YABE - BACSU - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

YABE - Uncharacterized protein YabE

UniProt:	P37546	Sequences: MGEREGRVDSLLDTLYNLSEEKEAFFITQKMKKLFSVKLSKSKVILVAACLLLAGSGTAYAAHELTKQSVSVSINGKKKHIRTHANTVGDLLETLDIKTRDEDKITPAKQTKITADMDVVYEAAKPVKLTINGEEKTLWSTAKTVGALLDEQDVDVKEQDQIDPAIDTDISKDMKINIEPAFQVTVNDAGKQKKIWTTSTTVADFLKQQKMNIKDEDKIKPALDAKLTKGKADITITRIEKVTDVVEEKIAFDVKKQEDASLEKGKEKVVQKGKEGKLKKHFEVVKENGKEVSRELVKEETAEQSKDKVIAVGTKQSSPKFETVSASGDSKTVVSRSNESTGKVMTVSSTAYTASCSGCSGHTATGVNLKNNPNAKVIAVDPNVIPLGSKVHVEGYGYAIAADTGSAIKGNKIDVFFPEKSSAYRWGNKTVKIKILN	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	437 (391)
Sequences:	260 (225)
Seq/√Len:	11.4

BACSU - YABE

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
415_V	426_W	4.519	1.00
356_C	359_C	4.278	1.00
349_S	417_F	4.147	0.99
349_S	415_V	3.938	0.99
274_K	303_E	3.770	0.99
419_E	422_S	3.602	0.98
347_V	433_I	3.505	0.98
367_V	402_A	3.490	0.98
291_E	294_R	3.089	0.96
349_S	426_W	2.724	0.92
384_V	411_N	2.677	0.91
346_T	432_K	2.562	0.89
255_K	307_D	2.490	0.87
401_A	404_T	2.470	0.87
392_H	434_K	2.455	0.87
273_G	276_G	2.397	0.85
396_Y	399_A	2.380	0.85
385_I	401_A	2.376	0.85
356_C	361_G	2.335	0.84
378_I	391_V	2.311	0.83
380_V	401_A	2.296	0.83
347_V	378_I	2.293	0.82
347_V	399_A	2.257	0.81
381_D	413_I	2.244	0.81
347_V	416_F	2.214	0.80
406_S	428_N	2.198	0.80
382_P	401_A	2.153	0.78
281_H	298_K	2.122	0.77
380_V	385_I	2.116	0.77
387_L	408_I	2.104	0.76
347_V	415_V	2.058	0.75
368_N	418_P	2.043	0.74
367_V	377_V	2.011	0.73
356_C	360_S	2.003	0.73
385_I	399_A	1.995	0.72
375_A	416_F	1.971	0.71
349_S	392_H	1.956	0.71
407_A	412_K	1.918	0.69
385_I	404_T	1.898	0.68
199_S	204_D	1.895	0.68
199_S	203_A	1.884	0.68
344_V	347_V	1.875	0.67
199_S	205_F	1.874	0.67
399_A	404_T	1.842	0.66
267_E	312_V	1.829	0.65
273_G	313_G	1.824	0.65
271_Q	309_V	1.816	0.65
396_Y	401_A	1.793	0.64
355_S	370_K	1.771	0.63
132_N	309_V	1.762	0.62
380_V	404_T	1.761	0.62
368_N	376_K	1.746	0.62
382_P	385_I	1.738	0.61
363_T	386_P	1.733	0.61
213_I	310_I	1.730	0.61
369_L	377_V	1.724	0.61
347_V	412_K	1.717	0.60
399_A	415_V	1.707	0.60
397_G	401_A	1.703	0.60
380_V	399_A	1.697	0.59
387_L	393_V	1.664	0.58
345_M	389_S	1.656	0.57
273_G	289_G	1.656	0.57
396_Y	404_T	1.653	0.57
386_P	405_G	1.630	0.56
390_K	398_Y	1.629	0.56
382_P	404_T	1.616	0.55
378_I	426_W	1.596	0.55
58_T	61_A	1.584	0.54
347_V	394_E	1.583	0.54
219_I	236_I	1.570	0.53
142_A	151_E	1.567	0.53
69_S	80_H	1.556	0.53
381_D	408_I	1.554	0.52
