NRNB - BACSU - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

NRNB - Oligoribonuclease NrnB

UniProt:	O31824	Sequences: MYHLYSHNDLDGVGCGIVAKLAFGKDVEIRYNSVNGLNAQVQYFLEKAKESNRQDALFITDLAVNEENEERLNEYVHAGGKVKLIDHHKTALHLNEHEWGFVQVEYDDGRLTSATSLLYGYLIENGFMKPTNALDQFTELVRQYDTWEWERYDQKQAKRLNDLFFLLSIDEFEAKMIQRLSTHDEFFFDDFEEKLLDLEDEKIERYLRRKKREMVQTFVHEHCVGIVHAESYHSELGNRLGKDNPHLDYIAILSMGSKRVSLRTIHDYIDVSEIAGRYGGGGHAKASGCSITDEVYELFVAEAFRIDPVRPDAFRNIYNLKGSANGSLYENRAQMRFFLFPLDNEWNIQINGETQDETFAAFEEAEWFIKRNYAASLVRDEVFVAFLAENLKLANQHRK	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	399 (310)
Sequences:	174 (133)
Seq/√Len:	7.5

BACSU - NRNB
HALSA - Q9HMJ1

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
14_G	115_T	4.446	0.98
38_N	41_V	3.367	0.92
90_T	264_T	3.256	0.90
14_G	137_F	3.202	0.89
143_Q	152_Y	3.097	0.88
137_F	141_V	3.078	0.87
218_F	223_C	3.049	0.87
40_Q	162_D	2.641	0.77
14_G	141_V	2.626	0.77
222_H	269_I	2.608	0.76
186_F	237_G	2.500	0.73
18_V	118_L	2.484	0.73
134_L	287_S	2.436	0.71
182_T	253_L	2.407	0.70
203_I	232_Y	2.380	0.69
45_L	54_Q	2.225	0.64
23_F	229_A	2.105	0.59
98_E	178_Q	2.022	0.56
260_V	284_A	1.931	0.52
6_S	287_S	1.902	0.51
66_E	294_E	1.873	0.50
7_H	35_N	1.817	0.48
260_V	279_G	1.815	0.48
45_L	253_L	1.804	0.47
228_H	314_F	1.775	0.46
182_T	217_T	1.761	0.46
81_K	187_F	1.721	0.44
158_K	162_D	1.699	0.43
6_S	13_V	1.671	0.42
62_L	69_E	1.664	0.42
165_F	195_L	1.654	0.41
163_L	225_G	1.645	0.41
57_L	171_E	1.636	0.41
113_S	222_H	1.632	0.41
132_N	182_T	1.619	0.40
72_L	94_L	1.593	0.39
85_I	214_M	1.579	0.39
18_V	128_M	1.573	0.38
160_L	236_L	1.566	0.38
60_T	118_L	1.537	0.37
216_Q	247_L	1.537	0.37
44_F	172_F	1.534	0.37
3_H	76_V	1.526	0.37
41_V	72_L	1.516	0.36
63_A	224_V	1.510	0.36
262_L	291_I	1.510	0.36
229_A	236_L	1.476	0.35
51_S	139_E	1.445	0.34
277_R	297_E	1.442	0.34
3_H	55_D	1.437	0.33
18_V	156_Q	1.432	0.33
228_H	258_K	1.431	0.33
262_L	279_G	1.403	0.32
90_T	160_L	1.385	0.32
217_T	315_R	1.385	0.32
156_Q	287_S	1.381	0.31
278_Y	298_L	1.377	0.31
233_H	252_I	1.374	0.31
150_E	221_E	1.371	0.31
90_T	113_S	1.367	0.31
302_E	315_R	1.358	0.31
6_S	118_L	1.354	0.30
137_F	266_H	1.347	0.30
277_R	309_V	1.345	0.30
77_H	156_Q	1.337	0.30
73_N	128_M	1.332	0.30
157_A	275_A	1.330	0.30
114_A	271_V	1.330	0.30
108_D	118_L	1.316	0.29
113_S	273_E	1.313	0.29
5_Y	162_D	1.311	0.29
72_L	291_I	1.300	0.29
