YCDB - BACSU - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

YCDB - Uncharacterized protein YcdB

UniProt:	O34621	Sequences: MKGAAFVKKEGLKQKALEIGRVPTHLKLEIEDYGGDDKRAHFCWADPQDENTGIIVELGPDGELESLSRDIEPESGERLSEEKLEDIMRQFVETHHPGALSAFVREENDRAYGDKVRFSYVQMEAGLPLPMSGFMADVSLSGEIVYFRYYGEAGSIIKPKRVADVEEALAFIKKDVEFDLLFEVLHRSVYKNGDDQPHLVYEPEGRAITVPADLVQEEQAVDDDDDYREPESFPLPLFEGIREKADPDSMIGIENGFVKEREADLGDGRIGIVWRNPDDPVYQPADKSMDSWFKGRTHQVLKTIYNKETGKLEGVMSFMEKKGPLTVTLAECEKIALRFLFALFPNADQYFRIRYDEKDEEENAVAGFTFEAHCHGVPLRFGQIRICVSRQTGYITVYMGPDIDPNKLATIDPVPAISVEQAKSIFWQHFKVELGWEREYGDDEEHSYRLVYKPVYPHFIDAHTGEPVFSIW	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	472 (446)
Sequences:	260 (224)
Seq/√Len:	10.6

BACSU - YCDB YCDC

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
252_G	256_G	3.764	0.98
129_L	132_S	3.488	0.97
210_V	214_L	3.128	0.95
127_L	415_P	3.103	0.95
460_I	467_P	3.076	0.95
164_D	168_A	3.045	0.94
462_A	465_G	2.974	0.93
327_V	332_C	2.918	0.93
91_F	144_I	2.853	0.92
44_W	398_Y	2.853	0.92
388_V	395_I	2.807	0.91
351_F	384_I	2.723	0.90
182_F	436_W	2.688	0.89
88_M	461_D	2.633	0.88
122_Q	156_I	2.598	0.88
100_L	468_V	2.583	0.87
23_P	54_I	2.535	0.86
124_E	156_I	2.482	0.85
23_P	28_L	2.431	0.84
339_F	395_I	2.425	0.84
211_P	215_V	2.399	0.83
138_V	370_F	2.379	0.82
386_I	461_D	2.376	0.82
26_L	54_I	2.367	0.82
51_N	64_L	2.365	0.82
180_L	462_A	2.356	0.82
40_A	60_P	2.352	0.82
177_E	419_V	2.351	0.82
332_C	366_A	2.280	0.79
12_L	40_A	2.247	0.78
61_D	144_I	2.187	0.76
261_R	388_V	2.169	0.76
92_V	376_G	2.165	0.76
64_L	450_L	2.122	0.74
172_I	386_I	2.100	0.73
163_A	168_A	2.097	0.73
452_Y	465_G	2.088	0.73
452_Y	462_A	2.067	0.72
122_Q	151_G	2.052	0.72
332_C	436_W	2.050	0.71
12_L	58_L	2.044	0.71
61_D	84_L	2.025	0.71
91_F	138_V	2.018	0.70
23_P	26_L	2.006	0.70
170_A	216_Q	1.987	0.69
180_L	199_L	1.979	0.69
82_E	305_Y	1.963	0.68
172_I	210_V	1.945	0.67
167_E	170_A	1.894	0.65
12_L	60_P	1.887	0.65
435_G	453_K	1.880	0.65
16_A	20_G	1.876	0.64
31_E	340_L	1.858	0.64
44_W	54_I	1.831	0.62
436_W	448_Y	1.825	0.62
106_E	121_V	1.824	0.62
306_N	311_K	1.813	0.62
47_P	92_V	1.809	0.61
241_I	244_K	1.798	0.61
11_G	340_L	1.795	0.61
15_K	18_E	1.792	0.61
20_G	64_L	1.788	0.60
76_G	83_K	1.773	0.60
21_R	24_T	1.767	0.59
12_L	307_K	1.764	0.59
256_G	261_R	1.762	0.59
328_T	331_E	1.738	0.58
388_V	461_D	1.727	0.58
339_F	388_V	1.726	0.58
12_L	31_E	1.722	0.57
