YTPB - BACSU - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

YTPB - Tetraprenyl-beta-curcumene synthase

UniProt:	O34707	Sequences: MTVPEHPFGLMAKVYRDIFPLVHQELDIWKQKSESIHNSELKAQATASIRDKTFHCEGGGILALLSGSQKQKCVEFIIAYQTISDYLDNLCDRSTSLDPQDFRMLHASMQDALTVGAELQNYYQFREEQDDSGYLHELVKTCQRVLGSIEHYDMIKPYLLELCGYYCDLQVHKHVIEHERVPRLEKWFTQYESELPEMEWYEFSACAGSTLGIFCLVAYSFQPDFTESTAKKIRDSYFPYIQGLHILLDYLIDQEEDLLEGDLNFCSYYQSHEEMMDRLEHFIHKADEHLQGIPHENFHRLINRGLLGVYLSDDKVAGQKEMGRLAKKLIKASGKTSLFFYINGRAYRKFQKMSWMKNSKKKAQIIC	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	367 (346)
Sequences:	206 (179)
Seq/√Len:	9.6

BACSU - YTPB

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
121_N	129_Q	10.659	1.00
38_N	128_E	7.847	1.00
241_I	290_L	4.788	1.00
285_K	288_E	4.612	1.00
73_C	218_A	4.038	0.99
172_H	183_R	4.027	0.99
101_D	126_R	3.806	0.98
93_R	262_D	3.712	0.98
53_T	57_E	3.460	0.96
84_S	109_M	3.355	0.96
319_Q	322_M	3.196	0.94
115_V	143_Q	3.101	0.93
80_Y	213_I	3.075	0.93
117_A	143_Q	3.039	0.92
104_M	124_Q	2.660	0.86
236_S	293_I	2.622	0.85
168_D	171_V	2.528	0.83
11_M	339_F	2.466	0.81
15_Y	343_N	2.376	0.79
84_S	262_D	2.359	0.78
11_M	266_C	2.346	0.78
32_K	137_E	2.314	0.77
23_H	57_E	2.231	0.74
23_H	53_T	2.203	0.73
155_I	213_I	2.067	0.68
172_H	175_V	2.066	0.68
184_L	200_W	2.036	0.67
149_I	220_S	2.027	0.67
48_S	82_T	1.985	0.65
95_T	128_E	1.954	0.64
266_C	339_F	1.940	0.63
104_M	125_F	1.858	0.60
312_S	348_R	1.845	0.59
214_F	244_L	1.842	0.59
161_E	234_R	1.841	0.59
14_V	95_T	1.830	0.58
90_L	102_F	1.794	0.57
240_Y	266_C	1.757	0.55
93_R	260_E	1.756	0.55
111_D	120_Q	1.753	0.55
113_L	279_L	1.727	0.54
153_D	157_P	1.699	0.52
84_S	93_R	1.677	0.52
65_L	218_A	1.670	0.51
208_G	263_L	1.652	0.50
38_N	130_D	1.647	0.50
214_F	262_D	1.638	0.50
175_V	183_R	1.628	0.49
43_A	51_D	1.623	0.49
96_S	126_R	1.608	0.48
143_Q	171_V	1.575	0.47
48_S	214_F	1.556	0.46
241_I	303_N	1.555	0.46
130_D	271_S	1.543	0.45
130_D	213_I	1.520	0.44
334_G	347_Y	1.514	0.44
103_R	171_V	1.513	0.44
80_Y	163_C	1.509	0.44
219_Y	242_Q	1.480	0.43
48_S	93_R	1.478	0.43
113_L	159_L	1.477	0.43
172_H	347_Y	1.467	0.42
100_Q	125_F	1.436	0.41
231_K	235_D	1.434	0.41
13_K	17_D	1.431	0.41
240_Y	289_H	1.428	0.40
275_M	317_A	1.423	0.40
154_M	227_E	1.418	0.40
107_A	124_Q	1.405	0.39
201_Y	242_Q	1.397	0.39
63_A	150_E	1.381	0.38
37_H	132_S	1.381	0.38
60_G	185_E	1.377	0.38
119_L	136_H	1.373	0.38
16_R	118_E	1.371	0.38
308_G	347_Y	1.357	0.37
76_F	215_C	1.353	0.37
215_C	219_Y	1.352	0.37
241_I	312_S	1.345	0.37
82_T	306_L	1.339	0.37
115_V	349_K	1.338	0.37
172_H	308_G	1.326	0.36
84_S	214_F	1.323	0.36
