YEEC - BACSU - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

YEEC - Uncharacterized protein YeeC

UniProt:	O34352	Sequences: MASNRYHSINEIMESQLFYQITTPPKKTQKAQYDPEVEKFLEIIEFVKENGREPQKVPTDLTERSLASRLIGIRKDPDRMEYLKEYDEIGLLEVRSKELTIPKISSIDDILKSGLSALLGDNLNNDITRSIFDTSSLQKVTTMPEYVAKRKKIKDFGKFEELFKKCHKEITEGKRKILTFKNEQDIQSNSFYILKGVLLYVEDVGERKKAKGKTNARLRCIFENGTESDMLLRSLSAELYKHGRRVTDNEDTLLDNVREDDVSTGFIYVLKSLSTDPQISSIKNLYKIGFTTGSVENRIRNAENQSTYLYAPVEIVTTYQVFNMNASKFETAIHHALANNNLDVSILGANGKMLVPKEWFVVTLEDLQAVIDEIVMMVHLYD	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	382 (360)
Sequences:	248 (196)
Seq/√Len:	10.4

BACSU - YEEC

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
303_E	312_P	4.678	1.00
306_S	310_Y	4.166	0.99
48_K	88_E	3.913	0.99
308_Y	320_Q	3.218	0.95
301_N	305_Q	3.201	0.95
180_F	243_G	3.167	0.95
14_E	18_F	3.061	0.94
337_L	370_V	3.048	0.94
16_Q	19_Y	2.788	0.90
222_F	230_M	2.762	0.90
42_E	377_M	2.690	0.89
134_T	137_L	2.686	0.89
14_E	19_Y	2.684	0.89
114_G	118_L	2.678	0.89
198_L	246_V	2.652	0.88
73_I	83_L	2.604	0.87
53_E	74_R	2.553	0.86
204_V	232_L	2.506	0.85
213_K	223_E	2.483	0.84
44_I	89_I	2.467	0.84
212_G	241_K	2.467	0.84
167_H	198_L	2.456	0.84
308_Y	333_I	2.427	0.83
319_Y	368_Q	2.361	0.81
333_I	337_L	2.347	0.81
201_V	237_A	2.273	0.78
111_L	118_L	2.273	0.78
18_F	21_I	2.242	0.77
209_K	214_T	2.181	0.75
239_L	243_G	2.180	0.75
198_L	240_Y	2.141	0.74
344_V	365_E	2.129	0.74
201_V	218_L	2.122	0.73
295_V	299_I	2.054	0.71
273_L	322_F	2.020	0.69
192_Y	245_R	2.003	0.69
16_Q	20_Q	1.978	0.68
56_K	71_I	1.977	0.68
167_H	223_E	1.953	0.67
211_K	223_E	1.930	0.66
182_N	223_E	1.922	0.65
198_L	223_E	1.906	0.65
237_A	241_K	1.899	0.64
175_R	247_T	1.895	0.64
209_K	213_K	1.884	0.64
319_Y	335_H	1.881	0.64
42_E	375_V	1.860	0.63
177_I	193_I	1.839	0.62
152_K	190_S	1.839	0.62
337_L	366_D	1.815	0.61
43_I	141_T	1.807	0.60
169_E	175_R	1.800	0.60
14_E	21_I	1.785	0.59
14_E	20_Q	1.773	0.59
305_Q	308_Y	1.773	0.59
341_N	347_L	1.720	0.56
185_D	223_E	1.708	0.56
211_K	222_F	1.700	0.55
73_I	130_S	1.683	0.55
235_L	299_I	1.677	0.54
272_S	279_I	1.671	0.54
120_G	323_N	1.660	0.54
336_A	370_V	1.653	0.53
18_F	120_G	1.649	0.53
115_L	118_L	1.644	0.53
185_D	211_K	1.633	0.52
193_I	244_R	1.631	0.52
310_Y	354_L	1.630	0.52
