YUIF - BACSU - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

YUIF - Putative amino acid transporter YuiF

UniProt:	O32105	Sequences: MNAVVIAVLLMLVLSLLRVNIVIALIIGALAGGLTGGLGLGETVKAFTDGLGGNATVAVSYAMLGAFAAALTKTGLPDAMVEASVKLIGNKEDSRKKALSKVLIVLIILIVSCFSQNVVPVHIAFIPVLIPPLLKIFNELEMDRRLIACVITFGLTAPYILLPVGFGQIFQGMLKDNMADAGLNVPLADIPYALIIPVAGMVVGLILSVIVYRKPKQYETKDISGAEASPYTRKSIGIAVLAIVVSLGVQLYLSQTLGVEGMIMGALAGLIVLFVSGVMKRDEADSLITDGMVLMAFIGFVMLVAAGFSNVLTKTGDVESLVKTSAGFIGHSQSLGALLMLIVGLLITMGIGSSFATIPVITTIFVPLCMQLGFSPMATIAIIGAAAALGDAGSPASDSTLGPTSGLSADGQHHHIWDTCVPTFIFYNIPLVIFGWIAALVL	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	442 (432)
Sequences:	518 (324)
Seq/√Len:	15.6

BACSU - YUIF

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
417_W	421_V	8.129	1.00
141_E	217_Q	6.211	1.00
369_C	379_T	5.359	1.00
108_I	130_I	5.138	1.00
157_A	198_V	4.633	1.00
337_A	374_F	4.400	1.00
134_L	409_A	4.347	1.00
429_I	433_I	4.305	1.00
74_T	273_L	3.515	0.99
297_F	301_V	3.404	0.99
250_Q	256_T	3.331	0.99
337_A	439_A	3.277	0.99
152_T	399_S	3.270	0.99
7_A	308_F	3.171	0.99
433_I	437_I	3.074	0.98
338_L	432_V	3.002	0.98
183_L	379_T	2.856	0.97
3_A	317_D	2.846	0.97
194_L	384_G	2.825	0.97
110_I	114_F	2.817	0.97
109_L	150_V	2.793	0.97
341_L	389_L	2.788	0.97
16_L	421_V	2.624	0.96
7_A	32_G	2.623	0.96
207_L	211_V	2.535	0.95
109_L	146_L	2.405	0.93
10_L	28_G	2.405	0.93
39_G	43_T	2.404	0.93
105_V	147_I	2.363	0.92
66_A	270_L	2.292	0.91
161_L	198_V	2.257	0.90
347_I	361_I	2.181	0.89
425_I	429_I	2.174	0.89
39_G	42_E	2.173	0.89
385_A	435_G	2.165	0.88
334_S	436_W	2.158	0.88
7_A	28_G	2.097	0.87
74_T	309_S	2.078	0.86
197_P	385_A	2.064	0.86
36_G	39_G	2.041	0.85
105_V	150_V	2.008	0.84
138_N	412_Q	1.995	0.84
10_L	31_A	1.976	0.83
242_A	246_S	1.920	0.81
193_A	377_M	1.914	0.81
206_I	210_I	1.880	0.80
318_V	363_T	1.868	0.80
183_L	370_M	1.857	0.79
111_V	158_P	1.848	0.79
157_A	160_I	1.844	0.79
161_L	195_I	1.842	0.79
381_A	438_A	1.793	0.77
222_D	225_G	1.785	0.76
369_C	382_I	1.781	0.76
66_A	288_I	1.780	0.76
175_K	190_I	1.778	0.76
111_V	129_L	1.775	0.76
358_I	387_A	1.775	0.76
336_G	372_L	1.757	0.75
108_I	129_L	1.754	0.75
138_N	220_T	1.752	0.75
116_Q	166_F	1.752	0.75
329_I	336_G	1.698	0.73
171_Q	190_I	1.689	0.72
62_A	299_G	1.686	0.72
200_G	434_F	1.670	0.71
47_F	304_V	1.669	0.71
