YDJA - BACSU - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

YDJA - Type-2 restriction enzyme BsuMI component YdjA

UniProt:	O34303	Sequences: MDKSSKFFFEDQKYNKERIVRVLGGNLALLKSKGILYEDSSGDLIFNYVGVISNGRNVIFILPKYCNRHLDEHSKRTLFNKLLKIFKKYSGLNKSRESDYFVSELDSDEVSDFMIADYLLNDFSLNGYYQKKFTEYEIDGEGIIDWSKTVNEITPVFSKGVPYYFSTYNEVVQKDEYHLIVKIHKWALSKYFNDFGVILGFTGLEFDKSCDGMKILDYADFFGSVINKEIVNTYVDRDVKLLKALKTAIDREENQFSKRPTLSLYGTKYFHRVWEEVCKTVFSHVNEYVKKISRPNWINFTDIEVNKEKKTLEPDIIKAFEYRSKEYFLILDAKYYNINFDGKKLEGNPGVEDITKQLLYDKALEKLSRGKTKHNAFLFPSSNSTNTFKVFGSVDFDFLDIAAVTLVYISAEQVYNLYLENKTFSTDDLFKFVSEINKSKKRHSVITSTLYGNMFLFTKRLSDKN	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	465 (386)
Sequences:	166 (150)
Seq/√Len:	7.6

BACSU - YDJA

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
187_A	245_L	3.241	0.90
351_V	354_I	3.161	0.89
155_P	164_Y	3.089	0.88
297_W	392_G	2.937	0.85
122_D	237_R	2.671	0.78
60_F	82_L	2.641	0.78
267_T	392_G	2.577	0.76
274_W	380_P	2.535	0.75
230_I	265_Y	2.492	0.73
66_C	273_V	2.463	0.72
297_W	314_P	2.416	0.71
122_D	184_H	2.288	0.66
279_K	284_H	2.277	0.66
123_F	366_K	2.236	0.65
128_Y	282_F	2.219	0.64
315_D	380_P	2.191	0.63
331_L	378_L	2.130	0.61
85_I	270_F	2.098	0.59
127_G	380_P	2.093	0.59
146_W	149_T	2.037	0.57
184_H	349_P	2.015	0.56
316_I	414_V	1.967	0.54
131_K	229_E	1.957	0.54
239_V	312_L	1.915	0.52
52_I	86_F	1.905	0.52
334_K	360_Y	1.896	0.51
63_P	332_D	1.896	0.51
332_D	360_Y	1.896	0.51
63_P	360_Y	1.896	0.51
63_P	334_K	1.896	0.51
279_K	316_I	1.894	0.51
127_G	274_W	1.861	0.50
49_V	351_V	1.848	0.49
82_L	270_F	1.836	0.49
355_T	359_L	1.827	0.49
123_F	130_Q	1.807	0.48
127_G	146_W	1.796	0.47
156_V	165_F	1.794	0.47
278_C	333_A	1.774	0.46
128_Y	188_L	1.770	0.46
314_P	392_G	1.758	0.46
331_L	376_A	1.754	0.46
274_W	315_D	1.753	0.46
282_F	314_P	1.748	0.45
312_L	355_T	1.717	0.44
50_G	334_K	1.687	0.43
50_G	63_P	1.687	0.43
50_G	360_Y	1.687	0.43
50_G	332_D	1.687	0.43
46_F	278_C	1.677	0.43
122_D	127_G	1.656	0.42
330_I	336_Y	1.638	0.41
63_P	356_K	1.631	0.41
334_K	356_K	1.631	0.41
332_D	356_K	1.631	0.41
356_K	360_Y	1.631	0.41
188_L	366_K	1.621	0.40
181_V	376_A	1.618	0.40
164_Y	238_D	1.618	0.40
112_D	358_L	1.617	0.40
179_L	222_F	1.610	0.40
234_Y	238_D	1.607	0.40
295_P	333_A	1.605	0.40
123_F	223_G	1.601	0.40
332_D	357_Q	1.598	0.40
357_Q	360_Y	1.598	0.40
63_P	357_Q	1.598	0.40
334_K	357_Q	1.598	0.40
30_L	35_I	1.595	0.39
183_I	377_F	1.587	0.39
266_G	377_F	1.583	0.39
