YFKA - BACSU - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

YFKA - Putative protein YfkA

UniProt:	O34400	Sequences: MTQNTKLRPITPEFDPWEAYMDVDQYGDMQLTNVEFTTTTLCNMRCEHCAVGYTLQPKDPNALPIDLLLKRLEEIPRLRSISITGGEPMLSLKSVKEYVVPLLKYAHERGVRTQINSNLTLDIERYEWIIPYLDVLHISHNWGTVEDFAEIGFAMMDRKPTFEQRARYFEKMIENSRTLVDAGVMVSAETMLNKRTLPHIEHIHRQITEDMKCQRHEVHPMYPSDFASALESLSLKEMRQAIHRLLDIRDENTWMLFGTLPFYACSPDEDDQKLLRRLRAAKNVTVRNDPDGRSRLNVNIFDGNIIVTDFGDTPPLGNIQTDSLPSAYEKWRETKLAKELSCHCPNVRCLGPNVLVKNSYYQDTDFTKRQARS	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	373 (363)
Sequences:	189 (103)
Seq/√Len:	5.4

BACSU - YFKA

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
123_I	178_T	6.086	0.99
302_D	305_I	5.668	0.99
251_E	281_A	5.116	0.98
207_I	218_V	5.053	0.98
180_V	214_Q	4.929	0.97
305_I	327_A	4.876	0.97
146_E	162_F	3.957	0.91
247_D	277_R	3.075	0.76
96_K	128_W	3.048	0.75
47_E	147_D	3.042	0.75
305_I	322_D	3.037	0.75
304_N	315_P	2.925	0.72
233_L	241_A	2.686	0.65
147_D	151_I	2.591	0.62
243_H	277_R	2.497	0.59
150_E	162_F	2.476	0.58
251_E	282_K	2.386	0.55
144_T	151_I	2.327	0.53
243_H	247_D	2.294	0.52
264_A	279_R	2.277	0.51
33_N	80_S	2.270	0.51
323_S	326_S	2.141	0.47
244_R	248_I	2.136	0.47
177_R	181_D	2.053	0.44
208_T	250_D	1.970	0.41
250_D	253_T	1.947	0.40
66_D	70_K	1.942	0.40
208_T	253_T	1.918	0.39
44_M	152_G	1.882	0.38
36_F	68_L	1.867	0.38
328_Y	332_R	1.855	0.37
151_I	199_H	1.849	0.37
147_D	199_H	1.819	0.36
302_D	327_A	1.807	0.36
147_D	218_V	1.792	0.35
89_M	143_G	1.787	0.35
70_K	73_E	1.781	0.35
236_K	266_S	1.749	0.34
294_S	328_Y	1.738	0.34
336_L	354_V	1.702	0.33
277_R	281_A	1.696	0.33
166_A	170_E	1.674	0.32
142_W	147_D	1.672	0.32
306_I	311_G	1.671	0.32
161_T	164_Q	1.663	0.32
316_L	359_S	1.661	0.32
164_Q	224_S	1.652	0.31
63_L	129_I	1.649	0.31
225_D	306_I	1.638	0.31
47_E	195_R	1.631	0.31
238_M	241_A	1.624	0.30
304_N	318_N	1.604	0.30
69_L	104_K	1.603	0.30
11_T	319_I	1.591	0.30
98_Y	263_Y	1.587	0.29
104_K	108_E	1.587	0.29
252_N	319_I	1.583	0.29
54_T	83_I	1.579	0.29
14_F	112_R	1.567	0.29
241_A	302_D	1.563	0.29
169_F	184_V	1.550	0.28
91_S	296_L	1.532	0.28
193_N	221_M	1.506	0.27
59_D	76_P	1.496	0.27
33_N	143_G	1.496	0.27
81_I	111_V	1.482	0.27
364_T	369_R	1.477	0.26
142_W	192_L	1.468	0.26
98_Y	296_L	1.455	0.26
