YTLQ - BACSU - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

YTLQ - Uncharacterized protein YtlQ

UniProt:	O34471	Sequences: MAQIIKIHDYISRYELDPYHYINQFVRLKKERWLSLVEAAERQHEERQASAEEPEPVQKRKKFSLKRRKEEIKADIQEERHQWFEDEEDIHVRLPKSRVALASFYKRHLYDFQLKWASSTLSEISQLSNQVKQDRILRYLTQQLPDSYFIMYKPVLKIQQAAVELSIVIISPLEIYCVSFLEAEEDSVYIGSKNRFWDKKTASQTASVLNPGLSLFRTDSVVSKIVKEKQAEIPVRKLLLSRTSYIDYPEPPYGLEIADKRSAEEWIERQKKNTAPIKHHQVKAAKALLSYCMSDSYRRQEWLE	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	304 (299)
Sequences:	109 (99)
Seq/√Len:	5.7

BACSU - YTLQ

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
144_L	271_K	4.185	0.94
175_I	226_V	4.185	0.94
139_Y	263_A	4.123	0.94
3_Q	120_T	3.510	0.87
5_I	151_M	3.429	0.85
189_Y	199_K	2.896	0.73
106_K	143_Q	2.617	0.65
196_F	247_D	2.576	0.64
182_E	242_R	2.572	0.64
17_D	259_D	2.556	0.63
114_L	127_L	2.536	0.63
177_C	196_F	2.488	0.61
169_I	239_L	2.416	0.59
112_F	120_T	2.300	0.55
20_H	24_Q	2.248	0.53
176_Y	238_L	2.210	0.52
25_F	160_Q	2.174	0.50
112_F	209_L	2.129	0.49
32_R	277_I	2.110	0.48
106_K	282_V	2.084	0.47
109_L	160_Q	2.076	0.47
218_T	231_A	2.076	0.47
10_Y	131_V	2.070	0.47
275_A	294_S	2.069	0.47
138_R	149_F	2.056	0.46
168_V	256_E	2.029	0.45
267_I	271_K	2.029	0.45
196_F	255_L	2.014	0.45
150_I	296_S	2.008	0.45
7_I	22_I	1.968	0.43
167_I	218_T	1.956	0.43
150_I	169_I	1.948	0.43
9_D	210_N	1.924	0.42
171_S	273_N	1.904	0.41
108_H	184_E	1.881	0.40
232_E	272_K	1.872	0.40
23_N	162_A	1.839	0.39
100_A	296_S	1.838	0.39
20_H	218_T	1.811	0.38
170_I	223_S	1.809	0.38
141_T	271_K	1.798	0.38
187_S	199_K	1.745	0.36
174_E	259_D	1.731	0.35
180_F	251_P	1.728	0.35
143_Q	271_K	1.705	0.35
102_A	244_S	1.697	0.34
106_K	144_L	1.643	0.33
166_S	179_S	1.615	0.32
158_I	268_E	1.607	0.32
196_F	261_R	1.606	0.32
30_K	105_Y	1.598	0.31
20_H	259_D	1.551	0.30
132_K	273_N	1.533	0.29
183_A	199_K	1.532	0.29
140_L	169_I	1.511	0.29
40_A	195_R	1.504	0.29
105_Y	282_V	1.489	0.28
3_Q	112_F	1.486	0.28
155_V	240_L	1.469	0.28
221_V	247_D	1.466	0.27
15_E	144_L	1.458	0.27
107_R	155_V	1.420	0.26
64_S	275_A	1.416	0.26
66_K	208_V	1.407	0.26
296_S	299_R	1.392	0.25
106_K	271_K	1.388	0.25
64_S	231_A	1.383	0.25
114_L	118_S	1.373	0.25
244_S	270_Q	1.369	0.25
151_M	229_K	1.352	0.24
149_F	160_Q	1.350	0.24
151_M	210_N	1.337	0.24