242_A	256_T	1.667	0.71
252_Y	265_G	1.665	0.71
414_H	417_W	1.663	0.71
270_L	288_I	1.661	0.71
42_E	45_K	1.650	0.70
55_A	75_G	1.642	0.70
362_T	382_I	1.621	0.69
117_N	166_F	1.600	0.68
158_P	419_T	1.585	0.67
178_M	181_A	1.582	0.67
389_L	427_Y	1.579	0.67
137_F	142_M	1.562	0.66
112_S	154_G	1.543	0.65
28_G	308_F	1.536	0.65
265_G	394_S	1.534	0.64
190_I	264_M	1.496	0.62
268_A	347_I	1.493	0.62
157_A	161_L	1.491	0.62
197_P	200_G	1.485	0.62
329_I	339_L	1.473	0.61
170_F	387_A	1.467	0.61
71_L	252_Y	1.465	0.61
334_S	440_L	1.459	0.60
142_M	150_V	1.459	0.60
114_F	118_V	1.448	0.60
160_I	198_V	1.445	0.60
197_P	384_G	1.443	0.60
160_I	356_A	1.434	0.59
265_G	372_L	1.427	0.59
206_I	211_V	1.411	0.58
246_S	250_Q	1.411	0.58
38_L	193_A	1.399	0.57
246_S	249_V	1.396	0.57
199_A	275_V	1.389	0.57
133_L	137_F	1.385	0.56
178_M	383_I	1.368	0.55
44_V	264_M	1.363	0.55
377_M	381_A	1.361	0.55
112_S	155_L	1.359	0.55
146_L	150_V	1.352	0.54
6_I	35_T	1.335	0.53
181_A	362_T	1.329	0.53
22_V	62_A	1.328	0.53
106_L	210_I	1.325	0.53
71_L	273_L	1.317	0.52
54_N	303_L	1.305	0.52
47_F	308_F	1.294	0.51
197_P	381_A	1.293	0.51
353_S	356_A	1.293	0.51
176_D	180_D	1.292	0.51
299_G	304_V	1.292	0.51
242_A	248_G	1.290	0.51
289_T	292_M	1.288	0.51
325_S	339_L	1.279	0.50
152_T	435_G	1.274	0.50
358_I	361_I	1.272	0.50
16_L	417_W	1.265	0.49
60_S	387_A	1.261	0.49
203_V	207_L	1.258	0.49
81_V	420_C	1.254	0.49
168_Q	356_A	1.243	0.48
241_L	246_S	1.242	0.48
54_N	76_L	1.240	0.48
20_N	189_D	1.236	0.48
242_A	250_Q	1.233	0.48
63_M	266_A	1.224	0.47
19_V	281_R	1.222	0.47
57_V	317_D	1.217	0.47
156_T	198_V	1.205	0.46
47_F	62_A	1.199	0.46
62_A	353_S	1.196	0.46
183_L	366_V	1.186	0.45
181_A	313_T	1.176	0.44
109_L	427_Y	1.173	0.44
57_V	303_L	1.173	0.44
194_L	197_P	1.172	0.44
31_A	35_T	1.171	0.44
31_A	343_V	1.170	0.44
374_F	439_A	1.167	0.44
203_V	266_A	1.163	0.44
28_G	281_R	1.155	0.43
246_S	253_L	1.154	0.43
210_I	426_F	1.153	0.43
171_Q	175_K	1.148	0.43
24_A	112_S	1.144	0.43
239_A	242_A	1.141	0.42
331_H	372_L	1.140	0.42
437_I	440_L	1.137	0.42
200_G	381_A	1.134	0.42
28_G	31_A	1.130	0.42
178_M	292_M	1.123	0.41
263_I	365_F	1.118	0.41
106_L	206_I	1.116	0.41
9_L	13_V	1.109	0.41
30_L	268_A	1.107	0.41
83_A	86_K	1.107	0.41
183_L	387_A	1.103	0.40
240_V	246_S	1.103	0.40
381_A	385_A	1.098	0.40
207_L	426_F	1.097	0.40
