PDAC - BACSU - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

PDAC - Peptidoglycan-N-acetylmuramic acid deacetylase PdaC

UniProt:	O34798	Sequences: MLAKRIKWFHVLIAVVCVVGLIGFFHNHSLKKETVMNKVRTDSQYGNVEIATLVNDGKTFNYAVNYPVFKNEKMDSALKRFAEKEVRQFQKETKDVDQEHTTKRNELNVDYKIVHYAKQTVAIVFNEYKYIGGAHGQTVKKTFNYDFSKQAFLSIDDIFKEDADYLHKLSLIAYHELKKNKDIAADDALLKEGTAPKKENFSRFAIKEDYIELYFDTYQVAAGYLGEQSIAIKKSLLKDILKEQYIDKAKNKNKIKEQKPKHEVISLPKEETVDPNQKVIALTFDDGPNPATTNQILDSLKKYKGHATFFVLGSRVQYYPETLIRMLKEGNEVGNHSWSHPLLTRLSVKEALKQINDTQDIIEKISGYRPTLVRPPYGGINDELRSQMKMDVALWDVDPEDWKDRNKKTIVDRVMNQAGDGRTILIHDIYRTSADAADEIIKKLTDQGYQLVTVSQLEEVKKQREAK	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	467 (401)
Sequences:	298 (267)
Seq/√Len:	13.3

BACSU - PDAC YLXY YHEN

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
325_R	329_E	7.404	1.00
298_D	325_R	6.992	1.00
311_V	326_M	5.688	1.00
332_E	455_S	4.837	1.00
305_G	441_I	4.450	1.00
296_I	437_A	4.281	1.00
303_Y	445_T	3.731	0.99
280_I	418_A	3.636	0.99
298_D	329_E	3.402	0.99
310_F	372_L	3.353	0.98
296_I	434_A	3.332	0.98
301_K	329_E	3.212	0.98
400_E	403_K	3.023	0.97
337_S	354_Q	3.004	0.97
288_P	428_D	2.892	0.96
378_G	395_W	2.621	0.93
284_F	437_A	2.550	0.92
351_A	384_L	2.547	0.92
323_L	326_M	2.510	0.92
288_P	293_T	2.501	0.91
303_Y	442_K	2.385	0.89
311_V	323_L	2.339	0.88
306_H	331_N	2.270	0.87
273_V	279_V	2.231	0.86
293_T	297_L	2.174	0.84
282_L	300_L	2.152	0.84
313_G	398_D	2.152	0.84
333_V	424_I	2.067	0.81
293_T	428_D	2.052	0.80
399_P	441_I	2.041	0.80
414_V	440_I	2.034	0.80
359_Q	390_M	2.025	0.80
300_L	307_A	2.019	0.79
438_D	442_K	2.005	0.79
284_F	300_L	1.999	0.79
280_I	424_I	1.997	0.79
297_L	300_L	1.968	0.78
274_D	279_V	1.962	0.77
374_R	401_D	1.926	0.76
401_D	425_L	1.900	0.75
295_Q	435_D	1.887	0.74
285_D	336_H	1.882	0.74
158_I	206_I	1.877	0.74
299_S	434_A	1.858	0.73
415_M	443_K	1.856	0.73
287_G	340_H	1.849	0.73
153_L	296_I	1.840	0.72
343_L	377_Y	1.833	0.72
441_I	451_L	1.812	0.71
282_L	297_L	1.805	0.71
313_G	402_W	1.790	0.70
286_D	336_H	1.787	0.70
406_N	409_T	1.776	0.70
338_W	441_I	1.769	0.69
433_S	437_A	1.767	0.69
338_W	357_D	1.755	0.69
191_K	302_K	1.752	0.69
353_K	357_D	1.734	0.68
218_Y	223_G	1.731	0.68
305_G	399_P	1.730	0.68
411_V	415_M	1.726	0.67
393_A	423_T	1.720	0.67
289_N	292_T	1.699	0.66
326_M	333_V	1.637	0.63
330_G	340_H	1.630	0.63
212_E	280_I	1.625	0.63
308_T	454_V	1.607	0.62
363_E	369_R	1.595	0.61
436_A	440_I	1.591	0.61
372_L	455_S	1.589	0.61
336_H	340_H	1.573	0.60
410_I	432_T	1.559	0.59
309_F	374_R	1.539	0.58
374_R	425_L	1.538	0.58
