YXIM - BACSU - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

YXIM - Uncharacterized esterase YxiM

UniProt:	P42304	Sequences: MKKWMAAVFVMMLMLCFGGIENVKAAEPKVYQFDFGSGSMEPGYIGVRASDRYDRSKGYGFQTPENMRDVAASGAGVKSDAVQFLAYGTKSNNTFNVDLPNGLYEVKVTLGNTARASVAAEGVFQVINMTGDGAEDTFQIPVTDGQLNLLVTEGKAGTAFTLSALKIKKLSDQPVTNRTIYVGGDSTVCNYYPLNSSKQAGWGQMLPHYIDKHTFQVRNMASGGQIARGFRNDGQLEAILKYIKPGDYFMLQLGINDTNPKHKESEAEFKEVMRDMIRQVKAKGADVILSTPQGRATDFTSEGIHSSVNRWYRASILALAEEEKTYLIDLNVLSSAYFTSIGPERTLGLYMDGDTLHPNRAGADALARLAVQELKRQGIAGF	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	382 (333)
Sequences:	273 (210)
Seq/√Len:	11.5

BACSU - YXIM

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
320_A	327_L	5.867	1.00
243_I	285_A	5.539	1.00
250_M	288_I	4.991	1.00
249_F	280_V	4.707	1.00
280_V	285_A	4.369	1.00
270_K	318_A	3.947	0.99
289_L	316_I	3.702	0.99
291_T	327_L	3.665	0.99
293_Q	334_S	3.176	0.96
181_Y	285_A	3.128	0.96
210_I	217_V	3.025	0.95
118_V	324_K	2.878	0.94
180_I	210_I	2.760	0.92
185_D	252_Q	2.730	0.92
191_Y	223_G	2.630	0.90
250_M	326_Y	2.585	0.90
206_L	252_Q	2.577	0.89
258_T	309_N	2.549	0.89
289_L	327_L	2.541	0.89
344_E	347_L	2.493	0.88
250_M	374_L	2.443	0.87
108_V	283_K	2.412	0.86
181_Y	243_I	2.354	0.84
51_D	57_K	2.321	0.84
335_S	339_T	2.273	0.82
255_I	295_R	2.263	0.82
53_Y	98_D	2.258	0.82
228_R	272_V	2.164	0.79
34_D	41_E	2.069	0.76
289_L	329_D	2.016	0.74
189_C	222_S	2.002	0.73
34_D	43_G	1.977	0.72
200_A	363_A	1.958	0.71
273_M	319_L	1.943	0.71
183_G	230_F	1.915	0.70
296_A	355_T	1.872	0.68
35_F	47_V	1.851	0.67
274_R	281_K	1.844	0.67
184_G	253_L	1.814	0.65
201_G	254_G	1.812	0.65
109_T	135_E	1.809	0.65
305_H	339_T	1.808	0.65
183_G	239_I	1.790	0.64
210_I	215_F	1.742	0.62
149_L	185_D	1.717	0.61
206_L	366_L	1.698	0.60
258_T	292_P	1.694	0.60
225_Q	233_D	1.667	0.58
244_K	301_S	1.653	0.58
120_A	138_F	1.653	0.58
277_I	323_E	1.616	0.56
270_K	322_E	1.616	0.56
185_D	189_C	1.600	0.55
338_F	366_L	1.599	0.55
34_D	38_G	1.597	0.55
276_M	322_E	1.594	0.55
265_S	276_M	1.590	0.55
278_R	323_E	1.575	0.54
235_Q	358_P	1.560	0.53
274_R	322_E	1.557	0.53
259_N	309_N	1.551	0.53
226_I	292_P	1.550	0.53
319_L	323_E	1.533	0.52
231_R	341_I	1.533	0.52
273_M	325_T	1.531	0.52
222_S	258_T	1.521	0.51
179_T	375_K	1.516	0.51
191_Y	199_Q	1.509	0.51
111_G	131_G	1.502	0.50
184_G	269_F	1.496	0.50
292_P	334_S	1.487	0.50
255_I	356_L	1.474	0.49
214_T	239_I	1.467	0.49
307_S	331_N	1.463	0.48
183_G	287_V	1.460	0.48
274_R	278_R	1.428	0.47
185_D	206_L	1.409	0.46
189_C	199_Q	1.404	0.46
204_Q	295_R	1.392	0.45
34_D	46_G	1.383	0.45