276_G	289_G	1.550	0.52
354_A	416_F	1.550	0.52
188_D	236_I	1.544	0.52
369_L	416_F	1.542	0.52
347_V	426_W	1.528	0.51
263_E	266_K	1.528	0.51
265_G	273_G	1.508	0.50
394_E	399_A	1.497	0.50
389_S	402_A	1.493	0.49
381_D	384_V	1.484	0.49
380_V	396_Y	1.482	0.49
138_L	148_L	1.478	0.49
397_G	404_T	1.467	0.48
384_V	401_A	1.460	0.48
385_I	396_Y	1.457	0.48
189_A	288_N	1.456	0.48
432_K	435_I	1.445	0.47
407_A	428_N	1.422	0.46
285_V	293_S	1.420	0.46
393_V	413_I	1.417	0.46
358_G	361_G	1.412	0.46
284_V	294_R	1.393	0.45
50_C	54_A	1.392	0.45
289_G	313_G	1.386	0.44
353_T	420_K	1.376	0.44
392_H	398_Y	1.376	0.44
354_A	389_S	1.375	0.44
393_V	434_K	1.373	0.44
225_A	261_S	1.348	0.42
53_L	59_A	1.343	0.42
385_I	408_I	1.340	0.42
348_S	412_K	1.336	0.42
399_A	431_V	1.319	0.41
217_D	289_G	1.314	0.41
405_G	414_D	1.312	0.41
217_D	313_G	1.308	0.41
380_V	408_I	1.308	0.41
380_V	397_G	1.303	0.40
139_W	307_D	1.290	0.40
381_D	387_L	1.285	0.39
262_L	390_K	1.282	0.39
329_D	333_V	1.280	0.39
384_V	408_I	1.279	0.39
297_V	305_S	1.271	0.39
351_A	397_G	1.270	0.39
370_K	416_F	1.262	0.38
375_A	402_A	1.257	0.38
385_I	397_G	1.255	0.38
352_Y	366_G	1.253	0.38
379_A	403_D	1.242	0.37
271_Q	340_S	1.233	0.37
386_P	414_D	1.230	0.37
218_K	287_E	1.227	0.37
401_A	408_I	1.222	0.37
53_L	73_S	1.199	0.36
344_V	390_K	1.191	0.35
274_K	306_K	1.190	0.35
414_D	427_G	1.185	0.35
386_P	403_D	1.179	0.35
353_T	401_A	1.176	0.35
219_I	223_L	1.172	0.34
366_G	403_D	1.170	0.34
382_P	397_G	1.167	0.34
152_Q	156_V	1.167	0.34
234_I	343_K	1.146	0.33
399_A	408_I	1.137	0.33
381_D	401_A	1.132	0.33
275_E	305_S	1.127	0.32
347_V	411_N	1.121	0.32
382_P	399_A	1.121	0.32
380_V	406_S	1.118	0.32
66_T	84_H	1.116	0.32
381_D	391_V	1.114	0.32
150_D	374_N	1.112	0.32
88_V	133_G	1.110	0.32
59_A	79_K	1.108	0.32
358_G	367_V	1.102	0.31
349_S	428_N	1.101	0.31
265_G	289_G	1.098	0.31
381_D	393_V	1.092	0.31
353_T	356_C	1.092	0.31
199_S	241_K	1.085	0.31
341_T	406_S	1.084	0.31
103_D	313_G	1.084	0.31
42_S	180_P	1.080	0.30
255_K	286_K	1.073	0.30
265_G	276_G	1.069	0.30
360_S	367_V	1.068	0.30
391_V	408_I	1.067	0.30
384_V	410_G	1.067	0.30
309_V	435_I	1.065	0.30
368_N	377_V	1.065	0.30
217_D	276_G	1.061	0.30
217_D	273_G	1.059	0.30
363_T	405_G	1.059	0.30
396_Y	431_V	1.057	0.29
49_A	53_L	1.057	0.29
393_V	408_I	1.056	0.29
376_K	415_V	1.055	0.29
276_G	285_V	1.051	0.29
202_V	289_G	1.048	0.29
127_V	297_V	1.047	0.29
401_A	413_I	1.046	0.29
146_G	304_Q	1.038	0.29
379_A	405_G	1.038	0.29
49_A	55_G	1.035	0.29