287_G	336_H	1.535	0.58
111_Y	123_I	1.526	0.58
377_Y	444_L	1.522	0.57
374_R	395_W	1.509	0.57
281_A	402_W	1.509	0.57
385_R	394_L	1.507	0.57
411_V	439_E	1.506	0.56
209_D	296_I	1.494	0.56
418_A	422_R	1.440	0.53
177_L	341_P	1.436	0.53
278_K	319_Y	1.436	0.53
311_V	362_I	1.431	0.53
336_H	376_P	1.427	0.52
230_I	233_K	1.408	0.51
297_L	325_R	1.402	0.51
316_V	414_V	1.386	0.50
350_E	354_Q	1.380	0.50
288_P	297_L	1.377	0.50
285_D	340_H	1.376	0.50
377_Y	398_D	1.374	0.50
299_S	441_I	1.360	0.49
313_G	444_L	1.360	0.49
398_D	402_W	1.353	0.48
374_R	427_H	1.346	0.48
294_N	325_R	1.345	0.48
379_G	428_D	1.343	0.48
398_D	401_D	1.332	0.47
396_D	447_Q	1.327	0.47
344_T	379_G	1.325	0.47
340_H	378_G	1.321	0.47
425_L	428_D	1.320	0.47
315_R	438_D	1.317	0.47
281_A	444_L	1.316	0.46
402_W	444_L	1.315	0.46
274_D	334_G	1.313	0.46
287_G	330_G	1.307	0.46
297_L	329_E	1.291	0.45
287_G	378_G	1.284	0.45
283_T	288_P	1.278	0.44
286_D	340_H	1.273	0.44
332_E	402_W	1.255	0.43
327_L	337_S	1.248	0.43
281_A	313_G	1.243	0.43
401_D	427_H	1.242	0.43
320_P	414_V	1.240	0.42
342_L	379_G	1.230	0.42
334_G	371_T	1.221	0.42
341_P	351_A	1.220	0.41
273_V	450_Q	1.210	0.41
107_L	131_I	1.205	0.41
288_P	378_G	1.205	0.41
293_T	425_L	1.201	0.40
285_D	376_P	1.201	0.40
355_I	366_S	1.197	0.40
161_E	164_D	1.197	0.40
309_F	340_H	1.195	0.40
297_L	428_D	1.184	0.40
437_A	451_L	1.168	0.39
398_D	453_T	1.162	0.39
405_R	429_I	1.161	0.38
309_F	401_D	1.161	0.38
322_T	328_K	1.159	0.38
335_N	362_I	1.156	0.38
419_G	422_R	1.155	0.38
425_L	436_A	1.154	0.38
164_D	220_V	1.153	0.38
444_L	449_Y	1.147	0.38
56_D	65_N	1.147	0.38
410_I	437_A	1.142	0.38
423_T	458_E	1.140	0.37
296_I	433_S	1.140	0.37
426_I	433_S	1.132	0.37
288_P	340_H	1.127	0.37
420_D	438_D	1.124	0.37
283_T	293_T	1.123	0.37
310_F	374_R	1.120	0.36
283_T	300_L	1.119	0.36
282_L	307_A	1.119	0.36
281_A	398_D	1.115	0.36
281_A	308_T	1.112	0.36
375_P	398_D	1.112	0.36
207_K	321_E	1.110	0.36
367_G	374_R	1.107	0.36
286_D	376_P	1.101	0.35
342_L	377_Y	1.101	0.35
398_D	433_S	1.096	0.35
278_K	451_L	1.092	0.35
375_P	402_W	1.085	0.35
213_L	242_K	1.078	0.34
302_K	438_D	1.071	0.34
425_L	449_Y	1.066	0.34
341_P	354_Q	1.060	0.34
300_L	340_H	1.060	0.34
279_V	450_Q	1.057	0.33
57_G	61_N	1.057	0.33
300_L	425_L	1.056	0.33
293_T	374_R	1.047	0.33
375_P	394_L	1.041	0.33
332_E	375_P	1.040	0.33
330_G	374_R	1.031	0.32
281_A	452_V	1.030	0.32
297_L	331_N	1.026	0.32
361_I	424_I	1.025	0.32
287_G	310_F	1.021	0.32
442_K	445_T	1.019	0.32
452_V	457_L	1.018	0.32
335_N	358_T	1.018	0.32
366_S	454_V	1.017	0.32
401_D	433_S	1.017	0.32