334_S	366_L	1.375	0.44
267_A	334_S	1.371	0.44
34_D	44_Y	1.371	0.44
365_A	368_R	1.351	0.43
245_P	322_E	1.346	0.43
124_F	208_H	1.339	0.42
188_V	221_A	1.333	0.42
340_S	377_Q	1.327	0.42
152_T	157_G	1.325	0.42
235_Q	253_L	1.316	0.41
288_I	306_S	1.314	0.41
298_D	306_S	1.312	0.41
162_L	165_L	1.300	0.41
243_I	249_F	1.293	0.40
273_M	316_I	1.291	0.40
253_L	315_S	1.287	0.40
199_Q	351_M	1.287	0.40
231_R	265_S	1.285	0.40
53_Y	58_G	1.276	0.39
198_K	358_P	1.273	0.39
180_I	377_Q	1.271	0.39
206_L	217_V	1.266	0.39
100_P	311_W	1.259	0.39
236_L	240_L	1.255	0.38
181_Y	239_I	1.241	0.38
103_L	179_T	1.238	0.38
269_F	329_D	1.237	0.38
111_G	296_A	1.223	0.37
52_R	56_S	1.218	0.37
287_V	329_D	1.212	0.36
190_N	259_N	1.203	0.36
221_A	230_F	1.199	0.36
43_G	47_V	1.199	0.36
255_I	269_F	1.187	0.35
223_G	259_N	1.184	0.35
53_Y	60_G	1.183	0.35
327_L	337_Y	1.177	0.35
183_G	249_F	1.175	0.35
292_P	309_N	1.166	0.34
56_S	180_I	1.165	0.34
279_Q	282_A	1.160	0.34
189_C	258_T	1.159	0.34
298_D	308_V	1.158	0.34
319_L	325_T	1.158	0.34
47_V	51_D	1.152	0.34
206_L	210_I	1.150	0.34
116_A	243_I	1.148	0.34
291_T	379_I	1.146	0.33
120_A	200_A	1.145	0.33
274_R	323_E	1.143	0.33
316_I	377_Q	1.135	0.33
334_S	350_Y	1.125	0.33
180_I	374_L	1.124	0.33
122_G	151_V	1.123	0.32
280_V	289_L	1.120	0.32
314_A	318_A	1.116	0.32
200_A	205_M	1.115	0.32
94_T	201_G	1.113	0.32
99_L	144_D	1.109	0.32
225_Q	276_M	1.101	0.32
307_S	328_I	1.100	0.31
44_Y	47_V	1.082	0.31
253_L	358_P	1.077	0.31
293_Q	366_L	1.077	0.31
258_T	331_N	1.063	0.30
151_V	162_L	1.060	0.30
33_F	43_G	1.050	0.29
181_Y	346_T	1.045	0.29
205_M	361_A	1.041	0.29
159_A	197_S	1.033	0.29
237_E	322_E	1.029	0.29
98_D	146_Q	1.029	0.29
299_F	320_A	1.024	0.28
209_Y	363_A	1.023	0.28
239_I	318_A	1.021	0.28
286_D	326_Y	1.020	0.28
255_I	259_N	1.019	0.28
185_D	289_L	1.017	0.28
190_N	281_K	1.012	0.28
267_A	322_E	1.011	0.28
35_F	95_F	1.006	0.28
331_N	335_S	1.006	0.28
172_D	190_N	1.004	0.28
216_Q	301_S	0.996	0.27
337_Y	341_I	0.992	0.27
346_T	351_M	0.991	0.27
53_Y	167_I	0.970	0.26
283_K	348_G	0.967	0.26
215_F	235_Q	0.965	0.26
45_I	182_V	0.964	0.26
209_Y	364_D	0.953	0.26
333_L	369_L	0.947	0.25
190_N	199_Q	0.942	0.25
198_K	235_Q	0.925	0.25
300_T	304_I	0.920	0.24
162_L	166_K	0.919	0.24
252_Q	334_S	0.919	0.24
299_F	327_L	0.917	0.24
190_N	339_T	0.916	0.24
130_T	211_D	0.915	0.24
106_V	118_V	0.911	0.24
337_Y	349_L	0.904	0.24
44_Y	56_S	0.903	0.24
262_H	283_K	0.902	0.24
266_E	311_W	0.902	0.24
102_G	184_G	0.900	0.24
185_D	329_D	0.898	0.24
85_L	108_V	0.897	0.24
137_T	379_I	0.896	0.24
184_G	188_V	0.895	0.23