102_E	183_Q	1.033	0.28
150_D	153_D	1.031	0.28
268_K	429_K	1.030	0.28
276_G	313_G	1.030	0.28
244_D	296_L	1.028	0.28
384_V	399_A	1.027	0.28
45_I	48_A	1.025	0.28
347_V	381_D	1.024	0.28
344_V	416_F	1.023	0.28
202_V	217_D	1.020	0.28
379_A	386_P	1.020	0.28
103_D	217_D	1.019	0.28
392_H	399_A	1.018	0.28
363_T	416_F	1.017	0.28
49_A	165_A	1.007	0.27
389_S	400_I	0.997	0.27
48_A	57_G	0.997	0.27
366_G	405_G	0.995	0.27
348_S	428_N	0.993	0.27
376_K	396_Y	0.992	0.27
215_D	389_S	0.991	0.27
317_S	320_K	0.991	0.27
382_P	396_Y	0.991	0.27
331_K	335_S	0.990	0.27
42_S	56_S	0.988	0.27
380_V	384_V	0.987	0.27
391_V	434_K	0.987	0.27
50_C	53_L	0.986	0.27
105_I	138_L	0.986	0.27
130_T	184_V	0.980	0.26
349_S	408_I	0.979	0.26
354_A	358_G	0.977	0.26
378_I	413_I	0.977	0.26
395_G	405_G	0.974	0.26
403_D	414_D	0.971	0.26
300_E	389_S	0.971	0.26
148_L	164_P	0.970	0.26
288_N	313_G	0.970	0.26
381_D	411_N	0.968	0.26
148_L	170_I	0.964	0.26
400_I	426_W	0.962	0.26
344_V	434_K	0.962	0.26
98_K	298_K	0.959	0.26
289_G	294_R	0.956	0.26
352_Y	403_D	0.950	0.25
396_Y	429_K	0.948	0.25
366_G	379_A	0.947	0.25
380_V	431_V	0.944	0.25
425_R	433_I	0.943	0.25
350_T	407_A	0.940	0.25
401_A	431_V	0.937	0.25
109_K	422_S	0.934	0.25
191_K	215_D	0.934	0.25
392_H	402_A	0.933	0.25
42_S	54_A	0.933	0.25
360_S	416_F	0.932	0.25
237_T	287_E	0.931	0.25
247_E	296_L	0.931	0.25
103_D	206_L	0.928	0.24
93_E	272_K	0.925	0.24
53_L	101_D	0.923	0.24
399_A	411_N	0.921	0.24
408_I	428_N	0.920	0.24
286_K	291_E	0.916	0.24
376_K	402_A	0.914	0.24
181_A	198_T	0.912	0.24
387_L	404_T	0.911	0.24
112_K	400_I	0.910	0.24
136_K	268_K	0.907	0.24
367_V	400_I	0.906	0.24
212_N	303_E	0.903	0.24
257_Q	268_K	0.902	0.24
347_V	376_K	0.901	0.24
171_S	266_K	0.901	0.24
348_S	355_S	0.900	0.23
369_L	372_N	0.900	0.23
399_A	429_K	0.897	0.23
366_G	386_P	0.893	0.23
71_S	78_K	0.892	0.23
401_A	406_S	0.886	0.23
288_N	398_Y	0.885	0.23
291_E	436_L	0.883	0.23
277_K	303_E	0.877	0.23
376_K	434_K	0.876	0.23
205_F	245_V	0.875	0.23
393_V	426_W	0.875	0.23
381_D	385_I	0.875	0.23
385_I	428_N	0.869	0.22
394_E	397_G	0.869	0.22
347_V	396_Y	0.867	0.22
425_R	432_K	0.865	0.22
119_V	260_A	0.864	0.22
217_D	265_G	0.863	0.22
351_A	396_Y	0.862	0.22
202_V	313_G	0.860	0.22
384_V	407_A	0.856	0.22
265_G	269_V	0.854	0.22
408_I	411_N	0.851	0.22
290_K	295_E	0.849	0.22
397_G	408_I	0.849	0.22
202_V	206_L	0.845	0.22
353_T	380_V	0.845	0.22
339_E	429_K	0.844	0.22
53_L	114_T	0.843	0.22
54_A	86_N	0.843	0.22
305_S	309_V	0.842	0.22
