RHAA - BACSU - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

RHAA - L-rhamnose isomerase

UniProt:	O05264	Sequences: MTIKANYDSAKQAYEKWGIDVEEALRQLEQVPISIHCWQGDDIEGFEVNKGELSGGIDVTGNYPGKAQTPEELRRDLEKALSLIPGKHRVNLHAIYAETNREAVERDELKPQHFENWVKWAKNLGLGLDFNPTLFSHEKAADGLTLSHPDPDIREFWIRHCIACRRIGEYFGKELGTPCLTNIWIPDGYKDIPSDRLTPRKRLKESLDRIFSEEISEQHNLDSIESKLFGLGSESYVVGSHEFYLAYALTNHKLCLLDTGHFHPTETVSNKISSMLLYTDKLALHVSRPVRWDSDHVVVLDDELREIALEIVRNHALEKVAIGLDFFDASINRVAAWTIGTRNMIKALLYALLLPNGYLKQLQEEGRYTERLALMEEFKTYPFGAIWDSYCEQMGVPVKEAWLYDIKEYEQQVLLKRKASSPIV	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	424 (414)
Sequences:	332 (167)
Seq/√Len:	8.2

ECOLI - RHAA
BACSU - RHAA

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
233_S	237_V	5.090	1.00
7_Y	21_V	4.797	0.99
235_S	290_V	4.723	0.99
151_P	155_E	4.556	0.99
80_A	84_I	4.437	0.99
68_Q	72_E	4.361	0.99
134_L	161_C	4.351	0.99
389_S	393_Q	4.305	0.98
78_E	124_L	4.155	0.98
168_G	181_T	3.533	0.95
205_E	209_R	3.529	0.95
79_K	82_S	3.431	0.94
203_L	244_Y	3.365	0.93
159_R	163_A	3.351	0.93
89_R	177_T	3.288	0.92
169_E	173_K	3.231	0.92
367_R	370_E	3.202	0.91
311_I	320_V	3.188	0.91
44_E	66_K	3.110	0.90
408_E	412_Q	3.101	0.90
40_G	337_W	3.099	0.90
204_K	251_N	3.020	0.89
22_E	393_Q	2.762	0.83
29_E	394_M	2.752	0.83
115_E	119_K	2.735	0.83
80_A	338_T	2.612	0.80
139_K	153_I	2.608	0.80
181_T	220_N	2.594	0.79
183_I	211_F	2.539	0.78
208_D	247_Y	2.529	0.77
107_D	159_R	2.490	0.76
147_S	238_V	2.473	0.76
24_A	352_L	2.471	0.76
98_E	116_N	2.361	0.72
47_E	106_R	2.361	0.72
35_I	341_T	2.329	0.71
97_A	109_L	2.320	0.71
269_S	303_E	2.312	0.70
361_Q	365_E	2.246	0.68
206_S	210_I	2.178	0.66
32_P	89_R	2.155	0.65
22_E	389_S	2.099	0.63
31_V	317_L	2.081	0.62
40_G	73_L	2.064	0.61
84_I	338_T	2.041	0.60
102_E	112_Q	2.026	0.60
345_I	390_Y	2.012	0.59
259_T	307_I	2.008	0.59
143_G	237_V	1.978	0.58
215_I	219_H	1.968	0.57
272_I	282_L	1.946	0.57
199_P	202_R	1.933	0.56
256_L	283_A	1.930	0.56
259_T	287_S	1.913	0.55
54_S	140_A	1.904	0.55
256_L	363_Q	1.899	0.55
17_W	378_F	1.878	0.54
6_N	385_A	1.820	0.51
74_R	98_E	1.797	0.50
370_E	407_K	1.793	0.50
259_T	268_V	1.788	0.50
283_A	363_Q	1.783	0.50
308_A	344_M	1.769	0.49
170_Y	174_E	1.760	0.49