214_F	306_L	1.322	0.36
169_L	263_L	1.312	0.36
169_L	208_G	1.311	0.35
92_D	265_F	1.309	0.35
73_C	221_F	1.302	0.35
254_Q	266_C	1.299	0.35
48_S	262_D	1.291	0.35
287_D	303_N	1.288	0.35
300_R	307_L	1.273	0.34
250_Y	265_F	1.261	0.33
84_S	306_L	1.260	0.33
262_D	306_L	1.252	0.33
93_R	214_F	1.247	0.33
59_G	250_Y	1.232	0.32
69_Q	72_K	1.229	0.32
38_N	127_E	1.225	0.32
57_E	165_Y	1.223	0.32
285_K	321_E	1.220	0.32
30_K	53_T	1.218	0.32
41_L	105_L	1.214	0.32
76_F	217_V	1.208	0.31
109_M	262_D	1.205	0.31
116_G	143_Q	1.185	0.30
31_Q	284_H	1.182	0.30
96_S	101_D	1.178	0.30
275_M	294_P	1.165	0.30
8_F	312_S	1.161	0.30
94_S	301_L	1.161	0.30
213_I	306_L	1.157	0.29
104_M	107_A	1.155	0.29
76_F	80_Y	1.155	0.29
172_H	179_E	1.154	0.29
155_I	159_L	1.142	0.29
195_L	198_M	1.140	0.29
154_M	157_P	1.140	0.29
99_P	178_H	1.139	0.29
33_S	37_H	1.137	0.29
344_G	348_R	1.134	0.29
246_I	265_F	1.132	0.28
48_S	244_L	1.123	0.28
207_A	325_L	1.121	0.28
316_V	326_A	1.120	0.28
24_Q	228_S	1.118	0.28
79_A	82_T	1.114	0.28
198_M	206_C	1.104	0.27
46_T	177_E	1.103	0.27
59_G	265_F	1.092	0.27
275_M	301_L	1.089	0.27
44_Q	246_I	1.080	0.27
18_I	63_A	1.076	0.26
179_E	219_Y	1.075	0.26
263_L	298_F	1.073	0.26
246_I	250_Y	1.061	0.26
19_F	338_L	1.061	0.26
97_L	177_E	1.059	0.26
287_D	304_R	1.057	0.26
71_Q	218_A	1.056	0.26
11_M	15_Y	1.031	0.25
53_T	61_I	1.031	0.25
96_S	339_F	1.029	0.25
227_E	292_G	1.027	0.25
201_Y	334_G	1.026	0.25
167_C	191_Y	1.024	0.25
56_C	263_L	1.023	0.25
90_L	123_Y	1.021	0.25
99_P	126_R	1.020	0.25
179_E	183_R	1.020	0.25
169_L	205_A	1.020	0.25
244_L	262_D	1.015	0.24
11_M	343_N	1.013	0.24
301_L	333_S	1.012	0.24
95_T	260_E	1.012	0.24
49_I	109_M	1.008	0.24
96_S	340_F	1.002	0.24
29_W	79_A	1.001	0.24
118_E	231_K	0.999	0.24
232_K	321_E	0.999	0.24
6_H	125_F	0.995	0.24
114_T	117_A	0.993	0.24
44_Q	59_G	0.991	0.24
284_H	338_L	0.985	0.23
208_G	214_F	0.985	0.23
292_G	296_E	0.982	0.23
334_G	337_S	0.981	0.23
161_E	194_E	0.980	0.23
12_A	341_Y	0.978	0.23
91_C	262_D	0.975	0.23
312_S	345_R	0.975	0.23
76_F	219_Y	0.970	0.23
132_S	191_Y	0.969	0.23
55_H	92_D	0.968	0.23
92_D	250_Y	0.967	0.23
34_E	227_E	0.967	0.23
165_Y	198_M	0.966	0.23
5_E	18_I	0.966	0.23
26_L	163_C	0.966	0.23
76_F	242_Q	0.962	0.23
152_Y	156_K	0.961	0.23
27_D	228_S	0.960	0.23
31_Q	34_E	0.957	0.23
75_E	144_R	0.957	0.23
241_I	258_L	0.953	0.22
54_F	173_K	0.950	0.22
129_Q	165_Y	0.944	0.22
15_Y	301_L	0.943	0.22
72_K	148_S	0.938	0.22
93_R	261_G	0.936	0.22
101_D	340_F	0.936	0.22
270_Q	274_E	0.934	0.22
89_N	102_F	0.930	0.22
167_C	308_G	0.930	0.22
74_V	309_V	0.927	0.22
76_F	213_I	0.924	0.21
271_S	318_G	0.924	0.21
301_L	312_S	0.922	0.21
