IDH - BACSU - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

IDH - Isocitrate dehydrogenase [NADP]

UniProt:	P39126	Sequences: MAQGEKITVSNGVLNVPNNPIIPFIEGDGTGPDIWNAASKVLEAAVEKAYKGEKKITWKEVYAGEKAYNKTGEWLPAETLDVIREYFIAIKGPLTTPVGGGIRSLNVALRQELDLFVCLRPVRYFTGVPSPVKRPEDTDMVIFRENTEDIYAGIEYAKGSEEVQKLISFLQNELNVNKIRFPETSGIGIKPVSEEGTSRLVRAAIDYAIEHGRKSVTLVHKGNIMKFTEGAFKNWGYELAEKEYGDKVFTWAQYDRIAEEQGKDAANKAQSEAEAAGKIIIKDSIADIFLQQILTRPNEFDVVATMNLNGDYISDALAAQVGGIGIAPGANINYETGHAIFEATHGTAPKYAGLDKVNPSSVILSGVLLLEHLGWNEAADLVIKSMEKTIASKVVTYDFARLMDGATEVKCSEFGEELIKNMD	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	423 (403)
Sequences:	749 (306)
Seq/√Len:	15.2

ECOLI - IDH DMLA LEU3
BACSU - IDH TTUC LEU3
HALSA - Q9HNZ7
SULSO - Q97WN0 LEU3

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
202_R	243_E	5.279	1.00
83_I	89_A	4.753	1.00
194_E	198_S	4.472	1.00
192_V	306_M	4.459	1.00
214_K	301_D	4.104	1.00
213_R	301_D	4.011	1.00
209_I	279_I	3.826	1.00
400_A	408_E	3.702	1.00
198_S	242_K	3.534	0.99
197_T	201_V	3.378	0.99
42_L	366_G	3.348	0.99
137_D	298_N	3.266	0.99
134_R	137_D	3.205	0.99
206_D	244_Y	3.190	0.99
166_L	174_L	3.160	0.99
37_A	415_G	3.082	0.98
6_K	85_E	3.014	0.98
206_D	210_E	2.948	0.98
168_S	172_N	2.942	0.98
62_Y	71_T	2.858	0.97
18_N	53_E	2.832	0.97
410_K	413_E	2.817	0.97
367_V	371_E	2.795	0.97
385_S	389_T	2.754	0.97
186_G	231_A	2.731	0.96
77_A	81_D	2.617	0.95
60_E	66_K	2.602	0.95
205_I	281_I	2.577	0.95
32_P	36_N	2.555	0.95
40_K	416_E	2.534	0.94
156_Y	174_L	2.520	0.94
198_S	238_E	2.412	0.93
165_K	173_E	2.399	0.93
370_L	378_A	2.383	0.92
385_S	388_K	2.345	0.92
351_Y	397_Y	2.333	0.91
56_I	370_L	2.296	0.91
201_V	239_L	2.289	0.91
371_E	380_D	2.288	0.91
389_T	421_N	2.275	0.90
351_Y	357_V	2.269	0.90
215_S	282_K	2.201	0.89
65_E	69_N	2.182	0.88
167_I	187_I	2.179	0.88
42_L	370_L	2.155	0.88
355_D	411_C	2.147	0.87
218_L	236_G	2.135	0.87
198_S	239_L	2.122	0.87
250_T	253_Q	2.002	0.83
182_P	195_E	1.999	0.83
288_I	300_F	1.967	0.82
385_S	418_L	1.960	0.82
73_E	77_A	1.956	0.82
289_F	313_I	1.930	0.81
203_A	334_Y	1.912	0.80
388_K	421_N	1.908	0.80
351_Y	401_R	1.845	0.78
397_Y	401_R	1.829	0.77
169_F	174_L	1.821	0.77
184_T	195_E	1.818	0.77
417_E	420_K	1.766	0.75
35_W	38_A	1.762	0.75
354_L	408_E	1.759	0.74
42_L	382_V	1.758	0.74
141_V	213_R	1.737	0.73
38_A	42_L	1.735	0.73
35_W	42_L	1.730	0.73
26_E	66_K	1.701	0.72
392_S	421_N	1.696	0.72
326_I	399_F	1.674	0.71
289_F	293_I	1.662	0.70
350_K	397_Y	1.656	0.70
416_E	419_I	1.635	0.69
109_L	340_I	1.631	0.68
394_V	417_E	1.622	0.68