144_L	149_P	1.732	0.48
300_L	350_Y	1.724	0.47
221_L	281_K	1.706	0.47
118_V	174_E	1.682	0.46
385_A	388_D	1.675	0.45
367_R	407_K	1.643	0.44
172_G	323_G	1.608	0.43
180_L	283_A	1.607	0.43
165_R	222_D	1.546	0.40
28_L	348_L	1.541	0.40
23_E	26_R	1.539	0.40
378_F	381_Y	1.537	0.40
118_V	170_Y	1.525	0.39
211_F	253_K	1.524	0.39
4_K	8_D	1.518	0.39
301_D	304_L	1.505	0.38
115_E	174_E	1.500	0.38
185_I	203_L	1.476	0.37
53_L	136_S	1.469	0.37
267_T	303_E	1.447	0.36
158_I	205_E	1.437	0.36
159_R	162_I	1.437	0.36
281_K	321_A	1.435	0.36
180_L	363_Q	1.423	0.35
128_L	171_F	1.405	0.35
127_G	175_L	1.396	0.34
47_E	89_R	1.392	0.34
335_A	369_T	1.384	0.34
203_L	224_I	1.380	0.34
19_I	24_A	1.378	0.34
23_E	27_Q	1.372	0.33
81_L	90_V	1.367	0.33
193_P	196_R	1.364	0.33
32_P	177_T	1.361	0.33
94_A	109_L	1.360	0.33
335_A	339_I	1.357	0.33
172_G	219_H	1.353	0.33
312_V	317_L	1.352	0.33
111_P	171_F	1.352	0.33
165_R	172_G	1.343	0.32
241_H	245_L	1.335	0.32
109_L	163_A	1.331	0.32
262_F	268_V	1.330	0.32
33_I	88_H	1.325	0.32
123_N	126_L	1.318	0.31
180_L	256_L	1.318	0.31
339_I	372_L	1.309	0.31
105_E	163_A	1.299	0.31
286_V	324_L	1.288	0.30
19_I	378_F	1.279	0.30
201_K	205_E	1.267	0.30
111_P	170_Y	1.263	0.29
58_D	99_T	1.261	0.29
73_L	337_W	1.258	0.29
163_A	166_R	1.258	0.29
88_H	390_Y	1.255	0.29
246_A	275_M	1.243	0.29
335_A	402_W	1.240	0.29
82_S	125_G	1.217	0.28
143_G	233_S	1.216	0.28
121_A	128_L	1.214	0.28
12_Q	386_I	1.204	0.27
335_A	403_L	1.201	0.27
228_L	262_F	1.199	0.27
173_K	219_H	1.181	0.27
59_V	253_K	1.178	0.27
58_D	270_N	1.174	0.26
169_E	219_H	1.174	0.26
15_E	21_V	1.173	0.26
401_A	411_Q	1.170	0.26
377_E	399_K	1.169	0.26
31_V	352_L	1.168	0.26
286_V	344_M	1.166	0.26
59_V	304_L	1.162	0.26
168_G	220_N	1.161	0.26
108_E	112_Q	1.161	0.26
47_E	59_V	1.156	0.26
74_R	120_W	1.156	0.26
390_Y	394_M	1.152	0.26
169_E	174_E	1.151	0.26
204_K	250_T	1.148	0.26
83_L	397_P	1.147	0.26
276_L	316_A	1.144	0.26
31_V	308_A	1.137	0.25
185_I	244_Y	1.135	0.25
389_S	392_E	1.135	0.25
262_F	269_S	1.130	0.25
162_I	209_R	1.118	0.25
211_F	222_D	1.118	0.25
286_V	323_G	1.117	0.25
79_K	405_D	1.117	0.25
148_H	153_I	1.107	0.24
272_I	311_I	1.107	0.24
21_V	148_H	1.103	0.24
272_I	320_V	1.098	0.24
59_V	329_A	1.094	0.24
59_V	237_V	1.090	0.24