45_I	207_P	0.889	0.23
294_G	309_N	0.889	0.23
209_Y	368_R	0.888	0.23
186_S	256_N	0.882	0.23
39_S	47_V	0.881	0.23
191_Y	341_I	0.877	0.23
206_L	319_L	0.876	0.23
244_K	283_K	0.869	0.23
41_E	46_G	0.865	0.22
53_Y	285_A	0.865	0.22
189_C	358_P	0.863	0.22
121_E	295_R	0.862	0.22
251_L	287_V	0.861	0.22
251_L	268_E	0.858	0.22
110_L	179_T	0.856	0.22
206_L	250_M	0.853	0.22
217_V	353_G	0.853	0.22
149_L	323_E	0.852	0.22
35_F	219_N	0.852	0.22
137_T	283_K	0.842	0.22
123_V	250_M	0.838	0.22
41_E	48_R	0.837	0.22
216_Q	269_F	0.837	0.22
185_D	217_V	0.835	0.21
288_I	376_R	0.833	0.21
270_K	314_A	0.825	0.21
179_T	368_R	0.822	0.21
251_L	283_K	0.814	0.21
157_G	165_L	0.814	0.21
231_R	272_V	0.811	0.21
61_F	374_L	0.811	0.21
49_A	288_I	0.808	0.21
180_I	215_F	0.806	0.20
302_E	306_S	0.805	0.20
201_G	238_A	0.800	0.20
102_G	204_Q	0.799	0.20
180_I	345_R	0.798	0.20
129_M	132_D	0.795	0.20
326_Y	370_A	0.795	0.20
185_D	360_R	0.793	0.20
228_R	280_V	0.792	0.20
274_R	292_P	0.791	0.20
44_Y	66_N	0.790	0.20
180_I	206_L	0.789	0.20
158_T	365_A	0.788	0.20
89_T	217_V	0.788	0.20
180_I	217_V	0.787	0.20
157_G	369_L	0.786	0.20
334_S	346_T	0.786	0.20
252_Q	293_Q	0.785	0.20
152_T	156_A	0.782	0.20
235_Q	338_F	0.776	0.20
262_H	267_A	0.776	0.20
153_E	156_A	0.776	0.20
37_S	69_D	0.773	0.19
226_I	268_E	0.772	0.19
39_S	46_G	0.772	0.19
201_G	341_I	0.766	0.19
268_E	322_E	0.765	0.19
217_V	378_G	0.763	0.19
372_Q	376_R	0.759	0.19
41_E	50_S	0.758	0.19
285_A	337_Y	0.758	0.19
268_E	318_A	0.758	0.19
190_N	223_G	0.756	0.19
42_P	48_R	0.755	0.19
46_G	57_K	0.751	0.19
269_F	295_R	0.750	0.19
53_Y	59_Y	0.750	0.19
145_G	151_V	0.749	0.19
184_G	259_N	0.744	0.19
199_Q	363_A	0.743	0.19
102_G	250_M	0.742	0.19
332_V	335_S	0.742	0.19
205_M	209_Y	0.742	0.19
168_K	180_I	0.738	0.18
307_S	319_L	0.738	0.18
94_T	227_A	0.733	0.18
248_Y	327_L	0.732	0.18
263_K	268_E	0.732	0.18
202_W	257_D	0.730	0.18
256_N	357_H	0.729	0.18
186_S	357_H	0.729	0.18
228_R	232_N	0.728	0.18
36_G	99_L	0.727	0.18
91_S	147_L	0.726	0.18
41_E	49_A	0.724	0.18
268_E	307_S	0.724	0.18
270_K	327_L	0.722	0.18
143_T	190_N	0.722	0.18
224_G	269_F	0.719	0.18
107_K	208_H	0.719	0.18
130_T	147_L	0.719	0.18
346_T	349_L	0.719	0.18
277_I	289_L	0.718	0.18
235_Q	360_R	0.717	0.18
39_S	42_P	0.715	0.18
183_G	227_A	0.714	0.18
207_P	299_F	0.713	0.18
54_D	301_S	0.711	0.18
191_Y	259_N	0.709	0.18
186_S	257_D	0.708	0.18
289_L	350_Y	0.706	0.17
36_G	41_E	0.706	0.17
236_L	276_M	0.705	0.17
236_L	316_I	0.704	0.17
101_N	136_D	0.704	0.17
271_E	323_E	0.703	0.17
132_D	281_K	0.702	0.17
171_S	377_Q	0.701	0.17
243_I	251_L	0.701	0.17