106_K	156_L	1.335	0.24
1_M	17_D	1.326	0.24
138_R	282_V	1.322	0.24
192_S	196_F	1.321	0.24
24_Q	147_S	1.319	0.24
191_G	196_F	1.315	0.23
244_S	247_D	1.297	0.23
95_P	253_Y	1.294	0.23
19_Y	282_V	1.289	0.23
93_R	163_V	1.287	0.23
202_A	214_S	1.283	0.23
155_V	204_Q	1.277	0.23
120_T	147_S	1.274	0.22
25_F	181_L	1.273	0.22
112_F	199_K	1.270	0.22
144_L	156_L	1.269	0.22
190_I	200_K	1.265	0.22
179_S	235_V	1.263	0.22
9_D	161_A	1.263	0.22
237_K	252_P	1.263	0.22
143_Q	267_I	1.260	0.22
50_S	258_A	1.254	0.22
31_E	191_G	1.253	0.22
121_L	240_L	1.252	0.22
87_E	240_L	1.249	0.22
151_M	156_L	1.232	0.21
270_Q	300_Q	1.221	0.21
199_K	249_P	1.215	0.21
4_I	102_A	1.212	0.21
125_S	299_R	1.212	0.21
191_G	254_G	1.211	0.21
138_R	142_Q	1.210	0.21
120_T	242_R	1.205	0.21
138_R	205_T	1.204	0.21
136_I	180_F	1.199	0.21
168_V	235_V	1.197	0.21
26_V	112_F	1.195	0.21
196_F	244_S	1.193	0.21
177_C	244_S	1.192	0.21
27_R	235_V	1.190	0.21
26_V	120_T	1.179	0.20
94_L	104_F	1.167	0.20
156_L	225_I	1.163	0.20
141_T	282_V	1.163	0.20
106_K	140_L	1.162	0.20
202_A	245_Y	1.153	0.20
160_Q	202_A	1.149	0.20
203_S	260_K	1.146	0.20
72_I	166_S	1.143	0.19
8_H	219_D	1.143	0.19
177_C	286_K	1.137	0.19
97_S	167_I	1.128	0.19
52_E	260_K	1.124	0.19
288_L	301_E	1.113	0.19
189_Y	261_R	1.110	0.19
178_V	240_L	1.098	0.19
189_Y	200_K	1.097	0.18
37_V	98_R	1.092	0.18
66_K	121_L	1.087	0.18
140_L	240_L	1.081	0.18
87_E	239_L	1.080	0.18
61_K	69_K	1.067	0.18
3_Q	242_R	1.061	0.18
227_K	232_E	1.057	0.18
118_S	259_D	1.049	0.18
247_D	261_R	1.046	0.17
96_K	230_Q	1.045	0.17
212_G	255_L	1.041	0.17
20_H	162_A	1.038	0.17
32_R	196_F	1.037	0.17
155_V	295_D	1.033	0.17
112_F	296_S	1.026	0.17
82_Q	179_S	1.022	0.17
143_Q	147_S	1.018	0.17
200_K	245_Y	1.017	0.17
156_L	159_Q	1.015	0.17
3_Q	26_V	1.011	0.17
20_H	195_R	1.008	0.17
155_V	293_M	1.007	0.17
113_Q	145_P	1.007	0.17
29_K	145_P	1.007	0.17
29_K	113_Q	1.007	0.17
13_R	29_K	1.007	0.17
113_Q	116_W	1.007	0.17
29_K	116_W	1.007	0.17
116_W	145_P	1.007	0.17
13_R	116_W	1.007	0.17
13_R	145_P	1.007	0.17
13_R	113_Q	1.007	0.17
50_S	121_L	1.002	0.17
174_E	188_V	0.998	0.17
139_Y	144_L	0.997	0.16
32_R	244_S	0.992	0.16
10_Y	22_I	0.989	0.16
50_S	235_V	0.988	0.16
17_D	140_L	0.979	0.16
184_E	210_N	0.974	0.16
177_C	199_K	0.972	0.16
118_S	137_L	0.971	0.16