388_D	398_V	1.089	0.24
199_P	335_A	1.087	0.24
335_A	372_L	1.078	0.23
224_I	244_Y	1.078	0.23
28_L	70_P	1.078	0.23
163_A	402_W	1.076	0.23
63_Y	410_E	1.073	0.23
203_L	222_D	1.071	0.23
26_R	30_Q	1.061	0.23
58_D	181_T	1.057	0.23
88_H	299_V	1.051	0.23
144_L	245_L	1.048	0.23
231_L	272_I	1.045	0.23
95_I	372_L	1.043	0.22
345_I	407_K	1.042	0.22
362_L	370_E	1.032	0.22
115_E	118_V	1.026	0.22
199_P	236_Y	1.026	0.22
221_L	326_F	1.021	0.22
94_A	242_E	1.020	0.22
241_H	287_S	1.017	0.22
202_R	369_T	1.011	0.22
268_V	384_G	1.007	0.21
50_K	152_D	1.005	0.21
9_S	385_A	1.005	0.21
201_K	277_L	0.998	0.21
78_E	123_N	0.992	0.21
315_H	318_E	0.985	0.21
120_W	165_R	0.980	0.21
19_I	212_S	0.971	0.20
213_E	252_H	0.970	0.20
237_V	270_N	0.969	0.20
199_P	402_W	0.966	0.20
274_S	344_M	0.965	0.20
107_D	162_I	0.960	0.20
193_P	375_M	0.959	0.20
32_P	106_R	0.958	0.20
89_R	175_L	0.955	0.20
241_H	383_F	0.954	0.20
21_V	209_R	0.949	0.20
105_E	278_Y	0.949	0.20
139_K	152_D	0.949	0.20
106_R	316_A	0.944	0.20
123_N	412_Q	0.944	0.20
215_I	220_N	0.943	0.20
40_G	387_W	0.936	0.20
146_L	206_S	0.934	0.19
169_E	215_I	0.929	0.19
11_K	21_V	0.929	0.19
330_S	375_M	0.926	0.19
132_P	199_P	0.922	0.19
356_N	363_Q	0.921	0.19
214_E	253_K	0.919	0.19
194_S	363_Q	0.916	0.19
54_S	57_I	0.915	0.19
267_T	343_N	0.908	0.19
413_V	416_K	0.907	0.19
146_L	203_L	0.903	0.19
246_A	274_S	0.901	0.19
202_R	335_A	0.898	0.19
338_T	390_Y	0.894	0.18
303_E	343_N	0.892	0.18
77_L	90_V	0.892	0.18
274_S	357_G	0.888	0.18
19_I	62_N	0.888	0.18
66_K	300_L	0.887	0.18
89_R	321_A	0.882	0.18
33_I	341_T	0.881	0.18
180_L	321_A	0.881	0.18
102_E	110_K	0.879	0.18
144_L	189_Y	0.876	0.18
162_I	301_D	0.875	0.18
140_A	366_G	0.868	0.18
241_H	274_S	0.868	0.18
47_E	177_T	0.868	0.18
272_I	304_L	0.868	0.18
248_A	255_C	0.865	0.18
99_T	164_C	0.858	0.18
316_A	320_V	0.857	0.18
90_V	281_K	0.855	0.17
33_I	126_L	0.855	0.17
287_S	304_L	0.854	0.17
354_L	363_Q	0.850	0.17
142_D	317_L	0.847	0.17
392_E	399_K	0.845	0.17
192_I	299_V	0.844	0.17
195_D	198_T	0.841	0.17
155_E	159_R	0.841	0.17
13_A	399_K	0.841	0.17
251_N	322_I	0.840	0.17
20_D	386_I	0.835	0.17
172_G	222_D	0.833	0.17
164_C	289_P	0.833	0.17
69_T	72_E	0.831	0.17
255_C	363_Q	0.829	0.17
118_V	171_F	0.826	0.17
