GPR - BACSU - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

GPR - Germination protease

UniProt:	P22322	Sequences: MKKSELDVNQYLIRTDLAVETKEAMANQQAVPTKEIKGFIEKERDHGGIKIRTVDVTKEGAELSGKKEGRYLTLEAQGIRENDSEMQEKVSAVFAEEFSAFLENLNISKDASCLIVGLGNWNVTPDALGPMAVENLLVTRHLFKLQPENVQEGYRPVSAFAPGVMGITGIETSDIIKGVIEQSKPDFVIAIDALAARAVERVNTTIQISDTGIHPGSGVGNKRKDLSKDTLGVPVIAIGVPTVVDAVTIASDTVDYILKHFGREMKDNRPSRSLVPAGMTFGKKKVLTEDDLPDQKQRQSFLGIVGTLQEDEKRQLIHEVLSPLGHNLMVTPKEVDSFIDDMANVLANGLNTALHEKVSQENKGSYNH	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	368 (353)
Sequences:	153 (103)
Seq/√Len:	5.5

BACSU - GPR

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
160_F	240_V	4.670	0.97
108_S	111_A	4.374	0.95
47_G	89_K	2.900	0.72
138_V	154_Y	2.838	0.70
115_I	136_L	2.758	0.68
56_V	302_L	2.712	0.66
92_A	229_D	2.628	0.64
61_A	180_I	2.499	0.60
209_S	261_F	2.479	0.59
35_E	188_V	2.440	0.58
82_N	240_V	2.406	0.57
181_E	184_K	2.349	0.55
68_E	188_V	2.308	0.53
91_S	360_Q	2.275	0.52
56_V	240_V	2.254	0.51
180_I	233_V	2.188	0.49
87_Q	341_D	2.184	0.49
295_Q	358_V	2.153	0.48
125_P	193_A	2.146	0.48
72_L	98_F	2.092	0.46
258_L	302_L	2.084	0.46
40_I	57_T	2.075	0.45
115_I	257_I	2.071	0.45
56_V	64_S	2.055	0.45
132_A	191_I	2.034	0.44
94_F	101_F	1.993	0.43
160_F	179_V	1.991	0.42
143_F	150_V	1.954	0.41
75_E	80_R	1.951	0.41
57_T	340_D	1.945	0.41
79_I	174_D	1.826	0.37
98_F	350_L	1.826	0.37
208_I	350_L	1.825	0.37
257_I	305_V	1.796	0.36
13_I	228_K	1.792	0.36
247_V	255_D	1.789	0.36
138_V	240_V	1.749	0.35
238_I	311_D	1.747	0.35
61_A	154_Y	1.747	0.35
39_F	52_R	1.721	0.34
51_I	85_E	1.720	0.34
59_E	62_E	1.719	0.34
196_A	299_Q	1.718	0.34
127_A	361_E	1.709	0.33
72_L	101_F	1.708	0.33
248_T	256_Y	1.697	0.33
305_V	361_E	1.693	0.33
48_G	284_K	1.688	0.33
128_L	339_I	1.684	0.33
79_I	93_V	1.680	0.33
76_A	90_V	1.678	0.33
183_S	208_I	1.668	0.32
113_C	187_F	1.666	0.32
122_N	134_E	1.661	0.32
310_E	315_Q	1.641	0.31
39_F	267_D	1.625	0.31
132_A	179_V	1.624	0.31
103_E	115_I	1.624	0.31
105_L	236_I	1.621	0.31
63_L	238_I	1.616	0.31
58_K	68_E	1.616	0.31
49_I	280_T	1.601	0.30
184_K	228_K	1.598	0.30
259_K	320_V	1.597	0.30
257_I	315_Q	1.593	0.30
208_I	286_V	1.592	0.30
135_N	344_N	1.581	0.30