93_R	306_L	0.918	0.21
76_F	188_F	0.916	0.21
236_S	329_L	0.913	0.21
82_T	214_F	0.910	0.21
309_V	344_G	0.910	0.21
130_D	235_D	0.908	0.21
207_A	267_S	0.907	0.21
201_Y	303_N	0.898	0.21
88_D	253_D	0.893	0.21
307_L	338_L	0.891	0.21
282_F	334_G	0.888	0.20
84_S	244_L	0.887	0.20
175_V	347_Y	0.885	0.20
11_M	61_I	0.885	0.20
173_K	265_F	0.882	0.20
8_F	12_A	0.880	0.20
28_I	115_V	0.876	0.20
12_A	280_E	0.875	0.20
60_G	320_K	0.875	0.20
117_A	154_M	0.874	0.20
255_E	258_L	0.870	0.20
182_P	186_K	0.870	0.20
159_L	217_V	0.866	0.20
297_N	301_L	0.866	0.20
158_Y	230_A	0.861	0.20
286_A	294_P	0.857	0.20
166_Y	245_H	0.855	0.19
62_L	109_M	0.850	0.19
28_I	137_E	0.847	0.19
54_F	265_F	0.845	0.19
104_M	198_M	0.844	0.19
94_S	343_N	0.843	0.19
210_T	250_Y	0.840	0.19
54_F	210_T	0.839	0.19
210_T	265_F	0.835	0.19
247_L	290_L	0.835	0.19
39_S	147_G	0.833	0.19
173_K	250_Y	0.830	0.19
60_G	207_A	0.829	0.19
218_A	221_F	0.828	0.19
216_L	248_L	0.823	0.19
15_Y	266_C	0.821	0.19
95_T	262_D	0.821	0.19
268_Y	298_F	0.812	0.18
7_P	117_A	0.811	0.18
59_G	92_D	0.811	0.18
95_T	108_S	0.808	0.18
64_L	145_V	0.807	0.18
84_S	89_N	0.807	0.18
110_Q	163_C	0.807	0.18
56_C	298_F	0.803	0.18
173_K	210_T	0.800	0.18
73_C	150_E	0.799	0.18
208_G	262_D	0.799	0.18
59_G	246_I	0.799	0.18
19_F	345_R	0.798	0.18
274_E	342_I	0.796	0.18
151_H	308_G	0.796	0.18
31_Q	157_P	0.794	0.18
75_E	293_I	0.794	0.18
32_K	35_S	0.793	0.18
97_L	108_S	0.787	0.18
103_R	168_D	0.787	0.18
175_V	201_Y	0.787	0.18
92_D	246_I	0.786	0.18
148_S	290_L	0.784	0.18
22_V	266_C	0.780	0.17
84_S	208_G	0.780	0.17
55_H	250_Y	0.779	0.17
22_V	60_G	0.778	0.17
179_E	242_Q	0.775	0.17
19_F	322_M	0.772	0.17
126_R	340_F	0.771	0.17
43_A	60_G	0.765	0.17
96_S	266_C	0.764	0.17
251_L	319_Q	0.762	0.17
94_S	101_D	0.761	0.17
285_K	289_H	0.761	0.17
159_L	213_I	0.760	0.17
55_H	265_F	0.759	0.17
54_F	250_Y	0.758	0.17
5_E	318_G	0.758	0.17
125_F	255_E	0.757	0.17
17_D	64_L	0.756	0.17
118_E	223_P	0.755	0.17
140_K	194_E	0.753	0.17
136_H	140_K	0.753	0.17
293_I	336_T	0.750	0.17
26_L	82_T	0.749	0.17
31_Q	323_G	0.748	0.17
24_Q	297_N	0.746	0.17
104_M	275_M	0.745	0.17
27_D	223_P	0.744	0.17
290_L	312_S	0.744	0.17
136_H	230_A	0.742	0.16
217_V	242_Q	0.741	0.16
75_E	207_A	0.735	0.16
152_Y	214_F	0.732	0.16
229_T	308_G	0.732	0.16
326_A	331_K	0.731	0.16
145_V	217_V	0.731	0.16
308_G	350_F	0.731	0.16
104_M	236_S	0.729	0.16
9_G	178_H	0.729	0.16
92_D	166_Y	0.726	0.16
29_W	113_L	0.726	0.16
59_G	173_K	0.725	0.16
139_V	246_I	0.725	0.16
21_L	70_K	0.724	0.16
74_V	215_C	0.724	0.16
240_Y	295_H	0.717	0.16
279_L	348_R	0.715	0.16
11_M	240_Y	0.715	0.16
118_E	228_S	0.712	0.16
