YCDC - BACSU - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

YCDC - Uncharacterized protein YcdC

UniProt:	O34772	Sequences: MVNKQLKKKAQEIGNVPTHYELEIEDYDQKQKKYGQAYFIWKDPKDPEKHITVELRNDGALLTFSTTVHSETDKKLPDAELKLTALQFAAANHPGTFMNFHFQGKEERGQHIRFVYTKMELGLPIPNSGFLIDMTRSGQIVHFLYYGEGHKAEVPTEFVAKEKVVSHYLNTMSFELMYDVIDGEQEPRLVYEPILPGYSYPADVDEIVPDQHIADERIENTAPLPPLQNKEEVDIFALLGFTSDMQKVSERDFGEQIGSTWRRGAAPERKDLSIGSYFETRNKNTIKMKTDKRTGKLKAALSFMDWRNNLQCSTEECQEIALQFLYALYPRAAEFFRVNPVRIDERGRVRNHFSVWYKGVPLRFGAARIIVNPETGLIDAFMAPDIEPEQLEAINHRPDVSAEEAKEAFLAAFDVKLEWQPDFTAGSDQHCKLVYKPVYPSYIDAHIRKKKRL	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	453 (441)
Sequences:	222 (188)
Seq/√Len:	8.9

BACSU - YCDC YCDB

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
17_P	22_L	3.791	0.97
17_P	20_Y	3.517	0.96
20_Y	51_I	3.275	0.94
178_Y	419_W	3.259	0.94
116_Y	123_L	2.971	0.90
312_C	317_C	2.964	0.90
371_V	378_I	2.952	0.90
134_M	353_F	2.761	0.86
61_L	88_F	2.746	0.86
85_A	444_D	2.731	0.85
405_A	435_Y	2.643	0.83
9_K	12_E	2.584	0.82
189_L	445_A	2.523	0.80
160_A	164_V	2.521	0.80
168_Y	325_L	2.512	0.80
56_R	59_G	2.504	0.80
445_A	448_R	2.503	0.80
417_L	433_L	2.487	0.79
88_F	140_I	2.448	0.78
443_I	450_K	2.424	0.77
103_Q	117_T	2.354	0.75
176_L	445_A	2.351	0.75
118_K	152_A	2.271	0.73
37_A	274_I	2.251	0.72
291_D	296_K	2.234	0.71
291_D	369_I	2.227	0.71
15_N	18_T	2.210	0.70
240_G	243_S	2.203	0.70
435_Y	445_A	2.175	0.69
351_N	447_I	2.164	0.69
336_F	367_A	2.150	0.68
125_I	128_S	2.131	0.67
56_R	361_P	2.057	0.65
418_E	436_K	2.038	0.64
405_A	445_A	2.001	0.62
435_Y	448_R	1.987	0.62
71_E	378_I	1.987	0.62
123_L	398_P	1.953	0.60
201_P	205_D	1.932	0.59
317_C	419_W	1.924	0.59
61_L	176_L	1.917	0.59
94_P	328_L	1.889	0.58
159_V	164_V	1.882	0.57
6_L	37_A	1.878	0.57
18_T	22_L	1.878	0.57
155_P	324_F	1.828	0.55
417_L	435_Y	1.822	0.55
118_K	147_G	1.814	0.54
381_F	415_V	1.813	0.54
48_E	61_L	1.806	0.54
224_L	336_F	1.805	0.54
176_L	189_L	1.798	0.54
7_K	11_Q	1.796	0.54
179_D	401_S	1.783	0.53
56_R	140_I	1.782	0.53
400_V	415_V	1.781	0.53
14_G	61_L	1.768	0.52
159_V	400_V	1.746	0.52
64_F	415_V	1.726	0.51
330_P	391_L	1.722	0.50
259_S	415_V	1.702	0.50
52_T	55_L	1.676	0.48
422_D	431_C	1.673	0.48
89_A	369_I	1.669	0.48
82_K	410_L	1.669	0.48
6_L	292_K	1.660	0.48
41_W	126_P	1.653	0.48
89_A	359_G	1.646	0.47
433_L	445_A	1.643	0.47