62_A	68_Q	0.840	0.21
386_P	395_G	0.839	0.21
396_Y	415_V	0.838	0.21
369_L	434_K	0.838	0.21
53_L	407_A	0.837	0.21
172_K	426_W	0.836	0.21
53_L	80_H	0.836	0.21
260_A	422_S	0.836	0.21
72_V	80_H	0.836	0.21
350_T	378_I	0.836	0.21
52_L	55_G	0.835	0.21
384_V	431_V	0.830	0.21
341_T	374_N	0.829	0.21
391_V	410_G	0.828	0.21
366_G	388_G	0.827	0.21
351_A	401_A	0.827	0.21
285_V	289_G	0.826	0.21
349_S	404_T	0.824	0.21
344_V	432_K	0.822	0.21
370_K	377_V	0.821	0.21
392_H	401_A	0.821	0.21
248_E	304_Q	0.817	0.21
353_T	358_G	0.817	0.21
51_L	57_G	0.812	0.21
68_Q	207_K	0.810	0.20
353_T	399_A	0.806	0.20
75_N	123_A	0.805	0.20
163_D	227_L	0.804	0.20
378_I	433_I	0.803	0.20
270_V	294_R	0.802	0.20
394_E	404_T	0.802	0.20
394_E	432_K	0.800	0.20
225_A	316_Q	0.794	0.20
406_S	411_N	0.792	0.20
378_I	432_K	0.789	0.20
248_E	280_K	0.789	0.20
85_A	90_D	0.788	0.20
381_D	404_T	0.786	0.20
235_T	389_S	0.782	0.20
347_V	387_L	0.779	0.19
356_C	416_F	0.778	0.19
353_T	392_H	0.778	0.19
103_D	202_V	0.778	0.19
99_T	419_E	0.777	0.19
409_K	413_I	0.776	0.19
259_D	265_G	0.775	0.19
252_F	289_G	0.775	0.19
384_V	404_T	0.772	0.19
405_G	427_G	0.770	0.19
379_A	414_D	0.764	0.19
266_K	425_R	0.762	0.19
271_Q	308_K	0.760	0.19
363_T	423_A	0.760	0.19
401_A	407_A	0.759	0.19
131_I	207_K	0.758	0.19
89_G	93_E	0.758	0.19
352_Y	405_G	0.757	0.19
356_C	423_A	0.753	0.19
186_V	201_T	0.753	0.19
195_I	329_D	0.752	0.19
366_G	414_D	0.752	0.19
333_V	337_S	0.751	0.19
189_A	213_I	0.748	0.19
418_P	422_S	0.747	0.19
354_A	369_L	0.744	0.18
341_T	393_V	0.743	0.18
262_L	266_K	0.742	0.18
353_T	402_A	0.735	0.18
53_L	389_S	0.733	0.18
301_T	406_S	0.732	0.18
347_V	408_I	0.732	0.18
276_G	288_N	0.732	0.18
394_E	411_N	0.732	0.18
404_T	431_V	0.730	0.18
361_G	377_V	0.730	0.18
53_L	58_T	0.722	0.18
389_S	398_Y	0.720	0.18
57_G	61_A	0.718	0.18
56_S	224_D	0.717	0.18
202_V	265_G	0.716	0.18
377_V	416_F	0.712	0.18
344_V	399_A	0.710	0.17
103_D	276_G	0.710	0.17
60_Y	64_E	0.710	0.17
400_I	432_K	0.709	0.17
241_K	244_D	0.707	0.17
174_M	192_Q	0.704	0.17
380_V	407_A	0.704	0.17
216_E	256_K	0.704	0.17
80_H	150_D	0.703	0.17
364_A	387_L	0.703	0.17
113_I	277_K	0.701	0.17
339_E	419_E	0.700	0.17
408_I	431_V	0.696	0.17
48_A	389_S	0.696	0.17
48_A	55_G	0.696	0.17
242_V	245_V	0.693	0.17
351_A	380_V	0.690	0.17
408_I	413_I	0.690	0.17
88_V	140_S	0.689	0.17
107_P	111_T	0.687	0.17
411_N	416_F	0.686	0.17
77_K	81_I	0.685	0.17
359_C	423_A	0.684	0.17
229_K	412_K	0.684	0.17
135_E	298_K	0.684	0.17
309_V	317_S	0.683	0.17