182_P	185_S	1.620	0.68
356_K	408_E	1.611	0.67
249_F	257_I	1.610	0.67
140_M	317_L	1.608	0.67
292_Q	351_Y	1.585	0.66
249_F	254_Y	1.574	0.66
334_Y	337_G	1.547	0.64
371_E	383_I	1.523	0.63
288_I	292_Q	1.508	0.62
201_V	218_L	1.477	0.61
68_Y	71_T	1.477	0.61
156_Y	166_L	1.466	0.60
125_F	128_V	1.465	0.60
355_D	410_K	1.458	0.59
150_I	306_M	1.455	0.59
248_V	251_W	1.452	0.59
249_F	255_D	1.449	0.59
165_K	169_F	1.442	0.59
139_D	213_R	1.439	0.58
10_S	13_V	1.432	0.58
157_A	234_N	1.417	0.57
246_D	252_A	1.412	0.57
296_R	350_K	1.407	0.57
246_D	250_T	1.402	0.56
132_V	138_T	1.401	0.56
158_K	194_E	1.400	0.56
241_E	253_Q	1.381	0.55
59_K	78_E	1.379	0.55
357_V	397_Y	1.369	0.55
62_Y	70_K	1.366	0.54
150_I	192_V	1.353	0.54
200_L	304_A	1.352	0.54
205_I	216_V	1.351	0.54
59_K	62_Y	1.330	0.52
381_L	385_S	1.327	0.52
357_V	401_R	1.323	0.52
296_R	351_Y	1.321	0.52
234_N	238_E	1.309	0.51
10_S	15_N	1.303	0.51
394_V	409_V	1.295	0.50
393_K	405_G	1.292	0.50
259_E	273_A	1.292	0.50
160_S	163_V	1.284	0.50
49_A	381_L	1.271	0.49
293_I	313_I	1.260	0.48
273_A	276_A	1.234	0.47
390_I	395_V	1.225	0.46
38_A	366_G	1.222	0.46
250_T	276_A	1.219	0.46
251_W	284_S	1.208	0.45
251_W	254_Y	1.199	0.45
253_Q	273_A	1.198	0.45
203_A	337_G	1.197	0.45
129_P	399_F	1.175	0.44
273_A	277_G	1.162	0.43
236_G	304_A	1.159	0.43
296_R	299_E	1.156	0.43
253_Q	278_K	1.155	0.42
89_A	340_I	1.153	0.42
140_M	293_I	1.151	0.42
337_G	372_H	1.150	0.42
40_K	415_G	1.147	0.42
169_F	173_E	1.144	0.42
293_I	303_V	1.143	0.42
59_K	71_T	1.139	0.42
61_V	83_I	1.131	0.41
42_L	56_I	1.125	0.41
296_R	401_R	1.117	0.40
118_C	344_T	1.114	0.40
350_K	401_R	1.113	0.40
8_T	15_N	1.109	0.40
360_S	386_M	1.105	0.40
33_D	36_N	1.103	0.40
215_S	281_I	1.099	0.39
350_K	357_V	1.095	0.39
351_Y	355_D	1.091	0.39
201_V	236_G	1.088	0.39
63_A	75_L	1.084	0.39
367_V	383_I	1.081	0.38
102_I	108_A	1.078	0.38
258_A	273_A	1.075	0.38
258_A	275_A	1.074	0.38
40_K	419_I	1.074	0.38
203_A	333_N	1.070	0.38
219_V	305_T	1.062	0.37
333_N	337_G	1.061	0.37
246_D	277_G	1.059	0.37
167_I	185_S	1.059	0.37
30_T	362_V	1.056	0.37
254_Y	258_A	1.053	0.37
164_Q	167_I	1.049	0.37
246_D	278_K	1.042	0.36
194_E	242_K	1.033	0.36
251_W	273_A	1.031	0.36
56_I	378_A	1.030	0.36
32_P	353_G	1.027	0.36
400_A	409_V	1.026	0.36
246_D	251_W	1.018	0.35
250_T	278_K	1.016	0.35
164_Q	183_E	1.011	0.35
248_V	253_Q	1.011	0.35
218_L	304_A	1.008	0.35
293_I	316_A	1.008	0.35
139_D	301_D	1.007	0.35
274_E	280_I	1.005	0.34
56_I	373_L	0.996	0.34
293_I	300_F	0.995	0.34
169_F	176_V	0.995	0.34
202_R	244_Y	0.993	0.34