89_R	106_R	0.820	0.17
321_A	363_Q	0.819	0.17
106_R	300_L	0.819	0.17
175_L	242_E	0.819	0.17
172_G	220_N	0.818	0.17
297_V	331_I	0.815	0.17
246_A	279_T	0.813	0.17
209_R	212_S	0.812	0.16
189_Y	369_T	0.811	0.16
185_I	207_L	0.810	0.16
255_C	283_A	0.809	0.16
181_T	237_V	0.809	0.16
330_S	380_T	0.808	0.16
6_N	9_S	0.798	0.16
144_L	283_A	0.797	0.16
199_P	369_T	0.797	0.16
271_K	391_C	0.795	0.16
35_I	84_I	0.791	0.16
274_S	334_V	0.790	0.16
53_L	171_F	0.790	0.16
256_L	262_F	0.787	0.16
380_T	383_F	0.784	0.16
263_H	271_K	0.784	0.16
257_L	262_F	0.784	0.16
286_V	322_I	0.783	0.16
217_E	321_A	0.780	0.16
308_A	347_A	0.779	0.16
183_I	308_A	0.779	0.16
66_K	106_R	0.779	0.16
337_W	387_W	0.778	0.16
81_L	246_A	0.770	0.16
98_E	363_Q	0.767	0.15
317_L	334_V	0.765	0.15
283_A	306_E	0.765	0.15
159_R	383_F	0.763	0.15
28_L	126_L	0.761	0.15
24_A	319_K	0.760	0.15
169_E	383_F	0.760	0.15
228_L	371_R	0.758	0.15
88_H	139_K	0.757	0.15
8_D	412_Q	0.757	0.15
203_L	257_L	0.756	0.15
203_L	241_H	0.756	0.15
166_R	322_I	0.755	0.15
143_G	326_F	0.755	0.15
306_E	309_L	0.754	0.15
21_V	386_I	0.754	0.15
372_L	385_A	0.753	0.15
405_D	412_Q	0.753	0.15
105_E	220_N	0.753	0.15
323_G	344_M	0.750	0.15
217_E	253_K	0.743	0.15
123_N	248_A	0.743	0.15
163_A	199_P	0.741	0.15
127_G	132_P	0.739	0.15
50_K	144_L	0.738	0.15
87_K	125_G	0.738	0.15
85_P	263_H	0.738	0.15
405_D	408_E	0.734	0.15
100_N	343_N	0.731	0.15
250_T	386_I	0.731	0.15
186_P	280_D	0.725	0.15
298_V	307_I	0.724	0.15
54_S	289_P	0.723	0.15
305_R	350_Y	0.722	0.15
180_L	281_K	0.721	0.15
386_I	405_D	0.720	0.14
412_Q	416_K	0.718	0.14
21_V	24_A	0.718	0.14
300_L	347_A	0.717	0.14
332_N	410_E	0.716	0.14
43_I	334_V	0.716	0.14
109_L	159_R	0.715	0.14
358_Y	361_Q	0.715	0.14
120_W	222_D	0.714	0.14
324_L	344_M	0.714	0.14
181_T	215_I	0.713	0.14
25_L	273_S	0.713	0.14
221_L	321_A	0.713	0.14
84_I	377_E	0.709	0.14
104_V	305_R	0.704	0.14
185_I	300_L	0.703	0.14
228_L	233_S	0.702	0.14
228_L	341_T	0.702	0.14
335_A	343_N	0.702	0.14
66_K	219_H	0.701	0.14
22_E	26_R	0.700	0.14
221_L	254_L	0.699	0.14
275_M	316_A	0.698	0.14
31_V	312_V	0.698	0.14
283_A	354_L	0.698	0.14
256_L	354_L	0.696	0.14
15_E	25_L	0.695	0.14
50_K	413_V	0.690	0.14
51_G	269_S	0.687	0.14
89_R	170_Y	0.687	0.14