74_I	95_L	0.681	0.17
134_E	341_T	0.679	0.17
376_K	394_E	0.677	0.17
70_V	349_S	0.676	0.17
351_A	427_G	0.667	0.16
103_D	289_G	0.666	0.16
353_T	365_T	0.666	0.16
202_V	273_G	0.664	0.16
48_A	71_S	0.664	0.16
347_V	432_K	0.663	0.16
354_A	367_V	0.662	0.16
310_I	313_G	0.662	0.16
401_A	411_N	0.662	0.16
386_P	427_G	0.662	0.16
161_Q	429_K	0.661	0.16
378_I	415_V	0.661	0.16
369_L	408_I	0.656	0.16
239_I	242_V	0.655	0.16
351_A	394_E	0.655	0.16
101_D	277_K	0.655	0.16
202_V	269_V	0.654	0.16
382_P	392_H	0.653	0.16
268_K	274_K	0.652	0.16
210_K	227_L	0.651	0.16
244_D	336_R	0.650	0.16
243_T	247_E	0.650	0.16
385_I	413_I	0.649	0.16
202_V	252_F	0.649	0.16
83_T	238_R	0.648	0.16
230_G	295_E	0.646	0.16
99_T	136_K	0.645	0.16
421_S	436_L	0.645	0.16
352_Y	379_A	0.645	0.16
402_A	436_L	0.644	0.16
53_L	57_G	0.644	0.16
298_K	301_T	0.644	0.16
237_T	311_A	0.644	0.16
392_H	396_Y	0.641	0.16
385_I	406_S	0.641	0.16
185_T	348_S	0.639	0.16
132_N	158_E	0.637	0.15
140_S	170_I	0.637	0.15
394_E	412_K	0.635	0.15
346_T	394_E	0.633	0.15
62_A	213_I	0.632	0.15
403_D	427_G	0.632	0.15
349_S	401_A	0.630	0.15
167_D	421_S	0.626	0.15
248_E	425_R	0.624	0.15
395_G	403_D	0.623	0.15
352_Y	386_P	0.621	0.15
58_T	62_A	0.620	0.15
349_S	381_D	0.616	0.15
182_F	200_T	0.616	0.15
152_Q	166_I	0.614	0.15
126_P	300_E	0.613	0.15
176_I	217_D	0.613	0.15
392_H	404_T	0.611	0.15
363_T	414_D	0.610	0.15
195_I	309_V	0.608	0.15
330_S	335_S	0.608	0.15
399_A	413_I	0.607	0.15
381_D	409_K	0.605	0.15
265_G	313_G	0.604	0.15
375_A	418_P	0.604	0.15
64_E	67_K	0.603	0.15
77_K	421_S	0.603	0.15
388_G	403_D	0.601	0.15
376_K	418_P	0.600	0.15
397_G	427_G	0.598	0.15
226_K	270_V	0.595	0.14
54_A	75_N	0.595	0.14
129_L	171_S	0.595	0.14
86_N	93_E	0.594	0.14
91_L	119_V	0.592	0.14
268_K	290_K	0.591	0.14
293_S	297_V	0.591	0.14
60_Y	86_N	0.591	0.14
138_L	164_P	0.590	0.14
67_K	84_H	0.590	0.14
401_A	412_K	0.589	0.14
67_K	369_L	0.588	0.14
245_V	369_L	0.588	0.14
206_L	273_G	0.587	0.14
384_V	406_S	0.587	0.14
347_V	393_V	0.586	0.14
227_L	232_A	0.586	0.14
351_A	385_I	0.586	0.14
394_E	401_A	0.584	0.14
252_F	265_G	0.584	0.14
222_A	250_I	0.584	0.14
401_A	410_G	0.583	0.14
365_T	406_S	0.582	0.14
368_N	391_V	0.582	0.14
46_L	57_G	0.582	0.14
53_L	60_Y	0.582	0.14
42_S	58_T	0.581	0.14
215_D	242_V	0.580	0.14
150_D	271_Q	0.580	0.14
413_I	432_K	0.580	0.14
394_E	431_V	0.580	0.14
261_S	267_E	0.580	0.14
272_K	286_K	0.577	0.14
61_A	65_L	0.576	0.14
163_D	222_A	0.572	0.14
283_E	339_E	0.570	0.14
122_E	125_K	0.569	0.14
