SAFA - BACSU - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

SAFA - SpoIVD-associated factor A

UniProt:	O32062	Sequences: MKIHIVQKGDSLWKIAEKYGVDVEEVKKLNTQLSNPDLIMPGMKIKVPSEGVPVRKEPKAGKSPAAGSVKQEHPYAKEKPKSVVDVEDTKPKEKKSMPYVPPMPNLQENVYPEADVNDYYDMKQLFQPWSPPKPEEPKKHHDGNMDHMYHMQDQFPQQEAMSNMENANYPNMPNMPKAPEVGGIEEENVHHTVPNMPMPAVQPYYHYPAHFVPCPVPVSPILPGSGLCYPYYPAQAYPMHPMHGYQPGFVSPQYDPGYENQHHENSHHGHYGSYGAPQYASPAYGSPYGHMPYGPYYGTPQVMGAYQPAAAHGYMPYKDHDDCGCDGDHQPYFSAPGHSGMGAYGSPNMPYGTANPNPNPYSAGVSMPMTNQPSVNQMFGRPEEENE	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	387 (313)
Sequences:	113 (109)
Seq/√Len:	6.2

BACSU - SAFA

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
272_G	290_H	3.584	0.90
186_E	189_V	3.109	0.82
248_G	275_G	2.729	0.72
280_A	296_Y	2.718	0.72
259_E	268_H	2.716	0.71
285_G	303_M	2.625	0.69
251_S	285_G	2.602	0.68
231_Y	250_V	2.537	0.66
231_Y	295_P	2.535	0.66
216_V	306_Y	2.502	0.65
4_H	10_D	2.486	0.64
237_Y	302_V	2.448	0.63
246_Q	261_Q	2.353	0.60
265_N	296_Y	2.264	0.57
309_A	314_Y	2.229	0.55
13_W	261_Q	2.216	0.55
285_G	298_G	2.172	0.53
48_P	302_V	2.133	0.52
237_Y	265_N	2.075	0.50
281_S	314_Y	2.065	0.50
15_I	43_M	2.008	0.47
293_Y	305_A	1.996	0.47
298_G	303_M	1.975	0.46
273_S	291_M	1.967	0.46
251_S	298_G	1.965	0.46
233_P	250_V	1.937	0.45
244_G	259_E	1.928	0.45
21_V	246_Q	1.880	0.43
255_D	272_G	1.870	0.43
265_N	302_V	1.868	0.42
235_Q	267_H	1.847	0.42
4_H	19_Y	1.835	0.41
214_C	302_V	1.829	0.41
214_C	285_G	1.811	0.40
6_V	36_P	1.810	0.40
265_N	280_A	1.800	0.40
48_P	265_N	1.773	0.39
225_S	235_Q	1.769	0.39
237_Y	285_G	1.758	0.39
237_Y	280_A	1.756	0.39
285_G	302_V	1.730	0.38
272_G	321_D	1.729	0.38
267_H	281_S	1.692	0.36
272_G	292_P	1.636	0.35
298_G	301_Q	1.628	0.34
6_V	15_I	1.611	0.34
243_H	305_A	1.577	0.33
222_L	309_A	1.572	0.32
216_V	272_G	1.570	0.32
208_P	275_G	1.567	0.32
171_N	177_K	1.541	0.32
48_P	296_Y	1.536	0.31
255_D	292_P	1.527	0.31
243_H	307_Q	1.522	0.31
48_P	280_A	1.507	0.30
186_E	309_A	1.503	0.30
272_G	306_Y	1.498	0.30
151_M	160_A	1.491	0.30
230_P	233_P	1.484	0.30
7_Q	21_V	1.465	0.29
204_Y	234_A	1.457	0.29
236_A	305_A	1.456	0.29
268_H	281_S	1.448	0.29
189_V	222_L	1.446	0.29
259_E	270_H	1.441	0.28
215_P	253_Q	1.439	0.28
230_P	267_H	1.430	0.28
78_E	175_M	1.423	0.28
214_C	266_S	1.416	0.28
286_S	316_P	1.414	0.28
245_Y	293_Y	1.388	0.27
102_P	105_N	1.388	0.27
301_Q	318_K	1.384	0.27
230_P	285_G	1.382	0.27