63_L	320_Q	1.452	0.26
26_Y	32_T	1.441	0.26
233_L	302_D	1.441	0.26
33_N	53_Y	1.439	0.25
315_P	321_T	1.437	0.25
332_R	337_A	1.424	0.25
241_A	305_I	1.414	0.25
218_V	354_V	1.412	0.25
337_A	341_S	1.412	0.25
136_L	169_F	1.411	0.25
206_Q	224_S	1.391	0.24
264_A	332_R	1.389	0.24
161_T	173_I	1.388	0.24
142_W	151_I	1.380	0.24
225_D	311_G	1.379	0.24
146_E	149_A	1.375	0.24
53_Y	160_P	1.374	0.24
136_L	184_V	1.374	0.24
208_T	238_M	1.369	0.24
241_A	266_S	1.368	0.24
244_R	281_A	1.363	0.24
282_K	363_D	1.361	0.24
24_D	348_R	1.344	0.23
67_L	320_Q	1.342	0.23
181_D	212_K	1.339	0.23
10_I	53_Y	1.332	0.23
296_L	322_D	1.306	0.22
181_D	330_K	1.295	0.22
168_Y	185_M	1.292	0.22
173_I	206_Q	1.290	0.22
21_M	146_E	1.286	0.22
19_A	169_F	1.286	0.22
124_E	273_K	1.282	0.22
100_V	130_I	1.281	0.22
221_M	255_M	1.276	0.22
11_T	90_L	1.271	0.21
69_L	81_I	1.261	0.21
334_T	354_V	1.258	0.21
147_D	341_S	1.257	0.21
337_A	357_K	1.256	0.21
58_K	96_K	1.249	0.21
142_W	212_K	1.244	0.21
147_D	207_I	1.241	0.21
33_N	194_K	1.233	0.21
58_K	285_T	1.229	0.20
210_D	304_N	1.226	0.20
269_E	279_R	1.223	0.20
30_Q	102_L	1.218	0.20
36_F	111_V	1.216	0.20
339_E	357_K	1.209	0.20
33_N	81_I	1.206	0.20
296_L	313_T	1.201	0.20
205_R	248_I	1.199	0.20
11_T	338_K	1.197	0.20
236_K	319_I	1.187	0.20
19_A	340_L	1.185	0.20
237_E	282_K	1.178	0.19
36_F	324_L	1.176	0.19
207_I	214_Q	1.167	0.19
69_L	124_E	1.167	0.19
149_A	162_F	1.166	0.19
233_L	238_M	1.161	0.19
243_H	271_D	1.144	0.19
11_T	180_V	1.140	0.19
23_V	29_M	1.137	0.19
66_D	129_I	1.135	0.19
94_S	99_V	1.129	0.18
212_K	322_D	1.128	0.18
13_E	304_N	1.123	0.18
178_T	238_M	1.118	0.18
169_F	206_Q	1.118	0.18
115_I	326_S	1.117	0.18
322_D	330_K	1.116	0.18
11_T	275_L	1.110	0.18
210_D	314_P	1.108	0.18
248_I	282_K	1.103	0.18
329_E	363_D	1.099	0.18
365_D	368_K	1.089	0.18
30_Q	364_T	1.089	0.18
270_D	338_K	1.082	0.17
9_P	167_R	1.080	0.17
145_V	367_T	1.078	0.17
10_I	272_Q	1.077	0.17
192_L	233_L	1.071	0.17
61_N	68_L	1.070	0.17
115_I	212_K	1.069	0.17
22_D	350_L	1.067	0.17
57_P	111_V	1.059	0.17
358_N	362_Q	1.053	0.17
164_Q	206_Q	1.051	0.17
26_Y	70_K	1.051	0.17
104_K	341_S	1.051	0.17
200_I	235_L	1.049	0.17
9_P	304_N	1.047	0.17
53_Y	56_Q	1.041	0.17
68_L	155_M	1.036	0.17
14_F	170_E	1.031	0.16
322_D	327_A	1.030	0.16
363_D	368_K	1.026	0.16
