YDAJ - BACSU - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

YDAJ - Putative lipoprotein YdaJ

UniProt:	O31486	Sequences: MRHVLIAVILFFLSIGLSAGCAEAGNKTQNQSATEVNASPLQPAEYFIYHNLMNDKGLIKTDFSDQPSYLSESLGLWMEFLLSKNDAPHFQDQYQHLTDSFLMSNHLVTWKIQNGQASGTNALIDDMRIMLSLDQAAAKWGRSDYAQTARDIGTSLKTYNMNNGFFTDFYDSQAASKDVTLSYVMPDALAVLKKNGIIDEETEQRNANVLYSAPLKNGFLPKTYSSETKEYTYDSEINLIDQLYAAWHLPEGDEKASVLADWIKQEFQKNGKLYGRYSAYTKEPAVQYESPSVYALAVLFLTKQHENSSVIKAIYDRMNDFEIHDPVKSYYGGYMSGTQTHSFDNLLPLLAERKLFNENIIQ	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	362 (316)
Sequences:	131 (112)
Seq/√Len:	6.3

BACSU - YDAJ

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
243_L	297_A	3.728	0.92
102_L	152_I	3.283	0.86
94_Y	148_T	3.071	0.81
273_L	297_A	3.007	0.80
264_K	306_E	2.939	0.78
91_Q	136_A	2.673	0.71
120_T	237_I	2.518	0.66
334_Y	348_P	2.466	0.64
81_L	89_H	2.463	0.64
110_W	289_E	2.451	0.64
239_L	273_L	2.314	0.59
69_Y	81_L	2.304	0.59
107_L	112_I	2.279	0.58
243_L	273_L	2.269	0.58
58_L	61_T	2.249	0.57
109_T	112_I	2.242	0.57
127_M	166_F	2.217	0.56
214_P	217_N	2.208	0.55
47_F	52_L	2.192	0.55
81_L	295_A	2.181	0.54
186_P	252_G	2.173	0.54
58_L	62_D	2.171	0.54
48_I	292_S	2.161	0.54
44_A	322_E	2.118	0.52
239_L	259_L	2.095	0.51
236_E	276_R	2.059	0.50
202_T	219_F	2.058	0.50
246_A	300_F	2.027	0.49
259_L	300_F	2.019	0.49
48_I	333_G	1.988	0.47
278_S	285_A	1.983	0.47
76_L	343_F	1.982	0.47
122_A	183_Y	1.917	0.45
47_F	332_G	1.911	0.45
152_I	319_N	1.908	0.45
66_Q	345_N	1.837	0.42
298_V	315_Y	1.832	0.42
179_V	184_V	1.829	0.42
136_A	145_Y	1.827	0.42
52_L	209_V	1.809	0.41
175_A	204_Q	1.794	0.40
85_N	273_L	1.794	0.40
97_L	293_V	1.790	0.40
123_L	341_H	1.764	0.39
54_N	58_L	1.748	0.39
47_F	345_N	1.742	0.39
319_N	352_E	1.724	0.38
201_E	230_E	1.721	0.38
301_L	306_E	1.705	0.37
238_N	241_D	1.695	0.37
261_D	312_K	1.688	0.37
210_L	334_Y	1.686	0.37
57_G	171_D	1.678	0.36
260_A	264_K	1.614	0.34
169_F	181_L	1.595	0.34
185_M	220_L	1.581	0.33
182_S	241_D	1.581	0.33
186_P	210_L	1.579	0.33
77_W	81_L	1.578	0.33
213_A	236_E	1.578	0.33
342_S	346_L	1.569	0.33
60_K	67_P	1.553	0.32
123_L	293_V	1.541	0.32
141_G	144_D	1.513	0.31
227_E	230_E	1.504	0.31
48_I	106_H	1.482	0.30
328_K	331_Y	1.481	0.30
265_Q	305_H	1.478	0.30
131_L	185_M	1.470	0.30
243_L	296_L	1.463	0.30
219_F	341_H	1.456	0.29
48_I	290_S	1.455	0.29
207_A	262_W	1.453	0.29
164_G	250_P	1.449	0.29
301_L	310_V	1.440	0.29
181_L	219_F	1.439	0.29