116_N	170_Y	0.684	0.14
69_T	282_L	0.683	0.14
59_V	115_E	0.683	0.14
216_S	304_L	0.683	0.14
168_G	345_I	0.681	0.14
121_A	171_F	0.681	0.14
93_H	96_Y	0.681	0.14
120_W	371_R	0.680	0.14
181_T	304_L	0.679	0.14
245_L	272_I	0.679	0.14
48_V	103_A	0.678	0.14
256_L	306_E	0.676	0.14
51_G	66_K	0.674	0.14
35_I	118_V	0.673	0.14
140_A	153_I	0.672	0.14
226_S	263_H	0.672	0.14
106_R	311_I	0.671	0.14
363_Q	371_R	0.671	0.14
13_A	17_W	0.670	0.13
104_V	231_L	0.669	0.13
58_D	237_V	0.668	0.13
72_E	235_S	0.668	0.13
15_E	386_I	0.668	0.13
290_V	357_G	0.668	0.13
52_E	237_V	0.665	0.13
22_E	286_V	0.664	0.13
223_S	256_L	0.663	0.13
237_V	253_K	0.663	0.13
275_M	283_A	0.663	0.13
263_H	391_C	0.663	0.13
4_K	22_E	0.662	0.13
3_I	389_S	0.662	0.13
71_E	112_Q	0.662	0.13
134_L	330_S	0.661	0.13
269_S	301_D	0.661	0.13
99_T	168_G	0.660	0.13
319_K	351_A	0.660	0.13
362_L	367_R	0.659	0.13
162_I	309_L	0.658	0.13
52_E	59_V	0.658	0.13
299_V	372_L	0.656	0.13
48_V	54_S	0.656	0.13
51_G	54_S	0.655	0.13
274_S	279_T	0.655	0.13
189_Y	202_R	0.653	0.13
43_I	67_A	0.652	0.13
54_S	104_V	0.651	0.13
248_A	279_T	0.650	0.13
374_L	378_F	0.649	0.13
120_W	246_A	0.647	0.13
151_P	218_Q	0.647	0.13
226_S	264_P	0.645	0.13
103_A	185_I	0.643	0.13
153_I	179_C	0.641	0.13
67_A	73_L	0.641	0.13
186_P	207_L	0.639	0.13
24_A	31_V	0.639	0.13
166_R	219_H	0.637	0.13
203_L	207_L	0.635	0.13
132_P	256_L	0.634	0.13
170_Y	360_K	0.634	0.13
107_D	334_V	0.634	0.13
217_E	390_Y	0.633	0.13
286_V	343_N	0.631	0.13
11_K	116_N	0.630	0.13
165_R	323_G	0.630	0.13
163_A	201_K	0.630	0.13
120_W	172_G	0.629	0.13
70_P	317_L	0.629	0.13
111_P	168_G	0.629	0.13
161_C	210_I	0.628	0.13
47_E	98_E	0.627	0.13
59_V	390_Y	0.627	0.13
106_R	320_V	0.627	0.13
109_L	228_L	0.627	0.13
322_I	348_L	0.626	0.13
43_I	91_N	0.625	0.13
95_I	299_V	0.624	0.13
37_C	93_H	0.624	0.13
337_W	369_T	0.623	0.13
237_V	241_H	0.623	0.13
94_A	195_D	0.622	0.13
81_L	124_L	0.622	0.13
161_C	381_Y	0.621	0.13
90_V	126_L	0.621	0.13
124_L	268_V	0.621	0.13
237_V	329_A	0.621	0.13
98_E	120_W	0.620	0.13
259_T	262_F	0.620	0.13
143_G	366_G	0.620	0.13
248_A	251_N	0.619	0.13
176_G	406_I	0.619	0.13
99_T	280_D	0.618	0.13
299_V	344_M	0.618	0.13
255_C	275_M	0.616	0.12
168_G	215_I	0.616	0.12
224_I	248_A	0.616	0.12