127_G	315_D	1.576	0.39
117_D	188_L	1.576	0.39
164_Y	377_F	1.574	0.39
187_A	248_A	1.565	0.38
404_V	422_K	1.552	0.38
129_Y	266_G	1.550	0.38
121_N	125_L	1.545	0.38
63_P	275_E	1.545	0.38
275_E	360_Y	1.545	0.38
275_E	334_K	1.545	0.38
275_E	332_D	1.545	0.38
146_W	334_K	1.544	0.38
146_W	360_Y	1.544	0.38
63_P	146_W	1.544	0.38
146_W	332_D	1.544	0.38
122_D	349_P	1.529	0.37
379_F	408_Y	1.525	0.37
138_I	177_Y	1.523	0.37
51_V	245_L	1.519	0.37
190_K	245_L	1.515	0.36
97_E	294_R	1.507	0.36
351_V	359_L	1.502	0.36
277_V	414_V	1.501	0.36
267_T	297_W	1.501	0.36
190_K	248_A	1.501	0.36
86_F	267_T	1.498	0.36
57_N	416_N	1.495	0.36
90_S	104_E	1.494	0.36
52_I	337_N	1.494	0.36
409_I	414_V	1.485	0.35
144_I	167_T	1.472	0.35
349_P	380_P	1.459	0.34
128_Y	185_K	1.446	0.34
379_F	406_L	1.431	0.33
199_L	216_L	1.420	0.33
369_R	378_L	1.415	0.33
50_G	356_K	1.414	0.33
241_L	244_A	1.413	0.33
149_T	360_Y	1.412	0.33
149_T	334_K	1.412	0.33
63_P	149_T	1.412	0.33
149_T	332_D	1.412	0.33
371_K	383_N	1.411	0.33
351_V	355_T	1.410	0.33
358_L	404_V	1.403	0.32
63_P	335_Y	1.394	0.32
332_D	335_Y	1.394	0.32
335_Y	360_Y	1.394	0.32
273_V	370_G	1.386	0.32
184_H	295_P	1.385	0.32
50_G	357_Q	1.379	0.32
265_Y	273_V	1.369	0.31
306_N	409_I	1.358	0.31
48_Y	266_G	1.357	0.31
229_E	284_H	1.354	0.31
275_E	336_Y	1.347	0.30
136_Y	145_D	1.346	0.30
297_W	317_I	1.338	0.30
223_G	293_S	1.337	0.30
330_I	418_Y	1.325	0.30
152_E	415_Y	1.322	0.30
166_S	169_N	1.321	0.30
50_G	275_E	1.309	0.29
270_F	333_A	1.303	0.29
118_Y	122_D	1.303	0.29
312_L	351_V	1.302	0.29
50_G	146_W	1.302	0.29
315_D	356_K	1.288	0.29
47_N	420_E	1.287	0.28
274_W	333_A	1.279	0.28
165_F	294_R	1.270	0.28
245_L	409_I	1.264	0.28
288_Y	318_K	1.260	0.28
163_Y	407_V	1.259	0.28
113_F	187_A	1.258	0.28
202_T	223_G	1.254	0.27
275_E	356_K	1.249	0.27
333_A	349_P	1.237	0.27
250_D	326_E	1.237	0.27
196_G	293_S	1.233	0.27
146_W	356_K	1.219	0.26
275_E	357_Q	1.209	0.26
266_G	349_P	1.208	0.26
354_I	394_V	1.206	0.26
133_F	282_F	1.205	0.26
115_I	358_L	1.193	0.26
50_G	149_T	1.188	0.25
229_E	333_A	1.188	0.25
184_H	377_F	1.186	0.25
373_K	413_Q	1.185	0.25
155_P	377_F	1.179	0.25
64_K	234_Y	1.177	0.25
146_W	357_Q	1.174	0.25
315_D	332_D	1.164	0.25
315_D	360_Y	1.164	0.25
63_P	315_D	1.164	0.25
315_D	334_K	1.164	0.25
67_N	84_K	1.159	0.24
62_L	292_I	1.157	0.24
119_L	246_K	1.156	0.24
50_G	335_Y	1.152	0.24
58_V	77_T	1.150	0.24
142_G	380_P	1.149	0.24
90_S	159_K	1.144	0.24
123_F	380_P	1.144	0.24
64_K	164_Y	1.143	0.24