72_E	75_G	1.421	0.28
145_Y	277_Y	1.414	0.28
222_K	234_D	1.411	0.28
214_P	298_V	1.409	0.28
64_S	170_Y	1.402	0.28
82_L	138_A	1.398	0.28
171_D	296_L	1.392	0.27
164_G	309_S	1.381	0.27
44_A	67_P	1.370	0.27
242_Q	246_A	1.359	0.27
110_W	241_D	1.355	0.26
54_N	120_T	1.354	0.26
96_H	101_F	1.349	0.26
82_L	122_A	1.348	0.26
106_H	263_I	1.340	0.26
333_G	352_E	1.338	0.26
153_G	283_E	1.338	0.26
275_G	288_Y	1.329	0.26
108_V	241_D	1.318	0.25
286_V	341_H	1.301	0.25
181_L	231_Y	1.290	0.25
235_S	285_A	1.288	0.25
237_I	264_K	1.281	0.24
251_E	306_E	1.273	0.24
101_F	219_F	1.261	0.24
300_F	311_I	1.258	0.24
73_S	290_S	1.251	0.24
79_E	141_G	1.249	0.24
140_W	334_Y	1.243	0.23
189_L	221_P	1.235	0.23
55_D	142_R	1.232	0.23
189_L	199_D	1.232	0.23
107_L	292_S	1.231	0.23
111_K	123_L	1.230	0.23
97_L	110_W	1.224	0.23
127_M	209_V	1.224	0.23
123_L	166_F	1.223	0.23
86_D	350_L	1.223	0.23
220_L	244_Y	1.221	0.23
341_H	348_P	1.219	0.23
138_A	164_G	1.219	0.23
52_L	345_N	1.217	0.23
222_K	241_D	1.210	0.23
206_N	219_F	1.205	0.22
67_P	251_E	1.203	0.22
266_E	282_K	1.194	0.22
176_S	331_Y	1.182	0.22
237_I	242_Q	1.178	0.22
86_D	89_H	1.169	0.22
74_L	97_L	1.164	0.21
125_D	294_Y	1.159	0.21
128_R	294_Y	1.159	0.21
125_D	128_R	1.159	0.21
137_A	146_A	1.153	0.21
48_I	305_H	1.153	0.21
136_A	140_W	1.144	0.21
233_Y	286_V	1.139	0.21
78_M	266_E	1.133	0.21
101_F	238_N	1.121	0.20
108_V	112_I	1.118	0.20
145_Y	351_A	1.112	0.20
90_F	122_A	1.104	0.20
258_V	292_S	1.103	0.20
93_Q	275_G	1.100	0.20
141_G	350_L	1.098	0.20
179_V	219_F	1.093	0.20
275_G	291_P	1.090	0.20
127_M	346_L	1.087	0.20
214_P	348_P	1.087	0.20
262_W	278_S	1.086	0.20
74_L	101_F	1.085	0.20
144_D	228_T	1.077	0.19
124_I	206_N	1.076	0.19
48_I	68_S	1.076	0.19
42_Q	212_S	1.070	0.19
154_T	224_Y	1.062	0.19
220_L	299_L	1.062	0.19
78_M	205_R	1.060	0.19
97_L	101_F	1.054	0.19
106_H	217_N	1.053	0.19
52_L	346_L	1.047	0.19
168_D	183_Y	1.047	0.19
48_I	145_Y	1.042	0.19
290_S	342_S	1.041	0.19
219_F	231_Y	1.032	0.18
182_S	218_G	1.032	0.18
291_P	318_M	1.030	0.18
81_L	174_A	1.029	0.18
123_L	221_P	1.028	0.18
286_V	289_E	1.027	0.18
62_D	353_R	1.025	0.18
217_N	302_T	1.022	0.18
133_L	277_Y	1.021	0.18
47_F	346_L	1.018	0.18
79_E	83_S	1.017	0.18
242_Q	341_H	1.013	0.18
213_A	335_M	1.006	0.18
217_N	264_K	1.005	0.18
286_V	340_T	0.998	0.18
188_A	348_P	0.998	0.18
214_P	315_Y	0.998	0.18
70_L	75_G	0.988	0.17
181_L	213_A	0.987	0.17
301_L	309_S	0.983	0.17