170_I	255_L	0.970	0.16
209_L	241_S	0.967	0.16
106_K	139_Y	0.967	0.16
7_I	23_N	0.966	0.16
4_I	141_T	0.964	0.16
95_P	237_K	0.963	0.16
97_S	232_E	0.961	0.16
221_V	233_I	0.959	0.16
63_F	198_D	0.954	0.16
181_L	204_Q	0.953	0.16
102_A	166_S	0.946	0.16
263_A	287_A	0.946	0.16
138_R	143_Q	0.942	0.15
155_V	178_V	0.939	0.15
107_R	199_K	0.937	0.15
15_E	19_Y	0.934	0.15
196_F	245_Y	0.930	0.15
161_A	210_N	0.926	0.15
3_Q	101_L	0.925	0.15
11_I	283_K	0.920	0.15
25_F	101_L	0.917	0.15
146_D	152_Y	0.916	0.15
32_R	226_V	0.915	0.15
25_F	149_F	0.911	0.15
249_P	254_G	0.910	0.15
147_S	267_I	0.905	0.15
111_D	133_Q	0.900	0.15
232_E	264_E	0.899	0.15
18_P	22_I	0.894	0.15
140_L	180_F	0.893	0.15
24_Q	259_D	0.890	0.15
112_F	200_K	0.885	0.14
155_V	207_S	0.884	0.14
177_C	255_L	0.882	0.14
191_G	248_Y	0.879	0.14
36_L	178_V	0.872	0.14
151_M	170_I	0.869	0.14
79_E	255_L	0.869	0.14
32_R	254_G	0.864	0.14
10_Y	123_E	0.862	0.14
227_K	294_S	0.857	0.14
95_P	178_V	0.848	0.14
255_L	300_Q	0.847	0.14
26_V	187_S	0.846	0.14
37_V	41_E	0.841	0.14
144_L	282_V	0.835	0.14
50_S	238_L	0.830	0.14
138_R	283_K	0.829	0.14
139_Y	282_V	0.827	0.13
22_I	185_E	0.826	0.13
22_I	155_V	0.825	0.13
199_K	261_R	0.823	0.13
143_Q	156_L	0.821	0.13
95_P	252_P	0.820	0.13
65_L	171_S	0.819	0.13
182_E	209_L	0.819	0.13
43_Q	124_I	0.816	0.13
105_Y	147_S	0.816	0.13
143_Q	277_I	0.812	0.13
3_Q	19_Y	0.812	0.13
166_S	210_N	0.809	0.13
26_V	199_K	0.808	0.13
94_L	151_M	0.806	0.13
156_L	292_C	0.805	0.13
81_H	239_L	0.805	0.13
117_A	215_L	0.798	0.13
196_F	259_D	0.793	0.13
18_P	129_N	0.791	0.13
110_Y	259_D	0.789	0.13
100_A	201_T	0.786	0.13
151_M	226_V	0.785	0.13
168_V	300_Q	0.785	0.13
180_F	240_L	0.779	0.13
141_T	144_L	0.777	0.13
185_E	225_I	0.776	0.13
24_Q	167_I	0.774	0.13
266_W	281_Q	0.773	0.13
149_F	271_K	0.773	0.13
179_S	218_T	0.773	0.13
209_L	248_Y	0.773	0.13
100_A	153_K	0.771	0.13
233_I	298_R	0.764	0.13
33_W	142_Q	0.764	0.13
164_E	219_D	0.763	0.12
4_I	131_V	0.762	0.12
20_H	27_R	0.757	0.12
98_R	241_S	0.754	0.12
64_S	226_V	0.752	0.12
199_K	208_V	0.752	0.12
106_K	159_Q	0.750	0.12
170_I	175_I	0.750	0.12
223_S	232_E	0.749	0.12
158_I	168_V	0.748	0.12
240_L	255_L	0.744	0.12
22_I	294_S	0.742	0.12
123_E	294_S	0.741	0.12
54_P	64_S	0.738	0.12
140_L	144_L	0.738	0.12
188_V	209_L	0.735	0.12