88_E	345_V	1.581	0.30
31_V	131_M	1.573	0.30
127_A	132_A	1.571	0.29
99_S	106_N	1.568	0.29
254_V	320_V	1.565	0.29
204_T	209_S	1.557	0.29
45_D	358_V	1.555	0.29
144_K	305_V	1.542	0.29
136_L	240_V	1.539	0.29
301_F	304_I	1.530	0.28
165_M	196_A	1.524	0.28
94_F	98_F	1.523	0.28
140_R	208_I	1.518	0.28
289_E	346_L	1.514	0.28
102_L	348_N	1.510	0.28
115_I	154_Y	1.493	0.27
31_V	359_S	1.485	0.27
48_G	133_V	1.479	0.27
59_E	103_E	1.470	0.27
74_L	146_Q	1.466	0.27
196_A	248_T	1.459	0.26
152_E	226_L	1.456	0.26
52_R	161_A	1.446	0.26
32_P	35_E	1.445	0.26
240_V	345_V	1.440	0.26
145_L	170_I	1.434	0.26
154_Y	357_K	1.433	0.26
138_V	248_T	1.432	0.26
78_G	87_Q	1.427	0.26
90_V	94_F	1.424	0.25
79_I	259_K	1.417	0.25
208_I	288_T	1.404	0.25
9_N	90_V	1.400	0.25
31_V	35_E	1.388	0.25
196_A	357_K	1.385	0.24
82_N	136_L	1.376	0.24
62_E	266_K	1.367	0.24
67_K	227_S	1.360	0.24
112_S	151_Q	1.359	0.24
253_T	327_N	1.354	0.24
52_R	301_F	1.353	0.24
247_V	250_A	1.344	0.23
78_G	90_V	1.344	0.23
61_A	68_E	1.328	0.23
133_V	159_A	1.320	0.23
52_R	318_H	1.312	0.23
84_S	297_Q	1.310	0.23
76_A	204_T	1.304	0.23
39_F	352_T	1.300	0.22
32_P	52_R	1.290	0.22
132_A	346_L	1.285	0.22
36_I	362_N	1.281	0.22
259_K	327_N	1.280	0.22
155_R	187_F	1.274	0.22
44_R	256_Y	1.269	0.22
100_A	115_I	1.266	0.22
11_Y	302_L	1.264	0.22
105_L	136_L	1.262	0.22
51_I	191_I	1.256	0.21
62_E	65_G	1.256	0.21
101_F	208_I	1.252	0.21
305_V	346_L	1.246	0.21
67_K	253_T	1.233	0.21
63_L	315_Q	1.231	0.21
154_Y	248_T	1.228	0.21
240_V	283_K	1.220	0.21
219_V	253_T	1.216	0.20
67_K	174_D	1.214	0.20
76_A	346_L	1.210	0.20
32_P	92_A	1.206	0.20
199_V	286_V	1.204	0.20
61_A	85_E	1.202	0.20
201_R	205_T	1.197	0.20
198_A	259_K	1.196	0.20
201_R	244_V	1.189	0.20
240_V	301_F	1.185	0.20
17_L	20_E	1.173	0.20
19_V	177_K	1.164	0.19
32_P	85_E	1.162	0.19
36_I	50_K	1.159	0.19
161_A	289_E	1.155	0.19
59_E	275_V	1.150	0.19
247_V	329_M	1.148	0.19
233_V	359_S	1.147	0.19
23_E	106_N	1.145	0.19
264_E	342_M	1.145	0.19
38_G	197_R	1.143	0.19
111_A	146_Q	1.141	0.19
39_F	64_S	1.139	0.19
250_A	329_M	1.130	0.19
61_A	211_T	1.130	0.19
115_I	310_E	1.128	0.19
31_V	89_K	1.122	0.18
34_K	115_I	1.121	0.18
49_I	175_I	1.117	0.18
140_R	144_K	1.117	0.18
94_F	211_T	1.112	0.18