44_A	243_L	0.981	0.17
332_G	349_L	0.972	0.17
75_G	129_I	0.969	0.17
333_G	345_N	0.968	0.17
109_T	118_S	0.968	0.17
233_Y	340_T	0.968	0.17
55_D	258_V	0.965	0.17
170_Y	300_F	0.965	0.17
91_Q	230_E	0.961	0.17
78_M	97_L	0.961	0.17
123_L	348_P	0.960	0.17
78_M	343_F	0.959	0.17
152_I	352_E	0.955	0.17
75_G	80_F	0.955	0.17
275_G	344_D	0.949	0.17
85_N	265_Q	0.943	0.16
53_M	292_S	0.940	0.16
169_F	172_S	0.940	0.16
211_Y	263_I	0.934	0.16
225_S	268_Q	0.933	0.16
241_D	298_V	0.933	0.16
256_A	300_F	0.926	0.16
52_L	332_G	0.924	0.16
149_A	267_F	0.924	0.16
345_N	349_L	0.922	0.16
93_Q	97_L	0.920	0.16
323_I	328_K	0.919	0.16
179_V	209_V	0.916	0.16
221_P	315_Y	0.914	0.16
100_S	112_I	0.905	0.16
224_Y	333_G	0.903	0.16
301_L	314_I	0.900	0.16
101_F	189_L	0.899	0.16
151_D	227_E	0.894	0.16
141_G	230_E	0.893	0.15
214_P	352_E	0.890	0.15
121_N	238_N	0.886	0.15
72_E	125_D	0.883	0.15
72_E	128_R	0.883	0.15
72_E	294_Y	0.883	0.15
185_M	332_G	0.882	0.15
116_Q	325_D	0.878	0.15
132_S	203_E	0.876	0.15
241_D	347_L	0.876	0.15
346_L	349_L	0.875	0.15
218_G	310_V	0.872	0.15
222_K	345_N	0.869	0.15
62_D	75_G	0.866	0.15
69_Y	335_M	0.860	0.15
288_Y	293_V	0.859	0.15
101_F	121_N	0.857	0.15
42_Q	49_Y	0.856	0.15
121_N	286_V	0.854	0.15
182_S	242_Q	0.854	0.15
137_A	162_N	0.852	0.15
134_D	150_R	0.842	0.15
268_Q	316_D	0.841	0.15
137_A	268_Q	0.841	0.15
62_D	244_Y	0.837	0.14
220_L	259_L	0.836	0.14
280_Y	292_S	0.834	0.14
45_E	188_A	0.832	0.14
77_W	318_M	0.825	0.14
262_W	302_T	0.825	0.14
334_Y	347_L	0.823	0.14
113_Q	292_S	0.822	0.14
190_A	205_R	0.820	0.14
151_D	159_Y	0.820	0.14
45_E	303_K	0.817	0.14
78_M	279_A	0.817	0.14
267_F	298_V	0.812	0.14
78_M	314_I	0.811	0.14
168_D	180_T	0.807	0.14
347_L	352_E	0.802	0.14
221_P	242_Q	0.800	0.14
288_Y	344_D	0.800	0.14
83_S	280_Y	0.798	0.14
47_F	349_L	0.796	0.14
45_E	333_G	0.794	0.14
92_D	261_D	0.791	0.14
78_M	93_Q	0.788	0.14
222_K	242_Q	0.788	0.14
287_Q	312_K	0.788	0.14
69_Y	77_W	0.781	0.13
315_Y	352_E	0.780	0.13
75_G	90_F	0.776	0.13
249_L	342_S	0.775	0.13
171_D	189_L	0.766	0.13
280_Y	305_H	0.762	0.13
208_N	283_E	0.760	0.13
52_L	300_F	0.759	0.13
77_W	140_W	0.758	0.13
140_W	292_S	0.752	0.13
62_D	68_S	0.747	0.13
58_L	213_A	0.746	0.13
52_L	172_S	0.744	0.13
186_P	218_G	0.744	0.13
176_S	229_K	0.743	0.13
309_S	314_I	0.740	0.13
240_I	244_Y	0.740	0.13
210_L	348_P	0.740	0.13
126_D	294_Y	0.740	0.13
95_Q	271_G	0.738	0.13
332_G	345_N	0.737	0.13
77_W	312_K	0.733	0.13
84_K	252_G	0.732	0.13