208_A	216_V	0.990	0.34
355_D	412_S	0.987	0.34
62_Y	68_Y	0.987	0.34
61_V	74_W	0.965	0.32
292_Q	296_R	0.963	0.32
241_E	249_F	0.959	0.32
201_V	304_A	0.955	0.32
296_R	397_Y	0.949	0.32
248_V	255_D	0.944	0.31
258_A	278_K	0.944	0.31
83_I	340_I	0.941	0.31
356_K	397_Y	0.939	0.31
293_I	317_L	0.934	0.31
38_A	362_V	0.933	0.31
249_F	253_Q	0.928	0.31
210_E	244_Y	0.927	0.31
254_Y	275_A	0.926	0.31
32_P	37_A	0.916	0.30
212_G	274_E	0.916	0.30
388_K	392_S	0.915	0.30
284_S	289_F	0.910	0.30
124_Y	320_Q	0.909	0.30
371_E	379_A	0.905	0.30
351_Y	412_S	0.905	0.30
184_T	231_A	0.902	0.29
180_R	195_E	0.901	0.29
249_F	280_I	0.899	0.29
123_R	383_I	0.897	0.29
249_F	273_A	0.897	0.29
212_G	277_G	0.896	0.29
386_M	418_L	0.895	0.29
169_F	175_N	0.895	0.29
34_I	343_A	0.894	0.29
158_K	184_T	0.892	0.29
241_E	248_V	0.891	0.29
39_S	43_E	0.890	0.29
9_V	87_F	0.889	0.29
41_V	363_I	0.888	0.29
30_T	357_V	0.887	0.29
386_M	389_T	0.878	0.28
74_W	95_T	0.877	0.28
332_I	337_G	0.876	0.28
389_T	415_G	0.873	0.28
87_F	203_A	0.872	0.28
32_P	35_W	0.871	0.28
74_W	102_I	0.870	0.28
253_Q	259_E	0.865	0.28
251_W	280_I	0.862	0.28
241_E	255_D	0.858	0.27
13_V	87_F	0.855	0.27
73_E	78_E	0.853	0.27
284_S	292_Q	0.848	0.27
138_T	233_K	0.846	0.27
186_G	201_V	0.846	0.27
259_E	275_A	0.844	0.27
168_S	177_N	0.840	0.27
350_K	355_D	0.837	0.26
142_I	403_M	0.836	0.26
19_N	57_T	0.834	0.26
43_E	55_K	0.834	0.26
251_W	276_A	0.826	0.26
81_D	85_E	0.826	0.26
239_L	242_K	0.825	0.26
33_D	397_Y	0.823	0.26
166_L	187_I	0.821	0.26
324_I	399_F	0.818	0.26
284_S	290_L	0.816	0.26
116_F	334_Y	0.815	0.25
389_T	417_E	0.812	0.25
87_F	333_N	0.811	0.25
160_S	186_G	0.810	0.25
249_F	275_A	0.809	0.25
393_K	399_F	0.803	0.25
126_T	387_E	0.794	0.25
206_D	209_I	0.792	0.25
366_G	370_L	0.792	0.25
33_D	412_S	0.790	0.24
238_E	242_K	0.790	0.24
296_R	355_D	0.790	0.24
113_L	302_V	0.789	0.24
108_A	112_E	0.787	0.24
332_I	338_H	0.786	0.24
184_T	333_N	0.786	0.24
254_Y	273_A	0.782	0.24
88_I	340_I	0.782	0.24
344_T	361_S	0.780	0.24
203_A	332_I	0.779	0.24
254_Y	257_I	0.779	0.24
132_V	201_V	0.779	0.24
251_W	255_D	0.778	0.24
36_N	71_T	0.778	0.24
24_F	43_E	0.778	0.24
133_K	391_A	0.774	0.24
202_R	239_L	0.773	0.24
249_F	256_R	0.773	0.24
246_D	255_D	0.769	0.24
23_P	86_Y	0.768	0.24
246_D	276_A	0.768	0.24
294_L	320_Q	0.767	0.23
296_R	402_L	0.767	0.23
249_F	278_K	0.766	0.23
44_A	419_I	0.766	0.23
157_A	160_S	0.766	0.23
179_I	290_L	0.764	0.23
369_L	373_L	0.760	0.23
83_I	87_F	0.760	0.23
39_S	416_E	0.759	0.23
35_W	362_V	0.758	0.23
212_G	258_A	0.756	0.23
288_I	360_S	0.754	0.23
35_W	366_G	0.754	0.23