145_V	294_K	1.686	0.56
178_F	426_F	1.686	0.56
247_P	250_M	1.672	0.55
122_Q	129_L	1.662	0.55
425_I	428_Q	1.652	0.54
351_F	382_G	1.650	0.54
434_L	450_L	1.637	0.53
11_G	118_F	1.636	0.53
330_A	420_E	1.621	0.53
199_L	462_A	1.615	0.52
289_M	340_L	1.603	0.52
144_I	335_I	1.599	0.52
337_L	370_F	1.598	0.52
450_L	465_G	1.597	0.52
125_A	214_L	1.591	0.51
21_R	28_L	1.584	0.51
40_A	84_L	1.563	0.50
144_I	466_E	1.560	0.50
199_L	393_G	1.551	0.49
338_R	420_E	1.549	0.49
434_L	452_Y	1.546	0.49
64_L	91_F	1.544	0.49
90_Q	94_T	1.536	0.49
163_A	417_I	1.535	0.49
212_A	436_W	1.522	0.48
57_E	259_K	1.519	0.48
120_Y	262_E	1.514	0.48
14_Q	210_V	1.513	0.48
16_A	42_F	1.510	0.47
183_E	418_S	1.509	0.47
150_Y	388_V	1.496	0.47
16_A	56_V	1.493	0.47
161_R	213_D	1.491	0.47
64_L	180_L	1.473	0.46
382_G	402_D	1.473	0.46
247_P	252_G	1.462	0.45
168_A	210_V	1.453	0.45
16_A	58_L	1.444	0.44
92_V	207_A	1.442	0.44
44_W	118_F	1.424	0.43
203_P	426_F	1.424	0.43
182_F	212_A	1.420	0.43
129_L	156_I	1.415	0.43
158_K	436_W	1.414	0.43
67_L	421_Q	1.410	0.43
17_L	24_T	1.401	0.42
40_A	307_K	1.393	0.42
125_A	436_W	1.391	0.42
156_I	392_T	1.386	0.42
199_L	309_T	1.384	0.42
423_K	431_K	1.383	0.42
144_I	368_F	1.379	0.41
328_T	393_G	1.373	0.41
59_G	62_G	1.367	0.41
309_T	433_E	1.362	0.41
170_A	174_K	1.362	0.41
366_A	390_R	1.340	0.40
147_F	151_G	1.324	0.39
329_L	366_A	1.321	0.39
203_P	460_I	1.317	0.39
331_E	383_Q	1.313	0.38
214_L	305_Y	1.311	0.38
128_P	434_L	1.304	0.38
422_A	462_A	1.300	0.38
84_L	210_V	1.299	0.38
303_T	384_I	1.297	0.38
58_L	307_K	1.293	0.38
67_L	307_K	1.293	0.38
12_L	15_K	1.286	0.37
310_G	465_G	1.286	0.37
13_K	17_L	1.274	0.37
44_W	411_I	1.271	0.37
58_L	64_L	1.268	0.36
177_E	210_V	1.266	0.36
192_N	464_T	1.258	0.36
259_K	429_H	1.256	0.36
120_Y	127_L	1.252	0.36
336_A	452_Y	1.248	0.36
95_H	436_W	1.248	0.36
250_M	256_G	1.242	0.35
315_V	331_E	1.240	0.35
251_I	426_F	1.238	0.35
231_E	255_N	1.237	0.35
393_G	422_A	1.237	0.35
395_I	424_S	1.237	0.35
138_V	144_I	1.226	0.35
120_Y	421_Q	1.226	0.35
116_V	176_V	1.224	0.35
80_S	338_R	1.224	0.35
331_E	334_K	1.223	0.34
15_K	25_H	1.222	0.34
118_F	199_L	1.220	0.34
83_K	101_S	1.220	0.34
83_K	86_D	1.208	0.34
120_Y	289_M	1.201	0.34
44_W	417_I	1.196	0.33
393_G	462_A	1.193	0.33
65_E	463_H	1.185	0.33
121_V	259_K	1.181	0.33
434_L	464_T	1.174	0.32
208_I	451_V	1.174	0.32
63_E	397_V	1.166	0.32
391_Q	395_I	1.165	0.32