192_E	286_A	0.709	0.16
173_K	245_H	0.709	0.16
36_I	42_K	0.700	0.15
16_R	28_I	0.700	0.15
83_I	91_C	0.700	0.15
11_M	254_Q	0.697	0.15
198_M	294_P	0.697	0.15
24_Q	270_Q	0.695	0.15
80_Y	330_I	0.694	0.15
54_F	59_G	0.693	0.15
131_D	278_R	0.693	0.15
59_G	315_K	0.692	0.15
108_S	267_S	0.692	0.15
64_L	76_F	0.691	0.15
309_V	330_I	0.690	0.15
16_R	143_Q	0.686	0.15
76_F	201_Y	0.685	0.15
276_M	325_L	0.683	0.15
22_V	105_L	0.681	0.15
282_F	341_Y	0.678	0.15
26_L	306_L	0.677	0.15
81_Q	210_T	0.675	0.15
156_K	160_L	0.675	0.15
114_T	143_Q	0.674	0.15
164_G	284_H	0.674	0.15
100_Q	130_D	0.674	0.15
77_I	169_L	0.671	0.15
118_E	193_S	0.671	0.15
20_P	135_L	0.671	0.15
74_V	115_V	0.670	0.15
31_Q	39_S	0.668	0.15
213_I	283_I	0.668	0.15
196_P	234_R	0.667	0.15
65_L	201_Y	0.660	0.15
5_E	317_A	0.660	0.15
92_D	106_H	0.659	0.15
14_V	340_F	0.657	0.14
210_T	246_I	0.657	0.14
139_V	171_V	0.656	0.14
186_K	274_E	0.656	0.14
55_H	246_I	0.652	0.14
173_K	246_I	0.651	0.14
31_Q	231_K	0.650	0.14
15_Y	101_D	0.650	0.14
95_T	340_F	0.650	0.14
160_L	163_C	0.649	0.14
230_A	290_L	0.649	0.14
252_I	315_K	0.649	0.14
32_K	328_K	0.649	0.14
95_T	109_M	0.648	0.14
225_F	230_A	0.647	0.14
8_F	28_I	0.646	0.14
91_C	102_F	0.646	0.14
301_L	343_N	0.645	0.14
62_L	312_S	0.644	0.14
146_L	206_C	0.641	0.14
251_L	324_R	0.640	0.14
175_V	340_F	0.638	0.14
86_Y	170_Q	0.634	0.14
346_A	349_K	0.633	0.14
47_A	93_R	0.632	0.14
16_R	223_P	0.629	0.14
73_C	77_I	0.629	0.14
119_L	140_K	0.628	0.14
286_A	309_V	0.628	0.14
245_H	264_N	0.627	0.14
139_V	143_Q	0.627	0.14
146_L	308_G	0.625	0.14
92_D	210_T	0.622	0.14
324_R	349_K	0.622	0.14
28_I	233_I	0.621	0.14
35_S	259_L	0.621	0.14
11_M	14_V	0.620	0.14
42_K	200_W	0.619	0.14
93_R	244_L	0.619	0.14
92_D	173_K	0.617	0.14
147_G	235_D	0.617	0.14
59_G	210_T	0.616	0.14
25_E	140_K	0.615	0.14
52_K	55_H	0.615	0.14
24_Q	320_K	0.614	0.14
169_L	214_F	0.614	0.14
25_E	75_E	0.613	0.14
15_Y	126_R	0.612	0.14
48_S	84_S	0.611	0.13
153_D	186_K	0.610	0.13
55_H	85_D	0.609	0.13
304_R	329_L	0.607	0.13
243_G	282_F	0.607	0.13
89_N	169_L	0.606	0.13
201_Y	347_Y	0.603	0.13
33_S	42_K	0.602	0.13
17_D	73_C	0.600	0.13
182_P	292_G	0.600	0.13
118_E	271_S	0.599	0.13
232_K	342_I	0.598	0.13
55_H	59_G	0.598	0.13
8_F	197_E	0.597	0.13
10_L	56_C	0.596	0.13
140_K	189_T	0.595	0.13
106_H	174_H	0.595	0.13
334_G	346_A	0.594	0.13
189_T	192_E	0.594	0.13
125_F	228_S	0.590	0.13
32_K	72_K	0.586	0.13
8_F	51_D	0.586	0.13
66_S	242_Q	0.586	0.13
166_Y	265_F	0.584	0.13
106_H	265_F	0.582	0.13
94_S	126_R	0.580	0.13
29_W	137_E	0.577	0.13
326_A	330_I	0.575	0.13
181_V	185_E	0.574	0.13
9_G	331_K	0.574	0.13