395_N	403_E	1.636	0.47
16_V	22_L	1.622	0.46
41_W	381_F	1.615	0.46
36_Q	62_L	1.593	0.45
369_I	444_D	1.589	0.45
349_V	373_P	1.588	0.45
55_L	292_K	1.587	0.45
116_Y	404_E	1.585	0.45
312_C	316_E	1.583	0.44
405_A	433_L	1.572	0.44
140_I	414_D	1.570	0.44
58_D	228_Q	1.558	0.43
359_G	376_G	1.550	0.43
81_L	200_Y	1.547	0.43
129_G	324_F	1.544	0.43
58_D	81_L	1.541	0.43
314_T	349_V	1.538	0.43
105_K	447_I	1.535	0.42
165_V	407_E	1.532	0.42
17_P	25_E	1.517	0.42
159_V	251_R	1.517	0.42
405_A	448_R	1.508	0.41
408_A	411_A	1.505	0.41
184_E	319_E	1.487	0.40
116_Y	320_I	1.480	0.40
396_H	399_D	1.479	0.40
140_I	143_F	1.460	0.39
6_L	25_E	1.455	0.39
121_L	205_D	1.448	0.39
146_Y	371_V	1.443	0.39
322_L	353_F	1.441	0.39
37_A	81_L	1.440	0.38
362_L	391_L	1.430	0.38
298_K	360_V	1.420	0.38
433_L	448_R	1.418	0.38
330_P	365_G	1.415	0.37
419_W	431_C	1.415	0.37
150_H	288_M	1.414	0.37
300_A	318_Q	1.414	0.37
173_S	402_A	1.414	0.37
274_I	292_K	1.410	0.37
191_Y	321_A	1.406	0.37
39_F	168_Y	1.405	0.37
444_D	451_K	1.402	0.37
88_F	143_F	1.401	0.37
55_L	274_I	1.394	0.37
152_A	375_T	1.393	0.37
430_H	449_K	1.388	0.36
114_F	225_P	1.387	0.36
11_Q	18_T	1.385	0.36
105_K	114_F	1.378	0.36
8_K	200_Y	1.377	0.36
328_L	332_A	1.374	0.36
185_Q	224_L	1.371	0.36
63_T	137_S	1.369	0.36
126_P	129_G	1.368	0.36
94_P	123_L	1.367	0.36
294_T	416_K	1.364	0.35
120_E	152_A	1.363	0.35
8_K	298_K	1.360	0.35
294_T	432_K	1.356	0.35
242_T	299_A	1.351	0.35
324_F	378_I	1.347	0.35
376_G	405_A	1.344	0.35
160_A	264_G	1.344	0.35
222_A	225_P	1.341	0.35
178_Y	393_A	1.335	0.34
140_I	449_K	1.330	0.34
159_V	360_V	1.329	0.34
64_F	360_V	1.328	0.34
182_D	447_I	1.326	0.34
249_S	371_V	1.326	0.34
138_G	353_F	1.310	0.33
394_I	414_D	1.303	0.33
242_T	451_K	1.295	0.33
156_T	341_V	1.291	0.33
200_Y	204_V	1.289	0.32
17_P	51_I	1.288	0.32
98_M	168_Y	1.282	0.32
317_C	349_V	1.267	0.32
6_L	55_L	1.266	0.32
248_V	375_T	1.255	0.31
371_V	444_D	1.251	0.31
136_R	316_E	1.250	0.31
8_K	18_T	1.249	0.31
58_D	140_I	1.249	0.31
405_A	417_L	1.246	0.31
134_M	140_I	1.245	0.31
55_L	351_N	1.242	0.31
102_F	114_F	1.231	0.30
186_E	290_T	1.222	0.30
18_T	31_Q	1.220	0.30
10_A	39_F	1.210	0.30
41_W	114_F	1.202	0.29
82_K	106_E	1.198	0.29
75_K	110_Q	1.198	0.29
164_V	292_K	1.189	0.29
215_D	415_V	1.183	0.29
369_I	403_E	1.178	0.28
132_I	323_Q	1.177	0.28
335_F	419_W	1.176	0.28
140_I	172_M	1.174	0.28
376_G	435_Y	1.169	0.28