124_E	353_I	1.162	0.32
128_P	451_V	1.159	0.32
156_I	344_F	1.152	0.32
67_L	432_V	1.146	0.31
17_L	29_E	1.144	0.31
388_V	434_L	1.140	0.31
125_A	215_V	1.137	0.31
156_I	368_F	1.137	0.31
116_V	372_A	1.134	0.31
373_H	376_G	1.131	0.31
12_L	16_A	1.130	0.31
112_Y	303_T	1.127	0.31
125_A	248_D	1.126	0.30
417_I	432_V	1.125	0.30
386_I	468_V	1.125	0.30
378_P	434_L	1.125	0.30
122_Q	132_S	1.119	0.30
210_V	280_P	1.117	0.30
33_Y	340_L	1.096	0.29
309_T	449_R	1.094	0.29
23_P	44_W	1.093	0.29
171_F	210_V	1.087	0.29
190_Y	200_V	1.085	0.29
201_Y	465_G	1.084	0.29
450_L	462_A	1.083	0.29
127_L	151_G	1.080	0.29
144_I	431_K	1.079	0.29
323_G	460_I	1.077	0.29
211_P	214_L	1.077	0.29
136_A	442_D	1.075	0.28
411_I	436_W	1.073	0.28
73_P	76_G	1.071	0.28
10_E	172_I	1.064	0.28
64_L	133_G	1.063	0.28
139_S	196_Q	1.060	0.28
22_V	453_K	1.059	0.28
413_P	416_A	1.058	0.28
127_L	436_W	1.056	0.28
61_D	375_H	1.056	0.28
381_F	384_I	1.051	0.28
289_M	307_K	1.045	0.27
170_A	193_G	1.041	0.27
139_S	211_P	1.036	0.27
447_S	466_E	1.031	0.27
64_L	235_L	1.027	0.27
376_G	393_G	1.026	0.27
386_I	420_E	1.024	0.27
345_P	448_Y	1.022	0.26
211_P	449_R	1.021	0.26
235_L	399_M	1.013	0.26
86_D	166_E	1.009	0.26
379_L	382_G	1.006	0.26
298_H	315_V	1.006	0.26
306_N	386_I	1.005	0.26
461_D	465_G	1.004	0.26
254_E	314_G	1.002	0.26
180_L	450_L	1.001	0.26
114_D	377_V	1.001	0.26
422_A	450_L	0.997	0.26
426_F	454_P	0.996	0.26
258_V	320_E	0.988	0.25
57_E	231_E	0.987	0.25
20_G	67_L	0.986	0.25
195_D	335_I	0.985	0.25
84_L	436_W	0.983	0.25
58_L	368_F	0.981	0.25
422_A	452_Y	0.978	0.25
83_K	261_R	0.978	0.25
157_I	436_W	0.978	0.25
68_S	144_I	0.977	0.25
172_I	340_L	0.974	0.25
214_L	420_E	0.974	0.25
173_K	179_D	0.973	0.25
180_L	315_V	0.971	0.25
126_G	328_T	0.970	0.25
253_I	257_F	0.968	0.25
20_G	178_F	0.964	0.24
84_L	118_F	0.962	0.24
147_F	287_K	0.959	0.24
182_F	410_T	0.957	0.24
345_P	384_I	0.955	0.24
56_V	116_V	0.955	0.24
327_V	331_E	0.955	0.24
256_G	259_K	0.952	0.24
22_V	42_F	0.951	0.24
81_E	118_F	0.950	0.24
49_D	312_L	0.947	0.24
28_L	64_L	0.944	0.24
289_M	303_T	0.943	0.24
55_I	136_A	0.942	0.24
65_E	368_F	0.940	0.24
343_L	347_A	0.938	0.24
372_A	378_P	0.932	0.23
130_P	448_Y	0.928	0.23
51_N	395_I	0.926	0.23
327_V	335_I	0.924	0.23
92_V	324_P	0.923	0.23
85_E	107_E	0.923	0.23
66_S	141_S	0.923	0.23
263_A	379_L	0.920	0.23
368_F	464_T	0.916	0.23
53_G	394_Y	0.912	0.23
214_L	304_I	0.911	0.23