266_G	363_A	1.137	0.24
144_I	234_Y	1.130	0.24
316_I	401_I	1.127	0.24
243_K	421_N	1.126	0.24
359_L	363_A	1.126	0.24
149_T	315_D	1.125	0.24
127_G	149_T	1.124	0.23
314_P	380_P	1.107	0.23
149_T	356_K	1.107	0.23
149_T	164_Y	1.107	0.23
266_G	317_I	1.099	0.23
122_D	126_N	1.098	0.23
62_L	364_L	1.096	0.23
187_A	414_V	1.095	0.23
187_A	338_I	1.095	0.23
121_N	168_Y	1.090	0.23
145_D	337_N	1.089	0.22
146_W	275_E	1.085	0.22
61_I	278_C	1.083	0.22
149_T	357_Q	1.078	0.22
335_Y	356_K	1.071	0.22
279_K	401_I	1.069	0.22
269_Y	330_I	1.061	0.22
163_Y	385_T	1.059	0.22
73_H	280_T	1.052	0.21
315_D	349_P	1.051	0.21
223_G	259_R	1.047	0.21
304_E	308_E	1.045	0.21
277_V	311_T	1.043	0.21
86_F	144_I	1.036	0.21
335_Y	357_Q	1.030	0.21
147_S	167_T	1.030	0.21
30_L	354_I	1.030	0.21
278_C	363_A	1.028	0.21
184_H	229_E	1.027	0.21
125_L	410_S	1.025	0.21
81_K	415_Y	1.024	0.21
83_L	265_Y	1.018	0.21
149_T	275_E	1.002	0.20
151_N	228_K	0.998	0.20
41_S	105_L	0.998	0.20
65_Y	351_V	0.996	0.20
150_V	171_V	0.994	0.20
64_K	330_I	0.994	0.20
88_K	421_N	0.993	0.20
36_L	187_A	0.985	0.20
164_Y	182_K	0.977	0.20
86_F	191_Y	0.975	0.19
164_Y	184_H	0.974	0.19
376_A	407_V	0.969	0.19
336_Y	377_F	0.966	0.19
65_Y	401_I	0.960	0.19
250_D	273_V	0.959	0.19
219_A	223_G	0.958	0.19
356_K	380_P	0.955	0.19
316_I	333_A	0.953	0.19
281_V	414_V	0.952	0.19
338_I	345_L	0.947	0.19
183_I	222_F	0.945	0.19
219_A	249_I	0.944	0.19
171_V	234_Y	0.944	0.19
162_P	418_Y	0.942	0.19
275_E	335_Y	0.942	0.19
156_V	160_G	0.941	0.19
64_K	140_G	0.938	0.19
278_C	359_L	0.935	0.18
116_A	191_Y	0.934	0.18
46_F	314_P	0.933	0.18
55_G	94_K	0.922	0.18
297_W	349_P	0.922	0.18
82_L	194_D	0.913	0.18
126_N	377_F	0.913	0.18
65_Y	363_A	0.911	0.18
236_D	239_V	0.905	0.18
50_G	315_D	0.903	0.18
229_E	233_T	0.901	0.18
353_D	359_L	0.899	0.18
273_V	392_G	0.898	0.18
145_D	250_D	0.898	0.18
179_L	191_Y	0.895	0.18
226_I	341_D	0.894	0.18
143_I	319_A	0.892	0.17
58_V	68_R	0.892	0.17
246_K	250_D	0.890	0.17
274_W	349_P	0.889	0.17
327_Y	407_V	0.888	0.17
188_L	317_I	0.885	0.17
56_R	130_Q	0.882	0.17
123_F	176_E	0.881	0.17
122_D	138_I	0.875	0.17
105_L	294_R	0.874	0.17
359_L	364_L	0.873	0.17
297_W	377_F	0.870	0.17
404_V	421_N	0.869	0.17
228_K	328_F	0.868	0.17
241_L	282_F	0.868	0.17
104_E	194_D	0.862	0.17
226_I	334_K	0.861	0.17
226_I	332_D	0.861	0.17
63_P	226_I	0.861	0.17
226_I	360_Y	0.861	0.17
92_L	148_K	0.861	0.17
184_H	266_G	0.860	0.17
88_K	105_L	0.859	0.17
169_N	288_Y	0.858	0.17
65_Y	233_T	0.857	0.17