43_K	60_Y	0.569	0.14
395_G	414_D	0.567	0.14
203_A	257_Q	0.567	0.14
54_A	180_P	0.565	0.14
290_K	348_S	0.564	0.14
416_F	434_K	0.563	0.14
78_K	116_D	0.563	0.14
115_A	295_E	0.562	0.14
308_K	348_S	0.562	0.14
176_I	394_E	0.561	0.14
376_K	391_V	0.560	0.14
202_V	205_F	0.559	0.14
252_F	273_G	0.559	0.14
115_A	315_K	0.559	0.14
202_V	276_G	0.558	0.14
426_W	431_V	0.557	0.14
97_I	103_D	0.557	0.14
272_K	355_S	0.557	0.14
174_M	389_S	0.557	0.14
293_S	307_D	0.556	0.14
353_T	413_I	0.556	0.14
244_D	247_E	0.555	0.14
171_S	426_W	0.554	0.13
151_E	314_T	0.552	0.13
363_T	403_D	0.552	0.13
380_V	413_I	0.551	0.13
350_T	413_I	0.549	0.13
397_G	431_V	0.549	0.13
62_A	126_P	0.549	0.13
381_D	397_G	0.549	0.13
47_V	51_L	0.548	0.13
393_V	405_G	0.547	0.13
140_S	387_L	0.547	0.13
51_L	55_G	0.547	0.13
417_F	426_W	0.546	0.13
251_A	275_E	0.546	0.13
213_I	217_D	0.544	0.13
384_V	413_I	0.543	0.13
307_D	313_G	0.543	0.13
351_A	382_P	0.542	0.13
262_L	289_G	0.540	0.13
54_A	62_A	0.540	0.13
57_G	167_D	0.540	0.13
171_S	263_E	0.539	0.13
58_T	81_I	0.539	0.13
127_V	176_I	0.539	0.13
336_R	389_S	0.538	0.13
352_Y	388_G	0.536	0.13
110_Q	137_T	0.534	0.13
345_M	435_I	0.534	0.13
151_E	234_I	0.534	0.13
230_G	250_I	0.533	0.13
352_Y	395_G	0.532	0.13
352_Y	427_G	0.531	0.13
152_Q	194_K	0.531	0.13
92_L	176_I	0.531	0.13
368_N	393_V	0.530	0.13
68_Q	305_S	0.530	0.13
138_L	389_S	0.530	0.13
387_L	401_A	0.529	0.13
49_A	82_R	0.527	0.13
86_N	105_I	0.527	0.13
426_W	429_K	0.524	0.13
391_V	413_I	0.523	0.13
215_D	355_S	0.521	0.13
385_I	407_A	0.520	0.13
48_A	167_D	0.520	0.13
282_F	288_N	0.519	0.13
125_K	393_V	0.519	0.13
135_E	146_G	0.518	0.13
392_H	416_F	0.518	0.13
353_T	412_K	0.516	0.13
359_C	416_F	0.512	0.13
49_A	71_S	0.512	0.13
103_D	145_V	0.511	0.13
65_L	409_K	0.509	0.12
90_D	94_T	0.508	0.12
322_E	329_D	0.506	0.12
215_D	321_F	0.506	0.12
352_Y	414_D	0.506	0.12
290_K	378_I	0.506	0.12
213_I	236_I	0.505	0.12
304_Q	428_N	0.503	0.12
54_A	57_G	0.503	0.12
416_F	419_E	0.502	0.12
127_V	268_K	0.500	0.12

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
4wjtA	2	0.2426	100	0.723	Contact Map
2ae0X	1	0.6407	99.9	0.816	Contact Map
2pnwA	1	0.5789	99.8	0.846	Contact Map
2g5dA	1	0.5584	99.7	0.857	Contact Map
3czbA	2	0.6224	99.7	0.858	Contact Map
3eo5A	1	0.3684	99.5	0.883	Contact Map
4fuoA	2	0.4416	99.3	0.891	Contact Map
2ltjA	1	0.2471	99.1	0.902	Contact Map
4fzqA	4	0.1808	99.1	0.903	Contact Map
4wveA	1	0.4485	98.9	0.91	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0116 seconds.