40_A	129_L	0.910	0.23
33_Y	426_F	0.908	0.23
42_F	54_I	0.900	0.22
21_R	301_L	0.898	0.22
42_F	311_K	0.898	0.22
16_A	296_R	0.895	0.22
39_R	65_E	0.895	0.22
328_T	417_I	0.890	0.22
91_F	368_F	0.887	0.22
83_K	310_G	0.887	0.22
335_I	432_V	0.886	0.22
306_N	389_S	0.885	0.22
303_T	346_N	0.884	0.22
310_G	462_A	0.882	0.22
109_D	136_A	0.881	0.22
120_Y	340_L	0.879	0.22
42_F	332_C	0.878	0.22
22_V	44_W	0.874	0.21
203_P	309_T	0.873	0.21
339_F	344_F	0.872	0.21
289_M	295_G	0.871	0.21
24_T	293_F	0.871	0.21
327_V	423_K	0.870	0.21
168_A	172_I	0.866	0.21
169_L	424_S	0.864	0.21
260_E	309_T	0.863	0.21
201_Y	452_Y	0.862	0.21
129_L	266_G	0.860	0.21
132_S	182_F	0.860	0.21
341_F	457_P	0.859	0.21
174_K	387_C	0.858	0.21
97_P	127_L	0.856	0.21
76_G	328_T	0.855	0.21
136_A	152_E	0.854	0.21
417_I	466_E	0.853	0.21
96_H	384_I	0.851	0.21
73_P	86_D	0.850	0.21
11_G	172_I	0.850	0.21
195_D	395_I	0.848	0.21
57_E	211_P	0.847	0.21
296_R	429_H	0.844	0.20
55_I	58_L	0.844	0.20
12_L	151_G	0.844	0.20
25_H	328_T	0.842	0.20
40_A	44_W	0.839	0.20
69_R	351_F	0.839	0.20
122_Q	436_W	0.838	0.20
26_L	95_H	0.834	0.20
179_D	466_E	0.834	0.20
335_I	439_E	0.833	0.20
290_D	466_E	0.831	0.20
36_D	210_V	0.830	0.20
14_Q	313_E	0.828	0.20
64_L	303_T	0.822	0.20
132_S	436_W	0.818	0.20
386_I	435_G	0.818	0.20
237_L	255_N	0.817	0.20
432_V	456_Y	0.817	0.20
312_L	427_W	0.816	0.20
172_I	389_S	0.815	0.20
92_V	379_L	0.814	0.20
48_Q	171_F	0.811	0.19
136_A	169_L	0.810	0.19
197_P	260_E	0.807	0.19
124_E	345_P	0.806	0.19
91_F	147_F	0.805	0.19
121_V	371_E	0.803	0.19
169_L	431_K	0.802	0.19
23_P	128_P	0.797	0.19
136_A	338_R	0.796	0.19
32_D	87_I	0.796	0.19
203_P	368_F	0.795	0.19
97_P	305_Y	0.793	0.19
74_E	113_G	0.790	0.19
126_G	389_S	0.788	0.19
452_Y	461_D	0.787	0.19
42_F	366_A	0.786	0.19
125_A	341_F	0.785	0.19
421_Q	424_S	0.785	0.19
138_V	412_D	0.784	0.19
82_E	93_E	0.782	0.19
89_R	314_G	0.780	0.19
86_D	276_N	0.778	0.19
128_P	163_A	0.777	0.18
157_I	448_Y	0.777	0.18
271_G	309_T	0.776	0.18
200_V	398_Y	0.774	0.18
168_A	307_K	0.774	0.18
368_F	465_G	0.771	0.18
122_Q	411_I	0.771	0.18
87_I	134_F	0.771	0.18
260_E	460_I	0.770	0.18
203_P	393_G	0.770	0.18
388_V	409_A	0.769	0.18
134_F	332_C	0.769	0.18
121_V	133_G	0.768	0.18
90_Q	96_H	0.766	0.18
88_M	182_F	0.765	0.18
40_A	132_S	0.764	0.18
170_A	266_G	0.764	0.18
321_K	424_S	0.764	0.18
75_S	377_V	0.764	0.18
385_R	413_P	0.763	0.18
25_H	288_S	0.763	0.18