351_V	396_F	0.856	0.17
181_V	274_W	0.854	0.17
354_I	377_F	0.851	0.17
86_F	325_K	0.849	0.17
229_E	278_C	0.844	0.16
267_T	314_P	0.844	0.16
278_C	297_W	0.842	0.16
241_L	405_T	0.840	0.16
287_E	290_K	0.836	0.16
64_K	216_L	0.836	0.16
52_I	315_D	0.833	0.16
225_V	247_T	0.832	0.16
166_S	377_F	0.829	0.16
139_D	333_A	0.826	0.16
149_T	380_P	0.825	0.16
85_I	267_T	0.824	0.16
55_G	209_S	0.822	0.16
239_V	295_P	0.819	0.16
242_L	295_P	0.819	0.16
59_I	64_K	0.818	0.16
131_K	238_D	0.815	0.16
30_L	157_F	0.808	0.16
242_L	265_Y	0.806	0.16
155_P	239_V	0.806	0.16
49_V	82_L	0.805	0.16
49_V	278_C	0.804	0.16
62_L	297_W	0.803	0.16
44_L	239_V	0.801	0.15
410_S	414_V	0.801	0.15
284_H	295_P	0.799	0.15
63_P	380_P	0.798	0.15
360_Y	380_P	0.798	0.15
332_D	380_P	0.798	0.15
334_K	380_P	0.798	0.15
233_T	331_L	0.796	0.15
63_P	336_Y	0.796	0.15
336_Y	360_Y	0.796	0.15
332_D	336_Y	0.796	0.15
123_F	274_W	0.796	0.15
249_I	320_F	0.796	0.15
120_L	293_S	0.793	0.15
49_V	381_S	0.792	0.15
316_I	410_S	0.789	0.15
218_Y	367_L	0.785	0.15
144_I	164_Y	0.784	0.15
315_D	357_Q	0.781	0.15
121_N	228_K	0.781	0.15
44_L	144_I	0.780	0.15
126_N	238_D	0.778	0.15
64_K	248_A	0.777	0.15
111_S	363_A	0.776	0.15
292_I	406_L	0.775	0.15
152_E	159_K	0.775	0.15
297_W	386_N	0.773	0.15
282_F	297_W	0.769	0.15
393_S	405_T	0.768	0.15
164_Y	336_Y	0.767	0.15
157_F	328_F	0.766	0.15
42_G	414_V	0.763	0.15
198_I	354_I	0.760	0.15
161_V	182_K	0.756	0.15
113_F	116_A	0.755	0.15
168_Y	330_I	0.754	0.15
312_L	363_A	0.750	0.14
290_K	303_I	0.749	0.14
327_Y	374_H	0.747	0.14
316_I	358_L	0.746	0.14
178_H	328_F	0.744	0.14
53_S	232_N	0.739	0.14
229_E	363_A	0.739	0.14
148_K	166_S	0.739	0.14
31_K	77_T	0.739	0.14
282_F	409_I	0.738	0.14
65_Y	297_W	0.737	0.14
84_K	201_F	0.735	0.14
274_W	335_Y	0.734	0.14
77_T	133_F	0.732	0.14
44_L	312_L	0.731	0.14
126_N	164_Y	0.731	0.14
281_V	377_F	0.729	0.14
205_E	287_E	0.728	0.14
127_G	349_P	0.727	0.14
39_D	223_G	0.727	0.14
140_G	169_N	0.726	0.14
132_K	308_E	0.725	0.14
123_F	146_W	0.722	0.14
101_F	250_D	0.722	0.14
216_L	330_I	0.721	0.14
295_P	359_L	0.720	0.14
270_F	420_E	0.717	0.14
249_I	379_F	0.716	0.14
274_W	334_K	0.715	0.14
274_W	360_Y	0.715	0.14
274_W	332_D	0.715	0.14
63_P	274_W	0.715	0.14
148_K	228_K	0.711	0.14
326_E	404_V	0.710	0.14
270_F	332_D	0.710	0.14
270_F	334_K	0.710	0.14
63_P	270_F	0.710	0.14
270_F	360_Y	0.710	0.14
303_I	307_K	0.710	0.14
149_T	335_Y	0.709	0.14
92_L	208_K	0.709	0.14
195_F	281_V	0.707	0.14