165_L	225_Q	0.699	0.17
111_G	116_A	0.699	0.17
97_V	100_P	0.696	0.17
237_E	244_K	0.695	0.17
48_R	55_R	0.693	0.17
116_A	308_V	0.692	0.17
79_S	82_V	0.687	0.17
319_L	331_N	0.686	0.17
126_V	378_G	0.686	0.17
288_I	374_L	0.684	0.17
195_N	294_G	0.683	0.17
152_T	238_A	0.681	0.17
224_G	295_R	0.680	0.17
201_G	252_Q	0.680	0.17
315_S	366_L	0.679	0.17
316_I	358_P	0.678	0.17
106_V	138_F	0.674	0.17
196_S	207_P	0.672	0.17
142_V	226_I	0.671	0.16
154_G	265_S	0.669	0.16
56_S	70_V	0.669	0.16
256_N	354_D	0.668	0.16
186_S	354_D	0.668	0.16
67_M	70_V	0.666	0.16
146_Q	167_I	0.666	0.16
235_Q	356_L	0.665	0.16
345_R	348_G	0.664	0.16
187_T	342_G	0.664	0.16
229_G	310_R	0.664	0.16
33_F	60_G	0.660	0.16
98_D	201_G	0.658	0.16
132_D	176_T	0.656	0.16
288_I	329_D	0.656	0.16
147_L	370_A	0.656	0.16
182_V	277_I	0.656	0.16
229_G	233_D	0.654	0.16
122_G	150_L	0.653	0.16
189_C	259_N	0.653	0.16
33_F	95_F	0.651	0.16
268_E	366_L	0.650	0.16
269_F	316_I	0.649	0.16
198_K	308_V	0.647	0.16
189_C	351_M	0.646	0.16
251_L	329_D	0.646	0.16
120_A	140_I	0.645	0.16
123_V	136_D	0.643	0.16
232_N	260_P	0.638	0.16
271_E	275_D	0.637	0.16
103_L	141_P	0.637	0.16
182_V	212_K	0.636	0.16
178_R	209_Y	0.635	0.16
189_C	223_G	0.635	0.16
214_T	251_L	0.635	0.16
183_G	374_L	0.630	0.15
47_V	95_F	0.630	0.15
56_S	370_A	0.627	0.15
227_A	269_F	0.627	0.15
116_A	128_N	0.627	0.15
37_S	55_R	0.626	0.15
106_V	190_N	0.625	0.15
136_D	249_F	0.625	0.15
228_R	251_L	0.622	0.15
249_F	289_L	0.617	0.15
112_N	270_K	0.616	0.15
227_A	276_M	0.614	0.15
205_M	364_D	0.614	0.15
170_L	239_I	0.612	0.15
180_I	303_G	0.612	0.15
228_R	270_K	0.611	0.15
245_P	282_A	0.607	0.15
221_A	296_A	0.607	0.15
227_A	293_Q	0.604	0.15
41_E	56_S	0.604	0.15
177_N	258_T	0.604	0.15
142_V	262_H	0.603	0.15
210_I	374_L	0.602	0.15
230_F	315_S	0.601	0.15
62_Q	150_L	0.601	0.15
230_F	362_G	0.600	0.15
237_E	276_M	0.599	0.15
312_Y	371_V	0.599	0.15
315_S	328_I	0.598	0.15
153_E	157_G	0.596	0.15
105_E	173_Q	0.596	0.15
39_S	340_S	0.595	0.15
240_L	283_K	0.595	0.15
348_G	351_M	0.594	0.15
262_H	272_V	0.593	0.14
198_K	226_I	0.593	0.14
201_G	227_A	0.588	0.14
117_S	251_L	0.587	0.14
226_I	309_N	0.586	0.14
289_L	331_N	0.586	0.14
202_W	252_Q	0.586	0.14
205_M	366_L	0.585	0.14
34_D	51_D	0.584	0.14
197_S	360_R	0.583	0.14
181_Y	276_M	0.583	0.14
142_V	269_F	0.578	0.14
231_R	289_L	0.577	0.14
115_R	251_L	0.577	0.14
42_P	52_R	0.576	0.14
39_S	48_R	0.576	0.14
199_Q	223_G	0.574	0.14
269_F	367_A	0.572	0.14
104_Y	186_S	0.572	0.14
104_Y	256_N	0.572	0.14
239_I	320_A	0.571	0.14
307_S	377_Q	0.571	0.14
209_Y	236_L	0.570	0.14