167_H	246_V	1.601	0.51
306_S	341_N	1.592	0.50
160_E	164_K	1.581	0.50
130_S	135_S	1.580	0.50
304_N	352_K	1.575	0.50
50_N	71_I	1.568	0.49
40_F	69_R	1.551	0.49
212_G	216_A	1.547	0.48
111_L	114_G	1.542	0.48
10_N	14_E	1.540	0.48
200_Y	216_A	1.525	0.47
26_K	42_E	1.518	0.47
50_N	161_E	1.506	0.46
247_T	267_I	1.492	0.46
162_L	221_I	1.481	0.45
141_T	215_N	1.454	0.44
182_N	243_G	1.447	0.44
303_E	338_A	1.439	0.43
167_H	333_I	1.427	0.43
190_S	198_L	1.421	0.43
232_L	240_Y	1.419	0.42
133_D	312_P	1.402	0.42
19_Y	120_G	1.401	0.42
192_Y	201_V	1.389	0.41
155_D	158_K	1.383	0.41
155_D	219_R	1.382	0.41
162_L	191_F	1.374	0.40
210_A	213_K	1.364	0.40
299_I	308_Y	1.364	0.40
19_Y	22_T	1.341	0.39
157_G	169_E	1.335	0.39
205_G	216_A	1.331	0.38
279_I	284_N	1.326	0.38
179_T	267_I	1.318	0.38
114_G	117_A	1.299	0.37
243_G	299_I	1.299	0.37
52_R	288_I	1.276	0.36
48_K	346_I	1.272	0.36
48_K	89_I	1.264	0.36
204_V	218_L	1.258	0.35
46_F	234_S	1.248	0.35
26_K	121_D	1.245	0.35
270_L	308_Y	1.238	0.34
35_P	39_K	1.237	0.34
186_I	218_L	1.231	0.34
152_K	336_A	1.230	0.34
238_E	241_K	1.228	0.34
304_N	308_Y	1.219	0.34
175_R	248_D	1.207	0.33
306_S	340_N	1.201	0.33
310_Y	348_G	1.200	0.33
96_S	255_D	1.194	0.33
192_Y	345_S	1.186	0.32
269_V	315_I	1.182	0.32
18_F	22_T	1.180	0.32
152_K	248_D	1.179	0.32
205_G	218_L	1.178	0.32
52_R	55_Q	1.174	0.32
248_D	329_F	1.165	0.31
14_E	22_T	1.165	0.31
255_D	352_K	1.164	0.31
271_K	314_E	1.158	0.31
141_T	279_I	1.154	0.31
34_D	61_L	1.151	0.31
308_Y	355_V	1.149	0.31
219_R	227_E	1.149	0.31
263_S	320_Q	1.146	0.31
46_F	119_L	1.144	0.31
282_I	377_M	1.144	0.31
207_R	213_K	1.144	0.31
93_E	97_K	1.143	0.31
159_F	201_V	1.141	0.31
216_A	229_D	1.140	0.30
111_L	115_L	1.138	0.30
209_K	240_Y	1.130	0.30
76_D	171_T	1.122	0.30
42_E	192_Y	1.118	0.30
189_N	192_Y	1.113	0.29
42_E	69_R	1.099	0.29
322_F	344_V	1.098	0.29
273_L	312_P	1.095	0.29
135_S	325_N	1.092	0.29
73_I	248_D	1.092	0.29
261_D	323_N	1.090	0.29
155_D	295_V	1.088	0.28
13_M	297_N	1.088	0.28
294_S	306_S	1.085	0.28
198_L	232_L	1.084	0.28
120_G	267_I	1.083	0.28
119_L	234_S	1.079	0.28
204_V	240_Y	1.074	0.28
211_K	232_L	1.074	0.28
211_K	241_K	1.064	0.28
133_D	336_A	1.052	0.27
44_I	88_E	1.048	0.27
297_N	300_R	1.037	0.27
261_D	324_M	1.036	0.27
296_E	315_I	1.027	0.26
131_I	233_R	1.023	0.26