156_I	436_W	0.762	0.18
120_Y	216_Q	0.761	0.18
122_Q	182_F	0.758	0.18
68_S	174_K	0.757	0.18
234_P	398_Y	0.756	0.18
163_A	439_E	0.755	0.18
298_H	340_L	0.753	0.18
305_Y	387_C	0.750	0.18
108_N	136_A	0.747	0.18
340_L	396_T	0.745	0.18
202_E	309_T	0.745	0.18
62_G	65_E	0.744	0.18
107_E	216_Q	0.744	0.18
323_G	401_P	0.739	0.17
102_A	124_E	0.737	0.17
155_S	170_A	0.735	0.17
137_D	271_G	0.735	0.17
107_E	167_E	0.735	0.17
118_F	448_Y	0.734	0.17
94_T	305_Y	0.734	0.17
284_P	420_E	0.733	0.17
92_V	409_A	0.732	0.17
25_H	252_G	0.729	0.17
335_I	388_V	0.728	0.17
246_D	312_L	0.726	0.17
336_A	370_F	0.726	0.17
419_V	423_K	0.726	0.17
17_L	86_D	0.724	0.17
178_F	368_F	0.724	0.17
256_G	260_E	0.721	0.17
182_F	389_S	0.721	0.17
262_E	406_N	0.720	0.17
312_L	460_I	0.719	0.17
84_L	211_P	0.719	0.17
332_C	368_F	0.719	0.17
138_V	323_G	0.718	0.17
260_E	421_Q	0.717	0.17
386_I	418_S	0.715	0.17
156_I	346_N	0.715	0.17
46_D	49_D	0.715	0.17
30_I	40_A	0.715	0.17
55_I	420_E	0.714	0.17
17_L	196_Q	0.713	0.17
42_F	363_N	0.712	0.17
84_L	215_V	0.710	0.17
291_S	307_K	0.709	0.17
275_R	291_S	0.709	0.17
398_Y	432_V	0.709	0.17
60_P	118_F	0.708	0.17
336_A	434_L	0.705	0.17
293_F	351_F	0.705	0.17
278_D	315_V	0.705	0.17
97_P	343_L	0.704	0.16
90_Q	251_I	0.703	0.16
214_L	254_E	0.702	0.16
59_G	65_E	0.702	0.16
72_E	165_V	0.701	0.16
64_L	307_K	0.699	0.16
182_F	411_I	0.698	0.16
361_E	395_I	0.695	0.16
80_S	328_T	0.692	0.16
424_S	449_R	0.691	0.16
168_A	217_E	0.690	0.16
22_V	65_E	0.689	0.16
48_Q	334_K	0.689	0.16
434_L	465_G	0.687	0.16
91_F	393_G	0.686	0.16
331_E	397_V	0.686	0.16
376_G	451_V	0.684	0.16
108_N	118_F	0.681	0.16
42_F	302_K	0.680	0.16
21_R	293_F	0.677	0.16
13_K	20_G	0.677	0.16
373_H	398_Y	0.675	0.16
42_F	418_S	0.673	0.16
244_K	321_K	0.672	0.16
51_N	352_R	0.671	0.16
80_S	83_K	0.671	0.16
159_P	408_L	0.670	0.16
79_L	389_S	0.670	0.16
120_Y	169_L	0.667	0.16
127_L	182_F	0.665	0.16
44_W	56_V	0.664	0.15
130_P	306_N	0.664	0.15
58_L	338_R	0.663	0.15
389_S	436_W	0.661	0.15
27_K	318_F	0.658	0.15
199_L	310_G	0.657	0.15
336_A	379_L	0.655	0.15
133_G	388_V	0.654	0.15
163_A	414_V	0.654	0.15
19_I	23_P	0.654	0.15
67_L	400_G	0.653	0.15
90_Q	266_G	0.650	0.15
158_K	210_V	0.650	0.15
64_L	70_D	0.649	0.15
129_L	373_H	0.647	0.15
120_Y	301_L	0.646	0.15
178_F	203_P	0.646	0.15
40_A	332_C	0.646	0.15
280_P	397_V	0.645	0.15
121_V	426_F	0.643	0.15
144_I	303_T	0.642	0.15
126_G	418_S	0.641	0.15