193_P	409_F	1.168	0.28
27_Y	409_F	1.167	0.28
359_G	434_V	1.166	0.28
167_H	200_Y	1.164	0.28
309_N	409_F	1.156	0.28
24_I	37_A	1.153	0.28
6_L	10_A	1.153	0.28
191_Y	435_Y	1.152	0.28
6_L	254_G	1.151	0.27
167_H	375_T	1.131	0.27
409_F	437_P	1.129	0.27
10_A	53_V	1.125	0.27
118_K	125_I	1.125	0.27
37_A	292_K	1.124	0.27
337_R	442_Y	1.122	0.26
246_Q	305_D	1.121	0.26
6_L	431_C	1.119	0.26
83_L	313_S	1.119	0.26
88_F	134_M	1.114	0.26
21_E	150_H	1.114	0.26
7_K	15_N	1.111	0.26
248_V	290_T	1.110	0.26
59_G	88_F	1.101	0.26
134_M	204_V	1.098	0.26
360_V	438_V	1.097	0.26
316_E	366_A	1.096	0.26
63_T	84_T	1.095	0.26
76_L	378_I	1.094	0.26
239_L	248_V	1.091	0.25
81_L	259_S	1.089	0.25
77_P	159_V	1.083	0.25
161_K	414_D	1.082	0.25
394_I	419_W	1.081	0.25
169_L	357_Y	1.077	0.25
6_L	273_S	1.075	0.25
48_E	72_T	1.074	0.25
135_T	201_P	1.072	0.25
12_E	270_K	1.071	0.25
294_T	381_F	1.068	0.25
251_R	362_L	1.068	0.25
53_V	112_I	1.068	0.25
398_P	446_H	1.063	0.25
89_A	312_C	1.062	0.25
87_Q	91_A	1.061	0.24
208_V	211_Q	1.054	0.24
359_G	369_I	1.052	0.24
106_E	359_G	1.046	0.24
433_L	444_D	1.038	0.24
245_M	419_W	1.036	0.24
290_T	333_A	1.033	0.24
173_S	200_Y	1.031	0.24
302_S	364_F	1.027	0.23
117_T	365_G	1.024	0.23
321_A	435_Y	1.022	0.23
154_V	419_W	1.021	0.23
116_Y	165_V	1.019	0.23
140_I	294_T	1.019	0.23
202_A	419_W	1.018	0.23
234_D	371_V	1.011	0.23
22_L	61_L	1.008	0.23
200_Y	393_A	1.008	0.23
374_E	378_I	1.005	0.23
93_H	362_L	1.005	0.23
34_Y	191_Y	1.001	0.23
20_Y	422_D	0.999	0.23
284_N	293_R	0.998	0.23
92_N	317_C	0.996	0.22
248_V	450_K	0.995	0.22
382_M	451_K	0.994	0.22
39_F	308_N	0.994	0.22
193_P	294_T	0.990	0.22
13_I	20_Y	0.990	0.22
401_S	404_E	0.984	0.22
138_G	435_Y	0.982	0.22
355_V	361_P	0.978	0.22
21_E	369_I	0.978	0.22
77_P	313_S	0.978	0.22
174_F	409_F	0.978	0.22
29_Q	96_T	0.976	0.22
176_L	433_L	0.976	0.22
415_V	439_Y	0.974	0.22
158_F	393_A	0.973	0.22
198_Y	449_K	0.971	0.22
106_E	132_I	0.971	0.22
160_A	259_S	0.969	0.22
313_S	376_G	0.960	0.21
123_L	419_W	0.959	0.21
31_Q	39_F	0.958	0.21
316_E	319_E	0.958	0.21
101_H	175_E	0.953	0.21
96_T	358_K	0.951	0.21
151_K	322_L	0.950	0.21
264_G	447_I	0.949	0.21
13_I	140_I	0.944	0.21
95_G	98_M	0.937	0.21
91_A	316_E	0.936	0.21
110_Q	360_V	0.936	0.21
134_M	359_G	0.934	0.21
124_P	312_C	0.934	0.21
435_Y	444_D	0.932	0.21
178_Y	202_A	0.929	0.21
50_H	378_I	0.927	0.20