338_W	361_I	1.017	0.32
410_I	414_V	1.017	0.32
410_I	451_L	1.014	0.31
283_T	425_L	1.013	0.31
283_T	428_D	1.012	0.31
347_S	451_L	1.011	0.31
305_G	454_V	1.006	0.31
308_T	448_G	1.003	0.31
359_Q	415_M	0.996	0.31
222_A	362_I	0.994	0.30
281_A	395_W	0.992	0.30
295_Q	431_R	0.986	0.30
117_A	424_I	0.982	0.30
377_Y	403_K	0.980	0.30
308_T	429_I	0.979	0.30
288_P	425_L	0.976	0.30
64_V	86_V	0.974	0.30
351_A	430_Y	0.972	0.30
379_G	430_Y	0.970	0.29
338_W	358_T	0.969	0.29
327_L	368_Y	0.969	0.29
155_I	204_F	0.968	0.29
278_K	437_A	0.962	0.29
395_W	429_I	0.955	0.29
300_L	309_F	0.954	0.29
237_L	445_T	0.952	0.29
287_G	428_D	0.948	0.28
404_D	409_T	0.946	0.28
310_F	401_D	0.946	0.28
280_I	412_D	0.943	0.28
265_I	268_P	0.940	0.28
424_I	432_T	0.938	0.28
288_P	377_Y	0.937	0.28
285_D	427_H	0.935	0.28
281_A	375_P	0.934	0.28
307_A	367_G	0.933	0.28
335_N	393_A	0.930	0.28
340_H	428_D	0.929	0.28
395_W	401_D	0.925	0.27
287_G	293_T	0.923	0.27
293_T	436_A	0.922	0.27
312_L	355_I	0.922	0.27
342_L	351_A	0.920	0.27
213_L	412_D	0.919	0.27
340_H	374_R	0.919	0.27
353_K	455_S	0.916	0.27
178_K	433_S	0.911	0.27
158_I	358_T	0.910	0.27
453_T	457_L	0.910	0.27
46_G	52_T	0.909	0.27
56_D	61_N	0.907	0.27
220_V	410_I	0.903	0.27
316_V	320_P	0.902	0.27
335_N	455_S	0.897	0.26
299_S	438_D	0.895	0.26
56_D	62_Y	0.895	0.26
428_D	436_A	0.895	0.26
312_L	332_E	0.894	0.26
151_A	155_I	0.893	0.26
111_Y	399_P	0.892	0.26
432_T	454_V	0.892	0.26
301_K	325_R	0.891	0.26
279_V	460_V	0.891	0.26
173_A	306_H	0.891	0.26
355_I	381_N	0.888	0.26
154_S	361_I	0.887	0.26
111_Y	306_H	0.885	0.26
391_D	438_D	0.880	0.26
313_G	375_P	0.880	0.26
196_P	200_N	0.875	0.25
218_Y	226_G	0.872	0.25
286_D	428_D	0.870	0.25
75_D	81_F	0.870	0.25
303_Y	441_I	0.868	0.25
282_L	288_P	0.867	0.25
111_Y	119_Q	0.867	0.25
381_N	395_W	0.867	0.25
309_F	330_G	0.865	0.25
293_T	401_D	0.862	0.25
287_G	376_P	0.862	0.25
343_L	430_Y	0.858	0.25
156_D	423_T	0.856	0.25
283_T	307_A	0.852	0.25
294_N	458_E	0.849	0.24
309_F	425_L	0.847	0.24
340_H	376_P	0.845	0.24
340_H	425_L	0.843	0.24
386_S	400_E	0.840	0.24
290_P	341_P	0.840	0.24
335_N	453_T	0.839	0.24
354_Q	458_E	0.838	0.24
407_K	436_A	0.838	0.24
422_R	451_L	0.835	0.24
206_I	209_D	0.835	0.24
58_K	62_Y	0.830	0.24
296_I	429_I	0.829	0.24
326_M	329_E	0.829	0.24
418_A	443_K	0.827	0.24
289_N	334_G	0.825	0.23
398_D	444_L	0.820	0.23
56_D	89_F	0.819	0.23
44_Q	333_V	0.817	0.23
270_E	433_S	0.816	0.23
330_G	336_H	0.815	0.23
437_A	441_I	0.815	0.23
90_Q	94_K	0.814	0.23
350_E	355_I	0.814	0.23
285_D	288_P	0.813	0.23
378_G	429_I	0.812	0.23
92_E	142_T	0.811	0.23