277_G	280_K	1.090	0.40
429_I	437_I	1.089	0.40
310_N	314_K	1.088	0.40
301_V	420_C	1.083	0.39
431_L	435_G	1.082	0.39
103_L	209_V	1.080	0.39
24_A	222_D	1.071	0.39
106_L	380_I	1.070	0.39
133_L	164_V	1.068	0.38
147_I	365_F	1.061	0.38
74_T	278_V	1.050	0.37
385_A	399_S	1.050	0.37
133_L	136_I	1.050	0.37
106_L	110_I	1.042	0.37
32_G	312_L	1.042	0.37
256_T	261_G	1.037	0.37
427_Y	434_F	1.036	0.37
4_V	142_M	1.031	0.36
197_P	426_F	1.031	0.36
22_V	340_M	1.029	0.36
49_D	358_I	1.024	0.36
219_E	222_D	1.020	0.36
20_N	168_Q	1.013	0.35
336_G	368_L	1.011	0.35
62_A	356_A	1.006	0.35
221_K	225_G	1.003	0.35
73_K	281_R	1.002	0.35
170_F	199_A	1.000	0.35
437_I	441_V	0.998	0.35
234_K	246_S	0.997	0.35
299_G	356_A	0.985	0.34
85_V	365_F	0.981	0.34
3_A	57_V	0.977	0.34
54_N	306_A	0.973	0.33
130_I	137_F	0.970	0.33
50_G	300_F	0.970	0.33
245_V	248_G	0.966	0.33
31_A	279_M	0.965	0.33
262_M	285_D	0.965	0.33
133_L	312_L	0.961	0.33
330_G	346_L	0.960	0.33
304_V	383_I	0.958	0.33
70_A	436_W	0.956	0.33
172_G	175_K	0.956	0.33
54_N	74_T	0.956	0.33
208_S	426_F	0.956	0.33
47_F	299_G	0.956	0.33
214_K	429_I	0.954	0.32
119_V	250_Q	0.952	0.32
392_A	423_T	0.948	0.32
9_L	272_V	0.940	0.32
84_S	88_I	0.939	0.32
271_I	281_R	0.939	0.32
176_D	301_V	0.937	0.32
360_V	387_A	0.937	0.32
158_P	365_F	0.935	0.32
280_K	283_E	0.933	0.31
292_M	296_A	0.927	0.31
197_P	438_A	0.926	0.31
290_D	293_V	0.922	0.31
105_V	142_M	0.921	0.31
20_N	178_M	0.914	0.30
50_G	302_M	0.911	0.30
24_A	416_I	0.909	0.30
247_L	250_Q	0.909	0.30
377_M	380_I	0.904	0.30
296_A	308_F	0.901	0.30
58_A	64_L	0.899	0.30
261_G	332_S	0.899	0.30
200_G	428_N	0.898	0.30
5_V	9_L	0.898	0.30
381_A	442_L	0.898	0.30
186_P	189_D	0.896	0.30
220_T	225_G	0.895	0.30
105_V	190_I	0.894	0.30
385_A	426_F	0.894	0.30
168_Q	178_M	0.893	0.29
18_R	47_F	0.891	0.29
325_S	387_A	0.891	0.29
323_K	327_G	0.890	0.29
385_A	389_L	0.890	0.29
152_T	423_T	0.888	0.29
57_V	299_G	0.886	0.29
162_L	199_A	0.885	0.29
108_I	363_T	0.881	0.29
298_I	405_S	0.880	0.29
72_T	128_V	0.880	0.29
39_G	382_I	0.875	0.29
26_I	57_V	0.871	0.28
5_V	40_L	0.871	0.28
356_A	420_C	0.871	0.28
399_S	435_G	0.865	0.28
203_V	324_T	0.864	0.28
338_L	436_W	0.859	0.28
6_I	141_E	0.859	0.28
299_G	353_S	0.858	0.28
399_S	403_P	0.855	0.28
50_G	310_N	0.851	0.28
290_D	364_I	0.850	0.27
133_L	394_S	0.847	0.27