117_D	226_I	0.705	0.14
49_V	355_T	0.704	0.14
362_K	401_I	0.704	0.14
229_E	349_P	0.702	0.14
188_L	245_L	0.701	0.13
51_V	391_F	0.701	0.13
292_I	313_E	0.700	0.13
282_F	377_F	0.699	0.13
190_K	290_K	0.699	0.13
234_Y	345_L	0.698	0.13
123_F	127_G	0.698	0.13
160_G	243_K	0.698	0.13
278_C	378_L	0.697	0.13
249_I	349_P	0.697	0.13
394_V	408_Y	0.694	0.13
171_V	293_S	0.694	0.13
206_F	241_L	0.692	0.13
297_W	331_L	0.690	0.13
305_V	353_D	0.689	0.13
42_G	114_M	0.684	0.13
320_F	326_E	0.681	0.13
58_V	87_K	0.681	0.13
169_N	355_T	0.681	0.13
142_G	349_P	0.677	0.13
274_W	356_K	0.676	0.13
66_C	314_P	0.674	0.13
278_C	295_P	0.674	0.13
401_I	414_V	0.673	0.13
275_E	315_D	0.673	0.13
191_Y	282_F	0.671	0.13
179_L	183_I	0.670	0.13
124_S	180_I	0.669	0.13
49_V	129_Y	0.666	0.13
238_D	271_H	0.664	0.13
263_S	399_L	0.655	0.13
150_V	335_Y	0.655	0.13
115_I	348_N	0.653	0.13
332_D	377_F	0.650	0.13
334_K	377_F	0.650	0.13
360_Y	377_F	0.650	0.13
63_P	377_F	0.650	0.13
265_Y	407_V	0.646	0.12
409_I	413_Q	0.643	0.12
37_Y	158_S	0.643	0.12
265_Y	396_F	0.642	0.12
179_L	378_L	0.640	0.12
111_S	183_I	0.640	0.12
30_L	33_K	0.639	0.12
255_Q	373_K	0.638	0.12
228_K	409_I	0.638	0.12
355_T	396_F	0.636	0.12
241_L	331_L	0.635	0.12
278_C	353_D	0.634	0.12
89_Y	220_D	0.632	0.12
266_G	333_A	0.631	0.12
65_Y	355_T	0.630	0.12
297_W	406_L	0.630	0.12
421_N	425_S	0.630	0.12
249_I	398_F	0.629	0.12
120_L	148_K	0.627	0.12
133_F	174_K	0.624	0.12
129_Y	312_L	0.622	0.12
160_G	404_V	0.621	0.12
294_R	404_V	0.620	0.12
217_D	415_Y	0.619	0.12
86_F	120_L	0.619	0.12
69_H	145_D	0.617	0.12
111_S	328_F	0.614	0.12
108_D	294_R	0.614	0.12
86_F	285_V	0.614	0.12
275_E	330_I	0.613	0.12
278_C	355_T	0.612	0.12
171_V	420_E	0.612	0.12
119_L	199_L	0.609	0.12
262_L	393_S	0.607	0.12
182_K	211_D	0.607	0.12
221_F	311_T	0.606	0.12
349_P	392_G	0.605	0.12
65_Y	229_E	0.604	0.12
120_L	225_V	0.604	0.12
241_L	287_E	0.604	0.12
333_A	380_P	0.604	0.12
92_L	276_E	0.603	0.12
281_V	339_N	0.603	0.12
126_N	341_D	0.600	0.12
172_V	177_Y	0.600	0.12
270_F	284_H	0.599	0.12
56_R	141_E	0.597	0.12
184_H	363_A	0.597	0.12
340_F	410_S	0.595	0.12
273_V	336_Y	0.595	0.12
119_L	251_R	0.594	0.12
35_I	379_F	0.594	0.12
79_F	378_L	0.593	0.12
229_E	242_L	0.591	0.12
267_T	358_L	0.590	0.12
152_E	378_L	0.589	0.12
185_K	411_A	0.587	0.12
354_I	358_L	0.587	0.12
159_K	187_A	0.586	0.11
140_G	362_K	0.585	0.11
186_W	363_A	0.583	0.11
248_A	317_I	0.582	0.11
277_V	358_L	0.579	0.11
239_V	350_G	0.575	0.11
265_Y	281_V	0.574	0.11