116_V	178_G	1.112	0.18
28_Q	110_D	1.112	0.18
187_F	354_L	1.111	0.18
74_L	240_V	1.106	0.18
160_F	182_Q	1.106	0.18
128_L	157_V	1.105	0.18
264_E	287_L	1.101	0.18
12_L	25_M	1.100	0.18
51_I	238_I	1.096	0.18
35_E	348_N	1.084	0.18
75_E	191_I	1.081	0.18
175_I	179_V	1.079	0.18
257_I	296_K	1.077	0.18
77_Q	180_I	1.072	0.17
55_D	191_I	1.068	0.17
37_K	74_L	1.068	0.17
88_E	108_S	1.062	0.17
98_F	101_F	1.057	0.17
23_E	33_T	1.056	0.17
78_G	123_V	1.054	0.17
136_L	154_Y	1.052	0.17
25_M	94_F	1.047	0.17
155_R	355_H	1.047	0.17
121_W	204_T	1.042	0.17
259_K	329_M	1.039	0.17
294_D	297_Q	1.038	0.17
64_S	345_V	1.031	0.17
13_I	226_L	1.026	0.17
250_A	255_D	1.022	0.17
57_T	309_Q	1.009	0.16
102_L	226_L	1.004	0.16
37_K	63_L	1.004	0.16
40_I	339_I	0.998	0.16
98_F	226_L	0.997	0.16
35_E	41_E	0.996	0.16
270_P	329_M	0.992	0.16
45_D	48_G	0.991	0.16
306_G	327_N	0.991	0.16
295_Q	299_Q	0.976	0.16
115_I	138_V	0.970	0.16
142_L	152_E	0.968	0.16
78_G	86_M	0.967	0.16
76_A	180_I	0.963	0.15
228_K	284_K	0.958	0.15
90_V	132_A	0.957	0.15
127_A	253_T	0.956	0.15
160_F	294_D	0.956	0.15
34_K	52_R	0.956	0.15
244_V	252_D	0.954	0.15
146_Q	196_A	0.953	0.15
98_F	132_A	0.952	0.15
91_S	101_F	0.949	0.15
144_K	294_D	0.949	0.15
195_A	244_V	0.948	0.15
144_K	152_E	0.946	0.15
40_I	261_F	0.945	0.15
28_Q	37_K	0.944	0.15
31_V	136_L	0.944	0.15
78_G	341_D	0.941	0.15
103_E	109_K	0.939	0.15
16_D	20_E	0.938	0.15
19_V	180_I	0.938	0.15
180_I	226_L	0.937	0.15
289_E	297_Q	0.929	0.15
64_S	302_L	0.928	0.15
56_V	335_V	0.927	0.15
32_P	286_V	0.923	0.15
155_R	354_L	0.922	0.15
31_V	55_D	0.916	0.15
191_I	357_K	0.912	0.15
275_V	279_M	0.907	0.14
31_V	85_E	0.904	0.14
10_Q	177_K	0.901	0.14
258_L	340_D	0.900	0.14
31_V	309_Q	0.900	0.14
261_F	329_M	0.900	0.14
93_V	176_I	0.897	0.14
290_D	299_Q	0.892	0.14
26_A	146_Q	0.886	0.14
56_V	211_T	0.884	0.14
147_P	204_T	0.877	0.14
190_A	345_V	0.870	0.14
88_E	180_I	0.869	0.14
56_V	138_V	0.867	0.14
121_W	134_E	0.865	0.14
101_F	167_I	0.864	0.14
37_K	266_K	0.863	0.14
38_G	60_G	0.861	0.14
48_G	86_M	0.860	0.14
322_S	360_Q	0.857	0.14
83_D	275_V	0.853	0.14
166_G	328_L	0.853	0.14
240_V	356_E	0.849	0.14
70_R	91_S	0.848	0.14
50_K	97_E	0.845	0.13
31_V	144_K	0.838	0.13
153_G	205_T	0.837	0.13