247_P	268_H	1.360	0.26
7_Q	10_D	1.359	0.26
216_V	220_P	1.355	0.26
245_Y	305_A	1.342	0.26
6_V	9_G	1.330	0.25
236_A	243_H	1.327	0.25
242_M	306_Y	1.325	0.25
236_A	293_Y	1.324	0.25
272_G	320_H	1.319	0.25
217_P	262_H	1.318	0.25
280_A	302_V	1.317	0.25
271_Y	293_Y	1.310	0.25
296_Y	302_V	1.309	0.25
5_I	132_P	1.306	0.25
267_H	285_G	1.300	0.25
39_I	252_P	1.296	0.24
269_G	293_Y	1.296	0.24
250_V	295_P	1.294	0.24
234_A	250_V	1.285	0.24
269_G	286_S	1.285	0.24
283_A	289_G	1.284	0.24
308_P	312_H	1.279	0.24
22_D	237_Y	1.279	0.24
243_H	293_Y	1.266	0.24
9_G	36_P	1.258	0.23
216_V	254_Y	1.257	0.23
255_D	320_H	1.251	0.23
218_V	297_Y	1.251	0.23
271_Y	305_A	1.240	0.23
29_L	47_V	1.235	0.23
45_I	226_G	1.226	0.23
29_L	263_H	1.224	0.23
292_P	321_D	1.210	0.22
296_Y	315_M	1.208	0.22
26_V	163_N	1.205	0.22
216_V	236_A	1.203	0.22
220_P	307_Q	1.196	0.22
250_V	298_G	1.194	0.22
17_E	279_Y	1.192	0.22
233_P	251_S	1.187	0.22
20_G	66_A	1.187	0.22
251_S	303_M	1.183	0.22
225_S	228_C	1.178	0.21
15_I	36_P	1.177	0.21
224_G	315_M	1.172	0.21
13_W	22_D	1.166	0.21
221_I	315_M	1.165	0.21
256_P	293_Y	1.165	0.21
39_I	208_P	1.164	0.21
236_A	306_Y	1.157	0.21
265_N	303_M	1.153	0.21
241_P	293_Y	1.150	0.21
242_M	270_H	1.149	0.21
7_Q	39_I	1.148	0.21
272_G	314_Y	1.147	0.21
250_V	301_Q	1.146	0.21
236_A	289_G	1.141	0.21
256_P	307_Q	1.141	0.21
19_Y	31_T	1.135	0.20
9_G	16_A	1.134	0.20
231_Y	285_G	1.132	0.20
237_Y	303_M	1.127	0.20
237_Y	296_Y	1.125	0.20
89_T	152_Q	1.123	0.20
193_V	318_K	1.121	0.20
231_Y	303_M	1.120	0.20
13_W	246_Q	1.117	0.20
206_H	287_P	1.116	0.20
244_G	296_Y	1.111	0.20
35_N	47_V	1.110	0.20
37_D	253_Q	1.107	0.20
293_Y	307_Q	1.107	0.20
22_D	47_V	1.107	0.20
239_M	258_Y	1.103	0.20
242_M	304_G	1.101	0.20
47_V	234_A	1.099	0.20
233_P	318_K	1.098	0.20
214_C	251_S	1.097	0.20
43_M	264_E	1.088	0.19
236_A	256_P	1.085	0.19
254_Y	293_Y	1.081	0.19
254_Y	306_Y	1.074	0.19
213_P	230_P	1.071	0.19
214_C	282_P	1.070	0.19
241_P	283_A	1.067	0.19
241_P	305_A	1.066	0.19
116_V	122_M	1.066	0.19
236_A	241_P	1.064	0.19
220_P	256_P	1.055	0.19
224_G	301_Q	1.049	0.18
4_H	11_S	1.046	0.18
286_S	289_G	1.046	0.18
289_G	293_Y	1.044	0.18
235_Q	250_V	1.044	0.18
228_C	271_Y	1.041	0.18
10_D	39_I	1.033	0.18
253_Q	285_G	1.031	0.18
230_P	303_M	1.029	0.18
289_G	305_A	1.029	0.18
186_E	202_Q	1.026	0.18
255_D	258_Y	1.022	0.18
280_A	315_M	1.021	0.18
241_P	306_Y	1.021	0.18
277_P	286_S	1.019	0.18