6_S	162_D	1.298	0.29
40_Q	158_K	1.270	0.28
72_L	261_S	1.269	0.28
58_F	318_Y	1.265	0.28
179_R	279_G	1.265	0.28
141_V	237_G	1.260	0.27
283_H	286_A	1.245	0.27
89_K	272_S	1.240	0.27
8_N	168_S	1.240	0.27
225_G	285_K	1.238	0.27
96_E	253_L	1.234	0.27
103_Q	228_H	1.228	0.26
137_F	237_G	1.227	0.26
143_Q	154_Q	1.213	0.26
81_K	198_L	1.212	0.26
52_N	77_H	1.212	0.26
82_V	277_R	1.209	0.26
46_E	171_E	1.205	0.26
61_D	282_G	1.204	0.26
11_D	280_G	1.204	0.26
11_D	263_R	1.204	0.26
263_R	280_G	1.204	0.26
61_D	288_G	1.204	0.26
11_D	145_D	1.204	0.26
11_D	281_G	1.204	0.26
145_D	288_G	1.204	0.26
87_H	263_R	1.204	0.26
87_H	280_G	1.204	0.26
11_D	282_G	1.204	0.26
87_H	281_G	1.204	0.26
61_D	145_D	1.204	0.26
87_H	282_G	1.204	0.26
87_H	145_D	1.204	0.26
61_D	281_G	1.204	0.26
61_D	280_G	1.204	0.26
263_R	282_G	1.204	0.26
61_D	86_D	1.204	0.26
263_R	288_G	1.204	0.26
88_H	288_G	1.204	0.26
88_H	145_D	1.204	0.26
88_H	282_G	1.204	0.26
88_H	281_G	1.204	0.26
280_G	288_G	1.204	0.26
88_H	280_G	1.204	0.26
263_R	281_G	1.204	0.26
11_D	88_H	1.204	0.26
11_D	87_H	1.204	0.26
61_D	263_R	1.204	0.26
11_D	86_D	1.204	0.26
11_D	61_D	1.204	0.26
87_H	288_G	1.204	0.26
61_D	88_H	1.204	0.26
61_D	87_H	1.204	0.26
88_H	263_R	1.204	0.26
11_D	288_G	1.204	0.26
86_D	282_G	1.204	0.26
86_D	281_G	1.204	0.26
12_G	87_H	1.204	0.26
12_G	288_G	1.204	0.26
12_G	145_D	1.204	0.26
282_G	288_G	1.204	0.26
12_G	88_H	1.204	0.26
86_D	280_G	1.204	0.26
12_G	282_G	1.204	0.26
12_G	263_R	1.204	0.26
86_D	145_D	1.204	0.26
86_D	263_R	1.204	0.26
86_D	288_G	1.204	0.26
12_G	281_G	1.204	0.26
145_D	281_G	1.204	0.26
145_D	280_G	1.204	0.26
12_G	86_D	1.204	0.26
145_D	263_R	1.204	0.26
145_D	282_G	1.204	0.26
281_G	288_G	1.204	0.26
12_G	280_G	1.204	0.26
12_G	61_D	1.204	0.26
90_T	132_N	1.203	0.26
214_M	303_A	1.198	0.25
73_N	77_H	1.192	0.25
58_F	296_Y	1.187	0.25
120_G	284_A	1.180	0.25
62_L	114_A	1.174	0.25
139_E	153_D	1.174	0.25
62_L	150_E	1.159	0.24
35_N	108_D	1.154	0.24
84_L	99_W	1.148	0.24
124_E	193_E	1.141	0.24
92_L	141_V	1.120	0.23
142_R	235_E	1.113	0.23
135_D	218_F	1.112	0.23
203_I	237_G	1.110	0.23
96_E	133_A	1.107	0.23
178_Q	182_T	1.095	0.22
228_H	237_G	1.093	0.22
72_L	82_V	1.086	0.22
7_H	231_S	1.085	0.22
57_L	209_R	1.078	0.22
92_L	95_N	1.069	0.22
7_H	113_S	1.067	0.22
21_L	237_G	1.058	0.21
2_Y	143_Q	1.058	0.21
14_G	177_I	1.055	0.21
34_V	249_Y	1.054	0.21
269_I	306_I	1.048	0.21