132_A	301_F	0.836	0.13
278_G	326_H	0.835	0.13
102_L	261_F	0.835	0.13
14_R	17_L	0.830	0.13
34_K	361_E	0.829	0.13
135_N	340_D	0.825	0.13
31_V	45_D	0.825	0.13
91_S	356_E	0.821	0.13
31_V	361_E	0.819	0.13
337_S	340_D	0.815	0.13
144_K	357_K	0.815	0.13
25_M	140_R	0.812	0.13
338_F	358_V	0.812	0.13
75_E	158_S	0.807	0.13
75_E	322_S	0.802	0.13
11_Y	236_I	0.801	0.13
101_F	140_R	0.799	0.13
229_D	290_D	0.797	0.13
84_S	229_D	0.794	0.13
64_S	229_D	0.793	0.13
62_E	70_R	0.787	0.13
52_R	57_T	0.787	0.13
161_A	343_A	0.785	0.13
22_K	32_P	0.782	0.12
245_D	329_M	0.778	0.12
225_D	273_S	0.775	0.12
40_I	360_Q	0.775	0.12
55_D	305_V	0.775	0.12
94_F	349_G	0.773	0.12
64_S	144_K	0.773	0.12
286_V	289_E	0.772	0.12
198_A	326_H	0.772	0.12
196_A	285_K	0.771	0.12
77_Q	165_M	0.770	0.12
294_D	357_K	0.768	0.12
159_A	186_D	0.768	0.12
131_M	339_I	0.759	0.12
29_Q	74_L	0.759	0.12
40_I	257_I	0.757	0.12
59_E	358_V	0.757	0.12
39_F	359_S	0.756	0.12
180_I	188_V	0.755	0.12
35_E	104_N	0.755	0.12
24_A	39_F	0.754	0.12
46_H	111_A	0.748	0.12
56_V	82_N	0.747	0.12
12_L	356_E	0.746	0.12
137_L	358_V	0.745	0.12
109_K	356_E	0.745	0.12
51_I	348_N	0.745	0.12
105_L	135_N	0.743	0.12
189_I	302_L	0.742	0.12
97_E	208_I	0.741	0.12
151_Q	307_T	0.741	0.12
135_N	208_I	0.740	0.12
67_K	176_I	0.740	0.12
142_L	327_N	0.739	0.12
271_S	358_V	0.738	0.12
188_V	345_V	0.735	0.12
253_T	263_R	0.733	0.12
309_Q	346_L	0.729	0.12
46_H	63_L	0.729	0.12
19_V	346_L	0.726	0.12
46_H	115_I	0.725	0.12
76_A	81_E	0.724	0.12
337_S	341_D	0.723	0.12
331_T	349_G	0.722	0.12
222_K	254_V	0.719	0.12
310_E	359_S	0.718	0.12
63_L	348_N	0.717	0.12
91_S	337_S	0.717	0.12
67_K	225_D	0.715	0.12
42_K	261_F	0.713	0.12
133_V	208_I	0.712	0.11
136_L	279_M	0.710	0.11
11_Y	105_L	0.707	0.11
52_R	283_K	0.706	0.11
94_F	208_I	0.705	0.11
327_N	351_N	0.703	0.11
227_S	259_K	0.703	0.11
225_D	309_Q	0.702	0.11
156_P	266_K	0.702	0.11
180_I	357_K	0.698	0.11
59_E	294_D	0.696	0.11
82_N	87_Q	0.694	0.11
106_N	238_I	0.692	0.11
264_E	276_P	0.692	0.11
35_E	64_S	0.691	0.11
103_E	359_S	0.689	0.11
90_V	339_I	0.686	0.11
227_S	271_S	0.686	0.11
195_A	219_V	0.685	0.11
64_S	240_V	0.684	0.11
52_R	302_L	0.683	0.11
55_D	362_N	0.678	0.11
251_S	329_M	0.678	0.11
199_V	342_M	0.677	0.11