252_G	436_W	0.639	0.15
95_H	156_I	0.638	0.15
23_P	52_T	0.638	0.15
73_P	442_D	0.636	0.15
305_Y	348_D	0.634	0.15
221_V	413_P	0.634	0.15
434_L	462_A	0.633	0.15
133_G	359_D	0.632	0.15
214_L	311_K	0.632	0.15
375_H	446_H	0.630	0.15
212_A	336_A	0.630	0.15
367_G	387_C	0.630	0.15
90_Q	460_I	0.626	0.15
156_I	168_A	0.625	0.15
85_E	427_W	0.625	0.15
211_P	436_W	0.624	0.15
156_I	182_F	0.623	0.14
212_A	451_V	0.623	0.14
29_E	32_D	0.620	0.14
199_L	376_G	0.618	0.14
87_I	224_D	0.618	0.14
264_D	267_D	0.615	0.14
70_D	315_V	0.615	0.14
116_V	138_V	0.615	0.14
426_F	437_E	0.615	0.14
378_P	460_I	0.615	0.14
309_T	398_Y	0.613	0.14
98_G	101_S	0.613	0.14
180_L	393_G	0.612	0.14
56_V	201_Y	0.611	0.14
377_V	461_D	0.610	0.14
139_S	461_D	0.610	0.14
334_K	433_E	0.610	0.14
59_G	211_P	0.609	0.14
163_A	364_A	0.607	0.14
58_L	303_T	0.605	0.14
30_I	302_K	0.604	0.14
74_E	438_R	0.604	0.14
87_I	293_F	0.604	0.14
194_D	334_K	0.602	0.14
13_K	16_A	0.601	0.14
109_D	417_I	0.599	0.14
157_I	389_S	0.598	0.14
127_L	256_G	0.598	0.14
244_K	442_D	0.598	0.14
60_P	144_I	0.596	0.14
68_S	288_S	0.596	0.14
92_V	205_G	0.595	0.14
102_A	116_V	0.594	0.14
125_A	158_K	0.594	0.14
146_Y	379_L	0.593	0.14
302_K	318_F	0.593	0.14
54_I	410_T	0.592	0.14
201_Y	336_A	0.588	0.14
229_E	265_L	0.588	0.14
98_G	395_I	0.587	0.14
66_S	372_A	0.586	0.14
315_V	333_E	0.586	0.14
167_E	433_E	0.586	0.14
134_F	366_A	0.585	0.14
65_E	144_I	0.583	0.14
74_E	446_H	0.583	0.14
314_G	334_K	0.583	0.14
31_E	40_A	0.581	0.14
311_K	355_Y	0.581	0.14
386_I	456_Y	0.580	0.14
142_G	370_F	0.580	0.14
69_R	413_P	0.579	0.13
23_P	133_G	0.578	0.13
337_L	344_F	0.577	0.13
302_K	433_E	0.577	0.13
323_G	424_S	0.575	0.13
167_E	227_Y	0.574	0.13
142_G	201_Y	0.574	0.13
38_K	175_D	0.573	0.13
137_D	421_Q	0.572	0.13
133_G	460_I	0.571	0.13
131_M	351_F	0.571	0.13
123_M	356_D	0.571	0.13
256_G	395_I	0.570	0.13
157_I	211_P	0.569	0.13
95_H	340_L	0.569	0.13
345_P	381_F	0.567	0.13
264_D	376_G	0.566	0.13
295_G	432_V	0.565	0.13
35_G	55_I	0.565	0.13
305_Y	421_Q	0.564	0.13
295_G	386_I	0.564	0.13
439_E	448_Y	0.564	0.13
116_V	421_Q	0.564	0.13
178_F	467_P	0.563	0.13
22_V	54_I	0.562	0.13
372_A	395_I	0.561	0.13
285_A	309_T	0.560	0.13
167_E	451_V	0.560	0.13
320_E	443_D	0.560	0.13
428_Q	449_R	0.559	0.13
257_F	261_R	0.559	0.13
324_P	426_F	0.557	0.13
331_E	385_R	0.557	0.13
61_D	328_T	0.556	0.13
114_D	162_V	0.554	0.13
162_V	345_P	0.554	0.13