287_G	401_D	0.811	0.23
320_P	444_L	0.809	0.23
283_T	395_W	0.809	0.23
292_T	441_I	0.802	0.23
360_D	369_R	0.801	0.23
335_N	351_A	0.799	0.22
395_W	428_D	0.797	0.22
335_N	377_Y	0.796	0.22
349_K	396_D	0.794	0.22
336_H	378_G	0.791	0.22
374_R	428_D	0.788	0.22
366_S	456_Q	0.786	0.22
331_N	451_L	0.785	0.22
292_T	320_P	0.784	0.22
60_F	68_V	0.784	0.22
119_Q	412_D	0.783	0.22
304_K	409_T	0.783	0.22
444_L	452_V	0.781	0.22
177_L	426_I	0.779	0.22
393_A	458_E	0.778	0.22
51_A	58_K	0.778	0.22
96_V	290_P	0.773	0.22
358_T	452_V	0.770	0.21
345_R	403_K	0.770	0.21
295_Q	323_L	0.768	0.21
393_A	402_W	0.768	0.21
277_Q	450_Q	0.766	0.21
369_R	441_I	0.762	0.21
407_K	411_V	0.762	0.21
308_T	395_W	0.761	0.21
63_A	67_P	0.760	0.21
335_N	444_L	0.760	0.21
56_D	60_F	0.758	0.21
44_Q	56_D	0.758	0.21
288_P	375_P	0.757	0.21
300_L	436_A	0.751	0.21
309_F	367_G	0.751	0.21
150_Q	207_K	0.751	0.21
48_V	64_V	0.750	0.21
377_Y	402_W	0.750	0.21
293_T	449_Y	0.750	0.21
300_L	449_Y	0.747	0.21
315_R	434_A	0.746	0.21
283_T	378_G	0.744	0.21
366_S	414_V	0.739	0.20
202_S	206_I	0.738	0.20
377_Y	430_Y	0.737	0.20
428_D	444_L	0.737	0.20
266_S	348_V	0.734	0.20
284_F	309_F	0.734	0.20
294_N	437_A	0.732	0.20
284_F	425_L	0.732	0.20
62_Y	65_N	0.732	0.20
347_S	382_D	0.731	0.20
288_P	336_H	0.730	0.20
126_N	449_Y	0.728	0.20
287_G	309_F	0.724	0.20
419_G	433_S	0.724	0.20
355_I	373_V	0.724	0.20
414_V	426_I	0.721	0.20
220_V	313_G	0.719	0.20
374_R	433_S	0.717	0.20
293_T	427_H	0.715	0.20
330_G	378_G	0.714	0.20
375_P	430_Y	0.713	0.19
84_K	304_K	0.712	0.19
430_Y	438_D	0.712	0.19
431_R	435_D	0.711	0.19
312_L	377_Y	0.711	0.19
232_I	395_W	0.709	0.19
405_R	430_Y	0.708	0.19
423_T	454_V	0.706	0.19
284_F	449_Y	0.706	0.19
283_T	309_F	0.706	0.19
294_N	361_I	0.706	0.19
339_S	354_Q	0.704	0.19
119_Q	125_F	0.702	0.19
404_D	410_I	0.702	0.19
377_Y	429_I	0.700	0.19
361_I	365_I	0.699	0.19
57_G	68_V	0.697	0.19
155_I	337_S	0.697	0.19
82_A	168_K	0.692	0.19
56_D	68_V	0.691	0.19
402_W	421_G	0.690	0.19
237_L	389_K	0.689	0.19
285_D	428_D	0.688	0.19
310_F	330_G	0.687	0.19
436_A	441_I	0.687	0.19
354_Q	417_Q	0.686	0.19
245_Y	279_V	0.684	0.19
292_T	434_A	0.680	0.18
288_P	374_R	0.680	0.18
293_T	340_H	0.680	0.18
213_L	324_I	0.677	0.18
293_T	309_F	0.677	0.18
288_P	367_G	0.677	0.18
132_G	424_I	0.676	0.18
288_P	330_G	0.674	0.18
285_D	310_F	0.674	0.18
378_G	428_D	0.672	0.18
89_F	107_L	0.672	0.18
282_L	436_A	0.671	0.18
441_I	445_T	0.671	0.18
309_F	395_W	0.670	0.18
343_L	426_I	0.670	0.18
167_H	397_V	0.669	0.18
337_S	392_V	0.667	0.18
313_G	433_S	0.665	0.18
194_T	201_F	0.664	0.18