165_K	221_I	1.022	0.26
213_K	230_M	1.020	0.26
269_V	349_A	1.020	0.26
20_Q	120_G	1.019	0.26
81_E	339_N	1.015	0.26
205_G	237_A	1.010	0.26
222_F	322_F	1.009	0.26
116_S	120_G	1.006	0.25
204_V	207_R	1.006	0.25
16_Q	21_I	1.005	0.25
90_G	269_V	1.005	0.25
211_K	216_A	1.004	0.25
215_N	231_L	1.003	0.25
272_S	307_T	1.002	0.25
64_R	69_R	1.000	0.25
209_K	232_L	0.999	0.25
185_D	246_V	0.996	0.25
42_E	342_L	0.994	0.25
39_K	138_Q	0.986	0.25
228_S	348_G	0.979	0.24
293_G	297_N	0.976	0.24
28_T	53_E	0.975	0.24
36_E	79_R	0.970	0.24
328_K	336_A	0.968	0.24
228_S	337_L	0.959	0.24
116_S	119_L	0.954	0.24
130_S	363_T	0.953	0.24
228_S	370_V	0.948	0.23
169_E	199_L	0.948	0.23
71_I	86_Y	0.943	0.23
308_Y	335_H	0.939	0.23
138_Q	284_N	0.936	0.23
12_I	21_I	0.936	0.23
301_N	304_N	0.933	0.23
38_E	68_S	0.932	0.23
122_N	187_Q	0.931	0.23
201_V	216_A	0.930	0.23
323_N	338_A	0.927	0.23
323_N	329_F	0.927	0.23
201_V	215_N	0.921	0.23
14_E	30_K	0.921	0.23
191_F	230_M	0.916	0.22
308_Y	352_K	0.914	0.22
198_L	221_I	0.909	0.22
116_S	121_D	0.908	0.22
18_F	121_D	0.904	0.22
215_N	346_I	0.902	0.22
270_L	299_I	0.902	0.22
36_E	322_F	0.901	0.22
184_Q	247_T	0.901	0.22
251_D	321_V	0.898	0.22
293_G	305_Q	0.897	0.22
136_S	153_I	0.897	0.22
344_V	355_V	0.893	0.22
52_R	176_K	0.893	0.22
310_Y	346_I	0.892	0.22
243_G	247_T	0.889	0.22
157_G	203_D	0.888	0.21
153_I	192_Y	0.888	0.21
185_D	232_L	0.877	0.21
192_Y	239_L	0.873	0.21
19_Y	121_D	0.873	0.21
231_L	242_H	0.872	0.21
21_I	106_S	0.872	0.21
181_K	222_F	0.868	0.21
221_I	352_K	0.865	0.21
250_E	333_I	0.864	0.21
211_K	214_T	0.863	0.21
147_V	201_V	0.862	0.21
258_R	328_K	0.861	0.21
162_L	200_Y	0.854	0.20
333_I	336_A	0.853	0.20
51_G	173_G	0.851	0.20
74_R	283_K	0.849	0.20
304_N	333_I	0.847	0.20
182_N	209_K	0.842	0.20
165_K	235_L	0.842	0.20
152_K	280_S	0.841	0.20
13_M	18_F	0.839	0.20
235_L	243_G	0.837	0.20
96_S	152_K	0.834	0.20
18_F	30_K	0.834	0.20
85_E	374_I	0.833	0.20
21_I	120_G	0.830	0.20
308_Y	341_N	0.829	0.20
191_F	199_L	0.826	0.20
142_T	215_N	0.825	0.20
11_E	14_E	0.822	0.19
49_E	122_N	0.820	0.19
139_K	157_G	0.820	0.19
13_M	21_I	0.819	0.19
212_G	223_E	0.818	0.19
222_F	262_V	0.818	0.19
243_G	329_F	0.815	0.19
231_L	325_N	0.813	0.19
61_L	219_R	0.809	0.19
341_N	355_V	0.806	0.19
42_E	362_V	0.805	0.19