75_G	110_W	0.731	0.13
87_A	91_Q	0.728	0.13
224_Y	332_G	0.726	0.13
108_V	160_N	0.723	0.13
50_H	261_D	0.722	0.13
186_P	334_Y	0.720	0.12
95_Q	220_L	0.720	0.12
65_D	107_L	0.718	0.12
179_V	340_T	0.718	0.12
101_F	199_D	0.717	0.12
225_S	228_T	0.717	0.12
48_I	197_I	0.716	0.12
179_V	192_L	0.716	0.12
181_L	301_L	0.716	0.12
86_D	110_W	0.716	0.12
38_A	248_H	0.712	0.12
208_N	313_A	0.706	0.12
108_V	289_E	0.705	0.12
131_L	187_D	0.705	0.12
48_I	169_F	0.703	0.12
117_A	212_S	0.701	0.12
270_N	295_A	0.697	0.12
128_R	183_Y	0.697	0.12
183_Y	294_Y	0.697	0.12
47_F	231_Y	0.697	0.12
125_D	183_Y	0.697	0.12
59_I	109_T	0.696	0.12
144_D	225_S	0.687	0.12
219_F	315_Y	0.685	0.12
153_G	321_F	0.683	0.12
267_F	352_E	0.682	0.12
124_I	180_T	0.682	0.12
73_S	133_L	0.682	0.12
104_S	211_Y	0.681	0.12
81_L	322_E	0.681	0.12
73_S	243_L	0.680	0.12
182_S	246_A	0.680	0.12
37_N	154_T	0.678	0.12
92_D	284_P	0.678	0.12
52_L	140_W	0.677	0.12
291_P	333_G	0.677	0.12
47_F	66_Q	0.672	0.12
62_D	107_L	0.670	0.12
146_A	323_I	0.668	0.12
250_P	304_Q	0.666	0.12
295_A	301_L	0.665	0.12
263_I	297_A	0.663	0.12
144_D	211_Y	0.663	0.12
121_N	347_L	0.663	0.12
333_G	349_L	0.660	0.12
75_G	128_R	0.658	0.12
75_G	125_D	0.658	0.12
75_G	294_Y	0.658	0.12
77_W	193_K	0.658	0.12
240_I	288_Y	0.656	0.11
61_T	110_W	0.653	0.11
233_Y	315_Y	0.652	0.11
68_S	292_S	0.650	0.11
275_G	286_V	0.650	0.11
82_L	296_L	0.649	0.11
195_N	240_I	0.645	0.11
38_A	230_E	0.645	0.11
291_P	348_P	0.644	0.11
266_E	270_N	0.642	0.11
177_K	227_E	0.641	0.11
177_K	312_K	0.637	0.11
42_Q	326_P	0.631	0.11
132_S	204_Q	0.631	0.11
107_L	124_I	0.628	0.11
105_N	147_Q	0.627	0.11
163_N	264_K	0.627	0.11
58_L	69_Y	0.626	0.11
95_Q	257_S	0.626	0.11
115_G	143_S	0.624	0.11
121_N	275_G	0.623	0.11
99_D	261_D	0.622	0.11
170_Y	219_F	0.621	0.11
127_M	224_Y	0.619	0.11
200_E	229_K	0.618	0.11
132_S	250_P	0.617	0.11
79_E	236_E	0.615	0.11
196_G	240_I	0.614	0.11
179_V	263_I	0.612	0.11
244_Y	267_F	0.612	0.11
85_N	149_A	0.612	0.11
273_L	299_L	0.612	0.11
117_A	176_S	0.609	0.11
249_L	256_A	0.608	0.11
118_S	262_W	0.607	0.11
214_P	341_H	0.607	0.11
82_L	273_L	0.606	0.11
162_N	229_K	0.602	0.11
156_L	249_L	0.599	0.11
41_L	328_K	0.598	0.11
70_L	128_R	0.596	0.11
70_L	294_Y	0.596	0.11
70_L	125_D	0.596	0.11
141_G	201_E	0.596	0.11
242_Q	288_Y	0.595	0.11
295_A	342_S	0.591	0.11
82_L	289_E	0.589	0.11
160_N	169_F	0.588	0.11
182_S	240_I	0.588	0.11
92_D	280_Y	0.585	0.10