53_L	64_V	0.662	0.18
79_K	83_E	0.662	0.18
220_V	232_I	0.661	0.18
332_E	372_L	0.659	0.18
310_F	340_H	0.657	0.18
428_D	449_Y	0.656	0.18
427_H	448_G	0.655	0.18
288_P	395_W	0.653	0.18
279_V	451_L	0.648	0.17
79_K	304_K	0.647	0.17
377_Y	405_R	0.647	0.17
424_I	435_D	0.641	0.17
71_N	75_D	0.641	0.17
406_N	447_Q	0.640	0.17
45_Y	52_T	0.640	0.17
62_Y	68_V	0.638	0.17
293_T	395_W	0.638	0.17
174_Y	178_K	0.637	0.17
358_T	402_W	0.636	0.17
299_S	306_H	0.635	0.17
134_A	218_Y	0.634	0.17
276_N	280_I	0.634	0.17
111_Y	129_K	0.631	0.17
297_L	441_I	0.631	0.17
266_S	406_N	0.628	0.17
272_T	332_E	0.628	0.17
285_D	309_F	0.626	0.17
335_N	365_I	0.626	0.17
226_G	331_N	0.625	0.17
217_T	226_G	0.623	0.17
274_D	277_Q	0.622	0.17
288_P	436_A	0.621	0.17
121_V	145_Y	0.619	0.17
343_L	403_K	0.619	0.17
424_I	429_I	0.618	0.17
278_K	303_Y	0.617	0.16
202_S	400_E	0.617	0.16
161_E	165_Y	0.616	0.16
297_L	425_L	0.614	0.16
243_E	457_L	0.614	0.16
350_E	381_N	0.613	0.16
277_Q	397_V	0.612	0.16
119_Q	128_Y	0.611	0.16
387_Q	433_S	0.610	0.16
381_N	405_R	0.610	0.16
341_P	403_K	0.609	0.16
332_E	453_T	0.608	0.16
359_Q	369_R	0.606	0.16
232_I	378_G	0.604	0.16
282_L	330_G	0.604	0.16
285_D	330_G	0.603	0.16
412_D	422_R	0.603	0.16
424_I	456_Q	0.601	0.16
216_D	362_I	0.601	0.16
282_L	430_Y	0.601	0.16
58_K	77_A	0.597	0.16
283_T	287_G	0.597	0.16
288_P	379_G	0.597	0.16
47_N	56_D	0.595	0.16
47_N	75_D	0.595	0.16
293_T	378_G	0.595	0.16
196_P	201_F	0.593	0.16
244_Q	365_I	0.592	0.16
355_I	420_D	0.592	0.16
300_L	331_N	0.591	0.16
297_L	322_T	0.589	0.16
73_K	304_K	0.588	0.16
48_V	59_T	0.587	0.16
169_L	182_D	0.587	0.16
261_K	264_V	0.584	0.16
275_P	341_P	0.584	0.16
116_Y	119_Q	0.584	0.16
226_G	322_T	0.583	0.16
206_I	426_I	0.583	0.16
55_N	62_Y	0.582	0.15
364_K	447_Q	0.579	0.15
82_A	90_Q	0.579	0.15
414_V	434_A	0.579	0.15
293_T	451_L	0.578	0.15
343_L	373_V	0.577	0.15
266_S	337_S	0.577	0.15
131_I	327_L	0.576	0.15
282_L	290_P	0.574	0.15
285_D	378_G	0.573	0.15
362_I	419_G	0.573	0.15
367_G	401_D	0.572	0.15
62_Y	70_K	0.572	0.15
444_L	453_T	0.572	0.15
336_H	428_D	0.571	0.15
394_L	430_Y	0.571	0.15
158_I	179_K	0.571	0.15
306_H	453_T	0.570	0.15
330_G	401_D	0.569	0.15
284_F	428_D	0.569	0.15
297_L	305_G	0.568	0.15
44_Q	54_V	0.567	0.15
283_T	340_H	0.566	0.15
410_I	436_A	0.566	0.15
345_R	354_Q	0.565	0.15
248_K	251_N	0.565	0.15
54_V	69_F	0.564	0.15
281_A	377_Y	0.561	0.15
424_I	447_Q	0.561	0.15
117_A	420_D	0.559	0.15
344_T	377_Y	0.558	0.15
393_A	421_G	0.558	0.15
286_D	312_L	0.555	0.15
305_G	445_T	0.555	0.15
413_R	424_I	0.553	0.15
290_P	319_Y	0.553	0.15