243_G	321_V	0.805	0.19
45_E	135_S	0.803	0.19
172_E	371_I	0.797	0.19
179_T	211_K	0.796	0.19
246_V	320_Q	0.796	0.19
181_K	190_S	0.794	0.19
285_L	335_H	0.793	0.19
182_N	190_S	0.790	0.19
164_K	168_K	0.789	0.19
72_G	247_T	0.788	0.19
185_D	213_K	0.787	0.18
12_I	304_N	0.787	0.18
337_L	340_N	0.786	0.18
175_R	307_T	0.785	0.18
185_D	210_A	0.783	0.18
188_S	223_E	0.783	0.18
166_C	191_F	0.783	0.18
10_N	21_I	0.783	0.18
88_E	109_D	0.779	0.18
369_A	373_E	0.778	0.18
35_P	335_H	0.775	0.18
220_C	300_R	0.775	0.18
21_I	24_P	0.775	0.18
162_L	344_V	0.775	0.18
201_V	205_G	0.772	0.18
49_E	96_S	0.767	0.18
208_K	211_K	0.763	0.18
310_Y	340_N	0.761	0.18
300_R	315_I	0.761	0.18
307_T	311_A	0.759	0.18
187_Q	190_S	0.758	0.18
208_K	222_F	0.757	0.18
209_K	230_M	0.754	0.18
38_E	67_A	0.753	0.18
269_V	319_Y	0.751	0.17
243_G	323_N	0.751	0.17
300_R	378_V	0.750	0.17
157_G	161_E	0.748	0.17
296_E	364_L	0.744	0.17
18_F	116_S	0.742	0.17
151_K	172_E	0.739	0.17
38_E	153_I	0.739	0.17
177_I	246_V	0.738	0.17
255_D	351_G	0.738	0.17
293_G	303_E	0.737	0.17
155_D	343_D	0.736	0.17
42_E	263_S	0.736	0.17
183_E	212_G	0.734	0.17
42_E	48_K	0.734	0.17
90_G	364_L	0.733	0.17
37_V	233_R	0.733	0.17
35_P	271_K	0.730	0.17
333_I	377_M	0.730	0.17
278_Q	282_I	0.730	0.17
223_E	240_Y	0.728	0.17
147_V	322_F	0.724	0.17
172_E	206_E	0.722	0.17
81_E	86_Y	0.721	0.17
80_M	267_I	0.720	0.17
153_I	350_N	0.719	0.17
79_R	291_T	0.716	0.17
159_F	246_V	0.714	0.17
42_E	301_N	0.713	0.16
321_V	326_A	0.712	0.16
90_G	239_L	0.712	0.16
77_P	81_E	0.712	0.16
88_E	155_D	0.711	0.16
108_D	364_L	0.709	0.16
131_I	137_L	0.705	0.16
191_F	204_V	0.705	0.16
182_N	232_L	0.704	0.16
194_L	199_L	0.701	0.16
15_S	121_D	0.699	0.16
42_E	257_V	0.697	0.16
168_K	277_P	0.694	0.16
157_G	267_I	0.693	0.16
138_Q	366_D	0.691	0.16
167_H	181_K	0.691	0.16
222_F	232_L	0.689	0.16
74_R	354_L	0.689	0.16
130_S	329_F	0.688	0.16
47_V	170_I	0.686	0.16
83_L	208_K	0.685	0.16
18_F	145_E	0.685	0.16
210_A	223_E	0.683	0.16
41_L	45_E	0.681	0.16
25_P	235_L	0.679	0.16
141_T	237_A	0.679	0.16
75_K	255_D	0.678	0.16
32_Q	36_E	0.678	0.16
273_L	303_E	0.677	0.16
222_F	370_V	0.676	0.16
14_E	116_S	0.676	0.16
153_I	242_H	0.673	0.15
75_K	85_E	0.672	0.15
273_L	338_A	0.672	0.15
84_K	324_M	0.671	0.15
275_T	280_S	0.670	0.15
182_N	240_Y	0.670	0.15