5_V	31_A	0.844	0.27
326_A	371_Q	0.844	0.27
48_T	51_L	0.843	0.27
55_A	366_V	0.836	0.27
439_A	442_L	0.834	0.27
71_L	262_M	0.832	0.27
232_T	347_I	0.831	0.27
140_L	405_S	0.830	0.27
36_G	221_K	0.830	0.27
294_L	360_V	0.830	0.27
206_I	209_V	0.829	0.27
13_V	17_L	0.828	0.26
187_L	190_I	0.825	0.26
25_L	44_V	0.825	0.26
318_V	323_K	0.821	0.26
339_L	342_I	0.820	0.26
54_N	420_C	0.820	0.26
114_F	119_V	0.819	0.26
203_V	331_H	0.818	0.26
214_K	222_D	0.817	0.26
21_I	360_V	0.817	0.26
243_I	250_Q	0.810	0.26
84_S	137_F	0.810	0.26
5_V	275_V	0.809	0.26
398_D	403_P	0.809	0.26
319_E	323_K	0.807	0.26
5_V	346_L	0.805	0.25
206_I	426_F	0.803	0.25
38_L	315_T	0.802	0.25
175_K	187_L	0.802	0.25
252_Y	256_T	0.801	0.25
257_L	265_G	0.800	0.25
309_S	313_T	0.798	0.25
255_Q	259_V	0.798	0.25
53_G	306_A	0.797	0.25
170_F	431_L	0.796	0.25
236_I	242_A	0.796	0.25
238_I	243_I	0.794	0.25
346_L	405_S	0.794	0.25
328_F	331_H	0.794	0.25
183_L	369_C	0.792	0.25
279_M	364_I	0.789	0.25
59_V	385_A	0.788	0.25
71_L	253_L	0.784	0.25
91_K	109_L	0.784	0.25
24_A	318_V	0.784	0.25
231_Y	250_Q	0.784	0.25
23_I	176_D	0.783	0.25
251_L	332_S	0.782	0.24
257_L	261_G	0.780	0.24
53_G	347_I	0.779	0.24
326_A	364_I	0.779	0.24
38_L	42_E	0.778	0.24
262_M	299_G	0.777	0.24
149_C	166_F	0.775	0.24
36_G	425_I	0.775	0.24
387_A	432_V	0.775	0.24
147_I	181_A	0.774	0.24
278_V	318_V	0.772	0.24
80_M	279_M	0.769	0.24
147_I	151_I	0.768	0.24
30_L	39_G	0.768	0.24
8_V	279_M	0.768	0.24
118_V	271_I	0.765	0.24
257_L	318_V	0.765	0.24
112_S	151_I	0.765	0.24
136_I	287_L	0.764	0.24
146_L	198_V	0.762	0.24
130_I	298_I	0.762	0.24
213_R	425_I	0.761	0.24
66_A	190_I	0.761	0.24
18_R	283_E	0.758	0.23
3_A	296_A	0.756	0.23
40_L	247_L	0.751	0.23
185_V	380_I	0.748	0.23
196_I	441_V	0.747	0.23
346_L	360_V	0.746	0.23
51_L	62_A	0.744	0.23
27_I	31_A	0.742	0.23
140_L	250_Q	0.741	0.23
172_G	187_L	0.741	0.23
199_A	202_V	0.740	0.23
189_D	380_I	0.740	0.23
308_F	332_S	0.738	0.23
251_L	255_Q	0.738	0.23
147_I	248_G	0.737	0.23
190_I	342_I	0.736	0.23
89_G	264_M	0.736	0.23
62_A	296_A	0.735	0.23
176_D	425_I	0.734	0.23
45_K	119_V	0.734	0.23
44_V	71_L	0.733	0.22
21_I	316_G	0.732	0.22
114_F	245_V	0.732	0.22
153_F	357_T	0.731	0.22
332_S	360_V	0.727	0.22
279_M	310_N	0.726	0.22
23_I	44_V	0.726	0.22
76_L	177_N	0.725	0.22
341_L	436_W	0.725	0.22
202_V	281_R	0.724	0.22
