YAAC - BACSU - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

YAAC - Uncharacterized protein YaaC

UniProt:	P37526	Sequences: MTYHEWKDLALFYSVESTQKFLEKVYILNGINDAKKNSFKNSERFIYFLKHAESFYKQAAYSPLEIKPILLFYGMAQLIKACLITRDPHYPSHTSVLAHGVTTRKRKKQNYCFSDDEVKIQRNGLCVHFMKHLFGQSDIVDERYTMKKLLMAIPELSDIFYFQQKERFMTKVEKDKNEIFVPEEVVINYKMSDSRFAEYMSHHYQWSFTKKNEHGLLFEISPQDKEPWTSTSLLFDMEKNQYYIPSQREQFLRLPEMTIHYLILYNVGMIARYETEWWYELLTQHISDDYVLIQQFLLVSEKKFPKYASQFLLHF	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	315 (306)
Sequences:	119 (107)
Seq/√Len:	6.1

BACSU - YAAC

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
69_I	271_A	3.782	0.92
56_Y	296_F	3.781	0.92
191_M	195_R	3.338	0.86
63_P	270_I	2.971	0.78
109_Q	270_I	2.964	0.78
181_V	200_M	2.953	0.77
53_E	67_K	2.935	0.77
65_E	83_L	2.863	0.75
101_V	262_L	2.657	0.69
129_F	258_T	2.561	0.66
296_F	300_S	2.543	0.65
156_L	181_V	2.536	0.65
58_Q	271_A	2.489	0.64
271_A	279_Y	2.444	0.62
263_I	268_G	2.403	0.61
102_T	165_K	2.396	0.61
216_L	259_I	2.385	0.60
181_V	244_I	2.361	0.59
146_M	266_N	2.333	0.58
51_H	146_M	2.332	0.58
186_V	196_F	2.288	0.57
72_F	277_W	2.249	0.55
187_I	192_S	2.228	0.55
65_E	127_V	2.173	0.53
256_E	303_K	2.169	0.53
51_H	266_N	2.124	0.51
15_V	43_E	2.109	0.50
87_D	122_R	2.087	0.50
52_A	130_M	2.051	0.48
108_K	119_K	2.025	0.47
51_H	82_C	2.004	0.47
113_F	146_M	1.998	0.46
19_Q	41_N	1.984	0.46
93_H	249_E	1.932	0.44
153_I	303_K	1.931	0.44
78_L	262_L	1.910	0.43
12_F	205_Q	1.896	0.43
196_F	244_I	1.891	0.43
41_N	48_F	1.838	0.41
98_A	266_N	1.826	0.40
19_Q	245_P	1.823	0.40
159_I	292_L	1.810	0.40
83_L	93_H	1.801	0.40
21_F	42_S	1.794	0.39
67_K	122_R	1.774	0.39
12_F	87_D	1.768	0.38
44_R	48_F	1.761	0.38
130_M	308_A	1.751	0.38
39_F	115_D	1.740	0.38
160_F	235_F	1.723	0.37
266_N	277_W	1.723	0.37
283_T	287_S	1.711	0.37
52_A	192_S	1.696	0.36
87_D	128_H	1.692	0.36
134_F	277_W	1.684	0.36
186_V	192_S	1.684	0.36
113_F	293_I	1.610	0.33
12_F	195_R	1.590	0.33
98_A	146_M	1.588	0.33
72_F	265_Y	1.580	0.32
22_L	26_Y	1.578	0.32
77_Q	287_S	1.577	0.32
98_A	277_W	1.574	0.32
113_F	266_N	1.545	0.31
154_P	289_D	1.530	0.31
191_M	199_Y	1.516	0.30
76_A	133_L	1.489	0.30
81_A	125_L	1.463	0.29
12_F	199_Y	1.459	0.29
108_K	265_Y	1.454	0.29
43_E	63_P	1.434	0.28
83_L	282_L	1.433	0.28
86_R	196_F	1.426	0.28
19_Q	109_Q	1.411	0.27