127_L	324_P	0.554	0.13
59_G	144_I	0.551	0.13
398_Y	402_D	0.551	0.13
79_L	305_Y	0.551	0.13
69_R	377_V	0.551	0.13
19_I	85_E	0.550	0.13
116_V	310_G	0.550	0.13
27_K	386_I	0.549	0.13
435_G	439_E	0.549	0.13
101_S	136_A	0.548	0.13
126_G	314_G	0.548	0.13
170_A	428_Q	0.547	0.13
167_E	359_D	0.547	0.13
165_V	460_I	0.547	0.13
323_G	327_V	0.546	0.13
105_R	421_Q	0.545	0.13
36_D	304_I	0.545	0.13
85_E	308_E	0.545	0.13
410_T	436_W	0.545	0.13
277_P	307_K	0.545	0.13
69_R	143_E	0.544	0.13
254_E	302_K	0.543	0.13
54_I	303_T	0.542	0.13
345_P	382_G	0.542	0.13
60_P	100_L	0.542	0.13
298_H	302_K	0.542	0.13
340_L	382_G	0.539	0.13
138_V	273_V	0.536	0.13
101_S	172_I	0.535	0.13
122_Q	260_E	0.535	0.13
37_D	191_K	0.535	0.13
211_P	255_N	0.535	0.13
158_K	392_T	0.535	0.13
77_E	416_A	0.534	0.13
131_M	166_E	0.533	0.13
158_K	401_P	0.533	0.13
234_P	421_Q	0.533	0.13
120_Y	134_F	0.533	0.13
153_A	264_D	0.533	0.13
257_F	460_I	0.532	0.12
85_E	169_L	0.531	0.12
155_S	288_S	0.531	0.12
56_V	163_A	0.529	0.12
69_R	260_E	0.527	0.12
62_G	336_A	0.527	0.12
246_D	388_V	0.527	0.12
60_P	371_E	0.526	0.12
137_D	395_I	0.525	0.12
11_G	387_C	0.524	0.12
20_G	303_T	0.523	0.12
350_Y	436_W	0.522	0.12
92_V	468_V	0.522	0.12
157_I	348_D	0.522	0.12
315_V	351_F	0.521	0.12
79_L	118_F	0.520	0.12
133_G	350_Y	0.520	0.12
193_G	235_L	0.517	0.12
18_E	38_K	0.515	0.12
60_P	222_D	0.515	0.12
92_V	386_I	0.515	0.12
193_G	216_Q	0.514	0.12
173_K	344_F	0.513	0.12
115_K	126_G	0.512	0.12
56_V	80_S	0.512	0.12
56_V	208_I	0.512	0.12
197_P	426_F	0.512	0.12
56_V	65_E	0.510	0.12
85_E	105_R	0.510	0.12
65_E	135_M	0.510	0.12
260_E	467_P	0.509	0.12
422_A	465_G	0.509	0.12
310_G	387_C	0.509	0.12
120_Y	283_Q	0.506	0.12
355_Y	398_Y	0.506	0.12
169_L	356_D	0.506	0.12
19_I	423_K	0.505	0.12
120_Y	335_I	0.504	0.12
335_I	342_A	0.504	0.12
136_A	191_K	0.503	0.12
14_Q	24_T	0.502	0.12
44_W	200_V	0.502	0.12
169_L	210_V	0.500	0.12

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
4k90B	1	0.3347	99.7	0.832	Contact Map
3nqzA	1	0.3136	99.6	0.852	Contact Map
4exrA	2	0.2775	98.4	0.909	Contact Map
2o3oA	2	0.4153	98.3	0.913	Contact Map
2fgtA	1	0.3602	97.5	0.927	Contact Map
3db7A	2	0.2564	86.8	0.955	Contact Map
2gu3A	1	0.1441	77.6	0.96	Contact Map
4dsdA	1	0.2542	76.6	0.96	Contact Map
3u1wA	3	0.3898	76.5	0.96	Contact Map
4qoaA	2	0.2585	74.7	0.96	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0124 seconds.