	0.568	0.11
52_A	137_V	0.568	0.11
90_M	195_K	0.565	0.11
127_A	166_K	0.564	0.11
11_G	118_I	0.562	0.11
119_F	246_K	0.562	0.11
58_L	205_K	0.561	0.11
12_V	97_S	0.559	0.11
52_A	74_T	0.559	0.11
8_I	208_N	0.557	0.11
9_I	44_G	0.557	0.11
71_L	268_A	0.556	0.10
63_F	188_E	0.553	0.10
93_Y	202_L	0.551	0.10
89_Q	247_R	0.550	0.10
7_P	57_A	0.549	0.10
8_I	122_L	0.546	0.10
78_D	254_V	0.546	0.10
135_A	167_P	0.544	0.10
237_G	268_A	0.541	0.10
212_T	287_E	0.538	0.10
50_L	228_N	0.538	0.10
13_I	127_A	0.537	0.10
263_H	267_T	0.537	0.10
234_R	237_G	0.536	0.10
43_L	84_R	0.535	0.10
225_D	237_G	0.535	0.10
71_L	122_L	0.534	0.10
253_R	271_I	0.532	0.10
158_D	169_F	0.532	0.10
104_E	243_P	0.532	0.10
21_Y	270_Q	0.531	0.10
43_L	285_P	0.531	0.10
225_D	235_D	0.531	0.10
36_G	102_Y	0.531	0.10
136_A	209_S	0.530	0.10
211_A	258_V	0.529	0.10
130_F	155_V	0.526	0.10
138_I	162_I	0.526	0.10
26_D	40_H	0.525	0.10
123_L	146_L	0.523	0.10
92_S	138_I	0.518	0.10
94_E	136_A	0.516	0.10
36_G	83_E	0.516	0.10
58_L	191_E	0.515	0.10
178_N	195_K	0.512	0.10
6_Y	41_I	0.512	0.10
165_I	198_M	0.512	0.10
122_L	133_I	0.512	0.10
130_F	270_Q	0.511	0.10
222_I	258_V	0.510	0.10
141_V	145_L	0.510	0.10
91_D	108_I	0.509	0.10
263_H	274_N	0.507	0.10
12_V	188_E	0.506	0.10
191_E	230_L	0.505	0.10
5_I	234_R	0.505	0.10
49_G	147_A	0.502	0.10
42_A	118_I	0.502	0.10
160_V	238_E	0.500	0.10

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
2c7hA	1	0.2727	11.6	0.981	Contact Map
4xp4A	1	0.2626	9.2	0.981	Contact Map
4k0jA	3	0.1111	8.4	0.982	Contact Map
3af5A	1	0.431	8.3	0.982	Contact Map
4q4hB	1	0.9428	7.4	0.982	Contact Map
3qe7A	2	0.4276	6.7	0.983	Contact Map
2m8rA	1	0.2795	6	0.983	Contact Map
2micA	2	0.138	5.9	0.983	Contact Map
3vouA	4	0.2997	5.4	0.983	Contact Map
4px7A	1	0.2492	5.3	0.983	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0095 seconds.