56_Y	300_S	1.395	0.27
58_Q	63_P	1.386	0.27
151_M	244_I	1.378	0.26
276_E	280_E	1.372	0.26
37_N	126_C	1.369	0.26
59_A	192_S	1.360	0.26
43_E	270_I	1.351	0.26
14_S	101_V	1.351	0.26
262_L	277_W	1.341	0.25
68_P	104_R	1.331	0.25
172_V	243_Y	1.307	0.24
51_H	289_D	1.307	0.24
160_F	292_L	1.302	0.24
119_K	266_N	1.299	0.24
102_T	142_E	1.286	0.24
263_I	271_A	1.281	0.24
94_T	109_Q	1.276	0.24
39_F	76_A	1.272	0.24
158_D	241_Q	1.268	0.23
85_T	101_V	1.254	0.23
74_G	121_Q	1.249	0.23
76_A	114_S	1.247	0.23
130_M	306_K	1.245	0.23
51_H	77_Q	1.242	0.23
249_E	309_S	1.235	0.23
98_A	291_V	1.227	0.22
119_K	265_Y	1.226	0.22
14_S	265_Y	1.221	0.22
35_K	50_K	1.221	0.22
134_F	274_E	1.213	0.22
21_F	31_I	1.211	0.22
54_S	271_A	1.210	0.22
112_C	308_A	1.203	0.22
27_I	310_Q	1.202	0.22
133_L	196_F	1.199	0.22
90_Y	121_Q	1.189	0.21
74_G	90_Y	1.189	0.21
11_L	112_C	1.184	0.21
260_H	305_P	1.182	0.21
131_K	137_S	1.179	0.21
184_E	263_I	1.178	0.21
153_I	287_S	1.174	0.21
62_S	225_K	1.173	0.21
77_Q	295_Q	1.172	0.21
44_R	141_D	1.159	0.21
44_R	53_E	1.152	0.21
95_S	102_T	1.151	0.21
283_T	286_I	1.146	0.20
37_N	143_R	1.145	0.20
111_Y	297_L	1.144	0.20
172_V	181_V	1.140	0.20
141_D	156_L	1.134	0.20
160_F	280_E	1.128	0.20
143_R	265_Y	1.126	0.20
138_D	280_E	1.121	0.20
15_V	270_I	1.112	0.20
218_F	299_V	1.109	0.20
143_R	190_K	1.101	0.19
249_E	308_A	1.097	0.19
77_Q	283_T	1.089	0.19
72_F	266_N	1.088	0.19
275_T	296_F	1.081	0.19
77_Q	285_H	1.081	0.19
114_S	268_G	1.079	0.19
17_S	39_F	1.073	0.19
34_A	133_L	1.070	0.19
67_K	130_M	1.070	0.19
265_Y	276_E	1.070	0.19
72_F	262_L	1.069	0.19
19_Q	94_T	1.065	0.19
76_A	279_Y	1.062	0.19
172_V	298_L	1.058	0.18
232_S	291_V	1.052	0.18
55_F	140_V	1.050	0.18
8_D	309_S	1.043	0.18
233_L	259_I	1.042	0.18
120_I	235_F	1.041	0.18
48_F	94_T	1.038	0.18
265_Y	281_L	1.031	0.18
72_F	98_A	1.026	0.18
76_A	118_V	1.025	0.18
33_D	290_Y	1.022	0.18
15_V	109_Q	1.021	0.18
11_L	17_S	1.020	0.18
6_W	53_E	1.019	0.18
21_F	25_V	1.019	0.18
102_T	280_E	1.014	0.18
195_R	199_Y	1.014	0.18
34_A	165_K	1.013	0.18
102_T	243_Y	1.005	0.17
59_A	71_L	1.003	0.17
72_F	276_E	1.003	0.17
23_E	79_I	1.001	0.17
41_N	258_T	0.998	0.17
156_L	172_V	0.997	0.17
19_Q	303_K	0.995	0.17
16_E	141_D	0.992	0.17
232_S	236_D	0.991	0.17
6_W	12_F	0.989	0.17
51_H	92_S	0.985	0.17
62_S	219_E	0.979	0.17
196_F	200_M	0.976	0.17