292_Q	401_R	0.753	0.23
78_E	82_V	0.753	0.23
239_L	243_E	0.752	0.23
341_F	361_S	0.752	0.23
211_H	376_N	0.751	0.23
174_L	227_F	0.749	0.23
164_Q	168_S	0.749	0.23
108_A	373_L	0.744	0.23
124_Y	136_E	0.743	0.23
202_R	206_D	0.741	0.22
367_V	379_A	0.740	0.22
252_A	275_A	0.733	0.22
38_A	370_L	0.725	0.22
192_V	305_T	0.725	0.22
37_A	410_K	0.722	0.22
118_C	343_A	0.722	0.22
297_P	344_T	0.721	0.22
239_L	418_L	0.720	0.22
288_I	353_G	0.716	0.21
293_I	320_Q	0.716	0.21
370_L	379_A	0.716	0.21
241_E	273_A	0.714	0.21
250_T	273_A	0.713	0.21
212_G	276_A	0.711	0.21
32_P	38_A	0.710	0.21
168_S	173_E	0.710	0.21
234_N	354_L	0.705	0.21
68_Y	340_I	0.704	0.21
36_N	353_G	0.703	0.21
73_E	81_D	0.700	0.21
168_S	384_K	0.700	0.21
26_E	165_K	0.698	0.21
289_F	300_F	0.697	0.21
173_E	176_V	0.697	0.21
159_G	243_E	0.697	0.21
394_V	421_N	0.697	0.21
394_V	407_T	0.696	0.21
257_I	273_A	0.695	0.21
371_E	376_N	0.694	0.21
219_V	306_M	0.694	0.21
397_Y	412_S	0.691	0.21
253_Q	257_I	0.691	0.21
246_D	253_Q	0.690	0.20
78_E	369_L	0.690	0.20
252_A	278_K	0.689	0.20
337_G	340_I	0.688	0.20
62_Y	78_E	0.686	0.20
296_R	357_V	0.686	0.20
252_A	276_A	0.685	0.20
77_A	84_R	0.685	0.20
19_N	245_G	0.684	0.20
24_F	39_S	0.683	0.20
299_E	397_Y	0.682	0.20
373_L	416_E	0.682	0.20
274_E	277_G	0.680	0.20
37_A	40_K	0.678	0.20
80_L	112_E	0.677	0.20
253_Q	276_A	0.677	0.20
212_G	273_A	0.676	0.20
68_Y	75_L	0.676	0.20
250_T	254_Y	0.676	0.20
87_F	334_Y	0.675	0.20
418_L	422_M	0.675	0.20
117_V	333_N	0.673	0.20
299_E	401_R	0.673	0.20
61_V	89_A	0.672	0.20
249_F	259_E	0.672	0.20
251_W	277_G	0.670	0.20
197_T	306_M	0.669	0.20
8_T	238_E	0.668	0.20
251_W	278_K	0.667	0.20
11_N	242_K	0.667	0.20
248_V	252_A	0.666	0.20
179_I	324_I	0.665	0.20
24_F	35_W	0.665	0.20
367_V	380_D	0.664	0.20
35_W	39_S	0.662	0.19
166_L	169_F	0.661	0.19
87_F	338_H	0.660	0.19
117_V	150_I	0.660	0.19
332_I	372_H	0.658	0.19
163_V	187_I	0.658	0.19
22_I	86_Y	0.657	0.19
32_P	351_Y	0.655	0.19
156_Y	160_S	0.653	0.19
341_F	344_T	0.652	0.19
394_V	408_E	0.652	0.19
102_I	227_F	0.649	0.19
255_D	259_E	0.649	0.19
36_N	40_K	0.647	0.19
333_N	338_H	0.645	0.19
363_I	418_L	0.645	0.19
171_Q	183_E	0.644	0.19
5_E	19_N	0.644	0.19
248_V	278_K	0.644	0.19
73_E	117_V	0.641	0.19
399_F	406_A	0.641	0.19
38_A	368_L	0.640	0.19
384_K	388_K	0.637	0.19
355_D	397_Y	0.637	0.19
316_A	320_Q	0.637	0.19
37_A	354_L	0.637	0.19
33_D	389_T	0.635	0.19
134_R	298_N	0.633	0.18
9_V	13_V	0.633	0.18
50_Y	377_E	0.632	0.18
181_F	195_E	0.632	0.18
385_S	421_N	0.632	0.18
9_V	203_A	0.631	0.18
210_E	422_M	0.630	0.18