44_I	336_A	0.668	0.15
263_S	308_Y	0.667	0.15
239_L	245_R	0.665	0.15
194_L	223_E	0.663	0.15
46_F	189_N	0.659	0.15
20_Q	141_T	0.659	0.15
363_T	367_L	0.658	0.15
273_L	324_M	0.658	0.15
11_E	229_D	0.658	0.15
141_T	333_I	0.657	0.15
333_I	376_M	0.657	0.15
216_A	237_A	0.656	0.15
14_E	120_G	0.653	0.15
37_V	264_T	0.651	0.15
150_R	220_C	0.651	0.15
142_T	146_Y	0.649	0.15
181_K	208_K	0.648	0.15
193_I	197_V	0.647	0.15
185_D	209_K	0.646	0.15
110_I	255_D	0.645	0.15
223_E	246_V	0.645	0.15
20_Q	23_T	0.645	0.15
282_I	361_V	0.642	0.15
337_L	363_T	0.641	0.15
118_L	343_D	0.640	0.15
39_K	79_R	0.639	0.15
41_L	86_Y	0.639	0.15
73_I	333_I	0.638	0.15
192_Y	235_L	0.637	0.15
55_Q	352_K	0.637	0.15
210_A	222_F	0.635	0.15
169_E	191_F	0.633	0.15
52_R	63_E	0.633	0.15
81_E	338_A	0.631	0.14
179_T	305_Q	0.630	0.14
14_E	112_K	0.629	0.14
218_L	244_R	0.629	0.14
262_V	310_Y	0.629	0.14
261_D	301_N	0.628	0.14
175_R	215_N	0.626	0.14
11_E	55_Q	0.626	0.14
213_K	216_A	0.623	0.14
205_G	329_F	0.623	0.14
108_D	157_G	0.623	0.14
214_T	232_L	0.621	0.14
17_L	317_T	0.620	0.14
186_I	192_Y	0.618	0.14
113_S	243_G	0.613	0.14
178_L	186_I	0.613	0.14
340_N	348_G	0.611	0.14
147_V	271_K	0.611	0.14
73_I	135_S	0.611	0.14
50_N	113_S	0.611	0.14
35_P	61_L	0.609	0.14
159_F	202_E	0.608	0.14
65_S	177_I	0.607	0.14
292_T	333_I	0.605	0.14
28_T	94_V	0.605	0.14
212_G	244_R	0.604	0.14
96_S	165_K	0.603	0.14
26_K	114_G	0.603	0.14
324_M	344_V	0.603	0.14
14_E	121_D	0.602	0.14
186_I	236_S	0.602	0.14
140_V	155_D	0.600	0.14
188_S	191_F	0.600	0.14
113_S	118_L	0.598	0.14
118_L	121_D	0.598	0.14
36_E	39_K	0.595	0.14
181_K	211_K	0.594	0.14
107_I	112_K	0.592	0.14
327_S	332_A	0.590	0.14
52_R	352_K	0.590	0.14
27_K	246_V	0.589	0.14
16_Q	89_I	0.587	0.14
47_V	50_N	0.586	0.13
12_I	305_Q	0.579	0.13
246_V	301_N	0.578	0.13
296_E	319_Y	0.578	0.13
178_L	371_I	0.575	0.13
67_A	90_G	0.574	0.13
35_P	219_R	0.572	0.13
221_I	260_D	0.571	0.13
338_A	362_V	0.571	0.13
340_N	350_N	0.571	0.13
24_P	75_K	0.570	0.13
39_K	64_R	0.570	0.13
131_I	319_Y	0.569	0.13
229_D	241_K	0.568	0.13
345_S	352_K	0.568	0.13
21_I	121_D	0.567	0.13
26_K	301_N	0.567	0.13
135_S	297_N	0.567	0.13
373_E	376_M	0.567	0.13
93_E	135_S	0.564	0.13
304_N	365_E	0.560	0.13
50_N	255_D	0.559	0.13
159_F	288_I	0.557	0.13
160_E	315_I	0.557	0.13