284_F	340_H	0.553	0.15
112_K	431_R	0.552	0.15
322_T	329_E	0.551	0.15
440_I	446_D	0.551	0.15
421_G	453_T	0.550	0.15
411_V	436_A	0.550	0.15
393_A	454_V	0.549	0.15
66_Y	201_F	0.548	0.15
336_H	427_H	0.547	0.15
343_L	375_P	0.546	0.15
402_W	452_V	0.546	0.15
285_D	448_G	0.544	0.14
115_H	123_I	0.544	0.14
332_E	454_V	0.543	0.14
401_D	428_D	0.543	0.14
306_H	378_G	0.542	0.14
119_Q	126_N	0.542	0.14
281_A	394_L	0.542	0.14
45_Y	65_N	0.542	0.14
281_A	346_L	0.541	0.14
234_K	426_I	0.540	0.14
355_I	406_N	0.537	0.14
84_K	230_I	0.537	0.14
294_N	430_Y	0.537	0.14
360_D	455_S	0.537	0.14
313_G	427_H	0.536	0.14
123_I	143_F	0.536	0.14
69_F	75_D	0.535	0.14
313_G	424_I	0.535	0.14
52_T	60_F	0.534	0.14
330_G	367_G	0.533	0.14
374_R	448_G	0.533	0.14
45_Y	61_N	0.533	0.14
315_R	456_Q	0.533	0.14
46_G	85_E	0.533	0.14
266_S	408_K	0.532	0.14
351_A	375_P	0.531	0.14
399_P	414_V	0.531	0.14
357_D	403_K	0.531	0.14
282_L	293_T	0.530	0.14
287_G	374_R	0.530	0.14
421_G	452_V	0.528	0.14
111_Y	120_T	0.526	0.14
398_D	424_I	0.525	0.14
290_P	454_V	0.525	0.14
110_D	354_Q	0.525	0.14
392_V	404_D	0.525	0.14
293_T	300_L	0.524	0.14
380_I	385_R	0.522	0.14
186_D	334_G	0.522	0.14
303_Y	407_K	0.522	0.14
288_P	401_D	0.521	0.14
349_K	418_A	0.521	0.14
414_V	443_K	0.521	0.14
280_I	422_R	0.521	0.14
335_N	402_W	0.520	0.14
70_K	75_D	0.519	0.14
295_Q	344_T	0.519	0.14
45_Y	133_G	0.519	0.14
299_S	445_T	0.518	0.14
313_G	374_R	0.518	0.14
316_V	426_I	0.518	0.14
109_V	396_D	0.516	0.14
374_R	398_D	0.516	0.14
311_V	428_D	0.515	0.14
283_T	374_R	0.515	0.14
235_S	265_I	0.514	0.14
294_N	299_S	0.514	0.14
287_G	427_H	0.513	0.14
343_L	402_W	0.511	0.14
61_N	441_I	0.511	0.14
333_V	363_E	0.510	0.14
297_L	374_R	0.510	0.14
407_K	439_E	0.509	0.14
350_E	455_S	0.509	0.14
306_H	430_Y	0.507	0.14
403_K	429_I	0.507	0.14
328_K	446_D	0.507	0.14
444_L	447_Q	0.506	0.13
286_D	330_G	0.506	0.13
213_L	372_L	0.506	0.13
375_P	444_L	0.506	0.13
194_T	200_N	0.505	0.13
344_T	426_I	0.504	0.13
333_V	409_T	0.504	0.13
347_S	435_D	0.503	0.13
46_G	55_N	0.503	0.13
288_P	300_L	0.500	0.13
228_Q	314_S	0.500	0.13

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
2c1iA	1	0.8009	100	0.421	Contact Map
2j13A	1	0.4347	100	0.532	Contact Map
2c71A	1	0.4047	100	0.538	Contact Map
1ny1A	1	0.4882	100	0.539	Contact Map
2cc0A	2	0.4069	100	0.54	Contact Map
2y8uA	1	0.4347	100	0.541	Contact Map
4l1gA	1	0.4411	100	0.543	Contact Map
4m1bA	1	0.4154	100	0.548	Contact Map
2iw0A	1	0.4325	100	0.55	Contact Map
2vyoA	1	0.4197	100	0.556	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0116 seconds.