350_R	370_I	0.927	0.20
89_A	309_N	0.926	0.20
293_R	319_E	0.926	0.20
163_K	353_F	0.926	0.20
183_G	306_W	0.921	0.20
42_K	53_V	0.920	0.20
110_Q	378_I	0.920	0.20
37_A	41_W	0.919	0.20
316_E	342_R	0.919	0.20
76_L	112_I	0.916	0.20
143_F	239_L	0.911	0.20
148_E	369_I	0.910	0.20
109_G	114_F	0.910	0.20
168_Y	328_L	0.908	0.20
392_E	450_K	0.907	0.20
141_V	279_E	0.907	0.20
220_N	300_A	0.907	0.20
412_A	446_H	0.906	0.20
61_L	129_G	0.905	0.20
97_F	158_F	0.904	0.20
117_T	354_S	0.903	0.20
28_D	36_Q	0.900	0.20
347_G	374_E	0.900	0.20
256_Q	404_E	0.898	0.20
27_Y	141_V	0.897	0.20
81_L	205_D	0.897	0.20
84_T	415_V	0.897	0.20
186_E	224_L	0.893	0.20
124_P	295_G	0.892	0.19
18_T	51_I	0.891	0.19
89_A	225_P	0.889	0.19
83_L	200_Y	0.889	0.19
12_E	114_F	0.888	0.19
8_K	11_Q	0.884	0.19
239_L	297_L	0.883	0.19
48_E	143_F	0.882	0.19
134_M	260_T	0.879	0.19
393_A	404_E	0.878	0.19
357_Y	384_P	0.873	0.19
168_Y	369_I	0.872	0.19
320_I	327_A	0.870	0.19
134_M	216_E	0.869	0.19
295_G	370_I	0.868	0.19
160_A	399_D	0.868	0.19
10_A	25_E	0.868	0.19
169_L	222_A	0.866	0.19
194_I	399_D	0.865	0.19
178_Y	181_I	0.864	0.19
125_I	152_A	0.864	0.19
130_F	373_P	0.863	0.19
102_F	338_V	0.862	0.19
61_L	351_N	0.861	0.19
66_T	73_D	0.860	0.19
66_T	125_I	0.860	0.19
124_P	417_L	0.860	0.19
86_L	116_Y	0.860	0.19
156_T	319_E	0.859	0.19
224_L	382_M	0.858	0.19
362_L	376_G	0.858	0.19
228_Q	414_D	0.858	0.19
317_C	351_N	0.855	0.18
190_V	381_F	0.851	0.18
65_S	375_T	0.850	0.18
35_G	41_W	0.850	0.18
80_E	83_L	0.849	0.18
132_I	177_M	0.845	0.18
165_V	244_D	0.845	0.18
94_P	214_A	0.843	0.18
92_N	190_V	0.843	0.18
155_P	254_G	0.841	0.18
48_E	319_E	0.836	0.18
87_Q	311_Q	0.828	0.18
144_L	149_G	0.828	0.18
135_T	294_T	0.825	0.18
135_T	377_L	0.819	0.18
94_P	335_F	0.818	0.18
129_G	335_F	0.816	0.17
415_V	433_L	0.815	0.17
418_E	422_D	0.809	0.17
52_T	132_I	0.809	0.17
23_E	316_E	0.808	0.17
135_T	338_V	0.806	0.17
19_H	43_D	0.804	0.17
371_V	376_G	0.799	0.17
243_S	366_A	0.799	0.17
402_A	406_K	0.798	0.17
82_K	122_G	0.794	0.17
41_W	92_N	0.792	0.17
121_L	326_Y	0.784	0.17
116_Y	286_I	0.782	0.17
14_G	371_V	0.779	0.17
13_I	25_E	0.777	0.17
168_Y	332_A	0.777	0.17
228_Q	329_Y	0.775	0.16
87_Q	93_H	0.774	0.16
6_L	274_I	0.773	0.16
300_A	335_F	0.773	0.16
126_P	431_C	0.770	0.16
326_Y	336_F	0.768	0.16
11_Q	83_L	0.765	0.16
45_K	369_I	0.765	0.16
112_I	355_V	0.763	0.16
29_Q	271_D	0.763	0.16