81_L	278_Y	0.616	0.12
272_I	362_L	0.615	0.12
67_A	76_D	0.615	0.12
282_L	319_K	0.615	0.12
148_H	185_I	0.614	0.12
233_S	270_N	0.613	0.12
133_T	305_R	0.613	0.12
244_Y	323_G	0.613	0.12
289_P	301_D	0.612	0.12
163_A	314_N	0.610	0.12
273_S	310_E	0.610	0.12
256_L	356_N	0.607	0.12
245_L	274_S	0.607	0.12
186_P	221_L	0.605	0.12
22_E	143_G	0.604	0.12
273_S	373_A	0.604	0.12
150_D	252_H	0.604	0.12
98_E	139_K	0.600	0.12
22_E	108_E	0.599	0.12
165_R	211_F	0.599	0.12
118_V	309_L	0.599	0.12
147_S	253_K	0.598	0.12
166_R	213_E	0.595	0.12
332_N	417_R	0.594	0.12
70_P	301_D	0.594	0.12
119_K	277_L	0.594	0.12
98_E	371_R	0.592	0.12
107_D	156_F	0.591	0.12
48_V	106_R	0.590	0.12
22_E	357_G	0.590	0.12
32_P	348_L	0.590	0.12
404_Y	407_K	0.588	0.12
241_H	244_Y	0.588	0.12
172_G	207_L	0.588	0.12
69_T	317_L	0.588	0.12
88_H	287_S	0.588	0.12
299_V	304_L	0.587	0.12
20_D	23_E	0.585	0.12
24_A	349_L	0.585	0.12
316_A	363_Q	0.584	0.12
148_H	228_L	0.583	0.12
306_E	363_Q	0.581	0.12
21_V	90_V	0.581	0.12
127_G	195_D	0.579	0.12
179_C	282_L	0.578	0.12
222_D	326_F	0.578	0.12
14_Y	97_A	0.578	0.12
189_Y	345_I	0.577	0.12
89_R	279_T	0.577	0.12
334_V	373_A	0.576	0.12
165_R	219_H	0.576	0.12
53_L	170_Y	0.575	0.12
208_D	353_L	0.574	0.12
196_R	224_I	0.573	0.12
165_R	371_R	0.573	0.12
97_A	226_S	0.573	0.12
73_L	76_D	0.572	0.12
69_T	73_L	0.572	0.12
134_L	148_H	0.571	0.12
262_F	318_E	0.571	0.12
47_E	66_K	0.569	0.12
77_L	176_G	0.569	0.12
324_L	377_E	0.568	0.12
235_S	380_T	0.567	0.12
369_T	402_W	0.567	0.12
263_H	291_R	0.566	0.12
83_L	269_S	0.565	0.12
140_A	145_T	0.565	0.12
15_E	20_D	0.564	0.12
100_N	166_R	0.564	0.12
32_P	47_E	0.563	0.12
40_G	369_T	0.560	0.11
394_M	398_V	0.559	0.11
95_I	133_T	0.559	0.11
226_S	303_E	0.558	0.11
368_Y	408_E	0.558	0.11
237_V	330_S	0.556	0.11
122_K	183_I	0.554	0.11
70_P	335_A	0.554	0.11
168_G	183_I	0.554	0.11
183_I	300_L	0.554	0.11
178_P	221_L	0.551	0.11
25_L	387_W	0.551	0.11
11_K	68_Q	0.550	0.11
248_A	344_M	0.550	0.11
222_D	244_Y	0.549	0.11
7_Y	320_V	0.549	0.11
311_I	334_V	0.548	0.11
88_H	153_I	0.548	0.11
148_H	257_L	0.547	0.11
300_L	305_R	0.547	0.11
37_C	96_Y	0.546	0.11
246_A	371_R	0.546	0.11
408_E	411_Q	0.543	0.11
78_E	253_K	0.543	0.11
111_P	236_Y	0.543	0.11