166_F	341_L	0.724	0.22
318_V	421_V	0.724	0.22
28_G	288_I	0.723	0.22
353_S	383_I	0.721	0.22
301_V	365_F	0.720	0.22
174_L	420_C	0.719	0.22
118_V	121_V	0.716	0.22
55_A	197_P	0.715	0.22
201_M	300_F	0.713	0.22
303_L	420_C	0.713	0.22
57_V	262_M	0.709	0.22
242_A	247_L	0.708	0.21
366_V	379_T	0.708	0.21
56_T	118_V	0.708	0.21
138_N	218_Y	0.707	0.21
121_V	293_V	0.707	0.21
170_F	189_D	0.707	0.21
320_S	369_C	0.706	0.21
400_T	403_P	0.705	0.21
48_T	263_I	0.703	0.21
241_L	255_Q	0.701	0.21
72_T	266_A	0.701	0.21
306_A	329_I	0.700	0.21
268_A	272_V	0.698	0.21
13_V	333_Q	0.697	0.21
27_I	199_A	0.697	0.21
74_T	297_F	0.696	0.21
140_L	325_S	0.693	0.21
105_V	209_V	0.692	0.21
109_L	151_I	0.692	0.21
56_T	119_V	0.691	0.21
62_A	304_V	0.690	0.21
24_A	240_V	0.688	0.21
160_I	420_C	0.686	0.21
156_T	299_G	0.686	0.21
365_F	387_A	0.684	0.21
171_Q	420_C	0.682	0.20
6_I	40_L	0.681	0.20
179_A	184_N	0.681	0.20
200_G	385_A	0.675	0.20
32_G	376_P	0.674	0.20
54_N	288_I	0.673	0.20
218_Y	412_Q	0.671	0.20
160_I	194_L	0.670	0.20
73_K	283_E	0.670	0.20
193_A	381_A	0.670	0.20
121_V	310_N	0.668	0.20
158_P	427_Y	0.666	0.20
381_A	439_A	0.665	0.20
3_A	28_G	0.665	0.20
179_A	414_H	0.662	0.20
13_V	227_E	0.658	0.20
364_I	401_L	0.657	0.20
71_L	278_V	0.657	0.20
384_G	399_S	0.656	0.20
5_V	112_S	0.656	0.20
203_V	433_I	0.655	0.20
306_A	358_I	0.652	0.19
164_V	265_G	0.652	0.19
71_L	128_V	0.650	0.19
332_S	335_L	0.650	0.19
341_L	423_T	0.649	0.19
149_C	253_L	0.648	0.19
102_V	288_I	0.647	0.19
137_F	150_V	0.646	0.19
5_V	360_V	0.646	0.19
15_S	366_V	0.645	0.19
69_A	408_S	0.645	0.19
150_V	164_V	0.645	0.19
185_V	270_L	0.642	0.19
306_A	427_Y	0.642	0.19
336_G	340_M	0.642	0.19
148_A	419_T	0.641	0.19
28_G	77_P	0.641	0.19
11_M	32_G	0.640	0.19
15_S	263_I	0.639	0.19
257_L	343_V	0.639	0.19
4_V	298_I	0.639	0.19
22_V	25_L	0.638	0.19
51_L	299_G	0.638	0.19
81_V	365_F	0.638	0.19
336_G	385_A	0.636	0.19
304_V	356_A	0.636	0.19
36_G	43_T	0.635	0.19
77_P	287_L	0.632	0.19
181_A	383_I	0.631	0.19
33_G	43_T	0.631	0.19
56_T	261_G	0.630	0.19
74_T	83_A	0.628	0.19
226_A	282_D	0.628	0.19
3_A	7_A	0.627	0.19
49_D	130_I	0.626	0.18
114_F	150_V	0.625	0.18
146_L	399_S	0.624	0.18
138_N	219_E	0.623	0.18
381_A	441_V	0.620	0.18
32_G	317_D	0.617	0.18
272_V	317_D	0.617	0.18
5_V	137_F	0.617	0.18
25_L	340_M	0.616	0.18
78_D	82_E	0.616	0.18