268_H	314_Y	1.015	0.18
60_A	150_H	1.014	0.18
281_S	309_A	1.013	0.18
235_Q	303_M	1.006	0.18
280_A	298_G	1.002	0.17
233_P	285_G	1.002	0.17
253_Q	273_S	0.997	0.17
202_Q	205_Y	0.994	0.17
191_H	267_H	0.991	0.17
254_Y	271_Y	0.991	0.17
227_L	309_A	0.986	0.17
51_G	153_D	0.979	0.17
13_W	260_N	0.963	0.17
22_D	253_Q	0.961	0.17
285_G	301_Q	0.959	0.17
12_L	312_H	0.959	0.17
236_A	271_Y	0.957	0.17
256_P	289_G	0.955	0.17
243_H	256_P	0.938	0.16
253_Q	315_M	0.931	0.16
83_V	176_P	0.928	0.16
234_A	295_P	0.927	0.16
245_Y	256_P	0.927	0.16
48_P	226_G	0.925	0.16
256_P	305_A	0.924	0.16
216_V	255_D	0.924	0.16
20_G	203_P	0.920	0.16
251_S	308_P	0.910	0.16
269_G	316_P	0.906	0.16
221_I	253_Q	0.902	0.15
236_A	307_Q	0.900	0.15
110_V	113_E	0.900	0.15
230_P	298_G	0.900	0.15
268_H	309_A	0.896	0.15
262_H	269_G	0.893	0.15
168_N	171_N	0.892	0.15
254_Y	320_H	0.890	0.15
267_H	303_M	0.884	0.15
42_G	317_Y	0.884	0.15
41_P	268_H	0.883	0.15
21_V	308_P	0.882	0.15
215_P	221_I	0.881	0.15
206_H	274_Y	0.881	0.15
39_I	308_P	0.881	0.15
252_P	315_M	0.877	0.15
76_A	128_P	0.877	0.15
215_P	267_H	0.875	0.15
233_P	266_S	0.872	0.15
298_G	315_M	0.869	0.15
217_P	270_H	0.865	0.15
181_V	184_I	0.863	0.15
22_D	303_M	0.863	0.15
78_E	96_S	0.862	0.15
217_P	269_G	0.862	0.15
280_A	293_Y	0.862	0.15
170_P	177_K	0.862	0.15
235_Q	281_S	0.861	0.15
232_Y	238_P	0.857	0.15
303_M	315_M	0.856	0.15
281_S	315_M	0.855	0.15
231_Y	234_A	0.855	0.15
34_S	64_P	0.851	0.15
189_V	192_T	0.849	0.15
15_I	26_V	0.849	0.15
216_V	320_H	0.846	0.14
42_G	213_P	0.845	0.14
215_P	285_G	0.844	0.14
250_V	267_H	0.838	0.14
9_G	15_I	0.833	0.14
245_Y	307_Q	0.830	0.14
260_N	282_P	0.829	0.14
231_Y	235_Q	0.828	0.14
211_F	266_S	0.827	0.14
251_S	315_M	0.827	0.14
14_K	291_M	0.826	0.14
193_V	297_Y	0.821	0.14
306_Y	320_H	0.820	0.14
236_A	320_H	0.819	0.14
250_V	303_M	0.810	0.14
224_G	318_K	0.809	0.14
92_K	152_Q	0.808	0.14
230_P	318_K	0.807	0.14
10_D	30_N	0.802	0.14
279_Y	313_G	0.801	0.14
285_G	312_H	0.801	0.14
216_V	290_H	0.800	0.14
249_F	293_Y	0.799	0.14
39_I	279_Y	0.799	0.14
15_I	253_Q	0.799	0.14
21_V	48_P	0.798	0.14
231_Y	266_S	0.798	0.14
250_V	285_G	0.798	0.14
37_D	47_V	0.797	0.14
247_P	309_A	0.796	0.14
44_K	219_S	0.796	0.14
221_I	224_G	0.794	0.14
299_T	318_K	0.791	0.13
16_A	272_G	0.790	0.13
254_Y	272_G	0.788	0.13
272_G	281_S	0.784	0.13
236_A	249_F	0.783	0.13
256_P	271_Y	0.783	0.13
256_P	295_P	0.782	0.13
250_V	253_Q	0.782	0.13
5_I	33_L	0.777	0.13