30_L	34_G	0.572	0.11
146_W	335_Y	0.570	0.11
139_D	380_P	0.570	0.11
278_C	318_K	0.562	0.11
31_K	341_D	0.562	0.11
282_F	338_I	0.559	0.11
29_L	32_S	0.559	0.11
172_V	259_R	0.558	0.11
120_L	211_D	0.558	0.11
170_E	277_V	0.558	0.11
131_K	312_L	0.558	0.11
123_F	315_D	0.557	0.11
329_L	376_A	0.556	0.11
64_K	222_F	0.556	0.11
47_N	294_R	0.555	0.11
181_V	407_V	0.552	0.11
195_F	233_T	0.552	0.11
249_I	274_W	0.549	0.11
48_Y	169_N	0.548	0.11
48_Y	140_G	0.543	0.11
49_V	267_T	0.543	0.11
123_F	246_K	0.543	0.11
198_I	243_K	0.543	0.11
50_G	336_Y	0.542	0.11
373_K	420_E	0.541	0.11
311_T	351_V	0.540	0.11
345_L	348_N	0.539	0.11
188_L	412_E	0.539	0.11
162_P	167_T	0.539	0.11
103_S	160_G	0.538	0.11
362_K	379_F	0.537	0.11
197_V	230_I	0.536	0.11
286_N	414_V	0.536	0.11
77_T	250_D	0.535	0.11
47_N	145_D	0.533	0.11
302_D	307_K	0.533	0.11
54_N	236_D	0.532	0.11
146_W	315_D	0.532	0.11
192_F	195_F	0.531	0.11
261_T	331_L	0.529	0.11
122_D	229_E	0.528	0.11
314_P	333_A	0.528	0.11
46_F	297_W	0.527	0.11
83_L	249_I	0.524	0.11
41_S	126_N	0.523	0.10
164_Y	284_H	0.522	0.10
50_G	380_P	0.522	0.10
189_S	200_G	0.522	0.10
86_F	388_F	0.522	0.10
149_T	274_W	0.521	0.10
249_I	307_K	0.519	0.10
115_I	155_P	0.519	0.10
113_F	327_Y	0.518	0.10
330_I	334_K	0.518	0.10
63_P	330_I	0.518	0.10
330_I	360_Y	0.518	0.10
65_Y	406_L	0.518	0.10
267_T	288_Y	0.518	0.10
274_W	314_P	0.517	0.10
270_F	381_S	0.516	0.10
129_Y	267_T	0.515	0.10
247_T	421_N	0.515	0.10
80_N	414_V	0.512	0.10
223_G	280_T	0.511	0.10
184_H	354_I	0.511	0.10
359_L	381_S	0.511	0.10
157_F	423_T	0.510	0.10
65_Y	331_L	0.510	0.10
33_K	86_F	0.510	0.10
155_P	331_L	0.509	0.10
59_I	107_S	0.507	0.10
65_Y	183_I	0.507	0.10
52_I	231_V	0.507	0.10
266_G	274_W	0.507	0.10
373_K	404_V	0.504	0.10
134_T	170_E	0.504	0.10
229_E	249_I	0.503	0.10
48_Y	274_W	0.502	0.10
188_L	282_F	0.502	0.10
65_Y	242_L	0.501	0.10
65_Y	184_H	0.501	0.10
197_V	348_N	0.501	0.10
160_G	206_F	0.501	0.10
49_V	189_S	0.500	0.10
41_S	383_N	0.500	0.10

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
4qlbG	1	0.0688	4.9	0.981	Contact Map
4b0aA	1	0.1978	3.1	0.983	Contact Map
2lc5A	1	0.1828	2.8	0.983	Contact Map
5bt3A	1	0.2258	2.7	0.983	Contact Map
3o6qB	1	0.0774	2.5	0.984	Contact Map
3mb4A	1	0.2344	2.4	0.984	Contact Map
1e0nA	1	0.0581	2.3	0.984	Contact Map
1rm1A	1	0.1978	2.3	0.984	Contact Map
2q6qA	2	0.1183	2.2	0.984	Contact Map
1avsA	1	0.1763	2.2	0.984	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0113 seconds.