25_K	190_D	1.048	0.21
96_E	125_N	1.047	0.21
213_E	261_S	1.045	0.21
94_L	261_S	1.042	0.21
135_D	189_D	1.038	0.21
195_L	232_Y	1.031	0.21
37_L	205_R	1.031	0.21
99_W	238_N	1.019	0.20
90_T	164_F	1.016	0.20
149_W	225_G	1.004	0.20
3_H	261_S	0.997	0.20
135_D	170_D	0.997	0.20
26_D	134_L	0.996	0.20
26_D	78_A	0.995	0.20
97_H	257_S	0.987	0.20
45_L	69_E	0.981	0.19
93_H	304_F	0.981	0.19
250_I	264_T	0.978	0.19
46_E	167_L	0.978	0.19
104_V	272_S	0.978	0.19
218_F	221_E	0.977	0.19
205_R	266_H	0.973	0.19
110_R	223_C	0.972	0.19
136_Q	179_R	0.971	0.19
18_V	180_L	0.969	0.19
58_F	305_R	0.969	0.19
10_L	114_A	0.968	0.19
244_N	287_S	0.967	0.19
258_K	290_S	0.966	0.19
68_N	258_K	0.959	0.19
52_N	132_N	0.958	0.19
6_S	262_L	0.958	0.19
95_N	179_R	0.954	0.19
113_S	276_G	0.953	0.19
124_E	130_P	0.948	0.19
123_I	262_L	0.946	0.19
182_T	302_E	0.941	0.18
36_G	83_K	0.941	0.18
292_T	315_R	0.938	0.18
262_L	289_C	0.937	0.18
85_I	117_L	0.933	0.18
311_P	314_F	0.929	0.18
237_G	274_I	0.927	0.18
86_D	283_H	0.926	0.18
12_G	283_H	0.926	0.18
145_D	283_H	0.926	0.18
87_H	283_H	0.926	0.18
263_R	283_H	0.926	0.18
88_H	283_H	0.926	0.18
61_D	283_H	0.926	0.18
280_G	283_H	0.926	0.18
283_H	288_G	0.926	0.18
11_D	283_H	0.926	0.18
41_V	64_V	0.923	0.18
73_N	78_A	0.923	0.18
98_E	201_E	0.920	0.18
114_A	262_L	0.918	0.18
32_N	68_N	0.918	0.18
6_S	238_N	0.907	0.18
96_E	156_Q	0.907	0.18
75_Y	213_E	0.899	0.18
71_R	287_S	0.898	0.17
3_H	40_Q	0.892	0.17
14_G	70_E	0.890	0.17
210_K	236_L	0.889	0.17
26_D	315_R	0.886	0.17
36_G	108_D	0.886	0.17
114_A	287_S	0.882	0.17
137_F	203_I	0.881	0.17
44_F	207_L	0.878	0.17
120_G	134_L	0.875	0.17
163_L	227_V	0.874	0.17
41_V	68_N	0.872	0.17
30_R	176_M	0.869	0.17
214_M	244_N	0.863	0.17
241_G	295_V	0.862	0.17
8_N	148_E	0.862	0.17
63_A	194_K	0.859	0.17
219_V	224_V	0.858	0.17
14_G	23_F	0.855	0.17
112_T	261_S	0.854	0.17
13_V	63_A	0.851	0.16
113_S	221_E	0.847	0.16
303_A	317_I	0.845	0.16
89_K	310_R	0.830	0.16
15_C	62_L	0.829	0.16
38_N	243_D	0.828	0.16
90_T	311_P	0.827	0.16
60_T	238_N	0.827	0.16
5_Y	120_G	0.824	0.16
59_I	294_E	0.820	0.16
216_Q	277_R	0.820	0.16
211_K	284_A	0.820	0.16
28_E	53_R	0.817	0.16
197_D	202_K	0.814	0.16
78_A	181_S	0.813	0.16
120_G	310_R	0.811	0.16
220_H	278_Y	0.810	0.16
7_H	84_L	0.805	0.15
34_V	231_S	0.796	0.15
117_L	146_T	0.791	0.15
130_P	260_V	0.788	0.15
244_N	276_G	0.787	0.15
140_L	163_L	0.787	0.15