45_D	361_E	0.677	0.11
9_N	138_V	0.676	0.11
98_F	322_S	0.675	0.11
84_S	92_A	0.674	0.11
148_E	277_A	0.673	0.11
257_I	301_F	0.673	0.11
45_D	108_S	0.670	0.11
29_Q	238_I	0.667	0.11
81_E	146_Q	0.667	0.11
64_S	190_A	0.667	0.11
79_I	198_A	0.666	0.11
224_K	313_K	0.666	0.11
56_V	263_R	0.666	0.11
79_I	309_Q	0.665	0.11
209_S	262_G	0.665	0.11
74_L	315_Q	0.664	0.11
50_K	345_V	0.661	0.11
147_P	293_P	0.660	0.11
32_P	42_K	0.658	0.11
74_L	296_K	0.655	0.11
74_L	92_A	0.654	0.11
250_A	259_K	0.653	0.11
102_L	295_Q	0.652	0.11
92_A	285_K	0.648	0.11
138_V	206_I	0.648	0.11
9_N	318_H	0.647	0.11
25_M	229_D	0.645	0.11
34_K	340_D	0.645	0.11
256_Y	311_D	0.645	0.11
65_G	326_H	0.642	0.11
106_N	115_I	0.641	0.11
59_E	108_S	0.641	0.11
45_D	50_K	0.640	0.11
134_E	261_F	0.639	0.11
10_Q	70_R	0.635	0.10
196_A	199_V	0.635	0.10
283_K	348_N	0.633	0.10
178_G	248_T	0.633	0.10
87_Q	200_E	0.632	0.10
34_K	315_Q	0.632	0.10
49_I	134_E	0.631	0.10
139_T	308_L	0.631	0.10
74_L	324_L	0.631	0.10
307_T	339_I	0.629	0.10
166_G	330_V	0.628	0.10
86_M	350_L	0.628	0.10
106_N	176_I	0.626	0.10
26_A	32_P	0.625	0.10
109_K	359_S	0.623	0.10
9_N	167_I	0.623	0.10
72_L	211_T	0.622	0.10
257_I	311_D	0.621	0.10
175_I	305_V	0.620	0.10
146_Q	302_L	0.619	0.10
153_G	331_T	0.619	0.10
107_I	349_G	0.616	0.10
96_E	269_R	0.612	0.10
202_V	224_K	0.612	0.10
123_V	197_R	0.610	0.10
222_K	328_L	0.609	0.10
45_D	85_E	0.608	0.10
318_H	324_L	0.608	0.10
143_F	157_V	0.606	0.10
31_V	34_K	0.604	0.10
61_A	231_L	0.604	0.10
28_Q	31_V	0.603	0.10
219_V	232_G	0.597	0.10
272_R	277_A	0.597	0.10
61_A	273_S	0.596	0.10
196_A	294_D	0.594	0.10
101_F	135_N	0.593	0.10
77_Q	250_A	0.592	0.10
66_K	245_D	0.590	0.10
15_T	205_T	0.587	0.10
253_T	259_K	0.586	0.10
88_E	238_I	0.586	0.10
92_A	296_K	0.585	0.10
35_E	99_S	0.584	0.10
220_G	243_V	0.583	0.10
35_E	268_N	0.581	0.10
37_K	47_G	0.580	0.10
335_V	349_G	0.580	0.10
84_S	250_A	0.579	0.10
157_V	355_H	0.579	0.10
51_I	107_I	0.577	0.10
76_A	86_M	0.577	0.10
200_E	256_Y	0.576	0.10
32_P	196_A	0.575	0.10
11_Y	112_S	0.574	0.10
240_V	289_E	0.574	0.10
81_E	284_K	0.573	0.10
338_F	342_M	0.572	0.10
72_L	307_T	0.571	0.10
90_V	167_I	0.571	0.10
135_N	337_S	0.571	0.10
94_F	161_A	0.571	0.10
116_V	339_I	0.570	0.10