286_S	290_D	0.616	0.18
135_K	139_E	0.616	0.18
41_G	246_S	0.613	0.18
73_K	263_I	0.613	0.18
178_M	270_L	0.612	0.18
28_G	284_A	0.612	0.18
222_D	234_K	0.612	0.18
10_L	23_I	0.610	0.18
28_G	32_G	0.609	0.18
108_I	180_D	0.608	0.18
87_L	421_V	0.608	0.18
73_K	107_I	0.607	0.18
276_S	405_S	0.605	0.18
156_T	201_M	0.605	0.18
15_S	152_T	0.603	0.18
30_L	66_A	0.603	0.18
10_L	248_G	0.602	0.18
156_T	356_A	0.600	0.18
5_V	211_V	0.600	0.18
271_I	405_S	0.598	0.18
137_F	365_F	0.598	0.18
69_A	297_F	0.598	0.18
38_L	374_F	0.597	0.18
405_S	414_H	0.596	0.17
23_I	293_V	0.595	0.17
119_V	199_A	0.594	0.17
12_L	436_W	0.594	0.17
77_P	318_V	0.593	0.17
117_N	358_I	0.592	0.17
153_F	205_L	0.590	0.17
74_T	135_K	0.590	0.17
52_G	75_G	0.590	0.17
128_V	381_A	0.589	0.17
161_L	193_A	0.589	0.17
7_A	11_M	0.589	0.17
246_S	252_Y	0.588	0.17
10_L	281_R	0.588	0.17
296_A	299_G	0.587	0.17
57_V	79_A	0.587	0.17
364_I	368_L	0.587	0.17
188_A	191_P	0.587	0.17
24_A	151_I	0.586	0.17
137_F	249_V	0.586	0.17
191_P	253_L	0.586	0.17
304_V	309_S	0.582	0.17
212_Y	426_F	0.579	0.17
60_S	63_M	0.579	0.17
253_L	256_T	0.579	0.17
18_R	22_V	0.578	0.17
262_M	274_F	0.575	0.17
46_A	54_N	0.575	0.17
239_A	250_Q	0.574	0.17
139_E	365_F	0.574	0.17
157_A	202_V	0.574	0.17
87_L	365_F	0.573	0.17
63_M	303_L	0.572	0.17
149_C	270_L	0.572	0.17
370_M	405_S	0.572	0.17
315_T	426_F	0.571	0.17
292_M	405_S	0.571	0.17
333_Q	440_L	0.570	0.17
74_T	289_T	0.570	0.17
18_R	414_H	0.569	0.17
205_L	357_T	0.569	0.17
203_V	227_E	0.568	0.17
168_Q	172_G	0.567	0.17
239_A	246_S	0.567	0.17
50_G	201_M	0.567	0.17
195_I	377_M	0.567	0.17
152_T	384_G	0.566	0.17
74_T	175_K	0.566	0.17
178_M	377_M	0.565	0.16
118_V	331_H	0.565	0.16
273_L	276_S	0.565	0.16
6_I	223_I	0.562	0.16
128_V	298_I	0.560	0.16
47_F	109_L	0.559	0.16
173_M	194_L	0.559	0.16
73_K	286_S	0.559	0.16
319_E	331_H	0.559	0.16
299_G	303_L	0.554	0.16
185_V	207_L	0.553	0.16
190_I	314_K	0.553	0.16
379_T	439_A	0.553	0.16
19_V	312_L	0.553	0.16
274_F	301_V	0.553	0.16
203_V	247_L	0.552	0.16
193_A	438_A	0.552	0.16
128_V	292_M	0.552	0.16
45_K	358_I	0.552	0.16
273_L	297_F	0.551	0.16
230_P	379_T	0.550	0.16
241_L	250_Q	0.550	0.16
24_A	405_S	0.549	0.16
254_S	258_G	0.548	0.16
70_A	149_C	0.548	0.16
381_A	426_F	0.548	0.16
29_A	174_L	0.548	0.16
323_K	361_I	0.546	0.16
234_K	242_A	0.545	0.16
149_C	215_P	0.545	0.16