361_Q	408_E	0.542	0.11
194_S	352_L	0.541	0.11
164_C	210_I	0.541	0.11
138_E	388_D	0.540	0.11
146_L	185_I	0.540	0.11
91_N	196_R	0.539	0.11
194_S	375_M	0.538	0.11
350_Y	380_T	0.538	0.11
149_P	306_E	0.535	0.11
12_Q	318_E	0.534	0.11
32_P	48_V	0.534	0.11
274_S	349_L	0.534	0.11
373_A	403_L	0.532	0.11
194_S	356_N	0.532	0.11
14_Y	276_L	0.531	0.11
8_D	357_G	0.531	0.11
69_T	312_V	0.531	0.11
370_E	403_L	0.531	0.11
67_A	91_N	0.529	0.11
165_R	203_L	0.528	0.11
19_I	335_A	0.527	0.11
58_D	106_R	0.527	0.11
99_T	270_N	0.526	0.11
219_H	222_D	0.526	0.11
139_K	379_K	0.526	0.11
108_E	159_R	0.526	0.11
343_N	369_T	0.526	0.11
63_Y	414_L	0.525	0.11
175_L	179_C	0.525	0.11
197_L	277_L	0.524	0.11
132_P	186_P	0.524	0.11
5_A	8_D	0.522	0.11
162_I	334_V	0.521	0.11
371_R	375_M	0.521	0.11
147_S	159_R	0.520	0.11
169_E	218_Q	0.520	0.11
58_D	231_L	0.520	0.11
316_A	350_Y	0.519	0.11
247_Y	251_N	0.518	0.11
132_P	202_R	0.517	0.11
78_E	183_I	0.516	0.11
195_D	348_L	0.516	0.11
134_L	180_L	0.516	0.11
74_R	372_L	0.516	0.11
144_L	389_S	0.516	0.11
169_E	304_L	0.515	0.11
140_A	259_T	0.515	0.11
12_Q	21_V	0.515	0.11
141_A	153_I	0.515	0.11
98_E	345_I	0.514	0.11
145_T	203_L	0.513	0.11
134_L	140_A	0.512	0.11
13_A	16_K	0.512	0.11
134_L	141_A	0.511	0.11
209_R	334_V	0.510	0.11
287_S	321_A	0.510	0.11
247_Y	353_L	0.509	0.11
262_F	305_R	0.508	0.11
62_N	333_R	0.508	0.11
223_S	309_L	0.508	0.11
180_L	198_T	0.507	0.11
161_C	164_C	0.507	0.11
334_V	414_L	0.505	0.11
81_L	126_L	0.504	0.11
207_L	323_G	0.504	0.11
66_K	364_E	0.504	0.11
257_L	272_I	0.504	0.11
357_G	395_G	0.503	0.11
350_Y	363_Q	0.502	0.11
221_L	280_D	0.502	0.11
115_E	211_F	0.501	0.11
76_D	91_N	0.501	0.11
132_P	161_C	0.500	0.11
85_P	271_K	0.500	0.11
140_A	248_A	0.500	0.11

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
1d8wA	4	0.9481	100	0.343	Contact Map
3p14A	2	0.9505	100	0.533	Contact Map
3m0mA	4	0.9175	100	0.772	Contact Map
1a0cA	4	0.9057	100	0.884	Contact Map
1muwA	4	0.8396	99.9	0.9	Contact Map
3ktcA	4	0.7476	99.8	0.921	Contact Map
1xlaA	4	0.8113	97.9	0.964	Contact Map
1ximA	4	0.8184	97.6	0.966	Contact Map
1bxbA	4	0.8278	97.5	0.967	Contact Map
3tc3A	1	0.6439	97.2	0.969	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0116 seconds.