216_V	242_M	0.773	0.13
214_C	234_A	0.770	0.13
215_P	251_S	0.769	0.13
95_K	98_P	0.769	0.13
40_M	46_K	0.768	0.13
10_D	15_I	0.767	0.13
313_G	317_Y	0.767	0.13
13_W	23_V	0.767	0.13
249_F	286_S	0.766	0.13
258_Y	314_Y	0.765	0.13
224_G	303_M	0.765	0.13
294_G	303_M	0.764	0.13
224_G	230_P	0.763	0.13
251_S	258_Y	0.763	0.13
256_P	280_A	0.757	0.13
290_H	321_D	0.756	0.13
253_Q	291_M	0.754	0.13
265_N	285_G	0.750	0.13
243_H	271_Y	0.747	0.13
5_I	10_D	0.747	0.13
249_F	305_A	0.746	0.13
237_Y	281_S	0.745	0.13
47_V	215_P	0.744	0.13
285_G	297_Y	0.742	0.13
303_M	310_A	0.742	0.13
230_P	250_V	0.741	0.13
230_P	266_S	0.739	0.13
233_P	252_P	0.738	0.13
259_E	298_G	0.738	0.13
48_P	237_Y	0.732	0.13
283_A	293_Y	0.731	0.13
259_E	285_G	0.726	0.12
225_S	285_G	0.723	0.12
258_Y	280_A	0.722	0.12
22_D	45_I	0.721	0.12
269_G	277_P	0.721	0.12
159_E	172_M	0.718	0.12
13_W	24_E	0.714	0.12
233_P	303_M	0.714	0.12
22_D	214_C	0.712	0.12
214_C	303_M	0.711	0.12
237_Y	258_Y	0.709	0.12
285_G	318_K	0.707	0.12
227_L	257_G	0.707	0.12
111_Y	135_E	0.706	0.12
194_P	235_Q	0.706	0.12
239_M	309_A	0.704	0.12
236_A	283_A	0.703	0.12
315_M	318_K	0.702	0.12
269_G	305_A	0.701	0.12
14_K	47_V	0.699	0.12
251_S	302_V	0.697	0.12
280_A	285_G	0.694	0.12
230_P	299_T	0.693	0.12
4_H	15_I	0.690	0.12
262_H	305_A	0.690	0.12
237_Y	251_S	0.689	0.12
250_V	315_M	0.689	0.12
219_S	319_D	0.687	0.12
273_S	301_Q	0.686	0.12
253_Q	298_G	0.682	0.12
231_Y	301_Q	0.682	0.12
270_H	283_A	0.679	0.12
220_P	306_Y	0.678	0.12
194_P	226_G	0.669	0.12
241_P	256_P	0.667	0.12
252_P	274_Y	0.662	0.11
193_V	315_M	0.660	0.11
14_K	280_A	0.659	0.11
66_A	163_N	0.657	0.11
9_G	30_N	0.654	0.11
7_Q	246_Q	0.652	0.11
148_M	159_E	0.651	0.11
216_V	283_A	0.650	0.11
226_G	233_P	0.650	0.11
93_E	128_P	0.649	0.11
42_G	319_D	0.648	0.11
227_L	307_Q	0.648	0.11
22_D	285_G	0.644	0.11
175_M	182_G	0.644	0.11
215_P	296_Y	0.644	0.11
267_H	302_V	0.643	0.11
250_V	266_S	0.642	0.11
251_S	282_P	0.642	0.11
191_H	318_K	0.640	0.11
265_N	298_G	0.636	0.11
253_Q	303_M	0.636	0.11
16_A	292_P	0.633	0.11
252_P	308_P	0.630	0.11
30_N	217_P	0.629	0.11
239_M	317_Y	0.629	0.11
48_P	214_C	0.627	0.11
11_S	90_K	0.626	0.11
245_Y	254_Y	0.626	0.11
46_K	313_G	0.626	0.11
262_H	293_Y	0.623	0.11
292_P	303_M	0.623	0.11
256_P	286_S	0.621	0.11
231_Y	251_S	0.620	0.11
184_I	313_G	0.618	0.11
39_I	146_D	0.617	0.11
254_Y	305_A	0.615	0.11
250_V	268_H	0.612	0.11
48_P	194_P	0.610	0.11