124_I	220_L	0.585	0.10
178_D	224_Y	0.584	0.10
249_L	273_L	0.584	0.10
107_L	118_S	0.584	0.10
45_E	84_K	0.581	0.10
39_S	321_F	0.580	0.10
243_L	251_E	0.579	0.10
182_S	300_F	0.577	0.10
289_E	344_D	0.577	0.10
321_F	344_D	0.574	0.10
149_A	303_K	0.573	0.10
59_I	176_S	0.572	0.10
61_T	140_W	0.571	0.10
286_V	344_D	0.569	0.10
156_L	262_W	0.568	0.10
123_L	179_V	0.564	0.10
158_T	175_A	0.562	0.10
86_D	210_L	0.561	0.10
139_K	323_I	0.559	0.10
121_N	241_D	0.558	0.10
166_F	220_L	0.558	0.10
58_L	97_L	0.557	0.10
54_N	325_D	0.556	0.10
112_I	124_I	0.556	0.10
171_D	290_S	0.555	0.10
237_I	266_E	0.554	0.10
214_P	242_Q	0.552	0.10
241_D	245_A	0.552	0.10
118_S	124_I	0.551	0.10
107_L	317_R	0.549	0.10
91_Q	232_T	0.548	0.10
231_Y	345_N	0.547	0.10
92_D	163_N	0.547	0.10
77_W	248_H	0.546	0.10
287_Q	320_D	0.546	0.10
144_D	150_R	0.544	0.10
106_H	344_D	0.544	0.10
98_T	225_S	0.544	0.10
72_E	90_F	0.542	0.10
242_Q	300_F	0.540	0.10
66_Q	120_T	0.539	0.10
129_I	326_P	0.539	0.10
293_V	344_D	0.539	0.10
120_T	266_E	0.539	0.10
175_A	331_Y	0.538	0.10
97_L	344_D	0.537	0.10
211_Y	353_R	0.537	0.10
238_N	296_L	0.536	0.10
61_T	222_K	0.536	0.10
111_K	121_N	0.536	0.10
132_S	181_L	0.535	0.10
71_S	180_T	0.534	0.10
166_F	251_E	0.534	0.10
180_T	310_V	0.533	0.10
102_L	110_W	0.532	0.10
185_M	224_Y	0.531	0.10
159_Y	200_E	0.531	0.10
154_T	266_E	0.531	0.10
241_D	267_F	0.529	0.10
184_V	325_D	0.528	0.10
47_F	61_T	0.527	0.10
203_E	316_D	0.526	0.10
177_K	250_P	0.525	0.10
239_L	246_A	0.525	0.10
68_S	101_F	0.523	0.10
249_L	278_S	0.523	0.10
142_R	338_T	0.522	0.10
182_S	347_L	0.522	0.10
130_M	149_A	0.520	0.10
77_W	345_N	0.520	0.10
275_G	289_E	0.519	0.10
59_I	224_Y	0.517	0.10
261_D	320_D	0.516	0.10
288_Y	311_I	0.515	0.10
219_F	243_L	0.515	0.10
88_P	140_W	0.514	0.10
162_N	258_V	0.513	0.10
67_P	342_S	0.512	0.10
44_A	220_L	0.510	0.09
48_I	275_G	0.510	0.09
225_S	235_S	0.509	0.09
348_P	352_E	0.504	0.09
86_D	334_Y	0.501	0.09
241_D	266_E	0.500	0.09

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
3renA	1	0.895	100	0.503	Contact Map
1kwfA	1	0.9006	100	0.722	Contact Map
1v5dA	1	0.8978	100	0.75	Contact Map
1wzzA	1	0.8232	100	0.751	Contact Map
1h12A	1	0.9061	100	0.752	Contact Map
5cd2A	1	0.8315	100	0.752	Contact Map
4q2bA	4	0.8315	100	0.763	Contact Map
1wu4A	1	0.9116	100	0.771	Contact Map
3qxfA	1	0.8232	100	0.771	Contact Map
4v1sA	1	0.7265	96.7	0.943	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0099 seconds.