233_L	335_K	1.026	0.16
207_I	354_V	1.025	0.16
234_S	237_E	1.018	0.16
68_L	319_I	1.018	0.16
193_N	255_M	1.014	0.16
202_H	273_K	1.014	0.16
151_I	207_I	1.013	0.16
36_F	81_I	1.008	0.16
123_I	243_H	1.006	0.16
127_E	182_A	1.005	0.16
9_P	270_D	1.002	0.16
9_P	321_T	1.000	0.16
205_R	367_T	0.997	0.16
30_Q	77_R	0.996	0.16
302_D	322_D	0.993	0.16
178_T	316_L	0.990	0.16
151_I	281_A	0.988	0.16
337_A	340_L	0.974	0.15
97_E	102_L	0.974	0.15
53_Y	143_G	0.971	0.15
90_L	354_V	0.969	0.15
332_R	341_S	0.968	0.15
14_F	21_M	0.968	0.15
47_E	151_I	0.966	0.15
169_F	327_A	0.965	0.15
8_R	14_F	0.960	0.15
97_E	282_K	0.960	0.15
158_R	210_D	0.959	0.15
97_E	151_I	0.959	0.15
97_E	238_M	0.958	0.15
166_A	319_I	0.954	0.15
58_K	164_Q	0.951	0.15
180_V	278_L	0.950	0.15
18_E	350_L	0.949	0.15
83_I	296_L	0.948	0.15
327_A	359_S	0.941	0.15
143_G	156_M	0.941	0.15
62_A	98_Y	0.940	0.15
111_V	180_V	0.937	0.15
9_P	315_P	0.936	0.15
117_S	133_L	0.936	0.15
170_E	205_R	0.934	0.15
95_V	278_L	0.927	0.15
224_S	313_T	0.927	0.15
233_L	305_I	0.925	0.15
228_S	343_H	0.925	0.15
94_S	136_L	0.925	0.15
96_K	181_D	0.923	0.15
65_I	144_T	0.917	0.14
159_K	164_Q	0.916	0.14
171_K	314_P	0.916	0.14
38_T	334_T	0.916	0.14
95_V	133_L	0.913	0.14
319_I	338_K	0.912	0.14
151_I	155_M	0.912	0.14
14_F	68_L	0.911	0.14
263_Y	312_D	0.909	0.14
12_P	245_L	0.905	0.14
13_E	329_E	0.905	0.14
97_E	323_S	0.904	0.14
296_L	345_P	0.903	0.14
14_F	270_D	0.900	0.14
221_M	230_L	0.900	0.14
207_I	358_N	0.899	0.14
200_I	266_S	0.897	0.14
252_N	363_D	0.895	0.14
262_F	274_L	0.893	0.14
63_L	76_P	0.891	0.14
140_H	152_G	0.891	0.14
178_T	359_S	0.887	0.14
93_K	119_L	0.882	0.14
200_I	244_R	0.881	0.14
156_M	201_E	0.880	0.14
182_A	233_L	0.878	0.14
13_E	323_S	0.875	0.14
122_D	205_R	0.873	0.14
20_Y	90_L	0.872	0.14
93_K	180_V	0.869	0.14
262_F	317_G	0.867	0.14
330_K	359_S	0.862	0.14
80_S	111_V	0.857	0.14
91_S	311_G	0.854	0.13
113_T	347_V	0.854	0.13
143_G	200_I	0.849	0.13
11_T	316_L	0.847	0.13
44_M	133_L	0.843	0.13
359_S	369_R	0.840	0.13
33_N	334_T	0.836	0.13
54_T	296_L	0.834	0.13
354_V	358_N	0.833	0.13
44_M	221_M	0.832	0.13
159_K	340_L	0.830	0.13
130_I	182_A	0.828	0.13
240_Q	269_E	0.826	0.13
359_S	371_A	0.826	0.13
96_K	100_V	0.826	0.13
80_S	122_D	0.823	0.13
21_M	79_R	0.819	0.13
20_Y	38_T	0.819	0.13
70_K	364_T	0.818	0.13