299_E	350_K	0.629	0.18
367_V	376_N	0.627	0.18
159_G	164_Q	0.626	0.18
181_F	324_I	0.626	0.18
21_I	82_V	0.624	0.18
132_V	294_L	0.624	0.18
290_L	324_I	0.624	0.18
289_F	303_V	0.623	0.18
118_C	318_A	0.622	0.18
30_T	386_M	0.622	0.18
68_Y	73_E	0.622	0.18
343_A	361_S	0.622	0.18
18_N	77_A	0.622	0.18
9_V	337_G	0.622	0.18
68_Y	74_W	0.621	0.18
252_A	273_A	0.620	0.18
392_S	417_E	0.619	0.18
399_F	408_E	0.617	0.18
30_T	83_I	0.616	0.18
54_K	377_E	0.615	0.18
124_Y	132_V	0.615	0.18
357_V	411_C	0.615	0.18
191_P	224_I	0.614	0.18
292_Q	397_Y	0.614	0.18
284_S	324_I	0.614	0.18
188_G	286_A	0.611	0.18
254_Y	259_E	0.610	0.18
219_V	326_I	0.610	0.18
404_D	418_L	0.610	0.18
250_T	259_E	0.610	0.18
397_Y	411_C	0.610	0.18
273_A	278_K	0.609	0.18
26_E	201_V	0.607	0.18
211_H	371_E	0.607	0.18
370_L	382_V	0.607	0.18
318_A	321_V	0.607	0.18
389_T	392_S	0.605	0.18
175_N	178_K	0.605	0.18
38_A	386_M	0.605	0.18
42_L	378_A	0.605	0.18
157_A	186_G	0.603	0.17
25_I	411_C	0.600	0.17
138_T	369_L	0.600	0.17
350_K	390_I	0.600	0.17
62_Y	67_A	0.600	0.17
255_D	277_G	0.599	0.17
165_K	174_L	0.598	0.17
141_V	207_Y	0.597	0.17
257_I	275_A	0.597	0.17
389_T	394_V	0.597	0.17
13_V	206_D	0.597	0.17
254_Y	278_K	0.596	0.17
33_D	351_Y	0.596	0.17
252_A	255_D	0.595	0.17
181_F	257_I	0.595	0.17
393_K	406_A	0.594	0.17
206_D	279_I	0.594	0.17
339_A	368_L	0.594	0.17
33_D	350_K	0.594	0.17
249_F	258_A	0.593	0.17
128_V	326_I	0.593	0.17
299_E	357_V	0.593	0.17
388_K	418_L	0.591	0.17
30_T	35_W	0.591	0.17
26_E	169_F	0.590	0.17
123_R	387_E	0.589	0.17
39_S	362_V	0.589	0.17
324_I	334_Y	0.589	0.17
300_F	353_G	0.588	0.17
248_V	277_G	0.587	0.17
288_I	403_M	0.586	0.17
291_Q	324_I	0.584	0.17
73_E	206_D	0.583	0.17
211_H	367_V	0.581	0.17
108_A	160_S	0.579	0.17
245_G	279_I	0.579	0.17
323_G	328_P	0.579	0.17
39_S	42_L	0.579	0.17
159_G	198_S	0.579	0.17
256_R	277_G	0.577	0.17
354_L	410_K	0.577	0.17
157_A	394_V	0.576	0.17
250_T	258_A	0.576	0.17
183_E	420_K	0.575	0.17
281_I	393_K	0.574	0.17
167_I	171_Q	0.573	0.17
205_I	240_A	0.573	0.17
247_K	388_K	0.572	0.16
255_D	273_A	0.571	0.16
35_W	68_Y	0.571	0.16
251_W	334_Y	0.571	0.16
184_T	238_E	0.570	0.16
139_D	298_N	0.570	0.16
306_M	326_I	0.568	0.16
289_F	353_G	0.568	0.16
84_R	238_E	0.568	0.16
254_Y	284_S	0.567	0.16
84_R	252_A	0.567	0.16
40_K	353_G	0.566	0.16
249_F	252_A	0.566	0.16
388_K	394_V	0.565	0.16
18_N	73_E	0.564	0.16
250_T	277_G	0.564	0.16
300_F	320_Q	0.562	0.16
32_P	71_T	0.561	0.16
372_H	419_I	0.560	0.16
47_E	168_S	0.559	0.16
117_V	300_F	0.558	0.16
23_P	61_V	0.558	0.16
109_L	387_E	0.558	0.16