160_L	192_E	0.785	0.15
71_R	226_I	0.783	0.15
158_K	195_L	0.782	0.15
14_G	218_F	0.781	0.15
4_L	99_W	0.780	0.15
144_Y	176_M	0.776	0.15
110_R	287_S	0.770	0.15
45_L	130_P	0.764	0.15
98_E	129_K	0.763	0.15
181_S	277_R	0.762	0.15
99_W	186_F	0.757	0.14
136_Q	170_D	0.757	0.14
223_C	298_L	0.756	0.14
140_L	227_V	0.756	0.14
71_R	294_E	0.755	0.14
37_L	242_K	0.748	0.14
124_E	310_R	0.747	0.14
187_F	193_E	0.745	0.14
60_T	99_W	0.738	0.14
97_H	138_T	0.735	0.14
26_D	132_N	0.734	0.14
124_E	220_H	0.728	0.14
98_E	214_M	0.723	0.14
312_D	315_R	0.720	0.14
15_C	210_K	0.719	0.14
23_F	140_L	0.718	0.14
121_Y	236_L	0.717	0.14
103_Q	108_D	0.717	0.14
58_F	85_I	0.714	0.14
130_P	178_Q	0.712	0.14
68_N	237_G	0.708	0.14
32_N	36_G	0.708	0.14
8_N	34_V	0.707	0.14
146_T	227_V	0.704	0.13
98_E	133_A	0.703	0.13
95_N	254_S	0.703	0.13
42_Q	123_I	0.699	0.13
192_E	312_D	0.698	0.13
141_V	264_T	0.697	0.13
18_V	201_E	0.694	0.13
138_T	166_L	0.690	0.13
169_I	194_K	0.689	0.13
223_C	226_I	0.684	0.13
54_Q	132_N	0.680	0.13
46_E	128_M	0.679	0.13
139_E	163_L	0.679	0.13
149_W	271_V	0.679	0.13
28_E	132_N	0.677	0.13
222_H	232_Y	0.674	0.13
53_R	135_D	0.674	0.13
186_F	238_N	0.671	0.13
118_L	252_I	0.671	0.13
66_E	70_E	0.668	0.13
92_L	262_L	0.666	0.13
186_F	203_I	0.660	0.13
148_E	212_R	0.659	0.13
15_C	162_D	0.659	0.13
199_E	300_V	0.658	0.13
32_N	104_V	0.658	0.13
214_M	254_S	0.658	0.13
85_I	114_A	0.657	0.13
166_L	188_F	0.655	0.13
193_E	311_P	0.651	0.13
139_E	251_A	0.650	0.12
207_L	289_C	0.650	0.12
204_E	221_E	0.649	0.12
175_K	284_A	0.649	0.12
148_E	173_E	0.647	0.12
188_F	274_I	0.646	0.12
59_I	120_G	0.646	0.12
212_R	216_Q	0.632	0.12
160_L	210_K	0.631	0.12
84_L	165_F	0.628	0.12
170_D	201_E	0.627	0.12
43_Y	65_N	0.620	0.12
143_Q	304_F	0.618	0.12
131_T	156_Q	0.618	0.12
192_E	236_L	0.617	0.12
111_L	231_S	0.616	0.12
164_F	172_F	0.616	0.12
224_V	301_A	0.614	0.12
76_V	261_S	0.612	0.12
52_N	193_E	0.612	0.12
97_H	222_H	0.612	0.12
90_T	158_K	0.611	0.12
70_E	132_N	0.610	0.12
221_E	313_A	0.608	0.12
95_N	216_Q	0.606	0.12
234_S	271_V	0.606	0.12
270_D	275_A	0.604	0.12
267_D	285_K	0.603	0.12
23_F	74_E	0.601	0.12
18_V	101_F	0.600	0.12
200_D	243_D	0.600	0.12
17_I	115_T	0.598	0.12
119_Y	238_N	0.598	0.12
18_V	120_G	0.596	0.12
90_T	100_G	0.596	0.12
72_L	173_E	0.594	0.12
202_K	232_Y	0.594	0.12
124_E	277_R	0.593	0.12
7_H	261_S	0.589	0.11
52_N	218_F	0.586	0.11