218_I	344_D	0.763	0.16
376_G	417_L	0.763	0.16
43_D	55_L	0.763	0.16
55_L	61_L	0.762	0.16
158_F	431_C	0.762	0.16
406_K	414_D	0.761	0.16
125_I	371_V	0.759	0.16
122_G	295_G	0.757	0.16
193_P	443_I	0.756	0.16
58_D	205_D	0.754	0.16
89_A	268_E	0.751	0.16
135_T	139_Q	0.751	0.16
10_A	133_D	0.745	0.16
19_H	367_A	0.745	0.16
294_T	317_C	0.745	0.16
235_I	419_W	0.742	0.16
178_Y	394_I	0.742	0.16
154_V	200_Y	0.739	0.16
349_V	406_K	0.737	0.16
351_N	448_R	0.736	0.16
125_I	431_C	0.736	0.16
114_F	295_G	0.735	0.16
324_F	381_F	0.735	0.16
169_L	329_Y	0.734	0.16
201_P	204_V	0.734	0.16
191_Y	448_R	0.733	0.16
116_Y	408_A	0.733	0.16
88_F	447_I	0.732	0.15
183_G	438_V	0.731	0.15
292_K	354_S	0.730	0.15
166_S	206_E	0.730	0.15
121_L	419_W	0.729	0.15
25_E	37_A	0.728	0.15
355_V	419_W	0.728	0.15
355_V	378_I	0.723	0.15
122_G	218_I	0.723	0.15
369_I	428_D	0.721	0.15
168_Y	175_E	0.721	0.15
254_G	359_G	0.720	0.15
92_N	419_W	0.720	0.15
299_A	361_P	0.719	0.15
86_L	299_A	0.718	0.15
27_Y	360_V	0.718	0.15
121_L	236_F	0.717	0.15
56_R	60_A	0.715	0.15
400_V	442_Y	0.714	0.15
417_L	445_A	0.713	0.15
376_G	445_A	0.713	0.15
59_G	205_D	0.712	0.15
162_E	182_D	0.712	0.15
159_V	422_D	0.712	0.15
166_S	447_I	0.710	0.15
79_A	217_R	0.706	0.15
178_Y	331_R	0.704	0.15
120_E	378_I	0.704	0.15
115_V	256_Q	0.704	0.15
39_F	348_R	0.703	0.15
372_N	375_T	0.703	0.15
223_P	404_E	0.703	0.15
118_K	181_I	0.703	0.15
290_T	404_E	0.702	0.15
132_I	189_L	0.701	0.15
221_T	371_V	0.700	0.15
367_A	381_F	0.699	0.15
372_N	419_W	0.699	0.15
332_A	367_A	0.698	0.15
143_F	147_G	0.697	0.15
201_P	432_K	0.694	0.15
193_P	362_L	0.690	0.15
22_L	26_D	0.690	0.15
409_F	438_V	0.689	0.15
93_H	367_A	0.688	0.15
58_D	116_Y	0.686	0.14
89_A	197_G	0.685	0.14
405_A	444_D	0.684	0.14
163_K	416_K	0.683	0.14
443_I	451_K	0.681	0.14
261_W	292_K	0.680	0.14
288_M	441_S	0.679	0.14
202_A	417_L	0.679	0.14
25_E	325_L	0.678	0.14
209_P	434_V	0.677	0.14
321_A	405_A	0.676	0.14
311_Q	403_E	0.675	0.14
91_A	290_T	0.674	0.14
140_I	418_E	0.670	0.14
403_E	435_Y	0.665	0.14
130_F	349_V	0.665	0.14
60_A	380_A	0.665	0.14
45_K	134_M	0.665	0.14
118_K	128_S	0.664	0.14
118_K	419_W	0.664	0.14
26_D	41_W	0.662	0.14
255_E	262_R	0.661	0.14
89_A	306_W	0.660	0.14
167_H	301_L	0.660	0.14
73_D	360_V	0.658	0.14
14_G	64_F	0.656	0.14
80_E	90_A	0.651	0.14
153_E	201_P	0.648	0.14
252_D	369_I	0.648	0.14
84_T	170_N	0.647	0.14