90_Y	269_M	0.973	0.17
78_L	82_C	0.972	0.17
19_Q	95_S	0.969	0.17
8_D	271_A	0.967	0.17
67_K	156_L	0.962	0.16
38_S	172_V	0.961	0.16
191_M	270_I	0.961	0.16
245_P	289_D	0.960	0.16
92_S	192_S	0.960	0.16
14_S	134_F	0.959	0.16
158_D	167_R	0.957	0.16
123_N	142_E	0.954	0.16
49_L	125_L	0.953	0.16
72_F	108_K	0.952	0.16
167_R	216_L	0.947	0.16
139_I	308_A	0.943	0.16
192_S	233_L	0.939	0.16
29_N	208_F	0.939	0.16
75_M	234_L	0.934	0.16
59_A	87_D	0.933	0.16
226_E	233_L	0.923	0.16
21_F	206_W	0.922	0.16
93_H	299_V	0.921	0.16
64_L	158_D	0.920	0.16
66_I	144_Y	0.919	0.16
75_M	304_F	0.916	0.16
103_T	193_D	0.913	0.16
102_T	286_I	0.904	0.15
127_V	136_Q	0.904	0.15
122_R	141_D	0.902	0.15
48_F	187_I	0.897	0.15
11_L	39_F	0.896	0.15
79_I	129_F	0.891	0.15
43_E	47_Y	0.887	0.15
62_S	201_S	0.886	0.15
110_N	255_P	0.879	0.15
74_G	269_M	0.874	0.15
121_Q	269_M	0.874	0.15
77_Q	234_L	0.868	0.15
171_K	235_F	0.863	0.15
114_S	168_F	0.860	0.15
122_R	248_R	0.853	0.14
49_L	81_A	0.851	0.14
15_V	283_T	0.848	0.14
66_I	242_Y	0.848	0.14
186_V	268_G	0.843	0.14
195_R	270_I	0.842	0.14
97_L	111_Y	0.841	0.14
7_K	167_R	0.838	0.14
98_A	143_R	0.832	0.14
21_F	60_A	0.832	0.14
243_Y	248_R	0.824	0.14
58_Q	270_I	0.822	0.14
115_D	258_T	0.809	0.14
79_I	123_N	0.808	0.14
77_Q	144_Y	0.807	0.14
45_F	105_K	0.806	0.14
50_K	109_Q	0.804	0.14
39_F	268_G	0.802	0.14
255_P	270_I	0.799	0.14
76_A	129_F	0.797	0.13
102_T	254_L	0.796	0.13
153_I	156_L	0.796	0.13
103_T	235_F	0.783	0.13
15_V	58_Q	0.782	0.13
75_M	136_Q	0.775	0.13
261_Y	265_Y	0.775	0.13
90_Y	116_D	0.768	0.13
44_R	279_Y	0.764	0.13
22_L	45_F	0.764	0.13
26_Y	45_F	0.764	0.13
215_G	241_Q	0.759	0.13
51_H	98_A	0.758	0.13
93_H	263_I	0.750	0.13
13_Y	136_Q	0.749	0.13
12_F	122_R	0.747	0.13
81_A	256_E	0.745	0.13
55_F	285_H	0.743	0.13
108_K	113_F	0.743	0.13
279_Y	285_H	0.743	0.13
14_S	42_S	0.742	0.13
113_F	119_K	0.740	0.13
140_V	270_I	0.734	0.12
66_I	214_H	0.733	0.12
90_Y	105_K	0.726	0.12
82_C	312_L	0.725	0.12
153_I	257_M	0.724	0.12
41_N	94_T	0.724	0.12
256_E	307_Y	0.723	0.12
159_I	254_L	0.722	0.12
271_A	290_Y	0.719	0.12
266_N	291_V	0.712	0.12
50_K	270_I	0.711	0.12
89_H	102_T	0.708	0.12
233_L	237_M	0.705	0.12
39_F	93_H	0.705	0.12
297_L	307_Y	0.705	0.12
157_S	244_I	0.704	0.12
87_D	199_Y	0.704	0.12
271_A	285_H	0.703	0.12
116_D	269_M	0.703	0.12