171_Q	288_I	0.543	0.16
10_L	35_T	0.543	0.16
48_T	356_A	0.543	0.16
242_A	252_Y	0.543	0.16
201_M	369_C	0.542	0.16
246_S	256_T	0.541	0.16
71_L	162_L	0.541	0.16
318_V	417_W	0.540	0.16
248_G	278_V	0.539	0.16
32_G	330_G	0.539	0.16
185_V	347_I	0.539	0.16
108_I	349_M	0.538	0.16
147_I	185_V	0.538	0.16
5_V	57_V	0.538	0.16
246_S	251_L	0.538	0.16
211_V	327_G	0.537	0.16
89_G	439_A	0.536	0.16
19_V	284_A	0.536	0.16
67_F	364_I	0.536	0.16
160_I	201_M	0.534	0.16
53_G	343_V	0.534	0.16
20_N	349_M	0.534	0.16
18_R	125_F	0.534	0.16
314_K	414_H	0.534	0.16
156_T	160_I	0.533	0.15
207_L	338_L	0.533	0.15
265_G	383_I	0.532	0.15
198_V	288_I	0.529	0.15
43_T	46_A	0.528	0.15
109_L	113_C	0.528	0.15
238_I	242_A	0.528	0.15
20_N	387_A	0.527	0.15
136_I	365_F	0.527	0.15
112_S	347_I	0.526	0.15
90_N	365_F	0.524	0.15
168_Q	181_A	0.524	0.15
149_C	333_Q	0.523	0.15
220_T	318_V	0.523	0.15
177_N	252_Y	0.523	0.15
234_K	239_A	0.522	0.15
62_A	303_L	0.522	0.15
11_M	364_I	0.522	0.15
209_V	426_F	0.522	0.15
141_E	275_V	0.520	0.15
339_L	362_T	0.520	0.15
137_F	297_F	0.519	0.15
119_V	188_A	0.518	0.15
54_N	85_V	0.518	0.15
188_A	380_I	0.517	0.15
320_S	417_W	0.517	0.15
250_Q	254_S	0.516	0.15
420_C	436_W	0.516	0.15
209_V	229_S	0.515	0.15
338_L	342_I	0.515	0.15
214_K	333_Q	0.514	0.15
341_L	432_V	0.514	0.15
282_D	320_S	0.514	0.15
365_F	420_C	0.513	0.15
119_V	362_T	0.513	0.15
252_Y	306_A	0.512	0.15
105_V	280_K	0.511	0.15
38_L	361_I	0.511	0.15
47_F	309_S	0.510	0.15
141_E	211_V	0.509	0.15
240_V	409_A	0.509	0.15
270_L	301_V	0.507	0.15
239_A	247_L	0.506	0.15
71_L	256_T	0.505	0.15
18_R	353_S	0.504	0.15
137_F	149_C	0.504	0.15
26_I	285_D	0.503	0.15
19_V	51_L	0.503	0.15
24_A	180_D	0.503	0.15
147_I	164_V	0.503	0.15
270_L	274_F	0.502	0.15
71_L	264_M	0.502	0.15
176_D	420_C	0.501	0.15
134_L	245_V	0.500	0.15

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
4r1iA	2	0.9253	99.9	0.887	Contact Map
4f35D	2	0.8733	99.9	0.897	Contact Map
4r0cA	3	0.9231	99.8	0.901	Contact Map
3giaA	1	0.4321	29.2	0.985	Contact Map
2kncA	1	0.1018	29.1	0.985	Contact Map
1ldfA	3	0.414	27.6	0.985	Contact Map
4us3A	1	0.4367	23.4	0.985	Contact Map
2cfqA	1	0.4186	23.2	0.985	Contact Map
3zuxA	1	0.4344	23.1	0.985	Contact Map
2kluA	1	0.1448	21.8	0.986	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0116 seconds.