12_G	87_F	0.558	0.16
181_F	290_L	0.558	0.16
98_V	288_I	0.558	0.16
67_A	76_P	0.557	0.16
6_K	10_S	0.557	0.16
111_Q	328_P	0.554	0.16
329_G	343_A	0.554	0.16
117_V	147_T	0.553	0.16
250_T	255_D	0.553	0.16
150_I	289_F	0.550	0.16
241_E	275_A	0.550	0.16
33_D	355_D	0.549	0.16
102_I	113_L	0.549	0.16
156_Y	418_L	0.548	0.16
251_W	257_I	0.547	0.16
11_N	15_N	0.547	0.16
321_V	344_T	0.544	0.16
51_K	422_M	0.544	0.16
251_W	258_A	0.544	0.16
219_V	303_V	0.543	0.16
170_L	193_S	0.543	0.16
288_I	357_V	0.543	0.16
399_F	403_M	0.542	0.16
87_F	340_I	0.542	0.16
395_V	399_F	0.541	0.16
334_Y	338_H	0.540	0.16
65_E	74_W	0.540	0.16
363_I	369_L	0.539	0.15
128_V	387_E	0.538	0.15
47_E	186_G	0.537	0.15
171_Q	179_I	0.536	0.15
125_F	387_E	0.535	0.15
318_A	343_A	0.534	0.15
198_S	241_E	0.534	0.15
161_E	164_Q	0.533	0.15
200_L	236_G	0.533	0.15
22_I	418_L	0.533	0.15
85_E	382_V	0.532	0.15
71_T	82_V	0.532	0.15
351_Y	356_K	0.530	0.15
224_I	323_G	0.529	0.15
288_I	299_E	0.528	0.15
197_T	368_L	0.528	0.15
162_E	172_N	0.527	0.15
218_L	281_I	0.527	0.15
246_D	254_Y	0.527	0.15
182_P	193_S	0.527	0.15
333_N	372_H	0.527	0.15
63_A	79_T	0.527	0.15
388_K	391_A	0.526	0.15
237_Y	283_D	0.526	0.15
47_E	407_T	0.525	0.15
140_M	303_V	0.525	0.15
259_E	276_A	0.525	0.15
186_G	197_T	0.525	0.15
401_R	412_S	0.525	0.15
166_L	313_I	0.524	0.15
241_E	251_W	0.523	0.15
117_V	284_S	0.523	0.15
9_V	12_G	0.521	0.15
385_S	411_C	0.521	0.15
233_K	409_V	0.520	0.15
52_G	377_E	0.520	0.15
188_G	227_F	0.520	0.15
171_Q	174_L	0.518	0.15
80_L	133_K	0.518	0.15
248_V	282_K	0.518	0.15
11_N	87_F	0.518	0.15
161_E	281_I	0.516	0.15
34_I	50_Y	0.516	0.15
87_F	337_G	0.513	0.15
38_A	378_A	0.512	0.15
37_A	356_K	0.511	0.15
88_I	164_Q	0.511	0.15
44_A	48_K	0.509	0.15
316_A	395_V	0.507	0.15
382_V	422_M	0.507	0.15
133_K	214_K	0.506	0.15
288_I	293_I	0.505	0.14
294_L	302_V	0.505	0.14
105_L	200_L	0.503	0.14
102_I	118_C	0.502	0.14
163_V	167_I	0.502	0.14
257_I	281_I	0.501	0.14
332_I	340_I	0.501	0.14
134_R	138_T	0.501	0.14
245_G	253_Q	0.501	0.14
35_W	334_Y	0.500	0.14
157_A	404_D	0.500	0.14

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
1hqsA	2	1	100	0.295	Contact Map
2d4vA	2	0.9929	100	0.306	Contact Map
1tyoA	2	0.9574	100	0.317	Contact Map
3dmsA	2	0.9551	100	0.32	Contact Map
2iv0A	2	0.9504	100	0.326	Contact Map
2e0cA	2	0.9314	100	0.329	Contact Map
2d1cA	2	0.8251	100	0.431	Contact Map
2uxqA	4	0.8747	100	0.433	Contact Map
3flkA	3	0.8132	100	0.438	Contact Map
4xxvA	2	0.8132	100	0.44	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0119 seconds.