90_G	186_I	0.556	0.13
273_L	323_N	0.555	0.13
46_F	63_E	0.555	0.13
193_I	221_I	0.555	0.13
202_E	317_T	0.553	0.13
76_D	367_L	0.552	0.13
159_F	219_R	0.552	0.13
310_Y	350_N	0.552	0.13
331_T	335_H	0.551	0.13
286_Y	349_A	0.550	0.13
53_E	371_I	0.550	0.13
208_K	240_Y	0.549	0.13
62_T	66_L	0.549	0.13
76_D	107_I	0.548	0.13
152_K	229_D	0.548	0.13
262_V	308_Y	0.547	0.13
184_Q	243_G	0.547	0.13
269_V	377_M	0.547	0.13
191_F	198_L	0.545	0.13
304_N	338_A	0.544	0.13
188_S	230_M	0.544	0.13
176_K	247_T	0.544	0.13
190_S	240_Y	0.543	0.13
221_I	333_I	0.542	0.13
166_C	238_E	0.542	0.13
185_D	273_L	0.539	0.12
141_T	199_L	0.537	0.12
198_L	304_N	0.536	0.12
366_D	370_V	0.536	0.12
64_R	68_S	0.536	0.12
332_A	341_N	0.533	0.12
296_E	333_I	0.532	0.12
46_F	222_F	0.530	0.12
304_N	323_N	0.529	0.12
157_G	367_L	0.529	0.12
282_I	305_Q	0.529	0.12
42_E	55_Q	0.528	0.12
32_Q	78_D	0.528	0.12
33_Y	57_V	0.528	0.12
181_K	294_S	0.528	0.12
113_S	299_I	0.527	0.12
17_L	321_V	0.526	0.12
181_K	240_Y	0.522	0.12
231_L	234_S	0.522	0.12
278_Q	370_V	0.521	0.12
146_Y	237_A	0.521	0.12
171_T	294_S	0.521	0.12
215_N	237_A	0.520	0.12
15_S	193_I	0.519	0.12
310_Y	363_T	0.519	0.12
278_Q	333_I	0.518	0.12
216_A	244_R	0.518	0.12
148_A	228_S	0.517	0.12
73_I	344_V	0.517	0.12
307_T	329_F	0.517	0.12
153_I	348_G	0.517	0.12
47_V	89_I	0.516	0.12
71_I	345_S	0.515	0.12
251_D	290_F	0.515	0.12
108_D	163_F	0.515	0.12
296_E	318_T	0.515	0.12
200_Y	341_N	0.514	0.12
165_K	169_E	0.514	0.12
166_C	357_K	0.513	0.12
15_S	111_L	0.512	0.12
137_L	242_H	0.509	0.12
266_F	283_K	0.509	0.12
139_K	321_V	0.508	0.12
153_I	349_A	0.505	0.12
81_E	214_T	0.505	0.12
346_I	354_L	0.505	0.12
19_Y	116_S	0.503	0.12
50_N	354_L	0.503	0.12
41_L	246_V	0.503	0.12
75_K	154_K	0.502	0.12
23_T	315_I	0.502	0.12
148_A	159_F	0.500	0.12

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
5c8hA	1	0.2539	50.7	0.976	Contact Map
1ywlA	1	0.233	40.9	0.977	Contact Map
4yk8B	1	0.1518	29.3	0.979	Contact Map
2ktaA	1	0.1754	18	0.981	Contact Map
1zg2A	1	0.233	15.4	0.981	Contact Map
4xlgA	1	0.267	11	0.983	Contact Map
2kmuA	1	0.1309	10.4	0.983	Contact Map
4j2gA	2	0.1047	7.8	0.984	Contact Map
2d6fA	2	0.3979	6.4	0.984	Contact Map
2o36A	1	0.1597	6.4	0.984	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0105 seconds.