75_M	299_V	0.702	0.12
181_V	252_L	0.699	0.12
134_F	262_L	0.699	0.12
82_C	108_K	0.698	0.12
75_M	182_P	0.697	0.12
266_N	274_E	0.694	0.12
81_A	105_K	0.694	0.12
47_Y	143_R	0.692	0.12
49_L	113_F	0.688	0.12
293_I	303_K	0.686	0.12
39_F	189_Y	0.682	0.12
83_L	301_E	0.682	0.12
194_S	240_N	0.681	0.12
220_I	288_D	0.680	0.12
96_V	244_I	0.680	0.12
52_A	56_Y	0.678	0.12
85_T	185_V	0.677	0.12
116_D	121_Q	0.675	0.12
74_G	116_D	0.675	0.12
48_F	232_S	0.674	0.12
17_S	63_P	0.671	0.12
136_Q	283_T	0.671	0.12
51_H	118_V	0.668	0.11
105_K	269_M	0.665	0.11
118_V	239_K	0.664	0.11
151_M	263_I	0.662	0.11
131_K	208_F	0.658	0.11
135_G	190_K	0.656	0.11
92_S	311_F	0.654	0.11
110_N	287_S	0.654	0.11
237_M	271_A	0.653	0.11
110_N	150_L	0.653	0.11
38_S	290_Y	0.651	0.11
56_Y	101_V	0.647	0.11
181_V	234_L	0.647	0.11
7_K	32_N	0.646	0.11
67_K	191_M	0.643	0.11
93_H	120_I	0.643	0.11
17_S	163_Q	0.642	0.11
98_A	265_Y	0.642	0.11
39_F	129_F	0.641	0.11
12_F	218_F	0.641	0.11
189_Y	284_Q	0.640	0.11
12_F	163_Q	0.639	0.11
37_N	92_S	0.635	0.11
118_V	125_L	0.634	0.11
151_M	184_E	0.634	0.11
143_R	291_V	0.634	0.11
105_K	121_Q	0.633	0.11
74_G	105_K	0.633	0.11
132_H	283_T	0.630	0.11
7_K	29_N	0.629	0.11
9_L	163_Q	0.627	0.11
9_L	213_E	0.626	0.11
65_E	77_Q	0.625	0.11
28_L	216_L	0.622	0.11
14_S	289_D	0.621	0.11
264_L	277_W	0.620	0.11
185_V	225_K	0.620	0.11
110_N	259_I	0.614	0.11
13_Y	150_L	0.614	0.11
16_E	114_S	0.614	0.11
50_K	94_T	0.613	0.11
62_S	297_L	0.612	0.11
160_F	271_A	0.612	0.11
66_I	255_P	0.611	0.11
18_T	289_D	0.608	0.11
194_S	201_S	0.606	0.11
35_K	242_Y	0.606	0.11
274_E	277_W	0.604	0.11
63_P	108_K	0.602	0.11
146_M	289_D	0.601	0.11
18_T	123_N	0.599	0.11
166_E	214_H	0.598	0.10
43_E	191_M	0.597	0.10
52_A	200_M	0.588	0.10
10_A	242_Y	0.587	0.10
15_V	306_K	0.586	0.10
67_K	110_N	0.583	0.10
25_V	127_V	0.583	0.10
57_K	169_M	0.582	0.10
56_Y	261_Y	0.582	0.10
29_N	224_D	0.581	0.10
233_L	275_T	0.580	0.10
167_R	298_L	0.580	0.10
55_F	265_Y	0.580	0.10
38_S	191_M	0.578	0.10
63_P	265_Y	0.576	0.10
67_K	282_L	0.576	0.10
105_K	276_E	0.576	0.10
178_E	208_F	0.576	0.10
246_S	254_L	0.574	0.10
39_F	217_L	0.573	0.10
108_K	270_I	0.572	0.10
28_L	263_I	0.570	0.10
50_K	63_P	0.569	0.10
86_R	204_Y	0.567	0.10
79_I	224_D	0.566	0.10
212_N	302_K	0.565	0.10
79_I	166_E	0.565	0.10
117_E	121_Q	0.564	0.10
74_G	117_E	0.564	0.10