234_A	318_K	0.610	0.11
298_G	302_V	0.610	0.11
253_Q	261_Q	0.609	0.11
285_G	292_P	0.609	0.11
288_Y	291_M	0.605	0.11
234_A	315_M	0.601	0.11
250_V	299_T	0.599	0.11
256_P	304_G	0.599	0.11
243_H	289_G	0.598	0.11
253_Q	268_H	0.595	0.11
37_D	309_A	0.594	0.11
292_P	298_G	0.594	0.11
18_K	174_N	0.593	0.10
236_A	245_Y	0.592	0.10
237_Y	274_Y	0.592	0.10
84_V	116_V	0.591	0.10
230_P	251_S	0.589	0.10
274_Y	280_A	0.589	0.10
231_Y	314_Y	0.589	0.10
216_V	307_Q	0.588	0.10
47_V	253_Q	0.586	0.10
68_S	128_P	0.585	0.10
242_M	283_A	0.583	0.10
161_M	165_E	0.583	0.10
251_S	274_Y	0.583	0.10
242_M	277_P	0.581	0.10
94_K	98_P	0.579	0.10
294_G	301_Q	0.577	0.10
16_A	255_D	0.574	0.10
281_S	303_M	0.574	0.10
237_Y	267_H	0.571	0.10
69_V	154_Q	0.568	0.10
30_N	220_P	0.567	0.10
22_D	37_D	0.566	0.10
270_H	307_Q	0.564	0.10
118_D	130_S	0.562	0.10
253_Q	267_H	0.560	0.10
231_Y	318_K	0.558	0.10
264_E	292_P	0.558	0.10
235_Q	318_K	0.558	0.10
217_P	277_P	0.556	0.10
237_Y	263_H	0.555	0.10
22_D	273_S	0.555	0.10
5_I	14_K	0.551	0.10
48_P	285_G	0.550	0.10
30_N	262_H	0.548	0.10
261_Q	268_H	0.547	0.10
241_P	307_Q	0.546	0.10
36_P	292_P	0.546	0.10
271_Y	307_Q	0.545	0.10
283_A	307_Q	0.542	0.10
267_H	318_K	0.538	0.10
298_G	318_K	0.538	0.10
251_S	299_T	0.536	0.10
262_H	307_Q	0.536	0.10
6_V	30_N	0.535	0.10
13_W	38_L	0.535	0.10
7_Q	198_M	0.533	0.10
231_Y	315_M	0.531	0.10
241_P	271_Y	0.531	0.10
13_W	37_D	0.527	0.10
289_G	307_Q	0.527	0.10
235_Q	302_V	0.525	0.10
230_P	281_S	0.524	0.10
17_E	302_V	0.524	0.10
308_P	315_M	0.523	0.10
271_Y	289_G	0.522	0.10
227_L	258_Y	0.521	0.10
196_M	315_M	0.521	0.10
264_E	274_Y	0.521	0.10
270_H	316_P	0.520	0.10
304_G	313_G	0.516	0.09
277_P	320_H	0.515	0.09
267_H	307_Q	0.513	0.09
285_G	315_M	0.513	0.09
289_G	292_P	0.509	0.09
104_P	166_N	0.507	0.09
250_V	318_K	0.506	0.09
242_M	246_Q	0.503	0.09
255_D	270_H	0.502	0.09
234_A	251_S	0.502	0.09
266_S	272_G	0.501	0.09
262_H	316_P	0.500	0.09

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
2gu1A	1	0.7494	100	0.72	Contact Map
3sluA	1	0.8269	100	0.747	Contact Map
1qwyA	1	0.3592	100	0.769	Contact Map
4bh5A	4	0.2946	100	0.783	Contact Map
4rnzA	1	0.8424	100	0.791	Contact Map
2hsiA	1	0.4264	99.9	0.798	Contact Map
3tufB	1	0.3101	99.9	0.801	Contact Map
4qp5A	1	0.2817	99.9	0.802	Contact Map
4lxcA	4	0.4522	99.9	0.804	Contact Map
3nyyA	2	0.5116	99.9	0.824	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0101 seconds.