288_I	302_E	0.569	0.14
179_T	323_E	0.568	0.14
292_P	377_Q	0.568	0.14
67_M	146_Q	0.567	0.14
128_N	133_G	0.567	0.14
201_G	265_S	0.565	0.14
62_Q	96_N	0.564	0.14
36_G	211_D	0.563	0.14
374_L	378_G	0.563	0.14
269_F	312_Y	0.562	0.14
225_Q	339_T	0.561	0.14
181_Y	299_F	0.561	0.14
204_Q	255_I	0.560	0.14
201_G	293_Q	0.560	0.14
54_D	57_K	0.560	0.14
54_D	328_I	0.558	0.14
305_H	335_S	0.558	0.14
322_E	327_L	0.558	0.14
94_T	238_A	0.558	0.14
259_N	265_S	0.557	0.14
168_K	344_E	0.557	0.14
307_S	335_S	0.557	0.14
299_F	303_G	0.556	0.14
55_R	64_P	0.556	0.14
259_N	295_R	0.556	0.14
305_H	308_V	0.554	0.14
263_K	309_N	0.554	0.14
166_K	206_L	0.553	0.14
306_S	376_R	0.552	0.14
257_D	357_H	0.551	0.13
226_I	338_F	0.551	0.13
309_N	316_I	0.550	0.13
304_I	311_W	0.549	0.13
222_S	225_Q	0.549	0.13
351_M	358_P	0.549	0.13
43_G	46_G	0.547	0.13
184_G	235_Q	0.547	0.13
45_I	51_D	0.547	0.13
267_A	318_A	0.546	0.13
129_M	251_L	0.546	0.13
245_P	283_K	0.545	0.13
162_L	225_Q	0.545	0.13
121_E	160_F	0.544	0.13
152_T	201_G	0.543	0.13
252_Q	346_T	0.543	0.13
198_K	287_V	0.543	0.13
251_L	286_D	0.542	0.13
138_F	332_V	0.540	0.13
226_I	251_L	0.540	0.13
200_A	301_S	0.539	0.13
228_R	263_K	0.539	0.13
39_S	336_A	0.539	0.13
181_Y	210_I	0.539	0.13
274_R	370_A	0.539	0.13
269_F	356_L	0.536	0.13
183_G	233_D	0.535	0.13
186_S	247_D	0.534	0.13
247_D	256_N	0.534	0.13
35_F	43_G	0.532	0.13
157_G	238_A	0.531	0.13
182_V	254_G	0.531	0.13
149_L	266_E	0.531	0.13
228_R	262_H	0.529	0.13
331_N	377_Q	0.525	0.13
320_A	333_L	0.524	0.13
50_S	69_D	0.520	0.13
38_G	43_G	0.519	0.13
49_A	54_D	0.517	0.13
338_F	343_P	0.515	0.13
122_G	149_L	0.514	0.13
107_K	137_T	0.513	0.13
241_K	327_L	0.512	0.13
157_G	349_L	0.511	0.13
56_S	352_D	0.511	0.13
225_Q	350_Y	0.510	0.13
190_N	222_S	0.510	0.13
330_L	354_D	0.509	0.13
188_V	373_E	0.509	0.13
139_Q	332_V	0.509	0.13
354_D	357_H	0.508	0.13
308_V	358_P	0.507	0.13
251_L	289_L	0.507	0.13
342_G	354_D	0.506	0.12
141_P	162_L	0.506	0.12
235_Q	259_N	0.506	0.12
270_K	331_N	0.505	0.12
45_I	57_K	0.504	0.12
167_I	310_R	0.502	0.12
112_N	133_G	0.500	0.12

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
2o14A	1	0.9267	100	0.514	Contact Map
1k7cA	1	0.5157	100	0.772	Contact Map
4q7qA	1	0.5209	99.9	0.818	Contact Map
3rjtA	2	0.5131	99.9	0.818	Contact Map
4tx1A	5	0.4895	99.9	0.82	Contact Map
4jhlA	5	0.5236	99.9	0.82	Contact Map
3milA	2	0.5157	99.9	0.821	Contact Map
2q0qA	5	0.4895	99.9	0.824	Contact Map
1yzfA	1	0.4948	99.9	0.824	Contact Map
4q9aA	2	0.5236	99.9	0.825	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0109 seconds.