77_H	130_P	0.585	0.11
7_H	284_A	0.583	0.11
176_M	241_G	0.583	0.11
15_C	119_Y	0.582	0.11
157_A	262_L	0.580	0.11
38_N	302_E	0.579	0.11
314_F	317_I	0.577	0.11
253_L	290_S	0.574	0.11
137_F	177_I	0.573	0.11
299_F	307_D	0.571	0.11
13_V	169_I	0.568	0.11
57_L	92_L	0.567	0.11
2_Y	222_H	0.566	0.11
176_M	198_L	0.565	0.11
83_K	180_L	0.564	0.11
68_N	196_L	0.564	0.11
250_I	266_H	0.564	0.11
187_F	201_E	0.559	0.11
41_V	236_L	0.558	0.11
74_E	125_N	0.558	0.11
29_I	69_E	0.558	0.11
139_E	278_Y	0.557	0.11
159_R	197_D	0.554	0.11
253_L	291_I	0.554	0.11
83_K	132_N	0.553	0.11
3_H	150_E	0.552	0.11
228_H	291_I	0.551	0.11
34_V	113_S	0.550	0.11
28_E	314_F	0.550	0.11
34_V	111_L	0.548	0.11
162_D	166_L	0.547	0.11
64_V	112_T	0.547	0.11
76_V	185_E	0.545	0.11
214_M	278_Y	0.545	0.11
222_H	284_A	0.541	0.11
119_Y	135_D	0.541	0.11
132_N	156_Q	0.541	0.11
211_K	214_M	0.540	0.11
140_L	143_Q	0.540	0.11
103_Q	305_R	0.539	0.11
133_A	317_I	0.538	0.11
74_E	120_G	0.535	0.11
46_E	168_S	0.535	0.11
14_G	181_S	0.532	0.11
204_E	253_L	0.530	0.11
261_S	281_G	0.529	0.11
61_D	261_S	0.529	0.11
88_H	261_S	0.529	0.11
86_D	261_S	0.529	0.11
261_S	288_G	0.529	0.11
12_G	261_S	0.529	0.11
145_D	261_S	0.529	0.11
261_S	280_G	0.529	0.11
87_H	261_S	0.529	0.11
11_D	261_S	0.529	0.11
261_S	282_G	0.529	0.11
103_Q	107_D	0.528	0.11
6_S	276_G	0.527	0.11
8_N	206_Y	0.524	0.10
31_Y	212_R	0.522	0.10
221_E	309_V	0.522	0.10
78_A	132_N	0.519	0.10
45_L	291_I	0.519	0.10
131_T	135_D	0.518	0.10
14_G	62_L	0.517	0.10
141_V	279_G	0.516	0.10
204_E	301_A	0.514	0.10
98_E	130_P	0.512	0.10
160_L	264_T	0.511	0.10
103_Q	134_L	0.511	0.10
98_E	132_N	0.510	0.10
155_K	178_Q	0.507	0.10
182_T	290_S	0.507	0.10
62_L	271_V	0.507	0.10
113_S	306_I	0.506	0.10
211_K	274_I	0.505	0.10
141_V	203_I	0.505	0.10
215_V	269_I	0.503	0.10
231_S	249_Y	0.503	0.10
190_D	206_Y	0.500	0.10
109_G	264_T	0.500	0.10

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
4ls9A	2	0.6892	100	0.802	Contact Map
3devA	2	0.6917	99.9	0.817	Contact Map
4py9A	2	0.7093	99.9	0.821	Contact Map
2zxrA	1	0.812	99.7	0.868	Contact Map
2hawA	2	0.6842	99.7	0.876	Contact Map
4rpaA	3	0.6792	99.4	0.893	Contact Map
2eb0A	2	0.6692	98.4	0.928	Contact Map
1k20A	2	0.6742	98.2	0.932	Contact Map
1wpnA	2	0.4261	98.1	0.934	Contact Map
2qb7A	1	0.782	97.1	0.947	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0102 seconds.