135_N	227_S	0.568	0.10
79_I	350_L	0.567	0.10
80_R	204_T	0.566	0.10
177_K	191_I	0.565	0.10
227_S	329_M	0.565	0.10
208_I	265_M	0.563	0.10
63_L	361_E	0.563	0.10
154_Y	287_L	0.562	0.10
63_L	103_E	0.562	0.10
88_E	362_N	0.556	0.10
158_S	183_S	0.555	0.09
92_A	138_V	0.554	0.09
150_V	155_R	0.554	0.09
91_S	352_T	0.553	0.09
249_I	330_V	0.553	0.09
42_K	53_T	0.552	0.09
28_Q	49_I	0.552	0.09
188_V	228_K	0.551	0.09
12_L	161_A	0.551	0.09
225_D	358_V	0.549	0.09
131_M	343_A	0.549	0.09
301_F	344_N	0.548	0.09
139_T	306_G	0.548	0.09
153_G	355_H	0.547	0.09
58_K	345_V	0.546	0.09
84_S	352_T	0.545	0.09
258_L	265_M	0.545	0.09
114_L	232_G	0.542	0.09
85_E	191_I	0.541	0.09
313_K	335_V	0.539	0.09
21_T	293_P	0.538	0.09
238_I	315_Q	0.537	0.09
107_I	228_K	0.534	0.09
111_A	283_K	0.534	0.09
35_E	46_H	0.531	0.09
140_R	158_S	0.530	0.09
41_E	70_R	0.530	0.09
135_N	339_I	0.528	0.09
59_E	238_I	0.527	0.09
67_K	259_K	0.527	0.09
57_T	318_H	0.527	0.09
262_G	327_N	0.526	0.09
200_E	251_S	0.526	0.09
248_T	325_G	0.525	0.09
72_L	81_E	0.524	0.09
259_K	323_P	0.523	0.09
247_V	270_P	0.523	0.09
94_F	202_V	0.523	0.09
293_P	313_K	0.522	0.09
115_I	275_V	0.522	0.09
41_E	326_H	0.522	0.09
148_E	349_G	0.520	0.09
306_G	351_N	0.519	0.09
54_V	255_D	0.516	0.09
44_R	265_M	0.515	0.09
21_T	24_A	0.515	0.09
64_S	132_A	0.515	0.09
68_E	228_K	0.514	0.09
285_K	322_S	0.513	0.09
130_P	333_K	0.512	0.09
300_S	309_Q	0.512	0.09
94_F	350_L	0.511	0.09
14_R	20_E	0.511	0.09
96_E	289_E	0.511	0.09
161_A	273_S	0.511	0.09
70_R	280_T	0.507	0.09
37_K	268_N	0.507	0.09
34_K	238_I	0.507	0.09
50_K	190_A	0.506	0.09
255_D	281_F	0.506	0.09
11_Y	101_F	0.505	0.09
31_V	357_K	0.504	0.09
44_R	116_V	0.502	0.09
46_H	96_E	0.501	0.09
156_P	335_V	0.500	0.09

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
1c8bA	3	0.8587	100	0.264	Contact Map
1cfzA	1	0.3668	95.9	0.963	Contact Map
2e85A	2	0.3886	92.1	0.969	Contact Map
3pu6A	1	0.3587	91.7	0.969	Contact Map
2jrtA	1	0.2391	38.3	0.98	Contact Map
2xdqB	2	0.5707	34.5	0.981	Contact Map
3aa0A	1	0.1522	32.3	0.981	Contact Map
1up7A	3	0.5217	28.9	0.982	Contact Map
3ff4A	1	0.2962	28.3	0.982	Contact Map
2h2mA	1	0.1984	27.5	0.982	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0106 seconds.