133_L	137_S	0.562	0.10
27_I	184_E	0.561	0.10
141_D	251_F	0.561	0.10
50_K	143_R	0.560	0.10
181_V	239_K	0.560	0.10
41_N	109_Q	0.558	0.10
12_F	179_I	0.558	0.10
98_A	290_Y	0.557	0.10
234_L	271_A	0.556	0.10
235_F	308_A	0.554	0.10
56_Y	182_P	0.551	0.10
62_S	247_Q	0.550	0.10
82_C	262_L	0.550	0.10
39_F	228_W	0.549	0.10
96_V	255_P	0.549	0.10
107_K	273_Y	0.547	0.10
100_G	272_R	0.547	0.10
100_G	124_G	0.547	0.10
91_P	99_H	0.547	0.10
99_H	107_K	0.547	0.10
100_G	107_K	0.547	0.10
99_H	278_W	0.547	0.10
99_H	273_Y	0.547	0.10
99_H	272_R	0.547	0.10
99_H	124_G	0.547	0.10
273_Y	278_W	0.547	0.10
272_R	278_W	0.547	0.10
100_G	273_Y	0.547	0.10
107_K	278_W	0.547	0.10
107_K	272_R	0.547	0.10
91_P	272_R	0.547	0.10
91_P	124_G	0.547	0.10
91_P	273_Y	0.547	0.10
91_P	278_W	0.547	0.10
100_G	278_W	0.547	0.10
91_P	107_K	0.547	0.10
91_P	100_G	0.547	0.10
107_K	124_G	0.547	0.10
124_G	278_W	0.547	0.10
73_Y	272_R	0.547	0.10
73_Y	91_P	0.547	0.10
73_Y	100_G	0.547	0.10
73_Y	124_G	0.547	0.10
73_Y	278_W	0.547	0.10
124_G	273_Y	0.547	0.10
124_G	272_R	0.547	0.10
73_Y	273_Y	0.547	0.10
73_Y	107_K	0.547	0.10
73_Y	99_H	0.547	0.10
163_Q	263_I	0.546	0.10
102_T	259_I	0.545	0.10
16_E	259_I	0.545	0.10
40_K	192_S	0.545	0.10
108_K	293_I	0.543	0.10
229_T	263_I	0.542	0.10
130_M	258_T	0.541	0.10
20_K	27_I	0.537	0.10
266_N	289_D	0.537	0.10
153_I	180_F	0.533	0.10
158_D	219_E	0.531	0.10
26_Y	74_G	0.531	0.10
187_I	190_K	0.531	0.10
22_L	74_G	0.531	0.10
22_L	121_Q	0.531	0.10
26_Y	121_Q	0.531	0.10
119_K	245_P	0.527	0.10
177_N	263_I	0.527	0.10
83_L	243_Y	0.525	0.10
27_I	178_E	0.522	0.10
78_L	111_Y	0.518	0.09
13_Y	279_Y	0.518	0.09
155_E	303_K	0.514	0.09
150_L	155_E	0.512	0.09
40_K	310_Q	0.510	0.09
101_V	182_P	0.510	0.09
84_I	141_D	0.505	0.09
140_V	289_D	0.505	0.09
92_S	300_S	0.501	0.09
122_R	301_E	0.500	0.09
113_F	125_L	0.500	0.09

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
2kpaA	1	0.0794	11.4	0.98	Contact Map
1yfbA	2	0.1619	9.8	0.981	Contact Map
2fi0A	1	0.2444	9.3	0.981	Contact Map
2k53A	1	0.2222	6.1	0.982	Contact Map
2l9bB	1	0.0889	5.9	0.983	Contact Map
2k5eA	1	0.2317	5.4	0.983	Contact Map
4g9jC	1	0.0413	3.9	0.984	Contact Map
3o27A	2	0.1778	3.1	0.985	Contact Map
3te4A	1	0.1873	3	0.985	Contact Map
2lktA	1	0.1714	3	0.985	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0096 seconds.