180_V	371_A	0.814	0.13
12_P	195_R	0.813	0.13
200_I	337_A	0.812	0.13
145_V	166_A	0.812	0.13
205_R	244_R	0.811	0.13
10_I	157_D	0.811	0.13
167_R	305_I	0.809	0.13
159_K	294_S	0.808	0.13
144_T	233_L	0.808	0.13
158_R	167_R	0.807	0.13
155_M	370_Q	0.804	0.13
92_L	253_T	0.802	0.13
76_P	192_L	0.801	0.13
18_E	59_D	0.800	0.13
32_T	127_E	0.800	0.13
159_K	328_Y	0.795	0.13
39_T	62_A	0.793	0.13
313_T	322_D	0.792	0.13
170_E	236_K	0.791	0.13
76_P	218_V	0.790	0.12
77_R	363_D	0.789	0.12
95_V	286_V	0.787	0.12
323_S	327_A	0.787	0.12
359_S	362_Q	0.784	0.12
123_I	316_L	0.779	0.12
235_L	271_D	0.777	0.12
9_P	28_D	0.775	0.12
266_S	323_S	0.775	0.12
218_V	279_R	0.775	0.12
315_P	371_A	0.772	0.12
44_M	255_M	0.772	0.12
21_M	240_Q	0.772	0.12
71_R	345_P	0.771	0.12
176_S	238_M	0.770	0.12
60_P	83_I	0.767	0.12
81_I	90_L	0.767	0.12
53_Y	156_M	0.766	0.12
207_I	264_A	0.760	0.12
28_D	332_R	0.757	0.12
26_Y	112_R	0.756	0.12
296_L	311_G	0.754	0.12
272_Q	333_E	0.754	0.12
59_D	190_T	0.752	0.12
235_L	243_H	0.749	0.12
59_D	63_L	0.748	0.12
133_L	314_P	0.746	0.12
25_Q	177_R	0.745	0.12
326_S	330_K	0.743	0.12
90_L	300_I	0.741	0.12
305_I	324_L	0.740	0.12
240_Q	319_I	0.739	0.12
9_P	124_E	0.739	0.12
149_A	185_M	0.738	0.12
40_T	53_Y	0.737	0.12
180_V	186_V	0.736	0.12
97_E	244_R	0.735	0.12
71_R	266_S	0.731	0.12
334_T	357_K	0.728	0.12
10_I	229_A	0.727	0.12
149_A	202_H	0.725	0.12
250_D	267_P	0.723	0.12
160_P	350_L	0.722	0.12
314_P	318_N	0.719	0.11
39_T	113_T	0.718	0.11
25_Q	273_K	0.718	0.11
26_Y	122_D	0.716	0.11
54_T	91_S	0.716	0.11
253_T	280_A	0.715	0.11
38_T	165_R	0.715	0.11
140_H	165_R	0.714	0.11
16_P	223_P	0.712	0.11
100_V	158_R	0.712	0.11
80_S	90_L	0.710	0.11
34_V	202_H	0.710	0.11
305_I	323_S	0.708	0.11
14_F	327_A	0.708	0.11
128_W	368_K	0.708	0.11
223_P	296_L	0.707	0.11
90_L	316_L	0.707	0.11
39_T	235_L	0.706	0.11
60_P	124_E	0.703	0.11
171_K	223_P	0.703	0.11
212_K	336_L	0.703	0.11
156_M	160_P	0.702	0.11
100_V	250_D	0.702	0.11
240_Q	336_L	0.697	0.11
12_P	171_K	0.696	0.11
54_T	332_R	0.695	0.11
44_M	153_F	0.694	0.11
66_D	237_E	0.691	0.11
24_D	340_L	0.690	0.11
22_D	79_R	0.688	0.11
38_T	140_H	0.683	0.11
199_H	233_L	0.681	0.11
158_R	178_T	0.681	0.11
77_R	90_L	0.681	0.11
54_T	275_L	0.680	0.11
128_W	150_E	0.679	0.11
341_S	367_T	0.679	0.11