200_Y	322_L	0.647	0.14
37_A	59_G	0.646	0.14
319_E	416_K	0.646	0.14
15_N	22_L	0.643	0.14
13_I	237_A	0.642	0.14
121_L	258_G	0.641	0.14
409_F	441_S	0.639	0.13
37_A	318_Q	0.639	0.13
44_P	89_A	0.637	0.13
128_S	378_I	0.636	0.13
247_K	250_E	0.636	0.13
361_P	433_L	0.635	0.13
380_A	450_K	0.633	0.13
134_M	315_E	0.632	0.13
26_D	34_Y	0.631	0.13
50_H	377_L	0.631	0.13
189_L	321_A	0.630	0.13
153_E	419_W	0.629	0.13
226_P	412_A	0.628	0.13
269_R	281_R	0.627	0.13
161_K	443_I	0.627	0.13
140_I	237_A	0.625	0.13
300_A	401_S	0.624	0.13
41_W	336_F	0.623	0.13
319_E	351_N	0.623	0.13
355_V	450_K	0.622	0.13
217_R	373_P	0.621	0.13
200_Y	351_N	0.621	0.13
66_T	360_V	0.620	0.13
351_N	408_A	0.620	0.13
419_W	435_Y	0.618	0.13
127_N	336_F	0.618	0.13
239_L	367_A	0.617	0.13
254_G	299_A	0.616	0.13
226_P	229_N	0.613	0.13
41_W	400_V	0.610	0.13
83_L	322_L	0.608	0.13
191_Y	405_A	0.607	0.13
59_G	135_T	0.606	0.13
307_R	346_R	0.606	0.13
24_I	143_F	0.605	0.13
41_W	94_P	0.605	0.13
391_L	398_P	0.604	0.13
190_V	206_E	0.604	0.13
10_A	327_A	0.602	0.13
206_E	292_K	0.601	0.13
157_E	288_M	0.600	0.13
140_I	242_T	0.599	0.13
125_I	356_W	0.599	0.13
170_N	202_A	0.594	0.13
56_R	173_S	0.594	0.13
66_T	396_H	0.594	0.13
145_Y	305_D	0.593	0.13
29_Q	52_T	0.590	0.13
69_H	423_F	0.590	0.13
387_E	400_V	0.589	0.13
126_P	154_V	0.589	0.13
358_K	429_Q	0.588	0.12
201_P	206_E	0.588	0.12
184_E	398_P	0.587	0.12
204_V	289_K	0.587	0.12
406_K	451_K	0.586	0.12
291_D	438_V	0.586	0.12
108_R	150_H	0.585	0.12
121_L	414_D	0.585	0.12
435_Y	447_I	0.582	0.12
287_K	303_F	0.581	0.12
126_P	135_T	0.581	0.12
201_P	372_N	0.580	0.12
169_L	316_E	0.579	0.12
6_L	128_S	0.579	0.12
11_Q	186_E	0.579	0.12
25_E	55_L	0.578	0.12
36_Q	39_F	0.578	0.12
15_N	136_R	0.577	0.12
178_Y	434_V	0.577	0.12
80_E	102_F	0.576	0.12
28_D	34_Y	0.575	0.12
329_Y	332_A	0.574	0.12
20_Y	125_I	0.572	0.12
167_H	313_S	0.572	0.12
26_D	277_Y	0.571	0.12
314_T	327_A	0.571	0.12
320_I	415_V	0.570	0.12
356_W	381_F	0.568	0.12
71_E	429_Q	0.567	0.12
70_S	411_A	0.565	0.12
140_I	351_N	0.563	0.12
313_S	430_H	0.563	0.12
383_A	400_V	0.563	0.12
94_P	367_A	0.561	0.12
175_E	293_R	0.561	0.12
405_A	409_F	0.561	0.12
176_L	443_I	0.560	0.12
188_R	247_K	0.560	0.12
362_L	367_A	0.559	0.12
297_L	328_L	0.558	0.12
17_P	55_L	0.555	0.12
7_K	40_I	0.554	0.12
193_P	351_N	0.553	0.12
100_F	125_I	0.552	0.12
11_Q	14_G	0.551	0.12