69_K	148_Y	0.732	0.12
3_Q	28_L	0.724	0.12
4_I	275_A	0.724	0.12
297_Y	301_E	0.723	0.12
32_R	191_G	0.723	0.12
134_D	152_Y	0.722	0.12
8_H	267_I	0.718	0.12
123_E	296_S	0.717	0.12
157_K	230_Q	0.715	0.12
87_E	129_N	0.714	0.12
1_M	247_D	0.714	0.12
5_I	18_P	0.712	0.12
83_W	287_A	0.709	0.12
147_S	279_H	0.706	0.12
129_N	201_T	0.706	0.12
276_P	285_A	0.701	0.12
24_Q	150_I	0.700	0.12
13_R	33_W	0.698	0.12
33_W	113_Q	0.698	0.12
33_W	116_W	0.698	0.12
29_K	33_W	0.698	0.12
33_W	145_P	0.698	0.12
116_W	137_L	0.696	0.12
113_Q	137_L	0.696	0.12
13_R	137_L	0.696	0.12
137_L	145_P	0.696	0.12
29_K	137_L	0.696	0.12
221_V	267_I	0.694	0.11
26_V	215_L	0.693	0.11
5_I	285_A	0.693	0.11
31_E	188_V	0.690	0.11
56_P	65_L	0.690	0.11
80_R	287_A	0.688	0.11
144_L	277_I	0.686	0.11
149_F	226_V	0.684	0.11
106_K	141_T	0.684	0.11
105_Y	271_K	0.681	0.11
60_R	74_A	0.678	0.11
149_F	277_I	0.678	0.11
147_S	176_Y	0.678	0.11
5_I	39_A	0.677	0.11
191_G	225_I	0.675	0.11
171_S	239_L	0.675	0.11
278_K	281_Q	0.673	0.11
11_I	142_Q	0.672	0.11
205_T	245_Y	0.672	0.11
185_E	295_D	0.672	0.11
191_G	246_I	0.671	0.11
106_K	147_S	0.671	0.11
30_K	170_I	0.670	0.11
79_E	168_V	0.670	0.11
144_L	296_S	0.669	0.11
277_I	282_V	0.666	0.11
71_E	158_I	0.662	0.11
177_C	216_F	0.659	0.11
18_P	111_D	0.659	0.11
77_Q	92_V	0.659	0.11
161_A	289_L	0.658	0.11
67_R	210_N	0.655	0.11
67_R	222_V	0.652	0.11
20_H	167_I	0.650	0.11
147_S	288_L	0.649	0.11
216_F	286_K	0.647	0.11
191_G	200_K	0.646	0.11
252_P	271_K	0.645	0.11
13_R	146_D	0.645	0.11
116_W	146_D	0.645	0.11
29_K	146_D	0.645	0.11
113_Q	146_D	0.645	0.11
257_I	262_S	0.645	0.11
79_E	160_Q	0.643	0.11
16_L	144_L	0.643	0.11
195_R	223_S	0.642	0.11
3_Q	147_S	0.640	0.11
27_R	195_R	0.639	0.11
218_T	292_C	0.635	0.11
98_R	263_A	0.633	0.11
207_S	235_V	0.632	0.11
15_E	226_V	0.630	0.11
124_I	185_E	0.628	0.11
194_N	274_T	0.627	0.11
12_S	155_V	0.625	0.11
45_E	212_G	0.623	0.11
2_A	136_I	0.623	0.11
140_L	156_L	0.619	0.10
177_C	259_D	0.616	0.10
289_L	299_R	0.616	0.10
144_L	236_R	0.615	0.10
21_Y	116_W	0.614	0.10
21_Y	145_P	0.614	0.10
13_R	21_Y	0.614	0.10
21_Y	29_K	0.614	0.10
21_Y	113_Q	0.614	0.10
5_I	229_K	0.613	0.10
1_M	137_L	0.610	0.10
181_L	189_Y	0.608	0.10
275_A	295_D	0.608	0.10
3_Q	190_I	0.604	0.10
1_M	154_P	0.601	0.10
166_S	239_L	0.600	0.10