34_V	218_V	0.678	0.11
161_T	268_D	0.677	0.11
44_M	193_N	0.675	0.11
128_W	186_V	0.673	0.11
157_D	368_K	0.671	0.11
173_I	275_L	0.670	0.11
269_E	273_K	0.669	0.11
166_A	358_N	0.669	0.11
18_E	22_D	0.669	0.11
275_L	282_K	0.668	0.11
11_T	146_E	0.665	0.11
97_E	234_S	0.665	0.11
197_L	359_S	0.665	0.11
100_V	214_Q	0.664	0.11
20_Y	350_L	0.664	0.11
236_K	320_Q	0.663	0.11
212_K	248_I	0.662	0.11
270_D	273_K	0.660	0.11
180_V	207_I	0.660	0.11
238_M	250_D	0.660	0.11
223_P	338_K	0.659	0.11
90_L	136_L	0.658	0.11
191_M	221_M	0.656	0.11
21_M	130_I	0.654	0.11
304_N	321_T	0.653	0.11
200_I	313_T	0.650	0.11
149_A	160_P	0.648	0.11
362_Q	367_T	0.648	0.11
80_S	155_M	0.643	0.10
131_P	317_G	0.643	0.10
76_P	253_T	0.641	0.10
77_R	100_V	0.640	0.10
58_K	182_A	0.639	0.10
38_T	198_P	0.636	0.10
38_T	99_V	0.636	0.10
21_M	305_I	0.635	0.10
181_D	252_N	0.635	0.10
59_D	206_Q	0.635	0.10
11_T	62_A	0.634	0.10
38_T	160_P	0.634	0.10
186_V	345_P	0.633	0.10
144_T	192_L	0.633	0.10
11_T	326_S	0.633	0.10
197_L	206_Q	0.633	0.10
212_K	369_R	0.632	0.10
199_H	253_T	0.632	0.10
181_D	358_N	0.630	0.10
201_E	357_K	0.626	0.10
10_I	25_Q	0.626	0.10
40_T	306_I	0.625	0.10
193_N	230_L	0.624	0.10
201_E	358_N	0.623	0.10
30_Q	264_A	0.623	0.10
163_E	166_A	0.622	0.10
281_A	371_A	0.621	0.10
170_E	329_E	0.621	0.10
151_I	218_V	0.620	0.10
113_T	300_I	0.616	0.10
177_R	332_R	0.615	0.10
155_M	354_V	0.615	0.10
36_F	300_I	0.614	0.10
77_R	276_R	0.612	0.10
305_I	335_K	0.609	0.10
56_Q	75_I	0.608	0.10
154_A	346_N	0.605	0.10
152_G	221_M	0.603	0.10
95_V	98_Y	0.602	0.10
57_P	77_R	0.602	0.10
142_W	218_V	0.601	0.10
47_E	218_V	0.600	0.10
33_N	156_M	0.600	0.10
272_Q	279_R	0.600	0.10
127_E	298_V	0.599	0.10
53_Y	80_S	0.597	0.10
40_T	158_R	0.595	0.10
178_T	182_A	0.595	0.10
26_Y	57_P	0.594	0.10
10_I	208_T	0.591	0.10
197_L	371_A	0.591	0.10
81_I	200_I	0.589	0.10
92_L	96_K	0.588	0.10
180_V	367_T	0.587	0.10
129_I	345_P	0.585	0.10
325_P	347_V	0.585	0.10
191_M	230_L	0.583	0.10
112_R	207_I	0.581	0.10
25_Q	248_I	0.580	0.10
158_R	270_D	0.580	0.10
75_I	364_T	0.580	0.10
9_P	240_Q	0.579	0.10
121_L	168_Y	0.579	0.10
162_F	302_D	0.579	0.10
79_R	154_A	0.578	0.10
124_E	250_D	0.578	0.10
136_L	359_S	0.577	0.10
13_E	58_K	0.577	0.10
130_I	322_D	0.576	0.10
142_W	300_I	0.576	0.10
44_M	140_H	0.574	0.10