25_E	290_L	0.574	0.13
91_C	94_S	0.573	0.13
41_L	48_S	0.572	0.13
39_S	291_Q	0.572	0.13
93_R	109_M	0.570	0.13
188_F	251_L	0.569	0.13
19_F	309_V	0.569	0.13
148_S	342_I	0.568	0.13
213_I	304_R	0.568	0.13
185_E	188_F	0.568	0.13
266_C	309_V	0.568	0.13
7_P	62_L	0.567	0.13
62_L	103_R	0.567	0.13
238_F	311_L	0.566	0.13
183_R	347_Y	0.565	0.13
227_E	241_I	0.565	0.13
106_H	256_E	0.565	0.13
57_E	61_I	0.564	0.13
9_G	230_A	0.563	0.13
286_A	326_A	0.562	0.12
73_C	215_C	0.562	0.12
150_E	221_F	0.560	0.12
96_S	99_P	0.558	0.12
31_Q	153_D	0.558	0.12
54_F	246_I	0.558	0.12
216_L	260_E	0.557	0.12
285_K	327_K	0.557	0.12
162_L	263_L	0.557	0.12
69_Q	235_D	0.557	0.12
140_K	292_G	0.555	0.12
52_K	92_D	0.555	0.12
168_D	268_Y	0.553	0.12
301_L	341_Y	0.553	0.12
163_C	213_I	0.552	0.12
15_Y	96_S	0.546	0.12
155_I	303_N	0.545	0.12
95_T	126_R	0.544	0.12
197_E	291_Q	0.543	0.12
286_A	348_R	0.543	0.12
66_S	201_Y	0.542	0.12
65_L	279_L	0.541	0.12
25_E	288_E	0.541	0.12
283_I	331_K	0.539	0.12
223_P	296_E	0.539	0.12
102_F	123_Y	0.539	0.12
136_H	321_E	0.539	0.12
92_D	245_H	0.538	0.12
309_V	337_S	0.538	0.12
46_T	132_S	0.538	0.12
245_H	315_K	0.537	0.12
156_K	193_S	0.537	0.12
241_I	286_A	0.536	0.12
155_I	247_L	0.536	0.12
43_A	197_E	0.535	0.12
88_D	249_D	0.534	0.12
74_V	308_G	0.532	0.12
5_E	346_A	0.532	0.12
136_H	285_K	0.532	0.12
301_L	340_F	0.530	0.12
73_C	76_F	0.530	0.12
126_R	175_V	0.528	0.12
42_K	233_I	0.528	0.12
6_H	61_I	0.527	0.12
54_F	92_D	0.527	0.12
191_Y	288_E	0.526	0.12
31_Q	220_S	0.525	0.12
263_L	268_Y	0.525	0.12
286_A	339_F	0.523	0.12
25_E	28_I	0.522	0.12
173_K	306_L	0.521	0.12
100_Q	197_E	0.520	0.12
6_H	297_N	0.520	0.12
232_K	284_H	0.519	0.12
271_S	321_E	0.519	0.12
92_D	102_F	0.519	0.12
51_D	177_E	0.515	0.12
201_Y	219_Y	0.514	0.12
106_H	210_T	0.513	0.12
92_D	252_I	0.512	0.12
50_R	68_S	0.512	0.12
27_D	31_Q	0.511	0.12
35_S	69_Q	0.510	0.12
178_H	349_K	0.509	0.11
94_S	340_F	0.506	0.11
8_F	186_K	0.505	0.11
236_S	241_I	0.505	0.11
41_L	134_Y	0.505	0.11
51_D	317_A	0.504	0.11
103_R	164_G	0.502	0.11
61_I	307_L	0.501	0.11
22_V	254_Q	0.501	0.11
165_Y	263_L	0.501	0.11
176_I	182_P	0.500	0.11

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
4kwdA	2	0.7766	81.7	0.973	Contact Map
1ps1A	1	0.7766	81.2	0.973	Contact Map
3kb9A	1	0.8474	80	0.973	Contact Map
1di1A	1	0.7602	79.9	0.973	Contact Map
4qhpA	1	0.8174	79.6	0.973	Contact Map
3b34A	1	0.812	73.6	0.975	Contact Map
4okzA	1	0.8583	73.5	0.975	Contact Map
4mc3A	1	0.7411	58.8	0.977	Contact Map
3llwA	2	0.3651	47.8	0.978	Contact Map
3pkoA	2	0.4387	42.6	0.979	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0109 seconds.