151_M	175_I	0.599	0.10
24_Q	209_L	0.598	0.10
28_L	112_F	0.597	0.10
190_I	242_R	0.596	0.10
101_L	120_T	0.594	0.10
209_L	249_P	0.593	0.10
171_S	265_E	0.593	0.10
150_I	227_K	0.590	0.10
7_I	166_S	0.584	0.10
3_Q	299_R	0.584	0.10
120_T	252_P	0.581	0.10
267_I	296_S	0.581	0.10
239_L	255_L	0.580	0.10
130_Q	227_K	0.580	0.10
30_K	235_V	0.579	0.10
8_H	105_Y	0.579	0.10
138_R	144_L	0.577	0.10
13_R	276_P	0.575	0.10
29_K	276_P	0.575	0.10
113_Q	276_P	0.575	0.10
116_W	276_P	0.575	0.10
145_P	276_P	0.575	0.10
90_I	260_K	0.573	0.10
149_F	231_A	0.570	0.10
150_I	290_S	0.563	0.10
222_V	287_A	0.561	0.10
11_I	243_T	0.560	0.10
2_A	180_F	0.558	0.10
61_K	100_A	0.556	0.10
76_I	185_E	0.553	0.10
281_Q	289_L	0.552	0.10
166_S	292_C	0.552	0.10
23_N	178_V	0.551	0.10
40_A	97_S	0.549	0.10
177_C	261_R	0.548	0.10
101_L	182_E	0.546	0.10
19_Y	120_T	0.545	0.10
23_N	187_S	0.545	0.10
184_E	199_K	0.543	0.10
118_S	127_L	0.542	0.10
131_V	251_P	0.542	0.10
112_F	241_S	0.541	0.09
11_I	44_H	0.539	0.09
225_I	239_L	0.537	0.09
7_I	294_S	0.536	0.09
132_K	242_R	0.533	0.09
25_F	100_A	0.532	0.09
188_V	224_K	0.531	0.09
98_R	210_N	0.530	0.09
50_S	194_N	0.530	0.09
258_A	280_H	0.528	0.09
168_V	272_K	0.527	0.09
130_Q	198_D	0.526	0.09
31_E	270_Q	0.526	0.09
163_V	247_D	0.525	0.09
259_D	270_Q	0.521	0.09
32_R	74_A	0.521	0.09
69_K	220_S	0.520	0.09
127_L	187_S	0.518	0.09
153_K	179_S	0.517	0.09
176_Y	245_Y	0.511	0.09
14_Y	211_P	0.511	0.09
6_K	197_W	0.511	0.09
6_K	14_Y	0.511	0.09
14_Y	197_W	0.511	0.09
197_W	211_P	0.511	0.09
6_K	211_P	0.511	0.09
4_I	7_I	0.510	0.09
97_S	158_I	0.508	0.09
258_A	264_E	0.507	0.09
15_E	214_S	0.507	0.09
2_A	169_I	0.504	0.09
5_I	159_Q	0.504	0.09
147_S	282_V	0.504	0.09
168_V	268_E	0.503	0.09
139_Y	271_K	0.501	0.09
7_I	239_L	0.500	0.09
111_D	235_V	0.500	0.09

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
3fkcA	2	0.3059	18.1	0.978	Contact Map
4hxiA	1	0.2862	17	0.978	Contact Map
3ga1A	2	0.3092	14.2	0.979	Contact Map
1fs1B	2	0.2204	13.6	0.979	Contact Map
2p1mA	1	0.0888	13.5	0.979	Contact Map
1hv2A	1	0.2368	11.4	0.98	Contact Map
2astA	1	0.2204	10.5	0.98	Contact Map
1r29A	2	0.3059	10.3	0.98	Contact Map
3n54B	5	0.1842	9.6	0.98	Contact Map
2vkpA	4	0.25	8.7	0.981	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0188 seconds.