14_F	321_T	0.572	0.10
172_M	278_L	0.572	0.10
122_D	224_S	0.572	0.10
165_R	190_T	0.572	0.10
38_T	294_S	0.572	0.10
20_Y	225_D	0.571	0.10
214_Q	267_P	0.571	0.10
147_D	214_Q	0.569	0.10
124_E	371_A	0.567	0.10
76_P	177_R	0.566	0.10
133_L	317_G	0.566	0.10
89_M	192_L	0.565	0.10
241_A	339_E	0.563	0.10
16_P	33_N	0.562	0.10
107_H	184_V	0.562	0.10
63_L	145_V	0.559	0.09
83_I	100_V	0.558	0.09
269_E	315_P	0.557	0.09
9_P	13_E	0.557	0.09
98_Y	244_R	0.555	0.09
104_K	272_Q	0.550	0.09
8_R	329_E	0.550	0.09
173_I	208_T	0.549	0.09
9_P	171_K	0.548	0.09
244_R	333_E	0.545	0.09
192_L	250_D	0.545	0.09
119_L	186_V	0.544	0.09
38_T	350_L	0.543	0.09
111_V	324_L	0.542	0.09
177_R	305_I	0.541	0.09
161_T	359_S	0.541	0.09
32_T	207_I	0.540	0.09
22_D	38_T	0.538	0.09
270_D	335_K	0.536	0.09
127_E	130_I	0.536	0.09
214_Q	333_E	0.535	0.09
113_T	316_L	0.533	0.09
248_I	271_D	0.532	0.09
47_E	95_V	0.531	0.09
21_M	154_A	0.531	0.09
186_V	284_V	0.530	0.09
146_E	240_Q	0.529	0.09
131_P	195_R	0.528	0.09
39_T	271_D	0.526	0.09
302_D	347_V	0.526	0.09
133_L	153_F	0.525	0.09
60_P	143_G	0.525	0.09
9_P	323_S	0.525	0.09
8_R	321_T	0.525	0.09
41_L	91_S	0.524	0.09
18_E	294_S	0.523	0.09
159_K	300_I	0.522	0.09
142_W	231_E	0.521	0.09
44_M	172_M	0.520	0.09
305_I	341_S	0.519	0.09
106_A	191_M	0.519	0.09
28_D	370_Q	0.518	0.09
322_D	326_S	0.518	0.09
145_V	282_K	0.516	0.09
36_F	237_E	0.515	0.09
172_M	255_M	0.515	0.09
12_P	314_P	0.514	0.09
161_T	300_I	0.513	0.09
12_P	32_T	0.513	0.09
145_V	202_H	0.512	0.09
264_A	273_K	0.511	0.09
155_M	199_H	0.510	0.09
73_E	328_Y	0.508	0.09
96_K	313_T	0.507	0.09
108_E	236_K	0.507	0.09
186_V	316_L	0.506	0.09
40_T	111_V	0.506	0.09
146_E	185_M	0.502	0.09
151_I	180_V	0.501	0.09
149_A	168_Y	0.501	0.09
264_A	354_V	0.500	0.09
208_T	252_N	0.500	0.09
66_D	77_R	0.500	0.09

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
4k36A	1	0.8579	99.9	0.884	Contact Map
3c8fA	1	0.5979	99.9	0.886	Contact Map
4m7tA	1	0.6059	99.8	0.894	Contact Map
1tv8A	2	0.807	99.8	0.896	Contact Map
2z2uA	1	0.6193	99.8	0.906	Contact Map
3rfaA	1	0.6917	99.7	0.91	Contact Map
2yx0A	1	0.689	99.7	0.913	Contact Map
2a5hA	4	0.7721	99.6	0.915	Contact Map
3canA	2	0.4129	99.6	0.918	Contact Map
2qgqA	1	0.6702	99.6	0.92	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0111 seconds.