104_G	206_E	0.551	0.12
299_A	390_Q	0.550	0.12
86_L	449_K	0.550	0.12
98_M	185_Q	0.550	0.12
164_V	418_E	0.550	0.12
40_I	43_D	0.549	0.12
120_E	234_D	0.549	0.12
231_E	446_H	0.548	0.12
67_T	168_Y	0.548	0.12
400_V	404_E	0.546	0.12
88_F	162_E	0.546	0.12
70_S	73_D	0.545	0.12
140_I	218_I	0.543	0.12
83_L	173_S	0.543	0.12
325_L	365_G	0.543	0.12
41_W	129_G	0.543	0.12
308_N	312_C	0.542	0.12
24_I	46_D	0.542	0.12
124_P	369_I	0.539	0.12
407_E	415_V	0.539	0.12
152_A	335_F	0.537	0.12
200_Y	373_P	0.537	0.12
56_R	135_T	0.536	0.12
164_V	200_Y	0.535	0.12
356_W	359_G	0.534	0.12
303_F	371_V	0.534	0.12
144_L	242_T	0.534	0.12
80_E	328_L	0.533	0.11
326_Y	329_Y	0.530	0.11
112_I	172_M	0.530	0.11
247_K	412_A	0.530	0.11
291_D	404_E	0.530	0.11
283_K	287_K	0.529	0.11
65_S	170_N	0.529	0.11
123_L	178_Y	0.528	0.11
77_P	329_Y	0.528	0.11
113_R	133_D	0.527	0.11
407_E	432_K	0.526	0.11
79_A	290_T	0.525	0.11
82_K	250_E	0.525	0.11
364_F	367_A	0.525	0.11
200_Y	210_D	0.524	0.11
316_E	341_V	0.523	0.11
168_Y	401_S	0.522	0.11
39_F	401_S	0.522	0.11
400_V	449_K	0.521	0.11
321_A	353_F	0.521	0.11
53_V	415_V	0.520	0.11
27_Y	35_G	0.519	0.11
118_K	297_L	0.519	0.11
242_T	345_E	0.518	0.11
30_K	402_A	0.518	0.11
50_H	425_A	0.517	0.11
120_E	191_Y	0.517	0.11
260_T	409_F	0.515	0.11
134_M	309_N	0.515	0.11
168_Y	372_N	0.515	0.11
80_E	162_E	0.513	0.11
153_E	297_L	0.513	0.11
254_G	259_S	0.512	0.11
206_E	360_V	0.512	0.11
141_V	247_K	0.512	0.11
300_A	336_F	0.512	0.11
64_F	157_E	0.510	0.11
121_L	136_R	0.510	0.11
163_K	167_H	0.510	0.11
162_E	166_S	0.509	0.11
411_A	432_K	0.509	0.11
62_L	446_H	0.509	0.11
174_F	192_E	0.508	0.11
261_W	271_D	0.507	0.11
161_K	432_K	0.507	0.11
172_M	316_E	0.507	0.11
401_S	416_K	0.507	0.11
228_Q	255_E	0.506	0.11
224_L	359_G	0.506	0.11
6_L	276_S	0.505	0.11
29_Q	79_A	0.502	0.11
56_R	62_L	0.502	0.11
64_F	191_Y	0.501	0.11
76_L	372_N	0.500	0.11

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
4k90B	1	0.3333	99.7	0.826	Contact Map
3nqzA	1	0.3201	99.6	0.846	Contact Map
2o3oA	2	0.4437	98.1	0.914	Contact Map
4exrA	2	0.2804	98	0.917	Contact Map
2fgtA	1	0.3753	97.4	0.926	Contact Map
3u1wA	3	0.3929	89.9	0.951	Contact Map
3db7A	2	0.2627	89.2	0.952	Contact Map
4dsdA	1	0.2627	84.3	0.955	Contact Map
4qoaA	2	0.2649	83.9	0.955	Contact Map
2gu3A	1	0.2605	83.2	0.956	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0124 seconds.